Ⅰ型胶原基因转录调控的研究进展

调控Ⅰ型胶原(COL1)基因转录的顺式作用元件位于启动子和第一个内含子中。顺式作用元件及其结合的转录因子有生物种类特异性。一些转录因子以不同的亲和力与其部分潜在结合位点结合,它们间的相互作用稳定了DNA的环状结构,并引发转录。转化生长因子-β(TGF-β)、胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)、干扰素-γ(IFN-γ)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)等细胞因子在转录水平参与COL1基因的调控,在COL1基因启动子上有它们的反应元件。     

组织特异性表达基因PLUNC调控元件的生物信息学分析

目的分析组织特异性表达基因PLUNC的调控元件。方法采用进化足迹法,结合生物信息学工具,预测PLUNC基因的顺式作用元件和反式作用因子。结果预测的PLUNC基因的转录起始位点位于-1～＋10bp区域间、-29bp存在TATA盒子,启动子集中在-490bp～＋89bp内,在人和小鼠PLUNC基因的启动子保守区内存在29个共同的转录因子结合部位及5个增强子。结论PLUNC基因调控元件的分析可为探讨上呼吸道特异性表达基因的调控机制提供模型。生物信息学技术结合进化足迹法,在基因表达调控机制的研究中具有重要的应用价值。     

肝癌靶向性超抗原表达载体的构建与鉴定

目的：设计并构建受AFP基因顺式作用元件调控，并经减毒处理的肝癌特异性超抗原表达载体。方法：用新设计的引物作PCR扩增截短的AFP基因启动子和增强子、linker-CD80tm和SEA（D227A）。将上述片段与逆转录病毒载体pLXSN的多克隆位点连接，构建成为AFP基因顺式作用元件调控的肝癌特异性减毒超抗原表达载体[pLXSN SEA(D227A)-Linker-CD80tm]，并用软件对其开放读框进行分析。结果：成功克隆了截短的AFP基因启动子、增强子、linker-CD80tm和SEA（D227A）。将上述序列连接到逆转录病毒载体pLXSN的多克隆位点，酶切鉴定和DNA序列分析无误。结论：AFP基因转录启动元件修饰的SEA表达载体，在基因转录水平定量、定向、特异性调控强有力的细胞和体液免疫活化剂（SEA），为下一步将其作为基因疫苗治疗肝癌奠定了基础。     

脱氧核糖核酸酶Ⅰ超敏感位点的定位

在开展真核基因表达调控的研究中,确定DNA顺式调控元件是非常重要的。我们知道,处于转录活性状态的基因,相对于非活性基因,对核酸酶更为敏感。在这些活性基因的周围及内部,有一系列的核酸酶超敏感位点(Nuclease Hypelrsensitive Site,NHS)存在,其中     

缺氧反应基因及调控机制研究进展

细胞在缺氧情况下,可诱导缺氧反应基因转录增加,维持血氧稳定。缺氧诱导因子-1和包含有启动子、增强子序列的顺序作用元件为转录调控的关键环节,缺氧诱导因子-1可通过顺式作用元件内的缺氧诱导因子-1结合位点与之相结合,二者通过复杂的相互作用来实现转录调控。     

真核蛋白编码基因核心启动子元件

核心启动子(core promoter,CP)是位于转录起始位点附近由100个左右核苷酸所构成的功能区域,负责与转录因子结合同其它顺式作用元件如增强子、沉默子一起对转录进行调控。目前所发现的真核蛋白编码基因核心启动子元件包括:TATA盒、上游启动子元件BRE、起始子Initiator(Inr)、下游启动子元件DPE以及新发现的位于DPE附近的十基序元件MTE。上述核心启动子元件普遍存在于真核蛋白编码基因之中,对真核生物的生长、发育、适应环境起着重要作用。     

HNF-6的生物学特点及功能的研究进展

肝细胞核因子6（HNF-6）属于肝细胞核因子家族中的ONECUT蛋白家族,是肝脏内调控基因特异性表达的一类转录因子,在肝脏较多表达,并含有在进化上相当保守的DNA结合区,通过与各种靶基因调控区顺式作用元件的结合,调控靶基因的表达,在转录水平对肝细胞分化和代谢过程起重要作用。近年来研究发现HNF-6不仅参与肝,胰的发育调控过程,还参与肿瘤、组织再生等多个生理及病理过程的调控。现对HNF-6的结构特点、生物学功能综述如下：     

