差异表达驱动的微阵列数据降维策略

目的探究差异表达驱动的微阵列数据之降维策略。方法本文提出permutation检验和99.99%的下单侧可信区间相结合的策略用于"维度粗筛",HotellingT2检验结合逐步筛选的策略用于寻求组间差异表达的"局部变量组合"。结果以"正常成年男子和精子运动能力低下者精子蛋白表达差异研究"之实例展示了该降维策略的实际应用效果,结果发现了"十个蛋白组合"在组间差异表达。结论本文提出差异表达驱动的微阵列数据降维策略是实用可行的。     

偏最小二乘法降维在微阵列数据判别分析中的应用

目的探讨微阵列数据的判别分析方法。方法首先采用偏最小二乘法对高维数据降维,然后再用Fisher’s线性判别。文中同时介绍了偏最小二乘法的基本原理、基本算法,讨论了成分数选择等问题,并以实际微阵列数据展示了其效果。结果偏最小二乘法降维不但实现了数据的可视化,而且取得了较好的后期判别效果。结论偏最小二乘法是一种新的实用的降维方法,可用于微阵列数据判别分析的前期降维。     

高维生物学数据两阶段组合降维策略研究

目的探讨高维生物学数据的多阶段组合降维策略。方法以微阵列数据的判别分析为例,采用实际数据和模拟数据相结合的方法,提出"初步选维→进一步降维"的两阶段组合降维策略,并与后续的"判别→验证"相结合,形成了"选维→降维→判别→验证"的判别分析思路。以后续判别分析的预测效果、预测结果的稳定性与敏感性等为指标,对2种单一降维(PCA,PLS)方法和4种组合降维方法(PCA+SIR、PCA+SAVE、PLS+SIR和PLS+SAVE)进行了考察。结果从判别模型的预测效果、预测结果的稳定性及敏感性来看,PLS优于PCA,PLS+SIR/SAVE的组合降维效果更佳。结论用t计分法选维,以"PLS+SIR/SAVE"法进行降维的两阶段组合降维策略,对于微阵列数据判别分析,是实用的、可行的。     

基因表达数据的随机森林逐步判别分析方法

目的给出一种新的随机森林算法,它能在建模过程中自动对变量进行筛选,建立“最优”判断模型。方法采用变量重要性评分和逐步迭代算法选择有作用的变量;通过实际基因表达数据考核其应用效果,并使用R语言编程做模拟试验验证其有效性。结果三种疾病基因表达数据的判别模型,在包含很少量的基因情况下便获得了理想的分类效果;模拟试验则显示在类间区分度较大的情况下,随机森林逐步判别分析的效果明显,能有效地将有作用的变量保留在模型中,提高模型的判别效果;在类间区分度不够大的情况下分类效果提高不明显。结论随机森林逐步判别分析可以有效地应用于基因表达数据的基因筛选和分类研究,但要特别注意由随机波动对分析结果造成的影响。     

微阵列数据的多重比较

目的 介绍阳性结果错误率（FDR）及相关控制方法在微阵列数据多重比较中的应用。方法 用BH、BL、BY和ALSU四种FDR控制程序比较了3226个基因在两组乳腺癌患者中的表达差异。结果 四个程序在各自实用的范围内均将FDR控制在0．05以下，检验效能由大到小的顺序为：ALSU〉BH〉BY〉BL。ALSU程序因引入m0的估计,更为合理。不仅提高了检验效能，同时又较好地控制了假阳性错误。结论 在微阵列数据的比较中必须考虑FDR的控制，同时又要考虑提高检验效能。多重比较中，控制FDR比控制总Ⅰ型错误率（FWER）检验效能高，且更为实用。     

DNA微阵列数据判别的旋转森林方法

目的探讨旋转森林算法在DNA微阵列数据分类中的应用。方法通过对四个经典基因表达数据的分析考察旋转森林的分类效果,并与其他分类器进行比较,进一步调整算法参数并研究其对分类效果产生的影响。结果旋转森林对基因表达数据有较高且稳定的分类准确性,除了线性变换方式和集成规模对分类性能影响较大,分类效果不随算法其他几个主要参数变化。结论旋转森林在基因表达谱数据分类中有较好的判别结果。     

错误发现率和q值及其微阵列数据分析的应用

目的 介绍微阵列数据多重假设检验中错误率的控制方法.方法 采用错误发现率和q值控制微阵列数据差别表达分析中的错误发现.结果 将错误发现率和q值应用到一个白血病微阵列数据差别表达分析中,分别识别出1 201个和1 494个差别表达基因.结论 相对传统的总体错误率,错误发现率更加适合于微阵列这种高维数据多重比较的错误控制;由于考虑了零假设信息,q值比错误发现率的效率更高.     

