cDNA微阵列和抑制消减杂交技术筛选胃癌下调功能基因组的研究

目的 筛选胃癌下调基因组，发现新的胃癌下调基因。方法 采用cDNA微阵列技术，检测5例胃癌与相对应正常胃粘膜间mRNA表达差异基因，筛选胃癌下调基因组。采用抑制消减杂交技术，建立5人份正常胃粘膜mRNA抑制消减杂交胃癌mRNA的差异表达文库，用聚合酶链反应及差异表达克隆菌转膜反向杂交判定其消减效率。随机挑选阳性克隆测序，寻找胃癌下调新基因，并经逆转录-聚合酶链反应证实。结果 筛选到60个胃癌下调基因，其中包括抑癌基因，凋亡相关基因，DNA复制、转录、翻译相关基因，细胞周期相关基因，细胞迁移相关基因等。克隆到两个胃癌下调的新基因片段。结论 得到60个胃癌下调基因，它们共同作用与胃癌的发生、发展、转移密切相关。成功建立了用于筛选胃癌下调新基因的抑制消减杂交cDNA文库，发现了两个新的胃癌下调基因片段．     

胃癌相关新基因GDDR的研究

目的 明确胃癌下调全长新基因GDDR cDNA的特性、GDDR染色体DNA的结构及其基因调控区,判断其转录因子及结合部位,探讨GDDR的功能作用。方法 地高辛标记行GDDR mRNA的胃黏膜原位杂交定位,多种组织cDNA文库中扩增GDDR的表达;分析GDDR基因结构、染色体定位;研究GDDR基因DNA 5’侧翼区调控GDDR cDNA的启动子区和转录因子及其结合部位。观察GDDR对胃癌7901细胞系的影响。结果 GDDR位于正常胃黏膜上皮细胞胞内,GDDR仅在胃组织中表达;GDDR的基因组DNA总长7739bp,启动子在转录起始位点的 96bp,和-419bp;GDDR与胃组织特异、胃癌相关基因CA11在染色体DNA相差仅仅21701bp,即均位于2pl 3．3,其基因组DNA结构与cDNA结构极为相似,但其调控区序列不同,转录因子及其结合部位区别较大。编码蛋白前有一跨膜肽区结构的GDDR,与分泌蛋白CA11为同源蛋白,均为新的BRICHOS家族成员。生长曲线及MTT检测均表明,GDDR显著抑制胃癌7901细胞的生长。结论 具有胃组织特异性的胃癌下调全长新基因GDDR位于正常胃黏膜细胞,能显著抑制胃癌细胞的生长,是人类除CA11外又一与胃癌相关的新基因。     

肾癌组织消减文库的构建与肾癌特异表达基因克隆

目的 构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库,从文中克隆鉴定出肾癌特异性表达的基因奠定基础。方法 应用抑制性消减杂交技术,分别从肾癌及正常肾组织中提取poly(A) RNA;依次合成单链及双链cDNA,分别与2种不同的接头衔接,再与正常肾cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性PCR;将产物T／A载体连接接构建成功cDNA消减文库。结果 构成功具有高消减效率的人肾癌组织cDNA消减文库,文库扩增后得到350个阳性克隆,其中95％克隆均含50－400bp插入片段。结论 应用抑制性消减杂交技术所构建的人肾癌组织cDNA消减文库为进一步大批量筛选、克隆肾癌特异性表达的基因奠定了基础。     

肾癌抑制性消减杂交文库的构建及意义

目的　应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织间差异表达的cDNA组成的消减文库。　方法　分别从肾癌组织和正常肾组织提取polyA RNA ,合成双链cDNA ,经RsaI酶切后将肾癌cDNA分为两组并加上不同的DNA接头 ,再与过量正常肾组织cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR ,PCR产物与T/A载体连接并转化大肠杆菌构建成cDNA消减文库 ,文库扩增后随机挑取克隆进行酶切、测序及同源性分析。　结果　文库共包含 4 14个阳性克隆 ,随机挑取 2 6 5个阳性克隆提取质粒并酶切分析 ,其中 2 4 6个克隆有插入片段。将其中 4 0个克隆进行测序 ,表明 1个克隆为新基因片段 ,其余 39个源于 35个已知基因。　结论　该消减杂交文库质量可靠 ,它的成功构建为进一步筛选、克隆肾癌差异表达基因提供了依据     

