加快推进基于高通量测序技术的实验室自建检测在肿瘤诊疗中的应用

高通量测序技术在肿瘤诊疗中具有重要价值, 临床对其需求日益迫切, 但目前实验室开展相关检测项目仍存在许多问题和挑战。近年来, 我国逐步开始实验室自建方法的实践, 这将成为高通量测序技术在肿瘤诊疗中规范化应用的重要途径。本文从临床需要、自行研制和正确使用3个方面, 探讨了基于高通量测序技术的自建检测在肿瘤诊疗中规范化应用的关键点。     

上海市临床检验中心召开上海地区高通量测序试点单位运行情况专题研讨会

正为了规范高通量测序在临床检测中的应用,自2014年12月起国家卫生和计划生育委员会先后发布了遗传病、肿瘤及产前筛查高通量测序技术临床试点名单,上海共有包括瑞金医院、中山医院、仁济医院等11家试点单位。为了及时了解上海地区11家试点单位的运行情况,上海市临床检验中心进行了调研工作。通过调研发现试点实验室在运行过程中普遍存在一些困惑及问题。为了更好地解决这些问     

病原体宏基因组高通量测序医院实验室本地化之路：现状和挑战

病原体宏基因组高通量测序（mNGS）检测流程高度复杂,对环境、设备和人员技术能力要求高。如何在本地化有序发展、规范管理及合理使用mNGS技术,是从业者必须审慎对待的科学课题。本文对mNGS医院实验室本地化系统的建立模式,检测系统的分析性能确认,来自生物因子、检测流程、生物信息学分析及信息传输的风险管理,以及适用于临床的...     

下一代测序(NGS)技术的发展及在肿瘤研究的应用

下一代测序(next-generation sequencing,NGS)由于高灵敏度、高通量、高度自动化等特性,近年来在疾病的研究和诊断治疗中越来越多地被应用.下一代测序技术的发展为肿瘤分子生物学的研究提供了新的手段.本文就下一代测序技术的种类、特点、发展趋势及其在肿瘤研究中的应用作简要的综述.     

妇科恶性肿瘤基因检测、靶向治疗及免疫治疗现状

<正>随着基因组学、蛋白质组学和高通量测序等新技术的发展与应用,对肿瘤进行精准基因诊断、靶向治疗和免疫治疗成为肿瘤诊疗的新模式。尤其是抗血管生成药物和免疫检查点抑制剂在肿瘤治疗应用上取得了突破性进展,其应用于晚期/复发妇科肿瘤患者亦具有一定的疗效。本文就妇科恶性肿瘤的基因检测、靶向治疗及免疫治疗的现状及进展进行概述。1基因检测技术在妇科恶性肿瘤中应用1.1基因检测技术及其发展常用基因检测技术主要分为：(1)一代测序技术（sanger测序）：其测序过程操作简便,价格低廉,可靠性好,目前应用广泛。     

呼吸道病原体检测平台应用进展

呼吸道感染(RTIs)是临床感染性疾病的主要死因。随着医学技术的高速发展,呼吸道病原体检测技术取得了巨大进展,其中高通量测序技术平台在呼吸道罕见病原体诊断中发挥了重要作用。该文基于传统病原体检测技术、生物芯片技术以及二代测序技术,结合呼吸道病原体检测平台的应用,从技术原理、临床应用展开述评,以期为呼吸道病原体高通量检测的临床实践提供参考。     

血浆游离DNA高通量测序用于21-三体综合征无创产前检测

目的初步探讨高通量测序技术检测孕母血浆游离DNA用于21-三体综合征(T-21S)胎儿产前诊断的可行性。方法收集10例T-21S胎儿的孕母血浆和100例健康胎儿孕母血浆(均经过羊水细胞G显带核型确认),分别作为T-21S组和健康对照组,用高通量测序技术对两组标本进行检测,数据经生物信息学统计分析,并将两组测序结果与羊水细胞染色体核型结果比较,评价高通量测序技术的检测效果。结果 10例T-21S组和99例健康对照组的测序结果与羊水细胞染色体核型结果符合率为100%,另1例健康孕妇血浆因胎儿DNA浓度较低未达到检测要求。结论孕母血浆游离DNA高通量测序检测技术用于T-21S胎儿产前诊断具有无创伤、高通量、高准确率等优点,有重要的临床应用价值。     

