2004～2006年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的：了解江西省2004～2006年分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征。方法：采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果：2004年和2005年分离到的B型流感病毒均为B型的Yamagata系;2006年以Victoria系为优势株,但有Yamagata系的活动。9株Yamagata系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1014 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Shanghai/361/2002 HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为96.4%～97.3%,替换数在10～11个,所有毒株均在9个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在196位增加了一个糖基化位点。12株Victoria系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1017 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004的HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为98.4%～99.5%,替换数在2～4个,所有毒株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在197位增加了一个糖基化位点。结论：江西省2004～2006年Yamagata系B型流感病毒HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明Yamagata系B型流感病毒抗原性发生了改变。2006年Victoria系B型流感病毒HA1基因特性有所改变,疫苗仍有预防效果。     

浙江省乙型流感病毒HA1基因分析

目的：了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况。方法：采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定，并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取，采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定，用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理，并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果：分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒，两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入，糖基化位点没有太大改变。毒株之间核苷酸的同源性为95.25%，氨基酸的同源性为95.28%。Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp，推导的氨基酸序列长度为346个，氨基酸变异替换数在6-8之间；Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp，推导的氨基酸序列长度为347个，氨基酸变异替换数在2-8之间，相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺（N）。基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支。结论：浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒，病毒的基因发生了变异，抗原已发生漂移。2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株，预防保护效果不够理想，其余年份为同一谱系毒株，预防保护效果较好。     

2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。     

2008-2009年珠海市乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解珠海市2008-2009年乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法按照采样时间,选取珠海市2008-2009年每月用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的第1、2株乙型流感毒株共25株,没分离到毒株的月份不选,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA1基因片段,产物纯化测序,推导氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果 2008年珠海市乙型流感毒株在8月达到分离高峰,晚于A型流感毒株分离高峰时间7月,2009年其在4月达分离高峰,早于A型流感毒株分离高峰时间5月。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒。与北半球国际疫苗株B/Florida/4/2006 like-virus(GenBank序列号CY033876.1)相比,2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒HA1片段有7个氨基酸位点发生替换:分别是103 K→R,212D→N,其中08-1267、09-0233和09-0240毒株的218N→S,08-190毒株的123P→A、245S→G、270P→S,除08-190外另5株毒株的181N→Y、245S→D,氨基酸同源性高于97%。其中有2个参与构成抗原决定簇的氨基酸位点发生替换,没有发生病毒抗原漂移。Victoria系毒株与疫苗代表株的同源性低于89%。结论 2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒与疫苗代表株同源性极高,本年度的流感疫苗株对珠海市乙型流感病毒流行的防治起了一定作用。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,故本年度的流感疫苗株不能对珠海地区流行的乙型流感提供最佳保护。珠海市2008年乙型流感病毒流行时间较长,2009年流行高峰提前可能与此有关。     

2008年珠海市Victoria系B型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解2008年珠海市Victoria系B型流感病毒的HA1基因特性。方法采集珠海市流感样病例咽拭子样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用Mega、DNAStar、GeneDoc软件对测序结果进行分析。结果2008年分离到的4株Victoria系B型流感毒株通过基因进化树分析均在1个分支上,与同时段的疫苗株B／Malaysia／2506／2004的核苷酸同源性高达98．6％～99．1％。通过氨基酸分析发现,在HA1基因的第70～90位区域未发现氨基酸变异,而在110～210区域,均在134号位点发生丝氨酸到脯氨酸的替换,在165位有个别株出现了天冬酰胺到赖氨酸的替换。与B／Malaysia／2506／2004和B／Shenzhert／155／05比较,在199位出现了苏氨酸的替换,使毒株在197～199位上的氨基酸形成Asn—Glu—Thr的结果,导致在该处增加了1个潜在的糖基化位点。结论2008年珠海市人群中流行的Victoria系B型流感病毒与疫苗株B／Malaysia／2506／2004相比抗原性已经发生了变化。     

