树突状细胞浸润在肺癌中的预后价值

树突状细胞 (Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃｃｅｌｌｓ ,ＤＣ)是目前认为功能最强的抗原递呈细胞 ,能刺激初始型Ｔ细胞增殖 ,是机体免疫反应的始动者。近年来 ,随着体外扩增培养ＤＣ技术的不断进步 ,对ＤＣ的研究已成为当前免疫学及其相关学科的一大热点。诸多实验显示 ,ＤＣ在感染免疫、     

BAP1表达与肿瘤免疫浸润及卵巢癌患者临床预后的关系

目的 旨在分析BAP1表达与肿瘤免疫浸润及卵巢癌患者临床预后的关系。方法 通过基因组织表达数据库（GTEx）和癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析人类泛癌（包括卵巢癌）中BAP1的表达情况。通过单变量生存分析和Kaplan-Meierplotter曲线分析卵巢癌组织中BAP1表达与患者总生存期（OS）、无病生存期（DFS）、无进展生存期（PFS）等预后的关系。基于TISIDB和TIMER数据库和Spearman相关系数分析BAP1与卵巢癌肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及免疫检查点标志分子之间的相关性。最后,从TCGA数据库下载了RNA-Seq数据,选择BAP1及其共同表达基因进行基因集富集分析（GSEA）。结果 BAP1在卵巢癌组织中呈显著高表达（P<0.001）,经单变量生存分析和Kaplan-Meier曲线分析,BAP1高表达与患者总生存预后、无病生存预后、无进展生存预后不良有显著相关性（P<0.001）。基于TISIDB数据库和TIMER数据库分析,卵巢癌BAP1与9种TILs丰度和27种常见种免疫检查点标志物表达呈显著正相关性（P<0.05）。基于LinkedO...     

基于生物信息学探索肺腺癌预后相关基因及免疫浸润分析

目的:筛选出肺腺癌(LUAD)的预后相关因子,并分析LUAD中免疫细胞浸润情况.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD转录组RNA——Seq数据集,应用反卷积算法(CIBERSORT)和估计算法(ESTIMATE)计算患者肿瘤浸润性免疫细胞(TIC)的比例以及免疫和基质成分的数量.利用R软件鉴定LUAD...     

基于生物信息学筛选并分析与浸润性乳腺癌免疫浸润有关的预后基因北大核心CSCD

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取患者的免疫/基质评分;分析免疫/基质评分与临床病理分期TNM系统间及与总生存率间的关系。按照评分中位数分别将患者分为高免疫评分组和低免疫评分组,基质评分分组同上,利用R软件分别筛选差异表达基因(DEGs),并取交集;对上步取交集的DEGs进行GO和KEGG富集分析;通过Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并筛选出枢纽基因。利用GSEA分析肿瘤免疫相关基因富集的主要通路;运用GEPIA2.0数据库分析枢纽基因在肿瘤与癌旁组织的表达情况及与总生存期的关系。结果:筛选出1 244个与BRCA免疫浸润相关的DEGs,富集分析表明这些基因主要参与信号转导、免疫反应、炎症反应等生物学过程;GSEA富集分析表明这些基因主要参与趋化因子信号通路、TOLL样受体信号通路、JAKSTAT信号通路及T细胞受体信号通路等。PPI网络筛选出CD19、IL-2、PTPRC、CD28、IL-6、CD40LG和CCR7共7个枢纽基因;GEPIA2.0数据库分析结果显示IL-2、CD40LG和CCR7与患者总生存率显著相关。结论:筛选出IL-2、CD40LG及CCR7基因与BRCA免疫浸润密切相关,并具有预后价值,为进一步预测BRCA患者预后的生物标志物及治疗靶点奠定基础。     

N6-甲基腺嘌呤调控因子对宫颈癌预后及免疫浸润的作用

目的：探究N6-甲基腺嘌呤（m6A）RNA甲基化调控因子对宫颈癌预后及肿瘤免疫微环境的潜在作用及机制。方法：从TCGA和GEO数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应临床数据,通过生物信息学方法和组织验证实验分析m6A调控因子表达及相关性,LASSO Cox回归分析建立m6A预后相关风险预测模型,一致性聚类分析确定2种m6A修饰模式,ssGSEA分析两组间免疫细胞浸润相对丰度。结果：与正常组织相比,宫颈癌组织RBM15、IGF2BP2、IGF2BP3、FMR1、YTHDF1、METTL3和YTHDF2表达显著上调,而ZC3H13、METTL14、YTHDC1、FTO和ALKBH3表达显著下调。选择5个m6A调控因子HNRNPC、LRPPRC、METTL3、ELAVL1和FMR1建立风险预后模型,HPA数据库和qRT-PCR验证其在宫颈癌组织中的表达,该模型具有较好的预测价值,可作为独立的预后指标（AUC=0.734）。基于25个m6A调控因子表达确定了2种m6A修饰模式,即m6Acluster A和m6Acluster B,两组生物学功能及信号通路和肿瘤微环境中免疫细胞浸润水平存在差异。结...     

