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相似文献
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1.
杨建芳  李虹  李娜  任斌知  祝双利 《疾病监测》2019,34(11):1001-1004
目的评价山西省2014—2018年脊髓灰质炎(脊灰)病毒学监测情况。方法按照世界卫生组织第4版《脊髓灰质炎实验室手册》的要求进行病毒分离和鉴定,对2014—2018年山西省报告的急性弛缓性麻痹(AFP)病例及接触者粪便标本进行脊灰病毒学监测和结果分析,分离到的L20B阳性分离物做型内鉴定,由中国疾病预防控制中心(CDC)病毒病预防控制所国家脊灰实验室对脊灰病毒衣壳蛋白VP1编码区进行核苷酸序列测定和分析。结果2014—2018年山西省CDC脊灰实验室共收到927例AFP病例及其接触者粪便标本共2 042份,分离到脊灰病毒21株,分离率为1.03%,11株经鉴定为疫苗相似株,9株为疫苗高变异株,1株为疫苗衍生脊灰病毒;分离到非脊灰肠道病毒103株,分离率为5.04%。结论山西省AFP监测系统敏感,2014—2018年山西省CDC脊灰实验室在AFP病例及接触者粪便标本中未发现脊灰野病毒,山西省继续维持无脊灰状态。  相似文献   

2.
目的了解浙江省丽水市男男性行为人群(MSM)人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)基因亚型和传播特征。方法收集丽水市2015-2018年新确证且未经抗病毒治疗MSM HIV-1感染样本,扩增pol基因并测序,构建系统进化树分析基因亚型及成簇特征,通过CPR 6.0在线软件分析耐药情况。结果105例样本成功获得89例合格序列,优势亚型为CRF01_AE(49.4%,44/89)和CRF07_BC(37.1%,33/89),其他包括B和CRF55_01B各3例,CRF08_BC、CRF59_01B和独特重组型 (01_AE/BC)各2例。 发现8个传播簇,总成簇比例为21.3%(19/89),其中7个传播簇与现住址为丽水市莲都区的病例有关(87.5%,7/8)。 发现3例样本存在1个监测性耐药突变,分别为M46I、V106A、K103N,传播性耐药率为3.4%(3/89)。结论丽水市7种MSM HIV-1亚型共存,呈现多元化趋势,莲都区发挥关键传播作用,应加强监测并重点对传播簇病例开展靶向干预。 耐药传播率处于低流行水平。  相似文献   

3.
目的了解济南市A族β溶血性链球菌(GAS)的emm分型特点,为猩红热病原学监测提供数据。方法收集2012 — 2018年济南市GAS菌株,应用PCR方法扩增emm基因,扩增产物经测序、比对,获得菌株emm基因型。结果共获得GAS菌株143株,检测到5个emm基因型,其中emm12占55.2%(79/143),emm1占42.0%(60/143),其他emm基因型占2.8%(4/143)。 2015年和2016年仅分到11株菌,均为emm12。 患者分离菌株116株,分为4种emm基因型,emm1(46株)和emm12(67株)共占97.4%(113/116),emm22(1株)和emm75(2株)共占2.6%(3/116)。 143株GAS菌株中,菌株数量排在前3位的分别为市中区(85株)、槐荫区(35株)和历城区(9株)。结论2012 — 2018年济南市GAS菌株优势基因型为emm12和emm1。 2013年和2014年以emm1为主,其余年份以emm12为主。  相似文献   

