杜氏利什曼原虫平原和荒漠疫区分离株LACK基因克隆及序列分析

目的　测定我国平原疫区和荒漠疫区杜氏利什曼原虫分离株活性蛋白激酶 C受体同源物 (L ACK)基因序列 ,并与山丘疫区分离株及国外利什曼原虫分离株进行比较。　方法　应用 RT- PCR扩增 L ACK基因 ,将其克隆入p UC18载体后用双脱氧链末端终止法测序 ,并与 Gen Bank中相关数据进行比较。　结果　用 RT- PCR成功扩增出约95 0 bp的 L ACK基因片段 ,测序结果表明其片段大小均为 94 2 bp,与 Gen Bank中多种利什曼原虫 L ACK基因的核苷酸序列一致性达 97%以上。我国山丘、平原和荒漠 3个不同疫区杜氏利什曼原虫分离株的 L ACK基因序列的一致性达95 %以上。　结论　获得了我国平原和荒漠疫区杜氏利什曼原虫 L ACK基因序列。我国 3个不同疫区杜氏利什曼原虫分离株的 L ACK基因具有高度同源性。     

利什曼原虫中国分离株SSU rDNA多变区序列分析

目的分析我国荒漠、山丘疫区利什曼原虫分离株的SSUrDNA多变区序列差异。方法nDNA进行PCR扩增，将扩增出的SSUrDNA基因的特异片段克隆于pGEMR-TEasyVector上，采用通用引物M13进行PCR扩增，全自动测序仪测序。结果序列分析显示本文报道的荒漠、山丘疫区的2株利什曼原虫（L.d.XJ771、L.d.SC6）的SSUrDNA序列大小均为392bp；序列差异发生在两个独特序列区（UQ-Ⅰ和UQ-Ⅱ），无移码突变；与GeneBank中的利什曼原虫比较分析，同源性在98%以上。结论我国荒漠、山丘疫区利什曼原虫分离株之间的SSUrDNA多变区的碱基序列有差异；荒漠疫区分离株L.d.XJ771与国际标准株L.d.DD8的SSUrDNA多变区的碱基序列完全相同。     

利什曼原虫中国分离株SSUrDNA多变区序列分析

目的：分析我国荒漠、山丘疫区利什曼原虫分离株的SSUrDNA多变区序列差异。方法nDNA进行PCR扩增,将扩增出的SSUrDNA基因的特异片段克隆于pGEM^R-T Easy Vector上,采用通用引物M13进行PCR扩增,全自动测序仪测序。结果：序列分析显示本文报道的荒漠、山丘疫区的2株利什曼原虫（L.d.XJ771,L.D.SC6)的SSUrDNA序列大小均为392bp;序列差异发生在两个独特序列区（UQ－Ⅰ和UQ-Ⅱ）,无移码突变;与GeneBank中的利什曼原虫比较分析,同源性在98％以上。 结我国荒漠、山丘疫区利什曼原虫分离株之间SSUrDNA多变区的碱基序列有差异;荒漠疫区分离株L.d.XJ771与国际标准株L.d.DD8的SSUrDNA多变区的碱基序列完全相同。     

我国内脏利什曼病山丘疫区与平原疫区利什曼原虫SSUrDNA多变区序列分析

[目的 ]分析我国内脏利什曼病 (VL)山丘疫区与平原疫区利什曼原虫 (L .d )分离株小亚基核糖体DNA (SSUrDNA)多变区的序列差异。 [方法 ]nDNA进行PCR扩增 ,将扩增出的SSUrDNA基因的特异片段克隆于 pGEMR TEasyVector上 ,采用通用引物M 13进行PCR扩增 ,全自动测序仪测序。 [结果 ]序列分析显示 ,扩增的 5株利什曼原虫SSUrDNA序列大小均为 392bp ;序列差异均发生在两个独特序列区 (UQ Ⅰ和UQ Ⅱ ) ;山丘疫区L .d甘肃分离株和四川分离株均在UQ Ⅱ区上有 2个相同的碱基突变 ,L .d甘肃分离株UQ Ⅰ区上有 1个碱基突变 ;无移码突变。 [结论 ]山丘疫区分离株与平原疫区分离株之间的碱基序列有差异 ,平原疫区L .d山东分离株与婴儿利什曼原虫 (L .infantum)的碱基序列相同     

