联苯胺对k-ras基因DNA损伤位点研究

目的在核酸序列水平定位检测联苯胺对Ivras基因的DNA损伤。方法联苯胺染毒TK6细胞,提取基因组DNA,制备Ivras基因外显子2的单链探针,应用依赖随机化末端连接物PCR进行Southern blot杂交,对产物进行测序分析。结果联苯胺染毒剂量100μmol／L检测到较k-ras外显子2短的一条清晰的杂交条带,测序结果表明linker与k-ras外显子2的第66位碱基T发生连接。结论首次证实联苯胺可引起Ivras外显子2发生DNA损伤,该损伤位点位于k-ras外显子2的第65位碱基G,可能是联苯胺重要的致癌作用靶点。     

N-ras基因DNA损伤检测方法的建立

目的 建立应用依赖随机化末端连接物PCR（RDPCR）技术检测N—ras基因DNA损伤的试验方法。方法 采用单引物PCR技术制备N—ras基因外显子1单链探针,酶切构建DNA损伤模型,再经RDPCR扩增后与探针杂交显色。结果 单引物PCR技术制备单链探针获得成功,目的基因在相应位置出现了清晰的杂交条带。结论 RDPCR技术可定位检测到该酶切DNA损伤位点,表明该方法已成功建立,将有利于其在化学致癌作用机制研究及肿瘤预防领域的应用。     

基于ChIP-seq技术的肺癌细胞DNA碱基损伤热点全基因组分析

目的 建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律.方法 利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)技术对A549细胞中与脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶...     

分子病理学技术应用原理和适用范围

1Southern杂交：Southern杂交是1975年由Southem提出，并以其名字命名的一种DNA特定序列定位技术。由于此方法具有特异性强、灵敏度高、应用广泛等优点，已成为DNA分析特别是基因组DNA分析中的最常用手段之一。Southern杂交的基本方法是，从组织或培养细胞中获得全部的基因组DNA。以一种或多种限制性核酸内切酶进行消化，通过琼脂糖凝胶电泳按分子量大小分离酶切所得到的片段，然后使这些DNA片段在原位发生变性，     

一管酒精法提取转基因小鼠胚胎组织基因组的实验方法及应用

目的：优化提取基因组的方法,建立高效、简便、快速提取基因组DNA的方法,用于大批量转基因小鼠鉴定。方法：用一管酒精基因组DNA抽提法抽提基因组DNA。结果：经过分光光度法检测基因组DNA浓度、纯度及电泳分析DNA质量,显示一管酒精抽提法提取的基因组与经典酚氯仿提取法提取的基因组产量、纯度及质量没有明显差别;酶切全基因组后,2种方法获得的基因组都可以被酶完全切开;两者模板都能成功应用PCR扩增来鉴定基因敲入小鼠并可应用于基因组测序及Real-time PCR检测基因敲入小鼠中外源基因并鉴定其相对拷贝数。结论：一管酒精基因组抽提法得到的DNA质量可靠,可高效、简便、快速鉴定转基因小鼠及进行基因组DNA酶切、测序、Real-time PCR等后续实验。     

一管酒精法提取转基因小鼠胚胎组织基因组的实验方法及应用

目的:优化提取基因组的方法,建立高效、简便、快速提取基因组DNA的方法,用于大批量转基因小鼠鉴定。方法:用一管酒精基因组DNA抽提法抽提基因组DNA。结果:经过分光光度法检测基因组DNA浓度、纯度及电泳分析DNA质量,显示一管酒精抽提法提取的基因组与经典酚/氯仿提取法提取的基因组产量、纯度及质量没有明显差别;酶切全基因组后,2种方法获得的基因组都可以被酶完全切开;两者模板都能成功应用PCR扩增来鉴定基因敲入小鼠并可应用于基因组测序及Real-time PCR检测基因敲入小鼠中外源基因并鉴定其相对拷贝数。结论:一管酒精基因组抽提法得到的DNA质量可靠,可高效、简便、快速鉴定转基因小鼠及进行基因组DNA酶切、测序、Real-time PCR等后续实验。     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的 应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法 提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA，并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体，挑选阳性克隆，用PCR扩增．以纯化的PCR产物做探针，制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头，用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3，与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果 芯片杂交结果经扫描分析，发现42个K562细胞肿瘤特异性基因，进一步用序列分析证实．其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论 我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因．为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

