霍乱弧菌4种新类型tcpA基因发现及序列分析

目的研究中国霍乱弧菌（VC）毒力协同调节菌毛A亚单位基因（tcpA）的多态性.方法分别进行聚合酶链反应及限制性片段长度多态性分析、型特异引物PCR分型、基因测序及序列分析.结果 200株O1群埃尔托型（EVC）产毒株和100株O139群VC产毒株的tcpA基因均与EVC国际标准株N16961株为同一类型（t2型）.50株EVC非产毒株中只有3株携带tcpA基因,1株为t2型,另2株为2种新类型.20株O139群VC非产毒株均不携带tcpA基因.20株非O1非O139群VC中只有2株携带tcpA基因,且为2种新类型.4种新类型tcpA基因与国外发现的4种类型比较,基因序列及推测的氨基酸序列同源性分别为58.3%～77.5%和61.0%～85.5%;5′端约102bp基因序列基本一致,推测的氨基酸序列完全一致;3′端约210bp基因序列变异最大,推测的氨基酸序列变异也最大.抗原表位分析,C末端差异最大.结论建立快速准确区分不同类型tcpA基因的方法,并发现4种新类型.     

广西狂犬病病毒与狂犬病疫苗株N基因序列分析

目的了解广西狂犬病病毒（RABV）街毒株与疫苗株N基因序列的差异,为疫苗使用提供理论依据。方法采用直接免疫荧光法（DFA）和巢式RT—PCR法检测,测定病毒N基因序列全长,同时根据N基因序列同源性及系统进化树比较,分析广西近年流行的RABV与国内外10株疫苗代表株N基因序列之间的差异。结果DFA法阳性率为8．84％（350／3961）,RT—PCR法检测阳性率1．29％（51／3961）,获得N基因全序15份;15份N基因核苷酸与氨基酸序列同源性为89．40％。100％和98．40％~99．80％;广西15份（RABV）与国内外10株疫苗代表株N基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85．70％～99．70％和94．90％～99．80％,与中国CTN疫苗株N基因的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为89．60％,99．70％和98．40％。99．80％。N基因系统发生树分为两大分支,15份（RABV）与中国人用CTN株构成第一分支,其余的疫苗毒株构成第二分支。结论广西犬间流行的RABV与中国人用CTN疫苗株N基因序列同源性最高、亲缘关系最近,在广西地区使用CTN疫苗株效果可能较好。     

霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究

目的研究霍乱弧菌埃尔托型（EVC）新类型溶源性噬菌体（CTXφ）和核心区不含ctxAB基因的溶源性噬菌体（nct-CTXφ）基因组的结构。方法采用基因扩增、测序及序列生物信息学等方法进行观察与分析。结果在我国EVC中,存在仅携带古典型（class）nct-CTXφ、CTXφ或埃尔托型（ET）CTXφ基因组类型,并发现nct-CTXclassφ和CTXETφ共存、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端,60bp序列中40%位点不同,推测的氨基酸序列中60%位点不同。class、ET和newET类型ig 1、rstR和ig 2基因序列同源性分别为77.0%~97.4%,10.4%~17.9%,9.6%~64.8%,RstR同源性9.2%~24.1%。CTXφ基因组均位于染色体TLC基因簇附近。上述不同类型EVC的tcpA、TcpA、ctxA、ctxB、CtxA和CtxB与GenBank中EVC和O139群产毒株的同源性分别〉99%,99%,99%,98%,98%和96%。结论首次在EVC中发现nct-CTXclassφ和CTXETφ、nct-CTX^newET φ和CTX^classφ共存的新类型。     

霍乱弧菌几肿肠毒素基因的检测研究

目的：了解我省分离的霍乱弧菌中几种主要肠毒素基因的携带情况。方法；以地高辛标记基因探针，对我省历年分离的91株霍乱弧菌（包括EVC和VC O139）作霍乱肠毒素基因探针杂交检测。结果：EVC流行株和VC O139菌株中，普遍ctxAB,Zot,Ace等毒素基因，该3种基因的携带率分别达到100％，98．86％，96．59％，而EVC非流行菌株则均不携带上述3种毒素基因。结论：提示EVC流行株和VC O139菌株具备较强的产毒能力，流行性强，应重点加强监测与研究。从ctxAB原RFLP杂交图谱分析，EVC以流行株和VC O1390在遗传特征上具相近的特点，结果均显示2条阳性杂交带。     

