宏基因组学二代测序技术对尿路结石继发感染的诊断价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)技术在尿路结石继发感染病原诊断中的价值。方法回顾性选取2021年9月至2022年5月浙江省桐庐县第一人民医院收治的110例尿路结石患者, 分别采用尿细菌培养和mNGS技术检测患者尿液样本。以尿细菌培养结果作为"金标准", 分析mNGS在尿路结石继发感染诊断中的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、Kappa一致性。结果尿细菌培养检出阳性35例, 阴性75例;mNGS检出阳性39例, 阴性71例。以尿细菌培养作为"金标准", mNGS技术在尿路结石继发感染诊断中的特异度为89.3%, 灵敏度为88.6%, 阳性预测值为79.5%, 阴性预测值为94.4%, Kappa一致性系数为0.756。与尿细菌培养相比, mNGS技术对大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、粪肠球菌检出的Kappa一致性系数分别为0.703、0.735和0.769。结论 mNGS技术可提高尿路结石继发感染的病原菌检出率, 且与尿细菌培养检出结果的一致性较高。     

宏基因组学技术在女性生殖道疾病中应用的研究进展

近年来, 许多研究发现阴道微生物群与女性生殖道疾病息息相关。但是, 传统微生物培养技术存在培养周期长、大多数微生物无法培养的缺陷, 宏基因组学技术的发展打破了培养技术的局限性, 以高通量、耗时短、能鉴定微生物种群结构和基因功能等特点逐渐应用于阴道微生物研究, 并为阐明阴道微生物群与女性生殖道疾病之间的关系提供了技术支撑。本文主要介绍目前常用的宏基因组学技术及其在预防、筛查和诊断女性常见生殖道疾病中的应用, 同时讨论其广阔的发展前景和有待克服的局限性。     

宏基因组二代测序技术在单纯疱疹肺炎混合感染患者中的应用

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在单纯疱疹肺炎混合感染患者中的应用价值。方法回顾性分析扬州大学附属医院2018年6月至2021年1月行肺泡灌洗液传统病原检测和mNGS检测的肺炎患者的临床资料, 包括患者一般资料、mNGS检测结果、细菌培养结果等信息, 评价mNGS技术对单纯疱疹肺炎混合感染诊疗的价值。结果共纳入41例mNGS检测为单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)阳性的患者, 包括4例HSV-1病原携带者和37例HSV-1感染者(12例为HSV-1单一感染, 25例为HSV-1混合感染)。男22例, 女19例, 年龄范围46～83岁, 中位年龄67岁。采用mNGS技术检测的25例HSV-1混合感染患者占比较高的病原体分别为耶氏肺孢子虫(6例, 24.0%)、鲍曼不动杆菌(4例, 16.0%)、肺炎克雷伯菌(4例, 16.0%)、烟曲霉(3例, 12.0%)。HSV-1病原携带组、HSV-1单一感染组和HSV-1混合感染组辛普森菌群多样性指数比较, 差异具有统计学意义(P<0.05)。与12例HSV-1单一感染者比较, 25例HSV-1混合感染者的体温恢复正常时间更长[(5....     

宏基因组二代测序诊断不典型狂犬病一例

狂犬病是由狂犬病病毒引起的急性神经系统感染, 病原体以犬类为主要宿主, 潜伏期长短不一, 发作早期症状常不典型, 前期诊断困难, 死亡率极高。目前早期阶段确诊病例罕见, 本文报道1例早期以四肢麻木酸痛及呕吐为主要表现, 后经宏基因组二代测序(mNGS)技术确诊为狂犬病病毒感染的病例, 希望能提高临床医生对狂犬病的认识, 早期诊断, 减少误诊率。     