4.
孙宝昌  卢姝姝  吴矛矛  陈栋 《疾病监测》2019,34(12):1096-1099
目的研究流感病毒检测阴性的流感样病例(ILI)中肠道病毒(EV)的病原谱及其主要流行病毒型,为其防治提供基础科学依据。方法收集2017 — 2018年温州市ILI,利用荧光定量PCR技术检测流感病毒甲型和乙型,流感阴性病例进行EV检测;利用反转录–聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增EV的VP1区序列,扩增产物进行基因测序和基因分型。 对结果进行统计学分析,P<0.05为差异有统计学意义。结果共调查病例2 298例,流感病毒检测阳性488例(21.23%),流感病毒阴性 1 810例(78.76%),其中,EV检测阳性254例(14.03%)。 EV感染全年均有发生,流行高峰为4 — 7月(70.47%)。 254例EV阳性标本中,测序成功并经基因序列比对获得基因分型的135例,可分为包含EV-A、EV-B和EV-C型的13个EV亚型,主要感染型别为柯萨奇病毒 A 组 6 型 (Cox A6)、Cox A2和Cox A10,分别占24.44%、22.22%和13.33%。 不同年份、月份、性别和年龄EV阳性率差异有统计学意义(χ2=9.399、329.380、4.311、29.246,均P<0.05)。结论流感病毒检测阴性的ILI中EV是主要病原体之一,其病原谱复杂。 应重点加强低年龄组病例的诊断和监测。  相似文献   

5.
目的了解浙江省宁海县柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)手足口病的临床特征,探讨其防控策略和措施。方法从国家疾病监测信息系统获取2018年宁海县手足口病资料,采集宁海县第一医院手足口病门诊、住院患者粪便和(或)咽拭子标本,用实时荧光定量反转录–聚合酶链式反应(RT-PCR)方法检测肠道病毒通用型及核酸分型,对Cox A6阳性标本进一步用RT-PCR方法进行VP1全长基因扩增、测序和系统进化分析。结果肠道病毒核酸阳性635例,阳性率为75.42%,其中Cox A6、非Cox A6阳性分别为412例(64.88%)和223(35.12%);对Cox A6与非Cox A6病例组的临床表现进行比较,年龄、发热及热程、皮疹分布范围、出现疱疹及大疱疹比例、皮肤疼痛和痒感、脱皮及色素沉着、随访16周脱甲率等因素差异有统计学意义。 序列分析显示,2018年宁海县流行的Cox A6均为D3基因亚群,D3.2分枝。结论2018年宁海县Cox A6 D3基因亚群病毒广泛流行,临床上表现为皮肤黏膜剧烈反应,皮疹分布较非Cox A6广泛,脱甲为Cox A6病毒对指(趾)甲的直接侵害。  相似文献   

6.
目的分析2009 — 2018年湖南省流感哨点医院甲型H1N1亚型流感监测结果,对分离病毒全基因组进化情况和分子特征进行分析。方法在全省14个市州的23家哨点医院开展流感监测工作,每周每家哨点医院门诊采集5 ~ 20份流感样病例的咽拭子标本进行核酸检测和/或病毒分离。 对分离的毒株全基因测序,使用BEAST软件贝叶斯方法构建基因进化树,序列与疫苗株进行比较。结果2009 — 2018年湖南省流感监测哨点医院共采集流感样病例标本190 289份,其中甲型H1N1流感阳性8 014份,阳性率为4.21%。 时间分布共有7个较明显的流行高峰,峰值以2009年最高。 1 ~ 5岁(占25.13%)和5 ~ 15岁(占32.83%)年龄组所占比重较多,人群男女性别比为1.23∶1。 对分离的60株甲型H1N1亚型流感病毒进行同源性分析,与疫苗株相比全基因组序列的同源性在97.2% ~ 99.9%之间。 贝叶斯基因进化树呈现阶梯状生长。 推断最早的公共祖先出现在2 009.177年,平均进化速率为2.695×10?3个替换?位点?1?年?1。 贝叶斯天际线模型分析甲型H1N1流感的种群动态2009 — 2018年间基本维持稳定。 表面蛋白选择压力分析dN/dS值为0.201与0.219。 表面蛋白血凝素分子的主要变异位点为L8M、S91R、S160G、S181T、A214T、I312V。 2株病毒神经氨酸酶分子出现H275Y耐药位点的突变。结论2009 — 2018年湖南省每年甲型H1N1流感阳性率和甲型H1N1流感所占流感比例各不相同,流行高峰出现在冬季,病例以儿童和少年为主,病毒基因持续变异,种群动态稳定。  相似文献   

