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1.
目的基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制。 方法采用GeneCards数据库获取类风湿关节炎的靶点,中药靶点采用中药系统药理学分析平台(TCMSP),依据OB≥30%,DL≥0.18为桂枝活性成分的筛选条件,获取相应靶点信息。将类风湿关节炎的疾病靶点和桂枝的靶点做交集分析,将得到的共同靶点进行蛋白PPI互作分析,利用DAVID数据库分析靶点的GO基因功能和富集通路。 结果TCMSP数据库共筛选出桂枝48个靶点。进行交集分析,共得到30个共同靶点;共同靶点PPI蛋白互作网络图显示,关键靶点之间联系密切;基因富集分析显示,30个共同靶点与146个基因功能相关,与56条信号通路相关。 结论本研究通过网络药理学发现,桂枝能作用于BAX、CASP3、CASP8、CASP9、TGFB1、JUN和PIK3CG,通过TNF通路,抑制炎症反应发挥其抗炎活性。  相似文献   

2.
目的:通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果:中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论:甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。  相似文献   

3.
【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集;运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...  相似文献   

4.
目的通过网络药理学探究苇茎汤治疗哮喘急性发作的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选苇茎汤药物活性成分,使用Uniprot及TCMSP数据库查找药物活性成分及潜在靶点,运用Cytoscape构建"中药-活性成分-靶点"网络图。在Drug Bank、Gene Cards、TTD等数据库中搜索哮喘急性发作的疾病靶点,将苇茎汤药物活性靶点与哮喘急性发作的疾病靶点取交集,并制作韦恩图。借助String数据库及Cytoscape软件分析交集靶点的蛋白与蛋白相互作用,并绘制PPI图。运用的Cytoscape的MCODE及cytohubba插件探索药物-疾病交集靶点关系。运用Metascape分析平台探索交集靶点的GO、KEGG富集情况,使用在线绘图平台绘制GO富集分析图及KEGG动态气泡图。结果苇茎汤共有22个活性成分,获得54个药物活性靶点。搜索哮喘急性发作靶点827个,将药物-疾病靶点取交集,共有20个交集靶点,其中JUN、CHRM1、CASP8、PTGS2、TGFB1等为核心交集靶点。GO富集分析结果为:血液循环、调节离子传输、乙酰胆碱受体活性、蛋白质结构域特异性结合等。KEGG富集分析结果显示苇茎汤治疗哮喘急性发作主要与组织生长因子(TNF)、核转录因子κB(NF-κB)、神经受体-配体相互作用、PI3K-Akt、钙离子、NOD样受体等信号通路有关。结论苇茎汤可能通过控制炎症反应、缓解气道高反应及延缓气道重塑等方面治疗哮喘急性发作。  相似文献   

5.
目的基于网络药理学方法探讨五苓散改善糖尿病肾病的作用机制。方法借助TCMSP中药系统药理学分析平台收集五苓散全方5味中药的化合物及有效靶点;利用GeneCards数据库筛选疾病靶点,取交集并绘制维恩图;运用Cytoscape软件构建疾病-药物-活性成分-关键靶点网络;从STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络;进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果获得50个活性化合物,药物靶点29个,疾病靶点2572个,交集靶点21个。PPI网络关键靶点包括CASP3、ESR1、RELA、AR等。GO功能分析主要糖尿病肾病(DN)结合转录激活活性RNA聚合酶II特异性、类固醇激素受体、类固醇结合、核受体活性、转录因子活性直接配体调节的序列特异性DNA结合等相关。通过分析富集的KEGG通路可以发现,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、细胞凋亡、甲型流感可能是本方发挥作用的主要信号通路。结论本研究初步预判五苓散可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到改善糖尿病肾病的效用,有望对中药复方防治糖尿病肾病提供新的证据和研究思路。  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...  相似文献   