膀胱癌患者尿脱落细胞抑制消减文库的构建及差异基因的初步筛选

目的 应用抑制性消减杂交方法 筛选膀胱移行细胞癌患者与正常人尿脱落细胞差异表达基因.方法 分离膀胱移行细胞癌患者与正常人尿液中总mRNA,用SMART技术反转录成cDNA,经过酶切、接头连接、两轮消减杂交及两轮抑制性PCR,使得差异表达的DNA片段得以富集.PCR产物与T/A载体连接并转化大肠杆菌XL-blue构建差异表达基因的cDNA消减文库.文库扩增后随机挑取克隆进行酶切、测序及同源性分析.结果 PCR鉴定有317个克隆载有主要在200～900bp之间呈随机分布的插入片段,片段插入率达93.2%,证实建库成功.对20个质粒测序结果 经同源性比对分析,其中20个片段源于17个已知基因,1个克隆在GenBank中未检索到与其有相似性的基因序列,表明它们可能为BTCC差异表达的新基因.结论 该消减杂交文库质量町靠,它的成功构建为进一步筛选、克隆膀胱肿瘤差异表达基因提供了依据.也为膀胱肿瘤诊断基因芯片的研究与开发奠定了基础.     

转化生长因子β_1刺激肝星状细胞差异表达下调基因筛选

目的筛选并克隆转化生长因子β1(TGF-β1)刺激肝星状细胞差异表达下调基因,阐明TGF-β1导致肝纤维化的分子生物学机制。方法以TGF-β1及磷酸盐缓冲液分别刺激大鼠肝星状细胞(即实验组和对照组),提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将对照组细胞cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与实验组细胞cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性PCR扩增,将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠埃希菌进行文库扩增,随机挑选克隆经PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果成功构建了TGF-β1刺激肝星状细胞差异表达基因的cDNA消减文库。文库扩增后得到98个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段。选取含有插入片段的35个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得了19种已知基因序列和2个未知功能基因。结论应用抑制性消减杂交技术成功构建了TGF-β1刺激的肝星状细胞差异表达基因的cDNA消减文库,为进一步阐明TGF-β1参与肝纤维化的分子生物学机制提供了理论依据。     

应用抑制性消减杂交方法构建斑秃毛乳头差异表达基因文库

目的：构建斑秃区与正常毛囊毛乳头细胞（DPC）差异表达的cDNA正向和反向消减杂交文库，为从中克隆鉴定出斑秃特异性表达和生长期DPC特异性表达的基因奠定基础。方法：应用抑制性消减杂交技术，分别从斑秃区DPC及正常头皮DPC提取总mRNA；依次合成单链及双链cDNA，分别与2种不同的接头连接，再进行正向和反向的2次消减杂交及2次抑制性PCR，将产物与T／A载体连接构建cDNA消减文库。结论：构建成功具有高消减效率的斑秃区及正常头皮DPC cDNA消减文库，文库扩增后得到120个阳性克隆，其中90个克隆含有100－500bp插入片段，结论：应用抑制性消减杂交技术所构建的斑秃区及正常头皮DPC cDNA消减文库，为进一步批量筛选，克隆斑秃区及正常头皮DPC特异性表达的基因奠定了基础。     

胃、十二指肠

蛋白激酶B抑制剂增强胃癌细胞对足叶乙甙敏感性的研究；比较基因组杂交研究原发性胃癌的遗传学变异；联合多种高通量表达谱数据分析筛选胃癌相关基因；一个低丰度表达胃癌下调新基因的克隆及意义；胃癌肝转移31例外科治疗体会.     

