乙型肝炎病毒前S1蛋白反式激活蛋白2结合蛋白1基因的克隆及其反式调节基因的筛选

目的 克隆HBV前S1蛋白反式激活蛋白2结合蛋白1(PS1TP2BP1)基因,并筛选与其相互作用的反式激活基因.方法 应用聚合酶链反应(PCR)扩增PS1TP2BP1基因,鉴定正确后再将其亚克隆到真核表达载体pcDNATM3.1/myc-His A上;以真核表达质粒pcDNATM3.1/mycHis A-PS1TP2BP1转染HepG2细胞,构建cDNA消减文库;进行测序及同源性分析.结果 从HepG2细胞来源的cDNA中扩增出PS1TP2BP1基因,并成功进行TA克隆,酶切、测序均正确后,成功构建真核表达重组体.消减文库扩增后得到35个阳性克隆,经菌落PCR分析,得到15个含200～1000 bp插入片段的菌落.对所得片段测序,并进行间源性分析,显示15种已知基因编码蛋白可能是PS1TP2BP1反式激活靶基因.结论 成功克隆PS1TP2BP1,并构建了PS1TP2BP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,为今后进一步分析、研究病毒蛋白的致病机制奠定了基础.     

HCV p7蛋白反式调节新基因3及其剪切体克隆化和生物信息学分析

目的:筛选HCV p7病毒蛋白反式调节的新靶基因p7TP3,克隆p7TP3基因及其不同剪切体基因序列,并进行功能分析,探讨丙型肝炎病毒(HCV)p7病毒蛋白在HCV致病过程中的作用．方法:依据我们构建的真核表达载体pcDNA 3．1(-)-p7转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行基因表达谱芯片分析,利用生物信息学技术获得新基因 p7TP3及其可变剪切体的编码序列,设计特异性引物,并对其进行克隆化研究. 结果:经测序鉴定获得新基因p7TP3的编码序列,并发现了p7TP3的不同剪切体,对 D7TP3基因组进行分析,获得剪切体的编码序列,并进行了克隆化研究及生物信息学分析．p7TP3(416 bp)编码蛋白质序列比 p7TP3(477 bp)少TQNTDVYPGLAVFFQNAL IFFSTLIY 26个氨基酸残基,其余序列相同．结论:HCV p7蛋白是一种典型的病毒基因组编码的具有反式调节作用的蛋白．利用分子生物学技术与生物信息学分析,发现并鉴定了HCV p7TP3反式调节作用的新的靶基因 p7TP3及其剪切体,为阐明HCV p7蛋白的反式调节作用及其机制开辟了新的研究方向．     

HBeAg结合蛋白4基因剪切体HBeBP4A的克隆化

目的:克隆HBeAg结合蛋白未知功能新基因 HBeBP4的剪切体基因HBeBP4A,构建其真核表达载体,并应用生物信息学初步探讨其结构及功能．方法:应用PCR技术从HepG2细胞提取的cDNA扩增HBeBP4基因的剪切体基因 HBeBP4A,选用pGEM-Teasy载体进行TA 克隆,通过PCR,限制性酶切分析及测序进行鉴定,再将其亚克隆到真核表达载体 pcDNATM3．1/myc-HisA,通过PCR,限制酶切分析进行鉴定,并应用生物信息学初步分析其物理化学性质,蛋白质结构和功能．结果:成功扩增出HBeBP4剪切体基因,命名为HBeBP4A．利用生物信息学分析推定其 ORF为1104个核苷酸(nt),编码产物为367个氨基酸残基(aa)．结论:发现了HBeAg结合蛋白4(HBeBP4)基因的剪切体HBeBP4A,构建了pcDNATM3．1／ myc-HisA真核表达载体．     

