肠出血性大肠埃希菌遗传基因分型方法比较

目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7的遗传基因型别进行不同分子分型方法的对比研究,以对EHEC的分子流行病学追踪提供更为行之有效的方法.方法 采用核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与多位点串联重复序列(VNTR)分析(MLVA)两种方法对16株EHEC O157:H7进行分析.结果 在PFGE的研究中,依据经XbaI及确认BlnI酶切后,具有相同电泳图谱的菌株被定义为PFGE同一群落的菌株,将16株菌株分成6个型别.MLVA通过对9个位点的串联重复序列的比较研究,16株菌株在3个位点上没有显示出区别,在另外6个位点上等位基因的数目为2～7种,16株细菌被分为14个MLVA的型别.流行病学资料表明,这些菌株为散发病例分离株,分离地域上基本没有关联,因此,MLVA的结果与流行病学信息高度相关.结论 MLVA能够区分无法区分的PFGE型别,且可以区分来自于不同地理区域的散发菌株,具有区分肠出血性大肠埃希菌O157:H7的潜力.     

大肠埃希菌O157血清型分离株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区分离的产志贺毒素和不产志贺毒素大肠埃希菌O157菌株的分子流行病学特征。方法对杭州地区于1997～2005年间自散发腹泻患者和动物中分离的10株大肠埃希菌O157血清型菌株,PCR检测毒力基因stx1、stx2、eae和ehxA,eae阳性者进行eae基因分型;按标准化的脉冲场凝胶电泳法(pulsefieldgelelectrophoresis,PFGE)进行分子分型,并与国内其他省份分离的产志贺毒素大肠埃希菌(Shigatoxin_producingEscherichiacoli,STEC)O157∶H7菌株进行比较。结果杭州分离菌株HZ1_11携带毒力基因stx2、γ型eae和ehxA,为浙江省检获的首株STECO157∶H7;3株杭州O157∶NM分离菌株(2_1、26_1和SR05株)仅携带β型eae基因;其他6株杭州O157∶H?分离菌株中,均未检出毒力基因。PFGE揭示,在杭州人源O157菌株中,STECO157∶H7HZ1_11株与近年江苏和安徽分离STECO157∶H7菌株密切近缘,且其图谱与江苏菌株几乎完全相同;3株eae阳性的O157∶NM分离菌株聚类成与STECO157∶H7菌株较远的一簇,杭州1株stx阴性的O157∶H?(1_68株)则处于另一独立的一簇。5株杭州O157∶H?动物分离菌株与其他人源菌株图谱差异极大。结论浙江省首株STECO157∶H7可能是源自近年在江苏流行的STECO157∶H7菌株。β型eae阳性的大肠埃希菌O157∶NM菌株可能具有引起散发腹泻的能力。     

艾伯特埃希菌PFGE分子分型及其数据库的建立

目的建立艾伯特埃希菌PFGE分子分型方法,分析不同来源艾伯特埃希菌间的同源关系,并建立其PFGE分型数据库。方法参考非O157大肠埃希菌PFGE分型方法,对从自贡、泸县地区分离的63株艾伯特埃希菌和1株艾伯特埃希菌参考菌株LMG20976进行PFGE分析,利用Bio Numerics 7.5软件分析PFGE图谱并建立数据库,并对分型结果与样本来源、类型、ST型、intimin亚型等进行关联性分析。结果 64株艾伯特埃希菌分型效果明显,被分为46种PFGE带型,分别命名为EASX01001~EASX01046,相似度为55%~100%,包含9种克隆群(≥2种带型形成克隆群),同种带型超过2株的带型共有8种。结论非O157大肠埃希菌PFGE分型方法适用于艾伯特埃希菌分型研究,比MLST技术具有更高的分辨能力,通过图谱分析发现艾伯特埃希菌具有遗传多样性的特点。同时,建立的数据库为深入了解艾伯特埃希菌的分子流行病学特征提供科学依据。     