高通量测序技术在新生儿地中海贫血基因筛查中的应用

目的分析高通量测序技术在新生儿地中海贫血基因筛查中的检测效能。方法选取2018年9月-2019年6月在我院接受孕前检查的627例孕妇作为本次对照实验的研究对象,均对其使用高通量测序技术及常规筛查两种方法进行地中海贫血基因筛查,详细记录两种筛查方法的检测效能。结果在627例接受孕前检查的孕妇中,通过多种方法学检测,地中海贫血基因阳性检出219例,占比34.92%,219例阳性孕妇中,α-地贫基因者135例,占比61.64%,β-地贫基因74例,占比33.78%,α合并β地贫基因10例,占比4.56%。通过对219例孕妇采用高通量测序技术进行检测,准确检测出217例,误诊2例,准确率99.08%;而对孕妇实施规筛查,准确检测出168例,准确率76.71%。由此可见,高通量测序技术的检查准确率较高,且明显高于常规筛查,数据间差异具有明显可比性(P<0.05)。结论通过使用高通量测序技术来对产前孕妇进行地中海贫血基因进行筛查,准确率高,为孕妇提供优生优育咨询,防止出生缺陷等方面具有重要意义。     

罕见病实验室诊断技术的进展

罕见病是一类单病种发病率很低、病情严重、进展迅速的疾病,对其早期诊断能够有效延缓病程,提高患儿生存质量.随着高通量测序技术的普及、第3代测序技术的逐步完善以及多组学研究技术的进步,罕见病的实验室诊断方法不断多样化、高效化,通过整合高速更新的大数据,选择性结合细胞遗传学及分子遗传学方法,同时灵活运用生化检测指标等,将有效...     

生物芯片技术在临床诊断中的应用

生物芯片技术是建立在杂交测序基本理论上的分子生物学技术 ,其突出特点在于高度平行性、多样性、微型化和自动化 ,在医学诊断中显示出了及其广阔的应用价值。目前在遗传病、肿瘤疾病、艾滋病及其它一些疑难病的诊断中取得了重大突破 ,且已有用于临床诊断的生物芯片问世 ,在未来的医学领域和实验室工作中必将发挥越来越重要的作用     

高通量测序技术在肿瘤精准诊疗中的临床应用

高通量测序技术与传统的基因检测技术相比, 实现了多样本、多位点、多变异类型的大规模平行检测, 在提供临床诊疗信息的同时还能挖掘大量具有研究价值的信息, 其在临床的应用范围日益广泛。另一方面, 基于基础研究的不断深入, 医药产业的转化产出也逐渐加大, 靶向治疗、免疫治疗等新型方式将肿瘤带入"个体化精准诊疗"时代, 从病种管理逐渐发展到基因管理, 以患者基因组大数据为核心, 实现疾病的分类、诊断、治疗与预后方案的制定, 因此基因检测在整个肿瘤的管理过程中占据了不可替代的重要作用。目前, 高通量测序在肿瘤临床应用中涉及了靶向治疗、辅助诊断、评估预后、复发或耐药监测等诸多方面, 本文对以上各方面的临床实践现状和进展进行详细介绍。     

高通量测序技术在尿路感染及腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的价值

目的比较尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎患者采用高通量测序技术、常规培养法对病原体的检出情况,探讨高通量测序技术在尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的应用价值。方法收集77例尿路感染患者中段尿标本,36例腹膜透析相关腹膜炎患者透析流出液标本,分别应用高通量测序技术、常规培养法进行检测,记录病原体检出率及病原体分布情况,以培养法为金标准,计算高通量测序法对病原体检测的灵敏度。结果77例尿路感染患者中,高通量测序法检出病原体70例(90.9%),共分离出病原体169株;培养法检出病原体27例(35.1%),共分离出病原体27株;以培养法为金标准,高通量测序法对尿路感染患者病原体检出的灵敏度为96.3%。36例腹膜透析相关腹膜炎患者中,高通量测序法检出病原体28例(77.8%),共分离出病原体39株,培养法检出病原体11例(30.6%),共分离出病原体11株;以培养法为金标准,高通量测序法对腹膜透析相关腹膜炎患者病原体检出的灵敏度为72.7%。结论对尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎患者,采用高通量测序技术检出的病原体株数多于培养法,可作为培养法的有效补充。     

高通量测序技术检测支气管肺泡灌洗液在婴幼儿肺炎病原学诊断中的价值

目的探讨高通量测序技术检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)在婴幼儿细菌性肺炎病原学诊断的临床应用价值。方法 43例重症或疑难细菌性肺炎婴幼儿均行纤维支气管镜检查,收集BALF,分别进行高通量测序细菌检测和普通细菌培养,比较2种检测方法的细菌检出率和敏感度。结果高通量测序法检出细菌39例(肺炎链球菌17例,非典型细菌6例,嗜血杆菌属5例,鲍特菌4例,其他细菌7例),未检出细菌4例;细菌培养法细菌培养阳性9例,阴性34例;高通量测序法细菌检出率(90.7%)和敏感度(90.7%)均高于细菌培养法(20.9%、20.9%)(P0.05)。结论高通量测序技术检测BALF在婴幼儿重症或疑难细菌性肺炎病原体诊断的敏感度高。     

