消化后片段长度差异等位基因特异性PCR技术--印记SNP rs220028多态性和甲基化模式研究

目的建立一种能同时分析甲基化和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)的新方法。方法以印记SNP rs220028(A／G)为例，基因组DNA经甲基化敏感限制酶消化后用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele—specific PCR，FLDAS—PCR)分型；用扩增产物酶消化法来排除酶切位点序列变异，证实检出的是甲基化等位基因。结果消化后FLDAS—PCR可选择性检出甲基化等位基因，家系分析表明其来自母亲。等位基因频率A=0．5085．G=0．4915，多态信息含量为0．3749。结论消化后FLDAS—PCR技术可以实现甲基化和SNP的复合分析；印记SNP rs220028在Prader—Willi／Angelman综合征诊断中有潜在意义。     

10个肺癌相关基因多重甲基化特异性PCR检测方法的建立

目的建立10个肺癌相关基因的多重甲基化特异性聚合酶链反应(PCR)检测方法并运用于临床标本的检测。方法选取19例肺癌患者病灶组织标本,患者中男性16例,女性3例;平均年龄57.3岁。1例肺部良性病变患者组织标本为男性,年龄52岁。通过质粒构建及甲基化转移酶和亚硫酸盐修饰制备10个基因的甲基化和非甲基化标准品。通过选择甲基化特异性引物来识别甲基化模板,挑选10对甲基化特异性引物并平均分成2组,经最佳聚合酶及最佳退火温度的选择,建立多重甲基化特异性PCR体系,并应用于19例肺癌组织的检测,计算10个基因的甲基化率。结果在成功构建10个基因的甲基化和非甲基化标准品的基础上,建立了它们的多重甲基化特异性PCR检测方法。临床标本检测结果显示10个肺癌相关基因的甲基化率分别为p16INK4A 92%,H-cadherin 89%,E-cadherin和DAPK 76%,TIMP-3 63%,RARβ50%,MGMT 39%,RASSF1A 21%,GSTP1 11%,hMLH1 0%。2次实验结果重复性较好。结论这种分2组多重甲基化特异性PCR的方法能一次性检测10个基因甲基化状态,可以应用于临床标本的检测。     

甲基化特异性三重PCR检测FMR1基因突变的研究

目的探讨甲基化特异性三重PCR检测FMR1基因不同突变类型的价值。方法用甲基化特异性三重PCR方法检测了99例病人的FMR1基因,并用半巢式PCR和Southern印迹杂交方法进行比较。结果用甲基化特异性三重PCR检测出70例男性正常基因型、27例女性正常基因型,1例男性全突变基因型,1例女性前突变基因型,与半巢式PCR和Southern印迹杂交方法的检测结果相符。结论甲基化特异性三重PCR能准确检测FMR1突变的不同类型,适用于对脆性X综合征的临床筛查和诊断。     

甲基化特异性PCR检测Prader-Willi综合征

目的 探讨一种高效、快速检测Ｐｒａｄｅｒ－Ｗｉｌｌｉ综合征（Ｐｒａｄｅｒ－Ｗｉｌｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ,ＰＷＳ）的方法。方法 采用甲基化特异性聚合酶链反应（ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＲＣＲ,ＭＳＰＣＲ）,其作用原理基于ＤＮＡ经亚硫酸氢钠处理后,来片交方非甲基化序列的胞嘧转变为尿嘧啶,而来自母方甲基化序列则保持不变,随后用具有高度特异性的引物进行扩增。结果 ＰＷＳ患者的ＤＮＡ经亚硫酸氢     

