2014—2019年东莞市Ⅰ型登革病毒E基因进化特征分析

目的了解东莞市2014—2019年登革热流行情况和血清型Ⅰ型登革病毒(DENV-1)基因型及E基因特征。方法收集2014—2019年东莞市各镇街医院上送的经临床诊断为疑似登革热病例血清样本共962份,其中的729份样本应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行登革IgM抗体检测,全部962份血清样本采用实时荧光PCR进行检测,核酸阳性样本中的血清型Ⅰ型样本用细胞培养方法进行病毒分离鉴定,并对其E基因序列进行测序及系统进化树分析。结果2014—2019年东莞市登革热7—11月为流行期,9—10月为发病高峰。检出IgM抗体阳性样本261份,阳性率35.90%。962份急性期血清中登革病毒核酸阳性362份,阳性率37.6%,其中DENV-1阳性311份,占85.9%。分离获得35株DENV-1毒株,E基因序列比对和系统进化分析显示,35株DENV-1分离株间核苷酸相似度为89.8%~100.0%,分属基因Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅴ型,分别为29、1和5株。所有35株分离株与广州、浙江等地及越南、菲律宾、印度等东南亚国家当年或往年流行株同源性较高。结论2014—2019年东莞市流行的DENV-1优势型别为基因Ⅰ型。流行方式可能为广州等周边城市及东南亚国家输入病例引起的本地暴发流行。须警惕基因Ⅴ型DENV-1输入引起登革热暴发流行。     

中山市2014－2016年6株Ⅱ型登革病毒E基因分子特征分析

目的 分离鉴定中山市2014－2016年Ⅱ型登革病毒,从分子水平进行分析其地域来源和系统进化情况。方法 选取中山市2014－2016年核酸阳性血清6份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR扩增毒株E基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况。结果 成功分离培养出2株2014年登革Ⅱ病毒、2株2015年登革Ⅱ病毒、2株2016年登革Ⅱ病毒。ZS2014-02、ZS2014-03与2014年广州分离株D14115在进化关系上最近,2014年的3株病毒氨基酸和核苷酸同源性均达到91.3%以上;2015年ZS2015-01与广州分离株D14115在进化关系上最近,2015年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为98.8%和92.8%;2016年ZS2016-01与2010年巴布新几内亚分离株JN568270.1进化关系较近,2016年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为91.4%和88.8%。结论 6株毒株与国际标准株New Guinea C 登革Ⅱ型比较均存在氨基酸位点的差异。2014年2株毒株为广州输入病例,2015年的2株毒株ZS2015-01为广州输入,ZS2015-02为中山市本地二代病例,2016年的ZS2016-01为巴布新几内亚输入,而ZS2016-02为菲律宾输入病例。     

湖北省2014—2023年登革病毒包膜蛋白基因特征分析

目的 分析2014—2023年湖北省登革热感染病例包膜蛋白（envelope,E）基因特征并进行生物学溯源方法 收集疑似登革热病例血清标本,对标本进行核酸检测及血清分型,核酸阳性标本采用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型,获得基因序列用MEGA 11.0软件进行基因特征分析。结果 2014—2023年湖北省共检测登革热核酸阳性病例78份,成功获得44份标本的登革病毒（dengue virus, DENV）E基因序列,其中血清Ⅰ型(DENV-Ⅰ)39份,血清Ⅱ型(DENV-Ⅱ)5份;进化分析显示,DENV-Ⅰ中37例为基因Ⅰ型(GⅠ),分布在三个不同分支上,主要与中国广州、新加坡、印度尼西亚、泰国和缅甸等东南亚国家流行株进化距离较近,2例为基因Ⅴ型(GⅤ)与中国广州和印度流行株进化距离较近;DENV-Ⅱ中5例均为混合型(cosmopolitan型)与输入地流行株进化距离较近。结论 2014—2023年湖北省存在多型登革病毒感染,主要流行株为DENV-Ⅰ的GⅠ亚型,与中国广州和东南亚国家亲缘关系较近,提示湖北省应加强登革热跨省、跨境传播的防控,同时谨防登革重症及死亡病例的出现。     

广州市2009年新出现登革3型病毒的分子流行病学分析

目的 对广州市2009年新出现的3型登革病毒(DEN)株的E基因进行RT-PCR扩增和序列测定,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离DEN,RT-PCR扩增病毒全长E基因,测序并绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析.结果 2009年采集的19份患者血清标本中,分离到7株3型DEN株,RT-PCR扩增后测序获得E基因序列,7株DEN3病毒E基因均由1479个碱基组成,编码493个氨基酸,基因序列未见插入或缺失,分析发现7株病毒来自两个不同的亚型:09/GZ/1081、09/GZ/1483和09/GZ/10806属于东南亚/南太平洋型,09/GZ/10616、09/GZ/11144、09/GZ/11194和09/GZ/13105属于印度次大陆型,各亚型群内毒株序列同源性较高.结论 广州市2009年DEN3为输入性,分属两个基因型.     