人支气管上皮细胞GCLC基因调控区ARE及E-box顺式调控元件调控功能的研究

目的 通过对人γ-谷氨酰半胱氨酸酶催化亚单位(GCLC)基因调控区的ARE及E-box顺式调控元件诱导缺失突变,研究它们在人支气管上皮细胞内对GCLC基因转录调控功能的影响.方法 应用PCR方法克隆人GCLC基因调控区的大部分核苷酸序列,构建表达虫荧光素酶报告基因的野生型质粒PL45.采用PCR重叠延伸产生特异位点诱变的方法对ARE及E-box顺式调控元件进行缺失突变,构建相应的突变型质粒PLdel-ARE及PLdel- E-box.通过瞬时基因转染方法将上述质粒转染人支气管上皮细胞系16HBE,观察基因突变后的基因转录调控功能.结果 质粒PL45的虫荧光素酶相对活性值为9949.75±1441.33、质粒PLdel-ARE的虫荧光素酶相对活性值为21258.75±1563.64、质粒PLdel-E-box的虫荧光素酶相对活性值为17082.00±89.51.与野生型质粒PL45相比,PLdel-ARE、PLdel-E-box突变型质粒表达的虫荧光酶相对活性值显著上升.结论 ARE及E-box顺式调控元件具有负性调控作用.     

人支气管上皮细胞GCLC基因调控区ARE及E-box顺式调控元件调控功能的研究

目的通过对人γ-谷氨酰半胱氨酸酶催化亚单位(GCLC)基因调控区的ARE及E-box顺式调控元件诱导缺失突变,研究它们在人支气管上皮细胞内对GCLC基因转录调控功能的影响。方法应用PCR方法克隆人GCLC基因调控区的大部分核苷酸序列,构建表达虫荧光素酶报告基因的野生型质粒PL45。采用PCR重叠延伸产生特异位点诱变的方法对ARE及E-box顺式调控元件进行缺失突变,构建相应的突变型质粒PLdel-ARE及PLdel-E-box。通过瞬时基因转染方法将上述质粒转染人支气管上皮细胞系16HBE,观察基因突变后的基因转录调控功能。结果质粒PL45的虫荧光素酶相对活性值为9949.75±1441.33、质粒PLdel-ARE的虫荧光素酶相对活性值为21258.75±1563.64、质粒PLdel-E-box的虫荧光素酶相对活性值为17082.00±89.51。与野生型质粒PL45相比,PLdel-ARE、PLdel-E-box突变型质粒表达的虫荧光酶相对活性值显著上升。结论ARE及E-box顺式调控元件具有负性调控作用。     

Synergistic recognition of an epigenetic DNA element by Pleiohomeotic and a Polycomb core complex

Polycomb response elements (PREs) are cis-acting DNA elements that mediate epigenetic gene silencing by Polycomb group (PcG) proteins. Here, we report that Pleiohomeotic (PHO) and a multiprotein Polycomb core complex (PCC) bind highly cooperatively to PREs. We identified a conserved sequence motif, named PCC-binding element (PBE), which is required for PcG silencing in vivo. PHO sites and PBEs function as an integrated DNA platform for the synergistic assembly of a repressive PHO/PCC complex. We termed this nucleoprotein complex silenceosome to reflect that the molecular principles underpinning its assemblage are surprisingly similar to those that make an enhanceosome.     

A large deletion in the human alpha-globin cluster caused by a replication error is associated with an unexpectedly mild phenotype

We have characterized a newly identified 16.6 kb deletion which removes a significant proportion of the human alpha-globin cluster including the psizeta1, alpha(D), psialpha1 and alpha2-globin genes but leaves the duplicated alpha1 gene intact. This complicated rearrangement results from a combination of slippage and strand switching at sites of microhomology during replication. Functional analysis shows that expression of the remaining alpha1 gene is increased, rather than down-regulated by this deletion. This could be related to its proximity to the remote upstream alpha-globin regulatory elements or reduced competition for these elements in the absence of the dominant alpha2-globin gene. The finding of a very mild phenotype associated with such an extensive deletion in the alpha-globin cluster implies that much of the DNA removed by the deletion is likely to be functionally unimportant. These findings suggest that other than the upstream regulatory elements and promoter proximal elements there are unlikely to be additional positive cis-acting sequences in the alpha-globin cluster.