用SSH方法构建BTCC患者尿脱落细胞差异表达基因的cDNA消减文库

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)方法构建膀胱移行细胞癌(BTCC)患者与正常人尿脱落细胞差异表达基因cDNA消减文库。方法:分别从BTCC患者与正常人尿液中提取总mRNA,用SMART技术反转录成cDNA,经过HaeⅢ酶切后将BTCC尿脱落细胞cDNA分为两组并接上接头,再与过量正常膀胱尿脱落细胞cD-NA进行两轮消减杂交及两轮抑制性聚合酶链反应(PCR),使得差异表达的DNA片段得以富集。PCR产物与T/A载体连接并转化大肠杆菌JM109构建成差异表达基因的cDNA消减文库。文库扩增后,随机挑取克隆进行酶切、测序及同源性分析。结果:PCR鉴定有317个克隆载有主要在200～900bp之间呈随机分布的插入片段,片段插入率达82.6%,证实建库成功。对20个质粒测序结果经同源性比对分析,其中20个片段源于17个已知基因,1个克隆在GenBank中未检索到与其有相似性的基因序列,表明它们可能为BTCC差异表达的新基因。结论:该消减杂交文库质量可靠,其成功构建为进一步筛选、克隆BTCC差异表达基因提供了依据。     

胃癌组织中p27基因甲基化改变及其与胃癌生物学特性的关系

目的 检测胃癌组织中p27基因的5'CpG岛甲基化状态,并探讨p27基因甲基化状态与胃癌生物学特性的关系。方法 利用甲基化特异性PCR测定49例胃癌组织,20例癌旁组织以及10例正常胃黏膜组织中p27基因的甲基化状态。结果 胃癌组p27基因甲基化率为49％,癌旁组p27基因甲基化率为25％,正常胃黏膜组p27基因甲基化率为0。胃癌组p27基因甲基化率明显高于正常胃黏膜组(P＜0.05);淋巴结转移组p27基因甲基化率为61％,显著高于无淋巴转移组的28％(P＜0.05)。P27基因甲基化率与患者年龄、性别、肿瘤组织大小、部位无关(P＞0.05)。结论 p27基因甲基化可能导致p27mRNA的失转录,并与胃癌的发生、转移相关。     

胃癌和癌旁黏膜与距癌远端切缘胃黏膜基因表达谱差异的研究

目的用基因芯片技术研究胃癌 （T）和癌旁黏膜 （P）与距癌远端切缘胃黏膜 （C）基因表达谱差异,筛选与早期癌变相关的基因.方法利用国际学术界公认的标准化 Affymetrix公司生产的 U133A基因芯片分别检测 T和 P及 C基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 （1）T与 C比较差异 4倍以上共有 766个基因,其中表达上调 [信号比的对数值 （SLR）〉2]有 530个,表达下调 （SLR〈- 2）有 236个;（2）P与 C比较差异 4倍以上共有 64个基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 50个,表达下调 （SLR〈- 2）有 14 个;（3）T和 P同时与 C比较 （T、 P两者之一差异 4倍以上 ）共有 143个相同的基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 108个,表达下调 （SLR〈- 2）有 35个.结论癌旁黏膜在基因表达水平上显示 143个基因与胃癌表达的基因相同,提示这些基因可能与早期胃癌癌变的启动和演化有关.     

凋亡相关基因survivin、caspase-3及cyclin-B1在胃癌发生、发展中的作用

目的 检测凋亡相关基因survivin、caspase-3和cyclin—B1在胃癌组织中的表达，探讨其表达在胃癌发生、发展中的作用。方法 采用RT—PCR方法检测survivin mRNA、caspase-3 mRNA和cyclin-B1 mRNA在30例胃癌组织、10例癌旁正常胃组织标本中的表达。结果 30例胃癌组织中有20例survivin mRNA阳性表达，10例正常胃组织中无survivin mRNA表达；30例胃癌组织和10例正常胃组织中均有caspase-3 mRNA和cyclin—B1 mRNA阳性表达；20例survivin mRNA阳性表达的胃癌组织中caspase-3 mRNA和cyclin-B1 mRNA表达水平明显低于lo例survivin mRNA阴性表达的胃癌组织（P〈0．01）和正常胃组织（P〈0．01）；10例survivin mRNA阴性表达的胃癌组织caspase-3 mRNA和cyclin—B1 mRNA表达水平亦明显低于10例正常胃组织（P〈0．01）。相关性分析表明，survivin的表达与caspase-3（r=-0．923，P〈0．01）和cyclin-B1（r=0．886，P〈0．01）表达呈负相关，caspase-3的表达与cyclin-B1表达呈正相关（r=0．892，p〈-0．01）。结论survivin促进胃癌发生、发展，caspase-3和cyclin-B1抑制胃癌发生、发展。     