广州市2009年新出现登革3型病毒的分子流行病学分析

目的 对广州市2009年新出现的3型登革病毒(DEN)株的E基因进行RT-PCR扩增和序列测定,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离DEN,RT-PCR扩增病毒全长E基因,测序并绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析.结果 2009年采集的19份患者血清标本中,分离到7株3型DEN株,RT-PCR扩增后测序获得E基因序列,7株DEN3病毒E基因均由1479个碱基组成,编码493个氨基酸,基因序列未见插入或缺失,分析发现7株病毒来自两个不同的亚型:09/GZ/1081、09/GZ/1483和09/GZ/10806属于东南亚/南太平洋型,09/GZ/10616、09/GZ/11144、09/GZ/11194和09/GZ/13105属于印度次大陆型,各亚型群内毒株序列同源性较高.结论 广州市2009年DEN3为输入性,分属两个基因型.     

广州市2009年新出现登革3型病毒的分子流行病学分析

目的 对广州市2009年新出现的3型登革病毒(DEN)株的E基因进行RT-PCR扩增和序列测定,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离DEN,RT-PCR扩增病毒全长E基因,测序并绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析.结果 2009年采集的19份患者血清标本中,分离到7株3型DEN株,RT-PCR扩增后测序获得E基因序列,7株DEN3病毒E基因均由1479个碱基组成,编码493个氨基酸,基因序列未见插入或缺失,分析发现7株病毒来自两个不同的亚型:09/GZ/1081、09/GZ/1483和09/GZ/10806属于东南亚/南太平洋型,09/GZ/10616、09/GZ/11144、09/GZ/11194和09/GZ/13105属于印度次大陆型,各亚型群内毒株序列同源性较高.结论 广州市2009年DEN3为输入性,分属两个基因型.     

福建省莆田市2007-2015年登革病毒E基因序列分析

目的 测定登革病毒E基因序列,探讨病毒传播来源及基因型.方法 收集福建省莆田市2007-2015年登革热患者血清样品分离的毒株12份,用RT-PCR法扩增登革病毒E基因测定基因序列,并绘制系统发育树.结果 莆田市登革热4次暴发的病例血清型别均为DENV-2型Cosmopolitan基因型.BLAST分析表明,几次暴发的毒株与东南亚国家或广东有较高的一致性,相似度达99％.结论 结合BLAST和系统发育树分析推测,莆田市2007-2015年DENV-2可能由东南亚国家或广东省输入,应加强出入境人员的疾病监测.     

珠海登革病毒分离株的型别鉴定与序列分析研究

[目的]了解珠海市部分人群和入境船员中登革热的流行情况和珠海市流行的登革病毒株的型别和序列特征。[方法]分别采用胶体金快速法、酶联免疫吸附试验(ELISA)对登革热抗体进行检测；采用细胞培养和逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行病毒鉴定,并对其结构蛋白基因序列进行克隆、测序及同源性分析。[结果]来自东南亚国家船舶的船员血清中登革病毒IgM抗体检出率为4．40％,IgG抗体为20．33％,其阳性样本经RT-PCR扩增,结果为阴性。而对本室保存的2001年珠海散发的登革热患者阳性血清,经用C6/36细胞培养分离出1株登革病毒,用登革病毒通用引物和Ⅱ型特异性引物,扩增出相应的片段,证实为登革Ⅱ型病毒；该分离株(DV2-1)的基因序列与其他9株登革Ⅱ型病毒进行系统发育关系的分析,结果显示分离株(DV2-1)与GD08/98株、FJ11/99株、16681株位于相近的分支,其中与1998年广东流行株GD08/98株系统进化关系最近。[结论]2001年珠海地区登革热的散发流行为登革Ⅱ型病毒所致,推测其可能是输入性传染。     

