杜氏盐藻核基质附着区结合蛋白cDNA片段的克隆及序列分析

目的:克隆杜氏盐藻核基质附着区(MAR)结合蛋白片段.方法:根据多种生物MAR结合蛋白氨基酸的高度保守序列EWYGWHF和KYGLIYQ,设计一对简并引物,以杜氏盐藻的cDNA为模板,进行PCR扩增,PCR产物与T载体相连,转化大肠杆菌JM109后,筛选鉴定,对阳性菌落进行测序分析.将测序结果推导成氨基酸序列,与GenBank上其他物种MAR结合蛋白序列进行同源性分析.结果:在杜氏盐藻中得到的cDNA片段,核苷酸长度为474 bp,编码158个氨基酸(GenBank收录号为DQ124215).推导的氨基酸序列与稻、莲、拟南芥、豌豆、烟草、酵母、果蝇和蟾的MAR结合蛋白相比较,同源性分别为74%、73%、73%、73%、71%、70%、68%和67%.结论:所克隆的序列可能为杜氏盐藻MAR结合蛋白片段.     

杜氏盐藻RbcS基因cDNA片段的克隆和序列分析

目的：克隆杜氏盐藻-，5-二磷酸核酮糖羧化酶／加氧酶(RuBisCO)小亚基RbcS cDNA片段。方法：根据莱茵衣藻、团藻、玉米等真核生物的RuBisCO小亚基RbcS氨基酸的高度保守序列ETRSYLPP和MNKLPMFG，设计一对简并引物，采用RT—PCR方法及该简并引物克隆杜氏盐藻RbcS cDNA。PCR产物经T—A克隆与T-vector相连，转化大肠杆菌JM109，随机挑取数个菌落，筛选鉴定，对阳性克隆进行测序分析。将测序结果推导成氦基酸序列进行同源性比较。结果：得到的cDNA长度为209bp，编码69个氨基酸。推导的氦基酸序列与团藻、Chloromonas sp．ANT3、衣藻、伞藻、菠菜、玉米的Rbc S相比较，同源性分刖为85％、84％、82％、76％、70％、69％。结论：所克隆的序列为杜氏盐藻RbcS DNA片段。     

杜氏盐藻光系统Ⅱ反应中心蛋白D1基因的克隆及序列分析

目的:克隆杜氏盐藻光系统Ⅱ反应中心蛋白D1(psbA)基因cDNA片段.方法:根据莱茵衣藻、稻以及普通小球藻等真核生物psbA基因的氨基酸高度保守序列,设计一对简并引物,利用Trizol试剂提取杜氏盐藻细胞总RNA,通过RT-PCR获得杜氏盐藻psbA cDNA,PCR产物连接T载体转化大肠杆菌JM109,随机挑取数个菌落,筛选鉴定并测序,测序结果进行Blast比对分析和密码子偏爱性分析.结果:获得的cDNA片段长度为999 bp,编码333个氨基酸.其氨基酸序列与其他物种进行Blast比对,同源性分别为:衣藻89%、椭圆小球藻89%、莱茵衣藻89%、普通小球藻88%和玉米87%.psbA基因存在明显的密码子偏爱性,其(A+T)含量明显高于(G+C)含量.另外,所克隆的psbA序列编码赖氨酸残基的数量为1个.结论:所克隆的序列为杜氏盐藻psbA基因cDNA片段.     

杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段的克隆与分析

目的：获得杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。方法：根据Dunaliella tertiolecta、衣藻、团藻等生物硝酸盐还原酶(nitrate reductase,NR)高度保守序列EGWWFKP、WNVMGMM设计一对简并引物,以含硝酸盐培养基培养的的盐藻cDNA为模板,进行PCR扩增,产物克隆至T载体后转化大肠杆菌JM109,经筛选后测序,将测序结果推导成氨基酸序列,并与Dunaliella tertiolecta、团藻、衣藻、小球藻等进行同源性分析。结果：在盐藻中所获得的cDNA片段,核苷酸长度为381bp,编码127个氨基酸。推导的氨基酸序列与下列物种的硝酸盐还原酶进行同源性比较：Dunaliellal teriolecta为88．2％同源,团藻为78％,衣藻为67％,小球藻为59％。结论：所克隆的序列为盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。     

杜氏盐藻硝酸盐还原酶5'端cDNA片段的快速扩增

目的：根据已扩增的杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA的部分序列，利用5’RACE的方法扩增其5’上游未知片段。方法：根据盐藻硝酸盐还原酶cDNA已知的部分序列，设计一条磷酸化反转录引物、2对特异性反向PCR引物。提取盐藻细胞mRNA，利用5’RACE的方法反转录成cDNA，然后利用PCR方法扩增5’上游序列，产物与T载体连接后转化至大肠杆菌JM109中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：在盐藻中所获得的cDNA片段，核苷酸长度为431bp，编码143个氨基酸。推导的氨基酸序列与下列物种的硝酸盐还原酶进行同源性比较：Dunaliella tertioleclta为83％，衣藻为68％，团藻为66％，小球藻为64％。结论：所克隆的序列为杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。     

杜氏盐藻FLA8基因全长的克隆及鉴定

目的:获得FLA8基因cDNA序列.方法:根据衣藻、小球藻等驱动蛋白-2亚基的氨基酸高度保守序列GYNGTIF、NEDPKDA设计一对简并引物,采用RT-PCR及3'RACE和5'RACE的方法扩增杜氏盐藻FLA8基因的全长.结果:克隆得到的杜氏盐藻FLA8基因cDNA全长序列为2 612 bp,序列分析显示其包括90...     

PCR法扩增盐藻叶绿体atpA基因

目的：克隆杜氏盐藻叶绿体atpA基因片段。方法：把GenBank中近10种藻类的atpA全基因的氨基酸序列进行比较,设计简并引物,利用PCR方法从盐藻叶绿体DNA中扩增atpA基因片段,然后胶回收所扩片段并与T—vector相连,转化大肠杆菌JM109,挑阳性克隆鉴定,并测序,再将序列与所选藻类有关序列比较同源性。结果：从盐藻叶绿体基因组中扩增出约400bp的片段。测序结果显示此片段长405bp,推导的氨基酸序列与莱茵衣藻的同源性为920k,,普通小球藻为88％,,原始绿藻为87％,卵形肾藻为86％,Cyanidioschyzon merolae为85％。结论：本实验中所克隆的序列为杜氏盐藻的叶绿体atpA基因片段。     

转染杜氏盐藻14-3-3基因对食管鳞癌EC9706细胞Bcl-2和Caspase-9蛋白表达的影响

目的:探讨转染杜氏盐藻14-3-3基因对食管鳞癌EC9709细胞Bcl-2和Caspase-9蛋白表达的影响.方法:将杜氏盐藻14-3-3基因cDNA序列分别亚克隆入表达载体pEGFP-C1和pcDNA3.1(+)的Hind Ⅲ和Bam H Ⅰ位点,构建真核表达载体pEGFP-C1-14-3-3和pcDNA3.1(+)-14-3-3,采用脂质体方法转染EC9706细胞,同时设立空载体对照和空白对照,荧光显微镜观察pEGFP-14-3-3融合蛋白在EC9709细胞中的定位;G-418筛选稳定转染pcD-NA3.1(+)-14-3-3的细胞株,采用RT-PCR和Western blotting法检测14-3-3基因的表达;Western blotting检测3种细胞中Bcl-2和Caspase-9蛋白的表达.结果:pEGFP-14-3-3融合蛋白定位于EC9706细胞的细胞核;通过G-418筛选,最终获得稳定表达盐藻14-3-3基因的转染细胞株;与转染空载体和空白对照的EC9706细胞相比,转染pcDNA3.1(+)-14-3-3的EC9706细胞中Bcl-2蛋白表达量明显增高[(1.60±0.20)、(0.90±0.15)和(2.40±0.10);F=69.889 7,P＜0.001],而Caspase-9蛋白表达量明显降低[(1.00±0.04)、(1.40±0.08)和(0.40±0.05);F=217.066 7,P＜0.001].结论:杜氏盐藻14-3-3基因可能在EC9706细胞凋亡过程中发挥了抑制作用.     