2007年浙江省衢州地区动物中产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7感染状况

目的:了解2007年浙江省衢州地区产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7在动物中的分布情况及其耐药性、PFGE分型及毒力基因携带状况。方法:按全国O157:H7监测方案于5~10月份肠道传染病高发季节,在衢州地区采集各种动物粪便/肛拭,用免疫磁珠富集后进行O157:H7分离培养、鉴定,可疑菌株以PCR法检测O、H抗原及志贺样毒素(SLT1和SLT2)、粘附抹平因子(eaeA)及溶血素(hly)4种毒力基因。用脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)方法进行同源性分析,同时选择14种抗生素进行药敏试验,分析分离所得菌株的耐药状况。结果:共监测动物粪便标本300份,分离得产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7菌株16株,分离率为5.33%。16株O157:H7菌株,毒力基因Hly、eaeA、SLT2均阳性,SLT1均阴性。脉冲场凝胶电泳分型显示,16株O157:H7菌株可分2个PFGE基因型,型间差异较小。耐药性分析显示这些菌株对红霉素、利福平的耐药率最高,达100.0%,对其他受试抗生素均敏感。结论:该地区动物中产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7带菌率较高,所分离菌株主要携带SLT2基因,因此推测该地区存在发生产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7感染暴发或流行的潜在危险,需增加对动物源性O157:H7的监测力度。     

我国部分产生志贺毒素肠出血性大肠埃希菌O157：H7脉冲电场凝胶电泳分型

目的 探讨我国部分地区产生志贺毒素的肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O157：H7菌株的分布，流行以及分型情况。方法 用脉冲电场凝胶电泳（PFGE）方法进行分型，辅以药物敏感性试验对51株产生志贺毒素的EHECO157：H7菌株进行研究。结果 根据细菌染色体DNA的XbaI酶切图谱，可将从江苏省徐州市等地分离的51株产生志贺毒素的EHECO157：H7菌株分成8个PFGE型别（PFGE1-PFGE8），宁夏菌株为PFGE1型和2型，徐州菌株有6个PFGE型，1986-1988年的分离菌株属于PFGE7型，1999、2000年病人分离株的优势型别分别是PFGE5型与3型，1999年爆发性流行期间从患者分离的5株菌属于PFGE5型，从家畜家禽的粪便，食品，蔬菜等标本分离的19株菌，可以分为PFGE3-6等4个型别，其中，PFGE5型占优势（10株菌）。结论 爆发性流行的发生与携带病原菌的家畜家禽粪便污染的食品，蔬菜等有关，从我国部分地区分离的EHECO157：H7菌株的PFGE型别有地区性差异。     

人源与动物源大肠埃希菌的同源性分析

目的研究某大规模养殖场与某院临床患者分离的大肠埃希菌的同源性。方法泰安地区某大规模养殖场分离出4株耐多粘菌素大肠埃希菌,泰安中心医院临床患者分离出12株耐碳青霉烯类大肠埃希菌;对目的菌株进行耐药基因测序,通过多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性检测,探讨分析人源与鸭源大肠埃希菌的同源性。结果共有16株大肠埃希菌,4株鸭源菌株中2株ST为5912型;12株人源菌株中5株ST为167型,3株ST为405型;1株鸭源与1株人源ST相同,为ST10,但PFGE分型发现这2株菌相似度为64.7%。结论泰安地区人源与鸭源大肠埃希菌菌株同源性不高。     

基于不同方法的大肠埃希菌分型效果评价

目的 评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）、血清学和多位点测序分型（MLST）方法对大肠埃希菌分型的效果。方法 使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列,使用在线软件SeroTypeFinder和MLST获得血清型和序列型（ST）;采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs,使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST,并比较血清学和MLST分型结果。结果 将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型,203株大肠埃希菌被分为79个CT型别,76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强,辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高,调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌［O157∶H7（ST11）、O104∶H4（ST678）和O26∶H11（ST21）］菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4,检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%;根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7（ST11）和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论 基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果,预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。     

大肠埃希菌O157:H7分离株MLVA分子分型

目的了解国内大肠埃希菌O157:H7菌株的分子流行特征。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法对1999-2002年江苏、河南、安徽、山东、云南等地的大肠埃希菌O157:H7分离株135株进行分子分型,选取7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR技术及毛细管电泳方法,检测分离株DNA多态性,使用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 135株大肠埃希菌O157:H7可分为3个群(A群、B群、C群)38个MLVA型别,其中A群占20.7%(28/135)、B群占23.7%(32/135)、C群占55.6%(75/135);MLVA型别存在一定地域性,同一暴发来源的菌株具有相同MLVA型别。结论大肠埃希菌O157:H7国内分离株存在丰富的基因多态性;MLVA方法具有较高分子分型能力,可以在溯源和流行病学调查中发挥重要作用。     