小鼠Pkhd1条件性基因打靶载体的构建

目的构建小鼠Pkhd1条件性基因打靶载体,为建立Pkhd1条件性敲除小鼠模型奠定基础。方法以正常小鼠(129xl/SvJ)基因组DNA为模板,扩增小鼠包括第6号外显子的Pkhd1基因部分序列,通过引入LoxP和Neo基因等步骤,建立条件性敲除Pkhd1第6号外显子的条件性基因打靶载体。结果经多个限制性核酸内切酶酶切鉴定和测序证实,构建的小鼠Pkhd1基因条件性打靶载体符合设计要求。结论成功构建了小鼠Pkhd1条件性基因打靶载体,为建立Pkhd1基因条件性敲除小鼠打下了基础。     

汉族和布依族个体preproEGF基因DNA序列中3个新的单核苷酸多态性研究

目的 探测鉴定汉族和布依族个体表皮生长因子前体基因(preproEGF)第20、21外显子及其内含子DNA序列区段中的单核苷酸多态.方法 设计合成11条引物分别以布依族和汉族个体的基因组DNA为模板进行大片段PCR扩增和产物的DNA测序;以GenBank资料库相应的核酸序列为参照分析比较布依族、汉族个体和外国人种的...     

核酸营养对铅染毒大鼠淋巴细胞DNA损伤的影响

目的研究核酸对铅染毒大鼠淋巴细胞DNA损伤的保护作用。方法纯种雄性健康Wistar大鼠,随机分为正常对照组、铅染毒组、核酸低剂量组、核酸高剂量组。对照组正常饮水,其余3组饮0.8%醋酸铅水溶液,核酸组灌胃核酸,对照组、染毒组灌蒸馏水。5周后,采用单细胞凝胶电泳技术对各组大鼠外周血淋巴细胞DNA损伤进行分析。结果染毒组大鼠淋巴细胞DNA的迁移率和尾长显著高于对照组,核酸组大鼠淋巴细胞DNA的迁移率和尾长显著低于染毒组,在统计学上差异有显著性(P<0.05)。结论慢性铅染毒可致大鼠淋巴细胞DNA损伤,饮食核酸对淋巴细胞DNA损伤具有一定的保护作用,可减轻铅染毒所造成的氧化损伤。     

Randomized Terminal Linker—dependent PCR：A Versatile and Sensitive Method for Detection of DNA Damage

Objective To design and develop a novel, sensitive and versatile method for in vivo foot printing and studies of DNA damage, such as DNA adducts and strand breaks. Methods Starting with mammalian genomic DNA, single-stranded products were made by repeated primer extension, these products were ligated to a double-stranded linker having a randomized 3′ overhang, and used for PCR.DNA breaks in p53 gene produced by restriction endonuclease AfaI were detected by using this new method followed by Southern hybridization with DIG-labeled probe. Results This randomized terminal linker-dependent PCR (RDPCR) method could generate band signals many-fold stronger than conventional ligation-mediated PCR (LMPCR), and it was more rapid, convenient and accurate than the terminal transferase-dependent PCR (TDPCR). Conclusion DNA strand breakage can be detected sensitively in the gene level by RDPCR. Any lesion that blocks primer extension should be detectable.     

A study of DNA fingerprinting in China

A recombinant DNA insert which could be hybridized with variable number of tandem repeat (VNTR) sequence probe was obtained from the screening of human genomic DNA library and it was cloned into plasmid for using as a probe designated as ph 296. Highly individual specific DNA fingerprints was produced by hybridizing radioactive labelled ph 296 with restriction endonuclease Hinf I digested genomic DNA of Chinese individuals of Han origin. The number of DNA fragments greater than or equal to 4 kb per individual was 13.6 +/- 3.0; the frequency of shared DNA fragments in unrelated random-paired individuals was 0.25; and the probability that all fragments were detected in both random-paired individuals was 2.0 x 10(-9). ph 296 is an locus-specific probe. The application of DNA fingerprinting is discussed.     

化学发光加强法核酸标记检测系统用于猪DNA指纹分析的研究

目的　探讨化学发光加强法(ECL)核酸直接标记和检测系统应用于猪的DNA指纹分析的可行性。方法　采用人源α-珠蛋白3'HVR探针,应用ECL核酸直接标记和检测系统,对西双版纳小耳猪进行了Southern杂交DNA指纹分析,获得了最适实验条件。结果　取10μg基因组DNA于30μl反应体系中,加入HinfⅠ或HaeⅢ内切酶3～5U/μgDNA,酶切消化4h,消化液在50V电压条件下4℃电泳20h,采用真空转移法进行脱嘌呤、碱变性、中和及转膜,时间分别为15min、15min及20min,转膜采用20×SSC真空转移1h至hybondN+尼龙膜上,大大提高了转膜效率。以HRP标记探针进行管中杂交,以化学发光法进行检测,室温放射自显影30min,获得了清晰可辨的DNA指纹图。结论　该方法可用于猪的DNA指纹分析,其效果与同位素标记探针的效果基本一致。     

