MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.     

MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.     

应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定常见细菌和酵母菌

目的 应用MALDI-TOF MS鉴定临床常见病原菌.方法 复苏560株临床分离株,其中革兰阳性细菌(G+ )260株、革兰阴性细菌(G-)180株、酵母菌60株、肠道致病菌60株.MALDI-TOF MS鉴定结果与Vitek2 Compact全自动微生物鉴定系统比对,结果差异菌株采用16S rDNA测序验证.结果 MALDI-TOF MS与Vitek2 Compact鉴定结果比较,G+细菌鉴定符合率为94.6％( 246/260),G-细菌鉴定符合率为96.7％ (174/180),酵母菌鉴定符合率为95.0％ (57/60),肠道致病菌鉴定符合率为93.3％( 56/60).15株鉴定结果不符的菌株经16S rDNA测序确认,结果与Vitek2Compact和MALDI-TOF MS鉴定符合率分别为26.7％ (4/15)和66.7％( 10/15).结论 MALDI-TOF MS可用于常见病原微生物鉴定,其快速、低成本的特点具有推广价值.     

Microflex~(TM) MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统对肠杆菌科细菌鉴定能力的比较

目的比较MicroflexTM基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统(简称Vitek 2 Compact)对肠杆菌科细菌的鉴定能力。方法采用MicroflexTMMALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact同时对545株肠杆菌科质控菌株和临床分离菌株进行鉴定,鉴定结果不一致者采用沙门菌血清凝集试验或细菌16S r DNA基因测序予以确证。结果 MicroflexTMMALDI-TOF MS对545株细菌的种和属的鉴定率分别为97.1%、2.9%。Vitek 2 Compact对545株细菌的种、群、属的鉴定率分别为83.3%、13.9%和2.2%,鉴定错误率为0.2%,未鉴定率为0.4%。结论 MicroflexTMMALDI-TOF MS对肠杆菌科细菌的鉴定符合率高于Vitek 2 Compact,且操作快速、简便,成本低,可用于临床肠杆菌科细菌的常规快速鉴定。     

VITEK MS质谱仪错误鉴定福氏志贺菌1例

目的了解VITEK MS对1株从血培养分离的福氏志贺菌的鉴定能力。方法采用VITEK MS、Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪、血清凝集试验及16S rRNA基因测序进行鉴定;采用VITEK MS分别对福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739进行质谱鉴定及蛋白质谱图比较分析。结果 VITEK MS鉴定为大肠埃希菌,可信度为99.9%;Vitek 2 Compact鉴定为志贺菌属,可信度为89.0%;血清学结果为福氏志贺菌3a型;16S rRNA基因测序为志贺菌、福氏志贺菌1a、福氏志贺菌2a、大肠埃希菌,序列同源性达97%以上;福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739的蛋白质谱图相似。结论志贺菌和大肠埃希菌在基因角度上符合同一个种,VITEK MS不能区分志贺菌和大肠埃希菌,需要附加生化反应、科玛嘉尿道定位显色培养及血清学试验进行志贺菌的排除。     

致血液感染的活泼瘤胃球菌的分离与鉴定

目的鉴定1株临床分离活泼瘤胃球菌。方法取2020年8月就诊于海南省人民医院的1例败血症患者的血液标本进行细菌培养、革兰染色,采用Vitek 2 Compact生化鉴定和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合16S rRNA PCR扩增及测序鉴定分离株。结果该分离菌为革兰阳性链球菌,专性厌氧,MALDI-TOF MS鉴定置信度为83.7%;16S rRNA PCR产物为1446 bp,与已知活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T序列号(NR 036800.1)16S rRNA基因同源性为99%,由分离株的系统进化树可知,该分离菌与标准菌株活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T位于同一分支。结论常规生化方法无法鉴定出该菌,16S rRNA检测与MALDI-TOF MS结合可用于活泼瘤胃球菌鉴定。     