脑脊液宏基因组第二代测序在艾滋病疑似中枢神经系统感染患者中的诊断效能研究

目的了解脑脊液病原宏基因组第二代测序(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)技术对艾滋病患者疑似中枢神经系统感染的诊断效能。方法收集2021年3月至2023年2月贵阳市公共卫生救治中心的100例艾滋病疑似中枢神经系统感染患者的临床资料和实验室检测结果, 同时将脑脊液样本送检mNGS和传统病原学检测, 分别计算2种检测方法的灵敏度、特异性和Youden指数等, 绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线并计算曲线下面积, 比较2种检测方法的诊断效能。结果 100例患者中68例临床最终诊断为中枢神经系统感染。mNGS诊断灵敏度为76.5%(52/68), 特异性为100.0%(32/32), Youden指数为0.765, 阳性预测值为98.1%(52/53), 阴性预测值为68.1%(32/47);传统病原学检测呈阳性, 其灵敏度为25.0%(17/68)、特异性为84.4%(27/32)、Youden指数为0.094, 阳性预测值为53.1%(17/32)、阴性预测值为34...     

出生缺陷分子诊断的现状与思考

出生缺陷是影响我国出生人口素质和威胁儿童健康的重大问题, 遗传因素是导致出生缺陷的重要原因。对于由遗传因素所致的出生缺陷, 分子诊断是其筛查、确诊与预防的关键手段。如何在临床开展大规模经济有效的分子诊断与筛查, 是我国出生缺陷防治领域的重大挑战。本文将从我国出生缺陷疾病现状、分子诊断技术在出生缺陷防控中的应用及该技术在临床推广所面临的挑战等方面展开述评, 以期为出生缺陷分子诊断的临床实践提供参考。     

耶尔森菌噬菌体基因组学研究概况

耶尔森菌噬菌体是以耶尔森菌属细菌为宿主的病毒, 不仅影响宿主菌的生存和进化, 而且在生物量循环和能量流动中发挥重要作用。至2022年11月, 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NBCI)共上传了119株耶尔森菌噬菌体完整基因组序列。不同耶尔森菌噬菌体的基因组大小和遗传内容不同, 基因组之间的相似性较低。本文综述了耶尔森菌噬菌体基因组的基本特征和基因功能, 并探讨不同种耶尔森菌噬菌体基因组间的差异, 以期为解释耶尔森菌噬菌体间基因功能差异及其遗传进化提供参考。     

山东省11株人星状病毒的全基因组序列特征分析

目的了解山东省人星状病毒(HAstV)的全基因组特征。方法收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本, 采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸, 针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析, 进行型别鉴定, 使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果共检测了667份标本, 14份为HAstV核酸阳性(2.1%), 其中HAstV-1基因型6份, MLB1基因型6份, MLB2基因型1份, VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中, 6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%～99.9%, 与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%～98.6%;4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%～99.9%, 与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%～99.4%;1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%～96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示, HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系, 且与...     

酒精性肝病诊治研究进展

几十年来, 酒精性肝病一直是全球范围内肝硬化和肝脏相关死亡的主要原因之一, 饮酒与肝病和肝硬化的发展直接相关。越来越多的研究证明肠-肝轴与酒精性肝病之间在代谢、免疫等多个方面有所关联。其中肠道微生物组影响了肝病进展的所有阶段, 因此, 基于肠道菌群的治疗有望成为肝病不同阶段治疗的新方法。阐述了酒精性肝病基于肠-肝轴的诊治研究进展。     

轮状病毒胃肠炎及其免疫预防

轮状病毒(RV)感染是目前全球婴幼儿腹泻的主要病原之一,直接导致轮状病毒胃肠炎,其危害严重、疾病负担巨大且尚无特效药物治疗。本文对RV病原学特性以及RV胃肠炎的流行特征、疾病负担和疫苗研发予以综述。通常A组RV为婴幼儿急性胃肠炎的最主要病因,各年龄段人群对RV普遍易感,其中3～24?月龄的幼儿症状最重,且RVGE流行具有季节性,并在冬季会出现发病高峰,提高RV疫苗接种率可以显著降低婴幼儿轮状病毒腹泻发病率和死亡率,减轻相应疾病负担。重点介绍了目前使用的RV疫苗及其对预防RV感染的作用,并针对RV疫苗在我国应用相关技术问题提出思考与建议,为完善我国RV疫苗免疫策略及最终将RV疫苗纳入到国家儿童免疫规划的中国特色免疫规划策略提供循证依据。     

