基于医疗数据的属性约简聚类分析算法

通过医疗数据预测疾病的发展状况具有十分重要的意义。介绍聚类分析和属性约简的概念,阐述典型的聚类分析流程和新的基于属性的约简聚类分析算法,通过对医疗数据进行属性约简,可极大提高聚类分析过程的效率,同时通过与现有经典聚类算法的比较,证明该算法的有效性。     

蛋白质网络和基因表达数据与癌症转移的预测

若能鉴别出最易发生转移的癌症患者将挽救生命和避免过度治疗。Ideker等提出，蛋白质网络和基因表达数据可能提高乳腺癌转移的预测率。     

基于SOM网络的医用化学实验教学质量评价

目的对基础医学系教师医用化学实验教学进行综合评定,为改进实验教学提供有益的参考。方法建立实验综合评估指标体系,然后运用SOM神经网络对10个教师的实验教学质量进行分类和评价。结果用该方法对教师的实验教学质量进行了分类,对每类教师的教学优点和缺点进行了评价。结论SOM神经网络能对不同教师的教学质量进行分类和比较分析,为管理部门提供了教学质量管理的科学依据。     

论方向数据的聚类分析

方向数据的聚类分析对与疾病的时间聚集性进行分析、季节分层分类等有极其重要的意义。本文借助线性有序优分割法的基本思想，导出方向数据的最优分割类法；借助条件系统聚类性的基本思想，导出方向数据的条件聚类法；同时又提出了两种简捷法，并对４种方法的优缺点进行评价，讨论它们之间的关系。     

基因表达谱数据缺失值的估计方法

目的探讨常用的基因表达谱数据缺失值填充方法对于提高目前流行的基因表达谱数据分类器一支持向量机性能的影响。方法采用公开发表的酵母菌基因表达谱数据．及Ribo功能类作为类属性构成训练集。分别利用KNN法和类均值法对其缺失值进行填充后．基于完整的表达谱数据对SVMs模型进行训练。采用k折交叉验证法避免训练中的过拟合问题，绘制CV准确率等高线图监控模型参数的迭代。采用检验对所得模型的性能进行评价。结果KNN法填充下。SVMs模型的CV准确率维持在99．554％；类均值法填充下，SVMs模型的CV准确率从99、554％上升至99．635％。对于模型性能的统计学愉验显示．两者差异无统计学意义。结论根据模型性能的统计学检验结果，两种填充方法对于SVMs模型性能改善的差别没有统计学意义。研究者可以根据实验条件和基因表达谱数据的特点任意选取两种填充方法进行处理。     

基于2012-2018年面板数据的人均卫生费用的聚类分析

目的:通过聚类了解人均卫生费用的区域分布,基于聚类结果分析不同水平人均卫生费用的影响因素,提出合理化政策建议.方法:选取2012-2018年31省市面板数据,运用k-means聚类的方法,基于聚类结果构建双向固定效应模型,探究不同地区影响我国人均卫生费用的因素,并分析地区差异性.结果:聚类分析结果将31个省、市、自治区...     

cDNA微阵列结合聚类分析探讨大鼠心肌缺血-再灌诱导的基因表达谱改变

目的：探讨大鼠心肌缺血-再灌诱导的基因表达谱改变,为揭示心肌内源性保护的分子机制提供新的线索和思路。方法：采用反复短时间结扎及松解左冠状动脉主支构建大鼠心肌缺血-再灌反应动物模型,运用含4 097个大鼠基因点的cDNA芯片检测大鼠心肌缺血-再灌处理后不同时间点（1,3,6,12,24 h）的基因表达情况,并采用SOM算法将具有相似表达模式的基因进行聚类。结果：短时间缺血后再灌1,3,6,12,24 h分别有75,779,205,155,166个基因表达发生改变。具有相同表达模式的基因被聚为12类。结论：心肌缺血-再灌可以诱导心肌的基因表达谱发生改变,具有相似表达模式的基因可能具有相似的功能或相似的表达调控机制。     

Apriori关联规则在基因表达数据中的应用研究

众多的基因数据形成了海量的基因数据环境,在复杂的基因关系中准确建立基因数据的关联关系,对疾病的诊疗至关重要.传统的Apriori算法受到基因数据海量、基因数据关联复杂的影响,导致效率降低.本文提出改进的Apriori算法应用在基因表达数据中,首先减少生成的频繁项集,来减少剪枝中判断数据的数量,从而节约了大量的时间.通过实验数据的计算验证了本算法的有效性.     

