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1.
目的:基于网络药理学和分子对接技术比较分析水蛭治疗2型糖尿病(T2DM)及糖尿病肾病(DN的作用靶点及通路,初步探讨水蛭治疗糖尿病及其微血管并发症的作用机制。方法:通过TCMID、ETCM、BATMAN-TCM、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCM Database@Taiwan等数据库并结合文献报道收集水蛭的化学成分和对应靶点;在疾病相关数据库CTD、TTD和GeneCards中检索T2DM和DN靶点;采用STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)信息及基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路信息,并进行数据可视化分析;结合网络药理学预测到的关键靶点与成分,采用分子对接技术对其进行验证。结果:通过数据库和文献共收集到水蛭中93个成分,其中65个成分匹配到对应化学结构,并预测了448个成分相关靶点。在疾病数据库中分别获取到1667个T2DM靶点和874个DN靶点,将疾病靶点分别与水蛭成分靶点求交集后获得118、111个潜在作用靶点。通过PPI网络得到水蛭治疗T2DM的关键靶点为白蛋白(ALB)、蛋白激酶B1(Akt1)、胰岛素样生长因子1 (... 相似文献
2.
目的 以中医“异病同治”理论为依据,采用网络药理学与分子对接方法探究冬虫夏草对支气管哮喘和慢性肾衰竭的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction数据库检索获取冬虫夏草活性成分及潜在靶点,利用TTD、DrugBank、GeneCards等多数据库获取疾病靶点,将两者取交集获取共有靶点,通过STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.9.0构建冬虫夏草“成分-靶点-疾病”网络,利用Metascape平台工具对共有靶点进行富集分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果 筛得疾病与药物共有靶点60个,核心靶点主要涉及蛋白激酶B1(Akt1)、非受体酪氨酸激酶肉瘤病毒蛋白(Src)、TP53、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)等,潜在靶点主要富集在肾素-血管紧张素系统(RAS),Rap1,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路中。结论 冬虫夏草中多种活性成分通过多靶点、多途径发挥抑制炎症反应、降低纤维化和细胞凋亡作用,初步揭示了冬虫夏草“异病同治”支气管哮喘与慢性肾衰竭的潜在靶点与现代生物学机制,为深入研究开展实验及临床应用提供参考。 相似文献
3.
探讨桂枝茯苓丸治疗多囊卵巢综合征(PCOS)和子宫内膜异位症(EMT)的异病同治作用机制。【方法】利用
TCMSP获取桂枝茯苓丸组成中药的活性成分及相关靶点。通过GeneCards、PharmGKB、TTD数据库分别筛选PCOS和EMT疾
病靶点。使用R软件中的Venn R包获取药物与疾病的交集靶点后绘制Venn图,在Cytoscape中制作药物-活性成分-潜在靶点
互作网络图,STRING平台中绘制交集靶点蛋白互作网络(PPI)图,Cytoscape对PPI网络进行优化并筛选核心靶点。应用R语
言进行基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,AutoDockTools进行分子对接。【结果】获得桂
枝茯苓丸85个活性成分及191个相应靶点,桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的潜在靶点77个。桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的
核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,核心靶点为AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53。GO
功能分析获得2 020个生物过程、34个细胞成分、126个分子功能,KEGG富集分析得到165条信号通路。分子对接显示该方
中核心成分与靶点对接良好。【结论】桂枝茯苓丸可能通过槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,调节脂质
和动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活等信号通路,作用于靶点
AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53,从而“异病同治”PCOS和EMT。 相似文献
4.
目的:探究西洋参-黄芪治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法:筛选西洋参-黄芪的有效化学成分与作用靶点、T2DM相关靶点,利用Cytoscape 3.7.2构建中药化学成分-靶点相互作用网络图,筛选出西洋参-黄芪作用T2DM的关键成分和核心靶点。通过DAVID数据库分析核心靶点基因功能及信号通路,构建关键化学成分-核心靶点-信号通路网络,并利用Auto Dock4进行分子对接。结果:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索筛选西洋参-黄芪有效化学成分26种,西洋参9种,黄芪17种,预测靶点184个,与T2DM的靶基因取交集得到靶点162个。中药化学成分-作用靶点相互作用网络共有187个节点,378条连线,筛选出关键成分13种。黄芪关键成分是槲皮素、西洋参关键成分是β-谷甾醇,核心靶点21个与T2DM相关的靶点有PTGS1、PTGS2、NOS2、AR、ERS1、ERS2。核心靶点进行基因本体(GO)富集分析发现西洋参-黄芪主要参与RNA信号转录、唾液分泌、类固醇激素调节等生物过程,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示西洋参-黄芪药对与脂肪细胞内脂肪分... 相似文献
5.
