用基因芯片筛选早期大肠癌相关基因

目的 用基因芯片技术筛选早期大肠癌相关基因. 方法 利用HG-U133Plus2.0基因芯片,对大肠腺瘤组织、癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析. 结果 腺瘤组织与正常组织比较,表达差异2倍以上基因及ESTs共有1892个,其中表达上调的485个,表达下调的1407个.腺瘤组织和癌组织同时与正常组织比较,有602个表达相同的基因及ESTs,其中表达上调2倍以上的125个,表达下调2倍以上的477个. 结论 602个腺瘤与癌表达相同的基因可能与早期大肠癌的启动和演化有关.     

基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的 应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因，为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法 抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA；将18816种人类基因及LST片段PCR产物用Bioroboties公司的BG600点样仪点样于纤维膜上，制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并^33 P标记，同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象，ArrayGauge 1．0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论 在18816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个，其中共上调58个，共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制．故进一步研究其相关基因，在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因,为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA;将18 816种人类基因及LST片段PCR产物用Biorobotics公司的BG600点样仪点样于纤维膜上,制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并33P标记,同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象,ArrayGauge1.0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论在18 816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个,其中共上调58个,共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制,故进一步研究其相关基因,在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

黑斑息肉综合征肿瘤相关基因初步筛选

目的 探索黑斑息肉综合征(PJS)肿瘤特异性相关基因.方法 用基因芯片技术研究PJS息肉的基因表达谱,筛选出差异表达基因,建立和研究PJS与肿瘤相关的差异基因表达.结果 大肠PJS息肉411个基因差异表达,其中上调的有197个基因,下调表达的有214个.在基因芯片总共144个癌基因与抑癌基因中,共有13个基因发生差异表达,其中PTTG1、LCN2、LATS2、MADH4、RALB、HRAS、APC、USP4为高表达;IGF2R、ELF3、EGFR、MCAM 、ERBB2为低表达.结论 这些肿瘤相关基因的差异表达,可能与PJS容易发生恶性肿瘤的潜能有关.     

应用基因芯片技术筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ转移相关基因

目的应用基因芯片技术对小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ高侵袭转移瘤株和母瘤株的基因表达谱进行对比分析并筛选出差异表达基因,以期从基因水平上探讨肿瘤的转移机制。方法L-Ⅱ瘤细胞接种小鼠胁部皮下,取其肺转移灶制成细胞悬液接种另一小鼠体内,再取其肺转移灶传代,如此数代后,建立L-Ⅱ肺高转移模型,筛选出L-Ⅱ高侵袭转移瘤株。用基因芯片检测筛选前后的L-Ⅱ瘤株表达有差异的基因,并用RT．PCR对部分差异表达基因进行分析鉴定。结果用体内转移灶连续传代法筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ至第9代,筛选出L一Ⅱ高侵袭转移瘤株。用肿瘤转移基因芯片杂交筛选出传代前后L-Ⅱ瘤细胞的差异表达基因共21个,其中上调基因17个．下调基因4个。对其中有代表意义的基因,如Kras．2、IGF-1、MMP．10、Brms．1进行RT-PCR验证,结果证实所选基因在筛选前后瘤细胞中的表达差异均有统计学意义,与基因芯片的表达情况一致。结论小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ的侵袭转移是一个涉及Kras．2、IGF．1、MMP．10、Brms-1等重要基因和其他相关基因等多个基因共同参与的复杂过程。     

