福建省74株霍乱弧菌PFGE分子分型研究

目的采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对福建省霍乱监测点采集的霍乱弧菌进行分型,探讨其分布特征。方法福建省2008年采集到不同地区、不同来源的霍乱弧菌74株,用PFGE技术分析电泳酶切指纹图谱,用BioNumerics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度,可将21株小川型菌株分为20个PFGE型、44株稻叶型菌株分为39个PFGE型;按照90%的相似度,稻叶型菌株出现2个优势PFGE型别簇。结论福建省霍乱弧菌PFGE型别存在多态性。加强对外环境霍乱菌株的监测,可为霍乱防控提供有用的本底资料和早期预警;PFGE分型结合流行病学调查,是发现霍乱菌株污染传播链的有效手段。     

新疆食源性单核细胞增生李斯特菌分离株的分子分型与耐药性分析

目的了解新疆食源性单核细胞增生李斯特菌分子分型特征及抗生素耐药状况。方法对2010年—2020年食品中分离的32株单核细胞增生李斯特菌采用脉冲场凝胶电泳法(PFGE)进行分子分型,采用微量肉汤稀释法对8种抗生素进行耐药性检测。结果 32株单核细胞增生李斯特菌经AscⅠ酶切与脉冲场凝胶电泳后共获得21种PFGE带型,每种带型包含1株～5株菌株不等,相似度在48.5%～100%;32株单核细胞增生李斯特菌均对青霉素、氨苄西林、复方新诺明敏感,对其他5种抗生素的MIC值较小。结论新疆食源性单核细胞增生李斯特菌PFGE带型呈现多态性,揭示了不同来源菌株之间的亲缘性,对抗生素敏感性高,应持续开展耐药状况监测。     

食品中沙门氏菌血清及PFGE分型研究

目的了解吉林省食品中分离的沙门氏菌血清型与脉冲场凝胶电泳（PFGE）基因分型,探索沙门氏菌的分子多态性。方法将从市售鸡肉、鸡胴体、中式凉拌菜及婴儿配方奶中分离出的10株沙门氏菌进行血清学分型、PFGE分子分型,BioNumerics version软件分析比较同源性。结果 10株沙门氏菌血清型分别为4株肠炎沙门氏菌,3株里定沙门氏菌,2株阿贡纳沙门氏菌和1株雷摩沙门氏菌。PFGE聚类分型结果主要分为4型：1型4株,相似度超过95%;2型3株,又分2个亚型,亚型间的相似度为78%;3型2株,相似度为100%;4型1株。结论吉林省食品中沙门氏菌具有不同血清学及PFGE型别,相同来源和血清型的菌株PFGE型别显示高度同源性。     

同一酒店两起副溶血性弧菌食物中毒的病原体分型溯源及耐药性研究

目的对同一酒店、同一时间两起副溶血性弧菌食物中毒中分离到的副溶血性弧菌,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性分析,为查明原因和溯源提供依据。方法对患者和食品中分离到的菌株进行分离鉴定、药敏试验、PFGE分子分型和聚类分析。结果两起食物中毒中共检出8株副溶血性弧菌,其中5株来自A组患者,2株来自B组患者,1株来自菜鱼饼样本。8株菌株经PFGE分子分型和聚类分析显示,按100%相似度可分2个基因型别,型别间同源性为70.8%。8株菌株的耐药状况也大致分为2大类,与PFGE分型结果一致。结论 2起食物中毒无相关性,为独立暴发,PFGE可有效应用于食物中毒溯源分析及分子流行病学研究。     

