基于网络药理学探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的作用机制

目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库，筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点，利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因，并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点；通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作（PPI）网络，并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点；通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络，获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个，与疾病的交集靶点117个，主要涉及肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、MAPK、核因子-κB（NF-κB）、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路，由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分，能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点，调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路，发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。     

基于网络药理学分析防风-乌梅药对治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学分析防风-乌梅药对治疗荨麻疹的物质基础及分子机制。方法 根据文献报道,结合口服利用度≥ 30%和类药性分析≥ 0.18,在TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库筛选防风-乌梅药对活性成分及靶点,GeneCards数据库筛选荨麻疹靶点,通过靶点映射确定药对活性成分作用的荨麻疹靶点;借助Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点网络图,STRING平台构建靶蛋白互作网络,应用DAVID数据库对靶点进行KEGG通路分析,利用Cytoscape软件中BiNGO和MCODE插件对靶基因进行GO生物过程富集和聚类分析。结果 从防风-乌梅药对中筛选得到槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、欧前胡素、升麻素等16个活性成分,作用于IL-6、TNF、SRC、EGFR、IL-8、PTGS2等62个荨麻疹相关靶点,调控TNF信号通路、PI3K/Akt信号通路、NF-kB信号通路、低氧诱导因子1信号通路、NOD样受体信号通路等8条信号通路,参与调节炎症反应、肽-酪氨酸磷酸化、蛋白质分解代谢等生物过程。结论 充分揭示了防风-乌梅药对多成分、多靶点、多通路治疗荨麻疹的科学内涵。     

基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用机制

目的 基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用靶点及通路。方法 在TCMSP数据库中筛选麻黄有效成分及作用靶点,通过Uniprot数据库对靶点进行标准化处理。通过GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库筛选心力衰竭疾病相关靶点,将药物的作用靶点与疾病靶点进行交集,获得药物-疾病共同靶点,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析（PPI）,并通过Cytoscape3.8.0软件进行拓扑学分析。最后运用Metascape数据平台、David数据库对共同靶点进行GO及KEGG富集分析得出有关信号通路及生物进程。结果 筛选得到麻黄有效成分23个,用来治疗心力衰竭潜在有效成分为木犀草素、槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、（+）-儿茶素、草质素、柚皮素、飞燕草素、芫花素和乳白蛋白,槲皮素和山柰酚为重要化学成分。麻黄有效成分与心力衰竭共同核心靶点116个,通过PPI拓扑筛选及网络拓扑学分析显示TNF、MAPK1、TP53、IL-6、MAPK3、RELA等16个靶点为主要作用靶点,AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK、PI3K-Akt、TNF、IL-17、HIF-1以及细胞凋亡通路等为主要信号通路。结论 麻黄治疗心力衰竭是通过多靶点、多通路的作用,主要体现在调节免疫及炎症因子、抗氧化应激、调控细胞凋亡。     

基于网络药理学的不同方法炮制的何首乌肝毒性机制探讨及实验验证

目的 基于网络药理学及实验验证探讨制首乌肝毒性的机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP v2.0）收集制首乌的活性成分和作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库获取肝损伤相关的靶点。用Venny图筛选获得两者的共同靶标后,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络,并且利用R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。利用体内实验进一步验证何首乌不同炮制品的肝毒性。结果 分别获取制首乌活性成分30个,肝毒性相关靶点527个,制首乌活性成分与肝损伤的共同靶点48个,包括JUN、MAPK1、CYP3A4等。KEGG通路分析筛选了135条相关信号通路,显示非酒精性脂肪肝通路和TNF信号通路等可能在制首乌肝毒性中起关键作用。体内实验表明,炮制后的何首乌肝毒性有效减轻,以九蒸九晒法效果最好。结论 制首乌肝毒性具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,九蒸九晒法制首乌引起肝毒性的程度最轻。     

基于网络药理学探讨蒙药苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用机制

目的 运用网络药理学探讨苏龙嘎-4颗粒的多成分、多靶点、多途径的抗腹泻作用机制。方法 通过TCMSP平台、BATMAN-TCM数据库及文献检索收集苏龙嘎-4颗粒中4味中药的全部化学成分和作用靶点，同时利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取腹泻的已知治疗靶点。构建韦恩图，得到苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用靶点。采用Cytoscape 3.7.1软件，将活性成分与潜在靶点构建“药物-成分-靶点”网络；通过String 10.0数据库建立PPI网络，并获得核心靶点。采用R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果 根据数据库检索，结合所制定的筛选标准，得到苏龙嘎-4颗粒34个活性成分和110个靶点，其中74个靶点为苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的潜在靶点。GO生物学过程分析得出87个条目，KEGG通路分析得出117条通路，主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、凋亡通路等。推测苏龙嘎-4颗粒可能通过抗炎、影响细胞凋亡、修复肠粘膜损伤而起到抗腹泻的作用。结论 苏龙嘎-4颗粒的活性成分主要通过CASP-3、EGFR、IL-6、VEGFA、MAPK8等靶点抑制炎症因子的产生阻断炎症反应、影响细胞凋亡的同时对肠粘膜损伤的进行修复，最终发挥抗腹泻的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗代谢相关脂肪性肝病作用机制

