Rapid Detection of rpoB Gene Mutations in Rif-resistant M. tuberculosis Isolates by Oligonucleotide Microarray

Objective To detect the specific mutations in rpoB gene of Mycobacterium tuberculosis by oligonucleotide microarray. Methods Four wild-type and 8 mutant probes were used to detect rifampin resistant strains. Target DNA of M. tuberculosis was amplified by PCR, hybridized and scanned. Direct sequencing was performed to verify the results of oligonucleotide microarray Results Of the 102 rifampin-resistant strains 98 （96.1%） had mutations in the rpoB genes. Conclusion Oligonucleotide microarray with mutation-specific probes is a reliable and useful tool for the rapid and accurate diagnosis of rifampin resistance in M. tuberculosis isolates.     

应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型

目的研制一种新型DNA芯片，用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片，用TAMRA标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的片断，与DNA芯片杂交，同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照。结果240株结核分枝杆菌临床分离株中，55株全敏感株和66株耐其他药物的利福平敏感株的PCK—SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同；119株耐RFP临床分离株中DNA芯片杂交有117株检测到rpoB基因突变，其中111株单位点突变，78株为531住密码子TCG→TTG（Ser→Leu）、TCG→TGG（Ser→Trp）和TCG→TAC（Ser→Tyr）突变；24株为526位蓉码子CAC→TAC（His→Tyr）、CAC→GAC（His→Asp）、CAC→CCC（His→Pr0）、CAC→CTC（His→Leu）和CAC→CGC（His→A职）突变；4株为516住客码子GAC→GTC（Asp→Val）和GAC→GGC（Asp→Gly）突变；3株为533位密码子CTG→CCG（Leu→Pro）突变；1株为511位密码子CTG→CCG（Leu→Pro）突变；1株为513位密码子CAA→AAA（Gln→Lys）突变；6株为双位点突变，其中3株511和516位联合突变，2株533和515住联合突变，1株517位密码子CAG→CAC（Gln→His）和518位密码子AAC→GAC（Asn→Asp）联合突变。DNA测序结果与DNA芯片杂交结果完全一致。1株516位GAC—TAC（Asp→Tyr）突变的分离株及1株516位GAC—TAC（Ssp→Tyr）和518住AAC—CAC（Asn→His）联合突变的分离株DNA芯片检测阴性，是因为芯片上无相应的探针。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变。可用于临床耐药性的检测，指导临床用药。     

等位基因特异PCR技术检测结核分支杆菌rpoB基因突变研究

目的 建立并评价等位特异多聚酶链反应检测结核分支杆菌耐利福平基因rpoB突变的方法。方法 设计与rpoB基因突变后的碱基配对的引物用于扩增突变基因，建立AS－PCR检测rpoB基因突变的方法，并对58株结核菌进行了检测。结果 AS－PCR检测结核菌耐利福平相关基因rpoB的敏感性为77.3%，特异性达91.7%。AS－PCR检测rpoB基因，有1628A→T、1657C→T，G和1673C→T突变分别占耐利福平结核菌株的18.2%，22.7%和36.4%。检测rpoB突变与MIC测定RFP耐药率和PCR－SSCP检测的总符合率分别为86.2%和74.1%。检测试验可在3－4h内完成。结论 AS－PCR方法是检测结核菌耐利福平基因突变的敏感和快速方法，可在临床实验室使用并为临床医师提供治疗依据。     

痰耐药结核分枝杆菌rpoB基因的快速检测及利福平耐药机制研究

目的快速检测痰耐药结核分枝杆菌rpoB基因，了解利福平耐药的分予机制。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因的耐利福平决定区设计引物．用PCR方法从耐药肺结核患者痰及临床分离菌株扩增rpoB基因片段，对扩增获得的rpoB基因片段进行序列测定，比较分析耐多药、全耐、单耐利福平、全敏感或标准结核分枝杆菌株之间的基因序列差异。结果于6h内从耐药肺结核痰中快速检测到rpoB举因。耐多药菌株、全耐及单耐利福平分离菌株均检测有rpoB基因点突变，突变位点主要为531、516或526常见密码子，且绝大多数为单碱基突变，发现1例MDR-TB出现479位和531位密码子同时突变。敏感株和标准株无基因突变。结论PCR及序列分析方法可快速、准确检测结核分枝杆菌rpoB基岗及其突变，结核分枝杆菌埘利福平的耐药性与rpoB基因点突变有关。     