白血病Reh、HL-60、K562细胞系RUNX 3 基因P2启动子甲基化状态与RUNX 3 基因表达

目的: 研究人白血病Reh、HL-60与K562细胞系RUNX 3 基因P2启动子甲基化状态及RUNX 3 基因的表达,分析P2启动子甲基化与基因表达之间的关系。方法: 运用甲基化特异性PCR(MSP)和RT-PCR检测Reh、HL-60与K562细胞系RUNX 3 基因P2启动子的甲基化状态及RUNX 3 基因的表达。结果: Reh及K562细胞系RUNX 3 基因P2启动子甲基化特异性扩增呈阳性,非甲基化特异性扩增呈阴性,RT-PCR扩增呈阴性;而HL-60细胞系相反,甲基化特异性扩增呈阴性,而非甲基化特异性扩增呈阳性,RT-PCR扩增阳性。结论: Reh及K562细胞中存在RUNX 3 基因P2启动子的甲基化,且在不同类型白血病细胞系中的甲基化状态不同。     

小鼠外周组织时钟基因启动子区甲基化分析

 摘要：目的 建立一种简单快速经济的检测八个主要时钟基因BMAL1、BMAL2、CLOCK、NPAS2、PER1、PER2、CRY1和CRY2启动子区甲基化状态的方法。同时检测小鼠外周组织肝、心、肾、胸腺、睾丸时钟基因启动子区甲基化状态。方法 用偏重亚硫酸氢钠和对苯二酚对基因组DNA进行脱氨基修饰。修饰后的DNA为模板,两套不同的引物对：甲基化特异性引物对和非甲基化特异性引物扩增小鼠肝、心、肾、胸腺、睾丸组织时钟基因启动子区。PCR产物进行电泳和测序。结果 扩增产物与预期片段大小相符合。PCR产物经过直接测序得到进一步证实。结论 成功建立了检测小鼠时钟基因启动子区甲基化的方法,为检测小鼠周围组织时钟基因启动子区甲基化提供了新的方法。同时,成年小鼠所有的八个时钟基因均为非甲基化状态。     

家族性腺瘤性息肉病患者APC基因启动子区异常甲基化及大片段结构异常

目的 研究3个家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)家系的腺瘤样息肉病(adenomatus polyposis coli)基因(APC)启动子1A区异常甲基化及DNA大片段结构异常.方法 对3个FAP家系成员的肿瘤组织标本和正常组织标本DNA进行化学修饰,应用甲基化特异PCR(methylation-speeif-ic PCR,MsP)和DNA序列分析方法筛查APC基因启动子1A区甲基化情况.采用多重连接依赖性探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MIPA)分析系统检测5例FAP患者肿瘤组织标本和正常标本的APC基因的15个外显子及启动子区DNA大片段结构异常.结果 在1个家系中发现2例患者存在APC基因启动子1A区异常甲基化.同一个家系中另1例患者存在APC基因全基因杂合性缺失.结论 APC基因启动子1A区异常甲基化可影响APC功能,可能是结直肠癌进展过程中的早期事件;大片段缺失可能是导致典型FAP的一个因素.     

脆性X综合征FMR1基因CGG重复序列与甲基化的检测

目的建立一种快速、可靠的脆性X综合征的群体筛查方法。方法应用热启动PCR和甲基化特异性PCR（MS-PCR）方法对62例智力低下儿童、12例父母外周血液以及5例高危胎儿的脐带血中FMR1基因CGG重复序列与甲基化状态进行检测。结果采用热启动PCR方法检测79例标本,77例标本的CGG重复数在21～40之间,与正常对照组无明显差异;2例标本未扩增出明显条带。采用MS-PCR方法检测出2例FMR1基因甲基化但CGG重复数在正常范围的患者。结论应用热启动PCR结合MS-PCR方法检测FMR1基因CGG重复数和甲基化,能提高诊断效率,可作为筛查脆性X综合征的首选方法。     

Prader—Willi综合征染色体15q11—13区带部分基因位点的遗传学研究

Prader－Willi综合征是由于缺少父源染色体15q11－13区带（包括父源缺失或母源单亲二体）和少见的印迹突变所致的神经发育异常的非孟氏遗传性疾病。为在分子水平对该病做出诊断，我们利用染色体15q11－13区带的7个位点和标志探针，其中包括二个甲基化位点的PW71和SNRPN探针（只需患儿样本）．用Southern印迹杂交的方法，对临床诊断的一个家系和一个患儿的外周血DNA进行分析。在二个标志基因上发现了母源单亲二体，标志基因上母源单亲二体是Prader－Willi综合征的分子水平诊断依据。     

