一株输血传播病毒新变种的克隆和序列分析

目的从1例不明原因转氨酶升高的病人血清中克隆输血传播病毒(TTV)DNA,并进行序列分析。方法用巢式PCR扩增TTVDNA长片段,连接至pGEM-T载体上,挑选一个克隆(56-B)进行测序。将56-B与GenBank中五株TTV进行氨基酸和核苷酸序列的同源性分析,并用最大似然法进行分子进化分析。结果56-B株与TA278等五株TTV序列的核苷酸同源性分别为42.4%、48.2%、47.9%、49.8%、61.7%,氨基酸序列的同源性更低,但其5'和3'两端非编码区的序列仍然很保守。结论56-B株与其他TTV株之间的同源性很低,有很高的基因异质性,是TT 的一个新变种,代表TTV的一个新的基因型。     

杭州地区健康献血员输血传播病毒的检测及部分阳性标本的核苷酸序列分析

目的：了解杭州地区健康献血员中输血传播病毒（TTV）的感染情况和病毒基因组片段的变异性。方法：用酚－氯仿法从献血员的血清标本中提取DNA，半套式聚合聚合链反应检测TTV，部分阳性标本的扩增片段T－1克隆后测序。结果：203例献血员血清标本中TTV DNA的阳性率为15．3％，部分阳性标本扩增产物与报道的TTV TA278株的核苷酸和氨基酸序列比较，其同源性分别为63．51％－67．12％和59．46％－66．22％，结论：杭州地区献血员中TTV的携带率比较高。献血员感染的TTV可能是一种新的基因型。     

对山东地区TTV基因片段的检测及其部分核酸序列测定

目的 了解山东地区输血传播病毒（TTV）分离株感染状况及基因变异的情况。方法 应用逆转录－聚合酶链反应法（RT－PCR）检测山东地区26例非甲－戊型肝炎和12例肝细胞癌患者血清中的TTV DNA，对阳性扩增的产物进行测序，并分析其基因变异情况。结果 26例非甲－戊型肝炎患者检出TTV DNA阳性者11例（42％）。对其中2例（TTVSD4，TTVSD5）进行PCR产物直接测序，并与日本株（AB008394）相比较，其核苷酸序列同源性分别为99．9％和100％。而12例肝细胞癌患者中TTVDNA阳性3例（25％），对其中1例（TTVSD6）测序，与日本株（AB008394）相比较，其核苷酸序列同源性为99％；TTVSD1、TTVSD5和TTVSD6之间的核苷酸同源性均为99％。结论 山东地区非甲－戊型肝炎和肝细胞癌患者中TTV感染率较高，测序结果表明其与日本株（AB008394）有较高的同源性。     

献血者中TTV感染情况调查及部分序列分析

目的：调查了解淮阴地区献血者中一种新的肝炎病毒－TTV的感染情况。方法：用巢式聚合酶链反应（nest-PCR）技术对淮阴地区220名专业献血者进行血清中输血传播疾病（TTV）的检测，并在PUC18中对其开放读码框2（ORF2）基因进行了克隆。结果：序列分析表明，该序列与国内外发现的TT病毒AB008394（日本株）、AF079173（中国河北株）对应位置核苷酸同源性为98％和97％，献血者中TT病毒阳性率为18％。结论：病毒ORF2基因高度保守，献血者中有较高的TTV感染率。     

幽门螺杆菌尿素酶B基因的限制性片段长度多态性分型和生物信息学分析

目的：对不同来源野生型幽门螺杆菌（Hp）菌株的尿素酶B基因进行限制性片段长度多态性（RFLP）分型和生物信息学分析。方法：采用HaeⅢ单酶切法对国内临床分离的Hp菌株、动物模型适应株及国际标准Hp菌株尿素酶B（ureB）基因进行RFLP分型，同时进行基因测序和序列同源性对比及进化树分析等生物信息学研究。结果：HaeⅢ单酶切结果显示，14株Hp 1．7kb ureB基因均呈现出2～5种带型，可分为五组，其中两种国际标准株NCTC11637、NCTC11639和三种临床分离野生株拥有相同的RFLP带型，其他国内临床分离株和动物适应株分属于四种不同的RFLP带型组。ureB基因序列同源性比对表明，各种Hp菌株间核苷酸序列同源性均〉96．6％，氨基酸序列同源性均〉98％，其中CCS9801、CCS9806、M3及M10菌株之间的核苷酸和氨基酸序列同源性为100％。核苷酸序列进化树分析显示，2株国际标准株与国内临床分离株及动物适应株分处于不同进化分支，为平行进化关系；而在氨基酸序列进化树中转变为非平行关系。结论：不同Hp菌株尿素酶B在基因和蛋白质水平均高度保守和同源。     

肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

目的：克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础。方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）,分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果：84FLi株L、M、S3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸。A、C、G、T4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38．52％,AT含量为61．48％。序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源。S片段核苷酸的同源性99．6％。与HTNV的国际标准毒株76－118的3个片段核苷酸同源性分别为83．7％、84．0％和87．2％,氨基酸同源性分别为97．5％、96．0％和97．9％。结论：84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一亚型。     

中国人庚型肝炎病毒部分基因的克隆及序列分析

目的：分析中国人血清中庚型肝炎病毒（ＨＧＶ或ＧＢＶ－Ｃ）ＮＳ３区部分基因序列。方法：从个体供血者及肝硬化患者血清中，通过逆转录合成ｃＤＮＡ，设计特异性引物进行多聚酶链式聚合反应，将产物克隆于载体上，采用双脱氧核苷酸链终止法进行双向测序。结果：分离出的５株ＮＧＶ毒株的ＮＳ３区部分核苷酸序列之间同源性从８５％到９８％，与国外已发表的ＨＧＶ序列比较，同源性在７９％～９１％。推测的其编码氨基酸序列，５株之间１００％一致，与国外已报告的ＨＧＶ比较，同源性为９４．９％～１００％。结论：从中国人血清中分离出５株ＨＧＶ序列，其ＮＳ３区部分核苷酸存在着一定的变异性，但其编码的氨基酸非常保守。     

TT病毒在老年人非甲-庚型肝炎中的检测及序列分析研究

目的：研究分析老年人TT病毒（TTV）感染情况和基因序列变化。方法：用聚合酶链反应（PCR）对98例老年人非甲-庚型肝炎患进行血清TTVDNA检测，并对其中2例进行TTVDNA部分基因核苷酸序列测定。结果：98例非甲-庚型肝炎中43例（43.9％）TTVDNA阳性，对其中2株TTV部分基因克隆测序后，与日本株相比，其核苷酸序列的同源性为98％。结论：本研究提示TTV存在非血源性的感染途径，TTV感染可能是老年人非甲-庚型肝炎的病因之一。     

汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列，了解其分子基础。方法 采用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），分节段扩增M基因片段的cDNA，直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果 84FLi株的全M基因序列组成为：M片段基因共由3616个核苷酸组成，四种核苷酸的比例分别为A30．92％，C18．03％，G21．18％，T29．87％。GC含量为39．21％，AT含量为60．79％，最大开放读码框为41－3448，共编码1135个氨基酸。核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性，其中与中国株的同源性较高，与HV114株的同源性为85．5％。与HTNV的国际标准毒株76－118的核苷酸同源性分别为84．0％，氨基酸的同源性为96．0％。结论 84FLi株属于汉滩型病毒，并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高。     

甲肝病毒减毒活疫苗（H2株）的cDNA克隆及序列分析

本文通过ｍＲＮＡ提取，逆转灵（ＲＴ）－聚合酶链反应（ＰＣＲ），获得甲肝病毒减毒活疫苗株（Ｈ２减毒株）的ｃＤＮＡ片段，再经分子克隆，从而得到贯穿甲肝病毒（ＨＡＶ）全基因组的１０个相互重叠基因片段的ｃＤＮＡ克隆。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析，得到了长度为７４７３ｂｐ的甲肝病毒减毒活疫苗株（Ｈ２减毒株）ｃＤＮＡ全序列。计算机分析表明，该株与野毒株ＨＭ１７５的核苷酸和氨基酸同源性分别为９９．４％和     

