16S rRNA基因和ERIC指纹图谱技术对溃疡性结肠炎肠道菌群的分析研究

溃疡性结肠炎是一种反复发作、病因和发病机制尚不十分明确的慢性非特异性炎症性肠病。肠道菌群的变化在其发病中起重要作用。随着微生态学及分子生物学发展,以16SrRNA、肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)为基础的PCR扩增技术已经应用于溃疡性结肠炎肠道菌群的分析。本文就近年来16S rRNA和ERIC指纹图谱技术对溃疡性结肠炎肠道菌群的分析研究进展作一综述。     

抑郁、焦虑状态人群的肠道菌群构成

目的:探讨抑郁、焦虑状态人群与健康人群肠道菌群组成的差异.方法:选择2017年5月至2018年4月复旦大学附属中山医院全科和心理门诊收治的237例就诊者,根据抑郁症筛查量表(patien health questionnare,PHQ-9)和广泛性焦虑障碍量表(generalized anxiexy disorde-7...     

应用16SrRNA荧光定量PCR技术研究β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群的影响

目的：探讨β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群的影响。方法选取0～1岁婴儿,应用16S rRNA 荧光定量 PCR技术,分别测定β-内酰胺类抗菌药物使用前,使用第3 d、5天时,及治愈后第7天粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌、大肠杆菌的水平。结果使用过β-内酰胺类抗菌药物者粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌和肠球菌的数量与未使用者比较,差异无统计学意义（P ＞0．05）。粪便双歧杆菌、乳酸杆菌含量随治疗时间的延长而增加,差异有统计学意义（P ＜0．05）。未使用抗菌药物的患儿肠道双歧杆菌和乳酸杆菌的恢复明显快于使用过抗菌药物的患儿,差异有统计学意义（P ＜0．05）。结论β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群有普遍的杀灭作用,对婴儿肠道菌群改变的影响是轻微的。β-内酰胺类抗菌药物的使用会延迟患儿肠道微生态的恢复,但若合理使用对疾病的治疗有积极作用。     

16S rRNA及相关技术用于临床细菌鉴定的研究进展

<正>快速、准确地鉴定细菌是临床微生物学最基本的任务,传统的细菌鉴定方法依赖于直接涂片检查、纯培养,从表型特征方面加以鉴定。该方法繁琐、费时,主要又依赖于专业人员的经验和专业知识。随着核酸技术发展,16SrRNA序列测定被用于细菌分型鉴定,还可用于发现和描述新的细菌种类,尤其是表型鉴定难于确定的细菌。随着细菌基因组研究的进展,利用分子生物学对细菌进行鉴定已初步应用于临床,包括16S     

脓毒症患者肠道菌群多样性和结构变化分析北大核心CSCD

目的探讨脓毒症患者发病过程中肠道菌群多样性和结构变化情况。方法对2015年11月至2016年3月期间于北京市多家三甲医院急诊科就诊并符合Sepsis3.0诊断标准的脓毒症患者25例和同时期30例非脓毒症患者的粪便样本进行检测,利用16S rRNA(16S ribosomal RNA)测序技术对肠道菌群进行测序,使用Uparse、Qiime、R及LEfSe软件等分析菌群多样性及其结构变化。结果脓毒症组和非脓毒症组患者在性别、年龄以及慢性基础疾病方面比较差异无统计学意义。两组在肠道菌群多样性方面比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组在肠道菌群结构方面比较,差异有统计学意义(P<0.05),即脓毒症组患者肠道菌群中Negativicutes纲、Selenomonadales目、Veillonellaceae科、Lachnospiraceae科、Faecalibacterium属、Hafnia属、Lachnoclostridium属、Blautia属及Ruminococcus种的菌群丰度明显降低;而Bacilli纲、Coriobacteriia纲、Lactobacillales目、Coriobacteriales目、Clostridiaceae科、Coriobacteriaceae科、Clostridium_sensu_stricto属、Collinsella属及Collinsella_aerofaciens种的菌群丰度明显增加。结论脓毒症组与非脓毒症组患者相比较,肠道菌群多样性无改变;而脓毒症组的患者存在肠道菌群组成结构改变。     