嘌呤能受体与胶质瘤异质性及免疫浸润的关系

目的 探索7种嘌呤能受体家族分子(P2RX1～P2RX7)与多形性胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)患者的预后及免疫浸润的相关关系。方法 下载癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据库中P2RXs表达谱数据及临床信息,分析P2RXs在GBM或LGG中的表达模式。利用LASSO回归法构建预测模型,根据风险值对患者进行分组并进行生存分析。利用单因素及多因素Cox回归分析评估P2RXs的表达及临床因素与预后的关系,并绘制列线图。利用Spearman相关性检验分析P2RXs与肿瘤异质性参数、干性指数、免疫检查点等的相关性。利用TIMER、ESTIMATE和xCell算法分析P2RXs与免疫成分、基质成分等的相关性。利用R软件进行差异基因的富集分析。结果 在胶质瘤中,P2RX1和P2RX5的表达显著下调,P2RX3、P2RX4和P2RX7的表达显著上调(P<0.05)。LASSO回归分析显示P2RX1、P2RX4和P2RX6与GBM和LGG患者预后均有关。列线图显示P2RX4、P2RX6和年龄均可作为GBM和LGG患者独立的预后因素。高表达P2RX1和P2RX4...     

胃癌NK细胞浸润与预后的关系

目的：探讨NK细胞浸润与胃癌患者预后的关系。方法：应用免疫组化S－P法对159例有详细随访资料的胃癌组织进行CD57染色分析，通过NK细胞计数，将NK细胞浸润程度分为3组：NK细胞少量浸润组（NK细胞浸润＜50个）；NK细胞中量浸润组（NK细胞数在50－150个）和NK细胞多量浸润组（NK细胞数＞150个），使用Cox风险模型进行多因素分析。结果：随着TNM分期的进展胃癌患者5年生存率明显降低（P＜0．05）。NK细胞多量浸润者5年生存率高于NK细胞少量浸润者和中量浸润者（P＜0．05），同时对TNM分期后发现TNMⅢ-Ⅳ期的胃癌患者中，NK细胞多量浸润得的5年生存率高于NK细胞少量浸润者和中量浸润者。多因素Cox风险模型分析发现影响胃癌患者总体生存率的因素有：TNM分期，NK细胞浸润数量，肿瘤分化程度和肿瘤大小。结论：胃癌患者肿瘤细胞间NK细胞多量浸润与较好的预后有关，并且肿瘤细胞间NK细胞浸润烽量可作为判定胃癌预后的一个指标，特别是TNMⅢ-Ⅳ期的胃癌患者。     

嗜酸性白细胞浸润与胃癌预后的研究

肿瘤组织中嗜酸性白细胞浸润的现象虽然早有人注意到,但其意义尚不太清楚。我们观察了88例胃癌间质中嗜酸性白细胞以及淋巴细胞浸润与病人预后的关系,现将结果报道如下。 1 材料和方法 材料选自本教研室1978～1988年胃癌胃次全切除标本88例,均经10％福尔马林溶液固定,在肿瘤部位取材2～4块,石蜡包     

VPS13C基因作为黑色素瘤患者预后预测指标及免疫细胞浸润相关研究

目的 探讨VPS13C基因表达水平对黑色素瘤患者预后的影响及其潜在机制。方法 采用GEPIA数据库分析VPS13C基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析VPS13C基因表达与黑色素瘤患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析VPS13C基因低表达与免疫细胞浸润的相关性。结果 相较于正常组织,VPS13C基因在黑色素瘤中低表达,且具有统计学差异(P<0.05;Prognoscan数据库及TCGA数据库分析结果显示VPS13C基因低表达时黑色素瘤患者预后更差。VPS13C高表达的黑色素瘤患者预后更好,生存时间更长;TIMER数据库分析结果显示,在黑色素瘤患者中,多种免疫细胞浸润与VPS13C基因表达水平呈正相关,包括CD8⁺T细胞,CD4⁺T细胞等;VPS13C基因表达水平与耗竭前体CD8⁺T细胞相关基因, Th1细胞相关基因,cDC1相关基因,M1型巨噬细胞相关基因表达水平呈正相关。结论 VPS13C基因低表达与黑色素瘤患者不良预后明显相关,可能与耗竭前体CD8⁺     

