苦蘵中睡茄交酯类成分的抗炎靶标预测

目的 应用分子对接技术预测苦蘵中睡茄交酯类成分的抗炎活性靶标,并利用LPS诱导细胞炎症模型验证化合物的体外抗炎活性。方法 以计算机辅助药物设计(CADD)中的分子对接技术为研究方法,以前期从苦蘵分离鉴定的9个睡茄交酯类成分组成配体数据库,选择环氧合酶-2(COX-2)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、细胞外调节激酶(ERK)、p38、应激活化蛋白激酶(JNK)、核转录因子(NF-κB)等6个与抗炎活性密切相关的靶点组成受体数据库,对睡茄交酯类化合物的作用靶点及抗炎机制进行预测,进一步利用细胞炎症模型验证化合物对LPS诱导巨噬细胞释放炎症介质一氧化氮(NO)的抑制活性。结果 对比分析了9个睡茄交酯化合物作用于各靶点的主要活性位点,化合物1-4均对LPS诱导细胞释放NO表现出抑制活性。结论 苦蘵中睡茄交酯类活性成分可能是通过阻断ERK信号转导途径来发挥抗炎作用。     

菝葜抗炎有效部位群的效应成分研究

目的探讨菝葜抗炎有效部位群中落新妇苷、花旗松素、槲皮素、芦丁、白藜芦醇、黄杞苷、薯蓣皂苷、薯蓣皂苷元、菝葜皂苷元、甲基原薯蓣皂苷、原薯蓣皂苷、纤维薯蓣皂苷的体外抗炎活性与免疫调节作用,为诠释菝葜的药效物质基础提供依据。方法采用脂多糖(LPS)刺激小鼠巨噬细胞RAW264.7模型,酶联免疫法(ELISA)检测12个单体成分对白介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)释放的影响,考察其抗炎活性;采用CCK-8法检测各成分对小鼠脾淋巴细胞体外增殖水平及ELISA检测LPS刺激脾淋巴细胞后各成分对白介素-2(IL-2)、TNF-α和干扰素-γ(IFN-γ)释放的影响,考察其免疫调节活性。结果在LPS诱导的RAW264.7细胞模型中,除白藜芦醇外,其余11种化合物对IL-6都有一定的抑制作用,而落新妇苷还呈现出双向调节作用;落新妇苷、槲皮素、白藜芦醇、原薯蓣皂苷、薯蓣皂苷及菝葜皂苷元6种化合物对IL-1β具有抑制作用;5种黄酮类单体及白藜芦醇对TNF-α的抑制作用极为显著,而6种皂苷类成分对TNF-α则有促进作用;在脾淋巴细胞模型中,12个单体成分对脾淋巴细胞均有明显的增殖作用,对相应的炎症因子也有明显的抑制作用。结论落新妇苷等12个单体成分均具有抗炎及免疫调节作用,可能是菝葜抗炎有效部位群发挥作用的的主要效应成分。     

栀子和地黄环烯醚萜类成分抗炎作用的虚拟评价

目的 研究理论评价方法的合理性,对栀子和地黄内所含的环烯醚萜类化合物的抗炎作用可能机制进行虚拟评价。方法 选择炎症相关的 39 个受体晶体结构,利用 Schrdinger 软件计算小分子、受体活性位点的描述指标和对接结果,考察对接得分中的非特异成分。结果 配体的非特异得分与其分子特征描述符存在明显的相关性,主要包括 chilvC、PEOEVSA-5、SlogPVSA3、SlogPVSA5 4个指标。分子经过评价后发现代号为 M7、M9、M11 的环烯醚萜类化合物与抗炎类受体双特异性促分裂原活化蛋白激酶的结合较好。结论 阐明了分子特征描述符与非特异性得分的相关性模型,提出了选择性作用的分级评价标准,揭示了部分环烯醚萜类成分可能的机制。     