基因表达聚类结果的信息熵评价方法

目的探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据.方法采用entropy信息熵方法,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度,并将该指标作为一种评价依据.结果将该方法应用于Lyer的血清刺激表达数据集聚类结果的评价,给出了六种聚类方法的entropy图.结论本研究首次提出用熵理论评价聚类结果,并观察到同一数据集由于功能聚类信息的不同而引起的评价结果的差异.并且结果显示SOM和模糊聚类算法对分析处理Lyer的血清刺激的基因表达数据更为合理.     

基于数据库语言实现基因表达谱数据的单因素重复测量方差分析

目的创建一个能够适合基因表达谱数据的批量统计分析软件,实现单因素重复测量方差分析的批量处理。方法使用数据库管理软件Visualfoxpro,开发包含数据转换、数据字典、数据统计分析以及数据结果汇总等模块,以达到基因表达谱数据单因素重复测量方差分析需求。结果利用本软件对miRNA时间序列表达谱进行分析,结果表明本软件适用于重复测量样本的基因表达谱数据的规模化分析。结论本软件优于传统统计软件的优势足可以批量完成单因素重复测量方差分析,特别适合基因表达谱数据特异基因表达的筛选。     

一种改进的SOM神经网络在污水处理故障诊断中的应用

自组织映射（SOM）神经网络初始权值的选取对神经网络的性能有重要的影响。采用改进的帝国竞争算法（ⅡCA）优化局部权重失真指数（LWDI）寻优SOM神经网络的初始权值;利用改进后的SOM神经网络（ⅡCA-SOM）对污水处理过程数据进行聚类和故障诊断。实验结果表明,与传统的SOM算法相比,ⅡCA-SOM算法取得了更好的聚类效果,且故障诊断的误诊率更低。     

基于样本密度信息与竞争网络的聚类中心点获取算法

在聚类分析中初值的选取对聚类结果起着关键性的作用。本文在Chiu算法思想的基础上,提出了一种根据样本密度信息获取中心点的算法。该算法不需要任何参数的设定就可实现中心点的获取;之后再通过竞争网络对获取到的中心点进行训练,使中心点更加靠近每一类的中心。仿真实验表明：该算法是有效的且具有很高的可靠性,保证了网络训练前的中心点分布在不同的类簇中,提高了网络的训练效率。     

辣椒VQ基因家族的鉴定与低温胁迫下的表达分析

目的：从辣椒（Capsicum annuum L.）全基因组中鉴定VQ基因,并进行基因结构、基因进化、染色体定位以及组织表达和低温诱导表达分析。方法利用辣椒基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定辣椒基因（CaVQ）家族成员;利用MEME、GSDS 2.0、DNAMAN8、MapInspect 等软件进行基因结构及染色体定位分析;采用MEGA6.0软件进行系统进化树分析;利用RNA-seq数据及qRT-PCR的方法进行辣椒组织表达模式和低温胁迫分析。结果辣椒全基因组中含有29个CaVQ基因;CaVQ基因结构相对简单,不均匀地分布在辣椒各染色体上;CaVQ基因家族分为2组(GroupⅠ和GroupⅡ)及6个亚组(GroupⅠa、GroupⅠb、GroupⅠc、GroupⅡa、GroupⅡb和GroupⅡc);不同组织中CaVQ基因的表达量具有一定差异,低温胁迫可抑制或激活部分CaVQ基因表达量。结论 CaVQ基因家族包括29个成员,分为2组,6个亚组,分布于10条染色体上,其组织表达模式及基因响应具有多样性。     

利用基因富集和Meta分析初步筛选多囊卵巢综合征相关基因

目的 为了了解多囊卵巢综合征(PCOS)发病遗传机制,为PCOS的治疗及进一步研究提供理论基础.方法 通过基因组富集(GSEA)和整合分析(Meta分析)的方法,对从NCBI的GEO库中下载的3套基因表达芯片进行分析.结果 找到每一套数据的差异基因,以及富集出通路.另外,Meta分析得到3套数据集的共同差异基因.结论 ...     

