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相似文献
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1.
目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。  相似文献   

2.
目的 了解2021年—2022年宁夏Victoria系乙型流感病毒基因变异情况,为宁夏流感防控提供参考依据。方法 采集流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离,对30株Victoria系乙型流感毒株的HA和NA片段进行基因测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果 30株宁夏Victoria系乙型流感毒株HA和NA基因在进化上与疫苗株B/Washington/02/2019(2020—2022)亲缘关系较近,属于V1A.3分支。HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%~99.0%和98.0%~98.6%;NA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0%~99.4%和98.9%~99.6%。与疫苗株B/Washington/02/2019相比,多数毒株在HA区有H122Q、A127T、R133G、G141R、P144L、N150K、G184E、N197D、K203R和R279K突变,涉及3个抗原表位,并在受体结合位点140-loop、190-helix及240-loop处存在突变位点。所有毒株均未发生耐药位点变异。结论 2021年—2022年宁夏Victoria系乙型流感病毒与本年度...  相似文献   

3.
目的了解2010年9月1日~2011年8月31日北京市儿童甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究。方法采集哨点医院收集的1 040份儿童流感样病例样本和14份疫情样本,进行MDCK细胞分离病毒。选取26株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定。采用生物信息软件进行序列比对和进化分析。结果 2010-2011年流感监测季期间,总共分离64株甲型H3N2毒株,占分离毒株构成的65.31%。病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ两个明显分支,均有S214I氨基酸变异。另外,分支I的毒株序列还均出现P162S、R261Q氨基酸变异;分支II的毒株序列均出现D53N、K62E、Y94H、K144N、T212A、I230V氨基酸变异,涉及A、C两个抗原决定簇,并新增1~2个糖基化位点。结论 2010年9月~2011年2月期间北京市儿童甲型H3N2流感活动活跃,并且其毒株呈现出两个明显不同的进化分支,其中一个分支毒株的血凝素基因特性发生了明显改变。  相似文献   

4.
目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例(ILI)标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。  相似文献   

5.
目的了解2014年10月1日—2015年9月31日北京市密云区甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究。方法采集哨点医院收集的678份流感样病例样本和50份疫情样本,进行病毒分离培养。选取15株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定。采用生物信息软件进行序列比对和进化分析。结果 2014—2015年流感监测季期间,总共分离出87株甲型H3N2毒株。病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ2个明显分支,均有R140I,V186G,F219S氨基酸变异。另外分支Ⅱ的毒株序列均出现A128T、S138A、G142R、N144S、S159Y、N160T、Q311H、R326K的氨基酸变异,涉及A、B 2个抗原决定簇。结论 2014年10月—2015年9月期间,密云区甲型H3N2流感病毒活动活跃,并且其毒株呈现出2个明显不同的进化分支,其中1个分支毒株的血凝素基因发生了改变。  相似文献   

6.
目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析.结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%.核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支.氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换.但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守.发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失.结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨.  相似文献   

7.
目的了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进行核苷酸及氨基酸同源性分析,以MEGA6.0软件进行序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2015年盐城市流感样病例(ILI)监测样本中流感病毒核酸阳性率为8.36%,乙型、甲型H3N2、新甲H1N1型交替流行。抽取的7株甲型H3N2分离株,其HA1基因核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%;其HA1区氨基酸位点变异呈散在性分布,均未发生氨基酸的丢失和插入,氨基酸突变主要位于抗原决定簇的A、B和C区。除A/JSYC/11025/2015外,其余6株新增2个糖基化位点,其中158aa位点位于抗原决定簇B区。结论 2015年盐城市流感流行以甲型H3N2和乙型Yamagata系为主,具有典型的冬、夏双高峰特点。病毒HA1区基因特性逐渐发生变异,可能导致抗原变化,应进一步加强流感病原学监测。  相似文献   

8.
目的分析输入性甲型H1N1流感病毒的HA基因进化特征,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人群中检出的53份输入性甲型H1N1流感阳性样本,扩增其病毒HA基因并测序,与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1比较,对甲型H1N1流感病毒的HA基因进行系统进化分析。结果 HA基因进化树可分为4个分支,2009年、2010年病毒共同位于第Ⅰ、Ⅱ分支,2011年病毒位于第Ⅲ、Ⅳ分支,其中第Ⅰ、Ⅱ分支与Ⅲ、Ⅳ分支距离较远。HA核苷酸序列有11个碱基位点变异较为显著。HA蛋白5个抗原决定簇位点S202T、A203T、D204N、S220T和R222K发生变异,受体结合位点、糖基化位点氨基酸较保守。通过三维构象看出,大部分氨基酸变异位于HA1分子表面。结论甲型H1N1流感病毒HA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性,从而引起新的流行。  相似文献   

9.
目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征。方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析。结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%。核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支。氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换。但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守。发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失。结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨。  相似文献   