人胶质源性神经生长因子真核表达载体构建及在大鼠脊髓组织中的表达

目的探索人胶质源性神经生长因子（human glial derived neurotrophic factor,hGDNF）真核表达载体,体内直接转染SD大鼠脊髓组织治疗急性脊髓损伤（spinal cord injury,SCI）的可能性。方法基因重组和限制性内切酶酶切构建真核表达载体pcDNA3-hGDNF,经脂质体DOTAP介导质粒转染SD大鼠脊髓组织,作为实验组;对照组大鼠直接注射空载体脂质体混合物。14d后取材,RT-PCR及Western blot检测hGDNF mRNA及蛋白表达。结果重组真核表达载体pcDNA3-hGDNF经限制性内切酶Hind III和Xba-酶切后,电泳显示400bp hGDNF目的片段和5400bp pcDNA3载体片段。转染大鼠脊髓组织后14d,RT-PCR检测出目的基因mRNA,Western blot检测出hGDNF的蛋白表达。结论构建的真核表达载体pcDNA3-hGDNF能在转染的大鼠脊髓组织中表达,可为基因治疗修复急性SCI奠定基础。 14 胚胎干细胞移植修复脊髓损伤的实验研究 目的观察胚胎干细胞（embryonic stem cell,ES）诱导的神经前体细胞移植,对小鼠脊髓损伤神经功能恢复的影响。方法取由上海市发育生物学重点实验室提供的ES进行细胞培养和体外诱导,收集ES衍生细胞。并进行RT-PCR检测。将50只C57/BL6J小鼠制备为T9、10脊髓半横断模型,将存活的28只小鼠随机分为三组。假手术组（A组）：9只,未作任何处理;手术/细胞组（B组）：10只,于距损伤区域以远约1cm的椎管内注射2~3μl制备的ES衍生细胞,总细胞数为9×105个;手术/DMEM组（C组）：9只,按B组方法注射2~3μl DMEM。术后1、2、4、6和8周采用BBB后肢功能评分观察小鼠神经功能恢复情况,取损伤脊髓进行X-gal染色和免疫组织化学染色观察。结果ES经体外诱导培养,呈圆形或椭圆形小集落生长,有1个或多个核仁。RT-PCR检测,ES细胞诱导后表达巢蛋白及微管相关蛋白,但未表达胶质纤维酸性蛋白。小鼠实验,BBB后肢功能评分显示术后各时间点A组与B、C组比较,差异均有统计学意义（P〈0.01）。B组与C组比较,1、2和4周时,差异有统计学意义（P〈0.01）;6、8周时,组间差异无统计学意义（P〉0.05）。X-gal染色观察,B组呈阳性染色,A、C组均为阴性。免疫组织化学染色观察,B组在损伤脊髓部位,表达兔抗神经微丝蛋白,未表达胶质纤维酸性蛋白。结论将ES培养诱导分化为神经前体细胞移植后,能够存活、迁移,并分化为神经元,但未明显改善神经功能。     