7.
目的 了解安徽省2018—2019年手足口病(HFMD)柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)分子病原学进化特征。方法 对安徽地区2018—2019年从HFMD患者咽拭子样本中分离的CV-A16毒株,采用反转录聚合酶链式反应(RTPCR)扩增其VP1基因全长核酸片段、测定其核苷酸序列。采用肠道病毒在线分型工具鉴定CV-A16毒株基因亚型,运用MEGA 6.0生物软件最大似然法(maximum likelihood method)构建VP1基因进化树、MegAlign比较核苷酸和氨基酸同源性。结果 安徽省2018—2019年共分离到HFMD CV-A16毒株88株。其中2018年分离到30株,2019年58株。其VP1区全长基因均由891个核苷酸碱基组成,编码297个氨基酸。基因分型鉴定和进化分析显示,88株CV-A16毒株中B1a和B1b基因亚型分别为25株(28.41%)、63株(71.59%)。VP1区遗传进化表明,88株CV-A16毒株均归为B1基因型,其中25株属于B1a基因亚型,63株属于B1b基因亚型。同源性分析显示,B1a基因亚型毒株与...  相似文献   

8.
目的研究食源性疾病监测腹泻患者霍乱弧菌感染特点及病原学特征,为科学防控和临床治疗提供依据。方法从2015-2017年北京市顺义区腹泻监测病例的粪便标本中分离培养霍乱弧菌,针对分离菌株进行毒力基因聚合酶链式反应(PCR)检测、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)图谱分析以及抗生素敏感性分析。结果2015-2017年,共收集1 105例腹泻患者,霍乱弧菌的检出率为0.54%(6/1 105),霍乱毒素基因ctxAB均为阴性,血清学分型为非O1/O139型,其中5株霍乱弧菌携带Ⅲ型分泌系统毒力基因。 菌株PFGE聚类分析结果和MALDI-TOF MS图谱聚类结果具有较好的一致性。结论霍乱弧菌流行强度不高,但其感染和病原学监测工作应在食源性疾病监测体系中得到重视。  相似文献   

9.
目的了解浙江省江山市中老年人类免疫缺陷病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)的HIV亚型分布情况和分子传播簇特征,为该市HIV流行趋势分析和疫情防控提供技术支持。方法对江山市2014 — 2018年新诊断的中老年HIV/AIDS开展分子流行病学研究,从94例感染者(含3例暗娼)血浆中提取RNA,通过反转录–聚合酶链式反应和巢式PCR扩增pol区基因并进行核酸测序,运用MEGA 6.0软件构建Neighbor-Joining系统进化树分析亚型,利用Cytoscape 3.6.0软件对遗传距离≤0.01的序列构建HIV分子簇。结果HIV毒株序列成功获得率为86.2%(81/94),毒株亚型以CRF01_AE为主(93.8%,76/81),其余分别为CRF07_BC型3例(3.7%)和B亚型2例(2.5%);共发现3个分子传播簇,均由CRF01_AE亚型构成,总成簇比例为84.0%(68/81),大簇包含64例病例(含1例阳性暗娼),2个小簇均由2例病例组成。结论江山市中老年HIV/AIDS亚型以CRF01_AE为主且种类较为单一,存在与阳性暗娼紧密关联的传播簇,应加强对簇内病例的流行病学调查,以便实施有针对性的公共卫生干预。  相似文献   

10.
  目的  分析北京市2018—2019年呼吸道感染病例中肠道病毒D68型(EV-D68)感染者的流行特征。  方法  利用北京市呼吸道病原体监测系统,收集2018—2019年全市35家哨点医院就诊的急性呼吸道感染患者的临床标本及流行病学资料,利用实时荧光PCR方法筛查肠道病毒和EV-D68,对EV-D68阳性标本进行VP1区序列的扩增、测序及进化分析。  结果  2018—2019年共收集急性呼吸道感染病例15 645例,检出肠道病毒阳性者467例(2.98%)。 22例(0.14%)EV-D68阳性病例中,<18岁组11例,18~60岁组7例,>60岁组4例;夏季(6—8月)检出7例,秋季(9—11月)11例,冬季(12月至次年2月)3例,春季(3—5月)1例;8例被诊断为上呼吸道感染,14例为肺炎(其中2例为重症肺炎);主要临床症状为发热(18/22,81.8%)、咳嗽(15/22,68.2%)。 14例EV-D68阳性经测序鉴定毒株属于亚型B3和新亚型D3,其中2018年有8例为B3亚型感染、1例为D3亚型感染,2019年5例均为D3亚型。  结论  EV-D68引起的呼吸道感染在北京市持续存在,主要在夏秋季流行,B3和新亚型D3为主要流行亚型。  相似文献   