胃脘痛证候的聚类分析及因子分析研究

目的采用聚类分析及因子分析的数据挖掘方法,对胃脘痛的中医临床证候及四诊信息进行研究。方法收集640例755诊次胃脘痛病例,记录症状、舌象和脉象等临床资料,对临床资料进行聚类分析及因子分析。结果胃脘痛临床证候可分为六类:脾胃虚寒、肝气犯胃、湿热中阻、脾胃气虚、痰湿内蕴、瘀血停胃,每一类证候对应贡献率不同的特异的四诊信息。结论胃脘痛有特异的证候分类及四诊信息,通过数据挖掘方法深入研究,对胃脘痛的规范化诊断提供了有效的数据支持,能提高辨证准确性。     

基于数据挖掘的中药治疗脂溢性皮炎的用药规律探究

[目的] 利用数据挖掘技术探究中药治疗脂溢性皮炎(seborrheic dermatitis，SD)的用药规律，为SD的临床治疗提供参考。[方法] 以中国知网(China National Knowledge Internet，CNKI)、万方数据库、维普数据库收录的文献为资料来源，使用R 4.1、Cytoscape 3.9.1、SPSS Statistics 20.0等软件对符合纳入标准的中药复方进行频次统计、关联规则分析、系统聚类分析等。[结果] 总计纳入方剂129首，包含药物161味，药性以寒、温、平多见，药味以甘、苦、辛为主，归经多归肝、肺、胃经。高频中药前10位为生地黄、黄芩、牡丹皮、白鲜皮、薏苡仁、赤芍、石膏、茯苓、金银花、白术，功效类型主要为清热药和利水渗湿药；关联规则分析显示常用对药有桑白皮-黄芩、淡竹叶-生地黄、荆芥-生地黄、连翘-金银花；常用角药有白鲜皮-薏苡仁-牡丹皮、蝉蜕-牡丹皮-生地黄、赤芍-生地黄-牡丹皮、白鲜皮-薏苡仁-黄芩；常用药物组合为黄芩-牡丹皮-薏苡仁-白鲜皮。聚类分析发现，SD治疗药物分4类聚类效果较好。[结论] 中药论治SD以清热化湿、祛风解表、养血润燥为治疗大法，初步明确中药论治SD的用药规律，可为临床用药及新处方研发提供依据。     

重组人Grn的克隆与表达

目的 :构建人Grn基因原核表达载体并观察其表达。方法 :从人单核细胞系THP-1细胞c DNA中扩增出Grn片段,通过酶切与连接,将Grn片段构建到p GEX-4T-2质粒载体上,再转化入感受态细胞TOP10,菌落PCR鉴定阳性克隆并测序分析,测序正确的重组质粒再转化入感受态细胞DE3中表达蛋白,用Western blot鉴定结果。结果 :构建的p GEX-4T-2表达载体作PCR和双酶切鉴定,证实其中有目的片段完整插入,插入片段测序结果与Grn序列设计完全一致,将其转化入DE3中,Western blot结果表明在细菌裂解上清有分子质量为91KD的融合蛋白。结论 :重组人Grn的克隆与表达成功,为进一步研究Grn的功能奠定了基础。     

RT—PCR法测定内皮素基因表达的建立和初步应用

为阐明内皮素在高血压、动脉粥样硬化及再狭窄发病过程中的作用，建立一种敏感的内皮素基因表达测定方法，该研究采用液氮冷冻组织、盐酸胍、氯仿异戊醇抽提RNA，按PCRDESN程序设计引物进行合成，将mRNA区转录为cNDA，用[α－32P]dCTP掺入PCR扩增，并对特异性条带进行β放射性计数。用反转录──多聚酶链式反应方法测出正常兔心、肺和血管组织中的内皮素mRNA表达。此方法系一种灵敏、简捷、特异的半定量测定内皮素mRNA的方法。     

山蛭素Hs基因在甲醇毕赤酵母中表达

【目的】山蛭素基因在甲醇毕赤酵母中表达。【方法】利用PCR点突变方法改造山蛭素基因 ,将山蛭素基因克隆到pGEM Teasy载体中。对重组质粒测序 ,构建了毕赤酵母表达载体 pPIZB Hs ,然后转化有活性的GS115酵母菌株 ,筛选表达酵母菌株GS115 ,摇瓶发酵。【结果】改造的山蛭素基因在重组酵母中表达 ,重组蛋白质具有对凝血酶抑制活性。【结论】利用PCR点突变方法能改造山蛭素基因 ,并能在毕赤酵母中表达