基于网络药理学和分子对接预测红花绿绒蒿活性成分抗肝纤维化的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术,研究红花绿绒蒿抗肝纤维化的作用机制。方法 通过TCMSP、SwissTarget和PubChem数据库获取红花绿绒蒿的主要有效成分及作用靶点,从GeneCards和OMIM数据库获取肝纤维化相关疾病靶点,然后利用Venny2.1获取两者交集的共同靶点,将其导入STRING数据库构建共同靶点的蛋白互相作用网络,应用Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶点-疾病”通路网络。最后采用AutoDocktools(v1.5.6)将核心成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 获取117个有效成分的作用靶点与6 423个疾病靶点,两者取交集后共获得251个交集靶点;GO与KEGG富集分析显示红花绿绒蒿有效成分可能参与AGE-RAGE、化学致癌-受体激活、PI3K-AKT等信号通路来逆转肝纤维化;分子对接显示,红花绿绒蒿核心成分与关键靶点SRC、HSP9OAA1、MAPK1和MAPK3具有较好的结合能。结论 红花绿绒蒿可能作用于SRC、HSP9OAA1、MAPK1和MAPK3等关键靶点,通过AGE-RAGE、脂质与动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活和PI3K-A...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索黄芪的主要化学成分及靶点,并补充文献报道相关药理作用的成分作为潜在活性成分。以"peritoneal fibrosis"为关键词分别在OMIM、Genecards获取目前已知的与腹膜纤维化相关的疾病靶点,后取两者的交集靶点;对交集基因通过STRING数据库与Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络及蛋白互作(PPI)网络并筛选核心网络。基于R软件使用Bioconductor生物信息软件对核心靶点进行GO及KEGG富集分析,最终采用AutoDock软件将主要有效成分与核心靶点进行分子对接,得出其结合能力。结果 筛选出20个黄芪活性成分及文献报道有相关药理作用4个, 457药物作用靶点,与674个腹膜纤维化病靶点取交集,得到86个共同靶点。GO功能富集分析提示黄芪拮抗腹膜纤维化主要参与了蛋白激酶B信号转导的调节、细胞对化学的应激反应、炎症反应的调节等通路; KEGG通路富集分析主要涉及调控肿瘤、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、人类巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示关键靶点与活性成分具有较好的结合能力。结论 黄芪治疗腹膜纤维化的分子机制,可能与抑制炎症及氧化应激反应、调节多种信号通路等相关。     

基于网络药理学及分子对接的五子衍宗丸治疗肝纤维化作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾复方五子衍宗丸治疗肝纤维化的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmspsearch.php)数据库预测五子衍宗丸有效成分的靶点并通过Uniprot数据库进行靶点名称标准化;通过OMIM、Gene Cards、DisGeNET数据库收集肝纤维化靶点,通过韦恩图筛选活性成分靶点和疾病靶点基因的交集,获取五子衍宗丸治疗肝纤维化的潜在靶点;运用Cytoscape 3.9.0构建有效成分-靶点-肝纤维化网络,预测核心靶点,构建基于STRING平台的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools软件,结合PPI网络及GO功能、KEGG通路分析,将核心靶点与有效成分进行对接验证。结果 获得五子衍宗丸活性成分84个,筛选出有效成分作用靶点179个,肝纤维化靶点798个,五子衍宗丸与肝纤维化交集靶点81个,经拓扑属性分析筛选得到五子衍宗丸26个活性成分、37个治疗肝纤维化关键靶点;根据“活性成分-靶点-通路”网络图,预测槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素为五子衍宗丸作用于肝纤维化的重要活性成分;RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL6)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点。GO功能富集分析的生物学过程(BP)主要与RNA聚合酶II启动子转录的正调控、基因表达的正调控等关联;细胞组分(CC)主要与细胞外空间、细胞核等关系密切;分子功能(MF)主要与大分子复合物结合、蛋白激酶活性、RNA聚合酶II核心启动子近端序列特异性DNA结合等相关。五子衍宗丸治疗肝纤维化途径主要包括化学致癌-活性氧信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。核心成分槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素与核心作用靶点AKT1、TNF、IL6、VEGFA、CASP3等对接结合稳定,分子对接初步证明关键成分自发地与多个核心蛋白结合,可对多个关键靶点进行调控。结论 通过网络药理学及分子对接初步揭示补肾复方五子衍宗丸影响凋亡过程的正负调控、氧化应激、炎症因子、血管生成等反应过程,具有多成分、多靶点、多通路等作用特点,可为临床肝纤维化治疗中重视补肾法提供参考依据。     

