基于网络药理学探讨藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的?采用网络药理学方法分析藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制,探究其多成分—多靶点—多通路的相关关系。方法?运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选藿香正气方中的活性成分,SwissTargetPrediction服务器收集成分靶点,人类基因数据库（GeneCards）获取妊娠期新型冠状病毒肺炎靶点,将成分靶点与疾病靶点映射,获取共有靶点。STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络,用Cytoscape3.3.0软件进行拓扑参数分析,得到核心靶点,并构建“药物—成分—靶点—疾病”网络。DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果?筛选得到藿香正气方中84个活性成分,1 007个成分靶点,疾病靶点236个,两者交集靶点72个。涉及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、白细胞介素6（IL-6）、MAPK3、MAPK8、肿瘤坏死因子（TNF）、表皮生长因子受体（EGFR）、IL-2等31个核心靶点。GO富集分析显示448个条目,主要集中于细胞凋亡的调控、氧化应激反应、对细胞因子刺激的反应等过程。KEGG富集分析有52条通路,主要参与Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、ErbB信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路和癌症、免疫、凋亡等相关通路调控。结论?藿香正气方的有效成分可通过作用于MAPK1、IL-6、MAPK3、MAPK8、TNF、EGFR等靶点调节多条信号通路,发挥对妊娠期新型冠状病毒肺炎的治疗作用。     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎机制研究

目的:通过网络药理学方法探索穿心连治疗新型冠状病毒肺炎的作用靶点及分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选穿心莲的活性成分及相关的药物靶点,同时在GeneCards数据库筛选出新型冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,交集基因即为穿心莲治疗新冠肺炎的核心靶点。随后利用Cytoscape3.7.2软件和String数据库构建药物活性成分-靶点网络和蛋白质相互作用关系的网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并构建成分-靶点-通路图。结果:筛选出穿心莲的活性成分24个及作用靶点53个,新型冠状病毒肺炎的靶点259个,交集靶点14个。KEGG富集分析涉及通路17条,主要包括癌症、细胞凋亡、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、MAPK信号通路、神经营养蛋白信号通路等。结论:穿心莲中的多种活性成分可以通过介导多靶点、多通路发挥治疗新型冠状病毒肺炎的作用。     

基于网络药理学探讨"肺炎预防1号"防治新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学探索肺炎预防1号防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 基于中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索肺炎预防1号的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18为标准筛选主要活性成分;运用Swiss Target Prediction系统依次检索各活性...     

黄芩-金银花药对治疗新型冠状病毒肺炎潜在作用机制的网络药理学研究

目的:基于网络药理学探讨黄芩-金银花药对与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)关联关系及潜在作用机制。方法:利用TCMSP和STRING数据库平台过滤黄芩-金银花的有效化合物及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0统计软件建立并分析黄芩-金银花有效化合物-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3.7.0统计软件建立并分析黄芩-金银花有效化合物作用靶点PPI网络;利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:黄芩-金银花59个有效化合物通过171条通路作用于202个靶点发挥其中医临床功效及潜在的COVID-19治疗作用。结论:黄芩-金银花所含的活性化合物可能通过抗病毒、抗炎等和肺、肝及心血管保护等作用,对COVID-19引发的肺损伤、肝损伤、心血管疾病和炎性反应具有潜在的预防与治疗作用,研究结果可为中医药治疗新冠肺炎提供一定的理论基础与科学依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。     

基于网络药理学探究黄芪-防风药对预防新型冠状病毒肺炎的作用机理

目的:基于网络药理学探究黄芪-防风药对预防新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其防治作用机制.方法:利用TCMSP数据库和相关文献筛选出黄芪-防风药对的活性成分及靶标;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点;将两...     

疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学研究疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对疏风解毒颗粒的中药活性成分进行检索、筛选;运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测、筛选,将上述二者的共同靶点输入String数据库获取靶标蛋白互作网络关系,利用Cytoscape 3.7.2软件构...     