目的 使用网络药理学方法探讨黄芪治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库和比较毒物基因组学数据库数据库,预测和筛选黄芪的活性成分和MAFLD的相关基因,得到黄芪治疗MAFLD的潜在靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库,构建黄芪活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络,分析网络获得重要靶点,并利用Metascape数据库对其进行GO和KEGG通路富集分析。结果 从黄芪中筛选得到叶酸、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等20个活性成分,能够作用于91个MAFLD相关靶点,其中IL4、EGFR、MAPK8、TNF、HIF-1α等27个靶点是重要靶点,可能通过调控糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路,参与调节MAFLD脂质代谢、氧化应激反应和炎症反应等多种生物过程。结论 黄芪可以通过多靶点、多途径参与MAFLD的治疗。     

基于网络药理学和分子对接的栀子对缺血性脑卒中与出血性脑卒中共性干预机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术挖掘栀子对缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共同干预机制,明确解毒中药治疗缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共性靶点与关键通路。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医百科全书（ETCM）、中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）以及中医药综合数据库（TCMID）收集栀子的活性成分,运用TCMSP、STTICH、Swiss数据库进行靶点预测,从在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCard数据库、DisGeNET数据库、TTD疾病数据库搜集缺血性脑卒中和出血性脑卒中的疾病靶点,将2者取交集得到的靶标导入STRING平台进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,运用Cytoscape软件进行网络拓扑分析,同时运用DAVID软件对交集靶标进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因组百科全书（KEGG）通路分析,最后利用分子对接技术验证栀子有效成分与核心靶点的结合作用。结果 从栀子中共筛选出68个活性成分,包括山柰酚、芹菜素、槲皮素、熊果酸、京尼平苷、栀子苷等,栀子活性化合物与缺血性脑卒中和出血性脑卒中相关的治疗靶点有205个,主要包括IL6、AKT1、INS、IL1B、VEGFA、TP53、MAPK3、CASP3、JUN、EGFR、MMP9等。分子对接显示栀子的有效成分芹菜素、槲皮素、山柰酚、熊果酸等与IL6、AKT1、IL1B、TP53、MAPK3、CASP3、MMP9具有良好的结合能力。栀子主要通过调节肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1（HIF-1）、（叉头框蛋白） FoxO、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶（PI3K-Akt）等信号通路发挥缺血性脑卒中和出血性脑卒中共性干预的作用。结论 栀子对缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共性干预主要通过抑制免疫炎症反应、调控细胞凋亡等过程发挥治疗作用。     

基于“脑-肠轴”理论及网络药理学的黄连治疗慢性肠炎、失眠、抑郁症异病同治的作用机制探讨

目的 基于“脑-肠轴”理论,通过网络药理学和分子对接法,分析黄连治疗慢性肠炎、失眠、抑郁症异病同治的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取黄连的活性成分及相关靶点,检索GeneCards、OMIM、Drugbank数据库预测慢性肠炎、失眠、抑郁症的相关靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白质相互作用（PPI）网络,通过网络拓扑参数预测核心靶点,利用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后利用分子对接验证核心成分及核心靶点的结合能力。结果 筛选得到黄连活性化合物9种,主要活性成分包括槲皮素、氢化小檗碱、小檗浸碱、黄藤素、小檗碱;活性成分靶点与慢性肠炎、失眠、抑郁症的交集靶点38个,核心靶点19个,其中IL-6、IL-1β、AKT1、TNF、FOS等靶点度值较高。GO和KEGG分析表明核心靶点主要通过AGE-RAGE、IL-17、TNF等多条信号通路发挥调节作用,核心成分及核心靶点分子对接显示出良好的结合活性。结论 慢性肠炎、失眠、抑郁症3者虽为不同疾病,但通过“脑-肠轴”互为联系。网络药理学分析显示黄连通过多组分、多靶点、多通路的药理作用治疗慢性肠炎、失眠及抑郁症。     

基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7（IL-7）信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学的益母草治疗神经损伤的潜在分子机制研究

目的 探讨益母草治疗神经损伤的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学数据库(BATMAN-TCM)获取益母草的活性成分,然后从SwissTargetPrediction(STP)和TCMSP数据库中收集和预测候选化合物的作用靶点.利用疾病靶点标准化数据库(Uniprot)获取益...     