基于网络药理学探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化的作用机制.方法 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选牡丹皮和山茱萸的活性成分,并利用Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点;从GeneCards数据库中预测并筛选肝纤维化候选靶点.利用在线作图工具绘制中药与疾病候选...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的有效活性成分及其潜在作用机制,并对枳实黄酮类粗提物治疗胆汁淤积的药效进行验证。方法:从TCMSP数据库和中国知网文献中检索出枳实的有效活性成分并收集其靶点;通过GeneCards和OMIM数据库收集肝内胆汁淤积相关的疾病靶点,将与药物靶点重复的靶点作为潜在靶点,使用Cytoscape构建“药物-有效成分-靶点-疾病”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络(PPI);借助Metascape数据库进行GO富集与KEGG通路富集分析,最后利用AutoDock vina进行分子对接进行初步验证。观察枳实黄酮粗提物对胆汁淤积大鼠谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆汁酸(TBA)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)和碱性磷酸酶(ALP)指标的影响。结果:筛选得到35个活性成分,相关潜在靶点161个,疾病靶点1 248个,枳实治疗肝内胆汁淤积潜在靶点87个,主要作用于AKT1、TP53、TNF、CASP3、VEGFA、IL6、HIF1A等19个核心靶点,这些共同作用靶点富集于4 405个生物过程和246条信号通路...     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和动物实验探讨柠檬苦素抗肝纤维化的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨柠檬苦素治疗肝纤维化的作用机制,并运用分子对接和动物实验进行验证。方法 首先,利用SwissTargetPrediction、GeneCards和DisGeNet等数据库筛选柠檬苦素和肝纤维化的靶点,并运用微生信网站获得柠檬苦素与肝纤维化的共同靶点。然后运用STRING数据库和Cytoscape软件构建共同靶点的蛋白质相互作用网络,并利用CytoNCA插件筛选核心靶点;使用Metascape数据库对共同靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,以预测其可能的作用机制。最后运用AutoDock Vina软件对柠檬苦素与核心靶蛋白进行分子对接验证,并将网络药理学预测结果进行动物实验验证。结果 预测结果表明柠檬苦素可能作用于AKT1、VEGFA、HIF1A等86个靶点,参与激素应答、蛋白磷酸化、血管生成等生物过程和PI3K/AKT通路、HIF-1通路、VEGF通路等与肝纤维化相关的信号通路。蛋白质相互作用分析结果显示核心靶点包括AKT1、VEGFA、HIF1A、PIK3CA等11个靶点。分子对接结果表明柠檬苦素与AKT1、VEGFA、HIF1A 3个核心靶蛋白具...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“半枝莲-山慈菇”抗乳腺癌的作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨“酸枣仁-石菖蒲”药对改善小鼠失眠的机制