基于网络药理学探讨藿朴夏苓汤“培土生金”治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的:采用网络药理学探索藿朴夏苓汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法 :首先从《雷公炮制药性解》《本草汇言》《中药大辞典》等书中对藿朴夏苓汤的药物归经规律进行挖掘。其次,运用中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)平台检索该复方各味药的有效成分和作用靶点。并将经过Uniprot数据库检索的靶基因及TCMSP检索出的相应中药成分、中药名称输入Cyoscape3.7.1软件,使"药物-有效成分-靶点"网络可视化。然后运用GeneCards平台筛选疾病基因,并将该基因与药物靶蛋白取交集,通过STRING平台对交集靶点的相互作用关系进行探索,找寻藿朴夏苓汤治疗COVID-19的关键靶点,通过Cyoscape3.7.1软件构建PPI网络图。最后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制及核心靶标,并绘制气泡图及柱状图以使结果可视化。结果:藿朴夏苓汤各药的归经以肺、脾、胃为主,并涉及心、肝、肾、三焦、大肠、小肠、膀胱等多个脏腑;"药物-有效成分-靶点"网络涉及10味中药、68个有效药物成分,217个靶基因;将药物基因与疾病基因取交集,根据基因相互作用关系获取65个关键基因。按照P<0.05的标准,GO富集到1 739条生物过程,39条细胞组成,110条分子过程,KEGG富集到PI3K-Akt信号通路、小细胞肺癌、乙型肝炎等与之密切相关的136条信号通路。结论:本文预测具有"培土生金"多脏腑治疗作用的藿朴夏苓汤,其主要化合物成分槲皮素、木犀草素、黄芩素等可能通过作用AKT1、MAPK1、RELA、CDKN1A、CCND1、CASP8等关键靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学的麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎潜在机制研究

目的:运用网络药理学探究麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制.方法:从TCMSP、TCM-ID数据库检索并筛选得到麻黄汤中的主要活性成分;通过检索Pub Chem数据库得到每种活性成分的SMILES结构并导入Swiss数据库得到预测靶点;采用CTD数据库筛选得到ARDS的已知治疗靶点,使用Unipr...     

黄芪白术配伍前后黄芪化学成分分析研究

目的:基于HPLC分析黄芪白术配伍前后黄芪化学成分分析研究,阐释中药合理配伍的科学内涵。方法:采用高效液相(HPLC)指纹图谱分析进行线性关系分析以及加样回收率试验考察HPLC的严谨性。HPLC指纹图谱:取黄芪甲苷对照品溶液、缺黄芪阴性对照溶液、黄芪供试品溶液和黄芪白术配伍供试品溶液进行HPLC指纹图谱分析,同时取3个产地黄芪白术分析黄芪化学成分含量。结果:1)在线性关系考察在1.024~10.24μg范围内线性关系良好。2)加样回收率试验结果中平均回收率为99.60%,RSD为2.0%,显示加样回收率试验良好,HPLC严谨性高。3)HPLC指纹图谱分析显示,对照品溶液、黄芪供试品溶液、黄芪白术供试品溶液和缺黄芪阴性对照溶液中,缺黄芪阴性对照溶液无干扰,而黄芪甲苷与其他成分的基线分离良好。4)3个产地均显示黄芪白术配伍后黄芪的化学成分黄芪甲苷的含量有所增加,其中以内蒙古产地的黄芪白术配伍中黄芪甲苷的含量最高。结论:黄芪白术配伍前后黄芪的主要化学成分为黄芪甲苷,其中以内蒙古提供的药材含量最高。     

刺五加黄芪复方制剂的健脾益气作用研究

用不同提取方法制得的刺五加黄芪复方制剂对服用大黄造成小鼠脾气虚证有不同程度的改善。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