我国不同疫区杜氏利什曼原虫ITS-1片段序列的多态性分析

目的确定rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS-1)是否可作为我国杜氏利什曼原虫(Leishmania donovani)分类的分子遗传标记。方法对我国不同疫区杜氏利什曼原虫分离株(L.d.SD1、L.d.SC7、L.d.XJ3、L.d.JS12)的ITS-1进行PCR扩增、克隆、测序,并分析它们的ITS-1序列多态性。结果 4个不同疫区的利什曼原虫分离株(L.d.SD1、L.d.SC7、L.d.XJ3、L.d.JS12)经PCR均扩增出一条约320bp的ITS-1片段,其序列大小分别为:317bp、323bp、317bp、316bp。序列分析表明:序列之间在多处位点发生了不同类型的突变,存在明显的序列多态性,其中伽师县突变的频率最为频繁,序列多态性最为显著。结论 ITS-1可以作为Leishmania donovani种内分类的分子遗传标记,有利于我国内脏利什慢原虫病的防治、诊断和治疗。     

杜氏利什曼原虫动基体DNA种林特异片段的克隆

作者在质粒pUC18中克隆了限制性内切酶AIuI消化的Leishmania donovani四川人分离株kDNA片段,筛选后获得能区别杜氏利什曼原虫山丘疫区分离株和平原疫区分离株的的克隆pLK1-10和对杜氏利什曼原虫四川人分离株特异的克隆pLK1-14,对杜氏利什曼原虫种特异的克隆PLK1-1、pLK1-2等。这些克隆将是鉴定杜氏利什曼原虫,区别鉴定山丘及平原疫区黑热病病原体较好的探针。     

我国山丘疫区杜氏利什曼原虫LACK保护性抗原基因克隆和序列分析

利什曼原虫的LACK抗原是利什曼原虫的蛋白激酶C受体的同源物 ,是新发现的一种抗原蛋白。本实验用分子克隆的方法获得我国山丘疫区杜氏利什曼原虫编码LACK保护性抗原的基因片段 ,测序并对其序列分析比较。我国山丘疫区杜氏利什曼原虫 (L dSC10 )LACK抗原基因片段的大小为 94 2bp ,与GenBank中LACK的核苷酸序列一致性在 94 %以上 ,呈高度同源性 ;推导的氨基酸序列与GenBank中LACK的氨基酸序列一致性达 95 %以上 ,具有高度保守性 ;该蛋白质属于WD蛋白家族 ,有重要的生物学意义。     

热休克蛋白70（hsp70）基因对利什曼原虫中国分离株的系统发育分析

目的选用hsp70基因探讨我国各疫区不同宿主利什曼原虫的种系发育关系。方法采用PCR方法扩增分离自中国各疫区不同宿主的利什曼原虫之热休克蛋白70（hsp70）基因,将扩增的目的片段纯化后测序。使用MEGA5．0软件对测序产物进行多序列比对并构建系统发育树,同时与国外利什曼原虫分离株的hsp70序列共同分析,观察利什曼原虫中国分离株在世界范围利什曼原虫的系统发育和分子进化中的地位。结果中国各流行疫区利什曼原虫均获得约1300bp长度的hsp70基因片段,存在丰富的多态位点。中国23株利什曼原虫经hsp70基因分型聚集为四群,其中人来源的原虫分离株均在A群,为杜氏利什曼原虫（L．donovani）,并分为杜氏利什曼原虫指名亚种（L.donovani）和杜氏利什曼原虫婴儿亚种（L．infantum）两个亚支;分离自新疆沙鼠或白蛉的6株利什曼原虫聚在B群,为都兰利什曼原虫（L．turanica）;分离自新疆白蛉和内蒙古沙鼠的两株利什曼原虫为C群沙鼠利什曼原虫（L．gerbilli）;分离自内蒙古蜥蜴和新疆白蛉的两株原虫为D群蜥蜴利什曼原虫（Sauroleishmania）。结论利什曼原虫中国分离株属于利什曼原虫亚属的不同种和蜥蜴利什曼原虫亚属,我国利什曼原虫分离株的种系发育复杂多样。     

