应用寡核苷酸芯片技术探索原发性肝细胞癌发生发展中的差异表达基因

目的应用寡核苷酸芯片技术进行高通量分析原发性肝细胞癌与癌旁组织以及正常肝组织的差异表达基因,探索与肿瘤进展相关的靶基因。方法对原发性肝细胞癌患者的癌组织、癌旁组织以及正常肝组织,应用Trizol-步法进行总RNA抽提,10g/L琼脂糖凝胶电泳和芯片实验室进行RNA质量检测。总RNA纯化后进行逆转录cRNA合成、荧光标记和纯化,将癌组织和正常肝组织、癌组织和癌旁肝组织的cRNA探针分别与Agilent寡核苷酸芯片(21 074探针)进行杂交,洗涤后应用Agilent扫描仪获取图像,特征提取软件进行定量分析处理。挑选明显差异表达的基因进行SYBR Green I染料掺入的荧光实时逆转录聚合酶链反应验证。结果(1)配对组织总RNA质量高,反转录cRNA及荧光标记质量好；(2)2倍差异表达基因中,上调基因共420个,下调基因共552个,其中包括5倍上调基因DKK1；(3)以β-肌动蛋白为内对照的实时逆转录聚合酶链反应结果提示,DKK1在癌、癌旁和正常肝组织中的2~(-ΔCt)值分别为0．089 504、0．007 65和0．000 631。结论应用Agilent寡核苷酸芯片高通量、高效率地分析原发性肝细胞癌发生发展过程中的基因表达差异,可以筛选新的治疗靶点；原发性肝细胞癌的发生发展涉及多基因、多步骤,是一个复杂的过程；DKK1可能是原发性肝细胞癌发展过程中的新的分子靶点,其表达变化涉及肿瘤进展。     

实时荧光定量PCR技术检测食管鳞癌c-myc mRNA的表达

目的 探讨c-myc mRNA表达与食管鳞癌发病的关系.方法 采用实时荧光定量PCR法检测24例食管鳞癌患者食管鳞癌组织和正常食管鳞状上皮组织、癌旁食管鳞状上皮组织中c-myc mRNA的表达.结果 食管鳞癌组织与癌旁食管鳞状上皮组织c-myc基因的表达量相近,二者均明显高于正常食管鳞状上皮组织(P<0.05).结论 c-myc基因在食管鳞状上皮癌变过程的早期阶段起重要作用.     

Claudin-1和VEGF-c在食管鳞癌中的表达

目的检测Claudin-1和VEGF—c蛋白存食管鳞癌组织和癌旁组织中的表达,探讨Claudin-1和VEGF—c蛋白存食管鳞癌发生发展中的作用。方法用组织芯片技术及免疫组化方法检测食管鳞癌及相应癌旁组织中Claudin-1和VEGF-c蛋白的表达,分析其表达与临床病理因素的关系。结果Claudin-1和VEGF—c蛋白在食管鳞癌癌组织中的表达均显著高于癌旁组织。Claudin-1和VEGF—c蛋白在食管鳞癌组织的表达与患者年龄、性刖、肿瘤的分化程度、分级分期和淋巴结转移情况无关。结论食管鳞癌的发生可能与Claudin-1和VEGF-c蛋白的表达上调有关。     