黄芪采叶对根产量的影响

运用正交设计，明确了采叶强度和采叶时间对黄芪根粗和产量均有显著影响。采叶强度是影响根产量的最重要因素。随着采叶强度加大，采叶时间推迟，根粗和产量都明显下降，不采叶产量最高。采叶强度１／３，采叶时间６月１５日左右较为适宜，对产量影响较小。     

基于网络药理学原理的黄芪-金银花药对干预急性呼吸窘迫综合征的分子机制研究

[目的]基于网络药理学原理,探讨课题组前期实验有效方益气化瘀解毒方核心药对黄芪-金银花干预急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子通路及作用机制。[方法]应用整合药理学平台对黄芪、金银花化学成分及ARDS疾病候选靶标进行收集,根据结构相似性原理选取相似性分数≥0. 8的所有药物靶标作为"黄芪-金银花"药对的潜在作用靶标,建立药物候选靶标信息数据库,通过该平台的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI)数据库,获得"黄芪-金银花"药对作用的潜在靶标与ARDS疾病靶标之间的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI),通过网络分析,构建"中药-核心成分-关键靶标-主要通路"的可视化网络图,进一步明确中药干预疾病的作用机制。[结果]黄芪-金银花药对共预测得到76个活性成分,其中黄芪化合物成分29个,金银花化合物成分47个。其干预ARDS作用涉及的前100个核心靶标中已知治疗ARDS的直接靶标(known disease target)78个,潜在药物靶标(putative drug target)3个,共同靶标(common target)2个;其干预ARDS的作用涉及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、神经营养因子信号转导通路、细胞生长与死亡等相关生物过程和代谢通路。[结论]黄芪-金银花药对主要活性成分可针对多个靶点、多条通路发挥干预ARDS的作用,其作用与TSC1、NSDHL、GRB2、MYC、MAP2K等关键靶标及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路等有关。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗缺血性中风的作用机制

目的:通过构建药物与疾病之间的网络关系探究黄芪对缺血性中风（IS）的治疗机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芪有效活性成分和相关靶点;以“Cerebral Ischemic Stroke”为关键词,在人类基因的综合数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索IS疾病基因靶点;利用Perl脚本分析计算出黄芪-IS之间的共同基因,String网站用来构建黄芪-IS之间蛋白作用关系网络,黄芪-IS交集基因的GO功能富集分析、KEGG通路富集分析则借助R软件完成。结果:从黄芪中筛选出16个有效成分,作用于137个IS疾病靶点,黄芪治疗IS的核心基因主要有AKT1、IL6、VEGFA、CASP3、JUN等。中药-疾病靶点共有144条GO生物学过程,功能主要与细胞活性、特异性DNA的表达和酶反应有关。共获得164条KEGG信号通路,主要包括AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎病毒通路、前列腺癌通路、TNF信号通路、人巨细胞病毒感染通路、膀胱癌通路、胰腺癌通路、丙型肝炎通路、内分泌抵抗通路等。结论:黄芪可通过多成分、多靶点和多通路治疗IS,为临床用药提供科学理论支撑。     

基于网络药理学与分子对接研究黄芪-附子治疗慢性心力衰竭的机制

目的：采用网络药理学及分子对接研究“黄芪-附子”药对治疗慢性心力衰竭的作用靶点及其相关信号通路,并进一步分析其治疗慢性心力衰竭的潜在机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Uniprot数据库等获取黄芪-附子药对的活性成分和作用靶点,并在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）下载慢性心力衰竭的疾病靶点,筛选出二者的共同靶点,利用String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息,并于Cytoscape 3.8.0构建可视化网络,计算各靶点的Degree值,取其前5位进行分子对接反向验证,进而利用David数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后将所有信息输入Cytoscape 3.8.0构建“黄芪附子-活性成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：本研究共获得黄芪-附子活性成分41个,慢性心力衰竭靶点13 051个,Degree前5位为AKT1,MAPK1,JUN,TP53,TNF,基于以上信息,构建了PPI网络,该网络主要与转录调控、信号转导、凋亡调控、细胞增殖等生物学过程相关,其KEGG分析主要聚集在HIF-1信号通路,MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路等心力衰竭相关信号通路。结论：黄芪-附子药对可通过AKT1、MAPK1、JUN等多个靶点,通过HIF-1、MAPK等多信号通路对治疗慢性心力衰竭起到积极作用。     

