上海地区2004年至2008年甲型流行性感冒病毒亚型的分布

目的 分析近5年上海地区甲型流行性感冒(流感)病毒亚型的分布并探究其原因.方法 对上海地区流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者,采集咽拭子标本接种犬肾细胞(MDCK),直接荧光免疫法鉴定阳性分离株型别,多重RT-PCR鉴定亚型.结果 2004年至2005年初的季节性流感以A/H3N2为主;2005年末至2006年中期的季节性流感以A/H1N1为主;2006年末到2007年10月份分离到的流感毒株基本为A/H3N2亚型;2008年1月至5月份,人群流感病毒分离株仍以A/H3N2处于优势地位,但从2008年7月开始的季节性流感则以A/H1N1占绝对优势.结论 近5年上海地区季节性流感主要为甲型流感病毒H3N2和H1N1亚型,但在不同年份的季节性流感中流行强度有所不同.     

2009年广东省甲型流行性感冒暴发流行期间首株甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因分析

目的 检测和分析2009年广东省甲型流行性感冒(流感)暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因.方法 对2009年广东省首例确诊的甲型H1N1流感患者的咽拭子进行病毒分离,取细胞培养上清液提取病毒核酸,采用HA基因的特异性引物进行RT-PCR,PCR产物进行克隆、测序和同源性分析.结果 获得2009年广东省首株甲型H1N1流感病毒的HA基因,大小为1710 bp,命名为A/GuangzhouSB/01/2009(H1N1)HA,GenBank登录号为GQ268003.与疫情发源地近期报告的277株甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为99.0%～99.8%;其中与美国报告的病毒株的同源性高达99.8%,与患者发病前曾到美国旅游的流行病学史一致.与25株中国季节性甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为72.3%～85.6%.结论 2009年广东省甲型流感暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒与目前流行的甲型H1N1流感病毒同源性高,与中国季节性甲型H1N1流感病毒同源性较低.     

广东省首例输人性甲型H1N1流行性感冒临床分析

目的 了解2009年广东省首例输入性甲型H1N1流行性感冒(流感)病例的流行病学、临床、病原学特点及预后转归.方法 对该例成年男性患者流行病学及临床资料进行回顾性分析,并采用实时荧光PCR法检测甲型H1N1流感病毒核酸.结果 该患者赴加拿大、美国自助旅游3周,2009年5月14日发病,次日回国入境检疫时有发热,即转送广州市第八人民医院隔离治疗.其临床表现以咽痛、干咳、鼻塞起病,后出现发热、全身肌肉酸痛、乏力、纳差等流感症状,无肺炎等并发症.WBC总数在发病初期升高,后期降低.咽拭子检测甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离后测序结果显示与美国分离株高度相似.患者经抗病毒及对症支持治疗后痊愈出院.结论 该患者临床表现典型,确诊为广东省首例输入性甲型H1N1流感.     

妊娠合并甲型流行性感冒患者需要住院治疗的影响因素

目的:了解妊娠合并甲型流行性感冒(以下简称流感)患者需要住院治疗的影响因素。方法:2018年12月至2019年2月于首都医科大学附属北京地坛医院诊治的妊娠合并甲型流感患者261例,收集患者的年龄、妊娠期、合并基础疾病、发病至就诊时间、白细胞计数和淋巴细胞计数等临床资料。比较门诊治疗与住院治疗患者的上述指标。统计学分析采...     

上海地区2009年人群甲型流行性感冒病毒抗体水平检测分析

目的 了解上海地区人群季节性H1、H3亚型流感病毒抗体水平及职业人群中H5、H9亚型禽流感抗体的检出情况.方法 应用血凝抑制试验对上海地区2009年与禽类密切接触的职业人群356人以及一般人群332人各年龄组进行H1、H3、H5、H9亚型流感病毒抗体的血清学监测.结果 A/Brisbane/59/2007(H1N1)抗体阳性分布,一般人群有275人,占82.8%,职业人群有263人,占73.9%;A/Brisbane/10/2007(H3N2)抗体阳性,一般人群有168人,占50.6%,职业人群有195人,占54.8%;人群中A/Brisbane/59/2007(H1N1)抗体阳性率明显高于H3,与2008年上海地区流感病原学监测情况相吻合.职业人群与一般人群H5亚型抗体阳性率分别为4.2%(15/356)和0.3%(1/332);H9亚型抗体阳性率分别为34.6%(123/356)和2.4%(8/332).不同年龄组中,6个月～5岁年龄组和≥60岁的老年组A/Brisbane/59/2007(H1N1)、A/Brisbane/10/2007(H3N2)抗体阳性率较低.结论 上海地区人群对H1、H3季节性流感有较强的免疫保护,儿童和老年人群H1、H3季节性流感抗体水平较低.职业人群禽流感病毒H5、H9抗体有明显升高趋势,要加强对职业人群流感样患者病原学和血清流行病学监测.     