基于16S rDNA检测的肠道菌群移植对慢传输型便秘的作用研究

目的 通过16S rDNA检测技术探讨慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群特点以及肠道菌群移植(FMT)的作用。方法 选取30例STC患者作为STC组,给予2个疗程的规范化FMT治疗;选取同期20例健康成年人作为对照组。采用粪便16S rDNA测序技术对STC组和对照组肠道菌群进行比较,并对STC患者实施FMT前后的肠道菌群进行比较。结果 与对照组相比,STC组肠道菌群多样性降低,厚壁菌门相对丰度降低,而变形菌门和梭杆菌门相对丰度升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。经FMT治疗后,功能性便秘患者菌群多样性升高,差异有统计学意义(P<0.05);在门水平上,STC患者实施FMT后拟杆菌门和梭状菌门相对丰度降低,而厚壁菌门和变形菌门相对丰度升高,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组胃肠生活质量评分(GIQLI)、Wexner便秘评分均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组抑郁自评量表(SDS)评分、焦虑自评量表(SAS)评分、匹兹堡睡眠质量评分(PSQI)均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 STC患者肠道菌群易发...     

16SrRNA基因和ERIC指纹图谱技术对溃疡性结肠炎肠道茵群的分析研究

溃疡性结肠炎是一种反复发作、病因和发病机制尚不十分明确的慢性非特异性炎症性肠病。肠道菌群的变化在其发病中起重要作用。随着微生态学及分子生物学发展,以16SrRNA、肠道细菌基因间重复序列（enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC）为基础的PCR扩增技术已经应用于溃疡性结肠炎肠道菌群的分析。本文就近年来16SrRNA和ERIC指纹图谱技术对溃疡性结肠炎肠道菌群的分析研究进展作一综述。     

用16S rRNA基因克隆文库研究腹泻粪便中菌群分布

目的 建立16S rRNA基因克隆文库分析菌群的方法,用于临床标本菌群分布的检测.方法 临床标本直接提取核酸,用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16s rRNA基因克隆文库,序列与数据库进行比对分析.结果 通过16S rRNA基因克隆文库分析,腹泻标本中检出4种细菌,脆弱拟杆菌为绝对优势菌,占91%;腹泻恢复后的粪便标本中菌群呈多样性,检出12种确定种属的细菌,其中脆弱拟杆菌占14%.结论 16S rRNA基因克隆文库是一种较好地研究粪便标本菌群的方法,可直接进行粪便标本的菌群分析和研究各种细菌在腹泻中的作用.     

不同病理类型阑尾炎儿童患者的肠道菌群多样性分析

目的 从分子生物学角度初步探究儿童患者不同阑尾炎病理类型的阑尾内容物菌群结构特征,为全面认识儿童阑尾炎病原菌提供新的视角。方法 依据手术组织病理分组,将收治的儿童阑尾炎患者分为单纯性阑尾炎组（n=6）和化脓性阑尾炎组（n=6）,收集阑尾内容物DNA,对细菌rRNA基因序列V3-V4高变区扩增,用Illumina Nova测序,聚类分析两组菌群结构、丰度和多样性。结果 两组间Alpha多样性分析,差异有统计学意义（P <0.05）,菌群丰度比较R=0.34,差异有统计学意义（P <0.05）。两组阑尾组织内容物在目、科、属、种水平有差异。在属水平单纯性阑尾炎组粪杆菌属、直肠真杆菌属居多,化脓性阑尾炎组嗜胆菌属居多。结论 通过对儿童阑尾炎患者不同病理类型阑尾内容物菌群的多样性分析,可发现单纯性阑尾炎和化脓性阑尾炎在菌群丰度和多样性上存在差异,为临床阑尾炎组织病原学研究提供新的思路。     