Rapid Detection of Rifampin-resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis by Reverse Dot Blot Hybridization

Objective A PCR-reverse dot blot hybridization (RDBH) assay was developed for rapid detection of rpoB gene mutations in‘hot mutation region’ of Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis).
Methods 12 oligonucleotide probes based on the wild-type and mutant genotype rpoB sequences of M. tuberculosis were designed to screen the most frequent wild-type and mutant genotypes for diagnosing RIF resistance. 300 M. tuberculosis clinical isolates were detected by RDBH, conventional drug-susceptibility testing (DST) and DNA sequencing to evaluate the RDBH assay.
Results The sensitivity and specificity of the RDBH assay were 91.2%(165/181) and 98.3%(117/119), respectively, as compared to DST. When compared with DNA sequencing, the accuracy, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of the RDBH assay were 97.7%(293/300), 98.2%(164/167), and 97.0%(129/133), respectively. Furthermore, the results indicated that the most common mutations were in codons 531 (48.6%), 526 (25.4%), 516 (8.8%), and 511 (6.6%), and the combinative mutation rate was 15 (8.3%). One and two strains of insertion and deletion were found among all strains, respectively.
Conclusion Our findings demonstrate that the RDBH assay is a rapid, simple and sensitive method for diagnosing RIF-resistant tuberculosis.     

结核分枝杆菌耐药基因rpoB.katG.inhA突变快速检测方法研究

目的 通过PCR及芯片杂交技术平台,建立临床样品中结核分枝杆菌及耐药基因突变的快速诊断新方法.方法 根据结核分支杆菌标准株H37Rv序列,我们设计了覆盖rpoB基因81个碱基高变区的5个正常探针和6个可以探测特定突变类型的突变探针,制作膜芯片,并检测临床样品中结核杆菌的基突变情况,以此来判断耐药结果.结果 18个利福平培养耐药中的15个样品都在rpoB基因上检出有突变,利福平耐药突变检出率为83.0%（18/15）;25个利福平敏感样品rpoB基因上都未检出突变.20个异烟肼培养耐药的样品中有16个在katG或inhA基因上检出有突变,异烟肼耐药突变检出率为80.0%（16/20）;25个异烟肼敏感样品katG或inhA基因上都未检出突变.结论 用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,具有较高的特异性和敏感性,可用于临床结核杆菌耐药性检测.并具有快速、简便、敏感的特点.     

DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对链霉素和乙胺丁醇的耐药性方法的建立

目的:利用基因芯片技术检测结核分枝杆菌(MTB)对链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)耐药性的技术平台建立.方法:应用基因芯片法测定160株MTB临床分离株的SM和EMB耐药性,并与BAC了EC960法结果进行比较,分别对结果相符与不相符的菌株进行测序.结果:基因芯片法测定160株MTB临床分离株,结果显示SM敏感111株、耐药49株,以rpsL 43、88位aag突变为agg为主.芯片检测结果EMB敏感142株、耐药18株,耐EMB的MTB以embB 306位atg突变为gtg为主.基阅芯片法检测链霉素、乙胺丁醇耐药的敏感性、特异性分别为80.0%、99%和60.0%、100%.两种测定方法结果不符的菌株中,采用基因测序法测定,结果显示基因芯片法检测点突变具有高度的特异性.结论:基阅芯片法检测MTB对SM与EMB耐药性方法具有快速、简单,特异性高,准确性高,可作为MTB的SM与EMB耐药性快速筛选方法.     

结核分支杆菌临床分离株耐药性调查

目的 调查北京胸科医院1992—1998年1943例结核分支杆茵临床分离株对硫酸链霉素(SM)利福平(RFP)乙胺丁醇(EB)异烟肼(INH)的耐药情况。方法 BACTEC460检测系统快速培养法。结果 RFP耐药率为24.5％;SM21.7％;INH19.6％;EB3.4％,总耐药34.3％(耐一种以上者);多耐12.2％(耐RFP及INH两种以上者)。SM、RFP、EB、INH、总耐药及多耐耐药率98年均低于92年。结论 98年结核分支杆菌临床分离株耐药率低于92年,总体来说耐药率呈下降趋势。     