上海地区2009年人群甲型流行性感冒病毒抗体水平检测分析

Objective To know the levels of antibodies against influenza A virus subtypes H1 and H3 of population in Shanghai during 2009, and the detection of antibodies against avian influenza virus subtypes H5 and H9 in population which contacts with avian. Methods The serological survey of the antibodies against influenza A viruses subtypes H1, H3, H5 and H9 in 356 close contacts with avian (professional population) and 332 general subjects (general population) at various age groups were carried out using hemagglutinin inhibit (HI) test. Results The positive rates of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1) in general population and professional population were 82.8% (275/332) and 73.9% (263/356), respectively; those of A/Brisbane/10/2007 (H3N2)were 50.6% (168/332) and 54.8% (195/356), respectively. The positive rate of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1 )was significantly higher than that of influenza A viruses subtype H3, which was consistent with etiological survey of influenza virus in Shanghai during 2008.The positive rates of antibodies against influenza A virus subtype H5 in professional population and general population were 4.2% (15/356) and 0.3% (1/332), respectively; those of influenza A virus subtype H9 were 34.6% (123/356) and 2.4% (8/332), respectively. The positive rates of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1 ) and A/Brisbane/10/2007 (H3N2) in age groups of 6 months-5 years and ≥60 years were lower than other age groups. Conclusions The immune protective response against seasonal influenza A subtype H1 and H3 of population in Shanghai is high,while those of children and the elders were low. The levels of antibodies against influenza A viruses subtype H5 and H9 in professinal population present obviously ascending trend, which indicates that the etiological and serological survey of influenza virus in this population should be enhanced.     

湖南省甲型H1N1流行性感冒大流行后乙型流行性感冒病毒的特征

目的 分析湖南省甲型H1N1流行性感冒(流感)大流行后乙型流感的流行情况和病毒基因特征,并探究可能造成其流行的原因.方法 对湖南省2010年23家哨点医院门诊流感样病例中采集的咽拭子标本使用犬肾传代细胞进行病毒分离,阳性毒株使用血凝抑制实验进行型别鉴定,对选取的10株乙型流感病毒进行全基因组测序,对序列进行进化树和分子特征分析.结果 随着甲型H1N1流感分离毒株的减少,乙型流感病毒在2010年上半年成为优势毒株,以B/Victoria系(BV系)为主,两种型别共存.2010年11起已知型别的聚集性疫情中,7起为乙型流感.在除核蛋白(NP)外的其他聚合酶(PB2、PB1、PA)、血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、NB蛋白、膜蛋白(M1)、乙型流感病毒M2蛋白(BM2)、非结构蛋白(NS1、NS2)10个蛋白的基因进化树中,10株病毒均按照其系的分类分在BV和B/Florida系(BY系)两个分支中,而NP进化树10株病毒均在BY分支中.与世界卫生组织疫苗株比较,10株病毒11个蛋白的氨基酸同源性均较高,为97.2％～100.0％,但仍发现有一些碱基位点的改变.未发现对NA抑制剂类药物耐药位点的突变.相对于日常监测病毒,2株聚集性疫情毒株编码NA、NB、PB1、PB2和NS2的碱基有一些突变.结论 乙型流感病毒有一些基因位点发生插入和重配,显示病毒持续进化,这可能是湖南省甲型H1N1流感大流行后B型流感病毒成为优势毒株的原因.     