11.
目的分析2017年山西省由B群脑膜炎奈瑟菌引起的3例婴幼儿流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例病原学特征。方法收集3例婴幼儿流脑病例的临床流行病学资料,采集病例脑脊液和血液标本进行脑膜炎奈瑟菌培养、分离、鉴定和血清分群,采用多位点序列分型(MLST)方法进行分子分型,药敏E-test试纸条法检测抗生素敏感性。结果3例B群流脑病例发病月龄分别为12 d、5月龄和8月龄,符合化脓性脑膜炎症状,脑脊液标本均分离培养出3株B群脑膜炎奈瑟菌。 MLST序列分型分析显示,2株菌为ST-5664(CC4821),1株为ST-5662。 3株B群菌株均对环丙沙星、左氧氟沙星和复方新诺明等药物耐药。结论山西省首次从病例标本中分离到B群脑膜炎奈瑟菌,3例B群流脑病例均为婴幼儿发病,且主要基因型属于CC4821。  相似文献   

12.
目的了解2014 — 2018年浙江省丽水市副溶血弧菌(Vp)的流行情况、血清型别、携带毒力基因情况及分子分型特征,为预防食源性疾病提供依据。方法分别收集2014 — 2018年丽水市食源性疾病监测中的11 420例临床腹泻患者粪便与食品安全风险监测中的497份食品标本,进行Vp的分离培养,分析阳性菌株的分布特征。 同时对菌株开展血清分型,毒力基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果共分离到296株Vp,其中251株来源于腹泻患者粪便,45株来源于食品。 丽水市Vp流行集中于第三季度,患者集中于成年人,且在家庭用餐占多数。 患者来源菌株主要血清型为O3∶K6,毒力基因型为tdh+trh-tlh+,食品来源菌株主要血清型为O2,毒力基因型为tdh-trh-tlh+。 48株Vp可分为42个PFGE带型,带型相似值为 6.16% ~ 100.00%。结论第三季度为Vp的卫生监管重点,要加强对饮食习惯尤其是家庭用餐时对水产品正确处理方面的宣教。 丽水市目前流行的菌株基因相似度低,可能存在多克隆来源。重点监测血清型患者为O3∶K6,食品为O2。  相似文献   

13.
目的了解浙江省衢州地区外环境禽流感病毒流行特征,为该地区人禽流感疫情的防控和预测预警提供科学依据。方法采集2013 — 2018年衢州地区外环境禽流感监测标本,采用实时荧光反转录–聚合酶链式反应方法对采集的外环境标本进行禽流感病毒核酸检测,并进行统计学分析。结果2013 — 2018年共采集禽流感外环境标本5 290份,检出流感病毒A型(FluA)阳性标本1 809份,阳性率为34.20%;其中以H9亚型和A型未分型为主,分别占44.50%和29.13%。 开化县检出阳性率最高(54.85%),龙游县最低(17.25%)。 5类场所中,城乡活禽市场检出阳性率最高(45.94%)。 6种类型标本中,宰杀或摆放禽肉案板表面的擦拭标本检出阳性率最高(58.96%)。第一季度(38.06%)和第四季度(37.23%)检出阳性率较高。 不同时间、地区、场所、标本类型的标本阳性检出率差异均具有统计学意义(P<0.001)。结论衢州地区外环境中存在多种亚型及混合型禽流感病毒,应加强外环境禽流感监测力度,同时采取有效的防控措施降低人群感染的风险。  相似文献   