肝炎患者TTV感染情况及部分基因序列分析的研究

目的 :新发现的DNA病毒 (transfusiontransmittedvirus简称TTV)被认为是一种新的肝炎病毒。为了研究肝炎患者中TTV的感染情况 ,对 10 8例肝炎患者 (ALT >2 0 0IU/L)进行了TTVDNA的检测。方法 :利用巢式PCR方法扩增TTV基因 ,并对两例TTV分离株的部分基因进行克隆和序列分析。结果 :10 8中有 2 4例TTVDNA阳性 ,阳性率为 2 2 2 % ;在非甲～非庚型肝炎中TTV的阳性率为 3 4 6% ( 9/ 2 6) ;甲型肝炎病例中TTVDNA的阳性率为 9 1%( 1/ 11) ;乙型肝炎病例为 2 3 2 % ( 13 / 5 6) ;丙型肝炎病例 7 1% ( 1/ 14 )。两个TTV分离株 (TTVHN 1AF15 15 3 2 ,TTVHN 2AF15 1683 )的核酸序列与GenBank资料中TTV对应序列的核酸同源性高于 90 %。结论 :TTV病毒可能是非甲～非庚型肝炎的重要致病因子 ,并且能够与甲、乙、丙型肝炎病毒发生重叠感染     

不同人群TTV感染的检测及部分基因序列分析

目的探讨湛江地区不同人群中TTV的感染状况及部分TTV的基因序列. 方法应用PCR检测512份正常献血员血清标本、60份HBsAg阳性血清标本和48份抗-HCV阳性血清标本的TTV感染状况,并对部分扩增出的阳性片段进行克隆测序,与国内外报道的序列进行同源性比较. 结果正常献血员、HBsAg阳性、抗-HCV阳性标本的TTV DNA阳性率分别为10.94%、13.33%和16.67%,不同人群间结果无显著性差异（P＞0.05）;随机选出的5例TTV DNA阳性片段,其序列显示与日本株（AB008394）和中国株（TTV CH1）相应位置核苷酸序列的同源性大于97%,可能属同一基因型. 结论湛江地区不同人群TTV DNA与HBsAg阳性、抗-HCV阳性无明显相关.     

血液透析患者中TT病毒感染的检测及序列分析

目的：研究血液透析患中TT病毒（TTV）的感染状况及其致病性。方法：针对病毒基因保守区设计引物,采用套式PCR方法对69例血液透析患血清标本进行TTVDFNA检测及序列分析。并同时检测患血清丙氨酸转氨酶（ALT）及丙型肝炎病毒抗体（抗-HCV）。结果：患血清TTVDNA总阳性率为27.5%。对其中1例PCR扩增产物测序。结果与其他TVV分离株如GH1、TA278、TTVCHN1和TTVCHN2的核苷酸序列同源性为89%-100%,推测的氨基酸序列同源性为87%-100%。抗-HCV阳性与阴性患的TTV DNA阳性率无明显差异。所有患均未见ALT明显升高。结论：血液透析患存在较严重的TTV感染与HCV感染无明显相关性。未发现TTV感染导致ALT明显升高的证据。     

非甲至非戊型肝炎患者TTV检测和部分基因序列分析

目的：研究新近报道的一种与输血后肝炎有关的病毒在中国郑州地区正常人群、HBsAg阳性者、非甲至非戊型肝炎患者中的感染和基因序列变异情况。方法：采用TTV基因组ORF1区的套式聚合酶链反应(nested-PCR)方法对血清标本进行检测,并对非甲至非戊型肝炎患者中的TTV分离株进行序列测定。结果：TTV DNA在非甲至非戊型肝炎患者中检出率为45％(18／40);在正常体检者中检出率为17．7％(17／96);在HBsAg阳性者(ALT≤34 IU／L)中检出率22．7％(10／44)。TTV分离株序列与日本株(CLON22)相对应位置的核苷酸同源性为．1％。结论：TTV在非甲至非戊型肝炎患者TTV的感染率明显高于其他人群,可能是非甲至非戊型肝炎的主要致病因子。     