轻型和重型甲型H1N1流行性感冒患者临床特征、病毒载量以及排毒时间分析比较

目的 了解轻型和重型甲型H1N1流行性感冒(流感)患者的临床和实验室特征、病毒载量及排毒时间.方法 对深圳地区70例轻型和16例合并肺炎的重型甲型H1N1流感患者采用实时荧光定量PCR方法,检测其甲型H1N1流感病毒载量.比较年龄＜14岁和≥14岁患者,以及轻型无肺炎和重型合并肺炎患者的病毒载量和病毒清除时间的差异.统计学方法采用t检验或卡方检验.结果 甲型H1N1流感患者最常见的临床表现是发热、咳嗽和扁桃体肿大.重型患者咳嗽、呼吸困难比例和最高体温较轻型患者显著增高(x2=10.9、14.3,t=3.65,均P＜0.01).重型患者WBC计数、ALT水平较轻型患者显著升高(t=3.2、2.4,均P＜0.05).重型患者胸部影像学类似间质性肺炎,多为磨玻璃样影.＜14岁患者的病毒载量和病毒清除时间较≥14岁的显著升高[(4.86±1.23)lg比(4.17±0.89)lg,t=2.3,P＜0.05]或延长[(5.33±0.49)d比(3.63±0.28)d,t=3.4,P＜0.01],重型患者病毒载量和病毒清除时间较轻型患者显著升高[(6.36±1.44)lg比(4.35±0.99)lg,t=6.1,P＜0.01]或延长[(5.75±1.77)d比(4.24±1.96)d,t=3.2,P＜0.01).结论 甲型H1N1流感患者年龄和病情严重程度与病毒载量和排毒时间存在显著相关性.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

核酸扩增技术在肺炎嗜衣原体感染诊断中的应用

肺炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumonia,Cpn)是一类引起人类呼吸道感染的、专营真核细胞内寄生生活的微生物,在人体中存在持续感染.Cpn感染早期的快速诊断有利于阻止疾病的传播和防止并发症的形成.有关Cpn的诊断方法,国内外学者进行了一系列研究并取得了很大的进展.本文就核酸扩增技术在诊断Cpn感染中的应用作一综述.     

链置换扩增技术在结核病诊断中的应用

目的探讨链置换扩增（SDA）技术检测结核分枝杆菌复合群（MTBC）的临床意义和可信性。方法应用SDA技术与荧光定量聚合酶链反应（FQ—PCR），直接检测了453份结核性样本，其中痰标本332份、胸腔积液78份、脑脊液43份。结果332份痰标本培养阳性131份，其中110株（涂阳88份）为MTBC，21株（涂阳20份）为非结核分枝杆菌。在110份证实有MTBC、21份证实有非结核分枝杆菌生长的样本中，SDA和FQ-PCR的敏感性分别为99．1％和95．2％，特异性分别为94．6％和95．2％。在311例结核分枝杆菌感染的患者中，SDA和FQ-PCR的阳性率分别为55．3％（172／311）和47.0％（146／311）。121份结核性胸腔积液、脑脊液样本中，分枝杆菌阳性20例，经鉴定其中19例为结核分枝杆菌，1例为非结核分枝杆菌，SDA和FQ—PCR检测的阳性率分别为43．4％（52／120）和33．4％（40／120）。SDA技术设立的内扩增质量控制（IAC）可确保检测结果的准确性。结论自动检测分析系统能快速、特异地检测临床样本中MTBC，设立IAC可提高结果的可信性。     

Recombinase polymerase amplification as a promising tool in hepatitis C virus diagnosis

Hepatitis C virus (HCV) infection represents a significant health problem and represents a heavy load on some countries like Egypt in which about 20% of the total population are infected. Initial infection is usually asymptomatic and result in chronic hepatitis that give rise to complications including cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The management of HCV infection should not only be focus on therapy, but also to screen carrier individuals in order to prevent transmission. In the present, molecular detection and quantification of HCV genome by real time polymerase chain reaction (PCR) represent the gold standard in HCV diagnosis and plays a crucial role in the management of therapeutic regimens. However, real time PCR is a complicated approach and of limited distribution. On the other hand, isothermal DNA amplification techniques have been developed and offer molecular diagnosis of infectious dieses at point-of-care. In this review we discuss recombinase polymerase amplification technique and illustrate its diagnostic value over both PCR and other isothermal amplification techniques.     