基于网络药理学和分子对接的黄蜀葵花干预糖尿病肾病的作用机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究黄蜀葵花干预糖尿病肾病的多成分、多靶点、多通路作用机制,旨在为其基础研究及临床应用提供依据.方法 通过ETCM、HERB数据库结合文献报道,筛选黄蜀葵花活性成分,并通过PharmMapper数据库预测其潜在靶点,建立靶点数据库.通过Genecards、OMIM、Drugbank、...     

基于网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎潜力的研究

目的 通过网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、靶点、通路及分子机制。方法 从TCMSP数据库和文献挖掘收集新加香薷饮中的香薷、金银花、连翘、厚朴和扁豆花的化学成分,以TCMSP数据库和Swiss Target Prediction获取靶点,输入STRING数据库获取靶点对应的标准基因名,运用DAVID6.8进行GO富集、KEGG通路富集和组织富集分析,采用Cytoscape 3.8.0和R语言作图。从PDB数据库下载新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL和ACE2的晶体结构,利用AutoDock Vina、Pymol和Discovery Studio软件进行分子对接。结果 从新加香薷饮中获得49个活性成分和321个靶点,发现了33条与治疗COVID-19相关的通路,包括肺病相关通路、病毒相关通路以及炎症-免疫相关通路,并发现了RELA、MAPK1、IL6、AKT1、MAPK8、TNF等6个基因可能与治疗COVID-19密切相关。通过分子对接发现金圣草黄素、绿原酸、咖啡酸、厚朴酚、和厚朴酚、麝香草酚、香荆芥酚与SARS-CoV-2 3CL和ACE2具有较高的亲和力。结论 中药治疗疾病是通过多组分、多靶点和多途径共同的结果,新加香薷饮具有治疗COVID-19的潜力。     

基于网络药理学和分子对接的苦参抗乳腺癌潜在机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分，通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测，通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点，根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点；采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图，用 STRING数据库分析共有靶点，构建PPI网络图，通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接，同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个，筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点，其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路，且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示，苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖，诱导细胞凋亡，上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路，调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用，苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS技术和网络药理学探讨蒲公英改善高脂血症的活性成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱-线性离子阱串联静电场轨道高分辨质谱（UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS）技术、网络药理学和分子对接探究蒲公英改善高脂血症的有效成分及其作用机制。方法 根据质谱信息结合对照品裂解规律并参考文献指认蒲公英中化学成分；利用STITCH、SwissTargetPredection、TCMSP数据库构建蒲公英的潜在药效成分靶点数据库，通过GeneCards、DrugBank、OMIM、TherapeuticTargetDatabase、PharmGKB获取血脂异常潜在靶点；使用STRING数据库构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析；借助Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络；采用分子对接技术进行虚拟验证。结果 从蒲公英中共鉴别出126个化合物，包括黄酮类58个，有机酸类29个，萜类23个，苯丙素8个，核苷类3个和其他类5个。网络药理学研究表明，蒲公英可能通过槲皮素、异鼠李素、香叶木素、白杨素、芹菜素等成分作用于碳酸酐酶2（CA2）、碳酸酐酶7（CA7）、醛糖还原酶（AKR1B1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、蛋白激酶1（Akt1）等核心靶点，来调节脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、流体剪切应力和动脉粥样硬化和晚期糖基化终末产物（AGE）/AGEs受体（RAGE）等信号通路，从而发挥调血脂作用；分子对接验证结果表明，蒲公英改善高脂血症有效成分与疾病靶点蛋白具有较强的结合活性。结论 蒲公英可能通过调控脂质代谢、炎症反应、内质网应激、氧化应激和免疫调节等多方面发挥改善高脂血症的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,...     

基于网络药理学香青兰防治痴呆的机制探讨

目的 采用网络药理学技术探讨香青兰防治痴呆的物质基础和作用机制。方法 通过文献挖掘和药动学参数筛选香青兰含有的活性化合物,通过检索DrugBank、GeneCards和OMIM数据库收集与痴呆相关的靶标;运用Cytoscape软件构建香青兰防治痴呆的蛋白质相互作用网络;进行基因本体和信号通路富集分析;构建香青兰化合物-关键靶标-通路网络。结果 筛选得到香青兰中药物活性成分42种,获得香青兰防治痴呆的潜在药物靶标90个,于蛋白质互作网络中进一步筛选得到74个主要靶标,富集得到300条信号通路、1 465个生物学过程、104个细胞组分和108个分子功能,通过化合物-靶标-通路网络中获得香青兰发挥防治痴呆作用的关键化合物,如金合欢素、芹菜素、金圣草（黄）素等黄酮类化合物,以及对应的关键靶标与关键信号通路,如MAPK、APP、MAPT、PI3K等靶标与阿尔茨海默病、神经营养蛋白等通路。结论 香青兰防治痴呆具有多成分、多靶标、多通路的作用特点。