聚合酶链反应扩增STY3671基因鉴别伤寒与甲型副伤寒沙门菌

目的 评价伤寒沙门菌基因STY3671用于特异性检测该血清型沙门菌的可能性。 方法 根据伤寒沙门菌与甲型副伤寒沙门菌外膜蛋白质组比较得到的伤寒沙门菌特异性蛋白点编码基因STY3671的序列设计引物,提取伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌以及其他非伤寒沙门菌血清型菌株的基因组DNA进行PCR检测, 对引物特异性和灵敏性进行分析。 结果 检测的184株伤寒沙门菌均得到807 bp长度片段,部分菌株扩增产物测序结果与伤寒沙门菌标准株CT-18一致。146株甲型副伤寒沙门菌以及其余163株其他血清型沙门菌均未扩增出该片段。 结论 STY3671基因能够作为特异性检测伤寒沙门菌的靶标,能够区别于甲型副伤寒沙门菌及其他常见非伤寒沙门菌血清型,在发热患者的伤寒沙门菌感染诊断、尤其使用血液标本检测中具有良好的潜在价值。     

沙门菌主要血清型标准菌株的筛选鉴定

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022),获得8种沙门菌主要血清型标准株,并建立标准株筛选主要流程。方法 分别对原代及传代沙门菌菌株进行形态学观察、生化试验及基因组测序分析,获得形态及生化典型、基因组稳定的标准菌株。结果 从24株沙门菌中筛选获得8株分属8种血清型(伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、丙型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、单相鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌)的菌株,这8株菌在沙门菌推荐用选择性培养基上形态典型,生化反应典型,传代后基因组变异较小,血清凝集结果稳定,可以作为沙门菌检验的参比菌株。结论 本研究通过筛选获得具有相应血清型病原特征的8种沙门菌主要血清型标准株,可作为沙门菌检测、血清分型质控、基因组进化分析的参比菌株,并为后续核酸标准品的研制提供基础。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在临床病原菌鉴定中的应用

目的探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)系统用于快速鉴定临床分离菌的可靠性和实用性。方法收集南京军区南京总医院2013年7~10月自临床标本分离的非重复细菌1 061株,分别使用MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪系统进行鉴定,结果不一致的菌株采用16S r DNA测序验证。结果 1 061株临床分离菌中1 058株(99.7%)经MALDI-TOF MS系统正确鉴定到属水平,1 016株(95.8%)正确鉴定到种,其余3株(0.3%)未给出鉴定结果。5株鉴定结果不一致的菌株经16S r DNA测序确认,结果与MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact鉴定符合率分别为40.0%(2/5)和0(0/5)。结论 MALDI-TOF MS可以作为一个快速、准确和价廉的工具应用于临床分离菌的鉴定。     

1984-2016年福建省人源与食源性沙门菌血清分型和耐药特征研究

目的研究福建省人源和食源性沙门菌血清型和耐药特征。方法追溯1984 — 2016年福建省内临床、健康体检者和食源性沙门菌株，使用世界卫生组织推荐的沙门菌血清分型方法进行回顾性鉴定。 通过纸片扩散法测试菌株对10种抗生素的敏感性，使用χ2检验对结果进行分类统计。结果复核人源和食源沙门菌1 406株，覆盖17个血清群（患者源16个、健康者携带源9个、食源性8个），确认伤寒、甲型副伤寒和猪霍乱沙门菌为肠道外感染的侵袭性血清型，确认除伤寒、甲型副伤寒和乙型副伤寒以外的非伤寒/副伤寒沙门菌65个血清型（患者源49个、健康者携带源46个、食源性27个），数量较多的前5位血清型分别为鼠伤寒、肠炎、德比、斯坦利和韦太夫雷登，临床感染优势血清型分别为鼠伤寒、肠炎、斯坦利、猪霍乱和德比，经验证和比对确认人源中5个和食品源中3个血清型为国内首次分离菌型。 健康人携带和食源性沙门菌的血清群、血清型分布和耐药谱接近，多重耐药（MDR）率显著低于患者来源株（χ2＝191.675，P＜0.001），患者源沙门菌对环丙沙星和三代头孢耐药率均低于10%，MDR率较高，占51.00%。 甲型副伤寒和鼠伤寒、肠炎沙门菌分别为伤寒/副伤寒、非伤寒/副伤寒沙门菌中耐药率较高和MDR率高的血清型。结论福建省人源沙门菌较食源性沙门菌有更广泛的生物多样性，人源沙门菌耐药率高于食源性沙门菌。 建议加强对临床侵袭性感染病例和食品–环境–人群的整合行为生态传染病导致暴发疫情的防控。     