珠海市2011年连续发生5起乙型流感疫情的病毒HA1基因分析

目的分析珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感毒株HA1基因特性,阐述流感暴发的原因。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR扩增病毒HA基因并测定核苷酸序列,用ClustalX和MEGA4.1分析结果。结果珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感病毒属Victoria系,与2011年流感监测分离株2011C-IN-0056-7相比,没有核苷酸的丢失和插入,没有糖基化位点的改变,核苷酸同源性在97.3%以上,氨基酸有1~3个位点发生了变异,属于同一变异株。与2010-2011年北半球乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008相比较,核苷酸同源性在98.5%以上,氨基酸有1~4个位点发生变异,也属于同一变异株。结论引起本市流感连续暴发疫情的原因可能是本地流行株抗原漂移所致,与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸和氨基酸同源性都很高,吻合性较好,如果能够在儿童中普遍接种,应该能够起到很好的预防作用。     

2015-2016年唐山市流感病原学特征及B型流感病毒HA基因进化分析

目的了解2015-2016年唐山市流感流行季节的流感病原学特征,并对B型流感病毒HA基因进行进化分析,为制定有效防治措施提供科学依据。方法采集哨点医院流感样病例咽拭子标本,采用实时荧光PCR检测流感病毒RNA,并对3株B型流感病毒进行扩增测序分析。结果 2015-2016年采集的1 391例患者的标本中检出阳性275例,检出率为19.77%,其中B型147例,H3N2亚型102例,新甲H1N1亚型26例。流感季峰值出现在2016年第2周和第13周。监测的流感样病例以5～14岁病毒检出率最高,为28.94%。HA基因进化分析显示,唐山市B型流感病毒分为B/Victoria和B/Yamagata两大谱系,其中2株B/Victoria属于进化1A分支,1株B/Yamagata属于进化3分支,与WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008相比B/Victoria系毒株最具代表性的氨基酸替换发生在I117V和N129D(1A分支),与疫苗株B/Phuket/3073/2013(B/Yamagata 3分支)相比B/Yamagata有3个位点发生替换。结论 2015-2016年唐山市流感流行季节流感的流行主要以B型流感病毒为主,并有明显的季节性,主要易感人群为儿童。应加强对流感病毒的监控并积极推广疫苗的接种。2015-2016年唐山市B型流感毒株发生明显变异,连续的分子学监测对该市的疫苗接种政策有重要意义。     

南京某小学一起流感样暴发疫情实验室检测及流感病毒HA1基因特性分析

目的 了解2015年1月南京市某小学一起流感暴发疫情致病流感病毒HA1基因的序列特征和变异特点,分析现有的流感疫苗株对人体的保护情况。 方法 对此次疫情采集的咽拭子标本采用荧光定量PCR对所提核酸进行甲型/乙型流感病毒的检测,阳性核酸进一步分型检测。阳性咽拭子使用MDCK细胞进行病毒分离,阳性病毒培养液提取核酸, RT-PCR扩增HA1基因片段并测序。序列分析使用MEGA 5.2软件邻接法构建系统进化树。 结果 经荧光定量PCR鉴定,采集的10例病例咽拭子中,5例为B型 Yamagata系流感病毒阳性。所分离的毒株间HA1的核苷酸同源性为100%;与2015年度国内外疫苗推荐株高度同源,序列相似性达99.5%以上。与国内外疫苗株相比多个位点发生了氨基酸突变, 其中,D196N和R141G位于抗原决定簇; 196位增加了一个糖基化位点。 结论 此次疫情流行的B型Yamagata系流感流行株与同年度国内外疫苗株HA1基因同源性高,疫苗有很好的保护作用,建议在校学生主动接种预防; HA1 区域的氨基酸变异涉及抗原决定簇,需加强监测。     

