2011-2016年珠海市诺如病毒暴发疫情分析

目的 分析珠海市诺如病毒暴发疫情的流行病学特征及相关危险因素,为疫情防控策略提供依据。方法 采用描述性流行病学方法分析2011-2016年珠海市期间诺如病毒暴发疫情的流行病学特征;检测诺如病毒RNA并进行基因测序分型。结果 2011-2016年珠海市共报告诺如病毒暴发疫情56起,时间分布在1-3月、6月、9-12月;场所为学校(20起)、托幼机构(20起)、餐厅(6起)、公司(6起)、建筑工地(2起)、其他场所(2起);临床特征主要是呕吐(802%)、腹泻(463%)、血常规WBC升高(540%);共8种基因型,分别为GⅡ17(250%)、GⅡ3(250%)、GⅡP16-GⅡ2(214%)、GⅡ6(89%)、GⅡ4/ Sydney_2012(71%)、GⅡ4/2006b(71%)、GⅡ7(36%)、GⅡ5(18%);传播途径有接触传播(625%)、食物传播(339%)及水传播(18%);污染食物有蚝(3起)、沙蚬(1起)、海带丝(1起)及凉拌菜(1起)。结论 学校和托幼机构是主要暴发场所,接触传播和食物传播是主要传播途径,高危食物为蚝,应加强病例隔离及高危食品的卫生监督。     

2006-2007年广东省诺如病毒胃肠炎暴发的流行病学分析

诺如病毒(Norovirus)胃肠炎是人类近几十年新发现的传染病之一,在全世界范围内均有流行.最新研究表明,诺如病毒在各年龄层的急性非细菌性胃肠炎暴发和散发中都占有重要地位[1,2].广东省疾病预防与控制系统自2003年开展诺如病毒检测以来,每年均发现实验室确诊的诺如病毒胃肠炎暴发个案,在暴发疫情调查研究方面积累了一定的经验,但有关诺如病毒的感染来源、传播模式及流行危险因素等方面仍然不清[3,6].现将广东省2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发个案进行分析,掌握暴发的流行病学特征,提高广东省非细菌性胃肠炎暴发疫情的诊断和防控工作能力,通过对高危场所、高危人群实施重点监测,最终达到减少和减轻诺如病毒胃肠炎发病和危害的目的.     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

国内诺如病毒胃肠炎疫情分子流行病学分析

目的 研究诺如病毒聚集性胃肠炎疫情在国内的流行现状. 方法 运用系统综述的方法在万方数据库、维普咨讯数据库、CNKI数据库、生物文献数据库及pubmed数据库中检索关于国内诺如病毒聚集性胃肠炎疫情的文献.结果 国内从2003年1月-2012年6月共发生83起诺如病毒胃肠炎疫情.从地点分布来看,疫情主要集中在广东省、浙江省,其次是北京市、广西省;从季节分布来说,诺如病毒胃肠炎疫情每季度均有发生,但秋冬季高发（10、1、2月份）;从发生场所来说,疫情主要发生在学校、医疗卫生保健机构;水源性、人与人密切接触传播为其主要传播途径.人与人密切接触传播多为GⅡ.4型感染所致. 结论 学校等作为诺如病毒胃肠炎疫情防控工作的重点场所,应加强诺如病毒防治知识培训,提高疫情报告敏感性和及时性.     

浙江省学校诺如病毒胃肠炎暴发疫情流行病学分析

了解浙江省学校近年诺如病毒感染暴发疫情的流行特征和趋势变化,为预防控制学校疾病暴发提供参考.方法 在浙江省突发公共卫生事件网络报告系统内选择2011年1月至2015年1月浙江省学校诺如病毒胃肠炎暴发疫情资料,分析疫情的时间、地区、人群分布、传播途径和病毒基因型特征,并与2004-2010年浙江省及同期全国平均水平进行比较.结果 2011年1月-2015年1月浙江省学校诺如病毒胃肠炎暴发疫情共20起,累计病例1 929例,年龄集中在15~19岁,发生场所以高中和小学居多.1 929例病例的男、女比例为1.13∶1.19起为基因GⅡ型感染,1起为基因GⅠ和GⅡ型混合感染.6起为饮用受污染的桶装水,6起为使用受污染的食堂餐具,3起为密切接触病例或接触病例呕吐物污染的物品,2起可能为食物污染,另有3起原因未明.结论 浙江省学校诺如病毒胃肠炎暴发疫情主要发生在冬春季,大多经受污染的桶装水、食物或餐具传播.     