皮肤鳞状细胞癌相关差异表达基因及信号通路的生物信息学筛选

目的探讨皮肤鳞状细胞癌组织中的差异表达基因。方法从基因表达综合数据库(GEO)在线数据库中下载皮肤鳞状细胞癌(cSCC)组织相关的基因表达谱芯片数据集GSE42677和GSE53462,利用Limma包筛选肿瘤组织和正常皮肤组织之间的差异表达基因;利用DAVID工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和功能富集分析;利用STRING数据库分析差异表达基因之间的相互作用,并利用Cytoscape软件构建蛋白质之间相互作用网络,筛选核心基因和模块。结果两组芯片数据中共同上调表达基因43个,共同下调表达基因65个,这些差异基因主要富集在细胞增殖、皮肤发展、先天免疫反应、Toll样受体、趋化因子、转录调控、氨基酸代谢和p53信号通路;构建了这些基因之间的相互作用网络,获得cSCC相关前20核心基因,分别为CXCL8、 CCND1、 KIT、 PI3、 SPP1、 PLAU、 GATA3、 PLAUR、 CDKN2A、S100A7、KRT16、CXCL1、DEFB4A、ISG15、KRT2、S100A12、KRT6B、ISG20、OASL和IFI6。结论 cSCC组织与正常皮肤组织之间存在大量的差异表达基因,CXCL8、CCND1、KIT、PI3、SPP1、PLAU、GATA3、PLAUR、CDKN2A和S100A7等基因及其介导的信号通路在cSCC的发生过程中可能起着重要作用。     

基于生物信息学筛选小细胞肺癌相关关键基因

目的 筛选与小细胞肺癌(SCLC)相关的关键基因,为后续生物学功能研究提供分子靶标。方法 首先从基因表达综合数据库(GEO)提取含有SCLC癌组织和癌旁组织基因表达数据的数据集GSE43346和GSE40275,用GEO2R在线程序分析SCLC癌组织和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs)。使用DAVID数据库对SCLC的DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库构建DEGs的蛋白质相互作用网络(PPI),并用Cytoscape软件作图。使用Cytoscape中的MCODE和cytoHubba插件分析重要的功能模块及子模块中的关键基因。结果 GEO数据分析结果显示,SCLC癌组织和癌旁组织共有232个DEGs(151上调基因,81个下调基因)。GO富集分析结果显示,DEGs主要参与细胞分裂等生物过程,构成细胞核等细胞组分,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs主要富集于细胞周期、HTLV-I感染、癌症通路等。经过构建PPI网络,分析其重要的功能模块及其关键基因,结果鉴定出10个关键基因可...     

结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析

目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn（+）细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集（gene set enrichment analysis,GESA）方法行GO基因本体（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）、转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）和Wnt等经典信号通路上。结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。     

结直肠癌差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱（TCGA）数据库分析结直肠癌组织及正常组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库下载所有结直肠癌中mRNA转录组数据。共包含样本740例,其中,结直肠癌组织为571例,正常组织为169例。在R语言环境下,采用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1 000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在癌组织及正常组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出5 073个差异表达基因,其中,上调基因2 136个,下调基因2 937个。GO分析结果显示,其生物过程主要在细胞增殖、转运、rRNA加工、受体介导的内吞作用等功能富集。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要有细胞周期、转录失调、胆汁分泌、甲状腺激素信号通路、血小板活化等信号通路。筛选出的前7位关键基因为PLK1、BRD4、EHMT2、HIST2H4B、PRPF19、SUV39H1、TRIM28。进一步分析显示,癌组织中PLK1、PRPF19、SUV39H1表达均高于正常组织（P <0.05）。从生存分析曲线可知,PLK1和SUV39H1高表达组总生存时间与低表达组比较,差异无统计学意义（P >0.05）;HIST2H4B低表达组总生存时间高于HIST2H4B高表达组（P <0.05）。结论 基于TCGA数据库分析出PLK1在结直肠癌组织中高表达,其参与细胞增殖、有丝分裂细胞周期的G2/M转换等生物过程,通过P53信号通路发挥作用,在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,有望成为诊断结直肠癌的肿瘤标志物。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

基因芯片技术筛选大肠癌肝转移差异表达基因

目的:利用基因芯片技术研究大肠癌肝转移基因表达的改变及其相关基因.方法:收集手术切除5例大肠癌合并肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本,提取总RNA,合成荧光标记的cRNA与Agilent human 1A oligo芯片杂交.挑选10个差异表达基因,分别设计引物,用实时RT-PCR法定量测定21例术中收集的新鲜原发和转移标本中各基因的表达水平,并比较和分析其表达差异.结果:以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在5对标本中,共同上调110个基因,共同下调96个基因.挑选10个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符.结论:大肠癌肝转移涉及众多基因表达的改变,应用基因微矩阵有助于发现基因变化的规律及其分子机理的深人研究.     