2014 - 2020年四川省人间布鲁氏菌病分离菌株多位点序列分型研究

目的了解四川省人间布鲁氏菌病(简称布病)分离菌株的分型情况。方法 66株菌株分离自2014 - 2020年四川省人间布病确诊病例, 分别应用BCSP31-PCR、AMOS-PCR方法对分离菌株进行属、生物型鉴定;选用多位点序列分型(MLST)-9方法对分离菌株进行分型实验, 通过在线全球MLST数据库对比序列型(ST);并通过BioNumerics 7.6软件, 使用最小生成树(MST)对新发现和已知ST序列进行聚类分析。结果 2014 - 2020年四川省自人间布病确诊病例分离的66株菌株均为布鲁氏菌属, 其中羊种布鲁氏菌65株, 牛种布鲁氏菌1株。存在3个已知ST(ST-8、ST-39、ST-2)和1个新发现型别(ST-101)。其中, ST-8为四川省主要ST(90.91%, 60/66), 另有4株羊种布鲁氏菌为ST-39, 1株牛种布鲁氏菌为ST-2。新发现型别ST-101于2019年分离自乐山市, 属羊种布鲁氏菌克隆群, 与ST-8进化关系紧密。结论四川省布鲁氏菌主要流行株为羊种布鲁氏菌, 主要基因型为ST-8, 同时存在少量ST-39、ST-101、ST-2。     

多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳技术在肠炎沙门菌暴发事件病原学鉴定中的应用

目的探讨脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术在沙门菌鉴定中的应用价值。方法对分离自一起食物中毒事件中的27株沙门菌,用肠杆菌科鉴定系统API 20E和ATB ID 32E进行生化鉴定并血清分型,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)进行分子分型。结果 27株沙门菌的生化鉴定结果为沙门菌属细菌,其中25株血清分型结果为肠炎沙门菌,抗原模式(9,12:g,m);其余两株菌H相抗原除g和m因子凝集阳性外,d因子也有凝集反应。PFGE结果显示27株菌株中26株的带型完全一致,另1株与其他26株仅有1条条带的差异,相似度为96.3%。27株菌的MLST型别均为ST11型,提示为肠炎沙门菌。结论分子分型技术,特别是MLST技术有助于沙门菌的辅助鉴定。     

福建省鼠伤寒沙门菌分子流行病学研究

目的了解福建省鼠伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,探讨各型别的流行及分布特征。方法收集2009-2010年鼠伤寒沙门菌73株,分离自临床患者及从业体检人员,选择XbaⅠ和BlnⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumerics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将菌株酶切图谱分为49个PFGE型,其中P1型有15株,占20.55%(15/73),为优势型别,P17型5株,占6.85%;BlnⅠ二次酶切后P1和P17型分别只有5株和2株条带完全一致。P1型集中分布于7～9月,占到P1型菌株总数的86.67%(13/15);其他型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省鼠伤寒沙门菌PFGE分子分型呈现多态性,该技术可用于菌株间分子流行病学研究,应加强监测的时效性和针对性以利于疾病的溯源和早期预警。     

水产品中副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型

目的 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对水产品中副溶血性弧菌进行分子分型.方法 采用PFGE技术,对80株分离自11个国家和中国浙江省和山东省的水产品中的副溶血性弧菌进行分子分型;基因组DNA用Not I和Sfi I2种酶进行消化.结果 Not I和Sfi I 2种内切酶均得到68种带型,综合系统树图中分成70种带型;Not I和Sfi I的分辨率分别为78.8％和76.3％;14株来自加拿大的菌株分聚成相似度100％的4组,其中有4株菌和10株菌分别聚成相似度91.8％和93.3％的2组;挪威和新西兰分别有3株和2株菌相似度为100％;其他国家的菌株无与本国相同的菌株.结论 2种酶均适合于副溶血性弧菌的PFGE分型,Not I的效果略好于Sfi I;菌株间的亲缘关系与来源地无明显关联,但具有毒性基因的菌株更易在系统发育树上处于较近的分枝上.     