寡核苷酸阵列芯片快速鉴定大肠杆菌O157:H7初步研究

目的设计、制作一种微型化寡核苷酸阵列芯片，评价快速鉴定肠出血性大肠杆菌O157：H7的效果。方法多重PCR扩增大肠杆菌O157：H7七个特异性基因位点（rfbE、flicH7、intimin、Shiga-like toxins Ⅰ and Ⅱ、hemolysin A和uidA）．通过PCR反应掺入SpectrumOrang^TM-dUTP获取荧光标记的靶序列，与制备的芯片寡核苷酸探针杂交。结果寡核苷酸阵列芯片检测结果与试验预期相符，获取的杂交图分辨效果明显优于多重PCR琼脂糖凝胶电泳。结论基于玻片的寡核苷酸阵列芯片制作简便，鉴定病原菌检测细菌毒力因子快速、灵敏、特异，有良好的应用前景。     

利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒

目的：利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒。方法：根据序列Blast比对分析结果，设计逆转录不对称PCR扩增引物和寡核苷酸检测探针。采用Trizol试剂从人静脉血中提取总RNA，经过逆转录和不对称PCR扩增得到的PCR产物与排列有寡核苷酸探针的芯片杂交，杂交后的芯片经激光共聚焦扫描分析。结果：SARS阳性样品与寡核苷酸芯片杂交后出现阳性杂交信号，具有不同二级结构的寡核苷酸探针杂交信号强度不一。结论：寡核苷酸芯片适于快速准确、平行大量地检测SARS病毒。     

杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因跨内含子DNA序列的克隆和鉴定

目的：克隆杜氏盐藻双拷贝碳酸酐酶(DCA1)和碳酸酐酶(CA1)基因跨内含子基因组DNA序列。方法：利用跨内含子PCR方法,从杜氏盐藻基因组中克隆DCA1和CA1基因跨内含子基因组DNA序列。结果：DCA1基因跨内含子长度为4407bp,含7个外显子,由此推定的氨基酸序列长度为555个氨基酸残基;而CA1基因跨内含子长度为4473bp,含8个外显子,其推定的氨基酸序列长度为498个氨基酸残基。这2种基因的所有外显子一内含子交接点处序列都遵守GT—AG规律。结论：首次克隆得到了杜氏盐藻DCA1和CA1基因跨内含子DNA序列。     

去甲二氢愈创木酸对恶性胶质瘤细胞基因组甲基化水平的影响及其意义

目的：探讨去甲二氢愈创木酸（NDGA）诱导人恶性胶质瘤细胞系SHG－44细胞分化过程中基因组甲基化状态改变及其意义。方法：合成甲基化敏感性AP－PCR引物,用AP－PCR方法检测SHG－44细胞基因组甲基化状态,观察NDGA诱导该细胞分化过程中甲基化水平的变化。结果：对照组基因组DNA经MspI酶解后AP－PCR扩增片段比HpaII酶解后的扩增片段小,几乎未见存留大片段,至少有3个片段与HpaII酶解片段不同。同一时相点HpaII酶解后扩增产物相比,NDGA处理后基因组DNA Msp I酶解后的扩增产物量较少、条带较多,且随时相点延长产物量逐渐增加,条带增多。结论：NDGA诱导人恶性胶质瘤细胞SHG－44细胞分化过程中基因组甲基化状态增高,推测基因组甲基化状态可能是NDGA诱导胶质瘤细胞分化的作用靶点之一。     

单纯疱疹病毒Ⅰ型胸苷激酶基因的扩增、克隆和测序

目的：对单纯疱疹Ⅰ型胸苷激酶基因扩增、克隆和测序．方法：从单纯疱疹病毒Ⅰ型（ＨＳＶ－１）１７ｓｙｎ＋株感染的ＢＨＫ２１细胞上清液中提取ＨＳＶ－１基因组ＤＮＡ，以此为模板，用ＰＣＲ方法扩增胸苷激酶（ＴＫ）．将扩增的片段克隆入载体ｐＵＣ１８中，并进行测序．结果：除终止码外，ＨＳＶ－１ＴＫ基因全部编码区为１１２８ｂｐ，编码３７６个氨基酸，其中含１２个蛋氨酸，４个半胱氨酸．ＴＫ的第２４９和２５０位氨基酸残基分别为Ｌｅｕ和Ｇｌｎ，其相应密码子为ＣＴＧ，ＧＡＧ，构成１个ＰｓｔＩ位点，第３１３和３１４氨基酸残基分别为Ａｓｐ和Ｖａｌ，其相应密码子为ＧＡＣ和ＧＴＣ，构成另一个ＰｓｔＩ位点．结论：本研究扩增出了ＨＳＶ－１ＴＫ基因的全部编码区序列