湖南省2018年登革热本地暴发流行病学和病毒分子特征分析

目的 对湖南省2018年登革热本地暴发疫情进行流行病学及病原学特征研究。方法 对报告的8例疑似登革热病例进行实验室诊断,对病例密切接触者搜索出的186例疑似登革热病例和发热病例开展病原学监测,应用C6/36细胞对病例急性期血清开展病毒分离,对15株登革病毒株E基因测序,分析病毒的血清型别和基因亚型,构建系统发生树,分析可能的传播来源。在疫点开展蚊媒密度应急监测和健康人群回顾性血清流行病学调查。结果 8例疑似病例血清标本,6例登革病毒核酸阳性,4例登革病毒NS1抗原阳性。186例疑似登革热病例,96例病原学检测结果阳性,分离到登革病毒株64株,经鉴定全部为登革病毒2型全球型,来源于广东和浙江省的可能性较大。应急蚊媒密度监测,疫点布雷图指数最高达65,具有极高的登革热传播风险。回顾性调查377名健康人群进行登革热抗体水平监测,IgG抗体阳性率为0.53%（2/377）。结论 现场流行病学调查和分子遗传分析提示,湖南省2018年本地暴发疫情由输入性病例引起,由单一的登革病毒2型全球型引起。     

广州市2009-2010年DENV-3型病毒分子生物学特征分析

目的探讨广州市DENV-3型病毒的基因变异及传播模式,为登革热疫情防控提供科学建议。方法对2009-2010年采集的疑似登革热病例早期血标本进行检测RT-PCR,阳性标本血清接种至C6/36细胞进行病毒分离培养。对登革病毒E基因进行测序,并与基因库中全球和中国其他省份DENV-3代表病毒株进行比对,对广州病毒分离株的来源和同源性进行分析。结果共分离获得13份DENV-3型病毒样本(2009年7份,2010年6份),基因树系谱分析显示DENV-3型病毒包括3个基因型(Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ),其中基因Ⅰ型来源于印度尼西亚,基因Ⅲ型的2个节点族中,A节点族来源于科特迪瓦,B节点族来源于坦桑尼亚,基因型Ⅴ来源于菲律宾。2009年和2010年病毒株E基因核酸分别存在1.3%~9.0%和0.5%~3.9%的差异。结论 2010年分离病毒株并非2009年的延续,不同基因型的DENV-3型病毒可能是通过不同的地理路径传入。     

重庆口岸输入性登革热病例的分子流行病学调查

目的对2014年重庆口岸首起输入性登革热疫情进行分子流行病学调查,确定病毒的基因型别及感染来源。方法采集2014年重庆口岸首起聚集性输入登革热疑似病例血清样本,进行IgM/IgG抗体检测、核酸检测(实时荧光RTPCR)以及病毒分离;用RT-PCR方法扩增病毒分离株E基因,进行核苷酸序列测定和进化分析。结果共采集21份血清样本,其中4份样本IgM抗体阳性,阳性率为19%,IgG均阴性;9份样本为登革热病毒1型核酸阳性。分离得到4株登革病毒,4株病毒的E基因序列同源性为100%,与印度尼西亚的毒株进化关系最近,同源性为99.1%。结论输入性登革病毒与印度尼西亚的登革病毒1型亲缘关系最近,提示其传染源极有可能在印度尼西亚。     

秦皇岛口岸首例输入性登革热病例的分子溯源

目的对2012年秦皇岛口岸的首例登革热输入性病例进行分子溯源,确定病毒的基因型别及感染来源。方法应用ELISA方法和实时荧光RT-PCR方法对患者进行初筛,利用RT-PCR法扩增病毒的NS1基因并测序,根据获得的序列进行同源性分析、遗传距离计算及系统进化树的构建。结果从患者2份血清(QHD-01-BS1和QHD-01-BS2)中检测到Ig M抗体阳性,从QHD-01-BS1及尿液(QHD-01-US)中检测到登革热2型病毒的NS1基因。同源性分析发现QHD-01-BS1(US)与COM基因型中的印度株GWL39 INDI-01和GWL18 INDI-01同源性最高,为97.3%;QHD-01-BS1(US)的遗传距离与COM基因型遗传距离最小,为0.04;进化分析显示QHD-01-BS1(US)与GWL39 INDI-01和GWL18 INDI-01亲缘关系最近。结论分子溯源证实患者感染的登革热病毒与来源于印度的登革热2型病毒亲缘关系最近,指示其传染源极有可能在印度。     