杜氏盐藻糖原合成酶激酶3cDNA片段的克隆及其在鞭毛再生中的功能

目的:克隆杜氏盐藻糖原合成酶激酶3(GSK3)基因序列并探讨它在鞭毛再生中的作用。方法:根据杜氏盐藻转录组测序得到的GSK3的2个片段设计上下游引物,提取盐藻总RNA进行RT-PCR,以此为模板扩增2个片段之间的序列。采用3’RACE方法扩增杜氏盐藻GSK3基因3’端序列,通过杜氏盐藻消减杂交模板扩增得到5’端序列。采用pH休克法去除杜氏盐藻鞭毛,通过实时荧光定量PCR观察鞭毛再生过程中GSK3基因在转录水平上的变化。结果:获得一段长为2116bp的GSK3 cDNA片段,其中包含737bp的3’UTR和1158bp的开放阅读框。实时荧光定量PCR结果表明,GSK3的mRNA转录水平在鞭毛再生过程中明显升高。结论:杜氏盐藻GSK3基因与鞭毛再生密切相关。     

杜氏盐藻鞭毛相关蛋白cDNA片段的克隆及在鞭毛重吸收过程中的表达

目的:克隆杜氏盐藻鞭毛相关蛋白(FAP)的cDNA片段并探讨其功能.方法:分析莱茵衣藻等生物的FAP同源蛋白的氨基酸序列保守区域,设计简并引物.提取盐藻总RNA进行RT-PCR.根据得到的序列设计3'RACE引物,巢式PCR扩增该cDNA的3'端序列.秋水仙碱处理对数生长期的盐藻细胞,使细胞停留在分裂中期,并诱导鞭毛缩...     

简并引物在克隆盐藻热休克蛋白70基因家族中的应用

目的：利用简并引物扩增盐藻热休克蛋白70(hsp70)家族。方法：根据衣藻、矮牵牛花等真核生物hsp70氨基酸高度保守序列didlgtt，dqgnrttp，payfnds和ATKDAG设计2对简并引物，以盐藻hsp70 cDNA为模板进行巢式PCR扩增，产物经T-A克隆转化至JM109大肠杆菌中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：得到2个分别为372bp和354bp编码126及118个氨基酸残基的部分cDNA片段。推导的氨基酸序列与衣藻、矮牵牛花、番茄、果蝇和酵母hsp70和hsp70b比较有高度同源性。结论：所克隆的序列为盐藻hsp70和hsp70b部分cDNA片段。利用简并引物筛选cDNA文库是克隆基因家族重要的方法。     

杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因跨内含子DNA序列的克隆和鉴定

目的：克隆杜氏盐藻双拷贝碳酸酐酶(DCA1)和碳酸酐酶(CA1)基因跨内含子基因组DNA序列。方法：利用跨内含子PCR方法,从杜氏盐藻基因组中克隆DCA1和CA1基因跨内含子基因组DNA序列。结果：DCA1基因跨内含子长度为4407bp,含7个外显子,由此推定的氨基酸序列长度为555个氨基酸残基;而CA1基因跨内含子长度为4473bp,含8个外显子,其推定的氨基酸序列长度为498个氨基酸残基。这2种基因的所有外显子一内含子交接点处序列都遵守GT—AG规律。结论：首次克隆得到了杜氏盐藻DCA1和CA1基因跨内含子DNA序列。     