免疫组化法检测大肠癌组织p53基因蛋白表达及意义

目的：研究大肠癌组织中抑癌基因p53基因的表达及意义。方法：手术切除42例大肠癌组织用免疫组化技术检测p53蛋白表达。结果：p53基因蛋白表达与大肠癌患者肿瘤大小，浸润深度及Dukes 分期无明显关系。P53基因蛋白表达阳性患者淋巴结转移率高。结论：p53基因蛋白表达阳性患者肿瘤易发生转换且患者预后差。     

大肠癌围手术期气虚证与阴虚证患者基因差异表达图谱研究

目的：研究大肠癌围手术期气虚证与阴虚证患者的特征性基因差异表达谱。方法大肠癌手术患者8例,以围手术期中医辨证,气虚证4例（气虚证组）,阴虚证4例（阴虚证组）,采集8例患者大肠癌组织及瘤周正常组织,采用含有45033个己知基因的人全基因组芯片技术检测大肠组织内差异基因表达情况,比较各组的差异表达基因,利用生物分子功能注释系统GO和pathway对相关基因进行生物信息学分析。结果大肠癌围手术期气虚证瘤体组和瘤周正常组差异表达基因共5044条,表达水平上调3400条,下调1644条;气虚证瘤体组与阴虚证瘤体组差异表达基因共1335条,表达水平上调547条,下调788条。经检索互联网生物学公共数据库GeneBank,获得每条基因的名称和其他基本信息。结论大肠癌围手术期气虚证组与瘤周正常组比较,存在的组织基因差异表达特征图谱,主要与细胞凋亡、细胞周期、血管平滑肌收缩、嘌呤嘧啶代谢、细胞信号传导、DNA复制等基因相关;气虚证组与阴虚证组瘤体比较,也存在组织基因差异表达特征图谱,主要是与炎症、免疫应答、矿物质吸收、细胞内吞、细胞黏附、遗传信息过程、肌动蛋白细胞骨架的调控、氮代谢、细胞信号传导等基因相关。     

蛋白翻译起始因子C2在结、直肠癌中表达的意义

目的　研究C2基因在结、直肠癌中的表达、分布及意义 .方法　用免疫组化方法检测C2基因在 6 2例结肠癌及其4 6例癌旁组织、4 6例直肠癌及其 30例癌旁组织中蛋白水平的表达 .结果　结肠癌 6 2例中C2蛋白阳性率为 4 1.9% (2 6 /6 2 ) ,4 6例其癌旁组织中 ,C2蛋白阳性率为 82 .6 % (38/46 ) .C2蛋白在结肠癌组织中表达明显低于其癌旁组织 (P <0 .0 5 ) ,且与结肠癌组织的浆膜浸润、淋巴结转移有明显的相关性 (P <0 .0 5 ) .直肠癌 4 6例中C2蛋白阳性率为 4 3.5 % (2 0 /46 ) ,30例其癌旁组织中 ,C2蛋白阳性率为 73.3% (2 2 /30 ) .C2蛋白在直肠癌及其癌旁组织中的表达无明显差异(P >0 .0 5 ) .结论　C2基因表达缺失及突变可能与大肠癌的发生、发展有关 .     

大肠癌组织与癌旁正常组织基因差异表达图谱及信号通路研究

目的筛查人大肠癌肿瘤组织与相应癌旁正常组织差异表达基因。方法应用NimbleGen基因芯片检测4例大肠癌肿瘤组织及相应癌旁正常组织基因表达谱,并以RT-PCR技术对部分基因芯片检测结果进行验证,利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果大肠癌肿瘤组织和癌旁正常组织差异表达基因共5042条,其中表达水平上调3399条,下调1643条,这些基因涉及多个信号通路。结论本研究结果可为寻找大肠癌分子标记物和探索大肠癌发生的分子机制提供实验依据。