大肠埃希菌O157:H7国内流行株新K抗原的发现

大肠埃希菌抗原主要有O抗原和H抗原,相当部分菌株还存在K抗原。K抗原与大肠埃希菌的致病力存在一定关系。我们研究发现,国内一些O157:H7临床标本分离株存在“O”不凝集现象,有K抗原存在的可能性。经实验证实,在分离自腹泻患者粪便标本的3株O157:H7菌株中发现一种新的K抗原(L型)。 1.材料与方法:①试验菌株共3株,编号分别为1304、M45、2364,分离自江苏省腹泻患者粪便标本,经生化鉴定、血清分型及基因检测证实为大肠埃希菌O157:H7。L型K抗原标准菌株33株,由中国药品生物制品检定所提供。②     

浙江省首株产志贺毒素大肠埃希菌O157:H7的分子生物学特性研究

目的:了解自浙江省杭州市腹泻婴儿中分离的1株大肠埃希菌O157:H7(HZ1-11株)的分子生物学特性.方法:应用ATB1525细菌半动化生化鉴定系统鉴定菌种.应用O157特异性抗血清玻片凝集试验、H7特异性抗血清试管凝集试验、以及PCR检测O抗原特异性rfbE基因和H7特异性fliC基因,进行菌株血清型的鉴定.应用多重Real-timePCR和常规PCR检测stx1、stx2、hly和eae毒力基因.对菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,并与国内代表菌株进行比较.ATB1525药敏检测仪和纸片法检测菌株的抗药性.结果:细菌生化鉴定为大肠埃希菌,山梨醇阴性.血清型为O157:H7.毒力基因stx2、hly和eae均阳性,stx1阴性.PFGE谱带同江苏分离O157:H7菌株几乎完全相同,带型的相似度为97%.结论:该菌株为浙江省首株产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)O157:H7,与国内近年在江苏等地流行的STECO157:H7菌株密切相关.STEC O157:H7已开始对浙江地区的人民健康构成了威胁.     

2005～2007年中国食品中疑似O157大肠埃希菌的鉴定及毒素基因的检测

目的对中国2005～2007年食源性疾病监测网分离疑似O157大肠埃希菌进行鉴定,了解各种不同类型监测食品中大肠埃希菌O157的分布及毒力基因的携带情况。方法运用API20E生化试剂条进行初步鉴定,使用血清分型和PCR方法确定菌株,并检测毒力基因。结果(1)通过API20E生化初步鉴定共获得154株疑似O157大肠埃希菌。(2)通过血清学方法和特异基因的检测,共确定89株大肠埃希菌O157,其中42株是O157:H7(47%),其余的菌株为O157:NM和O157:hund(未确定型)。(3)毒力基因的检测:42株O157:H7和6株O157:NM携带eaeA+hlyA基因;共29株菌携带stx基因,主要分布在不发酵山梨醇O157:H7菌株中。(4)监测的生羊肉、生牛肉、生猪肉、生鸡肉、蔬菜沙拉等食品中均检出了携带stx基因的O157:H7。结论鉴定结果显示中国部分监测食品中均分离到有一定程度致病力的大肠埃希菌O157。     

浙江省首株产志贺毒素大肠埃希菌0157：H7的分子生物学特性研究

目的：了解自浙江省杭州市腹泻婴儿中分离的1株大肠埃希菌O157：H7（HZI-11株）的分子生物学特性。方法：应用ATB1525细菌半动化生化鉴定系统鉴定菌种。应用0157特异性抗血清玻片凝集试验、H7特异性抗血清试管凝集试验、以及PCR检测O抗原特异性rfbE基因和H7特异性fliC基因，进行菌株血清型的鉴定。应用多重Real-time PCR和常规PCR检测stx1、stx2、hly和eae毒力基因。对菌株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型，并与国内代表菌株进行比较。ATB1525药敏检测仪和纸片法检测菌株的抗药性。结果：细菌生化鉴定为大肠埃希菌，山梨醇阴性。血清型为O157：H7。毒力基因stx2、hly和eae均阳性，stx1阴性。PFGE谱带同江苏分离O157：H7菌株几乎完全相同，带型的相似度为97％。结论：该菌株为浙江省首株产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）O157：H7。与国内近年在江苏等地流行的STEC O157：H7菌株密切相关。STEC O157：H7已开始对浙江地区的人民健康构成了威胁。     