目的 利用网络药理学和分子对接探究酸枣仁-石菖蒲药对改善失眠的物质基础和潜在分子机制,并建立对氯苯丙氨酸(p-chlorophenylalanine,PCPA)诱导的失眠小鼠模型进行体内实验验证。方法 首先通过TCMSP数据库收集酸枣仁和石菖蒲的化学成分并筛选得到潜在活性成分及其靶点;在GeneCards、OMIM和TTD数据库中获得失眠相关的基因,取得酸枣仁-石菖蒲药对和失眠疾病的交集靶点,然后在Cytoscape 3.6.1软件中构建中药-化合物-靶点-疾病网络图;利用STRING数据库建立蛋白相互作用网络图;借助DAVID数据库进行靶点GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;接着采用分子对接技术进行初步验证;ICR雄性小鼠60只随机分为正常组,模型组,酸枣仁-石菖蒲高、中、低剂量组(8.0,4.0,2.0 g·kg^-1),地西泮组(3 mg·kg^-1);除正常组外,第1天和第2天腹腔注射PCPA(30 mg·mL^-1)建立失眠模型;然后连续给药7 d,正常组和模型组小鼠灌胃等体积生理盐水。测定戊巴比妥钠阈上剂量(55 mg·kg^-1)所致的小鼠睡眠潜伏期和持续期,行为学中旷场实验的垂直得分和水平得分,以及高架十字迷宫的进入开放臂次数百分比(open arm entry,OE%)和开臂活动百分比(open arm time,OT%);利用HE染色观察脑组织病理学情况;通过Elisa法检测各组小鼠血清中TNF-α和CASP3表达水平;最后利用Western blotting法检测各组小鼠脑组织中AKT1和p-AKT1蛋白的表达情况。结果 筛选获得酸枣仁和石菖蒲的潜在活性成分为9个和5个,与失眠共同靶点为34个;GO富集分析结果共得到160条GO分析条目,KEGG通路分析发现信号通路主要与炎症信号通路有关,其中AKT1、CASP3和TNF为关键靶点;分子对接结果显示筛选得到的化合物与关键靶点具有较高的结合活性。动物实验结果显示酸枣仁-石菖蒲药对可显著缩短失眠模型小鼠睡眠潜伏期,延长睡眠持续期,降低垂直得分和水平得分,提高OE%和OT%,恢复海马组织病理损伤,显著降低TNF-α和CASP3的含量,提高AKT1蛋白在脑组织中的表达水平。结论 酸枣仁-石菖蒲可通过作用于TNF-α、CASP3、AKT1、p-AKT1等靶点调节TNF信号通路发挥治疗失眠的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学和分子对接探讨淫羊藿抗肿瘤作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接的半枝莲二萜类化合物抗肝癌作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术探讨半枝莲二萜类成分抗肝癌的作用机制。方法根据文献调研( 1987年 1月至 2022年 7月)获得的 155个半枝莲二萜类化合物,通过 SwissADME平台筛选后得到符合条件的 93种活性成分,并通过 Swiss Target Prediction网络平台预测得到其中 65个化合物可能的作用靶点;通过 GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank以及 GEO、TCGA数据库获取与肝癌有关的靶点,利用 Cytoscape软件构建可视化“活性成分 -靶点 -肝癌”网络作用图,并通过度值筛选主要活性成分;使用 String平台进行蛋白质–蛋白质相互作用( PPI)网络功能富集分析,利用 Cytoscape软件构建 PPI可视化网络图,通过 cytoHubba插件的评分规则筛选出核心靶点和关键靶点;采用 R语言软件包对半枝莲二萜抗肝癌的作用靶点进行基因本体( GO)功能和京都基因和基因组数据库( KEGG)通路富集分析;使用 AutoDock vina软件对主要活性成分与关键靶点进行对接分析。结果筛选出半枝莲二萜中 6种活性成分包括 Scutebarbolide I、Scutebata O、Scutelinquanine D、Scutellone F、 Scutellone H和 Scutebarbatine J,预测得到 10个抗肝癌核心靶点,其中蛋白 STAT3、MAPK1、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1和 PIK3CA为关键靶点。基因富集分析得到 953个 GO功能条目和 137条通路( P<0.05);分子对接结果显示,半枝莲二萜活性成分与关键靶点间存在潜在结合位点;网络药理学分析表明半枝莲二萜成分可能通过肽基 .丝氨酸磷酸化、肽基 .丝氨酸修饰、磷酸酶结合、蛋白质丝氨酸 /苏氨酸激酶活性等生物学过程,作用于 STAT3、MAPK1、MAPK3、PIK3R1、PIK3CA等关键蛋白的表达,进一步调控癌症中蛋白多糖、化学致癌受体激活、催乳素信号通路、癌症程序性死亡受体配体 1(PD-L1)表达和程序性死亡受体 1(PD-1)检查点通路等信号通路,发挥治疗肝癌作用。结论半枝莲二萜类化合物能够通过多分子、多靶点、多通路、多作用机制达到治疗肝癌作用。     

基于网络药理学研究白芍治疗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨白芍治疗肝纤维化的可能作用机制。方法 使用TCMSP数据库筛选出白芍的活性成分。借助PubChem和Swiss Target Prediction数据库预测白芍有效成分的潜在作用靶点。运用GeneCards及OMIM数据库筛选肝纤维化对应靶点,利用Venn2.1.0获得白芍与肝纤维化疾病的共同靶点。使用Cytoscape3.9.0软件构建“白芍-有效成分-交集靶点-肝纤维化”网络图,预测主要活性部位,使用String数据库绘制PPI网络。利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO分析及Pathway中的KEGG进行富集分析。结果 筛选得到白芍有效成分6个,作用靶点213个;肝纤维化靶点155个;白芍治疗肝纤维化的靶点49个;主要活性成分是山萘酚、芍药苷、白桦脂酸及β-谷甾醇。GO富集分析显示269个生物过程、30个细胞组成、64个分子功能,KEGG通路富集分析共67条通路。结论 通过网络药理学方法初步研究白芍抗肝纤维化的作用机制,表明白芍具有多成分、多通路、多靶点等的作用特点,为进一步相关实验研究提供参考。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨益气活血方抗脑缺血机制研究