南宁市37例登革病毒1型E基因系统进化分析

目的 对南宁市37例登革病毒1型（DENV1）流行株E基因进行序列测定,分析其分子生物学特征,探讨其可能来源。方法 选取2014年12份、2019年25份,共37份经确证为DENV1感染者阳性血浆样本,RT PCR扩增E基因片段,测序后进行同源性比较、系统进化分析。结果 测序后共获得37条长度为1437bp的E基因核苷酸序列,与各参考株E基因序列构建系统进化树后共形成Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,3个较大的进化簇,进化簇Ⅰ包括10条2019年DENV1 E基因序列,与参考序列Singapore 2017遗传距离最近,序列相似度99.4%~99.5%;进化簇Ⅱ包括8条2019年DENV1 E基因序列,与参考序列GuangZhou 2018遗传距离最近,序列相似度99.3%~99.5%;进化簇Ⅲ包括7条2019年DENV1 E基因序列和8条2014年DENV1 E基因序列,与参考序列Vietnam 2016遗传距离最近,序列相似度98.4%~98.8%。结论 2019年南宁市输入性DENV1流行株最有可能来源于广州和越南,推断南宁市2019年出现的DENV1本地流行由2014年以来本地进化毒株和新输入毒株共同引起。     

2019年珠海市登革病毒传播影响因素分析

目的 根据2019年珠海市登革病毒（DENV）的流行病学数据统计分析、DENV包膜蛋白（E）基因序列测定、登革抗体水平回顾分析及蚊媒密度监测,分析珠海市登革病毒传播的影响因素。方法 收集2019年登革热流行病学资料开展统计学分析;采集登革热临床诊断病例的血清标本,提取RNA,用RT - PCR方法检测,阳性标本针对E基因测序分型,构建进化树分析样品来源;采集2017—2019年珠海市200份/年的健康人群血清进行登革热抗体IgG检测;开展珠海市2019年蚊媒监测。结果 珠海2019年DENV流行的血清型主要为DENV - 1型,全部属于基因Ⅰ亚型,并分布在3个不同的分支上,分别与2017年越南、2015年柬埔寨,2014年马来西亚、新加坡,2014、2012年斯里兰卡等流行株高度同源;少数感染DENV - 2与DENV - 3病例均为输入病例,核酸序列与分别输入国的流行株序列高度同源;登革病毒IgG抗体阳性率逐年提高（2017年的1.5%到2019年12%）;2019年全市BI指数月平均值处在1.4～3.6之间。结论 目前珠海市登革病毒流行方式属于输入性引起的本地暴发流行,鉴于珠海登革疫情预警机制和蚊媒密度监测等工作推断,我市未来几年大范围暴发本地登革热疫情几率不高。     

4株气单胞菌临床分离株基于gyrB和rpoB基因序列的分子鉴定

目的对4株气单胞菌临床分离株进行菌种的分子鉴定,为气单胞菌的种型鉴定提供病原学依据。方法对4株系统生化鉴定为气单胞菌的菌株,提取核酸作为模板,分别使用gyrB、rpoB基因进行扩增及产物测序,将所得序列在GenBank中进行同源性搜索,与GenBank中已经公布的同源性较高的气单胞菌序列比较构建系统发育树并进行分析。结果 4株气单胞菌gyrB基因序列经同源性搜索,与多株嗜水气单胞菌和豚鼠气单胞菌同源性为99%,rpoB基因序列则与多株豚鼠气胞菌同源性为99%~100%,对gyrB基因和rpoB基因序列分别进行系统发育树分析显示,4株气单胞菌菌株在gyrB基因系统发育树中与多株嗜水气单胞菌和豚鼠气单胞菌聚为一簇,而在rpoB基因系统发育树中与多株豚鼠气单胞菌聚在同一分枝内。结论 4株气单胞菌经rpoB基因测序分析明确鉴定为豚鼠气单胞菌,gyrB基因测序分析不能有效鉴定其种型。     

2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情实验诊断和病原分子溯源

目的 对2009年浙江省义乌市发生疑似登革热暴发疫情进行实验诊断和病原分子溯源.方法 对40份疑似患者的血清样本同时进行登革病毒抗体、病毒核酸检测和病毒分离.对分离毒株提取病毒核酸后用RT-PCR方法扩增E基因,进行核苷酸序列测定和同源性与进化分析.结果 40份血清样本中登革病毒IgM抗体阳性17份(42.5%),IgG抗体阳性4份(10.0%);核酸阳性34份(85.0%);分离到登革病毒3型(D3)28株(70.0%).选取13株D3分离株测序,E基因全长均为1479个核苷酸(nt),无插入或缺失突变,推导编码493个氨基酸(aa).13株浙江D3分离株之间E基因同源性为100.0%.浙江D3株与2004年沙特阿拉伯分离株(Sandi Arabia/2004)的同源性最高,nt和aa同源性分别为99.3%和100.0%;与原型株(D3/H87/1956)相比同源性分别为93.4%和97.4%;与1980年中国广西D3分离株在该区域的同源性分别为93.6%和97.4%.E基因进化树显示浙江D3分离株在GⅢ进化支上,与浙江株亲缘关系最近的毒株为沙特阿拉伯株,均在同一进化支上.结论 引起2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情的病原是登革3型GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于沙特阿拉伯.     

