2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。     

成都市2009年流感病毒H3N2亚型血凝素基因分析

[目的]了解某市流行的H3N2流感病毒分子生物学特征、进化情况,及其血凝素基因与猪流感病毒血凝素基因的关系。[方法]对该市分离的2009年H3N2亚型流感病毒40株血凝素基因进行逆转录-聚合酶链(RT-PCR)扩增,然后测序,分析该市流感病毒H3N2亚型的核酸序列和氨基酸序列,与2009年疫苗推荐株及四川省猪流感病毒基因序列比对分析。[结果]该市2009年流感病毒H3N2亚型的流行株,与2009年的疫苗株比较,碱基同源性为99.5%,抗原性有一定的差异,但不是重组变异病毒,其流行强度有限。与A/swine//Sichuan/1/2006(H3N2)比较,同源性为94.4%,说明人源流感病毒A/H3N2与猪源流感病毒A/H3N2具有一定的同源性,但抗原决定簇区和受体结合位点具有差异,在种间互相流行的可能性较低。[结论]该市流感A/H3N2流行株虽然有一定的变异,但没有大流行的预警提示出现。长期监测具有必要性。     

无锡地区2007～2010年H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子变异研究

[目的]了解2007～2010无锡地区H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素基因变异情况. [方法]选取2007～2010年哨点医院的H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录聚合酶链武反应扩增后测序,测定序列用生物软件进行比较. [结果]对2007～2010年无锡地区分离的42株H3N2流感病毒的HA基因进行分析,核苷酸序列的进化树呈斜长型,进化的路径表现为一主要的进化主干向上发展. [结论]无锡地区2007 ～2010年H3N2亚型流感病毒有部分毒株已发生氨基酸的替换及基因特性的改变.     

2014 - 2015年度淮安市甲型H3N2流感病毒的流行及血凝素基因特征分析

目的 了解淮安地区甲型H3N2流感病毒的流行特征和基因型别。方法 收集2014年4月 - 2015年3月间2家哨点医院采集的流感样病例咽拭子,利用实时荧光RT - PCR方法进行流感病毒的快速检测,对流感病毒核酸阳性的样本进行流感病毒HA基因扩增、测序。利用Lasergene软件进行序列比对及核苷酸同源性分析,并分析血凝素主要的抗原位点,利用Mega6.0软件构建系统进化树,对该时间段内的H3N2病毒流行情况进行统计分析。结果 H3N2亚型流感病毒淮安株的核苷酸同源性为98.9 %～99.9 %,所收集的淮安株均为H3N2亚型的3C.3a系,在进化关系上与广西株A/Guangxi - Longan/1100/2015和淮安株A/Jiangsu - Qingpu/1660/2015关系较近,H3N2流行主要发生在秋冬季节。结论 与疫苗株相比,淮安地区H3N2病毒发生变异,提示疫苗株免疫效果下降。     

2017年广州市16株H3N2流感病毒耐药基因分子特征分析

目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。     

青海省流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测青海省2007～2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007～2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007～2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007～2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008～2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006～2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.     

武汉市儿童甲型H3N2亚型流感病毒基因特性分析

目的 研究甲型H3N2亚型流感病毒（简称A（H3N2）流感病毒）的血凝素（hemagglutinin,HA）基因序列,与流感疫苗株基因序列进行对比分析,了解武汉市2017年儿童中A（H3N2）流感病毒基因变异及3C.2a1次分支病毒的流行状况。方法 采用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）方法对30株A（H3N2）流感病毒HA基因全长进行扩增,测序后进行基因序列和进化分析。结果 2017年,武汉市1 041份儿童流感样病例标本中,流感病毒阳性标本219份,其中A（H3N2）流感病毒阳性106份（占阳性标本的48.4%）,高峰主要集中在7~9月。HA基因进化分析显示,30株A（H3N2）流感病毒均属于3C.2a分支,其中14株属于3C.2a1次分支。与A/Hong Kong/4801/2014（2017-2018年度北半球流感疫苗推荐H3N2组分）HA氨基酸序列比较,出现K92R、N121K、T131K、T135K/N、R142K/G、N171K、R261Q、H311Q、I406V、G484E等氨基酸位点变异,其中出现在3C.2a1次分支内的变异位点包括K92R、T135N、N171K、H311Q、I406V和G484E。结论 与当季的流感病毒疫苗内组分序列比较,2017年武汉市儿童中流行的A（H3N2）流感病毒HA抗原决定簇内出现多个位点变异,属于3C.2a1次分支的病毒接近50%。     

2017 – 2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析

  目的   通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。  方法   选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。  结果   各基因核苷酸同源性最低为94 %,最高为100 %,差异最大为NA基因（94 %～100 %）,差异最小为PA基因（98.9 %～100 %）。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因（8.37 %）,最低为PA基因（2.14 %）,不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义（χ² = 123.503,P = 0.000）。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019（H3N2）归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1 – 3 三个小分支,Group 1 分支流行于2019年1 — 8月,Group 2 分支流行于2019年11 — 12月,Group 3 分支同时包含2019年1 — 8月和2019年11 — 12月流行期的毒株。  结论   2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。     

广州市2019年H3N2流感病毒分子流行特征分析

目的 对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序,分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法 对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序,运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果 2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435）,差异有统计学意义（χ²=8.43,P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%,665/2 641）,各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现,不同标本来源的毒株高度同源,亲缘关系相近,属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点,进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支,Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ,Group 2分支为2个流行期过度的进化分支,流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来,且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下,Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变,导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区,Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁,Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论 2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异,抗原位点变异逐渐累积,进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。     

