基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的网络药理学分子机制探析

目的 基于网络药理学研究穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的分子机制。方法 在相关数据库获取穿心莲内酯的潜在作用靶点,筛选口腔鳞状细胞癌的潜在靶点,使用Venny数据库获得其共同靶基因,使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互相作用网络图,使用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路分析,使用Cytoscape软件寻找关键靶基因,并使用分子对接进行验证。结果 穿心莲内酯找到100个潜在靶点,口腔鳞状细胞癌找到1990个潜在靶点,两者有31个共同靶基因,GSK3β与JAK2被认为是穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的关键基因。结论 本研究体现了穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的潜在分子机制,为进一步研究口腔鳞状细胞癌的治疗提供新的方案与思路。     

基于网络药理学的蓝芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制研究

目的 研究蓝芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎的相关分子靶点及分子作用机制.方法 使用TCMSP数据库检索蓝芩口服液的主要活性成分及其作用靶点.使用GeneCards数据库,检索新型冠状病毒肺炎的疾病相关基因靶点.使用韦恩图对蓝芩口服液主要活性成分作用靶点及新型冠状病毒肺炎相关基因靶点取交集得到共同基因靶点.使用Cytosc...     

柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎网络药理学分子机制研究

目的 基于网络药理学研究柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎的药物成分,预测作用靶点,并探讨其潜在的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集柴胡-黄芩药对的药物成分及相应作用靶点;运用STRING数据库与Cytoscape软件构建“药物成分-靶点”网络和蛋白相互作用网络;通过ClueGO对靶点的基因本体...     

基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制.[方法]应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性化学物质-疾病-作用靶点"网络图,借助String数据库平台构建...     

基于网络药理学探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的分子机制

目的通过网络药理学初步探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的可能作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台获得麻黄汤的有效活性成分及其作用靶点,再在UniProt数据库中利用Perl脚本获取药物靶点对应的人类基因。通过OMIM和GeneCards数据库收集与发热相关的疾病靶点。运用Venny平台获取药物-疾病交集的靶点基因后,通过STRING数据库建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。运用R×64 3.6.1软件对PPI网络中的30个关键基因进行可视化,并对所有交集靶点基因进行功能富集和通路富集分析。结果获得141个麻黄汤有效活性成分及194个药物-疾病交集的靶点基因,筛选出30个关键基因,包括STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL-6、CXCL2、VEGFA、IL-1B等。交集靶点基因涉及DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合、细胞因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性等170个生物过程,同时主要涉及胞内磷脂酰肌醇激酶-蛋白激酶B信号通路、低氧诱导因子1信号通路、核因子κB信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路等46个信号通路。结论麻黄汤缓解新...     

基于网络药理学探讨金鸡胶囊治疗盆腔炎的分子机制研究

目的 利用网络药理学方法探索金鸡胶囊复方治疗盆腔炎的分子机制。方法 使用中药系统药理学分析平台搜集金鸡胶囊药方单味药活性成分,Uniprot数据库获取主要活性成分靶基因,Genecards与OMIM数据库中检索盆腔炎相关靶基因,Draw Venny Diagram在线程序获得单味药活性成分治疗盆腔炎的靶基因,Cytoscape 3.7.1软件构建金鸡胶囊-活性化学成分-靶基因-盆腔炎的中药调节网络,DAVID数据库进行京都基因富集分析;Cytoscape 3.7.1绘图。结果 获得活性成分75个,与疾病的交集基因靶点101个,信号通路等161条。结论 金鸡胶囊治疗盆腔炎呈多成分、多靶基因、多信号途径。     

基于网络药理学和生物信息学的长春新碱治疗乳腺癌分子机制研究

<正>乳腺癌是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤。根据肿瘤的分期和患者身体状况,可采用手术、化疗、内分泌治疗、靶向治疗及中医药辅助治疗等多种手段,而化疗方案中常用药物有蒽环类、紫杉醇类以及长春新碱等。长春新碱(vincristine,VCR)治疗乳腺癌具有较好的临床疗效^[1-3]。本文基于网络药理学和生物信息学方法,通过相关数据库筛选VCR治疗乳腺癌的靶点,分析其生物学功能和作用信号通路,从而探讨VCR治疗乳腺癌的分子作用机制。     