7.
[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...  相似文献   

8.
目的: 基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制。方法: 通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clusterProfiler程序包进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,采用Cytoscape 3.7.0软件构建药材化学成分靶点疾病网络。结果: 筛选出痛经靶点300个,药材靶点184个,发现当归建中汤治疗痛经有24个重要靶点,参与的信号通路有F2信号通路、TNF信号通路和雌激素信号通路等。结论: 当归建中汤治疗痛经的作用机制可能与激素调节、炎症反应等有关,影响与痛经相关的流体剪切应力与动脉粥样硬化及激素信号通路。  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学阐述黄连治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症(PCOS-HA)的可能分子机制。方法 借助TCMSP收集黄连的化合物及有效靶点,运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络;合并GeneCards、OMIM及CTD三库数据筛选的疾病靶点,与药物的有效靶点进行韦恩分析,确定交集靶点;用String数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果 获得11个活性化合物,药物靶点111个,疾病靶点370个,交集靶点37个。蛋白互作网络(PPI)涉及30个蛋白节点,关键靶点包括FOS、JUN、IL-6、MAPK1、NCOA2、CCL2、ESR1、PPARA、CYP1A1、ESR2等。GO功能分析主要与转录调控、药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子的调控、老化、类固醇激素介导的信号通路等相关。KEGG通路46条,主要涉及TNF信号通路、FoxO信号通路等。结论 通过网络药理学证实了单方中药黄连多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了黄连治疗PCOS-HA的可能作用机制,为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。   相似文献   

10.
目的:基于网络药理学方法分析二仙汤活性成分、靶点、通路之间的关系,探讨其治疗绝经综合征的作用机制。方法:依托TCMSP和Uniprot数据库检索并筛选二仙汤的主要活性成分及相关作用靶点,利用Cytoscape软件构建二仙汤活性成分和靶点网络关系图;通过OMIM、GeneCards和DisGeNET 3个数据库中检索绝经综合征的相关基因,获取药物和疾病的交集基因,借助String平台构建PPI网络,利用R语言相关数据包对交集基因进行GO和KEGG通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制中药-成分-疾病-通路-靶点网络图。结果:从二仙汤中共预测得到104个活性成分,筛选得出有效作用靶点224个,与绝经综合征有61个交集基因靶点。GO分析结果表明,二仙汤-绝经综合征基因参与的生物学过程变化主要包括多细胞生物过程、活性氧代谢过程等;细胞组分主要包括囊泡腔、线粒体外膜等;分子功能主要包括细胞因子活性、细胞因子受体结合等。KEGG通路分析结果表明,这些靶点与PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路以及疟疾等多种疾病基因信号通路密切相关。结论:二仙汤中多种活性成分作用于绝经综合征多个基因靶点,可能通过影响不同的信号通路相互作用,改善绝经综合征的症状,为该病的临床治疗提供了新的思路。  相似文献   

11.
目的 运用网络药理学的研究方法,分析炙甘草汤治疗原发性低血压的作用靶点和潜在机制.方法 使用TCMSP,TCMID,BAT-MAN等数据库获取炙甘草汤的化学成分和对应的靶点,在OMIM,Genecards疾病数据库以hypotension为关键词检索低血压的疾病靶点,在string网站对炙甘草汤和低血压的靶点分别进行蛋...  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学方法,以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示,为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法:在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点,在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因;在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点;使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点;在String数据库中进行蛋白相互作用(PPI)数据分析,在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析;使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析,使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果:泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点,与胃溃疡有109个交集靶点,获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论:泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点,以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路,发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用,对胃溃疡起到治疗目的。  相似文献   

13.
Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.  相似文献   

14.
  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。   相似文献   

15.
目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...  相似文献   

16.
运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点,运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络,利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点,运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图(PPI),通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分,作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应,以减少雄激素的合成,发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。  相似文献   

17.
目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症(EMS)的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作(PPI)网络图。对潜在靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个,与EMS相关潜在作用靶基因71个,KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活,脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分,能通过多靶点,多通路发挥EMS保护作用。  相似文献   

19.
目的: 使用网络药理学和分子对接技术研究凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键成分与靶标,并探讨其可能的作用机制。方法: 从中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology, TCMSP)、中医药分子机制生物信息学数据库(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine, BATMAN-TCM)挖掘凉血消斑汤的有效成分并进行靶点预测。在GeneCards数据库中获取寻常型银屑病相关基因。通过Cytoscape 3.7.2软件构建凉血消斑汤成分靶点疾病网络,通过STRING和Metascape分析药物与疾病映射靶标蛋白质的相互作用,并进行富集分析,最后借助AutoDock Vina等软件将核心靶标蛋白与有效成分进行对接验证。结果: 凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键靶点包括蛋白激酶1(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白介素6(IL-6)、JUN蛋白(JUN)及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等,关键的KEGG通路包括IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路及AGE-RAGE信号通路等,其中薯蓣皂苷元、山柰酚、木犀草素、黄芩素与PTGS2、AKT1等靶点的结合能较小。结论: 凉血消斑汤通过直接或间接调控IL-17及PI3K/AKT等信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥对银屑病的治疗作用。  相似文献   

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