宁夏地区病毒性脑炎中新发博尔纳病病毒感染的研究

目的 研究宁夏地区新发博尔纳病病毒(BDV)在病毒性脑炎患者中的感染状况,分析病毒株的核酸序列、编码的氨基酸序列和病毒株的系统发生.方法 套式反转录实时荧光定量PCR检测60例病毒性脑炎患者血液标本;并对前期课题组检测的59例病毒性脑炎患者中BDV p24阳性样本和本实验PCR检测阳性标本使用ELISA法检测其对应脑脊液中p40抗体,对阳性标本进行连接测序,应用MEGA和DnaSP4.0软件对测序结果与国外标准株He/80、H1766、strain V等的核酸和氨基酸序列对比分析,构建病毒基因的系统发生树.结果 PCR检测119份血标本,发现有12份标本BDV p24阳性,阳性检出率为10.08%,7份BDV p40检测阳性,阳性率为5.88%;ELISA检测脑脊液核蛋白抗体,有2份阳性,阳性检出率为1.68%.基因聚合分析显示,7份BDV阳性的核酸序列中有6份与德国马源性的He/80株同源性达100%,1份仅有1个碱基发生同义突变;转录后的氨基酸对比分析显示,7份与He/80株完全一致;重构的基因系统发生树中可见宁夏病毒性脑炎患者BDV核苷酸序列与国外标准株形成一个中国(宁夏)-德国-日本的混合支系.结论 宁夏地区病毒性脑炎患者中可能存在BDV感染,其发生可能与动物的密切接触相关,病毒在种系发生中与德国马源性He/80株有极高的同源性,推断病毒有可能从国外传入本土,不排除病毒株变异的可能.     

四种单增李斯特菌常用核酸检测方法的评价与应用

目的 应用聚合酶链式反应(PCR)、实时荧光PCR(Real-time PCR)、环介导等温扩增(LAMP)和多交叉置换扩增(MCDA)4种核酸检测方法,对单增李斯特菌进行检测,探索特异、灵敏、高效,且适用于肉类样本中单增李斯特菌检测的核酸检测方法。方法 比较文献报道的以单增李斯特菌特异性基因lmo0733作为靶标的4种核酸检测方法,评价这4种方法在特异性、灵敏度、检出速率方面的差异,并应用于单增李斯特菌模拟样本和猪肉样本中单增李斯特菌的检测。结果 传统PCR、Real-time PCR、LAMP和MCDA方法都能准确检测单增李斯特菌,其中MCDA方法检测下限为10 fg/反应,且能在30 min内完成对样本核酸的检测,灵敏度和检出速率优于其它3种核酸诊断方法;MCDA方法对于模拟样本和实际样本的检测效率优于其它3种核酸检测方法和传统分离培养方法,能够提高样本检测的阳性率。结论 MCDA方法作为一种特异、灵敏和高效的核酸检测方法,可用于肉制品中单增李斯特菌检测时的快速筛查,并能提高传统分离培养方法对标本中单增李斯特菌的阳性检出率。     

核酸定量扩增技术在寄生虫及病原微生物诊断中的研究进展

在感染性疾病中针对寄生虫及微生物病原体的核酸检测与病原学检测具有同等的价值,而核酸定量扩增技术不仅可定性诊断,还可用于各种感染性疾病的感染度测定、疗效考核和愈后评价等.该技术已成为近年来分子诊断研究的热点之一.该文对核酸定量扩增技术在感染性疾病诊断中的研究进展作一综述.     