血流感染产碳青霉烯酶大肠埃希菌的耐药基因及同源性研究

目的探讨血流感染中耐碳青霉烯类大肠埃希菌耐药机制和分析同源性。方法收集温州医科大学附属第一医院2015年6月-2016年5月门诊及住院患者血流感染中分离出的大肠埃希菌,共216株,常规方法进行细菌分离培养,进行菌种鉴定和药敏试验,对碳青霉烯类耐药株进行改良Hogde试验和金属酶初筛试验,聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法检测碳青霉烯酶耐药基因,测序确定其基因型,采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)和脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)对碳青霉烯类耐药株进行同源性分析。结果在216株血流感染大肠埃希菌中,有6株耐碳青霉烯类抗菌药物,占2.8%,其中3株亚胺培南耐药株改良Hodge试验阳性,1株金属酶初筛试验阳性,3株厄他培南耐药株则均为阴性。3株亚胺培南耐药株中1株携带blaNDM-5基因,2株携带blaKPC-2基因。6株碳青霉烯类抗菌药物耐药大肠埃希菌临床分离株中,其克隆分型分别为ST648、ST5150、ST131、ST964、ST2003和ST38。PFGE共分为5个型别,其中C1与C6为同一型别,其余4株为不同型别。结论本研究中6株耐碳青霉烯类大肠埃希菌的主要耐药机制为产KPC-2酶和NDM-5酶,MLST和PFGE的结果显示属于不同的克隆型。     

我国部分产生志贺毒素肠出血性大肠埃希菌O157∶H7脉冲电场凝胶电泳分型

目的　探讨我国部分地区产生志贺毒素的肠出血性大肠埃希菌 (EHEC)O15 7∶H7菌株的分布、流行以及分型情况。方法　用脉冲电场凝胶电泳 (PFGE)方法进行分型 ,辅以药物敏感性试验对 5 1株产生志贺毒素的EHECO15 7∶H7菌株进行研究。结果　根据细菌染色体DNA的XbaI酶切图谱 ,可将从江苏省徐州市等地分离的 5 1株产生志贺毒素的EHECO15 7∶H7菌株分成 8个PFGE型别 (PFGE1～PFGE8) ,宁夏菌株为PFGE1型和 2型 ,徐州菌株有 6个PFGE型。 1986～ 1988年的分离菌株属于PFGE7型 ,1999、2 0 0 0年病人分离株的优势型别分别是PFGE5型与 3型。 1999年爆发性流行期间从患者分离的 5株菌属于PFGE 5型 ,从家畜家禽的粪便、食品、蔬菜等标本分离的 19株菌 ,可以分为PFGE3～ 6等 4个型别 ,其中 ,PFGE5型占优势 (10株菌 )。结论　爆发性流行的发生与携带病原菌的家畜家禽粪便污染的食品、蔬菜等有关 ,从我国部分地区分离的EHECO15 7∶H7菌株的PFGE型别有地区性差异     

2011-2012年杭州市肠道沙门菌临床分离株的分子型别分析

目的研究2011-2012年杭州市肠道沙门菌临床分离株的型别,了解本地菌株分子流行病学特征。方法对66株肠道沙门菌临床分离株进行血清分型和多位点序列分型(MLST)。对其中主要血清型:鼠伤寒、甲型副伤寒、萨雷甲尼和肠炎沙门菌菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。结果分布于21个血清型的66株沙门菌分成26个ST型别。发现一株纽波特沙门菌为新型ST1690。菌株血清型与MLST型别数据库中所对应的血清型符合率为100.00%。9株甲型副伤寒沙门菌的PFGE带型完全一致(P7型),与先前杭州流行菌株有差异(P1-P6型)。6株肠炎沙门菌分成4个PFGE型,型间最小相似性为92.70%。13株鼠伤寒沙门菌分为11个PFGE型,型间最小相似性为71.70%。7株萨雷甲尼沙门菌分成4个PFGE型别,型间最小相似性为91.00%。结论近年杭州腹泻病人中流行的肠道沙门菌菌株主要血清型为鼠伤寒、甲型副伤寒、萨雷甲尼和肠炎等。甲型副伤寒沙门菌菌株在杭州出现了新PFGE型别。MLST数据可以对沙门菌血清学鉴定提供一定的帮助。     