肠道病毒71型河南分离株2株全基因组序列分析

目的:了解2011年河南洛阳和南阳地区流行的肠道病毒71型(EV71)基因特征。方法:分离洛阳和南阳地区EV71病毒各一株,分别进行全基因测序和基因进化分析。结果:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011的VP1区序列在进化树上均属于C4亚型,与国内流行株都具有较高同源性,与2008年广东流行株亲缘关系最近。这2株全基因核苷酸序列同源性为99.3%,氨基酸序列同源性为97.6%,并且氨基酸均没有发生明显改变。结论:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011属于C4亚型,与我省及我国既往流行株相比,未发生大的变异。     

A 63 kDa VSP9B10A-like protein expressed in a C-8 Giardia duodenalis Mexican clone

BACKGROUND: It is well documented that Giardia duodenalis undergoes surface antigenic variation both in vivo and in vitro. Proteins involved have been characterized and referred to as VSP (variable surface protein). METHODS: Two cloned cDNA inserts of 0.45 and 1.95 kb were obtained from G. duodenalis expression library and sequenced. Comparison sequence analyses were made against Genbank. PCR analysis was performed on G. duodenalis isolates to identify isolates bearing genes encoding such a peptide. Specific antiserum was prepared against 450-bp encoded peptide and tested by Western blot, immunofluorescence, and inhibition of adhesion of G. duodenalis to target cells. RESULTS: We cloned and characterized a G. duodenalis 450-bp DNA fragment; its DNA sequence analysis revealed that this fragment displayed 99% identity with vsp9B10A gene. Predicted amino acid sequence for this fragment also had significant (99%) identity to VSP9B10A. A second 1.95-kb insert, which encompassed the 450-bp cDNA fragment, was also isolated; its DNA and amino acid sequence displayed 99.5% identity with vsp9B10A gene and 99.2% with the corresponding inferred protein, respectively. This inferred protein contained 24 Cys-X-X-Cys motifs and long ORF of 642 aminoacids. PCR analysis showed that DNA sequence encoding a fragment of this gene was present in P1, CIEA:0487:2-C-8 clone and in INP:180800-B2 G. duodenalis human isolates, while it was absent in sheep isolate of G. duodenalis INP:150593-J10. CONCLUSIONS: Immunofluorescence analysis using antibodies raised against the peptide encoded by 450-bp fragment showed that expression of this epitope varies on trophozoite surface of the C-8 Mexican clone and is involved in parasite adhesion to target epithelial cells.     

假丝酵母性阴道炎的病原菌检测及RAPD分析

目的：探讨女性假丝酵母性阴道炎的病原菌种类,分析其随机扩增DNA多态性（RAPD）,为该病的临床诊断及流行病学监测提供依据。方法：刮取106例疑似假丝酵母性阴道炎患者道分泌物,分离培养并鉴定病原菌;利用10种随机引物（RAPD 1~10）对分离病原菌进行RAPD分析。结果：①分离获得假丝酵母72株,其中白假丝酵母56株（77.78%）,非白假丝酵母16株（22.22%）,包括光滑假丝酵母6 株（8.33%）、热带假丝酵母4 株（5.56%）、克柔假丝酵母1 株（1.39%）及其他假丝酵母5 株（6.94%）;②RAPD分析表明：有2种引物（RAPD2和RAPD5）可以获得较清晰、稳定的特异性带型,具有较明显的种间遗传变异性和种内遗传相似性。结论：假丝酵母性阴道炎病原菌以白假丝酵母为主。随机引物RAPD2和RAPD5比较适于白假丝酵母和热带假丝酵母的分型、鉴定。     

肠道病毒71型基因组5'非编码区序列分析

目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)基因组5 '非编码区(5'UTR)序列特征,探讨基因组中引起神经毒性作用的候选位点.方法 从手足口病患者的粪便标本中分离EV71,运用一步法逆转录聚合酶链反应扩增8个病毒株的5 'UTR区,运用DNAstar和MEGA 4软件进行序列分析.结果 8个病毒株5'UTR区核苷酸为741 ～745 nt,核苷酸序列同源性介于97.0％～99.9％,8个病毒株的5'UTR区与C4亚型的同源性最高.序列比对发现,在5'UTR区第265 nt及703 nt处出现了核苷酸的突变(G265A,G703T).遗传进化分析显示,8个病毒株序列与C4亚型的亲缘关系最为密切.结论 此8个病毒株为C4亚型,核苷酸突变(G265A,G703T)可能与EV71的致神经毒性作用有关.