用基因芯片筛选胃黏膜癌变相关基因

目的 用基因芯片技术筛选与胃黏膜癌变相关的基因。方法 利用Affymetrix公司生产的U133A基因芯片，对癌旁黏膜和切缘正常胃黏膜基因表达谱进行检测，并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果 （1）癌旁黏膜与正常胃黏膜比较差异3倍以上共有150个基因，其中表达上调[SLR（信号比的对数值）〉1．5]有130个，表达下调（SLR〈-1．5）有20个。从表达差异的基因功能分类看，以酶和酶调控子活性改变最多（28，占18．7％）；其次是与核酸结合活性相关基因（17，占11．3％）；第三是与信号传导活性相关基因（15，占10％）；第四是与蛋白结合活性相关基因（13，占8．7％）。除了40个功能未知的基因占总数26．7％外，以上4大类共占基因总数的48．7％。（2）癌旁黏膜（P）和胃癌（T）同时与正常胃黏膜比较，有71个相同的基因表达差异。其中表达上调（癌旁上皮SLR〉1．5）有61个，表达下调（癌旁上皮SLR〈-1．5）有10个。71个同时出现癌旁黏膜和胃癌的基因在染色体定位，发现19号染色体异常基因最多有11个；其次是1、2、16、17号染色体，分别是6个；5、14、22号和Y染色体未发现异常的基因。结论 71个癌旁黏膜与胃癌同时出现、表达相同的基因可能与早期胃癌的演化有关。酶和酶调控子活性、核酸结合活性、信号传导活性和蛋白结合活性4大类相关基因是研究胃癌发生的重要基因。19号染色体及1、2、16、17号染色体是研究胃癌发生的重要基因位点。     

人类新的肝癌高表达基因HCCA3的克隆、鉴定及其临床病理学意义

目的 克隆新的肝癌相关基因并探索其在肝癌发生发展中的作用机制。方法 采用mRNA差异显示技术，分析肝癌和癌旁组织差异表达基因谱，获得的差异表达基因片断作为探针，筛选胎盘cDNA文库，以获得全长cDNA序列。通过Northern印迹杂交的方法，分析所获得的新基因在42例肝癌组织中的表达情况，并分析其临床和病理学意义。结果 克隆了一个新的肝癌相关基因，命名为HCCA3，该基因的全长cDNA 1706 bp，编码一个264个氨基酸的蛋白质，在人类肝癌中广泛表达(78．6％，33／42)，并与肝癌的浸润转移密切相关。结论 HCCA43是一个新的人类基因，在肝癌中的异常高表达可能对肝癌的发生发展具有重要的促进作用。     

中国人肠道产甲酸草酸杆菌oxc基因的克隆及其在真核细胞中的表达

目的 观察中国人肠道产甲酸草酸杆菌(Ox.F)草酰辅酶A脱羧酶基因(oxc)的分离、克隆及其在293细胞中的表达.方法 提取中国人肠道Ox.F的基因组DNA,PCR扩增oxc基因片段并克隆入真核表达载体pEGFP-C1,通过限制性内切酶酶切电泳和测序鉴定基因片段.将重组质粒脂质体转染至293细胞,利用RT-PCR和Western blot分别从mRNA和蛋白水平检测oxc基因在真核细胞中的表达.结果 中国人肠道产甲酸草酸杆菌oxc基因全长1707 bp,与Gene Bank中的序列比较,碱基序列的同源性为93.61%,氨基酸残基序列的同源性为97.18%.重组质粒转染293细胞后24～48 h,可观察到明亮的绿色荧光,从mRNA和蛋白水平上可以检测到oxc基因在真核细胞中的表达.结论 中国人肠道产甲酸草酸杆菌中可以分离出oxc基因;中国人肠道产甲酸草酸杆菌oxc基因存在一定的变异;oxc基因可在真核细胞293细胞中表达.     

三磷酸腺苷结合转运蛋白G超家族成员2基因在胃癌组织中的表达及意义

目的探讨三磷酸腺苷结合转运蛋白G超家族成员2（ABCG2）在胃癌组织中的表达及意义。方法采用免疫组织化学（免疫组化）方法（IHC染色）检测ABCG2在45例手术切除胃癌组织和30例正常胃黏膜中的表达情况：应用RT—PCR和实时定量PCR检测30例胃癌患者的癌组织及胃切缘正常胃黏膜ABCG2的mRNA表达。结果ABCG2在胃癌原发灶组织中有较高程度的表达．其阳性率为62．2％；而30例正常胃黏膜中的阳性表达率为6．7％；两者比较P〈0.05。ABCG2在低分化腺癌中的表达高于中-高分化腺癌（P〈0.05）；胃癌组织中ABCG2mRNA水平的表达明显高于胃正常黏膜（P〈0.05）．与免疫组化结果一致。结论ABCG2在胃癌组织中过度表达．其可能在某种程度上参与了胃癌的发生和发展，可以作为胃癌肿瘤干细胞研究的重要分子。