14.
赖丽金  尚翠  韦艳  李建东 《疾病监测》2019,34(9):827-834
目的分析裂谷热病毒自发现以来,疫情发生、疫源地分布以及病毒遗传进化和流行特征,为科学防控提供依据。方法应用描述性流行病学方法收集、分析裂谷热疫情的流行情况,筛选全球有明确分离时间和地区的病毒的全基因组序列,利用BEAST 2等软件进行系统进化分析。结果截止2018年,全球共22个国家报告了裂谷热本地疫情,人间报告病例39 404例,死亡病例2 323例。 共筛选出183条S片段、138条M片段和135条L片段基因序列。 系统进化树显示,裂谷热病毒的S、M和L片段可分为7个基因亚型(A ~ G),A亚型和B亚型是引起3次大流行的主要亚型。 2016年中国发现首例输入性病例,国际跨境传播趋势有所增强。结论裂谷热病毒在非洲分布范围广,实际流行形势被明显低估,应加强对该病毒的监测,注重信息收集与发布,提高有关部门和群众的防控意识,保护公民健康。  相似文献   

15.
2004-2007年重庆市急性弛缓性麻痹病例监测结果分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
陈应琼  赵春芳  凌华  张敏 《疾病监测》2008,23(10):632-633
目的 评价重庆市2004-2007年急性弛缓性麻痹(AFP)病例监测运转情况。方法 按照脊髓灰质炎实验室手册操作规程进行病毒分离与鉴定,由国家脊灰实验室用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR RFLP)法和ELISA法对分离到的脊灰病毒株进行型内鉴定。结果 从395例AFP病例粪便标本中分离到脊灰病毒(PV)12株,其中脊灰Ⅰ型 1株,Ⅱ型4株,Ⅲ型4株,PV混合1株,PV+NPEV(非脊灰肠道病毒)混合2株,所有PV经国家脊灰实验室进行型内鉴定,均为疫苗相关株,未发现疫苗衍生脊灰病毒株(VDPV)。分离非脊灰肠道病毒(NPEV)27株。结论 重庆市2004-2007年急性驰缓性麻痹病例中未发现脊灰野病毒和疫苗衍生脊灰病毒(VDPV)株存在,且AFP病例监测系统的各项监测指标都达到控制标准,表明重庆市脊灰实验室监测质量稳定,今后更要继续加强实验室的监测,保持整个监测过程的高度敏感性。  相似文献   

16.
周淑洁  程晓东  柴瑜  张宁  陈霞  苏颖  王慧玲 《疾病监测》2022,37(10):1304-1309
目的 了解2017—2021年安徽省麻疹病毒N基因羧基末端基因特征。方法 采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和基因特征分析。结果 2017—2021年安徽省监测到47株H1基因型,2株D8基因型,1株B3基因型和15株A基因型。结论 2017—2018年H1型仍然是安徽省麻疹流行的优势株,2018年后未监测到H1基因型;输入性病例未引起暴发和流行。安徽省需进一步加强病原学鉴定,及时发现输入性麻疹病例并阻断其传播。  相似文献   

17.
目的了解北京儿童医院就诊北京地区疱疹性咽颊炎流行特征和病原学情况,为疱疹性咽颊炎的防控提供依据。方法收集2017年在北京儿童医院就诊治疗的北京地区疱疹性咽颊炎患者的基本信息及病原学监测资料,运用描述性流行病学方法进行分析。结果共纳入符合条件的疱疹性咽颊炎病例6 922例,疾病流行高峰为6 — 9月,<5岁儿童占86.04%。 病原学监测阳性率53.42%(86/161), 以其他肠道病毒为主(47/86,54.65%),其次为柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)(28/86,32.56%),Cox A10(7/86,8.14%),肠道病毒71型(EV71)(3/86,3.49%)和Cox A16(1/86,1.16%)。 7月阳性率最高(76.92%),不同月份阳性率差异有统计学意义(χ2=29.98,P<0.05),夏秋季病例报告数较多同时肠道病毒阳性率也较高,两者间呈正相关有统计学意义(rs=0.294,P<0.05)。结论2017年北京儿童医院就诊北京地区疱疹性咽颊炎流行高峰为夏秋季,易感人群为<5岁儿童,病原体主要为其他肠道病毒和Cox A6,引起疱疹性咽颊炎的部分肠道病毒(EV71、Cox A16、Cox A6)可同时引起手足口病,应重视疱疹性咽颊炎,参考手足口病进行疾病预防控制。  相似文献   