Antibiotic susceptibilities of Salmonella enterica serovar Typhi and S. enterica serovar Paratyphi A isolated from patients in Japan

The antibiotic susceptibilities of 62 strains of Salmonella enterica serovar Typhi and 37 strains of S. enterica serovar Paratyphi A were investigated with 18 antibiotics. Eighteen S. enterica serovar Typhi isolates and five S. enterica serovar Paratyphi A isolates were resistant to one or more antimicrobial agents, among which 10 S. enterica serovar Typhi isolates were nalidixic acid resistant and also showed decreased ciprofloxacin susceptibility.     

Multiple-drug resistance in D-tartrate-positive Salmonella enterica serovar paratyphi B isolates from poultry is mediated by class 2 integrons inserted into the bacterial chromosome

The presence of integrons in 85 multiresistant German isolates of the predominating Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B dT(+) clone was investigated. All isolates possessed a chromosomally located Tn7-like class 2 integron carrying the same dfrA1-sat1-aadA1 array of gene cassettes. Only four isolates (4.7%) revealed an additional class 1 integron with two strains each containing the aadA1 or dfrA1-aadA1 gene cassettes.     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱微生物鉴定系统性能验证方案的建立

目的建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统(MALDI-TOF MS)在常规临床微生物鉴定中的性能验证方法,指导临床实验室规范微生物鉴定程序。方法选取标准菌株、质控菌株和临床菌株共115株,包含革兰阳/阴性球菌30株、革兰阳/阴性杆菌31株、真菌30株,厌氧菌、苛养菌各12株,所有菌株均经Vitek Compact鉴定和/或细菌16S r DNA、真菌ITS DNA测序分析验证。任意选择3种MALDI-TOF MS微生物鉴定系统厦门质谱、布鲁克质谱、安图质谱,采用检测系统推荐方法进行菌株鉴定,进行准确度验证试验。精密度验证:选取标准菌株和临床菌株10株,1位操作者使用3个检测系统对10株菌株分别进行质谱鉴定3次,连续鉴定3 d; 3位操作者使用3个检测系统对10株菌株每d分别进行质谱鉴定3次,连续鉴定3 d,从而验证鉴定结果的重复性。结果厦门质谱、布鲁克质谱、安图质谱对标准/质控菌株(除外厌氧菌)的鉴定符合率为100%;对临床菌株的属水平鉴定符合率为100%;对革兰阴/阳性杆菌的种水平鉴定符合率分别为100%、100%、96.77%;对革兰阳性球菌的种水平鉴定符合率分别为96.67%、96.67%、100%;对真菌的种水平鉴定符合率均为90%一致;对苛养菌的种水平鉴定符合率均为100%;对厌氧菌鉴定符合率为91.67%种水平一致。精密度验证试验结果重复性100%。结论 3种MALDI-TOF MS系统在革兰阳/阴性球菌、革兰阳/阴性杆菌、真菌、苛养菌鉴定的准确度和精密度符合要求,验证通过。本文建立的微生物鉴定质谱仪性能验证方案可满足综合性医院临床微生物实验室常规鉴定基本要求。     

Extended-spectrum beta-lactamases in non-typhoidal Salmonella spp. isolated in the UK are now a reality: why the late arrival?

