HLAⅠ、Ⅱ类抗原的组织配型基因芯片的建立及应用

目的应用基因芯片技术进行北方汉族人群HLAⅠ、Ⅱ类抗原中分辨度分型研究,建立稳定的HLA检测芯片。方法采用寡核苷酸芯片分型方法,选择了中国人群基因频率较高的等位基因,同时考虑遗传的连锁不平衡,根据HLA-A、HLA-B、HLA-DR、HLA-DQB、HLA-DQA不同基因亚型的独特序列,完成了探针的设计与筛选,共设计了213条探针(HLA-A 56条,HLA-B 66条,HLA-DQA 22条,HLA-DQB 38条,HLA-DR 31条)制成基因分型芯片。采用带荧光标记的引物,用合适的PCR方法扩增HLAⅠ、Ⅱ类抗原上的多态性区域,产物与芯片上探针杂交。杂交结果经荧光扫描并用特定软件分析判断,以此确定样品基因型。结果所有样本的HLAⅠ、Ⅱ类抗原基因分型均获成功。此中分辨度探针可分出598个Ⅰ类抗原等位基因,511个Ⅰ类抗原等位基因,可检出Ⅰ类抗原特异性57个,Ⅱ类抗原特异性30个。结论基因芯片用于HLAⅠ、Ⅱ类抗原分型可行。其分辨率高、特异性强,可用于HLA基因分型、骨髓移植、器官移植的HLA配型、与HLA有密切关系的遗传性疾病的人群筛查。     

HLAⅠ类抗原的基因芯片分型技术研究

目的：采用DNA芯片技术进行汉族人群HLAⅠ类抗原A、B位点的DNA分型研究，并实现将A、B位点的DNA分型集中于一张芯片上，同时完成。方法：根据HLAⅠ类抗原A、B位点不同基因亚型的独特序列设计探针，制成分型芯片；待检测样品经PER反应标记上荧光之后，与探针在芯片上进行杂交，通过对杂交产生的荧光信号值进行分析，确定样品的HLA-A、B基因亚型。将这一方法应用于220份样本的HLAⅠ类DNA分型并将部分样品进行基因测序。结果：所有样本的HLAⅠ类基因芯片分型均获得成功，无假阳性和假阴性出现，80份样本的重复率为100％，总耗时2．5h。分型结果经双盲验证完全符合。可准确分辨出A位点等位基因20个，B位点等位基因41个，实际检出汉族人群A抗原特异性13个、B抗原特异性32个。结论：基因芯片用于HLAⅠ类A、B分型技术可行，其分辨率高、特异性强、重复性好、操作简便快速、结果直观，可以在一张芯片上同时检测HLA-A、B位点，并实现一张芯片多人份，适合于临床应用。     

HLA-DR位点的基因芯片分型与临床应用

目的：建立一种新型的HLA－DR位点的基因分型方法，为HLA－DR的基因分型提供一个较新的思路。方法：利用基因芯片技术HLA不同基因亚型的独特序列设计探讨，制成分型芯片；待检测样品经PCR反应标记上荧光之后，与芯片进行杂交，根据杂交产生的荧光信号值分析确定样品DR位点的基因亚型，将这一方法应用于70份标准DNA和200份医院移植供受者的HLA－DR基因分型并将部分样品进行基因测序。结果：检测结果表明HLA－DR基因分型芯片可准确分辨出DR位点等位基因30大类，耗时3h 。结论：基因芯片用HLA－DR的基因分型，分辨率高，特异性强，重复性好，操作简便，对比常规的PCR－SSP和PCR－SSO方法，HLA－DR基因芯片方法更为直观，并具有集成化优势。可以在一张芯片上同时检测HLAⅠ类的A、B位点，并实现一张芯片多人份，适合于临床应用和骨髓库，脐血库的建立。     