人CⅡTA基因不同单倍型cDNA真核表达载体的构建

目的 构建人MHCⅡ类反式激活因子（CⅡTA）基因3种不同单倍型cDNA的真核表达载体。方法 以野生型重组质粒EBS-NPL-CⅡTA cDNA为模板,用重叠延伸PCR定点突变技术对CⅡTA基因编码区的两个非同义单个核苷酸多态性（SNP）位点进行突变,制备CⅡTA基因另外3种单倍型CDNA的部分片段。将其分别克隆至EBS-NPL-CⅡTA酶切后的线性化载体上,通过菌落PCR及酶切鉴定获得阳性克隆,并对其进行测序鉴定。然后将4种单倍型的真核表达载体和空载体EBS-NPL分别转染至HepG2细胞,用间接细胞免疫荧光技术检测其HLA-DR分子的表达。结果 成功制备人CⅡTA基因3种单倍型CDNA的部分片段,并获得含有CⅡTA基因3种不同单倍型cDNA完整序列的真核表达载体。证实未经转染和转染空载体的HepG2细胞无HLA-DR分子的表达,转染4种真核表达载体的HepG2细胞均可表达HLA-DR分子。结论 成功构建人CⅡTA基因不同单倍型的真核表达载体,为研究CⅡTA基因不同单倍型功能之间的差异奠定基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因6的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCVNS3病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因，我们应用微矩阵(microarray)技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的PBRTM-3011质粒DNA作为模板，进行多聚酶链反应(PCR)扩增，获得的HCVNS3编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定，构建真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS3。以pcDNA3．1(-)-NS3转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取总RNA，逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术，结合生物信息学技术(bioinformatics)，克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS3，经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PcDNA3．1(-)-NS3转染HepG2后提取总RNA，逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS3反式激活的新型靶基因，命名为NS3TP6，新基因的编码基因序列全长为414个核苷酸(nt)，编码产物由138个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。微矩阵技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因，并成功克隆其中的NS3TP6，为阐明HcvNs3蛋白的反式激活作用及其机制，开辟了新的研究方向。     

应用基因表达谱芯片技术筛选HCV p7蛋白反式调节基因

目的应用基因芯片技术对pcDNA3.1(-)和pcDNA3.1(-)-p7分别转染的HepG2细胞的基因表达谱进行分析,筛选能被HCV p7蛋白反式调节的靶基因,研究p7蛋白的生物学功能。方法以含有HCV全基因组的pBRTM质粒作为模板,应用聚合酶链反应(PCR)扩增p7蛋白编码基因片段,以常规的分子生物学技术构建表达载体pcDNA3.1(-)-p7。以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较。结果构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定,证实准确无误,提取高质量的总mRNA并逆转录成cDNA,进行DNA芯片技术分析。在1152个基因表达谱的筛选中,有1个基因表达水平显著上调,22个基因表达水平显著下调。结论 HCV p7蛋白是一种反式调节因子,p7基因的表达对于肝细胞基因表达谱有显著影响。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因11的克隆化研究

目的 为了探索丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因，我们应用基因芯片技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系H叩G2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV—H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTN-3011质粒DNA作为模板，进行多聚酶链反应(PCR)扩增，获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定，构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-NS5A。以pcDNA3．1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取总RNA，逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术，结合生物信息学技术（bioinformatics)，克隆HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3．1(-)-NS5A，经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PCDNA3．1(-)-NS5A转染HepG2后提取总RNA，逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因，命名为NS5AWll，新基因的编码基因序列全长为1257个核苷酸(nt)，编码产物由418个氨基酸残基(aa)。结论 HCVNS5A是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。基因芯片技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因，这一发现，为阐明HCVNS5A蛋白的反式激活作用及其机制，开辟了新的研究方向。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因NS5ATP13的克隆化研究

目的 应用微矩阵(microauray)技术，结合生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)的反式激活基因，阐明授性HCV感染、肝纤维化及肝细胞癌(HCC)的等相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTM-3011质粒DNA作为模板，进行多聚酶链反应(PCR)扩增，获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定，构建真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS5A。以pcDNA3．1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取总RNA，逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术，结合生物信息学技术，克隆HCVKDA反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3．1(-)-NS5A，经过限制性内切酶作图分析和核苔酸序列分析证实正确无误。以PcDMA3．1(-)-NS5A转染HepG2后提取总MA，逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因，命名为NS5ATP13，在GenBank中登录，登录号为D21262。Ns5ATP13基因的编码序列全长为2103个核苷酸(nt)，编码产物由700个氨基酸残基(aa)组成。结论 丙型肝炎病毒NS5A基因产物具有显著的反式激活作用。微短阵技术是分析基因表达谱变化的自动化和高通量技术。应用这些技术，发现了HCVKDA反式激活作用的新的靶基因，将为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制及HCV相关疾病发病机制奠定基础。     

p7TP2融合蛋白在大肠埃希菌中的表达及其多克隆抗体的制备和应用

目的应用基因芯片技术筛选获得p7蛋白反式调节的新基因,即丙型肝炎病毒(HCV)p7蛋白反式激活基因p7TP2,研究其生物学功能。方法应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增其全长cDNA序列,并构建原核表达载体pET-32a(+)-p7TP2,转入大肠埃希菌Rosetta-gami B中,通过异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组融合蛋白,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析在相对分子量约35kD处有一条特异的蛋白质条带,以包涵体形式表达,并通过蛋白质变性、重折叠及纯化后得到了高纯度融合蛋白,将重组蛋白免疫新西兰大耳白兔,制备抗-p7TP2多克隆抗体。结果经酶联免疫吸附法(ELISA)测定、蛋白印迹(Western blot)和免疫组织化学鉴定,制备的多克隆抗体具有较高效价和特异性。结论 p7TP2蛋白的表达及多克隆抗体的制备为进一步研究HCV p7TP2蛋白的功能及丙型肝炎的发病机理创造了条件。     