TESTIN和Caspase-3蛋白表达与食管鳞癌临床病理特征及预后的关系

目的 检测食管鳞癌中TESTIN基因和Caspase-3蛋白表达水平,及与食管鳞癌临床病理特征及预后的关系.方法 应用免疫组化法检测50例食管鳞癌及癌旁＞5 cm组织中的TESTIN蛋白和Caspase-3蛋白的表达水平.Western印迹及半定量RT-PCR法检测65例配对人食管鳞癌和癌旁组织中TESTIN表达的差异.分析两因素表达的相关性及其与食管鳞癌临床病理特征及预后的关系.结果 50例食管鳞癌标本中,免疫组化结果显示TESTIN蛋白和Caspase-3蛋白阳性率分别为30.0%(15/50)和24.0%(12/50),显著低于癌旁组织的84.0%(42/50)和94.0%(47/50),组间差异有统计学意义(P值均＜0.01).65例配对人食管鳞癌组织中,TESTIN mRNA的表达量显著低于癌旁组织(P＜0.05);Western印迹检测结果显示,69.2%(45/65)的食管鳞癌组织TESTIN蛋白表达量比对应癌旁组织下降(P＜0.01).TESTIN的表达与食管鳞癌分化程度有关,而与性别、年龄、肿瘤大小、TNM分期、淋巴结转移无关.食管鳞癌中TESTIN在蛋白水平与Caspase-3表达呈正相关.TESTIN蛋白阴性表达者的累计生存时间显著低于阳性者(P＜0.05).结论 TESTIN和Caspase-3在食管鳞癌组织中的表达下调且呈正相关性,两者在食管鳞癌的发生发展过程中可能起协同作用,TESTIN对评价食管鳞癌的预后可能有较好价值.     

应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

bcl-2家族相关基因异常表达与Barrett食管的关系

目的应用寡核苷酸芯片技术高通量分析Barrett食管与正常食管黏膜组织的基因表达差异,探索与疾病进展相关的靶基因。方法对Barrett食管患者的病变食管黏膜以及正常食管黏膜组织,应用Trizol一步法进行总RNA抽提,10g/L琼脂糖凝胶电泳和芯片实验室进行RNA质量检测。总RNA纯化后进行逆转录cRNA合成、荧光标记和纯化,将Barrett食管黏膜和正常食管黏膜组织的cRNA探针分别与Agilent寡核苷酸芯片（30,968探针）进行杂交,洗涤后应用Agilent扫描仪获取图像,Feature Extraction提取软件进行定量分析处理。结果（1）大活检钳钳取2次活检的组织能提供芯片所需要的5μg RNA,配对组织总RNA质量高,反转录cRNA及荧光标记质量好;（2）2倍差异表达基因中,上调基因共142个,下调基因共284个。其中包括bcl-2、MCLI、BAX、BIK和BCLAF1等15个异常表达的bcl-2家族相关基因。结论基因芯片分析可用于内镜下活检组织,Barrett食管的发生发展涉及多基因多步骤,是一个复杂的过程;bcl-2家族相关基因异常表达可能涉及Barrett食管的发生发展过程,确切机制有待进一步深入研究。     

MTSS1及Gli1在食管鳞癌组织中表达及其相关性

目的 检测食管鳞癌组织中肿瘤转移抑制蛋白(MTSS)1及胶质瘤相关癌基因蛋白(Gli)1的表达水平,探讨MTSS1和Gli1的相关性。方法 应用免疫组织化学SP法和原位杂交方法检测136例食管鳞癌组织及其相应的96例癌旁不典型增生组织和136例正常食管黏膜组织中MTSS1、Gli1蛋白及mRNA的表达水平。结果 MTSS1蛋白和mRNA在食管鳞癌组织中的阳性表达率显著低于癌旁组织和正常食管黏膜组织,两两比较差异均有统计学意义(P<0.05)。Gli1蛋白和mRNA在食管癌组织中的阳性表达率显著高于癌旁不典型增生组织和正常食管黏膜组织,两两比较差异均有统计学意义(P<0.05)。有淋巴结转移组食管鳞癌组织中MTSS1蛋白及mRNA阳性表达率均显著低于无淋巴结转移组(P<0.05);有淋巴结转移组食管鳞癌组织中Gli1蛋白及mRNA阳性表达率均显著高于无淋巴结转移组(P<0.05);Gli1和MTSS1蛋白在食管鳞状上皮细胞癌组织中的表达呈负向相关(r=-0.422,P<0.05),Gli1和MTSS1 mRNA在食管鳞状上皮细胞癌组织中的表达亦呈负向相关(r...     