利用寡核苷酸芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的:开发快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB寡核苷酸突变的基因芯片。方法:根据结核杆菌rpoB基因序列设计探针和引物并制备基因芯片,从临床痰标本中提取结核菌的基因组DNA,PCR扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上的特异性寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果:22株临床痰标本有18株可用寡核苷酸芯片检测出来,正确率可达82%;患者痰液中少量DNA足够进行芯片检测,无须细菌培养。结论:利用寡核苷酸芯片检测结核菌对利福平的耐药性具有较高的准确性和敏感性,可以应用于临床耐药性诊断。     

河南省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB的突变特征

目的:分析河南省耐多药(MDR)结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB的突变特征。方法:收集150株MDR结核分枝杆菌,应用PCR扩增利福平耐药相关基因rpoB编码区全长并测序,以结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA序列为参比序列,分析菌株的突变特征。结果:MDR菌株rpoB基因编码区存在突变者占97.2%(140/144),突变在利福平耐药决定区(RRDR)内者占96.5%(139/144),RRDR内和RRDR外同时存在突变者占99.3%(139/140);突变热点依次为rpoB531、rpoB526和rpoB516。发现未被记录的15个突变位点和4个突变类型,其中rpoB1284位点突变可能是多态性位点,与利福平耐药无关。结论:检测河南地区结核分枝杆菌rpoB基因RRDR内位点的突变可预测MDR结核分枝杆菌的耐药性。     

耐利福平结核分支杆菌rp0B基因突变位点的分析

目的研究上海地区耐利福平结核分支杆菌rpoB基因的突变特点,探讨DNA序列分析在药敏测定中的意义.方法对58株结核分支杆菌rpoB基因片段(约213bp)进行PCR扩增,其中包括核心突变区的69个碱基,并对PCR产物进行DNA测序.其中耐药株36株,敏感株22株.结果所有58株中,36株耐药株均存在rpoB基因突变,氨基酸突变率531位为47.2%,526位为25.0%,22株敏感株均无突变.结论rpoB基因核心突变区发生突变是结核分支杆菌对利福平耐药的主要原因,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点.     

耐利福平结核分支杆菌rpoB基因突变位点的分析

目的 研究上海地区耐利福平结核分支杆菌ropB基因的突变特点,探讨DNA序列分析在药敏测定中的意义。方法 对58株结核分支杆菌rpoB基因片段（约213bp)进行PCR扩增,其中包括核心突变区的69个碱基,并对PCR产物进行DNA测序。其中耐药株36株,敏感株22株。结果 所有58例中,36株耐药株均存在rpoB基因突变,氨基酸突变率531位为47．2％,526位为25．0％,22株敏感株均无突变。结论 rpoB基因核心突变区发生突变是结核分支杆菌对利福平耐药的主要原因,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。     

结核分支杆菌耐多药株katG突变SSCP技术检测的研究

目的 建立并评价ＰＣＲ－ＳＳＣＰ检测结核分支杆菌耐药性基因突变的方法。方法 根据ｋａｔＧ基因易变区设计一对引物,ＰＣＲ扩增,产物经沸点断裂成单链,经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ,比较电泳的位置。结果 ＰＣＲ检测结核菌ＤＮＡ的灵敏度达到１００个细菌／ｍｌ,与其它细菌和其他分支杆菌无交叉反应。３０株敏感株和Ｈ３７Ｒｖ的ＰＣＲ产物经ＳＳＣＰ检测正常,２０株耐异烟肼结核菌中,１９株的ＰＣＲ产物ＳＳＣＰ检测游异常电泳带     

聚合酶链反应法检测痰液中结核杆菌DNA

用聚合酶链反应方法扩增标准人型结核杆菌株 HRv 37,获得一158bp 的 DNA 片段。该法可检测系列稀释的结核杆菌 DNA 至100fg。检测25倒结核痰标本(结核菌培养阳性6例)中,10例阳性,4例可疑阳性,说明检测方法比结核秆菌培养敏感,可进一步试用于临床结核病人的病原诊断。     

基因芯片技术检测乙、丙型肝炎病毒临床研究

探讨基因芯片技术在乙、丙型病毒检测的作用。方法用迈科锐HBV、HCV联合基因芯片检测血清HBV-DNA和HCV-RNA。结果基因芯片检测42例HBV-DNA的检出率为86％(26/30),符合率为88％(37/42),假阳性为8％(1/12)。检测HCV-RNA检出率为71％(5/7)。符合率为92％(39/42),假阳性为2％(1/35)。结论 HBV、HCV联合基因芯片检测HBV-DNA和HCV-RNA有较好的敏感性和特异性。     