生物芯片技术及其临床应用进展

生物芯片技术是建立在杂交测序基本理论上的分子生物学技术,其突出特点在于高度平行性、多样性、微型化和自动化,已在医学诊断中显示出了及其广阔的应用价值。目前已在遗传病,肿瘤疾病,爱滋病及其他一些难疑病的诊断中取得了重大突破,且已有用于临床诊断的生物芯片问世,在未来的医学领域和实验室工作中必将发挥越来越重要的作用。     

高通量乙型肝炎病毒YMDD突变区焦磷酸测序方法的建立及其可靠性研究

目的 建立基于焦磷酸测序技术的高通量的乙型肝炎病毒YMDD突变临床检测方法。方法 应用专用的YMDD突变区域的扩增引物，经PCR扩增及磁珠分离，制备YMDD区焦磷酸测序单链模板，并在PSQ96A焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序，应用标准的YMDD区突变质粒作为阳性对照模板和标准品，观察批量分析的可靠性并初步批量检定90例临床血清标本。结果 建立了基于焦磷酸测序技术的YMDD突变检测平台，实现了临床血清标本的高通量检测。能一次获得90人份的YMDD突变临床检测结果。经标准的YMDD突变质粒及血清标本的重复性及可靠性检测，质粒标准品的突变检出率及重复率均达100％，而血清标本达98．8％。结论 本方法可准确．高通量、快速检测YMDD区突变，特别适宜临床批量检测需要。     

肿瘤突变负荷检测一致性评价

目的 使用肿瘤突变负荷(TMB)检测国家参考品,评价基于高通量测序法的肿瘤突变负荷检测试剂盒的TMB检测一致性.方法 使用TMB检测试剂盒(可逆末端终止测序法)检测肿瘤突变负荷检测国家参考品中11对来自肿瘤组织永生化的细胞系和配对白细胞永生化的细胞系.首先将DNA打断,进行末端修复、加接头和PCR扩增等步骤后构建文库;...     

p53基因突变检测方法的演进和趋势

p53基因是肿瘤蛋白P53 (tumor protein p53)的编码基因,在维持基因组稳定、调控细胞周期和凋亡及抑制肿瘤血管生成中发挥着重要的作用.p53基因突变信息在肿瘤分子筛查诊断、预防、药物疗法选择等方面具有重要的参考价值.本文分析了p53基因与P53蛋白突变检测的重要性、突变检测方法的发展概况,如传统的DNA测序、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)、单链构像多态性(single-stranded conformation polymorphism,SSCP)等8类实验室常规基因突变检测策略及酵母中分离的等位基因功能分析技术(separation of gene function analysis in yeast,FASAY),近年来新兴的技术包括生物传感器、芯片、高分辨率溶解曲线(high resolution melting,HRM),及下一代测序技术,以期较为全面地展示现今p53及P53突变检测的整体情况,为p53或其他基因突变研究者选择突变检测方法提供参考.     

高通量测序技术筛查单基因隐性遗传病

目的探讨用高通量测序技术筛查新生儿单基因隐性遗传病,评估其用于孕前筛查或产前诊断的可行性。方法用目标基因筛选和高通量测序分析法分别对非孕妇的血液基因组DNA和孕妇的血浆游离DNA样本进行400多种遗传病相关基因的全面筛查分析。结果用高通量测序技术成功地在非孕妇的血液中检测出相关的致病基因,并在疑似地中海贫血患者的基因组中发现了导致地中海贫血症的致病突变基因HBB(chr11:5246595 C/G);成功地从孕妇血浆游离DNA检测出来自胎儿的遗传病相关致病基因突变,平均每个样本中有1~4个突变,基因型为杂合型。结论高通量测序技术可用于隐性基因携带者的孕前筛查及产前诊断。     

染色体病的分子诊断

染色体数目或者结构的异常是导致染色体病的物质基础。随着人类基因组计划(HGP)的成功完成以及结构基因组学、功能基因组学等学科的发展,高通量测序、PCR技术、生命科学领域的基因芯片技术与生物信息学技术相结合,使染色体病的研究日益深入,染色体病的检测方法也日益增多。新的分子诊断技术以其高灵敏度、高准确性和高通量的特点在染色体疾病的检验和诊断中应用越来越广泛,目前已逐步与传统的细胞遗传学分析相互结合、互为印证,共同实现对染色体疾病的实验室诊断。该文就染色体病的分子诊断技术及临床应用进行述评。     

高通量测序技术检测T&B细胞CDR3受体库在临床中的应用

高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学以及医学领域的研究提供了前所未有的机遇,在此基础上与临床疾病诊断、预后评估以及基因靶向治疗相结合,可提高临床诊断和治疗、方便监测疾病进展。本文将对高通量测序技术检测T&B淋巴细胞CDR3受体库在临床中的应用进行简要综述。