2014 - 2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析

目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。     

2008-2012年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析

摘要:目的　了解2008-2012年江西省分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征。方法　采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录－聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、Mage对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果　10株Yamagata系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.5%～100.0%,14株Victoria系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.0%～99.9%。我省2008年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2009-2011年分离的Victoria系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2012年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有1～4个变异,其中最多只有1个变异位于抗原决定簇。结论　2008-2012年江西省B型流感HA1基因未发生明显变异,WHO推荐的B型流感疫苗株对我省流行的B型流感具有保护作用。     

2006年～2010年无锡地区乙型流感病毒HA基因特性分析

目的：了解无锡地区2006年～2010年流行的乙型流感病毒HA基因变异特点及种系进化分布。方法：取哨点医院送检的疑似流感标本,经MDCK细胞培养、血清鉴定为乙型流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录聚合酶链式反应扩增,产物经纯化后,进行血凝素基因HA区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用Bioedit和MEGA version 4.0分析软件进行基因种系进化特性分析。结果：2006年Victoria系毒株为主要优势流行株,2007～2010年Yamagata系和Victoria系同时流行。2010年Victoria系在第163位、174位、203位、269位氨基酸分别转换为Y-C、G-E、Y-G、P-L;2010年Yamagata系在第84位、133位、182位、357位、363位、369位有氨基酸的转换,分别位于G-D、T-D、G-E、L-P、N-Y、K-P。结论：2010年无锡地区人群中流行的乙型流感病毒Yamagata系和Victoria系基因位点有一定的替换,抗原已发生漂移,但不会引起大的流行。     

2007～2008年流感监测季北京地区H3N2亚型流感病毒抗原性与HA1基因特性分析

目的:了解2007~2008年流感监测季北京地区分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素基因变异情况。方法:选取2007~2008年流感监测季中分离的首株H3N2亚型毒株及其后不同时间、不同地点共9株毒株,通过单向血凝抑制试验进行抗原性分析;测定血凝素基因的HA1区核苷酸序列并推导出其氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果:与我国代表株A/江西/东湖/312/2006本身的血凝抑制效价相比,9株病毒中3株有4倍及以上差异。HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,有部分毒株的氨基酸发生下述替换:3 L→F、53 D→N、57 Q→H、157 L→S、158 K→R、171 N→K、173 K→N、182 V→I、194P→L、261 R→Q、272 A→V、291 N→D、299 K→R;其中53、157、158、171、173、194位氨基酸位于抗原决定簇。结论:北京地区2007~2008年流感监测季分离的H3N2亚型流感病毒有部分毒株已发生抗原性及基因特性的改变。     

天津市2007-2010年流感监测及H3亚型毒株HA1基因特性分析

目的 了解2007-2010年天津市流感流行特点及季节性流感H3N2亚型HA1基因变异特性.方法 采用MDCK细胞培养法分离流感病毒,选取14株H3亚型流感毒株进行RT-PCR扩增HA1片段,产物纯化后进行核苷酸序列测定,测定结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树.结果 采集咽拭子标本4220份,分...     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

浙江省2006年柯萨奇B3病毒VP1基因分析

目的：研究2006年浙江省无菌性脑膜炎的病原柯萨奇B3（CoxB3）分离株（Zhejiang／52／06）的VP1基因特征。方法：采用RD、Hep-2细胞对患者脑脊液和粪便标本进行病毒分离，逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增病毒VP1基因并进行序列测定，用BioEdit等软件分析处理。结果：浙江省柯萨奇B3分离株的VP1基因852个核苷酸，编码281个氨基酸，与北京、哈尔滨的CoxB3分离株核苷酸同源性在79．1％～79．2％，与欧美国家分离株的核苷酸同源性在78．5％～81，7％，与乌兹别克斯坦分离株核苷酸同源性为82．7％。进化树分析显示，浙江省柯萨奇B3分离株（Zhejiang／52／06）与B3／Uzbekistart／99、B3／Germany／PD00分离株亲缘关系最近。结论：柯萨奇B3分离株的变异特征及亲缘进化，分析对无菌性脑膜炎的流行病学研究具有重要意义。