磷酸甘油酸激酶1和前列腺癌临床特征的相关性及在预后预测中的作用

目的:探讨磷酸甘油酸激酶1在前列腺癌中的表达水平,并分析其与前列腺癌临床特征的相关性以及在预后预测中的作用。方法:收集2013年1月~2014年12月于南方医科大学中西医结合医院住院部行手术治疗的30例良性前列腺增生患者和132例前列腺癌患者标本,用Western blot和免疫组化法分析磷酸甘油酸激酶1在前列腺细胞以及标本中的蛋白表达,并分析磷酸甘油酸激酶1的表达水平与前列腺癌临床特征的相关性以及对前列腺癌预后预测的作用。结果:磷酸甘油酸激酶1在前列腺癌组织和细胞中的表达明显上升,且其表达水平与前列腺癌的Gleason评分、TNM分期、局部浸润、骨转移和血清前列腺特异性抗原(PSA)水平具有显著相关性;Cox分析表明骨转移、血清PSA和PGK1表达是影响前列腺癌患者生存的独立危险因素。生存曲线分析表明高表达的PGK1与前列腺癌的预后不良明显相关。结论:磷酸甘油酸激酶1是影响前列腺癌患者生存的独立危险因素,并能够作为前列腺癌的预后预测标志物。     

GRAP2在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨GRAP2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征、免疫浸润和患者预后的关系.方法:采用TCGA数据库、GEO数据集及课题组临床标本分析LUAD组织和正常组织中GRAP2 mRNA表达,采用ROC曲线进一步探究GRAP2诊断LUAD的敏感性.采用Kaplan-Meier法、多因素COX比例风险模型分...     

胰腺癌MT1-MMP和MMP-2表达与神经浸润、转移及预后关系

目的 探讨膜型基质金属蛋白酶-1(MTI-MMP)和基质金属蛋白酶-2(MMP-2)在胰腺癌中的表达及其与神经浸润、转移及预后的关系.方法 采用免疫组化双标技术检测47例胰腺癌组织中MT1-MMP和MMP-2的表达,并以S-100标记神经纤维,观察MT1-MMP和MMP-2的阳性表达率与胰腺癌神经浸润、转移及预后的关系.结果 MT1-MMP和MMP-2在有神经浸润的胰腺癌组织中阳性表达率均明显高于无神经浸润者(χ2=4.24,11.57;P<0.05);MT1-MMP和MMP-2的表达与胰腺癌转移、临床分期和预后有关(χ2=7.42,7.26;11.85,12.69;6.69,7.86;P<0.01),而与性别、年龄、肿瘤大小及组织学分级无关(χ2=0.05～4.29;P>0.05);胰腺癌组织中MT1-MMP和MMP-2的表达呈正相关(r＝0.585,P<0.01).结论MT1-MMP和MMP-2在胰腺癌的神经浸润、转移过程中可能发挥协同作用;MT1-MMP和MMP-2的表达水平与胰腺癌临床分期和预后密切相关,可作为反应胰腺癌生物学行为的重要指标.     

免疫评分在肝癌患者中的预后研究

目的　探讨免疫评分及PD-L1在肝癌组织的表达情况,分析肝癌患者的免疫评分与其临床病理特征及预后的关系。 方法　采用免疫组化检测免疫评分与PD-L1在61例肝癌患者中的表达,分析PD-L1、免疫评分与临床病理特征及预后之间的关系。 结果　肝癌中免疫评分较高的表达率为26.2%,较低的表达率为73.8%。统计分析发现免疫评分与AFP增高（P<0.05）及肝内复发（P>0.05）具有相关性;而与患者年龄、性别、肿瘤直径、分化程度、脉管癌栓等临床因素无相关性（P>0.05）。生存分析发现免疫评分较高患者的总生存期与无复发生存期显著高于免疫评分较低的患者（χ2=11.39,P<0.01;χ2=14.78,P<0.01）。肝癌组织PD-L1的阳性表达率为44.3%,对应癌旁低表达,具有统计学差异（χ2=7.313,P<0.01）。PD-L1阳性患者的总生存期与无复发生存期低于PD-L1阴性患者（χ2=5.598,P<0.05;χ2=10.90,P<0.01）。肝癌组织中PD-L1与免疫评分间具有负相关性（χ2=12.703,P<0.01）。 结论　免疫评分可作为患者预后的一个标志物,免疫评分高的患者预后较好,反之易早期复发且预后较差;肝癌组织PD-L1与免疫评分之间具有负相关性。     