乳腺癌细胞中PELP1基因表达与启动子区CpG岛甲基化相关性

目的建立针对PELP1基因启动子区CpG岛的甲基化特异性PCR(Methylation specific PCR,MSP)检测方法,分析乳腺癌细胞中PELP1基因表达与启动区CpG岛甲基化的相关性。方法设计针对PELP1基因启动子区的MSP引物组,以甲基化和非甲基化DNA为模板验证MSP引物的特异性,建立针对PELP1基因启动子区的MSP检测方法。以DNA甲基转移酶抑制剂5'-氮杂-脱氧胞苷磷酸(5'-Aza-d C)分别处理MCF-7乳腺癌细胞、MCF-10正常乳腺导管上皮细胞,采用MSP检测PELP1基因启动子区甲基化状态变化,采用Western blot检测蛋白表达。结果针对PELP1基因启动子区设计的MSP引物组特异性良好,甲基化特异性引物仅在甲基化DNA模板获得阳性扩增条带,非甲基化引物仅在非甲基化DNA模板获得阳性条带。MCF-7乳腺癌细胞中PELP1基因启动子区呈非甲基化状态,MCF-10正常乳腺导管上皮细胞中PELP1基因启动子区呈甲基化状态,MCF-10细胞中PELP1蛋白表达水平为MCF-7细胞的1/16(P0.05)。采用5'-Aza-dC去除MCF-10细胞PELP1基因启动子区甲基化后,PELP1蛋白表达水平上升了9.7倍(P0.05)。结论所建立的PELP1基因启动子区MSP检测方法特异性良好,去甲基化可能是导致乳腺癌细胞中PELP1基因过表达的重要机制。     

用聚合酶链反应技术对脆性X综合征进行筛查与诊断

目的 建立脆性X综合征大面积快速筛查与诊断的方法。方法 用7-deza-dGTP的PCR法扩增脆性位点智力低下1基因（fragile X mental retardation gene 1,FMR1)的（CGG）的重复区，检测CGG重复数的大小，对脆性X综合征进行诊断。结果 在一家系14个成员中，我们筛查出2例脆性X综合征携带者，5例患者；并用甲基化特异性X综合征男性携带者及患者进行快速鉴定；用甲基化特异性PCR法可以对脆性X综合征患者进行快速诊断。两种方法也适用于脆性X综合征的产前筛查与诊断。     

数字PCR检测尿液循环DNA甲基化的方法学性能评价

目的 基于尿液中的谷胱甘肽硫转移酶P1(glutathione S-transferase pi-1,GSTP1)基因,对微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测循环DNA甲基化的方法学进行性能评价。方法 根据甲基化检测试剂盒相关IVD产品的注册指南,主要从引物探针特异性、灵敏度、批内精密度、批间精密度、准确度5个方面对数字PCR检测尿液循环DNA甲基化进行性能评价。结果 GSTP1基因仅在前列腺癌样本中生成明显阳性微滴,在胃癌、肝癌、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、尿道癌、结直肠癌和胰腺癌中不生成阳性微滴,引物探针特异性良好;GSTP1基因的检测限为0.1ng/孔,当DNA输入量大于等于0.1ng/孔时,DNA甲基化情况都可以被检测到,灵敏度较好;批内精密度变异系数均小于6.25%,批间精密度变异系数均小于8.33%,符合CLSI参考文件的标准,表示精密度良好;通过比较数字PCR与荧光定量PCR(Methylight)检测前列腺癌尿液样本GSTP1甲基化情况,相关系数为0.9949,表明两种方法相关性较好,证明数字PCR准确度良好。结论 数字PCR检测尿液循...     

