实时定量PCR检测人全血标本中烟曲霉基因组载量的方法及临床应用

目的 建立实时定量PCR(RQ-PCR)快速检测人全血标本中烟曲霉基因组载量的方法及进行初步临床应用.方法 基于烟曲霉多拷贝基因ITS1-5.8S基因设计引物和TaqMan探针,用QIAamp(R)DNA Blood Mini Kit提取烟曲霉基因组DNA,建立20μl RQ-PCR反应体系,对含有不同载量烟曲霉基因组的模拟人全血标本和66份外科发热患者全血标本进行烟曲霉基因组的定量检测.结果 检测限为10-1基因组/μl上机待测液(即约78 CFU/ml全血);检测特异度和灵敏度分别为94.25%和99.04%,阳性预告值和阴件预告值分别为97.63%和97.62%;测定结果的平均相对误差为(3.67±13.19)%;批内及批间平均重复性变异系数分别为(12.38±1.53)%和(16.27±2.72)%;人血标本中烟曲霉基因组平均回收率为(107.81±25.92)%,回收率平均变异系数为(26.24±5.62)%.66份外科发热患者血标本中未检测出烟曲霉基因组.结论 RQ-PCR可以快速、特异、灵敏地定量检测人血标本中烟曲霉基因组的载量,且有着较好的准确度与精密度.本研究外科发热患者血中未检测到烟曲霉基因组.

Abstract：

Objective To establish a real-time quantitative polymerase chain reaction (RQ-PCR) assay for fast detection of Aspergillus fumigatus genome in human whole blood samples and explore its clinical application.Methods The primers and the TaqMan-probe were designed on the basis of the multi-copy ITS1-5. 8S region of the rDNA of Aspergillus fumigatus. The Aspergillus fumigatus genomic DNA were extracted with QIAamp(R) DNA Blood Mini Kit.A 20 μl RQ-PCR amplification system was established, and the simulated blood samples containing various given load of Aspergillus fumigatus genome and the 66 whole blood samples of the surgical febrile patients were examined. Results The detection limit of the RQ-PCR instrument is 10-1 genomes/μl DNA sample,namely 78 CFU/ml whole blood. The specificity and the sensitivity were 94. 25% and 99. 04% respectively; and the positive predictive value and negative predictive value were 97. 63% and 97. 62% respectively. The average relative error of the quantitative results was (3. 67 ±13. 19)%, and the intra- and the inter-assay average coefficients of variation were (12.38 ± 1. 53)% and (16. 27 ±2. 72)% , respectively. The average recovery rate of Aspergillus fumigatus genomic DNA in human whole blood samples was (107. 81 ±25. 92)% , and the average coefficient of variation of the average recovery rate was (26. 24 ± 5.62) % . No Aspergillus fumigatus genomic DNA was detected among the 66 blood samples of the surgical febrile patients. Conclusions The RQ-PCR assay for fast quantitative detection of Aspergillus fumigatus genome in human whole blood samples is of high sensitivity, specificity,accuracy and precision. The Aspergillus fumigatus genome was not detected in this group of surgical febrile patients.     

实时定量PCR快速检测外科发热患者血中白念珠菌载量的方法

目的 建立实时定量PCR(RQ-PCR)快速检测血中自念珠菌(Gandiad albicans)载量的方法,并对可能存在肠屏障损伤和肠道菌移位的外科发热患者标本进行检测.方法 基于白念珠菌基因组单拷贝基因NAG1设计引物和探针;构建并制备质粒做标准品;用QIAamp(R) DNA Blood Mini Kit试剂盒提取白念珠菌基因组DNA;建立20μl TaqMan探针RQ-PCR反应体系;对74份外科发热患者临床标本进行定量检测.结果 引物和探针特异性好;标准曲线R2 值0.9918～0.9985,扩增效率0.88～1.027,检测限为100 拷贝/μl上机检测液(即约1.1×103 cfu/ml全血),仪器检测灵敏度为97.46%,特异度为100%,平均准确性为(99.64±2.08)%,批内及批间重复性的平均变异系数分别为(14.76±2.64)%和(17.85±3.53)%;血标本中白念珠菌基因组平均提取效率为(88.60±5.73)%,提取效率平均变异系数为(11.70±5.36)%;标本于-20℃存放3、6个月后和0时间点定量结果比较,差异无显著性(P=0.267);74份外科发热患者血中白念珠菌的阳性率为2.7%,最高含量约为4.42×103 cfu/ml.结论 RQ-PCR可以快速、灵敏、特异地定量检测血标本中白念珠菌,重复性好,适用于临床日常检验.少数外科发热患者周围血中存在白念珠菌.     