《中国中医药信息杂志》2021,(1):19-26
目的采用网络药理学方法探讨生脉饮"异病同治"糖尿病和心力衰竭的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库收集生脉饮组方药物的所有化学成分,通过UniProt数据库获取药物作用靶点,通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选与糖尿病和心力衰竭相关的靶点,将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后,分别构建生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的化合物-靶点相互作用网络图;利用String平台绘制蛋白相互作用(PPI)网络,找出关键基因靶点;分别使用DAVID数据库和Cytoscape3.6.1对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并分析PPI网络数据。结果共筛选出生脉饮50个活性成分和3754个潜在作用靶点,糖尿病、心力衰竭相关靶点分别为218、317个,生脉饮治疗糖尿病、心力衰竭作用核心靶点分别为109、196个;经KEGG通路富集分析,分别筛选出生脉饮对糖尿病和心力衰竭具有作用的通路,根据度值对PPI网络数据分析选取生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的主要药效靶点各10个。结论生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭具有多成分、多靶点、整体调节的作用特点,可为其活性成分研究和实验研究提供依据。 相似文献
6.
目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨黄连温胆汤治疗Z综合征的可能作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中药成分数据库(TCMID)筛选并收集黄连温胆汤的活性成分及其对应靶标。利用Uniprot数据库获取药物活性成分对应靶标的基因,并与通过人类基因组注释数据库(GeneCards)和《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM)所获得的人Z综合征(OSAS合并MS)相关基因进行比较,获得黄连温胆汤与Z综合征重合的潜在作用靶标基因。使用Cytoscape3.7.2软件绘制黄连温胆汤的"疾病-药物-成分-靶标-通路"网络图。通过String数据库获取潜在作用靶标之间的相互作用数据表,然后导入Cytoscape3.7.2软件构建靶蛋白质相互作用网络图。然后基于bioconductor提供的人类基因注释数据库org.Hs.eg.db,利用R语言的clusterfiler程序包对黄连温胆汤治疗Z综合征的潜在作用靶标进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到黄连温胆汤治疗Z综合征有134个候选活性成分,包括木犀草素、槲皮素、黄芩素、小檗碱、黄芩苷等;65个潜在作用靶标,包括AKT1、IL6、VEGFA和MMP-9等;116条通路,包括MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路。分子对接表明,木犀草素、槲皮素、黄芩素可与3个关键候选靶蛋白(IL-6、AKT1、MMP-9)有较好的结合性。结论:黄连温胆汤可能通过作用于IL6、VEGFA和MMP-9等靶标及MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路干预Z综合征的发生发展。 相似文献
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目的 通过网络药理学与分子对接技术探讨二至丸“异病同治”治疗围绝经综合征和异常子宫出血的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取二至丸的药物活性成分及作用靶点,通过Genecard数据库获取围绝经综合征和异常子宫出血疾病相关靶点;获取药物活性成分作用靶点与疾病相关靶点的交集靶点(共有靶点),即二至丸异病同治治疗围绝经期综合征及异常子宫出血的潜在作用靶点;利用Cytoscape 3.9.0构建药物-活性成分-靶点网络,并筛选出核心活性成分,运用STRING数据库构建共有靶点蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络,筛选核心靶点;通过Metascape数据库对共有靶点进行GO及KEEG富集分析。利用AutoDock4.2.6对核心靶点及活性成分进行分子对接。结果 获得二至丸药物活性成分23种,二至丸异病同治围绝经综合征和异常子宫出血潜在作用靶点28个;槲皮素、木犀草素、山奈酚等被确定为关键活性成分,表皮生长因子受体(epithelial growth factor receptor, EGFR)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,... 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤“异病同治”原发性痛经和2型糖尿病的有效成分及作用机制。方法:利用生物科学与网络药理学平台、蛋白数据库和String数据库搜集桃红四物汤化学成分及其靶点数据;基于筛选得到的靶点,进行GO富集功能(gene ontology,GO)和KEGG通路富集分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG);构建“药物-成分-靶点-疾病-通路”网络图;同时将筛选得到的关键有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:从桃红四物汤中筛选出44个活性成分涉及195个靶点、2型糖尿病疾病靶点1421个,原发性痛经疾病靶点650个,药物与疾病的交集靶点36个。β-谷甾醇、山柰酚、槲皮素、豆甾醇、木犀草素匹配到较多靶点。核心靶点蛋白涉及白细胞介素6、白细胞介素1、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、肿瘤坏死因子-α、过氧化物酶体增生激活受体γ、肿瘤蛋白等;GO条目1021条,分子生物学功能(MF)954条、细胞学组分(CC)20条和生物学过程(BP)47条,KEGG通路富集得到通路121条,主要作用于癌症、糖尿病并发症的A... 相似文献