单细胞测序技术在生殖医学中的应用及研究进展

近年来单细胞测序技术快速发展, 以所需细胞少、高通量、高灵敏度的优势, 应用于人体各组织细胞的基因组测序、转录组测序, 助力细胞间相互作用、细胞异质性的研究。在婚育观的改变、社会、环境等复杂因素的影响下, 不孕不育的发病率逐年增高, 如何保护人类生育力成为社会热点。单细胞测序技术在辅助生殖中的应用, 从基因层面、表观遗传修饰更精准地揭示了生殖细胞的发育、成熟、衰老规律, 阐释早期胚胎发育规律, 解密生殖疾病的分子调控研究机制。本文就单细胞测序技术在生殖领域的应用进展作一综述, 为进一步探索人类生殖系统发育轨迹、病理改变、分子调控机制、遗传诊断等方面提供参考。     

SMRT测序技术在6例平衡易位断裂点检测中的应用

目的探索三代单分子实时(single molecule real time, SMRT)测序技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing, PGT)领域阻止染色体平衡易位向子代传递的应用价值。方法 2021年1月至2021年6月期间在空军军医大学唐都医院妇产科生殖医学中心利用三代SMRT测序技术, 对6对夫妇中染色体平衡易位携带者的外周血全基因组进行测序, 鉴定平衡易位断裂点并构建断裂点附近的单体型, 然后通过PGT对胚胎染色体非整倍性及结构进行检测, 获得完全正常的胚胎进行移植。结果通过全基因组三代SMRT测序检测到了平衡易位断裂点并且精确到单碱基水平;6对参与实验的夫妇通过对移植前的囊胚检测, 均明确断裂点位置, 最终5对夫妇获得完全正常的胚胎。结论三代SMRT测序技术可在全基因组范围内将携带者的平衡易位断裂点精确至单碱基水平, 可应用于PGT领域阻断染色体平衡易位向子代的传递。     

质谱技术在核酸检测分析中的研究进展

质谱技术是一种基于质谱仪设备检测物质分子量的谱学技术方法。质谱类型众多、功能各异, 在各个学科领域中广泛用于科学研究与应用技术开发。近年来, 质谱技术在核酸检测分析中显现出巨大的潜力, 尤其是基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱的核酸检测分析技术, 因其快速、高通量、准确等特性而成为研究热点。采用质谱技术进行核酸研究, 突出表现在对单核苷酸多态性、基因突变、DNA甲基化及DNA拷贝数变异的检测分析。本文对质谱技术在核酸检测中的研究与应用进行阐述, 以期为基于质谱的新型核酸检测技术的开发与应用提供参考。     

肠道微生物群与早期自然流产病因相关性的研究进展

肠道微生物在维持宿主体内代谢稳态及宿主代谢性疾病发生发展过程中发挥重要作用, 其通过代谢物与宿主相互作用, 对机体代谢和免疫调节等生理病理过程产生影响。早期流产是常见妊娠并发症之一, 占所有临床妊娠的10%～15%。既往研究表明, 肠道微生物群在妊娠并发症的病理生理过程中发挥着重要的作用, 有望成为早期自然流产临床预防和治疗的新候选者。早期自然流产与肠道微生物之间的相关性得到越来越多的关注, 但肠道微生物群影响早期自然流产的机制需要进一步研究。本文综述了肠道微生物群与早期自然流产发病原因的相关性, 显示其可能通过调节人体内分泌、免疫功能、子宫环境参与了早期自然流产的发生发展, 希望能够为临床诊治及研究提供新的思路。     

男性弱精子症与肠道微生物组关联性研究

目的探究肠道微生物组与弱精子症之间的关系。方法本研究为病例对照研究, 共纳入2021年1月至2021年6月期间在沈阳菁华医院男科就诊的32例轻中度弱精子症男性(记为弱精子症组)和30名精液正常男性(记为对照组), 回顾性收集基础信息, 检测精液质量, 利用16S rDNA全长组装测序技术(16S rDNA full length assembly sequencing technology, 16S-FAST)检测粪便内肠道细菌的丰度。结果弱精子症组患者精子总数[112.22×106(79.13×106, 179.76×106)]、前向运动率[22.93%(16.71%, 28.02%)]、非前向运动率[5.60%(3.98%, 7.62%)]均显著低于对照组[166.76×106(110.17×106, 262.79×106), P=0.022;42.37%(35.21%, 57.88%), P<0.001;8.82%(6.18%, 11.14%), P=0.001], 不动精子率[72.19%(65.27%, 78.92%)]显著高于对照组[50.88%(33.33%, 56...     