多重实时定量PCR同时检测人全血中大肠杆菌与白念珠菌基因方法的建立

目的 建立多重实时定量PCR (MRQ-PCR)同时快速检测血中大肠杆菌与白念珠菌DNA的方法,以评估肠屏障损伤可能导致的移位微生物的种类和程度并提供针对性用药的建议.方法 选择大肠杆菌β-右旋半乳糖苷酶基因作为检测大肠杆菌的靶基因设计引物和探针,选择白念珠菌ITS2基因设计引物和探针.采用QIAamp(R) DNA Blood Mini Kit试剂盒提取大肠杆菌与白念珠菌基因组DNA;建立25 μl TaqMan探针MRQ-PCR反应体系;对18份模拟血标本及10份外科发热患者临床标本进行MRQ-PCR检测.结果 引物和探针特异性好,大肠杆菌与白念珠菌标准曲线相关系数分别在0.994～0.999和0.994～0.998,扩增效率分别为0.894～1.022和0.905 ～1.028.标准样品检测限分别为大肠杆菌13.9拷贝/μl和白念珠菌0.8 cfu/μl,两种菌的检测灵敏度分别为100％和99.69％,特异度分别为100％和94.73％,标准品中大肠杆菌与白念珠菌特异基因平均回收率分别为(101.89±5.69)％和(103.74±4.64)％,两种菌基因检测的批内变异系数分别为(13.14±10.27)％和(19.18±8.54)％,批间变异系数分别为(14.35 ±9.34)％和(18.31 ±10.25)％.全血标本中大肠杆菌与白念珠菌特异基因的检出限分别为12 455.2拷贝/ml和800.3 cfu/ml,平均回收率分别为(111.60±11.06)％和(99.96 ±6.16)％,两种菌基因检测的批内变异系数分别为(11.02±5.65)％和(8.14±7.29)％,平均批间变异系数分别为(12.88±7.59)％和(18.62±9.14)％.结论 多重实时定量PCR可以同时快速、灵敏、特异地定量检测人全血标本中大肠杆菌与白念珠菌基因,准确度高、重复性好、节省血标本用量及检测成本、总检测时间缩短,在临床全血标本的真菌与细菌快速鉴别检测、抗微生物药物的针对性应用及疗效评估、肠屏障损伤后果及疗效的评估中有较实用的推广前景.     

实时定量PCR检测人全血中金黄色葡萄球菌DNA方法的建立

目的建立实时定量PCR（RQ—PCR）快速检测人全血中金黄色葡萄球菌DNA的方法,以便早期定量评估肠屏障损伤所致肠道内细菌移位引起或加重的全身感染。方法对15份模拟全血标本及26份外科发热患者全血标本进行RQ—PCR检测。选择金黄色葡萄球菌高度保守的看家基因femA基因作为靶基因设计引物和Taqman探针,建立20ul的RQ—PCR反应体系,采用含靶基因扩增片段的重组质粒建立标准曲线,提取血标本中的细菌基因组DNA。结果引物和探针特异性好,检测限为10^0拷贝／ul（10^3CFU／ml）,灵敏度为99．7％,特异度为94．6％。标准曲线线性关系好,R。在0．9918—0．9997。不同浓度的金黄色葡萄球菌样本检测的平均准确性为（96．25±2．26）％,批内及批间重复性的平均变异系数分别为（8．06±0．07）％和（10．01±4．40）％。全血标本中金黄色葡萄球菌DNA平均回收率为（111．72±20．72）％。临床血标本RQ-PCR检测阳性率为15．4％（4／26）,血培养结果皆为金黄色葡萄球菌阴性。结论RQ—PCR可用于定量检测全血标本中的金黄色葡萄球菌DNA含量,具有快速、灵敏、特异性强、重复性好的优点。     