食管鳞状细胞癌组织JNK1蛋白和mRNA的表达及意义

采用免疫组化SP法和逆转录—聚合酶链反应法分别检测40例食管鳞状细胞癌组织和癌周正常食管黏膜组织中氨基未端激酶（JNK1）蛋白及其mRNA的表达。结果癌周正常食管黏膜组织JNK1蛋白及JNK1 mR-NA的阳性表达率均低于癌组织（P均〈0.05）。食管鳞状细胞癌组织中JNK1蛋白和mRNA的表达与癌组织的分化程度和浸润深度有关（P〈0.05）,与性别、年龄及淋巴结转移无关（P〉0.05）。提示JNK1可能在食管鳞癌的恶性发展过程中起一定的作用。     

TWEAK及其受体Fn14蛋白在食管鳞癌中的表达及临床病理意义

目的:探讨肿瘤坏死因子样凋亡微弱诱导剂(TNF-like weak inducer of apoptosis,TWEAK)及其受体早期反应蛋白14(fibroblast growth factor-inducible 14,Fn14)表达与食管鳞状细胞癌发生、发展及浸润、转移的关系.方法:应用免疫组化法分别检测手术切除的45例食管鳞癌组织、22例癌旁不典型增生组织及22例正常食管黏膜组织中TWEAK及Fn14蛋白表达,并且对二者在食管鳞状细胞癌组织中的表达情况进行相关性分析.结果:食管鳞癌组织中TWEAK蛋白表达与癌的浸润深度、淋巴结转移及TNM分期均密切相关(χ2分别为6.455,11.645及4.185,P均<0.05);在食管鳞癌癌变过程中TWEAK蛋白表达在正常黏膜组织、癌旁不典型增生组织及癌组织中的表达率依次增高,分别为27.3%(6/22)、40.9%(9/22)、64.4%(29/45),组间比较差异具有统计学意义(χ2=9.018,P<0.05);Fn14蛋白表达也与癌的组织学分级、浸润深度、淋巴结转移及TNM分期均密切相关(χ2分别为10.873、12.513、9.244及13.137;均P...     

Kiss-1在食管鳞状细胞癌组织中的表达及临床病理意义

目的:观察Kiss-1蛋白及mRNA在食管鳞状细胞癌组织中的表达及其临床病理意义.方法:采用免疫组织化学SP法、原位杂交和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,联合检测了62例食管鳞状细胞癌、31例癌旁不典型增生及62例正常食管组织中Kiss-1蛋白和mRNA的表达,并探讨其临床病理意义.结果:在食管鳞状细胞癌组织、癌旁不典型增生及正常食管组织中,Kiss-1蛋白的阳性表达率分别为56.5%、67.7%、90.3%(P<0.05);用原位杂交检测Kiss-1 mRNA阳性表达率分别为51.6%、74.2%、95.2%(P<0.05);用RT-PCR技术检测Kiss-1 mRNA阳性表达率分别为54.8%、71.0%、88.7%(P<0.05);食管鳞状细胞癌组织中Kiss-1蛋白及mRNA的低表达与淋巴结转移密切相关(P<0.05),而与患者的性别、年龄、肿瘤的组织学分级无关(P>0.05);Kiss-1蛋白的低表达与浸润深度有关(P<0.05);在食管鳞状细胞癌组织中,Kiss-1蛋白及mRNA的表达呈正相关(P<0.05),用原位杂交及RT-PCR技术对Kiss-1 mRNA表达情况的检测结果也呈正相关(P<0.05).结论:Kiss-1基因的表达降低或缺失和食管鳞状细胞癌的发生发展及转移有关,有望成为食管鳞状细胞癌早期诊断和预后判断的重要指标之一.     