2010年济南地区人肠道病毒71型VP1区基因特征的分析

[目的]研究济南地区肠道病毒71型（EV71）的基因特征。[方法]对2010年济南地区手足口病病人的粪便、咽拭子等标本,通过RT—PCR扩增EV71VP1基因片段;选取EV71阳性的18株进行VP1全基因序列测定,用DNAS—TAR、Mega．4．0软件进行同源性分析,并构建系统进化树。[结果]与EV71A型和B型代表株亲缘性较远,核苷酸（氨基酸）同源性分别为81．8％～82．7％（83．7％～85．ooA）和94．3％～94．9％（97．3％～97．6％）;与C型代表株亲缘性较近,核苷酸（氨基酸）同源性为87．5％～99．1％（98．3％～100．0％）;18株EV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为97．1％～100．0％和99．3％～100．0％。构建系统进化树表明,18株EV71与C4亚型处于同一簇,属EV71型C4基因亚型。[结论]20LO年济南地区流行的EV71属肠道病毒71型属C4基因亚型。     

中国2006年麻疹野病毒血溶素基因特征分析

目的研究中国2006年流行的麻疹野病毒代表株血溶素蛋白（Fusion Protein,F）基因的分子特征,与其他年份毒株相比分析F基因的变异规律。方法从2006年各省（自治区、直辖市）送检的麻疹野病毒中选取9株代表株,使用逆转录-聚合酶链反应扩增病毒的F基因全长,并进行核苷酸序列测定,同时与中国疫苗株及其他年份毒株进行序列比对及基因亲缘性关系分析。结果2006年9株中国流行麻疹野病毒代表株,其核苷酸同源性为98．5％-99．8％,氨基酸同源性为99％-100％;与中国疫苗株沪。相比,其核苷酸同源性为95．4％-96．2％,氨基酸同源性为96．7％～97．2％;与1999～2003年代表株相比,其核苷酸同源性为97．9％-99．7％,氨基酸同源性为98．1％-100％。F基因3个糖基化位点（第32、64、70位氨基酸）、对病毒整合功能起着重要作用的第112位精氨酸（Arg）、第195位亮氨酸（Leu）未发生改变。结论中国2006年流行的麻疹病毒F基因变异不大,与其他年份毒株相比变异也不明显。F蛋白的重要功能位点未发生变异,F蛋白的变异与2006年麻疹流行无相关性。但由于F蛋白对病毒感染细胞和促使机体产生抗体具有重要意义,对F蛋白变异规律进行常规监测,对了解麻疹病毒变异规律和评价疫苗的保护效果具有重要意义。     

宁波市麻疹病毒血凝素基因的序列分析

目的：探讨现阶段在宁波市流行的麻疹野病毒的基因型别和特征。方法：在2004年和2005年医院住院麻疹病人中采集含漱液分离麻疹病毒，获得8株麻疹野病毒。通过RT-PCR方法扩增其中两株麻疹病毒血凝素（H）基凼全序列并对其进行序列测定和分析。比较这两株麻疹病毒和Genbank中麻疹病毒的各基因型代表株的同源性。结果：两株宁波麻疹毒株ningbo04-2和ningbo05-2的H基因之间核苷酸同源性为97．7％，与川基因型代表株China93-7之间核苷酸同源性分别为98．3％，97．7％。与它们在核苷酸水平上同源性最高的毒株分别是zhejiang05-2，china94-7，其同源性分别达到99，7％，99．4％。ningbo04-2在氨基酸240位由丝氨酸（S）突变成天冬酰胺（N），造成一个潜在的N型糖基化位点丢失。结论：宁波市麻疹流行株属于H1型，至少存在H1a，HIb两组。     