文冠木活性成分抗衰老作用机制的网络药理学研究

目的：利用网络药理学和分子对接技术研究文冠木活性成分的抗衰老机制。方法：基于TCMSP数据库及文献报道获取文冠木主要化学成分,将口服生物利用度（OB）、类药性（DL）设定为筛选参数,寻找活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库进行靶标预测;从TTD、GAD、PharmGkb数据库收集抗衰老的靶标;将活性成分靶标与抗衰老靶标取交集,在STRING数据库中将该交集绘制蛋白互作PPI网络,得到核心靶标;对核心靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;使用Cytoscape 构建“中药-活性成分-靶标-疾病-通路”网络得到核心成分,并对核心成分与核心靶标的结合模式进行分子对接验证。结果：获取金圣草黄素、槲皮素、山奈酚等29个化合物为文冠木抗衰老主要活性成分;筛选到AKT1、TNF、EGFR等30个基因为文冠木抗衰老的核心靶标。核心靶标主要涉及化学反应、离子束缚、胞质部分的活动等生物过程,通过参与PI3K-Akt 信号通路,脂质和动脉粥样硬化,癌症蛋白聚糖,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂抗性等来发挥抗衰老的作用。分子对接结果显示,排名前三的化合物与核心靶标AKT1、TNF、EGFR均能自由结合。结论：本研究证实文冠木的活性成分可通过多靶标、多通路发挥抗衰老作用,为未来深入研究文冠木在抗衰老和化妆品领域的作用提供科学依据。     

菝葜抗炎有效部位群及其单体成分体外抗氧化活性研究

目的考察菝葜抗炎有效部位群及其单体的抗氧化作用,探讨菝葜抗炎作用的可能机制。方法采用DPPH自由基、羟自由基反应体系、FRAP法分别测定菝葜有效部位群及落新妇苷、花旗松素、槲皮素、芦丁、白藜芦醇、黄杞苷等6个单体成分的自由基清除能力和铁离子还原能力;建立H202诱导大鼠红细胞膜损伤模型,孵育后检测药物对红细胞溶血抑制率和红细胞悬液中丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活力的影响。结果菝葜有效部位群及其6个单体成分均表现出抗氧化能力。在DPPH实验中,菝葜有效部位群和花旗松素的清除作用明显强于其他药物,IC_(50)分别为13.05 mg/L、11.83 mg/L,略弱于维生素C(Vit C)(IC_(50)为6.93 mg/L);在羟自由基清除率的测定中,菝葜有效部位群及其6个单体均表现出一定的清除作用,但弱于Vit C;在FRAP法中,槲皮素还原Fe~(3+)的能力最强(FRAP值(183.78±8.01)mmol/g),优于Vit C(FRAP值(85.69±4.98)mmol/g),其次为花旗松素(FRAP值(56.73±6.25)mmol/g);在H202诱导大鼠红细胞膜损伤实验中,与模型组比较,菝葜有效部位群、花旗松素、槲皮素及白藜芦醇对红细胞的溶血抑制率明显升高、红细胞悬液中MDA含量显著降低(P0.01)、SOD及GSH-Px活性显著升高(P0.01)。结论菝葜抗炎有效部位群及其6个单体均具有体外抗氧化作用,并对红细胞膜具有保护作用,推测菝葜抗炎效应与其抗氧化特性有关。     

基于分子对接技术探讨蒙药述达格-4的抗胃炎作用机制

目的对蒙药复方述达格-4中化学成分和胃炎相关靶标进行分子对接研究,探索其化学成分与相关靶标的相互作用。方法基于前期网络药理学的研究,筛选出与疾病(胃炎)相关的28个化合物和7个胃炎相关靶标,分别对接。判断各自结合自由能的大小,并分析受体与配体的相互作用。结果述达格-4中筛选出的具有抗胃炎相关活性的化合物与环氧合酶-2(COX-2)结合自由能均较低,具有较高的结合活性。豆甾醇、齐墩果酸、谷甾醇、异土木香内酯、木香烃内酯、高良姜三甲醚、槲皮素、土木香内酯、鼠李素、去氢木香烃内酯、高良姜素、山奈酚、山奈素、姜黄素等与COX-2等靶标具有较低的靶标结合自由能。结论通过对述达格-4中化学成分与胃炎相关靶标的分子对接研究,为进一步阐明述达格-4治疗胃炎的物质基础研究提供依据。     