多重连接探针扩增技术及其应用

多重连接探针扩增是一种建立在PCR技术七的新型相对定量检测技术,该技术具有高效率、高分辨率、操作简便、设备要求低等诸多优势,目前已被广泛应用于基因片段缺失与重复、点突变及甲基化检测等相关疾病的分子生物学研究.其与基因芯片结合而建立的多重连接探针扩增微阵列芯片技术不但真正具备了高通量的检测能力,还使该技术的可靠性获得了很大的提高.本文就多重连接探针扩增的技术方法 、应用进展及目前还存在的局限性作一综述.     

AllGlo探针4重荧光定量PCR技术同时检测4种疱疹病毒

目的 探讨多重荧光定量PCR技术的优化条件,建立基于AllGlo探针技术荧光定量法检测4种疱疹病毒新方法.方法 分别采用单重和多重定性PCR扩增临床常见4种疱疹病毒[单纯疱疹病毒1型(HSV-1)、HSV-2、Epstein-Barr病毒(EBV)、巨细胞病毒(CMV)]并测序鉴定,然后分别采用AllGlo探针和TaqMan探针的单重和多重定量PCR技术对4种疱疹病毒进行单种和多种病毒同时定性定量检测.结果 TaqMan探针和AllGlo探针单种疱疹病毒检测阳性率和特异性均为100％,AllGlo探针单重定量PCR检测比4重探针单种定量PCR的检测Ct值高1～3,AllGlo探针4重定量PCR可以同时检测4种疱疹病毒,相同样品AllGlo探针4重定量PCR检测与单探针单重定量PCR分别检测的结果符合率100％.结论 AllGlo探针荧光定量PCR技术的通量、灵敏度和特异性均高于TaqMan探针,应用前景广阔.     

DNA甲基化检测方法

DNA甲基化是真核细胞基因组重要修饰方式之一 ,参与基因的表达调控。目前 ,DNA甲基化检测的方法主要有 :酶切、限制性酶切 - PCR(restriction enzym e PCR)、甲基化特异性 PCR(methylation- specific PCR,MS PCR)、Southern印迹亚硫酸盐测序 (bisulfite DNA sequencing)、变性高效液相色谱 (denature high- perform ance liquid chrom atography,DHPL C)、甲基化敏感的单核苷酸引物延伸 (m ethylation- sensitive single nucleotide prim er extensio,MS- SNu PE)、PCR荧光变性曲线分析(PCR and fluorescence m elting curve analysis)、亚硫酸盐 PCR- SSCP(bisulfite- PCR- SSCP)、COBRA(combined bisulfite re-striction analysis)和 Methy L ight     

一种快速定量检测p16基因甲基化方法的建立

目的建立一种基于错配杂交-化学发光检测的p16基因启动子区过甲基化的定量分析方法。方法用亚硫酸氢钠修饰基因组DNA,所有未甲基化的胞嘧啶都被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不发生变化。设计合成一对不含CpG位点的引物同时扩增甲基化或非甲基化目的DNA片段,用两根分别与甲基化及非甲基化CpG位点互补的寡核苷酸探针与扩增产物进行杂交,化学发光检测,通过两根探针的杂交信号强度之比确定样品DNA中甲基化的p16基因的比例。结果检测结果与肿瘤细胞DNA样品中甲基化的p16基因的量成正比,而且与其表达水平呈逆相关。结论与现有方法相比,本法是一种检测快速、操作简便的p16基因甲基化的定量检测方法。     

SYBR Green实时荧光PCR技术在肝细胞癌基因甲基化定量分析中的应用

目的 建立一种简便易行的甲基化定量检测技术,并对肝细胞癌中基因的甲基化情况进行分析,从而对该技术在临床应用中的可行性进行评估.方法 基因组DNA经亚硫酸氢钠修饰处理后,构建包含CDKN2A和ACTB两个基因片段的质粒标准品,通过SYBR Green荧光定量PCR检测并制作标准曲线,并用这一方法对41例肝细胞癌中两种基因进行甲基化定量分析.结果 通过对扩增曲线、熔解曲线、标准曲线以及电泳结果的分析表明,SYBR Green荧光定量PCR对102～108拷贝/μL范围内质粒标准品的扩增具很高特异性、灵敏度和较宽的检测范围;通过对41例肝细胞癌手术标本的检测进一步表明证实了本方法在基因甲基化定量分析中的可行性.结论 SYBR Green荧光定量法作为一种简便易行且具备高通量分析能力的定量检测方法,可以应用于肿瘤中基因甲基化的研究与临床检测.     