我国不同利什曼病流行区利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1的多态性分析

目的分析我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1 (ITS-1)序列的多态性。方法实验室培养10个分离自我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株,包括四川/甘肃山丘型内脏利什曼病流行区的SC6和Cy分离株,新疆喀什人源型内脏利什曼病流行区的801和KS-2分离株,新疆伽师荒漠型内脏利什曼病流行区的JIASHI-1、 JIASHI-5、 XJ771分离株以及新疆克拉玛依皮肤利什曼病流行区的KXG-Xu、KXG-Liu和KXG-927分离株。收集利什曼原虫前鞭毛体,提取DNA, PCR扩增各利什曼原虫分离株的ITS-1并送测序,用GENEDOC软件对ITS-1序列进行比对分析,从GenBank下载利什曼原虫其他分离株的ITS-1序列,构建系统进化树,分析我国利什曼原虫分离株的亲缘关系。结果我国10个利什曼原虫分离株均扩增出单一的条带。序列分析结果显示, 801和KS-2分离株的ITS-1片段为316 bp,与MHOM/IN/80/DD8参照株比较其碱基突变率为0; JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株为313 bp,碱基突变率为1.6%; KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株为312 bp,碱基突变率为1.6%; Cy和SC6分离株为318 bp,碱基突变率为0.6%。系统进化树显示,这10个利什曼原虫分离株ITS-1序列聚集成2个群和3个亚群,其中JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株聚集为A亚群, KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株聚集为B亚群, A和B亚群聚集于群Ⅰ,为婴儿利什曼原虫; Cy、SC6、 801和KS2分离株聚集为C亚群,属群Ⅱ,为杜氏利什曼原虫。结论我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株的ITS-1序列存在多态性。     

利什曼原虫K26序列应用于我国利什曼原虫分离株鉴定的价值分析

目的评价利什曼原虫K26序列应用于我国利什曼原虫分离株鉴定的价值。方法收集我国不同流行区的利什曼原虫16个分离株和6个国际参照株,培养后收集前鞭毛体,提取DNA,扩增K26序列并测序,应用ClustalX2进行序列比对,从GenBank下载同源性较高的利什曼原虫分离株的K26序列,构建系统进化树,分析我国不同流行区的利什曼原虫分离株的亲缘关系。结果我国16个利什曼原虫分离株和国际参照株DD8均扩增出单一条带,而5个非杜氏利什曼原虫复合体虫株均未扩增出任何条带。序列分析结果表明,我国人源型利什曼病流行区的3个分离株801、KS-2和KS-6均扩增出920 bp片段,自然疫源型利什曼病流行区的4个分离株XJ771、JIASHI-1、JIASHI-2和JIASHI-5均扩增出491 bp片段,人犬共患型利什曼病流行区4个分离株Cy、SC6、Hebei-Lv和Shanxi-Yang均扩增出404 bp片段,皮肤利什曼病流行区的5个分离株KXG-Xu、KXG-Liu、KXG-65、KXG-918和KXG-927均扩增出449 bp片段,且各流行区内虫株间的序列一致性均为100%。各流行区之间的虫株间的序列一致性较低,为40.2%~91.4%。系统进化树分析结果显示,我国16个利什曼原虫分离株聚集成2个群3个亚群,其中KXG-Xu、KXG-Liu、KXG-65、KXG-918、KXG-927、XJ771、JIASHI-1、JIASHI-2、JIASHI-5分离株聚集为A亚群,Cy、SC6、Hebei-Lv、Shanxi-Yang与婴儿利什曼原虫聚集为B亚群,A亚群和B亚群聚集为Ⅰ群;801、KS-2和KS-6分离株与杜氏利什曼原虫聚集为C亚群,进一步与国际参照株DD8聚集为Ⅱ群。结论利什曼原虫K26序列可应用于我国利什曼原虫分离株的鉴定。     