基于系统药理学分析透解祛瘟颗粒治疗COVID-19的活性成分

目的 采用系统药理学多维阐释探寻透解祛瘟颗粒（TJQW）治疗新型冠状肺炎（COVID-19）药效物质基础,并筛选活性成分。方法 采用数据库搜寻、文献挖掘与类药性指标筛选确定TJQW化合物、疾病阳性药物及作用靶点,基于活性成分-阳性药物-疾病潜在靶点交联互作明确关键节点靶标,并对其进行 GO 生物过程分析和 KEGG 通路分析,在此基础上针对核心靶标对TJQW组分进行虚拟筛选,构建成分-靶点-通路网络效应图,最后对活性成分分子结构特征进行阐释。结果 从TJQW组方中得到159个化合物,基于活性成分-阳性药物-疾病三者交联得到18个核心节点蛋白,结合新近报道的4个COVID-19相关蛋白共22个靶标构成了COVID-19靶标。虚拟筛选结果显示每个靶标蛋白有14个及以上化合物与其应答,其中与NR1I2蛋白结合效应的分子多达64个,多途径、多成分、多靶点阐释了TJQW抗COVID-19物质基础,共筛选得到与疾病核心靶标结合较好的前30个分子,黄酮类起主导作用。结论 从“关键活性药效分子-疾病关键节点靶标-相关生物学通路”角度来揭示TJQW多个成分、多个靶点和多条通路机制治疗 COVID-19的作用机制药效物质基础,并筛选出前30个活性先导物,为该组方的临床应用和深入开发提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术的理中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨理中汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）的潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库获取理中汤主要化学成分及其作用靶标,从GeneCards数据库获取IBS-D疾病靶标,采用R软件处理疾病症与理中汤有效成分靶标,绘制韦恩图。通过Cytoscape 3.7.1软件联合STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络,对交集靶标进行GO和KEGG富集分析,使用Vina软件对核心靶标及有效成分进用分子对接验证。结果 筛选得出药物疾病共同靶点155个,通过PPI网络的拓扑分析出度值前五的靶蛋白c-Jun氨基末端激酶（JUN）、信号传导及转录激活蛋白3(STAT3)、雌激素受体1(ESR1)、蛋白激酶1(AKT1)和白细胞介素（IL）-1β;GO和KEGG通路富集分析表明,理中汤可能作用于IL-17、癌症相关、糖尿病并发症中AGE-RAGE、动脉粥样硬化、TNF等相关信号通路,可通过减少病理损伤、炎症和氧化应激反应,从而减轻IBS-D。分子对接显示,活性化合物与筛选出的靶标之间具有良好的结合能力。结论 理中汤通过多成分、多靶点、多途径的相互作用,以及调节炎症反应...     

清肺消炎丸基于炎症相关靶点的计算药理学研究

目的:研究清肺消炎丸化学成分抗炎相关靶点的作用,并在分子层面上阐释了多靶点效应。方法:借助与计算机辅助药物设计相关技术(以分子对接为主),探讨该复方化合物与炎症相关靶标间作用关系。结果:清肺消炎丸含有17个具有高生物利用度及类药性良好的化合物,其化学成分对环氧合酶-2(COX-2)、3α-羟基类固醇脱氢酶(3α-HSD)、磷脂酶A2(Phospholipase A2)、细胞色素p450-cam(CYP450-cam)、外膜磷脂酶(OMPLA)、对羟基苯甲酸羟化酶(PHBH)等多个靶点起作用。结论:该实验从分子层次上阐述了该复方在炎症治疗方面的计算药理学和化合物多靶点作用,研究为揭示清肺消炎丸缓解哮喘的作用机制提供了依据。     