北京市丰台区腹泻患者肠毒素性大肠埃希菌的分布与分子分型特征

目的了解北京市丰台区腹泻患者肠毒素性大肠埃希菌(ETEC)的分布与分子分型特征,分析2种分型方法的应用价值,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法对腹泻患者便标本分离培养,采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点序列分型(MLST) 2种方法进行分型比较。结果 55株ETEC分离株PFGE分型得到40种型别,呈多态性; MLST分型得到19个型别,ST-6010与ST-69是最主要的ST型别,部分试验菌株形成2个ST克隆群,分别为STC-6007、STC-3103。多数菌株的遗传关系较远,可能与菌株来源多样有关。结论 ETEC感染在腹泻患者中长期存在,遗传关系呈多元化。2种分子分型方法的结合,从基因水平上解释了ETEC的流行特征及变化趋势。     

不同来源产志贺毒素大肠埃希菌分布特征

目的探讨不同标本中产志贺样毒素大肠埃希菌（STEC）的分布特征。方法采集动物粪便、肉类食品和排污口污泥样品，常规分离大肠埃希菌，血清学分型，PCR鉴定产志贺样毒素（stx1，stx2）菌株。结果293份标本中鉴定出8株STEC，1株为产志贺毒素O157：H7型，2株为不产志贺毒素O157：H7型，5株为产志贺毒素非O157：H7型。结论STEC存在于不同来源的标本中，菌株表型与毒力因子存在一定差异。     

肠道致病菌暴发事件中分子分型技术的应用

目的探讨建立快速敏感的肠道病原菌的诊断分型方法。方法2002年7月用脉冲场电泳胶（PFGE）与噬菌体分型实验方法对发生在日本静冈县的4起暴发事件中29株宋内志贺菌（Shigella.sonnei）分离株与1999年口本静冈县某区现场分离的12株肠出血性大肠埃希菌（enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC）O157：H7菌株进行分型。结果4起事件中Shigetta．sonnei的PFGE结果显示,同起事件的DNA条带几乎一致;2起EHEC O157：H7暴发事件中,同起事件的PFGE条纹几乎一致,而3株散发菌株的PFGE条纹各异;12株EHEC O157：H7噬菌体分型结果也显示了比较好的分型力。结论PFGE具有分型能力强、重复性好等特点,能直观地判断肠道致病菌的亲缘关系,及时查明暴发流行的传染源,从而有效控制疫情的蔓延。     

食品及环境阪崎肠杆菌分离株的MLST和PFGE分型方法比较

目的:对PFGE和MLST方法在阪崎肠杆菌分型研究中的分辨力和潜在价值进行了比较研究和论述。方法:采用PFGE和MLST方法对本实验室分离的19株阪崎肠杆菌和一株标准菌株ATCC51329进行分型研究。结果:PFGE方法可将20株阪崎肠杆菌分为6大类群,共16个PFGE型,分辨力为0.9474。而MLST方法可将20株菌株分为12个ST型,分辨力为0.9263。结论:PFGE法较MLST法具有较高的分辨力,可用于阪崎肠杆菌的溯源研究,而MLST分型方法能通过全球比对数据库得到更多的关于进化和亲缘关系的分析资料,在致病研究、流行病学调查、进化研究方面优于PFGE法。     

与O157诊断血清产生交叉凝集反应的9株赫氏埃希菌的分离鉴定

大肠埃希菌O157·H7是肠出血性大肠埃希菌的主要血清型,也是引起食物中毒的重要的食源性病源菌。在常规法对该菌的分离鉴定中,血清学试验是重要的鉴定法。但是,已有报道埃希菌族中的部分菌也存在与O157相同或相关的抗原,因而影响结果的判定。在我们实验中发现9株与O157·H7的O抗原产生强凝聚反应,疑似O157·H7的菌株,但经生化、仪器鉴定为赫氏埃希菌。现将结果报告如下。1材料与方法1.1菌株来源大肠O157·H7菌株来自中国疾病预防控制中心,为阳性对照株。9株疑似O157·H7的菌株均由人体粪便接种山梨醇麦康凯平板,纯化培养后获得。实验室…