DNA总体低甲基化、错配修复基因启动子甲基化异常与神经管畸形的相关性

目的研究神经管畸形（NTDs）胚胎脑组织和皮肤组织DNA总体甲基化以及错配修复基因启动子区甲基化水平。方法在山西省吕梁地区以医院为基础进行病例-对照研究。从县级医院及妇幼保健院收集经B超诊断为NTDs的胎儿标本,同时收集非病理性引产、无畸形和发育迟缓的胎儿作为正常对照组。运用甲基化定量试剂盒测定脑组织和皮肤组织的DNA总体甲基化水平,甲基化特异性多连接依赖性探针扩增试剂盒检测7个错配修复基因（MLH1,MSH2,MSH6,MSH3,MLH3,PMS2和MGMT）启动子区甲基化水平。结果共有65例NTDs胚胎,48例对照胚胎进入研究。①NTDs组的脑组织DNA总体甲基化水平显著低于对照组（5.3%vs6.5%,P〈0.001）,DNA总体低甲基化显著增加了NTDs发生风险（OR=4.98,95%CI：1.42-17.53）。皮肤组织DNA总体甲基化水平在两组间差异无统计学意义（13.3%vs13.1%,P〉0.05）;②NTDs和对照组的MSH6启动子（MSH6-301：2.5%vs3.7%,P〈0.05）和PMS2启动子（PMS2-328：5.7%vs6.7%;PMS2-142：2.0%vs2.7%,P〈0.05）的甲基化水平存在显著差异。结论 DNA总体低甲基化、错配修复基因启动子区的异常甲基化修饰与NTDs发生有关。     

3种 DNA 甲基化定量分析方法的比较

目的：比较特定基因区域 DNA 甲基化检测方法的优缺点。方法采用焦磷酸测序、克隆测序和DNA 甲基化芯片等3种 DNA 甲基化检测方法,对7例唐氏综合征和5例正常对照样本的 PRDM8内含子7 CpG 岛中的部分序列进行甲基化检测。从准确度、重复性和精确度(分辨率)等方面来比较3种方法,探讨哪种方法更适合特定基因的 DNA 甲基化水平定量检测。结果①焦磷酸测序可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,结果重复性好,准确度高,而且能发现样本中 CpG 位点甲基化水平变化的规律;②克隆测序也可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,但结果重复性较差,无法发现 CpG 位点甲基化水平变化的规律;③甲基化芯片可通过所测区域的两个探针来判断样本间甲基化水平的差异,但无法在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平;④上述3种方法检测结果之间存在一定的差异,但是样本间甲基化水平总体趋势基本一致。此外,唐氏综合征样本的甲基化水平高于正常对照样本。结论焦磷酸测序准确度高、重复性好、费用较低、操作较为简单快捷,更为适合在单碱基水平检测特定基因区域的 DNA 甲基化水平。     

睾丸组织中的TSP50启动子甲基化差异的研究

目的:检测不同组织中TSP50启动子区域的甲基化状态,研究其表达的机制。方法:分离、纯化鼠睾丸中的精原细胞、精母细胞和精子,分别提取人的睾丸组织、Ntera-2细胞、鼠精原细胞、精母细胞和精子的基因组DNA,用重亚硫酸盐处理基因组DNA,PCR扩增人和鼠的TSP50的启动子CpG岛区域,电泳,提纯,连接于质粒中,转导入细胞中,扩增,提取,纯化质粒,测序。结果:人睾丸组织甲基化水平较低,Ntera-2细胞处于较高水平。鼠的精原细胞和精子细胞甲基化水平较高,精母细胞甲基化水平较低。结论:TSP50启动子区域甲基化位点的甲基化水平调控TSP50蛋白的表达。