无锡地区H3N2流感病毒流行情况实验室分析

目的 了解无锡地区H3N2流感病毒血凝素基因变异情况和人群中HI抗体水平,分析H3N2流感病毒流行情况.方法 选取2007～2010年哨点医院的H3N2流感病毒进行基因序列比对;选择2008年9月～2009年5月健康体检人群及流感监测哨点医院就诊病例血清140份,2010年9月～2011年1月血清98份进行人群中HI抗体分析.结果 对无锡地区分离的42株H3N2流感病毒的HA基因进行分析,核苷酸序列同源性为98.1％～99.6％,病毒之间的核苷酸序列同源性差异较小.2008年9月～2009年5月人群中H3N2 H1抗体阳性率为86.40％、保护率为84.30％、GMT为1∶58.56,2010年9月～2011年1月人群中为100.00％、100.00％、1∶78.88,两者之间HI抗体阳性率、保护率和GMT差异有统计学意义(P均=0.000).结论 根据对无锡地区2007 ～2011年H3N2亚型流感病毒监测、基因进化分析和人群中抗体保护检测情况分析,推测近期H3N2流感病毒不会有较大流行.     

The impact of key amino acid substitutions in the hemagglutinin of influenza A (H3N2) viruses on vaccine production and antibody response

Influenza H3N2 viruses have recently drifted from A/Wisconsin/67/05-like to A/Brisbane/10/07-like viruses. The effect of key amino acid substitutions in the hemagglutinin (HA) protein on the replication, antigenicity and immunogenicity of cold-adapted, live attenuated vaccine strains was examined. A/Brisbane/10/07 egg isolate contained a unique combination of G186 and P194 which were required for efficient virus growth in Madin–Darby Canine Kidney (MDCK) cells and embryonated chicken eggs, but the virus induced low level of serum antibody response in ferrets. Substitution of the G186 and P194 in the HA of A/Brisbane/10/07 by V186 and L194 that were present in the HA of A/Wisconsin/67/05-like viruses significantly impaired virus replication but greatly improved the immunogenicity of the vaccine virus to a level comparable to that elicited by the A/Wisconsin/67/05 vaccine. The replication of the variants with impaired growth could be improved by amino acid substitutions at the 195 or 226 residues. The viruses with the G186 and P194 residues were antigenically distinct from the viruses with V186 and L194. Sequence analysis of the HA sequences of the H3N2 viruses from the database and sequencing of the HA gene of a cell-derived A/Brisbane/10/07-like virus before and after egg passage indicated that the P194 residue was most likely derived from egg adaptation. Our results demonstrated the importance of careful evaluation of vaccine strains to ensure that the selected vaccines not only replicate well in eggs, but also retain their antigenicity and are immunogenic in the host.     

亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

安徽省2013-2018年活禽市场H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因遗传特征

目的  分析2013年-2018年安徽省外环境中H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异特征。 方法  将所有安徽省禽流感外环境监测点搜集的H9N2亚型核酸阳性样本接种鸡胚分离病毒,病毒RNA逆转录为cDNA后用特异性引物进行扩增,聚合酶链式反应产物通过基因测序后获得HA基因序列,应用分子生物学软件进行分析;使用DATAMONKEY在线服务器进行基因选择压力分析,并使用SWISS-MODLE软件构建分子突变三维构象。 结果  获得33株H9N2 AIVs属于h9.4.2.5进化分支,受体结合位点183、226和227位置分别突变为N、L和M,189和190位置存在多样性;2015年以后分离的毒株均携带6个糖基化位点;选择压力分析得出160位置承受较大的正向选择压力,至少呈现7种空间构象。 结论  安徽省外环境中存在的H9N2亚型AIVs具有感染哺乳动物的分子特征并具备抗原漂移能力,需密切关注该病毒的分子变异特征。     

长沙市2009年甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性分析

2009年4月21日,美国疾病预防控制中心(CDC)检出2名儿童感染新甲型H1N1流感病毒~[1],该病毒属于正黏病毒科(orthomyxoviridae),甲型流感病毒属(influenza virus A),单股负链RNA病毒,由大小不等的8个独立片段组成,共编码11种蛋白,主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播,极易造成流行.     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

2007～2008年流感监测季北京地区H3N2亚型流感病毒抗原性与HA1基因特性分析

目的:了解2007~2008年流感监测季北京地区分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素基因变异情况。方法:选取2007~2008年流感监测季中分离的首株H3N2亚型毒株及其后不同时间、不同地点共9株毒株,通过单向血凝抑制试验进行抗原性分析;测定血凝素基因的HA1区核苷酸序列并推导出其氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果:与我国代表株A/江西/东湖/312/2006本身的血凝抑制效价相比,9株病毒中3株有4倍及以上差异。HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,有部分毒株的氨基酸发生下述替换:3 L→F、53 D→N、57 Q→H、157 L→S、158 K→R、171 N→K、173 K→N、182 V→I、194P→L、261 R→Q、272 A→V、291 N→D、299 K→R;其中53、157、158、171、173、194位氨基酸位于抗原决定簇。结论:北京地区2007~2008年流感监测季分离的H3N2亚型流感病毒有部分毒株已发生抗原性及基因特性的改变。