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基于网络药理学和分子对接探究经典名方桃红四物汤异病同治作用机制 总被引:2,自引:0,他引:2
目的以经典名方桃红四物汤养血、活血、逐瘀功效为核心,通过构建"成分-靶点-通路-疾病"作用网络探讨其临床异病同治的作用机制。方法利用生物科学与网络药理学平台、蛋白数据库和String数据库收集桃红四物汤化学成分及其相关靶点数据,建立"成分-靶点"作用网络;基于筛选得到的靶点,对桃红四物汤治疗的疾病进行关联分析,建立"靶点-疾病"网络;进而开展基因本体论(gene ontology,GO)和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析桃红四物汤治疗疾病的关键通路;同时将筛选得到的关键有效成分和核心靶点进行分子对接验证,综合探讨桃红四物汤在临床上异病同治的复杂作用网络。结果从桃红四物汤中筛选出40个活性化合物,其中32个成分涉及221个相关靶点、286种相关疾病。其中阿魏酸、山柰酚、槲皮素、丹皮酚、芍药苷、藁本内酯、咖啡酸能匹配到较多靶点。预测到桃红四物汤可治疗疾病主要包括3大类,分别为癌症相关疾病(乳腺癌、前列腺癌等)、心血管疾病(高血压、心肌梗死、心脏衰竭)、神经系统疾病;核心靶点蛋白涉及RAC-α丝氨酸/苏氨酸... 相似文献
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《中药药理与临床》2021,(1):41-49
目的:借助网络药理学研究模式,以中医理论为指导原则,从分子水平探究六味地黄丸对高血压、2型糖尿病、阿尔茨海默病"异病同治"的物质基础和作用机制。方法:使用TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH数据库筛选出六味地黄丸的化学成分及其作用靶点,结合从Genecards、HPO、OMIM数据库以及GEO数据库中获取的基因芯片挖掘出的疾病靶点,将二者取交集后获取的共有靶点导入STRING数据库获得蛋白质相互作用关系,运用Cytoscape软件构建"中药-化合物-靶点"网络及PPI网络,运用Auto Dock软件进行分子对接。最后借助DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果:筛选出六味地黄丸活性成分69个,作用靶点280个,高血压、2型糖尿病、阿尔茨海默病及六味地黄丸共有靶点如VEGFA、IL-6、MMP-9、PPARG等21个。结论:该研究初步揭示了六味地黄丸对三病"异病同治"作用的现代生物学机制,包括影响血管生成及内皮功能、炎症反应、缺氧反应,为探究中医"异病同治"治疗原则的科学内涵提供了一定的依据。 相似文献
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目的 运用网络药理学方法和分子对接技术,从益气活血的角度探讨黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变(diabetic peripheral neuropathy, DPN)和类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)“异病同治”的作用机制。方法 本研究运用网络药理学,从中医“同治异病”的角度探讨黄芪桂枝五物汤治疗DPN、RA的作用机制。结果 黄芪桂枝五物汤治疗DPN、RA都采用了益气温经、和血通痹的治疗方法,证实了DPN、RA在其证候特点的相同点,也推出了两者“异病同治”的客观存在性。黄芪桂枝五物汤对DPN和RA的治疗作用主要是通过整体调控晚期糖基化终末产物(advanced glycosylation end products, AGEs)—糖基化终末产物受体(receptor of AGEs, RAGE)信号通路实现的,但对不同病变有不同的侧重点。DPN的治疗主要通过抑制神经元凋亡和刺激突触再生来保护神经。RA的治疗往往依赖于对肿瘤坏死因子(transforming necrosis factor, TNF)信号通路、Toll样受体(Toll-like rec... 相似文献
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目的:以网络药理学与分子对接为基础分析四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)和高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选四妙丸的药物活性成分和作用靶点。利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、GeneCards数据库和DrugBank数据库检索AS与HUA的疾病靶点。通过在线工具Venny 2.1.0得到药物相关靶点与疾病相关靶点的交集靶点,即四妙丸治疗AS和HUA的潜在作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络。借助STRING数据库构建潜在靶点蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)并筛选核心靶点。运用DAVID数据... 相似文献