18.
  目的  了解宁海县柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)所致手足口病伴脱甲症的流行特征,为手足口病病原学监测、诊疗和预防控制提供科学依据。  方法  对2018—2019年宁海县确诊为Cox A6核酸阳性的手足口病患者病后连续24周随访观察,同时采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对手足口病伴脱甲症病例脱落甲碎片标本进行核酸检测和病毒分离。  结果  感染Cox A6手足口病412例,166例出现不同数量脱甲,脱甲率为40.29%(166/412),平均脱甲6.02个,脱甲时间越早脱甲数越多,按大拇指(趾)—食指—中指—无名指—小指顺序呈依次递减(趋势χ2=117.39,P<0.001);脱甲时间最短7 d,最长达116 d,70%发生在15~42 d(3~6周);指(趾)甲脱落程度不等,脱甲最多的是大拇指(趾),脱甲右手多于左手,右脚多于左脚,指甲脱落率高于趾甲(χ2=103.61,P<0.001),四肢指(趾)甲的总体病变率不相同(χ2=105.40,P<0.001);RT-PCR检测脱落甲碎片Cox A6阳性率为91.67%(11/12),未脱甲及新生甲均为阴性。 宁海县流行的手足口病伴脱甲症相关Cox A6 D3基因亚型的D3a.2分支与我国目前主要流行型别一致。  结论  Cox A6感染手足口病患者伴脱甲发生率为40%,可能是Cox A6病毒直接对指(趾)甲侵害所致,脱甲可再生。宁海县流行的手足口病伴脱甲症相关Cox A6 D3a.2分支基因亚型与我国目前主要流行型别一致。  相似文献   

19.
目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)不同基因型、基因亚型及基因变异与原发性肝癌(PHC)的关系,为制定PHC的预防和治疗措施提供科学依据。 方法收集新疆生产建设兵团医院2013年3月至2016年3月共4例感染HBV基础上的PHC患者,利用荧光定量PCR法检测HBV DNA,酶联免疫法检测HBeAg。应用PCR方法检测患者HBV基因型、基因亚型分布特征,检测HBV基因变异情况。 结果此4例感染HBV基础上的PHC患者中,3例患者HBeAg(+),HBeAg阳性率为75%。4例患者中3例HBV DNA(+),定量检测结果分别为2.03×105 IU/ml、2.56×106 IU/ml、3.12×105 IU/ml;1例患者HBV DNA(-)。检测患者基因型为B型1例(B2亚型),C型3例(C1亚型1例,C2亚型2例)。HBV B2亚型、C1亚型和1例C2亚型患者,分别在APC、CTNNB1、IGF2R基因处出现基因变异;1例C2亚型患者(80岁),在UGT1A5、ZFYVE16、MALRD1基因的外显子序列检测中发现移码变异。 结论HBV基因型,尤其是C型可能是PHC发生的危险因素。基因变异与PHC的发生发展可能也存在密切关系。  相似文献   

20.
目的 分析2016年1月至2018年12月江苏省无锡市儿童中呼吸道合胞病毒(RSV)感染的流行特征及RSV-G基因变异情况,为江苏省无锡市RSV预防控制提供科学数据。方法 采集2016—2018年江苏省无锡市儿童医院的急性上呼吸道感染样本,使用实时荧光定量聚合酶链式反应技术对采集的样本进行RSV检测,使用双重荧光聚合酶链式反应方法明确A/B亚型,选取部分阳性样本进行G基因测序,比对测序结果与已知的RSV基因序列,确定基因型别和分析G基因的变异情况。结果 2016—2018年RSV总体检出率为9.01%(281/3 120),RSV A亚型为4.07%(127/3 120),RSV B亚型为4.87%(152/3 120),A、B亚型混合感染仅2例。婴幼儿检出率最高为10.77%(196/1820)。每年11月至次年2月占比(69.97%,191/281)远高于其他月份。2016年1月至2017年4月以B亚型为主,2017年9月至2018年12月以A亚型为主。RSV A亚型有1种基因型:ON1,RSV B亚型有1种基因型:BA10。RSV A亚型核苷酸同源性为95.70%~99.00%,...  相似文献   

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