分子对接虚拟筛选蟾毒灵结合蛋白

目的 预测抗肿瘤活性成分蟾毒灵的结合蛋白.方法 采用分子对接方法 搜索结合蛋白,部分高分值靶标进行单独分子对接确证,并与已报道药理活性进行比较.结果 计算机搜索13个蛋白与蟾毒灵发生分子对接,验证分析显示二氢叶酸还原酶、PARP具有较高可信度.结论 二氢叶酸还原酶、PARP可能是蟾毒灵发挥抗肿瘤、抗炎活性的2个结合蛋白.     

基于网络药理学及分子对接技术探讨白芍治疗早发性卵巢功能不全的作用机制

【目的】通过网络药理学研究方法和分子对接技术预测白芍治疗早发性卵巢功能不全的作用机制。【方法】利用TCMSP数据库收集白芍有效成分及其作用靶标,通过GeneCards与OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶标,运用Cytoscape软件构建白芍治疗早发性卵巢功能不全的“成分-靶标-通路-疾病”网络。通过STRING数据库构建靶标蛋白相关作用网络并进行关键靶标的生物功能注释及通路分析,应用Autodock软件对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。【结果】共筛选白芍13个有效成分,35个靶标85条通路。山柰酚与PTGS1和NR3C2对接结果良好。【结论】白芍可能通过抗炎性反应、增加卵母细胞数量及抑制颗粒细胞凋亡等药理作用来治疗早发性卵巢功能不全。     

麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的网络药理学机制

【目的】应用网络药理学分析麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的可能靶标。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards和OMIM数据库,筛选麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的活性成分及其作用靶标;采用Cytoscape 3.7.0软件绘制出麻黄加术汤活性成分-风湿性心脏病作用靶标网络;应用STRING数据库建立靶标相互作用网络并运用Network Analyzer进行网络分析;最终在生物学信息注释数据库中进行基因本体论(GO)生物过程分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】共预测并筛选出麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的120个活性成分,其中麻黄22个,桂枝6个,苦杏仁16个,甘草88个,白术4个(活性成分在药物之间有重复)。活性成分作用靶标有103个。麻黄加术汤治疗风湿性心脏病GO生物过程结果显示与化学刺激、氧化应激、炎症产生等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及白细胞介素17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Toll样受体(TLR)信号通路、辅助性T细胞17(Th17)细胞分化通路、T细胞受体(TCR)信号通路等。【结论】麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的主要机制可能是方剂中的黄酮类化合物通过减低前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、蛋白激酶Bα(AKT1)等介导的氧化应激,减少一氧化氮合酶2(NOS2)、过氧化物酶增生激活受体(PPARG)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素8(IL-8、CXCL8)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)等炎症因子的表达,干预IL-17、TNF、TLR、Th17、TCR等免疫与炎症相关通路,从而发挥抗炎作用,保护心肌细胞。     

锦灯笼抗炎活性成分作用机制的网络药理学研究

[目的]预测锦灯笼中抗炎活性成分发挥作用的分子作用机制。[方法]采用反向分子对接方法,将筛选的锦灯笼的活性成分与药物信息数据库Therapeutic Target Database和Drug Bank检索的抗炎作用靶点进行对比分析,归纳总结出锦灯笼活性成分抗炎作用的潜在靶点,并通过MAS3.0对潜在靶点信息进行基因注释,利用Cytoscape3.4.0软件构建锦灯笼活性成分-靶点-通路-疾病网络并分析。[结果]锦灯笼54个活性成分作用于12个炎症靶点,涉及参与信号转导、蛋白水解和炎症反应等16条相关生物过程的代谢通路。[结论]网络药理学的研究方法预测锦灯笼活性成分,从分子水平解释了锦灯笼抗炎的作用机制,并为了中药多成分、多靶点、多通路的药效机制提供了科学依据。     