福建省志贺菌PFGE分型研究

目的了解福建省志贺菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,描述基因群的流行及分布特征,探讨优势血清群的变迁规律。方法收集2005-2010年志贺菌96株,分离自临床患者。选择NotⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumer-ics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将34株福氏志贺菌酶切图谱分为27种PFGE型别;将62株宋内志贺菌酶切图谱分为43种PFGE型别。根据TENOVER原则,福氏志贺菌有2个优势基因群G1-G2,宋内志贺菌有4个优势基因群GI-GIV。优势基因群集中分布于7～10月,其他PFGE型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省志贺菌分子分型呈现多样性,宋内和F4c的某些基因群可能逐渐演变为福建省优势且稳定的志贺菌流行菌株。     

上海市奉贤区188株沙门菌分子分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术研究上海市奉贤地区沙门菌的分子流行病学特征,为沙门菌病的鉴定溯源及防控预警提供技术支持和数据参考。方法对2012-2016年分离到的188株沙门菌进行PFGE分子分型,运用Bio Numerics V7. 6软件的UPGMA方法进行聚类分析。结果 80株鼠伤寒沙门菌分为57种PFGE带型,菌株间条带相似度为43. 6%～100. 0%,其中52株可分为4组大的克隆系,克隆系Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ中既有患者株也有食品株; 75株肠炎沙门菌分为38种PFGE带型,菌株间条带相似度为54. 4%～100. 0%,其中62株为1组大的克隆系,58株为患者株,4株为食品株;33株伦敦沙门菌分为28种PFGE带型,菌株间条带相似度为50. 1%～100. 0%,其中22株可分为3组大的克隆系,克隆系Ⅰ、Ⅱ中既有患者株也有食品株。结论 PFGE分型结果反映了本区鼠伤寒、肠炎、伦敦沙门菌PFGE型别的多样同时具有优势克隆系,而且各优势克隆系有稳定的遗传持久性。奉贤区沙门菌病例与食用污染的生鲜肉制品有密切关系,PFGE分子分型技术在致病菌的传播、追踪和溯源方面更具有针对性。     

PCR检测方法在陕西省布鲁氏菌种型鉴定中的应用

目的 将PCR检测技术应用于陕西省布鲁氏菌的种型鉴定中,建立适用于该省的标准化分子分型技术,为布病防治提供科学依据。方法 用BCSP31 - PCR 及AMOS - PCR对收集的3株标准菌株羊16M、牛544A、猪1330S以及89株陕西省1957年以来保存的部分地方株进行种型鉴定。结果 菌14025、14045经BCSP31 - PCR、AMOS - PCR均未条带,排除是布氏菌,与生化鉴定结果一致;其余菌株BCSP31 - PCR均出现223 bp大小的条带;菌62018、74011、74012经AMOS - PCR出现285 bp左右条带,证实为猪1型菌株,菌92008未出现条带,该方法不能用于犬种菌的鉴定,其余菌株均出现731 bp 左右的条带,为羊种菌。结论 PCR方法特异、快速、准确, 在实际工作中,可用BCSP31 - PCR方法鉴定到属,AMOS - PCR检测方法鉴定到种,可作为布鲁氏菌种属快速鉴定方法之一。     

1999-2008年辽宁省朝阳市布鲁氏菌病流行病学监测分析

目的通过对朝阳市1999-2008年布鲁氏菌病（布病）的流行病学监测资料进行分析,推断布病流行菌种,找出主要传染源,为布病防治工作提供科学依据。方法采用流行病学监测方法,于1999-2008年对重点地区的重点人群、全市7个县（市、区）的散发病例及暴发病例、畜间牛、羊开展血清学检测。通过对3类群体的血清进行抗体检测,运用Spearman相关的分析方法,找出人群年发病数与牛、羊存栏数,人群年发病数与牛、羊血清抗体阳性率,重点人群血清抗体阳性率与牛、羊血清抗体阳性率的关系。结果人群年发病数与牛、羊存栏数及与羊血清阳性率明显相关（r=0.779,P〈0.01;r=0.816,P〈0.01;r=0.857,P〈0.01）;2009年对18例布病患者进行病原菌血培养,有2株为布鲁氏菌羊种菌3型。结论朝阳市布病以羊种菌为主要流行菌种,在防治中羊应作为主要的监管对象。     