In February 2004, we reported the first recognition of the presence of an extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) in non-typhoidal Salmonella spp. in the UK; the beta-lactamase was TEM-52. Six months later, an SHV-derived ESBL (SHV-12) was detected in a salmonella strain isolated in York and 6 months after that we have just identified CTX-M-type beta-lactamases in Scottish isolates of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium and Salmonella Virchow (unpublished results). A very recent retrospective study of UK isolates suggests that they may have been in the population for some years but have gone undetected. Even so, compared with reports of ESBLs in Salmonella spp. elsewhere, these results are suggestive of a delayed emergence of the ESBL phenotype in non-typhoidal Salmonella spp. in the UK. Should the British congratulate themselves on warding off the emergence of these important resistance mechanisms in Salmonella spp., or is the sudden revelation of three of the major ESBL types a cause for concern?     

Dissemination of an extended-spectrum-beta-lactamase blaTEM-52 gene-carrying IncI1 plasmid in various Salmonella enterica serovars isolated from poultry and humans in Belgium and France between 2001 and 2005

We report here the dissemination of a conjugative IncI1 plasmid carrying bla(TEM-52) on a Tn3 transposon conferring resistance to extended-spectrum cephalosporins in Salmonella enterica serovar Agona, Derby, Infantis, Paratyphi B dT(+), and Typhimurium isolates from poultry and humans in Belgium and France from 2001 to 2005. The most prevalent serovar spreading this resistance was serovar Infantis.     

Decreased susceptibility to fluoroquinolones and gyrA gene mutation in the Salmonella enterica serovar Typhi and Paratyphi A isolated in Katmandu, Nepal, in 2003

Typhoid fever is the most common clinical diagnosis among febrile patients presenting to hospital in Katmandu. Salmonella enterica serovar Typhi (S. enterica serovar Typhi) and Salmonella enterica serovar Paratyphi A (S. enterica serovar Paratyphi A) with decreased susceptibility to fluoroquinolones and resistance to nalidixic acid are common in recent years. In the present study, we examined the in vitro susceptibility to fluoroquinolones and the presence of gyrA gene mutations in 30 clinical strains of S. Typhi and 39 of S. Paratyphi A, all of which were isolated in Katmandu, Nepal, in 2003. In those strains, we found that 73.3% and 94.9% of S. Typhi and S. Paratyphi A strains contained gyrA gene mutation, and showed the resistance to a quinolone, nalidixic acid, and decreased susceptibility to fluoroquinolones, ciprofloxacin, and levofloxacin. Although fluoroquinolones may still be useful as antibiotics for the treatment of typhoid fever, clinicians should be aware of the possibility of treatment failures of infections with S. Typhi and S. Paratyphi A strains with decreased susceptibility to fluoroquinolones.     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术鉴定临床常见厌氧菌

目的：应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术对临床分离的厌氧菌进行鉴定,与传统Vitek32 ANI鉴定卡及16 S rRNA基因序列法鉴定进行比较,分析MALDI-TOF MS技术用于鉴定临床常见厌氧菌的可行性。方法收集从临床标本培养分离的厌氧菌56株,运用 MALDI-TOF MS 技术对其进行鉴定,同时运用 Vitke32 ANI 鉴定卡及16 S rRNA基因序列法分别进行鉴定,将三者的结果进行比较。结果56株厌氧菌中有41株采用 MALDI-TOF MS技术鉴定至种的水平（分值大于或等于2．0）,11株鉴定至属的水平（分值为1．7～2．0）,4株无可靠结果（分值小于1．7）。MALDI-TOF MS和16S rRNA基因序列法鉴定结果一致的占94．6％（53/56）,不一致的占5．6％（3/56）。MALDI-TOF MS与Vitke32 ANI 鉴定卡的鉴定结果一致的占80．4％（45/56）,不一致的占19．6％（11/56）。结论 MALDI-TOF MS与16S rRNA基因序列法鉴定的符合率高,可应用于临床常见厌氧菌的鉴定。