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目的 通过网络药理学方法结合分子对接技术探讨血府逐瘀汤“异病同治”治疗冠心病和缺血性脑卒中的作用机制。方法 在TCMSP数据库检索并结合文献筛选血府逐瘀汤11味中药的活性成分和作用靶点,通过Uniprot数据库匹配靶点官方名称。从OMIM、DrugBank、DisGNET、TTD、GeneCards数据库获取冠心病和缺血性脑卒中相关疾病靶点,取交集靶点,构建“单味药—共有靶点—疾病”网络。建立蛋白间相互作用网络,利用Centiscape插件筛选关键靶点,利用MetaScape数据库进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。通过AutoDockTools-1.5.6进行分子对接预测。结果 筛选后得到血府逐瘀汤活性成分192个,作用靶点394个;与冠心病和缺血性脑卒中相关且排序靠前的通路有脂质和动脉粥样硬化、缺氧诱导因子-1、松弛素、核因子-κB信号通路等,主要与脂质代谢、炎症反应、氧化应激、血管生成和细胞凋亡等生物学过程相关。本方中主要活性成分木犀草素、山柰酚、柚皮素与靶点蛋白蛋白激酶1、白蛋白、胰岛素结合较好。结论 基于网络药理学的方法发现血府逐瘀汤通过多靶点、多途径治疗冠心病和缺血性脑... 相似文献
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目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧... 相似文献
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目的:基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG),并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果:通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论:本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。 相似文献
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目的:基于网络药理学探究肾康注射液治疗糖尿病肾病作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选大黄、黄芪、红花及丹参的活性成分; 使用Genecards数据库筛选大黄、黄芪、红花、丹参及DN相关靶点,获得肾康注射液与DN共同靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件获得“药物-有效成分-靶点-疾病”网络图。利用String数据库构建共同靶点PPI网络图。通过R3.6.2软件、Active Perl软件进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,并进行分子对接验证。结果:获得肾康注射液活性成分120个,对应作用靶点1948个,糖尿病肾病靶点4444个,疾病、药物交集靶点183个,169条相关生物过程,与糖尿病肾病相关的通路59条。分子对接结果显示,筛选的肾康注射液活性成分甲基黄连碱、氧化小檗碱等与JUN、APP、丝裂原激活蛋白激酶8等潜在靶点之间均能较好的结合。结论:肾康注射液的活性成分通过调节免疫炎症反应、能量代谢、自噬等通路,改善肾功能,降低尿蛋白,延缓糖尿病肾病进展。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术分析山楂叶治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、BATMAN、HERB、SymMap、TCM-ID等数据库筛选山楂叶中的化学成分,构建山楂叶化学成分库并导入SwissADME数据库筛选山楂叶的活性成分,从Swiss Target Prediction数据库检索相关文献并获取山楂叶的潜在靶点。利用DrugBank、TTD、GeneCards、CTD、OMIM数据库检索T2DM相关靶点,绘制韦恩图得到两者的交集靶点。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络,进行拓扑分析从而筛选关键靶点和核心成分,并采用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证。在DAVID 6.8数据库中进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与... 相似文献
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目的:采用网络药理学的方法,预测茵陈蒿汤的药物活性成分、效应靶点及潜在疾病,探讨该方治疗不同疾病湿热证“ 异病同治”的分子机制。方法:通过TCMSP、TCM Database@Taiwan、DrugBank等多个数掘库,查找茵陈蒿汤中药物的成分、靶点和相关疾病信息,运用Cytoscape软件构建中药成分-靶点-疾病网络模型,并分析网络的拓扑结构,通过DAVID网站对茵陈蒿汤作用的生物学过程和KEGG通路进行富集分析。结果:共查找到茵陈蒿汤中大黄、栀子和茵陈三味药的272种化学成分,口服生物利用度(OB)≥30%和类药性指数(DL)≥0.18,并能够找到对应靶点的活性成分有33种,对应216个靶点蛋白与308种疾病,大于节点平均度的有81种疾病。与茵陈蒿汤相关的前三个生物学过程为对有机物质的反应、对细胞增殖的调节和对细胞凋亡的调控。显著富集的前三个KEGG通路为癌症通路、前列腺癌及胰腺癌。结论:本文基于网络药理学分析方法对茵陈蒿汤有了整体性的认识,有助于阐明茵陈蒿汤的组效关系,揭示其对于湿热证异病同治的作用机制,以及发现新的潜在临床适应症。 相似文献