重症监护室肺部感染患者肠道菌群特征分析

目的 探究重症监护室(ICU)肺部感染患者的肠道菌群特征,为肺部感染的危重症患者微生态靶向治疗提供借鉴。方法 收集2021年3-9月入住重庆高新区人民医院ICU的肺部感染患者粪便样本78例,ICU非肺部感染患者粪便样本22例,健康人群的粪便样本40例,采用16S rRNA测序技术对粪便菌群进行检测鉴定,通过生物信息学方法比较并分析ICU肺部感染患者肠道菌群结构特征。结果 ICU肺部感染患者的肠道微生物与健康人群相比,alpha多样性显著降低。ICU肺部感染患者肠道菌群以厚壁菌门、拟杆菌门、普雷沃菌属和拟杆菌属为主。处于极度失调(单一菌群丰度>50%)的ICU肺部感染患者的肠道菌群主要富集了普雷沃菌属、拟杆菌属、肠球菌和埃希菌等细菌。LEfSe分析提示,疣微菌科是ICU肺部感染患者肠道菌群中的标志性微生物。ICU肺部感染患者与健康人群相比,糖类和氨基酸代谢通路有所降低。另外,患者年龄结构、体质量指数、急性生理与慢性健康评分系统Ⅱ评分和住院时间与部分肠道菌群存在紧密联系。结论 ICU肺部感染患者与健康人群相比,肠道菌群多样性显著降低。ICU肺部感染患者中肠道菌群极度失调者,可能由于感...     

健康女性与子宫内膜异位症患者肠道菌群微生物组学研究

目的 探讨卵巢子宫内膜异位症、深部浸润型子宫内膜异位症患者与健康女性肠道菌群的差异并进行功能预测分析.方法 收取2019-2020年期间卵巢子宫内膜异位症患者(OE组,n=14)、深部浸润型子宫内膜异位症患者(DIE组,n=12)及健康女性(Control组,n=10)的粪便,通过16S rRNA扩增技术对菌群V3-V...     

基于高通量测序分析孤独症谱系障碍儿童肠道菌群的构成变化

目的 探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童肠道菌群的变化.方法 收集35例ASD患儿(ASD组)和35名体检健康儿童(正常对照组)粪便样本,提取基因组DNA,用Illumina测序平台进行测序分析,确定群体的肠道菌群特征.结果 ASD组与正常对照组的肠道菌群结构存在差异.在门水平上,ASD组与正常对照组优势菌门厚壁菌门、拟...     

肠道菌群与支气管哮喘发病相关机制研究进展

支气管哮喘是由多种细胞和细胞组分参与的气道慢性炎症性疾病.自"卫生假说"提出并随着哮喘发病机制研究的不断深入,肠道菌群与哮喘的相关性以及肠道菌群影响哮喘发病的相关机制成为研究热点.肠道菌群影响哮喘发病的机制复杂,尚未完全阐明,目前研究主要包括:肠道菌群通过影响机体免疫耐受、免疫细胞的分化成熟和组织特异性归巢,通过其代谢...     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株(共9种4组)分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株(共41种)分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

广谱抗生素对大鼠肠道菌群多样性影响的16S rDNA基因测序研究

目的探讨基于16SrDNA基因测序技术的广谱抗生素对大鼠肠道菌群多样性的影响。方法将24只Wistar大鼠随机分为一次应用抗生素组、多次应用抗生素组和对照组,每组8只。取用药前和用药结束后大鼠粪便做16SrDNA基因测序分析,比较各组大鼠用药前后肠道菌群多样性的变化。结果一次及多次应用抗生素组大鼠的肠道菌群种类多样性指数Chao1、ACE、Shannon用药后较用药前降低,Simpson指数用药后较用药前升高,差异均有统计学意义（t=5.3~12.7,P〈0.05）。多次应用抗生素组大鼠肠道菌群用药前后的变化与一次应用抗生素组相比,多样性指数Chao1、ACE、Shannon降低幅度更明显,Simpson指数升高幅度也更明显（t=4.1~5.7,P〈0.05）。对照组大鼠肠道菌群多样性指数Chao1、ACE、Shannon及Simpson用药前后变化均无统计学意义（P〉0.05）。结论广谱抗生素可显著降低大鼠肠道菌群多样性,且用药时间越长,其降低幅度越明显。     