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用

目的:建立一种快速、定量、特异、灵敏的PCR方法用于对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的早期诊断和疫情监测。方法:根据GenBank登录的IHHNV毒株序列,使用生物学软件进行序列比对,在IHHNV保守区序列设计特异性引物与Taqm an探针。对实时荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间,提高特异性、灵敏度、重复性,并与普通PCR进行盲样测试的比对。结果:本法线性范围5×102~5×107拷贝/ml,检出限5×101拷贝/ml,灵敏度超过普通PCR100倍,特异性高于普通PCR,重复性极好(S=0.035~0.39,CV=0.13%~1.05%),检测时间为普通PCR的1/5,现场盲样IHHNV检出阳性率高于普通PCR 26.00%。结论:本研究建立Taqm an实时荧光定量PCR用于对虾IH-HNV检测具有特异、灵敏、快速、定量、重复性好等优点。     

通用真菌引物和探针检测人全血标本中侵袭性真菌DNA载量的方法

目的 建立实时定量PCR(RQ-PCR)以真菌通用引物和探针快速准确检测人全血标本中侵袭性真菌DNA载量的方法,并与细菌相鉴别及进行初步临床应用.方法 选择临床常见的真菌基因组多拷贝基因5.8S rDNA作为靶基因设计特异性通用真菌引物和TaqMan探针,采用QIAamp(R)血液DNA小提试剂盒提取多种致病真菌基因组DNA,建立20μl RQ-PCR反应体系,对含有不同载量致病真菌的模拟人全血标本和71份外科发热患者全血标本进行侵袭性真菌基因组的定量检测.结果 本方法的特异性良好,检测限为101拷贝/μl上机待测液(即约105拷贝/ml全血);检测灵敏度和特异度分别为95.5％和97.6％,阳性预告值和阴性预告值分别为98.7％和92.0％;标准曲线R2在0.9931～ 0.9977;批内及批间平均变异系数分别为(10.4±4.0)％和(27.9±2.0)％;人血标本中真菌基因组DNA平均回收率为(91.0±7.6)％,相对回收率平均变异系数为(14.9±4.0)％.71份外科发热患者血标本中未检测出侵袭性真菌基因组.结论 RQ-PCR可以借通用真菌引物和TaqMan探针快速、特异、灵敏地定量检测人血标本中侵袭性真菌DNA的载量并可与细菌相鉴别,且有着较好的准确度与精密度.外科发热患者血中侵袭性真菌基因组的存在率可能很低.     

实时荧光定量PCR检测汉赛巴通体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测汉赛巴通体的实时荧光定量PCR方法。方法根据汉赛巴通体特异的16S-23S rRNA间隔区序列设计引物和探针,以克隆的16S～23S rRNA间隔区基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI 7900HT)上建立实时荧光定量检测方法,对所建立的方法分别进行敏感性、特异性及重复性分析,并且对模拟标本进行检测。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(C_(?))与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.997);与普通PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其1000倍。用荧光定量PCR检测其他相关立克次体和细菌DNA样本,除军团菌检出微弱信号(2个拷贝)外,其余检出结果均为0;对重复性进行了评价,批内和批间的变异系数在0.2%～1.9%之间。用荧光定量PCR检测汉赛巴通体感染的小鼠血标本,在感染后第2天、第3天、第5天,检出少量的汉赛巴通体,在感染后的第1天和第2天从脾脏样本中检出大量的汉赛巴通体。结论检测汉赛巴通体实时荧光定量PCR方法具有高度特异性和高敏感性以及良好的重复性,可用于快速检测各种样本中的微量汉赛巴通体以及作为汉赛巴通体感染的实验室诊断。     