泛癌中SMYD3的表达与预后及免疫浸润之间的关系

目的 研究SMYD3表达在泛癌中的预后价值,分析SMYD3对于肿瘤组织免疫浸润的影响。方法 从TCGA、GTEx、HPA等数据库收集基因表达矩阵以及蛋白质表达等数据。使用Kaplan-Meier算法评价了SMYD3在不同肿瘤中的预后价值。使用ESTIMATE算法和Timer数据库的信息分析SMYD3与免疫浸润的关系。以小鼠黑色素瘤细胞系B16为例,在细胞水平验证SMYD3对抗原提呈基因表达的影响。结果 转录组和蛋白组学数据表明SMYD3在肿瘤组织中表达升高,并且SMYD3的高表达和泛癌的不良预后相关(P<0.05);SMYD3抑制了多种免疫细胞的浸润(P<0.05),敲除Smyd3的B16细胞抗原呈递基因表达水平升高(P<0.05)。结论 Smyd3是一个重要的肿瘤预后相关基因,其通过下调抗原递呈基因的表达,抑制免疫细胞浸润,诱导肿瘤细胞免疫逃逸。     

GSTP1在前列腺癌组织中的表达及其甲基化检测

目的寻找前列腺癌患者血清中的生物标志物,为临床前列腺癌的早期无创性诊断提供依据。方法采用免疫组化SP染色法检测前列腺癌组织中GSTP1表达;运用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测前列腺癌患者癌组织和相应血清GSTP1基因启动子区5’端CpG岛甲基化程度。结果免疫组化结果:GSTP1在88例前列腺癌组仅有2例呈阳性反应且均为石蜡包埋标本;49例前列腺增生组均为阳性反应,其中38例呈现为强阳性反应。MSP检测结果:38例新鲜前列腺癌组织中,GSTP1基因高甲基化29例,此29例相应血清GSTP1基因高甲基化28例。对照组19例前列腺增生标本和对应的血清均没有检测到GSTP1基因甲基化。结论前列腺癌组织中GSTP1基因的表达与其启动子区甲基化程度呈负相关。前列腺癌患者的组织和血清中GSTP1甲基化检测结果相一致,检测血清中GSTP1的甲基化程度可反应癌组织中GSTP1基因的表达的情况。     

NEXN基因高表达预示结直肠癌患者的不良预后且与免疫抑制性细胞浸润相关

目的 研究nexilin F-肌动蛋白结合蛋白(NEXN)基因表达与结直肠癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性.方法 利用Oncomine数据库分析NEXN基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析NEXN基因表达与结直肠癌患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析NEXN基因高表达与免...     

乳腺癌肿瘤出芽与肿瘤浸润淋巴细胞及患者预后的关系研究

目的:研究肿瘤出芽与乳腺癌临床病理特征、肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)以及患者预后的关系。方法:收集2012年1月～2016年12月于暨南大学附属第一医院行手术治疗的178例乳腺癌患者资料及肿瘤组织切片,显微镜下观察乳腺癌组织病理切片中肿瘤出芽和肿瘤浸润淋巴细胞水平,X~2检验分析肿瘤出芽水平与乳腺癌患者临床病理特征和TILs的关系,Log-rank检验分析肿瘤出芽水平与乳腺癌患者无病生存期和总生存期的关系。结果:高肿瘤出芽组患者淋巴结阳性数目多、组织性分级高、脉管癌栓更多;肿瘤出芽数较多的患者TILs的水平较低,而肿瘤出芽数较少的患者TILs水平较高;高肿瘤出芽患者比低肿瘤出芽患者预后较差。结论:乳腺癌肿瘤出芽水平与恶性程度高的临床病理指标密切相关,肿瘤出芽水平与TILs水平呈负相关,是影响乳腺癌预后的重要因素。     

肺鳞状细胞癌预后标志物ACE2和免疫相关

目的：血管紧张素转换酶2(ACE2)与非小细胞肺癌进展有关。然而,ACE2在肺鳞状细胞癌（LUSC）患者预后和免疫中的作用尚未阐明。方法：通过UALCAN、TCGA、TISIDB等数据库分析ACE2在LUSC组织中的表达,及其在LUSC进展和免疫中的作用价值。结果：ACE2在LUSC组织中低表达。ACE2低表达与LUSC患者种族、癌症分期、吸烟史、组织学亚型和免疫学亚型相关。ACE2高表达的LUSC患者预后较好。基因富集分析显示ACE2可能通过药物代谢酶、TGF-β信号通路、ECM受体相互作用等途径参与LUSC进展。ACE2表达水平与LUSC免疫浸润细胞、免疫激活分子、免疫抑制分子、MHC分子、趋化因子及其受体分子水平相关。结论：ACE2有望成为LUSC患者预后的生物标志物,且与LUSC免疫相关。     

转化生长因子β1和β3在前列腺癌的表达及意义

一、材料与方法１标本：选用我院１９８６～１９９６年间前列腺癌４６例，年龄５３～８４岁，平均６８２±９１岁。组织学分级（Ｇｌｅａｓｏｎ标准）：２～５分（高分化）２５例，６～８分（中分化）１９例，９～１０分（低分化）２例。临床分期（Ｊｅｗｅｔｗｈ...