患者周围环境卫生管理研究进展

医院的环境卫生管理面临新形势、新挑战。作者在梳理国内外相关文献、参考指南规范的基础上,重点分析我国医院患者周围环境卫生管理存在的环境管理体系与制度规范尚不完善,人员配备与资金投入尚且不足,人员任用、培训、考核、奖惩机制尚未形成,保洁员对医院环境卫生的认知薄弱问题。结合国内医院实情提出环境卫生管理对策,探讨建立新型环境卫生管理模式、完善管理机制、营造积极常态化的环境感染控制文化氛围、用信息化驱动环境卫生质量改进,为改进患者周围环境的清洁卫生质量提供借鉴和参考。     

比较SNP-array和高通量测序在胚胎植入前遗传学检测中的效能

目的评估单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphisms array, SNP-array)技术和第二代高通量测序(next generation sequencing, NGS)技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing, PGT)中的检测能力和效率。方法回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后, 共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后, 分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异(copy number variation, CNV)的情况, 同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例, 比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率...     

布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因突变特征分析

目的分析布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因的突变特征。方法选取分离自新疆维吾尔自治区的4株布鲁氏菌利福平耐药株(JSY-26、G-9、WSY-13、AW-3株)DNA, 采用PCR扩增利福平rpoB基因, 并对核苷酸序列进行测序。以布鲁氏菌利福平耐药标准株(RB51株)和利福平敏感株(ALT-8株)的rpoB基因序列为参照, 应用Mega 7.0软件比对分析4株布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因利福平耐药决定区(rifampicin resistance determination region, RRDR)内外的碱基突变位点及类型。结果经序列比对分析, JSY-26和WSY-13株均在rpoB基因RRDR 1 576 bp处发生单碱基点突变, 碱基由鸟嘌呤(guanine, G)突变为腺嘌呤(adenine, A);G-9株在rpoB基因RRDR 1 606 bp处发生单碱基点突变, 碱基由胞嘧啶(cytosine, C)突变为A。AW-3株在rpoB基因RRDR外2 536、2 537、2 626、2 636、2 654 bp处出现3种类型共5处突变, 分别为插入突变3处[胸腺嘧啶(t...     

嗜黏蛋白阿克曼菌与肿瘤防治的研究进展

癌症因其居高不下的病死率一直备受关注。近年来, 对于肠道微生物群与癌症的发展和治疗之间关系的研究逐渐深入, 人们对于能够改变肠道菌群结构同时抑制癌症发展的新一代益生菌的兴趣也与日俱增。作为一种重要的新型益生菌, 嗜黏蛋白阿克曼菌已经在改善肥胖、肠炎和肝脏疾病等方面表现出了极大的潜力。对嗜黏蛋白阿克曼菌与肿瘤治疗的相关研究展开综述, 旨在对该菌成为治疗癌症的新型生物制剂的可行性做出总结与评价。     

艰难拟梭菌的分子流行病学及耐药特征

艰难拟梭菌能引起医院获得性抗菌药物相关性腹泻, 是抗菌药物耐药紧急威胁之一。全球各地区流行菌株有所差异, 欧美主要流行高毒力菌株RT027, 中国最常见的是ST3、ST37和ST54菌株。全球不同区域艰难拟梭菌对抗菌药物的敏感性不同, 大部分对甲硝唑和万古霉素仍然敏感, 对喹诺酮类、克林霉素耐药率高, 多重耐药菌常见。欧美常见的耐药菌株类型为RT027, 中国为ST3、ST35、ST37和ST54型别。抗菌药物的管理和医院感染的控制是遏制艰难拟梭菌耐药、暴发流行的主要措施。