实时荧光核酸恒温扩增检测技术在结核病诊断中的临床应用

目的 评估实时荧光核酸恒温扩增检测技术（simultaneous amplification and testing,SAT）在结核病患者的痰液、体液及病灶组织等标本中检测结核分枝杆菌的价值.方法 收集在广州市胸科医院就诊的疑似结核病患者的痰液734份、体液标本94份（包括68份胸腔积液、21份脑脊液、5份关节积液,以下统称“体液”）及病灶组织标本76份,共计904份标本.同时采用SAT法、改良罗氏培养法进行检测,培养阳性者进行基因芯片菌种鉴定.SAT法与改良罗氏培养法结果不相符的标本,用结核分枝杆菌聚合酶链（polymerase chain reaction technology for Mycobacterium tuberculosis,PCR-TB）荧光诊断试剂盒进行检测.采用x2检验比较SAT法与改良罗氏培养法对结核病患者的阳性检出率.结果 以改良罗氏培养结果为金标准,则SAT法在痰液、体液、病灶组织标本的敏感度、特异度、符合率分别为90.20％（230/255）、92.48％（443/479）、91.69％（673/734）;94.74％（18/19）、81.33％（61/75）、84.04％（79/94）;100.00％（14/14）、77.42％（48/62）、81.58％（62/76）.以扩大金标准（培养＋PCR法）比对,则SAT法在痰液、体液、病灶组织标本的敏感度、特异度、符合率分别为96.30％（260/270）、99.35％（461/464）、98.23％（721/734）;96.97％（32/33）、100.00％（61/61）、98.94％（93/94）;100.00％（27/27）、97.96％（48/49）、98.68％（75/76）.改良罗氏培养法和SAT法在痰液、体液、病灶组织标本的阳性检出率分别为34.74％（255/734）和36.24％（266/734）、20.21％（19/94）和34.04％（32/94）、18.42％（14/76）和36.84％（28/76）;痰标本两者的阳性率比较,差异没有统计学意义（x2=0.36,P＞0.05）.体液与病灶组织标本中,SAT法较改良罗氏培养法的阳性率高出13.83％和18.42％,差异有统计学意义（x2值分别为4.55、6.44,P值均＜0.05）.结论 SAT法检测痰液、体液及病灶组织标本中的结核分枝杆菌,具有快速、敏感度和特异度较高的优点,可提高结核分枝杆菌的检出率.     

Evaluation of clinical usefulness of second‐generation HCV core antigen assay: comparison with COBAS AMPLICOR HCV MONITOR assay version 2.0

Abstract: Background: Hepatitis C virus (HCV) is an important etiologic agent for chronic liver diseases. Methods: The aim of this study was to evaluate the clinical usefulness of second‐generation HCV core antigen assay by comparing the results of the assay with those of the COBAS AMPLICOR HCV MONITOR version 2.0 (COBAS v2.0). Results: HCV core antigen was detectable by this assay in 142/149 (95.3%) of serotype 1 (3821±322 fmol/l; mean±SD), in 56/58 (96.6%) of serotype 2 (2589±449 fmol/l), and in 6/6 (100%) of serotypes 1+2 (1240±548 fmol/l). The HCV core antigen levels measured by this assay correlated well with the HCV RNA levels by COBAS v2.0 (r=0.848, P<0.0001). In relation to the outcome of interferon monotherapy, the pretreatment HCV core antigen levels of sustained and non‐sustained virological responders were 659±189 and 4904±376 fmol/l in serotype 1, 1993±740 and 3145±519 fmol/l in serotype 2. The cutoff values with the best accuracy for HCV core Ag levels to discriminate between sustained and non‐sustained virological response were 699 fmol/l for serotype 1 and 292 fmol/l for serotype 2, respectively, by receiver operating characteristic curve analysis. Conclusion: This new assay was considered to be useful in evaluating the HCV levels in patients with chronic hepatitis C.     

外周血液CEAmRNA基因表达与食管癌微转移关系的研究

目的探讨靶基因CEAmRNA在食管癌患者外周血中的表达及与肿瘤微转移的关系.方法应用巢式-反转录聚合酶链反应(Nested-RT-PCR)检测50例无远处转移、10例有远处转移的食管癌患者,10例食管良性病变和10例健康成人外周血中癌胚抗原CEAmRNA基因的表达.结果食管癌良性病变者和健康成人的外周血中均未检测出CEAmRNA阳性细胞.50例无远处转移、10例有远处转移的食管癌患者外周血中CEAmRNA阳性率分别为30.2%(16/50)、80.0%(8/10),P＜0.01;食管癌Ⅳ期与Ⅱa、Ⅱb、Ⅲ期者阳性率比较差异有显著性(P均＜0.01),而其他各期之间阳性率比较差异无显著性(P＞0.05);不同程度病理分化者间阳性率比较差异无显著性(P＞0.05).结论食管癌患者临床早期已有癌细胞微转移.应用Nested-RT-PCR检测外周血中CEAmRNA靶基因有助于早期诊断.