东革阿里抗炎的物质基础及其作用机制：基于UPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学方法

目的 阐明东革阿里抗炎活性的物质基础及作用机制。方法 利用二甲苯致耳肿胀和脂多糖致急性肺炎模型筛选东革阿里的活性部位;采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定活性部位的化学组成,结合SwissADME、SwissTargetPrediction、Genecards等数据库筛选东革阿里抗炎的潜在作用靶点,String数据库绘制蛋白互作（PPI）网络图,Cytoscape软件做网络拓扑分析并筛选核心靶点,通过Metascape数据库对核心靶点进行富集分析,使用Autodock软件进行核心成分和靶点进行分子对接,Pymol软件将对接结果可视化;采用脂多糖诱导的RAW264.7细胞炎症模型验证东革阿里抗炎作用机制,通过Griess试剂法检测NO的水平,Western blot法检测MAPK1、JAK2及STAT3蛋白的表达水平。结果 东革阿里75%提取物（ELE）为活性部位,该部位共鉴定出37个化学成分,化合物和疾病共有靶点541个,涉及JAK/STAT3、cAMP等信号通路,筛选出12个指标性成分,指标性成分与涉及信号通路上的2个核心靶点进行分子对接,对接结果良好;细胞验证实验显示ELE...     

基于生物信息学技术探讨荜茇抗胶质瘤的分子机制

目的 基于生物信息学技术建立荜茇成分-靶点-信号通路-胶质瘤网络,探索荜茇抗胶质瘤的分子机制。方法 采用TCMSP等在线平台和文献资料,筛选荜茇的化学成分和作用靶点;利用GeneCards和OMIM数据库筛选胶质瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建荜茇活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作网络,并进行基因本体基因和基因组百科全书通路富集分析,最后利用AutoDock Vina(1.1.2)和Pymol软件对荜茇有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出荜茇15个活性化合物,49个药物-疾病共同靶点,主要包括肿瘤坏死因子、白介素-6、雌激素受体蛋白、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、前列腺素G/H合酶2等。生物功能分析结果,荜茇抗胶质瘤涉及到多种生物学过程以及Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路信号、cAMP信号通路（PKA系统）、白细胞介素-17通路等信号通路。分子对接结果,荜茇抗胶质瘤可能的前5个主要活性成分piperlonguminine、piperine、ZINC03996196、N-(2,5-dimethoxyphenyl...     

天然资源型化合物甾体皂苷元的化学研究

甾体皂苷元是一类重要的天然资源型化合物，它们已经被作为合成甾体药物的基本原料之一。为了能够实现高效、洁净并以“原子经济性”方式利用这类化合物资源，作者课题组系统地研究了甾体皂苷元的氧化降解反应。通过研究提供了用30%双氧水作为氧化试剂分别氧化伪甾体皂苷元和甾体甾苷元成为相应的孕烯酮醇、孕甾三醇、甾体-22-酸内酯以及系列含甲基侧链的双官能团手性合成试剂的实用方法和技术，进一步还研究了甾体皂苷元氧化降解产物在甾体药物、天然甾体活性分子和非甾体功能手性分子合成中的应用。作者课题组研究了甾体皂苷元螺环缩酮的溴代开环、胺代开环、内酯化溴代等反应，为利用甾体皂苷元完整骨架高效合成一些具有胆固醇基本结构的中药活性成分和具有重要生物活性的天然甾体化合物提供了新的思路和方法。     