2010一2011年湖南省郴州市手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010-2011年湖南省郴州市手足口病EV71病毒的基因特征,为手足口病的预防控制提供科学依据。方法从2010-2011年郴州市各县（市、区）送检的手足口病肛拭子标本中随机挑选60份标本采用RD细胞进行病毒分离,采用Realtime—RT—PCR方法检测肠道病毒核酸,挑选14株致细胞病变阳性且EV71核酸检测阳性的标本（其中2010年的4株均为郴州市手足口流行夏季高峰期分离株,2011年的毒株主要为冬季高峰期分离株）,采用RT—PCR法扩增出EV71分离株的VP1区片段,随后进行VP1区核苷酸序列测定和分析,并使用生物信息学方法作基因特性分析。结果郴州市14株EV71毒株在生物进化树上与CAa亚型的代表株属同一分支。14株EV71毒株之间核苷酸序列的同源性在96．1％～100．0％之间,氨基酸序列的同源性在99．3％～100．0％之间;与A、B、C各基因型和亚型代表株EV71VP1编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,郴州各分离株与安徽阜阳2008年毒株C4a亚型代表株（EU703812）的同源性最高,其中核苷酸同源性在91．8％-93．3％之间,氨基酸同源性均为99．3％。14株分离株与安徽阜阳2008年毒株（C4a亚型代表株）VP1区段的氨基酸编码序列进行比较,发现K98E、S283T和A293S3处位点变异,重症病例与普通病例的EV71病毒VPI氨基酸变异无明显差异。结论2010-2011年郴州市手足口病的优势毒株EV71属于C4a基因亚型。郴州市各县（市、区）的EV71亲缘关系近,毒株基因较稳定,未发现氨基酸突变位点与病例类型有关联。     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

父儿传播乙型肝炎病毒S区的基因分型

目的：从乙型肝炎病毒（HBV）S基因155－687段序列,研究携带者父亲与其子所携HBV的基因分型,方法：应用套式PCR扩增S基因片段,直接测序155－687段核苷酸并推衍出其编码的氨基酸序列,与文献中4株分属A,B,C,D基因序列比较。结果：父亲与其子所携带HBV序列与B型同源性最高,核苷酸水平分别达98．3％和97．9％,氨基酸水平分别达100％与99．4％,故父亲与其子所携HBV均属B型,父与子间此段序列的同源性极高,核苷酸与氨基酸同源性分别达99．6％与99．4％,结论：从分子水平证明出生前期HBV你儿传播的存在。     

电磁脉冲诱导小鼠肠组织基因表达谱的变化

目的用基因芯片技术研究电磁脉冲(EMP)对小鼠肠组织的生物效应。方法将12只小鼠随机分为正常组和EMP组(每组6只),用200kV/m,200次的电磁脉冲辐照大鼠,于照后第18h,活杀小鼠,取空肠,提取RNA,经反转录后用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源cDNA探针;cDNA探针与基因表达谱芯片进行杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果EMP组与正常组相比,有56条基因表达发生了明显变化,其中有37条基因表达水平明显升高,而19条基因表达量明显下降。在表达异常的基因中有19条基因是已知功能或部分功能的基因,其中α-catenin胞质蛋白、淋巴细胞同型抗原、谷氨酰果糖6磷酸氨基转移酶、核糖体蛋白S17、小富脯氨酸蛋白2A、腺状激肽释放酶、脂氧合酶、醛酮还原酶、RNA结合蛋白、α-胰淀粉酶2、弹性蛋白酶2、p6-5淋巴细胞抑制因子基因等12条为表达上调基因;Jam新连接粘附分子、精氨酸甲基转移酶,Carm1、NNP-1、2-5寡腺苷酸合成酶、Mlark、ATP合成酶α亚基、解偶联蛋白基因等7条为表达下调基因,其余37条则为未知功能的基因。结论电磁脉冲辐照可诱导小鼠肠组织多个基因特异性表达,且上调基因数居多。     

儿童肥胖与2型糖尿病易感基因的研究进展

儿童肥胖与2型糖尿病的发病密切相关,是2型糖尿病最重要的危险因子.儿童肥胖参与2型糖尿病的发病,其中一个很重要的方面就是与遗传因素的相互作用.遗传因素对在2型糖尿病发病的影响上,呈现出极其复杂的现象,表现为:单基因遗传、多基因遗传和线粒体遗传等,另外,其他某些基因也参与了2型糖尿病的发病.该文从以上4个方面,综述了儿童肥胖和2型糖尿病易感基因的研究进展.     