猪种布鲁氏菌生物1型野毒株和2号菌苗的鉴别诊断

目的寻找猪种布鲁氏菌生物1型野毒株（1330S）和猪种布鲁氏菌2号菌株（S2）的鉴别诊断方法。方法采用牛、羊、绵羊、猪种型聚合酶链反应（AMOS—PCR）、脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点可变数量串联重复序列（MLVA）3种方法对21株1330S菌株进行鉴别？结果AMOS—PCR和PFGE方法未能区分两类菌株;MLVA方法发现1330S和S2菌株在Bru9和Bru16两位点存在差异。结论MLVA方法可以作为两类菌株鉴别诊断的方法之一。     

中国嗜肺军团菌分离株脉冲场凝胶电泳分型分析以及数据库的建立

目的 对分离的262株嗜肺军团菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立中国嗜肺军团菌的PFGE分型数据库.方法 采用PFGE技术,对2004-2009年中国11个省(市)分离的嗜肺军团菌用AscⅠ酶切,BioNumerics软件分析PFGE图谱,并建立分子分型数据库.结果 262株嗜肺军团菌的PFGE图谱共分为108种不同的PFGE带型,相似性系数在16%～100%之间,通过聚类分析,可以分为差异明显的不同簇.不同省份、年份和血清型的菌株之间有交叉带型.结论 中国环境分离的嗜肺军团菌菌株基因组变异较大,同时也具有克隆化特征,且可能有多个克隆系存在.

Abstract：

Objective To analyze the molecular types of Legionella (L.) pneumophila strains isolated in China,and to develop the PulseNet-China Database of L.pneumophila.Methods Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to analyze 262 L.pneumophila strains collected from 11 provinces between 2004 and 2009 in China.Different kinds of genomic DNA in different L.pneumophila strains were isolated and separated after digesting with Asc Ⅰ.BioNumerics software was used to analysis the PFGE fingerprints.Results L.pneumophila strains isolated in China were quite different regarding their PFGE patterns.There were 108 PFGE types among the 262 strains tested in this study.The similarity value of these strains was in the range of 16%-100% and the same types were discovered in different provinces and years.Conclusion L.pneumophila strains isolated in China were with high genetic variations.There might be different clones existed in China.The development of PulseNet China Database was thus of great significance in monitoring the L.pneumophila strains in the future.     

北京市郊区八种动物戊型肝炎病毒抗体流行率调查及病毒基因型研究

目的 调查北京地区与人密切接触的猪、牛、羊、马、驴、犬、鸡、鸭8种动物血清中戊型肝炎病毒(HEV)抗体流行率及该地区猪HEV基因型和亚型.方法 收集8种动物的血清标本及幼猪粪便标本,用双抗原夹心ELISA法检测血清中抗-HEV;用巢式反转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)检测HEV RNA;对部分PCR产物进行克隆和测序,并对测序结果进行基因分型.结果 在8种动物中抗-HEV阳性率分别为猪80.43%(481/598),其中成猪(>6月龄)为87.86%(369/420),幼猪(2～3月龄)为62.92%(112/178);牛15.02%(52/346);马14.29%(40/280);驴0(0/26);羊9.88%(33/334);犬0(0/21);鸭3.03%(7/231);鸡2.53%(8/316).RT-nPCR检测3月龄以下猪粪便标本HEVRNA阳性率为66.67%(74/111).HEV RNA阳性的标本测序后可归为6株(分别命名为bjsw1、bjsw2、bjsw3、bjsw4、bjsw5和bjsw6),6株HEV开放读码框2(ORF2)部分核苷酸序列的相似性为94.5%～99.6%,与1、2、3、4型HEV的相似性分别为75.6%～78.6%、75.6%～76.2%、77.1%～80.7%和83.7%～94.5%.6株HEV与人HEV 4d亚型的同源性最高,为90.0%～94.5%.结论 北京市郊区猪、牛、马、羊、鸭、鸡中均存在HEV感染,其中猪抗-HEV流行率最高,驴、犬抗-HEV的流行率最低;6株猪HEV属于基因4型、4d亚型.     