深圳市大鹏新区首发登革热病例的分子病毒学分析

【目的】对深圳市大鹏新区首例疑似登革热病例的病原体进行分析及型别鉴定,从分子水平对病毒的生物学特征进行研究,以追溯病毒的地域来源。【方法】采用实时荧光RT-PCR方法对采集的疑似登革热患者血液样本进行登革病毒核酸检测及分型鉴定。扩增E基因并进行序列测定,与国内外不同地区登革热病毒株进行同源性比较和遗传进化分析。【结果】疑似登革热患者血清中检出登革1型病毒核酸。系统发育树显示分离株DP-DGR19001与MG894965/TW/CHN/2016、LC428079/VNM/2017、MG894867/TW/CHN/2015及MN512242/GX/CHN/2014的亲缘关系较近,属于genotypeⅠ型。E基因核苷酸序列同源性分别为99.87%、99.80%、99.60%和99.46%,氨基酸序列同源性均为100%。患者在发病前14 d内有前往登革热高发区的旅行史。【结论】大鹏新区首发登革热病例为登革1型病毒感染,属于输入性病例。     

河北省1例输入性登革热病例的病毒分离及其分子特征分析

目的从疑似登革热病例血清中分离病毒,获取全基因组数据并分析分子进化特征。方法采集河北省1例由柬埔寨输入的登革热疑似病例的血清样本,用胶体金法检测登革病毒IgM和IgG抗体以及NS1抗原;利用Vero E6细胞从血清中分离登革病毒,并采用Real-time PCR对病毒进行分型;扩增病毒全基因片段,将序列与国内外分离株序列进行比对,构建系统发生树。结果胶体金检测显示该病例血清登革病毒IgM、IgG抗体和NS1抗原均为阳性,从早期血清中分离到登革病毒,鉴定为I型登革病毒,分子进化分析揭示该分离株与东南亚地区毒株最为相似,病毒全基因组和E基因核苷酸序列同源性最高达99.99%,而与近年国内其他地区分离株进化关系较远。结论国内登革热的防控依旧需要加强输入性病例的监测。     

广州市2011年登革病毒流行状况及E基因进化特征分析

目的 了解2011年广州市登革热的流行情况,分析新分离毒株的E基因分子特征.方法 收集2011年广州市登革热的流行病学资料和血清标本.采用荧光定量PCR检测并确定血清型,C6/36细胞进行病毒分离,测定新分离毒株的E基因序列,利用Mega 4.0软件分析.结果 2011年广州市登革热发病高峰在9-11月.在患者血清中检测出登革热病毒1、2、4型,分离出5株登革热1型毒株.在基因型上,4株属于亚洲型,1株属于美洲/非洲型.结论 广州市登革病毒与东南亚地区的毒株有较高同源性,且存在登革热暴发的潜在风险,该病毒在广州市可能已出现本地化趋势.     

2019年珠海市登革病毒流行情况及E基因演化分析

目的 通过对2019年珠海市登革热流行病学数据及及登革病毒包膜蛋白基因（E基因）序列进行分析,了解珠海市登革热流行规律和病毒遗传进化特点。方法 2019年珠海疾病预防控制中心采集登革热临床诊断病例的血液标本,对病例进行流行病学调查,磁珠法提取病毒核酸,用Real-time RT-PCR进行检测,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型获得的基因序列,采用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果 共收集登革热临床诊断病例185例,实验室诊断病例99例,实验室诊断病例较2018年同期增长154%。其中输入性病例53例,本地感染病例46例,男性61例,女性38例,进入9月份本地感染病例增多,以散发状态为主,其中本地暴发疫情2起;75例成功测序,以DENV-1型为主,占88.00%,全部属于基因Ⅰ亚型,分布在3个不同分支上,分别与2017年越南、2015柬埔寨、2014年马来西亚、新加坡,2012、2014年斯里兰卡等流行株高度同源;DENV-2和DENV-3病例均为输入病例。结论 珠海市登革热主要由东南亚输入,极易发生输入性病例引起本地暴发流行,定期对流行的登革病毒进行序列分析有利于分析该病毒的基因进化方向。