我国不同流行区内脏利什曼原虫分离株kDNA的PCR-SSCP分析

目的： 分析我国不同类型流行区内脏利什曼原虫 （Ｌ．ｄ．） 分离株ｋＤＮＡ。方法： 应用利什曼原虫属特异引物１３Ａ, １３Ｂ及据杜氏利什曼原虫四川人分离株ｋＤＮＡ 微环特异片段序列设计合成的引物Ⅰ、引物Ⅱ, ＰＣＲ扩增不同流行区利什曼原虫分离株ｋＤＮＡ, 获特定片段, 进行ＳＳＣＰ分析。结果： 用引物Ⅰ和引物ⅡＰＣＲ扩增内脏利什曼原虫分离株ｋＤＮＡ, 在同样试验条件下, 山丘地区和荒漠地区Ｌ．ｄ． 分离株扩增出２９７ ｂｐ 特定片段, 而平原地区Ｌ．ｄ．分离株及新疆皮肤利什曼原虫未扩增出２９７ ｂｐ 特定片段。将上述各虫株的２９７ ｂｐ 特定片段进行ＳＳＣＰ分析, 可见两个山丘地区的Ｌ．ｄ．分离株ｓｓＤＮＡ 迁移率相同, 而与荒漠地区新疆７７１分离株则相差较大。用引物１３Ａ, １３ＢＰＣＲ 扩增平原地区的Ｌ．ｄ．山东分离株和Ｌ．ｄ．江苏分离株、山丘地区的Ｌ．ｄ．汶川分离株、Ｌ．ｄ．甘肃分离株,均扩增出１２０ ｂｐ 特定片段。经ＳＳＣＰ分析,平原地区的Ｌ．ｄ．山东分离株和Ｌ．ｄ．江苏分离株的ｓｓＤＮＡ迁移率完全相同; 山丘地区的Ｌ．ｄ．汶川分离株和Ｌ．ｄ． 甘肃分离株ｓｓＤＮＡ迁移率相同, 但与平原地区者明显不同; 婴儿利什曼ｓｓＤＮＡ迁移     

我国山丘、平原疫区利什曼原虫分离株kDNA分析

为鉴别我国山丘、平原疫区杜氏利什曼原虫分离株，采用内切酶AluⅠ对其kDNA进行酶切。结果显示实验各株均有500bp片段；L．d．汶川人株、L．d．四川人株、L．d．甘肃人株（GS2）、L．d．四川犬株、L．infantum及L．d．Jeddah具有210bp片段；L．d．四川人株、Ld．甘肃人株（GS2）及L．d．四川犬株具有120bp片段；L．d．汶川人株、L．d．甘肃人株（GS2）和L．d．四川犬株具有400bp和280bp片段。L．d．甘肃犬株也具有400bp片段；L．infantum和L．d．Jeddah具有280bp片段。提示山丘疫区不同分离株的kDNAAluⅠ酶切片段相近，其中人株与犬株的相似；山丘疫区分离株与平原疫区分离株的酶切片段之间有较大差异，山丘疫区分离株与L．infantum的酶切片段之间既有相似又有差异。     

我国不同流行区利什曼原虫分离株动基体小环DNA序列分析

目的分析我国不同流行区利什曼原虫动基体小环DNA序列差异性。方法应用来自小环DNA保守区的一对引物KP1-KP2扩增该利什曼原虫动基体小环DNA,将扩增产物克隆于pGEM—T载体,随机选取5个阳性克隆进行双向测序,对获得的小环序列应用DNAStar软件进行比对分析,并利用Mega5．0构建系统进化树。结果应用KP1-KP2引物分别从来自我国不同流行区利什曼原虫虫株SC、KXG—Xu、KXG-65、JIASHI-1和801扩增出单一小环序列,长度分别为858bp,858bp,858bp,750bp和748bp。SC、KXG—Xu和KX（3-65间序列一致性超过99％,JIASHI-1和801虫株序列均与其它虫株显示高度异质性。进化分析显示801与一杜氏利什曼原虫聚为一类,JIASHI-1与亲内脏的利什曼原虫聚为一大类,而SC、KXpxu和KXG-65三者聚为独自一类,和亲皮肤的利什曼原虫相比,与亲内脏的利什曼原虫有更近的亲缘关系。结论我国不同流行区利什曼原虫虫株小环序列存在较大差异性。     

我国利什曼原虫RAPD分析

目的　我国不同疫区利什曼原虫分离株的RAPD分析。　方法　用 7种随机引物 ,扩增来自我国 3个疫区 (得自利什曼病患者、病犬及白蛉 )的利什曼原虫分离株和国际标准株 ,并将扩增产物进行聚类分析。　结果　①来自我国山丘疫区及平原疫区的L d .分离株分别聚为两类 ,两者遗传距离较远 ;②来自新疆荒漠疫区、近荒漠疫区及平原地区的L d .XJ771、L d .XJ90 1和L d .XJ80 1聚在一类 ,表明它们的遗传距离较近 ;③山丘疫区虫株中来自病人和病犬的分离株区别不明显 ,两者同源性高 ,表明犬在传播中起着重要作用 ;④印度平原型标准株L d .DD8与我国平原疫区虫株聚在一类 ;⑤L infantum与我国山丘疫区的L d .分离株分属于两类 ;⑥L dJed与平原疫区L d .分离株亲缘关系较近 ;⑦L infantum与L tropica最早聚合 ,遗传距离最近。　结论　我国不同疫区利什曼原虫分离株在基因水平上存有差异。