安徽省 2012 年小肠结肠炎耶尔森菌分离株特征分析

目的对安徽省2012年小肠结肠炎耶尔森菌分离株进行PFGE分型,分析菌株相关性。方法对22株菌株通过血清凝集实验和生物分型了解菌株生物学特征,采用PFGE对菌株进行分子分型,并分析PFGE与血清型和生物型的关系。结果 22株小肠结肠炎耶尔森菌分为11个生物型别,K6GN11C30021为优势PFGE型。结论 PFGE与血清型和生物型有一定相关性,提示PFGE可用于分析爆发流行和常规监测,追踪传染源。     

2014-2015年烟台市副溶血性弧菌临床分离菌株的生物学特征及分子分型研究

目的 了解烟台市副溶血性弧菌临床分离株的耐药特性、毒力基因分布情况以及分子分型特征。方法 对2014-2015年的副溶血性弧菌临床分离菌株按照美国临床实验室标准化协会(CLSI)推荐的微量肉汤稀释法进行14种抗生素的药敏试验;通过实时荧光PCR检测tlh、trh、tdh、orf8 4种毒力基因;采用脉冲场凝胶电泳对菌株基因组DNA进行分子分型。结果 (1)20株副溶血性弧菌仅对头孢唑啉耐药或处于耐受敏感之间,耐药率为5.0%,对其他13种抗生素100.0%敏感。(2)20株副溶血性弧菌均携带特异性基因tlh,其他3种毒力基因trh、tdh、orf8的阳性率分别为30.0%(6/20)、100.0%(20/20)、65.0%(13/20),毒力基因组成以orf8-tdh型为主,占60.0%(12/20)。(3)20株菌被限制性内切酶NotⅠ切出6个PFGE types(PT),带型相似度60.7%～100.0%,根据PT相似系数大于80.0%的菌株,可以分成A群和B群2个聚类群。结论 烟台市副溶血性弧菌临床分离菌株耐药较轻,毒力基因tdh、orf8的携带率较高,PFGE带型聚类群内相似度较高且存在优势明显的分子型别。     

不同来源肠炎沙门菌的溯源研究

目的:应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对不同来源的肠炎沙门菌进行分子分型,为政府部门修订相关的卫生法规提供了重要科学依据。方法:采用限制性内切酶Xba I,对广州地区2009-2011年间从业人员健康体检和食物中毒中检出的36株肠炎沙门菌进行PFGE分子分型,用BioNumerics Version 4.0软件(复选Dice相关系数和UPGMA方法)进行聚类分析。结果:36株肠炎沙门菌PFGE图谱显示菌株之间密切相关,相似度在88.8%～100%。结论:从业人员健康体检和食物中毒分离的肠炎沙门菌菌株之间存在较高分子水平的同源性,提示健康带菌从业人员是沙门菌食物中毒不可忽视的污染源。     

2021年长沙市食源性疾病沙门菌血清分型及PFGE分子分型分析

目的 了解长沙市食源性疾病沙门菌的血清分型和PFGE分子分型情况,为食源性疾病防控提供依据。 方法 按《食源性疾病监测工作手册》收集长沙市4所哨点医院食源性疾病病例粪便标本,从中分离沙门菌,并对沙门菌进行血清分型和凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE),通过Bionumerics 7.6 软件对电泳图谱进行分析。 结果 全年共监测528份标本,检出沙门菌50株,检出率为9.47%,阳性病例主要集中在5岁及以下年龄段,占74.00%(37/50),发病主要在夏秋5—9月,占全年的76.00%(38/50)。血清型共有12种,主要血清型是鼠伤寒沙门菌占60.00%(30/50),其次为斯坦利沙门菌4株占8.00%,肠炎沙门菌3株占6.00%。 50株沙门菌PFGE分型为41种带型,相似度为55.7％～100％,呈现多态性,主要分成两个簇,有8组相似度 100％ 的菌株,共17株(占34.00%,17/50),主要是鼠伤寒沙门菌;有10簇相似度90%以上的克隆系,包含32株沙门菌。 结论 长沙市2021年食源性疾病沙门菌感染的优势血清型是鼠伤寒沙门菌,沙门菌PFGE分子分型带型呈多态化,PFGE分型可识别共同感染来源的病例,可用于暴发疫情识别和控制。