血小板特异性抗体及HLA抗体引起血小板输注无效的研究

目的分析血小板输注无效（PTR）患者血小板同种抗体,并对其HPA及HLA-Ⅰ类抗原进行基因分型,探讨血小板输注无效与血小板同种抗原／HLA—Ⅰ类抗原相关性。方法应用ELISA方法对17例血小板输注无效患者血清中的血小板抗体进行检测;运用PCR—SSP方法,采用HPA分型试剂盒检测血小板同种抗原7个抗原系统HPA-1、2、3、4、5、6、15,以及HLA分型试剂盒对HLA—A／B抗原进行基因分型。结果6名患者单独表达HLA抗体,4名患者表达血小板特异性糖蛋白抗体,3例HLA抗体和血小板特异性糖蛋白抗体共同表达．其中以GPⅡb／Ⅲa为主。对17例患者HPA系统和HLA-Ⅰ类抗原基因分型,发现HPA-3系统中a的基因频率高达0．676,b为0．324;HLA—A＊02、HLA—A＊24、HLA—A＊11和HLA—B＊60、HLA—B＊13、HLA—B＊46多见。结论HLA抗体和血小板特异性糖蛋白抗体表达引起血小板输注无效,了解胛R与HPA／HLA—Ⅰ类抗原的相关性对指导临床血小板配合性输注具有重要意义。     

自行构建人类白细胞抗原DQA1位点基因分型寡核苷酸芯片性能评价:100例样本与PCR-SSP法的比较

背景:人类白细胞抗原等位基因分型对器官移植和法医鉴定等有重要意义。目前的分型方法难以实现高通量和集成化,准确性和重复性也不理想。目的:比较自行构建的寡核苷酸芯片与序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCR-SSP)两种方法用于人类白细胞抗原DQA1基因分型的结果,以评价寡核苷酸芯片的性能。方法:纳入2006-01/2009-03于中国医科大学附属第一医院血液科门诊就诊的患者100例。分别用等位基因特异的PCR-SSP和自行构建的寡核苷酸芯片对患者的人类白细胞抗原DQA1进行分型。寡核苷酸芯片分型采用荧光标记的组间特异性引物扩增基因组DNA,扩增后的产物与分型芯片的探针杂交,由杂交产生的荧光信号确定人类白细胞抗原DQA1位点基因型。比较两种方法分型所获得的结果,不吻合的样本经第三方测序验证。结果与结论:100例临床样本经寡核苷酸芯片和PCR-SSP分型全部成功。分型结果的吻合率为94%。不吻合样本6例,其中4例PCR-SSP定型为杂合子,芯片分型全部为纯合子。经第三方验证,证实芯片的分型全部正确。另外2例不吻合的样本经测序,证实SSP分型错误1例,芯片分型错误1例。芯片的重复率为95%。说明自行构建的寡核苷酸芯片的特异性和灵敏度都能满足基因分型的需要,且稳定性较好。     

HIV感染与HLAⅠ类基因相关性的研究

目的　研究HIV感染与HLAⅠ类基因相关性 ,分析HLAⅠ类基因与HIV易感性及HIV感染者疾病进程的关系。方法　应用聚合酶链反应 序列特异性引物技术 (PCR SSP)检测 2 9例HIV感染者HLAⅠ类等位基因的特异性 ,从而确定HIV感染者的HLA分型。结果　在 2 9例HIV感染者中 ,HLA B35的等位基因频率较对照组明显增高 (B35 :Pc<0 .0 5 ,RR =5 .83)。结论　HIV感染者HLA B35的等位基因频率明显高于正常人 ,可能与HIV感染的易感性有关。     

沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究

目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应．寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个，B位点43个，Cw位点23个；所有位点的等位基因频率分布符合Hardy—Weinberg平衡。结论从基因水平分析了HLA Ⅰ类基因的群体分布特征，提供了沈阳汉族群体HLA Ⅰ类基因座更准确的基因频率。     

人类白细胞抗原-A基因芯片分型研究

目的 探索人类白细胞抗原-A（HLA-A）基因芯片分型，为器官移植临床配型服务。方法 根据中国汉族南方人常见的HLA-A位点基因及其多态性的独特序列，设计并合成48条特异性的寡核苷酸分型探针，将其点在玻片上，制成芯片。基因组DNA通过组间特异性引物扩增，并用荧光素Cy5标记。标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交，通过荧光扫描仪获得杂交产生的荧光信号值，再经过计算机软件自动分析，确定样品的HLA-A基因亚型。用该方法对120份样本进行HLA-A基因分型。结果 120份待检样本，其中6份因PER无产物，不能分型。1份信号杂乱，不能分型。其余113份样本分型成功。实际检出A抗原特异性结果为A2（含A203）：56；A11（含A1101）：52；A24：33；Al：8；A30（含A3001）：7；A33：21；A26：1；A29：2；A31：3；A68：2；A3：9；A32：1。未检出A＊3002基因型。整个检测耗时约4．5h。芯片检测的重复率为100％。结论 HLA-A基因芯片是一种理想的分型方法，具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点，适合临床器官移植配型应用。     