黄芪对人淋巴细胞,小鼠巨噬细胞和中性粒细胞直接活化作用的研究

采用噻唑蓝(MTT)比色法研究黄芪多糖如黄芪注液液对人淋巴细胞、小鼠巨噬细胞和中性粒细胞直接活化作用。结果表明,黄芪多糖对上述3种细胞无毒性,但直接活化作用不明显;黄芪注射液对3种细胞直接活化作用显著。     

Comparison of anti-inflammatory effects of Lonicerae Japonicae Flos and Lonicerae Flos based on network pharmacology

Objective In TCM history, Lonicerae Japonicae Flos and Lonicerae Flos were used clinically as one drug, but now they are admitted as two herbal medicines in Chinese Pharmacopoeia (2010 edition). This study used network pharmacology to investigate whether the two can be used interchangeably for the treatment of inflammatory diseases in TCM clinical practice. Methods Lonicerae Japonicae Flos and Lonicerae Flos were compared in the inflammation mechanism including core targets, Gene Ontology (GO), pathway and principle chemical components by the method of network pharmacology. Results Both herbs shared in six targets accounting for 66.7% of the entire core targets and more than half of the GO terms and pathways are similar. Organic acids are dominent compounds responsible for anti-inflammatory effects. Three of the compounds that bind to core targets including luteolin, quercetin and kaempferol, are shared in both herbs. Conclusion Due to high similarity between Lonicerae Japonicae Flos and Lonicerae Flos, we believe that they can be used interchangeably for the inflammation in clinical treatment.     

基于网络药理学及Akt1/mTOR自噬通路探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿的作用机制＊

目的 通过网络药理分析及相关的动物实验探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿（Diabetic nephropathy proteinuria，DNP）的作用机制。方法 利用TCMSP数据平台筛选出黄芪中的有效成分和相关靶标，使用GeneCards、OMIM网站数据库在线搜索出DNP的疾病相关靶标，取疾病和药物相同靶标交集，再利用Cytoscape 3.8.2构建药物-效应成分-疾病-靶标相互作用网络，进行拓扑学分析；从Uniprot数据库中获取靶点蛋白的基因名称，利用STRING在线数据库进行靶点蛋白与蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络分析；再进行GO功能分析和KEGG通路功能富集分析，推断黄芪减少DNP的机制是否和Akt1/mTOR自噬通路相关，再利用黄芪干预糖尿病肾病动物模型探讨其作用机制是否和预测的一致。结果 黄芪中20种核心化合物有作用靶点174个，DNP相关靶标有1862个，交集靶标有98个，关键效应分子有10个。PPI图显示黄芪发挥效应的目标蛋白主要是AKT1、VEGFA、IL6、CASP3、MAPK1、JUN等。GO分析黄芪药效主要与细胞因子受体结合及其活性、核受体活性、转录因子活性等有关，KEGG分析表明黄芪药效基础主要作用与糖尿病并发症中AGE-RAGE、MAPK、PI3K-Akt等信号通路有关。动物实验显示黄芪能明显改善糖尿病肾病的大鼠的肾功能，尤其改善蛋白尿指标，通过上调足细胞Nephrin蛋白保护了肾小球滤过屏障，减少了蛋白尿的产生（P < 0.05），同时下调了Akt1、总mTOR及其mRNA表达（P < 0.05），从而增强了肾足细胞的自噬活性，也起到减少DNP的作用。结论 网络药理分析显示黄芪可能通过多靶点效应发挥减少DNP作用，潜在的分子机制和Akt1/mTOR自噬通路有关，再经过实验研究说明Akt1/mTOR自噬通路是黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿作用机制之一。