Application of PCR-SSCP in detecting rpoB drug resistant gene polymorphism of M. tuberculosis L-form from pneumoconiosis patients with tuberculosis

Objective: To study the relationship between the polymorphism of drug resistant gene rpoB and drug resistance against rifampicin(RFP) of M. tuberculosis L-forms, and to evaluate its clinical application. Methods: A total of 52 clinical isolated strains of M. tuberculosis L-forms were collected. rpoB gene polymorphism was analyzed by polymerase chain reaction and single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and conventional antimicrobial susceptibility test (AST). Their results were compared. Results: AST results showed that 38 of 52 clinical isolated strains were drug resistance (73.08％),while PCR-SSCP indicated 65.38％ (32/52) rpoB gene polymorphism. There was no statistic significance(χ2= 2.4914) between the 2 methods. Conclusion:Combined the application of PCR-SSCP with AST in detecting rpoB drug resistant gene polymorphism of M. tuberculosis L-form from pneumoconiosis patients with tuberculosis may have advantages at earlier diagnosis and guidance of clinical medications.     

结核分枝杆菌耐异烟肼基因突变的快速检测

目的：探讨编码过氧化氢-过氧化物酶的katG基因突变与结核分枝杆菌异烟肼(INH)耐药性的相关关系。方法：根据结核分枝杆菌genebank中katG序列，自行设计特异性寡聚核苷酸引物，采用聚合酶链反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism，PCR-SSCP)分析和直接测序法(direct sequencing，DS)分析结核分枝杆菌中katG基因突变情况．以H37，Rv标准株为对照。结果：所有23株敏感菌均未有SSCP结果异常；35株耐药菌中，有2株(5．7％)katG基因扩增阴性，且发生在高度耐药菌中．进一步分析发现，SSCP法突变检出23株(65．7％)，测序法突变检出24株(68．6％)，符合率为95．8％(23／24)．结论：参照测序法对耐药菌突变序列的分析结果，PCR-SSCP敏感、特异，可快速检测结核分枝杆菌katG耐药基因突变，有利于耐药结核分枝杆菌耐药性的快速检测。     

异源双链分析法快速检测结核分枝杆菌氟喹诺酮类耐药性

目的 采用变性高效液相色谱(DHPLC)和Surveyor酶法分析结核分枝杆菌氟喹诺酮类耐药基因gyrA突变, 探讨这两种异源双链分析法在结核菌耐药快速检测中的应用价值.方法 102株结核分枝杆菌临床分离株(常规药敏试验显示80株氧氟沙星耐药, 22株敏感), PCR扩增gyrA基因氟喹诺酮类耐药决定区域, 与参照菌株M.tb Erdman的扩增产物形成异源双链, 然后分别采用DHPLC和Surveyor酶法检测基因突变, 同时进行DNA测序作为对照.结果 DHPLC法和Surveyor酶法与DNA测序法相比, 具有同样的检出率(均为100%), 80株耐药株均存在gyrA基因突变, 而22株敏感株均无基因突变发生.结论 DHPLC法和Surveyor酶法均可用来快速检测结核分枝杆菌氟喹诺酮类耐药.两者均简便, 稳定, 灵敏, 前者高通量, 全自动化, 但需要昂贵的设备; 后者成本低, 不需要特殊设备, 适合我国大部分临床实验室开展.     

结核分枝杆菌稳定L型感染检测方法的研究

目的探讨结核分枝杆菌稳定L型感染标本的病原学的检测方法。方法以非高渗分离培养法诱导并获得结核分枝杆菌稳定L型纯培养物,将其感染豚鼠后进行病原体分离培养,采用PCR方法检测稳定L型培养物的IS986序列并鉴定其性质。结果结核分枝杆菌稳定L型在常规细菌学方法检查中不能发现或鉴定,但采用非高渗分离培养法能够检出,5例动物病变组织有4例检测出稳定L型,PCR直接扩增动物病变组织有3例呈阳性反应。结论采用以非高渗分离培养和基因检测为主要内容的非高渗分离培养法,能够快速的检测出样品中潜伏存在的结核分枝杆菌稳定L型,可提高病原学诊断的阳性率和特异性。