16S rRNA基因序列在分析杆菌分类鉴定的研究进展

16S rRNA基因序列高度保守,其核苷酸位点的变化具有种的特异性,用分子生物学技术分析16S rRNA基因,能够将分枝杆菌鉴定到种的水平。本文就用16S rRNA基因进行PCR扩增、DNA直接测序、限制性酶切片段长度多态性（RFLP）分析、DNA探针杂交来鉴定分枝杆菌进行综述。     

银屑病患者肠道菌群多样性分析:单中心前瞻性研究

  目的  探讨银屑病患者与健康人群肠道菌群多样性的差异。  方法  收集2017年5月至2018年6月间在中国医学科学院皮肤病研究所住院治疗的银屑病患者(银屑病组)及同期本院健康体检人群(健康组)的新鲜粪便标本, 分析受试者相关临床资料。提取肠道菌群DNA, 采用16S rDNA基因扩增和Illumina平台双端2×300策略测序, 基于Gold数据库按＞97%的相似性聚类操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU), 对照Silva数据库进行物种注释及分类, 各层级样本采用轶和检验分析物种差异; QIIME软件计算α多样性主要指数、β多样性分析, t检验分析指数差异, P＜0.05为差异有统计学意义。相关研究结果通过R及GraphPad Prism作图展示。  结果  符合入选和排除标准的11例银屑病患者及21例健康对照者入选本研究, 两组研究对象的性别构成比、年龄和体质量指数无统计学差异(P均＞0.05)。DNA测序分析显示样本测序覆盖深度>0.99。银屑病组肠道菌群的OTU数量(278.18±89.75比722.95±152.81, t=10.36, P＜0.01)、赵氏指数(433.38±147.47比1156.08±292.50, t=9.291, P＜0.01)、香农指数(3.56±0.87比5.73±0.78, t=6.972, P＜0.01)和辛普森指数(0.79±0.15比0.94±0.04, t=3.287, P＜0.01)均显著低于健康组。Rank-Abundance曲线显示银屑病组肠道菌群均匀程度较低。PCoA分析(unweighted)显示银屑病组与健康组在第一主成分(24.35%)可显著分离, Weighted UniFrac分析可见银屑病组混杂在健康样本中无法区分, 且与银屑病亚型无关。样本聚类分析显示, 银屑病组肠道菌群与健康组有一定重叠性, 银屑病样本特异性菌群少; 在门层级, 健康组中可检测到TM7, 相对丰度为0.000 066 9(0.000 033 4~0.000 200 5), 而银屑病组仅在个别样本中显示有微量存在, 相对丰度为0(P＜0.05);在属层级, 银屑病组双歧杆菌属[0.000 033 4(0.000 016 7~0.000 100 3)比0.000 401 1(0.000 200 5~0.001 337 0)]、布劳特氏菌属[0.000 467 9(0.000 183 8~0.000 434 5)比0.002 206 0(0.000 935 9~0.005 582 0)]、粪球菌属[0.000 033 4(0~0.000 401 1)比0.000 902 5(0.000 334 2~0.005 315 0)]较健康组显著降低, 健康组中的戴阿利斯特杆菌属和嗜血菌属仅在银屑病组个别样本中微量存在, 克雷伯氏杆菌属在健康组和银屑病组个别样本中存在, 但在银屑病组的相对丰度更低, 接近0(P均＜0.05)。个体样本高丰度菌群分析显示, 银屑病组个别样本中多糖及短链脂肪酸代谢相关菌群的相对丰度降低。  结论  银屑病患者肠道菌群多样性低于健康人群。