基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制

目的 基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制。方法 通过TCMSP、OMIM等数据库对青蒿素的作用靶点及结直肠癌的疾病靶点进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶点取交集,采用STRING数据库、Cytoscape3.8.2软件及相关插件构建蛋白相互作用网络图,利用DAVID对核心靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共筛选获得青蒿素活性成分22个,作用靶点499个,将药物成分靶点与青蒿素疾病靶点取交集共获得靶点12个,构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得TP53、EGFR、CCND1、CDKN2A、AKT1和RB1等关键靶点。GO分析显示,青蒿素对结直肠癌的作用机制涉及从RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质磷酸化、对雌激素的反应等过程。KEGG通路富集为Pathways in cancer通路等;分子对接结果显示,关键靶点TP53与活性成分青蒿素结合能为-4.0Kcal/mol;免疫浸润结果显示TP53表达与CD8⁺T Cell呈正相关。结论 青蒿素治疗结直肠癌具有多靶点、多通路的特点,可能通过关键靶点T...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的 针对射麻口服液抗病毒机制不明的问题,采用网络药理学和分子对接技术,分析其主要有效成分和作用靶点并构建相应通路,探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒的作用机制.方法 利用TCMSP数据库及文献检索收集射麻口服液中每味药的活性成分及其作用靶点,运用GeneCards数据库收集新型冠状病毒肺炎的相关靶标,通过韦恩图获取射麻口...     

基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的分子作用机制.方法 经TCMSP数据库检索玉屏风散所有药物的成分并进行ADME筛选得到活性成分,在Uniport数据库检索其发挥治疗作用可能的基因靶点;借助GeneCards、PharmGKB等数据库检索荨麻疹相关基因靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性...     

基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

基于网络药理学和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学分析和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的分子作用机制.方法 结合查阅文献及中药系统药理学数据库与分析平台筛选出斑蝥活性成分,利用SwissTargetPrediction预测其作用靶点.采用GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的疾病靶点.通过R软件绘制药物-疾病交集共同靶点的维恩图.使用Cytosac...     

基于网络药理学茵陈治疗肝炎分子机制研究

目的茵陈在临床上用于肝炎的治疗具有疗效明确、不良反应少的特点。通过网络药理学的方法,筛选茵陈的主要活性成分,构建药物-成分-疾病-靶点网络,探讨其对肝炎作用的分子机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、Genecard、在线《人类孟德尔遗传》(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)和String等数据库,获取茵陈所含的化学成分及靶点、肝炎疾病靶点和蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)信息。通过Cytoscape 3.7.2构建药物-成分-疾病-靶点网络信息。基于生物信息学开源软件Bioconductor和R语言对茵陈作用的生物学过程和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)进行富集分析。结果茵陈的13个有效成分通过调控156个靶点和160条通路对肝炎进行治疗,且AKT1、IL6、VEGFA、JUN等靶蛋白是其治疗肝炎的关键基因。结论该研究基于网络药理学方法对茵陈治疗肝炎作用机制有了新的认识,阐明茵陈活性成分与肝炎的关系,为临床药物治疗提供了科学依据。     

基于网络药理学的续断抗骨质疏松分子作用机制研究

目的：基于网络药理学探讨续断治疗骨质疏松症（osteoporosis,OP）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,以药代动力学特征为标准获取续断的活性成分,并预测相关活性成分的作用靶点;与GeneCards和DisGeNET数据库获取的骨质疏松疾病靶点映射,筛选续断治疗OP的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建中药?活性成分?疾病?靶标调控网络和潜在靶点间的蛋白互作网络。同时通过Enrichr在线工具进行潜在靶点的GO分析以及KEGG通路富集分析。最后通过AutoDock Vina软件将续断活性成分与重要的靶蛋白进行分子对接验证。结果：共获得续断活性化合物8个,根据靶点预测技术预测出相关靶点53个,与疾病靶点映射得续断?OP疾病交集靶点14个。富集分析显示续断可通过多条主流信号通路及细胞代谢过程调控OP的发生发展。分子对接实验证实续断的活性成分和靶标之间具有良好的结合能力。结论：续断除了通过直接作用骨代谢相关途径,还参与调控上下游多条信号通路,从而干预OP的进展。     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...     

基于网络药理学和分子对接探讨宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术,探究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID数据库筛选宣肺润燥解毒方活性成分,利用有关数据库筛选新冠肺炎相关靶点。以Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出宣肺润燥解毒方有效成分3019个,潜在靶点525个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素与关键靶点ATK1、TNF、TP53具有良好亲和力。结论 本研究初步明确宣肺润燥解毒方通过多成分-多靶点-多通路治疗新冠肺炎的作用机制,为深入研究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制提供了前期参考。