脑缺血(cerebral ischemia,CI)具有高发病率、高致畸率,是全球第二大致死疾病.中药(traditional Chinese medicine,TCM)益气活血方(YQHX)在临床治疗CI发挥一定疗效,但其机制尚不清楚.本文基于网络药理学和分子对接探讨其作用机制.通过TCMSP和CNKI数据库获取益气活...     

基于网络药理学和分子对接技术解读川皮苷改善代谢综合征的作用机制（英文）

采用网络药理学方法探讨川皮苷改善代谢综合征的作用机制。首先利用TCMSP、TCMIP、TCMID、ETCM、HERB、NPASS和NPACT等数据库获取川皮苷作用靶点;在Dis Ge NET、Drug Bank等6个数据库中获取代谢综合征的相关靶点,筛选出与川皮苷作用靶点的共同部分构建PPI网络,并利用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;最后对川皮苷和关键疾病靶点进行分子对接验证。结果收集到川皮苷作用靶点105个,代谢综合征相关靶点1975个。上述靶点取交集,获得了60个川皮苷改善代谢综合征的潜在靶点。PPI分析发现,川皮苷改善代谢综合征的关键靶点为TP53、MAPK8、AKT1、GSK3B、HSP90AA1、CTNNB1、JUN、AR、ESR1、CCND1、HRAS、TNF和PPARA。功能富集分析发现,脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路在川皮苷改善代谢综合征过程中发挥重要作用。分子对接结果显示,川皮苷与上述13个核心基因具有很强的亲和力。综上所述,推测川皮苷通过脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路发挥改善代谢综合...     

基于网络药理学和分子对接预测金雀异黄素治疗创伤性脑损伤的机制

目的 研究金雀异黄素治疗创伤性脑损伤的潜在分子机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、SymMap、CTD、GeneCards数据库获得金雀异黄素在治疗创伤性脑损伤的潜在作用靶点,通过Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析,使用薛定谔Maestro 10.2软件进行金雀异黄素与核心靶点的分子对接...     

The multiple mechanisms of tripterygium wilfordii-induced acute kidney injury based on network pharmacology and molecular docking

Acute kidney injury (AKI) is a common and serious health issue with a growing incidence and mortality rate. Tripterygium wilfordii (TW) is a traditional Chinese medicine that has been reported to cause kidney damage. However, the associated mechanism of TW-induced AKI remains unclear. Therefore, we aimed to uncover the associated mechanisms of AKI induced by TW using network pharmacology and bioinformatics. The candidate compounds of TW and the potential targets were screened using TCMSP and CTD database, and the AKI-related targets were identified from the DisGeNET database. The disease targets were intersected with the drug targets, and the Wayne diagram was drawn by Venny2.1.0 software. We developed protein-protein interactions (PPI) network and the "disease-compound-target-pathway" network through the Cytoscape software. By using the DAVID database, GO and KEGG enrichment analysis was carried out to reveal the potential signaling pathways of the compound-TW-induced AKI. Meanwhile, the Auto dock vina 1.1.2 was used for molecular docking to verify the active compound and key targets’ binding ability. Critical compounds and key targets of TW-induced AKI were identified, including triptolide, kaempferol, β-sitosterol, nobiletin, stigmasterol, TNF, and so on. The GO analysis showed that potential genes’ biological function was mainly involved in apoptosis, oxidative stress, and inflammation. Moreover, eight signaling pathways were found, including the HIF-1 signaling pathway, VEGF signaling pathway, apoptosis, and so on. The molecular docking results proved that the core compound’s affinity with the corresponding protein of the gene targets was good. This study preliminarily predicted the core toxic compounds, targets, and related pathways of TW-induced AKI, providing a theoretical basis for the follow-up clinical rational drug use and related research work of TW.