10.
目的 研究甲型H3N2亚型流感病毒(简称A(H3N2)流感病毒)的血凝素(hemagglutinin,HA)基因序列,与流感疫苗株基因序列进行对比分析,了解武汉市2017年儿童中A(H3N2)流感病毒基因变异及3C.2a1次分支病毒的流行状况。方法 采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法对30株A(H3N2)流感病毒HA基因全长进行扩增,测序后进行基因序列和进化分析。结果 2017年,武汉市1 041份儿童流感样病例标本中,流感病毒阳性标本219份,其中A(H3N2)流感病毒阳性106份(占阳性标本的48.4%),高峰主要集中在7~9月。HA基因进化分析显示,30株A(H3N2)流感病毒均属于3C.2a分支,其中14株属于3C.2a1次分支。与A/Hong Kong/4801/2014(2017-2018年度北半球流感疫苗推荐H3N2组分)HA氨基酸序列比较,出现K92R、N121K、T131K、T135K/N、R142K/G、N171K、R261Q、H311Q、I406V、G484E等氨基酸位点变异,其中出现在3C.2a1次分支内的变异位点包括K92R、T135N、N171K、H311Q、I406V和G484E。结论 与当季的流感病毒疫苗内组分序列比较,2017年武汉市儿童中流行的A(H3N2)流感病毒HA抗原决定簇内出现多个位点变异,属于3C.2a1次分支的病毒接近50%。  相似文献   

11.
目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。  相似文献   

12.
目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。  相似文献   

13.
目的 分析2018 - 2019年云南省昭通市新甲型H1N1、H3N2亚型流感病毒流行情况及基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 收集2018年1月 - 2019年10月昭通地区哨点医院流感样病例咽拭子标本2 863份进行real - time RT–PCR检测,用狗肾传代细胞( Madin - Darby canine kidney cell,MDCK)对核酸阳性样本进行病毒分离,分离得到的流感毒株采用血凝抑制实验进行鉴定分型。最终选取43株新甲型H1N1亚型流感毒株,及15株H3N2亚型毒株进行全基因组测序,使用MEGA 5.2软件进行序列分析。结果 系统发生分析表明95.35%(41 / 43)昭通新甲型H1N1分离株属于6B.1A支系, 93.33%(14/15)H3N2分离株属于3C.2a1b支系。与参考株A/California/07/2009相比,新甲H1N1分离株HA蛋白有7处抗原位点和1处受体结合位点发生变异,H3N2分离株有5处抗原位点和4处受体结合位点发生变异。结论 2018 - 2019年昭通地区流行的新甲型H1N1和H3N2亚型流感病毒毒株与WHO推荐的当年北半球的疫苗组分匹配,但H3N2亚型与WHO推荐的2019 - 2020年H3亚型疫苗株发生偏离,需加强监测。  相似文献   

14.
目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序,并从全球共享禽流感数据库(GISAID)上下载北京其他地区同时间段H3N2流感病毒HA基因序列,运用MEGA-X软件分析HA的分子特征,并构建系统进化树。结果2018-11/2019-01北京市门头沟区和北京市其他地区的数据显示,H3N2流行株以3C.2a.1b和3C.3a两个亚分支为主。系统进化树分析显示3C.2a.1b亚分支同WHO2018-2019推荐疫苗株3C.2a.1进化距离比较近,但与3C.3a进化距离较远。分子特征显示,没有发现氨基酸序列的丢失与插入。在抗原决定簇区域,3C.2a.1b亚分支和3C.2a.1比对有3处氨基酸位点发生变异;3C.3a亚分支和3C.2a.1比对有10处氨基酸位点发生变异。结论引起流感疫情的毒株3C.2a.1b与2018-2019 WHO推荐疫苗株匹配,3C.3a与2019-2020WHO推荐疫苗株匹配。应加强开展流感分子生物学监测力度。分析病毒基因特性和构建进化树,对流感的防控有重要意义。  相似文献   

15.
目的 了解镇江地区甲型H1N1流感病毒流行和变异特点。方法 收集2014-2016年镇江地区哨点医院流感样病例标本,进行核酸检测和病毒分离。在病毒流行期按月随机抽取13株甲型H1N1毒株,设计特异性的引物扩增血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因,进行测序并分析其遗传进化特征。结果 13株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.3%~100.0%和96.6%~100.0%;NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.5%和93.8%~96.6%。系统进化分析表明,13株病毒HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为12株HA氨基酸序列均发生了抗原位点Sa区K173Q突变,1株同时发生了Sa区K181E突变;3株还发生了Ca1区V183I突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。结论 2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒与疫苗株相比,其HA、NA基因出现了一定程度的变异,但是抗原性并未发生改变,需进一步加强监测。  相似文献   

16.
目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。  相似文献   

17.
石伟    孙海波  王璐璐  毛玲玲  孙英伟  姚文清   《现代预防医学》2020,(23):4348-4352
目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。  相似文献   

18.
目的 了解包头市流感病毒的变异情况,评估流行株在致病性、毒性、耐药性方面的改变,以研究结果为依据,为流感防控、指导抗流感药物的选用及筛选新的疫苗代表株提供依据。方法 按分离比例随机抽取2016 - 2019年甲型H1N1疫苗株进行基因测序分析。结果 包头市2016 - 2019的甲型H1N1分离株主要属于6B.1A分支,与疫苗株A/Brisbane/02/2018同源性较高。各年度病毒株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.014,0.016,0.014和0.012。分离株抗原位点集中在 Sa 区的163 - 164位点发生变异。分离株2018 - 1139 - HA.seq发生了H275Y位点变异。结论 包头市2016 - 2018年度内甲型H1N1流感病毒分离株与A/Brisbane/02/2018亚型流感病毒同源性较高。相对A/Brisbane/02/2018疫苗株而言,本次分析的病毒基因并未发生抗原漂移现象,可以初步判定目前推荐的疫苗株对当前流行的甲型H1N1流感具有较好的保护效果。  相似文献   

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