非综合征性唇腭裂部分基因SNPs研究进展

非综合征性唇裂伴或不伴腭裂是人类最常见的先天性畸形之一,是一种遗传、环境因素及两者相互作用所致的多基因多因素遗传疾病.单核苷酸多态性是新一代遗传标记,可被用来寻找各种致病基因,目前认为单核苷酸多态性及其特定组合可能是造成以多基因多因素遗传病为代表的复杂性状疾病易感性的重要原因.     

肇庆市副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 通过副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型研究,建立肇庆市副溶血性弧菌DNA指纹图谱基因库。方法 对肇庆市食物中毒分离出的28株副溶血性弧菌和食品安全风险监测的各类水产品分离的17株副溶血性弧菌进行血清分型,耐热直接溶血素相关基因(trh)和耐热直接溶血素基因(tdh)PCR检测,对45株副溶血性弧菌进行PFGE分子分型。结果 食物中毒分离的28株副溶血性弧菌,血清型以O₄:K₈(32.14%)和O₃:K₆(25.00%)为主,17株水产品分离的副溶血性弧菌,血清型以O₁:K_UT(42.11%)为主;21株(46.67%)为tdh⁺trh^-菌株,23株(51.11%)为tdh^-trh^-菌株,1株(2.22%)为tdh^-trh⁺。45株副溶血性弧菌的PFGE相似值为3.9%~100.0%,被分为36种不同的PFGE型别,带型100%相同的菌株几乎都出现在同一年代相近的时间点,但也出现了跨年代菌株。结论 肇庆市食物中毒的副溶血性弧菌以O₄:K₈和O₃:K₆血清型为主,多数菌株携带tdh基因。PFGE结果提示肇庆市流行的副溶血性弧菌存在多克隆来源。     

甲硫腺苷磷酸化酶在非小细胞肺癌中转录表达

目的 探讨甲硫腺苷磷酸化酶(MTAP)及其连锁基因p14，p15和p16在非小细胞肺癌中的转录表达变化情况。方法 采用RT-PCR方法检测15例新鲜肺癌标本及相应癌旁组织中MTAP及其边锁基因p14、p15和p16mRNA的表达情况。结果 MTAP在73．3％的肿瘤标本中不表达或转录水平降低5倍以上，而MTAP在癌旁对照组织中的表达率却高达93．3％；此外，MTAP在肺腺癌和鳞癌中的低表达现象无显著性差异，但在中／低分化肺癌中低表在显著高于高于分化癌。对7例标本分析表明，1例P15基因在正常组织及癌瘤中都高水平表达，1例均不表达。5例在癌标本中基本不表达．而在正常组织中表达；而p14和p16正常组织中转录表达水平很低，而在配对的7例肺癌组织中却分别有3项高表达。结论 MTPA基因低表达或丢失可能与肺癌的恶性程度密切相关，MTAP的缺失可能独立于p16之外，提示MTAP的低表达或缺失在肿瘤生物学中有其功基础的基础。     