基于FlowJo软件生物信息学降维方法的小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析

目的:研究流式细胞术检测小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法,探索建立使用流式细胞术结合生物信息学分析小鼠造血干祖细胞的新方法,为实验血液学研究提供基础。方法:使用流式细胞仪进行小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析;使用FlowJo软件对造血干祖细胞结果应用t-分布邻域嵌入算法(t-distributed stochastic neighbor embedding,t SNE)、统一流形逼近与投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)和流式自组织特征映射(flow selforganizing feature map,FlowSOM)分析,并对分析结果进行比较,探索通过生物信息学降维方式分析小鼠造血干祖细胞流式结果的新方法。结果:t SNE、UMAP和FlowSOM分析可以通过降维直观地反映群体细胞的抗原表达水平,并对细胞进行分群和聚类。其分析结果与传统流式分析所得细胞群比例相符。结论:流式细胞术结合FlowJo软件建立的小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法可以很好地评价造血干祖细胞各群分布和比例,具有较好的稳定性和评价能力。     

浅谈医院信息系统数据的备份策略及方法

本文介绍了医院信息系统（HIS）中数据的备份策略和方法。通过对信息数据重要性的描述和数据备份策略及方法的介绍，提示系统管理员要注重数据的备份，并且要遵循一定的策略和采取一定的方法，有目的和预见性的进行数据的备份工作，以保证医院信息工作顺利进行。     

几种差异基因分析方法及筛选效果的比较

目的 比较六种差异基因筛选方法的使用效果及适用性.方法 用Monte-Carlo方法产生不同类型的模拟数据,分别用不同的方法计算、评价其优劣.结果 多数情况下SAM法和稳健t检验表现出了最优的筛选能力,SAM-ROC法则表现出更好的稳定性.结论 几种方法都能够有效地用于基因筛选,但各自的适应条件不同,综合看SAM法是基因筛选的首选方法,随机森林方法则具有较大的研究价值.     

有关芯片数据写作方面的基本思路

随着生物芯片技术在广大科研工作人员研究工作中的应用,在写作论文的时候,如何比较科学、直观地体现生物芯片实验的结果,是一些初步尝试利用芯     

数据压缩的一种快速实现技术

利用指针和双数据缓冲区法快速实现数据压缩的技术，并给出了应用实例。     

基于数据包络分析的医院绩效管理优化策略探讨

目的探究数据包络分析方法在医院临床科室效率评价中的应用,提出绩效管理优化策略。方法以北京市某三级综合医院39个临床科室为样本,用DRGs对住院服务产出进行风险调整,用径向模型对科室2018年-2019年技术效率进行静态测度,用全局参比Malmquist指数模型对科室两年中各月的全要素生产率及其分解构成变化进行动态测度。结果2018年-2019年仅有3个科室总体有效,全要素生产率总体呈上升趋势,主要由技术进步效应推动,结构效应贡献有限。结论数据包络分析在临床科室年度和月度效率评价中显示出技术优势和实用价值。据此提出绩效管理优化策略:基于DRGs进行风险调整;提高绩效管理的灵活性与适应性;提供客观、公正的效率评估视角;效率驱动绩效改进;正确运用测量方法。     

Application of Respondent Driven Sampling to Collect Baseline Data on FSWs and MSM for HIV Risk Reduction Interventions in Two Urban Centres in Papua New Guinea

The need to obtain unbiased information among hard–to-reach and hidden populations for behavioural and biological surveillance, epidemiological studies, and intervention program evaluations has led researchers to search for a suitable sampling method. One method that has been tested among IDU and MSM recently is respondent-driven sampling (RDS). We used RDS to conduct a behavioural survey among FSWs and MSM in two urban centres in Papua New Guinea (PNG). In this paper we present the lessons learned implementing RDS in a developing country setting. We also present comparisons of RDSAT-adjusted versus unadjusted crude estimates of some key socio-demographic indicators as well as comparisons between the estimates from RDS and a hypothetical time–location sample (TLS). Overall, the use of RDS among the MSM and FSWs in PNG had numerous advantages in terms of collecting a required sample size in a short time period, minimizing costs and maximising security for staff and respondents. Although there were a few problems these were easily remedied and we would recommend RDS for other similar studies in PNG and other developing countries.     

基于血液的频率特性来区分血栓与气肿

本文介绍了使用电桥测试仪、Agilent 4285A,测量从10头猪上抽取的正常状态下以及凝固状态下的血液样本,得出其电导率和相位差。同时测量正常细胞的红细胞比容(血液中血细胞占全血容积的百分比)。在低于800kHz的情况下,正常血液和凝固血液的电导率之差保持在4.3mS/cm,在高于800kHz时呈递减趋势。电导率差与红细胞比容无关联(相关系数=0.04)。在1MHz到2MHz的情况下,正常血液和凝固血液的相位差达到最大值。因此,在1MHz到2MHz的情况下的相位差就能分辨出血栓和气肿。