基因芯片法特异性检测丙型肝炎病毒的基因分型

目的：采用基因芯片特异性检测血清中丙型肝炎病毒（HCV）并进行基因分型。方法：设计HCV基因型特异探针，将其固定在玻璃片上制成微阵列芯片。阳性组血清60份，阴性组血清15份，乙型肝炎血清5份（抗HCV阴性）。经核酸提取，多聚酶链式反应（PCR）扩增，与芯片上的探针杂交，最后分析结果并与测序分型结果比较。结果：阳性组血清全部检测到HCV-RNA，均有基因芯片分型结果。基因芯片分型结果与测序分型结果一致者56例。阴性组血清HCV-RNA全部阴性。乙型肝炎血清全部阴性。结论：基因芯片可准确对HCV感染血清做定性检测并同时检测HCV基因型，简便快捷，特异性好，并且不需荧光标记和昂贵的荧光扫描仪器，与乙型肝炎血清无交叉反应。可替代基因测序分型，适于临床大量样品的检测。     

一种新的HLA分型方法的介绍

<正>人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)是由Dausset在1958年首先发现,HLA基因位于人类第6号染色体短臂6p21.31区域,全长3 600 kb,占人类基因组的1/3 000,分为HLA-Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类基因。HLA是人类主要组织相容性复合物抗原,经典的HLA-Ⅰ、Ⅱ基因包含三个主要位点(HLA-Ⅰ:A、B、C;HLA-Ⅱ:DP、DQ、DR),并具有高度的多态性~([1])。     

浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的多态性分析

目的探讨浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的多态性分布情况。方法KIR3DL2等位基因分型采用聚合酶链反应寡核苷酸探针杂交方法，利用引物特异性扩增KIR3DL2基因的两个片段，合成21条探针检测KIR3DL2基因的多态性位点，根据探针的格局判断出样本的KIR3DL2等位基因情况。结果样本中共发现17种探针格局，检测到7种等位基因，其中KIR3DL2＊002等位基因占57％。1例样本无法用现有等位基因探针格局进行分析。结论聚合酶链反应寡核苷酸探针杂交方法可有效检测KIR3DL2等位基因，浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的分布有其特点。     

基因芯片技术在乙型肝炎病毒基因分型检测中的应用探讨

目的探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性.方法查阅国际上主要的乙型肝炎病毒(HBV)基因分型诊断标准和现行技术,通过将基因芯片技术与目前用于HBV基因分型的技术方法进行对比,探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性.结果HBV的基因分型,既可通过全基因序列比对,也可通过片段基因序列比对,片段基因序列比对是实际工作中HBV基因分型的主要方法,现有报道的技术主要为型特异引物(SSP)PCR扩增法和PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法.基因芯片技术具有高敏感、高通量和能够平行检测DNA类型等特点,技术类型属于PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法.尚未见有应用基因芯片技术进行HBV基因分型检测的报道.结论借鉴现有的PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法,如微板核酸杂交-ELISA显色技术,理论上利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断的方法是完全可能的,并且具有高效、快速和廉价等特点.     

序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本HLA-B基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列最相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸。将其序列提交国际基因数据库及IMGT/HLA 数据库,证实该HLA等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46 (HM989018)。     

国产HLA-DRB基因分型检测芯片应用体会

目前,国内HLA基因分型大多采用聚合酶反应一序列特异引物技术(PCR-SSP)或序列特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSO）,使用的试剂也大都是进口。国产HLA试剂的开发,将大大降低移植配型技术的成本,给患者带来福音。我们应用上海博星基因芯片有限责任公司研制的国产HLA-DRB基因分型检测芯片,对临床移植配型的患者进行HLA-DRB基因分型。     

中国甘肃地区汉族白血病易感性与HLA-Ⅰ类抗原之间的相关性

目的：探讨中国甘肃地区汉族白血病易感性与HLA-Ⅰ抗原之间的相关性，找出白血病的易感基因。方法：采用特异性寡核苷酸探针杂交(PCR/SSO)法，初步对43名白血病病人和66名健康对照进行了HEA-Ⅰ抗原分型。结果：经过SSPS10．0统计软件分析，中国甘肃地区汉族白血病患者HLA-A’01和HLA-A‘11基因的统计结果分别为x^2=6．350，P=0．028、X^2=5．574，P=0．018。显示相关性。结论：中国甘肃地区汉族人群中HLA-A01和HLA-A’11与白血病有相关性。     