实时荧光定量PCR检测特殊人群中HCV-RNA的研究

[目的]探讨HCV在特殊人群中的流行和干扰素治疗效果对HCV-RNA含量的影响。[方法]收集223份抗-HCV阳性血清并跟踪观察和用荧光定量实时荧光定量PCR法检测HCV-RNA的含量。[结果]在141份抗-HCV阳性血清中,58份实时荧光定量PCR阳性,阳性符合率为41.13%,在86份有输血史患者中39份实时荧光定量PCR阳性,阳性率为45.35%,17份有家族遗传史患者中11份实时荧光定量PCR阳性符合率为64.70%。在38例不明原因感染者中有8份实时荧光定量PCR阳性,阳性率为21.05%（χ^2=16.21Р=0.000）。58例实时荧光定量PCR阳性的病人经治疗两年后,39份有输血史患者,转阴24例,转阴率61.53%。11份有家族遗传史患者中6例转阴,转阴率54.54%。在8例不明原因感染者中有5例转阴,转阴率62.24%。[结论]不同的传染途径在RNA的含量和治疗的预后有差异。     

应用实时荧光定量PCR检测湖州市鼠形物汉坦病毒感染状况

目的 调查湖州市城郊鼠形动物分布,分析鼠形动物汉坦病毒感染状况.方法 2020年9月-11月在湖州郊区捕获鼠形动物,采集肺组织提取核酸,应用实时荧光定量PCR方法检测汉坦病毒病原体.结果 共捕获鼠形动物105只,共检出阳性动物11只,感染率为10.48％.不同生境鼠形动物的汉坦病毒感染率差异无统计学意义(P=0.052...     

荧光实时定量PCR检测单核李斯特菌方法学建立及应用

目的 建立检测单核细胞增多性李斯特菌的荧光定量PCR方法，并利用此方法检测人工污染的牛奶中单增李斯特菌菌量。方法 选择单增李斯特菌特异性的基因Listeriolysin O基因为靶目标设计引物，采用煮沸法抽提纯单增李斯特菌株（1／2a）DNA，建立SYBRGREEN实时定量PCR检测体系：结果 定量PCR对李斯特菌可产生特异扩增信号，对其他菌（大肠杆菌）无响应。标准曲线的相关系数为0．9521。最小检菌量约为100个菌落形成单位／反应体系。在人为污染牛奶检测中，与传统细菌计数方法结果相比，相关系数为0．839。结论 实时定量PCR是一种快速、灵敏的定量检测单增李斯特菌的方法，可用于牛奶样品的检测。     

实时荧光定量PCR的原理及其医学应用

实时荧光定量技术是一种多色荧光检测核酸定量技术,该文简要介绍该技术的原理及其医学应用.     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

实时定量PCR检测外科发热患者静脉血中细菌DNA含量及其与体征、血细胞计数的相关性

目的　采用实时定量PCR（RQ-PCR）检测外科发热患者静脉血中肠道DNA,研究其与体征及血细胞计数之间的相关性,并比较不同检测方法对血中细菌阳性检出率的差异。方法　对72份血标本进行常规细菌培养及RQ-PCR定量检测,比较两种检测方法对血中细菌阳性检出率的差异,并计算细菌DNA含量与体温、心率、白细胞计数、中性粒细胞及淋巴细胞百分比之间的相关性。结果　RQ-PCR定量检测细菌DNA阳性率（63.89%）显著高于细菌培养阳性率（9.72%）（F=4.383,P=0.036）。血中细菌DNA含量与体温和心率显著相关（P=0.006,r=0.323;P=0.000,r=0.411）,与白细胞计数、中性粒细胞及淋巴细胞百分比无相关性（P=0.438,r=0.093;P=0.825,r=0.027;P=0.451, r=－0.090）;同年龄无相关性（P=0.096,r=0.198）结论　RQ-PCR可用于定量检测外周血中细菌DNA的含量,快速且灵敏度高。血细胞计数不能较好地反映血中细菌的含量,而体温、心率的影响因素较多。     

实时荧光定量PCR检测EV71肠道病毒在不同类型样本中检测率的分析

目的 探讨肠道病毒71型(EV 71)检测方法和样本收集对检测结果的影响.方法 采集疑拟患者鼻咽拭子和大便样本,应用实时荧光定量PCR方法检测.结果 结果EV71型肠道病毒大便检出率为46.2％,鼻咽拭子为5.61％,大便的检出率明显高于鼻咽拭子；差异有统计学意义(x2=61.51＞x20.01.1,P＜0.01).结论 对HFMD的诊断建议首选采集粪便标本,应用实时荧光定量PCR方法进行检测,可减少漏诊率,提高灵敏度.