浙江省2006-2007年暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 分析浙江省2006-2007年暴发性病毒性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行病学特征.方法 收集监测期间暴发性病毒性胃肠炎疫情患者的粪便标本及相关流行病学资料.采用RT-PCR及荧光定量RT-PCR检测诺如病毒.随机选掸部分阳性标本扩增部分多聚酶区和衣壳蛋白片段,进行序列测定,结合诺如病毒I(GI)、Ⅱ(GⅡ)基因型参考株进行进化分析.结果 诺如病毒感染暴发性胃肠炎共5起,发生时间均集中于9-12月,送检标本63份,诺如病毒检测阳性45份.序列分析结果显示,浙江省诺如病毒序列与诺如病毒GⅡ/4型参考株同源性最高,其中与北京2006年、荷兰2006年诺如病毒GⅡ/4型变异株最为接近,核苷酸同源性分别为99.7%和98.5%～99.0%.诺如病毒与北京、荷兰流行的GⅡ/4型变异株处于同一分支.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,流行时间集中于秋季,其流行株为GⅡ/4型变异病毒株.     

广州市2003-2007年诺如病毒胃肠炎暴发疫情分析

目的 分析广州市2003-2007年诺如病毒性胃肠炎流行特征,为制定该病的预防控制策略提供科学依据.方法 采用描述性流行病学方法 对广州市2003-2007年诺如病毒性胃肠炎暴发疫情资料进行分析.结果 2003-2007年,广州市共报告22起群体性诺如病毒性胃肠炎暴发疫情,共计病例934例,每起疫情的罹患率波动在0.88%～37.93%之间.10-12月为发病高峰;男女性别比为1.25∶ 1;发病年龄最小的5月龄,最大的91岁,10～39岁共发病572例,占总病例数的61.24%;13起疫情发生在学校,学生病例数占发病总数的58.78%.所有疫情均未找到明确的感染来源.22起疫情的病例均以呕吐、腹痛、腹泻、发热为主,儿童病例以呕吐为主,成人病例以腹泻为主.22起疫情共采集粪便标本219份,检出诺如病毒抗原81份,阳性率为36.99%,其余标本均未检测到诺如病毒抗原.结论 广州市诺如病毒胃肠炎暴发疫情主要发生在秋冬季,多发生在学校等人群聚集的单位,及时采取控制措施可避免疫情扩散.     

2013—2017年中山市20起诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 分析2013—2017年间中山市诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征,为中山市诺如病毒感染疫情防控提供分子生物学实验依据。 方法 收集2013—2017年间中山市20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情病例标本,采用 RT-PCR方法测定诺如病毒VP1基因全序列,并对序列进行系统发育分析。 结果 20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发主要发生在幼儿园及小学,占疫情总数的80.0%(16/20)。获得了77株病毒的VP1基因全序列, 20起疫情分别由GII.4 Sydney_2012(25.0%, 5/20),GII.3(25.0%, 5/20),GII.17(25.0%, 5/20),GII.2(15.0%, 3/20),GII.21(5.0%, 1/20),及GII.6(5.0%,1/20)亚型引起,5起暴发中GII.4 Sydney_2012分为两个不同分支。 结论 GII.17型为中山市新发现流行毒株,2016年底发现的两起GII.4 Sydney_2012区别于以往出现GII.4 Sydney_2012,可能为新亚型的重组毒株(GII.P16-GII.4 Sydney_2012)。VP1基因序列分析可作为有效的诺如病毒分型工具, RdRp基因分析应作为重要补充以确定毒株的重组变异情况。     

佛山市南海区诺如病毒引起急性胃肠炎暴发的流行病学研究

目的 了解佛山市南海区暴发的急性胃肠炎中诺如病毒感染的流行特征.方法 对南海区 2006-2007 年暴发的2起急性病毒性胃肠炎疫情进行流行病学调查和分子流行病学研究,将收集到的患者的粪便、肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异性引物和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经过分析核酸序列分析病毒的基因型.结果 两起暴发流行的急性胃肠炎均由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起.结论 诺如病毒是引起南海区秋冬季急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型.     

江苏省近期急性胃肠炎暴发中诺如病毒分子特征分析

目的 了解江苏省胃肠炎暴发疫情中诺如病毒(NoV)感染状况,并对其病原分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集江苏省2012年10月至2013年3月7起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本共67份,采用实时荧光RT-PCR定性检测,NoV阳性标本用RT-PCR扩增其聚合酶区及VP1区基因片段进-步测序分型.结果 7起疫情均为NoV感染引起的暴发,检测阳性率为67.2％(45/67).全部45株阳性毒株序列分析表明7起疫情中除-起是由GⅡ.3型感染引起外,其余6起均由新GⅡ.4感染引起,其中38株毒株与2012年澳大利亚参考株GⅡ.4/Sydney株同源性均在99％以上.进-步对6株新型Sydney变异株的衣壳蛋白VP1区扩增测序,并与9株近年流行株的VP1区氨基酸序列比对,发现该6株毒株的VP1区部分氨基酸已出现突变,而氨基酸位点的突变是与病毒抗原性密切相关.结论 江苏省7起疫情暴发聚集且感染毒株型别单-,说明已出现新NoV变异株,其原型株GⅡ.4/Sydney已在国外多地引起暴发和流行,提示该毒株将是今后防控监测的重点.     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