人类白细胞抗原HLA-B/DR座位间基因重组一家系

目的 了解一家系人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)复合体HLA-B/DR座位间的基因重组.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例急性淋巴细胞白血病患者(男,16岁)及其父母和3个姐姐的外周血标本,首先对其HLA Ⅰ、Ⅱ类A、B、DRB13个位点采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide,PCR-SSO)和聚合酶链反应-序列特异性引物技术(polymerase chain reaction sequence specific primer,PCR-SSP)进行低分辨基因分型,然后用基于测序的分型方法(sequencing-based typing,SBT)进行高分辨基因分型,再进行遗传家系分析研究,确定HLA基因重组相关位点.结果 HLA高分辨基因分型的结果证实患者的2条单倍型分别为A*3101-B*1301-DRB1*0701和A*3303-B*4403-DRB1*1302;其父亲的2条单倍型为A*3001-B*1302-DRB1*0701和A*3101-B*1301-DRB1*1501.从遗传家系分析显示,患者所携有的父源A*3101-B*1301单倍体是源自父亲的1条染色单体,而DRB1*0701则源自父亲的另1条染色单体,这表明父亲的2条染色单体在减数分裂时HLA-B和-DRB1基因座位间发生了交换,重组后的单倍型又完整地遗传给了患者.结论 发现了1个中国汉族人群HLA-B/DR基因座位间的基因重组家系.     

乙肝病毒相关性肾炎的HLA基因频率分布

目的探讨乙肝病毒相关性肾炎（HBV-GN）与人类白细胞抗原（HLA）基因系统的相关性。方法应用国际通用的HLA标准微量淋巴细胞毒方法检测HBV-GN患者的HLA-Ⅰ类抗原;利用聚和酶链反应-序列特异性引物技术（PCR-SSP）进行HLA-Ⅱ类基因分型,并与正常人进行比较。结果1.发现HBV-GN患者HLA-A3、A10抗原频率高于正常对照组（A3Pc<0.01,RR=16.33;A10Pc<0.01,RR=10.76）。2.HLA-DRB1*03基因频率在HBV-GN患者组较正常对照组明显增高（DRB1*03Pc<0.01,RR=12.90）,而HLA-DQB1*03基因频率较正常对照组明显降低（DQB1*03Pc<0.001,RR=0.12）。结论提示乙肝病毒相关性肾炎与HLA-A3、A10、DRB1*03正相关,与HLA-DQB1*03负相关。     

HLA遗传易感性在病毒致癌中的作用北大核心

HLA复合体是一组与免疫应答密切相关、高度多态且紧密连锁的基因群,包括HLA-Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类基因区。HLA-Ⅰ类分子可通过向CTL提呈内源性抗原肽激活细胞毒作用,从而清除受感染细胞。HLA-Ⅱ类基因,包括HLA-DP、HLA-DQ和HLA-DR,可编码与外源性抗原肽结合的HLA-Ⅱ类分子,并将抗原肽提呈给CD4+T细胞,进而触发信号级联反应;HLA-Ⅲ类基因包括补体基因C2、B、C4及参与炎症反应的TNF-α、热休克蛋白、淋巴毒素α和淋巴毒素β等基因,多与炎症反应相关。HLA转录调控区的某些功能性单核苷酸多态性基因型可能通过结合转录因子影响HLA的表达,进而改变免疫反应/炎症反应的强度,导致病毒感染慢性化并迁延慢性非可控炎症,最终促进癌症的进化发育,其中HLA-Ⅱ类抗原发挥关键作用。文章总结了HLA遗传易感性在病毒感染相关肿瘤中作用的最新研究成果,并探讨了其可能的机制,以期为恶性肿瘤的个体化预防和免疫治疗方案制定提供参考。     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

HLA-DQB1等位基因与高血压病的相关性研究

高血压病属于多基因疾病，遗传度达62％，但遗传机制尚不清楚。国外许多血清学或基因相关性研究、连锁分析均显示HLA抗原特异性或等位基因与高血压病的易感性相关，但存在种族特异性。本文采用PCR—SSP基因分型技术对云南汉族健康者91人和高血压病患者83人进行了HLA—DQB1等位基因分型，并进行了遗传相关分析，报道如下。