人类13q32精神分裂症易感基因的研究

目的　在中国人群中探讨人类 13q32区域内与精神分裂症相关的易感基因位点。 方法　以中国汉族精神分裂症患者和他们的健康父母双亲组成的 91个核心家系为研究对象。采用聚合酶链式反应 -限制性片段长度多态性 (PCR -RFLP)方法对 13q32区域内分别位于STK2 4位点和GPC6位点上的 2个单核苷酸多态性 (SNPs)rs1886 0 89和rs2 892 6 79进行检测。利用拟合优度卡方检验分析基因型分布频率是否符合Hardy -Weinberg平衡定律 ,单体型相对风险分析 (HRR)和传递不平衡检验 (TDT)用于数据基因型分析。结果　 (1)STK2 4 /GPC6基因型频率分布符合Hardy -Weinberg平衡 (P >0 0 5 ) ;(2 )HRR结果显示 ,rs1886 0 89和rs2 892 6 79两个基因多态性与精神分裂症无关联 (P >0 0 5 )。TDT结果表明 ,父母和受累子女之间不存在显著的传递不平衡 (P >0 0 5 ) ,即杂合父母传递给受累子女的等位基因无差异 ;(3)STK2 4rs1886 0 89等位基因与精神分裂症的两种临床症状真性幻听和情感淡漠相关 (χ2 =6 0 0 5df=1P <0 0 5 ;χ2 =6 0 74df=2P <0 0 5 )。GPC6rs2 892 6 79等位基因与精神分裂症的思维贫乏相关(χ2 =6 0 94df=2P <0 0 5 )。结论　STK2 4rs1886 0 89和GPC6rs2 892 6 79基因多态性与精神分裂症的 3种临床症状相关联     

多药耐药肺炎克雷伯菌氨基糖苷类修饰酶与16S rRNA甲基化酶基因研究

目的 研究多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)氨基糖苷类药物耐药的遗传学背景.方法 收集2008年8月-2010年5月6所医院共47株肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析15种氨基糖苷类修饰酶和6种16S rRNA甲基化酶基因.结果 该组肺炎克雷伯菌共检出4种氨基糖苷类修饰酶和1种16S rRNA甲基化酶基因,可分为16种阳性检出模式,并发现两株菌携带aac(6′)-Ⅰ b基因新亚型[aac(6′)-Ⅰ b-hz,美国GenBank登录号:JF901756];其他16种基因未检出.结论 携带氨基糖苷类修饰酶和16S rRNA甲基化酶基因,是该组肺炎克雷伯菌对氨基糖苷类药物耐药的主要原因,在多药耐药肺炎克雷伯菌中发现aac(6′)-Ⅰ b新亚型[aac(6′)-Ⅰ′ b-hz]为国内外首次报道.     

Attenuation of bovine herpesvirus type 1 by deletion of its glycoprotein G and tk genes and protection against virulent viral challenge

To develop a novel vaccine against infectious bovine rhinotracheitis (IBR), a bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) mutant was constructed by deleting the genes for glycoprotein G (gG) and thymidine kinase (tk) through homologous recombination. The resulting sequences for both genes were shown to be correct and a gG expression defect was also confirmed. A parallel study of the BoHV-1 gG⁻/tk⁻, gE⁻/tk⁻ mutants and wild type (wt) in 31 calves was performed at three different doses, 4 × 10⁵ PFU, 4 × 10⁶ PFU and 4 × 10⁷ PFU. Compared to wt BoHV-1, inoculation of BoHV-1 gG⁻/tk⁻ and gE⁻/tk⁻ produced no clinical signs and the virus was not reactivated by dexamethasone (dex). Inoculation of BoHV-1 gG⁻/tk⁻ at the doses of 4 × 10⁶ and 4 × 10⁷ PFU provided full clinical protection for the cattle against wt BoHV-1 challenge at 4 × 10⁷ PFU/calf. Although the mutants were associated with significantly lower levels of serum neutralizing antibody, interferon gamma (IFN-γ) and tumor necrosis factor alpha (TNF-α) than wt BoHV-1 on days 3, 5 and 7 after immunization, stimulation of IFN-β by BoHV-1 gG⁻/tk⁻ was significantly higher than that of wt BoHV-1 and gE⁻/tk⁻ on days 3 and 5. We conclude that BoHV-1 gG⁻/tk⁻ was attenuated adequately and that it maintains the ability to stimulate immune protection. Therefore, it may be a promising candidate for a marker vaccine against IBR.