国内诺如病毒胃肠炎暴发流行特征分析

目的研究诺如病毒胃肠炎暴发在国内的流行现状。方法运用系统综述的方法在生物医学文献数据库、万方数据库、维普资讯数据库、CNKI数据库和PubMed数据库中检索关于国内诺如病毒胃肠炎暴发的文献。结果从地点分布来看,诺如病毒胃肠炎暴发主要集中在学校和农村,其次是医院、监狱、社区和公司;从时间分布来说,2004-2009年的数据显示,诺如病毒胃肠炎暴发每月均有发生,但主要集中在1-3月份和11-12月份两个阶段;从人群分布来看,诺如病毒胃肠炎暴发主要发生在中、小学生和青壮年人群。结论诺如病毒胃肠炎主要暴发于学校和农村,以中、小学生和青壮年人群为主,而且每月都有发生,时间主要集中在11月份至次年3月份,这些可能与卫生条件落后、地域广、跨越纬度多有关系。     

广州市儿童诺如病毒胃肠炎临床流行病学分析

目的 研究广州市5岁以下儿童秋冬季诺如病毒(NVs)急性胃肠炎临床特征及危险因素.方法 NVs急性胃肠炎临床特征的探讨采用软状病毒(RV)急性胃肠炎进行频数匹配的两样本研究,危险因素研究采用1:1配对病例对照研究.结果 NVs胃肠炎最早出现的症状是呕吐47.0%(48.102),主要临床症状有呕吐80.3%(82.102)、发热52.9%(54.102)、脱水23.5%(24.102)和腹痛7.8%(8.102)等,与RV感染胃肠炎相似.NVs感染胃肠炎发病的危险因素是吃生冷食品,可疑危险因素是同胃肠炎患者接触及家庭内有腹泻患者.保护因素是勤剪指甲.结论 NVs感染胃肠炎的临床特征及轻重程度与RV相似.其疾病负担仅次于轮状病毒;防止食物或水受到NVs污染以及避免同胃肠炎患者接触,保持良好的个人卫生习惯是预防NVs感染胃肠炎的有效措施.     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。     

金山区2012年诺如病毒聚集性胃肠炎流行病学特征分析

目的分析金山区2012年诺如病毒胃肠炎聚集性疫情的流行特征,为制定预防策略提供科学依据。方法采用实时荧光RT-PCR检测诺如病毒核酸,运用描述性流行病学分析辖区诺如病毒聚集性胃肠炎疫情流行特征。结果金山区2012年共报告8起诺如病毒聚集性胃肠炎疫情,发病132例,疫情罹患率在21.74%~67.86%之间,平均罹患率为38.37%;病例分布在托儿所、幼儿园、学校;冬季高发,男女性别比为1.32:1;疫情均为GⅡ型诺如病毒感染引起,感染来源尚不清楚。结论 GⅡ型诺如病毒是金山区聚集性胃肠炎的主要病原体,应加强托幼机构、学校等重点场所疫情监测,防止疫情发生。     

广州市2003—2007年诺如病毒胃肠炎暴发疫情分析

目的分析广州市2003—2007年诺如病毒性胃肠炎流行特征，为制定该病的预防控制策略提供科学依据。方法采用描述性流行病学方法对广州市2003—2007年诺如病毒性胃肠炎暴发疫情资料进行分析。结果2003—2007年，广州市共报告22起群体性诺如病毒性胃肠炎暴发疫情，共计病例934例，每起疫情的罹患率波动在0．88％～37．93％之间。10—12月为发病高峰；男女性别比为1．25：1；发病年龄最小的5月龄，最大的91岁，10—39岁共发病572例，占总病例数的61．24％；13起疫情发生在学校，学生病例数占发病总数的58．78％。所有疫情均未找到明确的感染来源。22起疫情的病例均以呕吐、腹痛、腹泻、发热为主，儿童病例以呕吐为主，成人病例以腹泻为主。22起疫情共采集粪便标本219份，检出诺如病毒抗原81份，阳性率为36．99％，其余标本均未检测到诺如病毒抗原。结论广州市诺如病毒胃肠炎暴发疫情主要发生在秋冬季，多发生在学校等人群聚集的单位，及时采取控制措施可避免疫情扩散。