生物信息学分析与分子对接紫英抗炎合剂 治疗慢性盆腔炎分析

目的 探讨紫英抗炎合剂治疗湿热瘀结型慢性盆腔炎的作用机制。方法 通过自研Python脚本在TCMSP数据库中筛选紫英抗炎合剂的活性成分和靶基因,并通过人类基因数据库GeneCards获得湿热瘀结型慢性盆腔炎的靶基因,使用CytoScape3.9.0构建“药物-成分-靶点”、“成分-通路”网络。将筛选到的关键靶基因导入STRING在线平台,建立蛋白与蛋白相互作用网络,并进行生物信息分析以研究其机制。最后通过AutoDockTools和AutoDock vina进行分子对接分析,并与医院现有的西药的结合度进行对比后应用PyMol可视化作图。结果 ①从紫英抗炎合剂中筛选出豆甾醇等59个中药有效活性成分,白细胞介素6、肿瘤坏死因子等72个关键基因;②生物信息分析结果显示,紫英抗炎合剂生物学过程和功能集中在调节炎症反应、细胞因子活性等;③生物信息分析信号通路显示,紫英抗炎合剂治疗慢性盆腔炎主要涉及PI3K-Akt信号通路、NF-B信号通路等;④分子对接结果显示紫英抗炎合剂中的重要活性成分与慢性盆腔炎的核心靶点结合较好,甚至优于阿奇霉素和头孢西丁,筛选出结合度好、有氢键形成的构象关系IL6-Stigmasterol进行可视化处理。结论 以上研究为紫英抗炎合剂日后进一步探索提供了新思路,也为通过网络药理学、生物信息分析和分子对接的方法,发展医院的新制剂提供了新的研究途径。     

鸡骨草保肝降脂有效成分分子对接筛选研究

目的 利用分子对接技术筛选鸡骨草降脂保肝抗感染主要有效物质基础.方法 选取与鸡骨草功效和疾病防治相关的10个活性受体,采用分子对接技术对鸡骨草所含55个已知化合物和7个肝病治疗药物进行模拟筛选,预测化合物的吸收、分配、代谢、排泄和毒性(ADMET),比较分析各化合物与受体的对接能力.结果 鸡骨草化合物与受体结合的能力大小顺序为酰胺类成分＞黄酮类成分＞生物碱和其他小分子＞皂苷类,从中筛选出23个得分较高的成分,主要为酰胺类成分、黄酮糖苷和小分子等成分,ADMET预测结果提示这些成分不与CYP2D6和血浆蛋白结合,以游离状态进入血液发挥药效作用,可能为鸡骨草保肝降脂抗感染的主要有效成分.结论 本法有助于寻找和筛选鸡骨草保肝降脂最具潜力有效成分,为创新药物研发和提升药材质量评价标准指标选择等方面奠定依据和基础.     

基于生信分析、分子对接技术研究越鞠丸改善动脉硬化的机制并虚拟筛选其特定活性成分

目的 通过分子对接技术虚拟筛选越鞠丸改善动脉硬化的活性成分。方法 通过网站、数据库及GEO芯片获取越鞠丸中有效成分及动脉硬化疾病靶点,并进行整理与筛选,预测越鞠丸经筛选后活性成分治疗动脉硬化可能的作用靶点并进行生信分析。从CTD数据库选取动脉硬化的5个与抗炎有关的重要蛋白受体,5个与调脂有关的重要蛋白受体,确定结合位点后分别与越鞠丸符合筛选标准的有效成分运行Vina进行分子对接,将对接结果中结合能低且具有继续研究意义的构象进行分析讨论。结果 齐墩果酸、表齐墩果酸、奥古斯丁酸、红景天醇、丝石竹酸等化合物可能是越鞠丸改善动脉硬化的重要活性成分,参与了循环系统中血管的病理生理过程、调节血管大小和直径、对外界物质的刺激等多个生物过程,涉及神经活性配体-受体相互作用、AGE-RAGE、液体剪应力与动脉粥样硬化、钙离子、脂质与动脉粥样硬化等多个信号通路,其中CCL2、IL6、NOS2、PTGS2、TNF是与抗炎有关的重要蛋白受体,NCOA2、PIK3CG、PPARD、PPARG、SOD1是与调脂有关的重要蛋白受体。上述重要活性成分与抗炎、调脂的重要蛋白受体的结合程度强。结论 越鞠丸治疗动脉硬化是通...