实时荧光定量RT-PCR和寡核苷酸芯片方法分析食管腺癌组织中基因的表达

目的采用实时荧光定量RT—PCR和寡核苷酸芯片技术分析食管腺癌基因表达的特征。方法应用寡核苷酸芯片筛选6例食管腺癌基因表达谱,实时荧光定量RT—PCR验证其中8个基因的表达变化。结果2倍差异表达基因（DEGs）中,上调基因共212个,下调基因共126个;涉及细胞周期相关基因、信号转导相关基因、血管生成相关基因、细胞增殖相关基因、凋亡抑制基因、抑癌基因、黏附和代谢等。实时荧光定量RT-PCR和寡核苷酸芯片技术对8个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论食管腺癌的发生、发展涉及多基因多步骤,是一个复杂的过程。寡核苷酸芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

5-Aza-CdR对食管鳞癌甲基化基因的影响

目的探讨5-aza-CdR对食管鳞癌甲基化基因的影响。方法应用人类全基因组寡核苷酸微阵列芯片,荧光双交换法检测5-aza-CdR干预的食管鳞癌细胞Eca-109与正常培养的Eca-109细胞中的差异表达基因,并进行生物信息学分析。结果经统计学分析,共筛选获得384个差异表达基因,其中303个基因表达上调,81个基因表达下调;差异基因的功能涉及信号转导、物质合成代谢、细胞周期、细胞增殖、细胞凋亡、DNA转录、DNA复制、DNA修复、氧化还原、物质运输、免疫反应等;上调表达基因中有138个基因分别含有1～5个CpG岛序列,占总上调基因的45.54%。结论5-aza-CdR可以影响食管鳞癌细胞中基因异常的甲基化修饰,调控肿瘤细胞的异常凋亡和分化,为进一步研究食管鳞癌致病分子机制,提供表观遗传学的依据。     

结合基因芯片表达谱研究miRNAs在食管鳞癌中的作用

目的:探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell cancer,ESCC)中miRNAs的作用.方法:利用基因芯片来分析ESCC和正常组织间的miRNAs和mRNA的表达差异;为了研究差异miRNA功能,参考基因mRNA表达数据来分析miRNA靶基因和调节基因.结果:得到了8个差异的miRNA和1178个差异的mRNA.8个miRNA具有142个靶基因,137个基因被miRNA具有转录因子活性的靶基因调节.其中,53个基因参与KEGG信号通路,14个基因与BioCarta通路相关,137个基因发生相互作用,构成433边的相互作用网络.结论:miRNA的调节功能异常可能是导致ESCC基因表达失常的原因,8个miRNA和受他们调节的基因组成一个相互调节网络,并在ESCC中发挥重要作用.     

基于GEO和TCGA数据库食管鳞状细胞癌预后模型构建与验证

目的探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织与正常组织之间的差异表达基因,构建ESCC的预后相关模型并验证其临床应用价值。方法首先,基于GSE20347、GSE23400、GSE26886、GSE45168、GSE77861数据集确定ESCC的差异表达基因。其次,经通路富集后使用STRING和Cytoscape软件筛选关键基因。随后,Kaplan-Meier Plotter和单变量Cox回归用于生存分析,多因素Cox回归应用于构建预后模型。实时荧光定量PCR用于验证预后相关基因的差异表达情况。此外,我们通过Kaplan-Meier曲线、ROC曲线、一致性指数、灵敏度和特异度验证模型的预后价值。最后,利用基因集富集分析进一步探讨ESCC预后机制。结果本研究发现98个差异表达基因和15个关键基因,其中6个关键基因与预后相关。此外,基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型经验证临床应用价值较好。结论基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型可独立预测ESCC的预后。     

R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究

目的本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析。方法从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR<0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值。结果本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关。结论利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点。     

基因芯片技术在食管鳞癌转移相关基因表达谱筛选中的应用

目的 研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法 选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray 3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因58条,其中表达上调基因36条、下调基因22条,包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 基因芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱可为明确食管鳞癌转移机制提供重要参考。