杜氏盐藻叶绿体16S rRNA基因的克隆

目的：克隆和鉴定杜氏盐藻叶绿体16Sr RNA基因。方法：根据衣藻、小球藻等绿藻叶绿体16Sr RNA基因序列,利用软件分析找出其高度保守区,据此设计引物,PCR扩增杜氏盐藻叶绿体16Sr RNA序列,并与莱茵衣藻、普通小球藻、绿肾藻和原始绿藻Mesostigma Vivide进行同源性比较。结果：序列分析表明所克隆的序列1110bp与莱茵衣藻、普通小球藻、绿肾藻和原始绿藻Mesostigma Vivjde 4种绿藻的序列同源性分别为85．0％、79.9％、81．3％和81．6％。结论：本实验中所克隆的序列为杜氏盐藻的叶绿体16S rRNA基因。     

阴道毛滴虫黏附蛋白65-3基因的cDNA克隆与序列分析

目的对阴道毛滴虫黏附蛋白65-3基因进行cDNA克隆与序列分析。方法Trizol试剂提取阴道毛滴虫基因组RNA。以总RNA为模板,RT-PCR扩增黏附蛋白65-3基因,定向克隆入pMD-18T线形载体,构建pMD-18T-ap65-3重组质粒,并进双行酶切﹑PCR鉴定及测序分析。结果RT-PCR扩增出阴道毛滴虫黏附蛋白65-3基因。经凝胶电泳﹑PCR鉴定和限制酶切鉴定,成功的构建出pMD-18T-ap65-3重组质粒。序列分析表明,黏附蛋白65-3基因开放阅读框长为1 704 bp,与GenBank上公布的黏附蛋白65-3基因序列比较,其同源性高达99.6%。结论阴道毛滴虫黏附蛋白65-3基因体外扩增及测序的成功,为进一步研究阴道毛滴虫的致病机理及滴虫病防治方法奠定了基础。     

杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因5'上游的克隆与序列分析

目的：克隆盐藻2种碳酸酐酶基因(DCA1、CA1)5’上游区序列，并对其进行测序和序列分析。方法：利用Dra Ⅰ、EcoR Ⅴ、PvuⅡ和StuⅠ4种平端限制内切酶分别酶切盐藻基因组DNA，并与衔接头连接，构建成盐藻步行基因组文库GWL1、GWL2、GWL3和GWL4；巢式PCR方法从盐藻步行基因组文库中扩增DCA1和CA1基因5’上游区序列，双脱氧末端终止法测序。结果：DCA1基因，在GWL1、GWL3中分别扩增出约1．3kb和4、5kb的特异带，而CA1基因，则在GW12、GWL4中分别扩增出1．7kb和2．5kb的特异带；序列分析结果表明，所得序列的3’端与已知DCA1、CA1基因cDNA5’端序列完全一致。该2序列均有多个与转录调控有关的保守序列(如TATA—box、CAAT—box)和富含GT的重复序列等许多相似之处。结论：采用基因组步行方法从已知cDNA周围未知启动子或其他调控区域中克隆得到的DCA1、CA1基因的5’上游区序列，可能是2种新的杜氏盐藻碳酸酐酶基因的启动子区序列。     

14-3-3基因真核表达载体的构建

目的克隆人14-3-3基因并构建真核表达载体pcDNA3.1（＋）-14-3-3。方法从胎脑组织中提取总RNA,用RT-PCR方法获得人14-3-3基因的全长cDNA,将其插入pCUm-T载体中;序列测定后,重组携带14-3-3基因的表达载体pcDNA3.1（＋）-14-3-3。结果经限制性内切酶酶切分析、PCR和DNA序列测定证实目的基因已插入重组质粒。结论成功构建了14-3-3真核表达载体pcDNA3.1（＋）-14-3-3,为进一步研究14-3-3在帕金森病中的作用奠定了良好的基础。