HCV p7下调基因p7TP2编码蛋白的亚细胞定位研究

目的进一步研究HCV p7下调基因p7TP2编码蛋白的亚细胞定位。方法构建p7TP2与绿色荧光蛋白(GFP)融合基因的表达载体,转染肝癌细胞系HepG2及绿猴肾细胞系COS-7,通过荧光显微镜观察其亚细胞定位。利用多克隆抗体的免疫组织化学技术,检测p7TP2蛋白在正常肝组织、HBV感染的肝组织、HCV感染的肝组织、肝硬化肝组织、肝癌组织、正常肾脏组织及肾癌组织中的表达。结果蛋白荧光主要集中在细胞浆部分,p7TP2蛋白在阳性组织中同样分布在细胞浆,且在正常组织的表达量显著高于病理组织。结论为进一步p7TP2蛋白的结构和功能的研究奠定了基础。     

A strabismus susceptibility locus on chromosome 7p

Strabismus has been known to have a significant genetic component, but the mode of inheritance and the identity of the relevant genes have been enigmatic. This paper reports linkage analysis of nonsyndromic strabismus. The principal results of this study are: (i) the demonstrated feasibility of identifying and recruiting large families in which multiple members have (or had) strabismus; (ii) the linkage in one large family of a presumptive strabismus susceptibility locus to 7p22.1 with a multipoint logarithm of odds score of 4.51 under a model of recessive inheritance; and (iii) the failure to observe significant linkage to 7p in six other multiplex families, consistent with genetic heterogeneity among families. These findings suggest that it will be possible to localize and ultimately identify strabismus susceptibility genes by linkage analysis and mutation screening of candidate genes.     

Chromosome translocations involving band 7q35 or 7p15 in childhood T- cell leukemia/lymphoma

In a chromosome study in childhood T-cell leukemia/lymphoma, we found t(7;11)(q35;p13) in 2 patients, t(7;14) (q35;q11) in one patient, and t(7;14)(p15;q32) in 1 patient. Southern blotting and in situ chromosomal hybridization studies in one patient with the t(7;11) demonstrated that both alleles of the T-cell antigen receptor beta- subunit gene (TCRB) were rearranged, and that one TCRB allele had relocated from 7q35 to the fusion point in band p13 of the involved chromosome 11 (11p-). These findings suggest that juxtaposition of TCRB with the putative oncogene tcl-2 located in band 11p13 may be a critical step toward development of this T-cell leukemia/lymphoma. In the other two translocations, all breakpoints were sites for lymphocyte function genes, ie, 7q35 for TCRB, 14q11 for T-cell antigen receptor alpha-subunit gene (TCRA), 7p15 for T-cell antigen receptor alpha- subunit gene (TCRG), and 14q32 for immunoglobulin heavy-chain gene (IGH). Thus, the findings in these cases allow us to expand the above hypothesis and propose that the juxtaposition of TCRB or TCRG with tcl- 2, TCRA, or IGH through chromosomal translocation may activate a mechanism for the genesis of T-cell leukemia/lymphoma with these chromosome translocations.     

N-terminal domain of vacuolar SNARE Vam7p promotes trans-SNARE complex assembly

SNARE-dependent membrane fusion in eukaryotic cells requires that the heptad-repeat SNARE domains from R- and Q-SNAREs, anchored to apposed membranes, assemble into four-helix coiled-coil bundles. In addition to their SNARE and transmembrane domains, most SNAREs have N-terminal domains (N-domains), although their functions are unclear. The N-domain of the yeast vacuolar Qc-SNARE Vam7p is a binding partner for the homotypic fusion and vacuole protein sorting complex (a master regulator of vacuole fusion) and has Phox homology, providing a phosphatidylinositol 3-phosphate (PI3P)-specific membrane anchor. We now report that this Vam7p N-domain has yet another role, one that does not depend on its physical connection to the Vam7p SNARE domain. By attaching a transmembrane anchor to the C terminus of Vam7p to create Vam7tm, we bypass the requirement for the N-domain to anchor Vam7tm to reconstituted proteoliposomes. The N-domain of Vam7tm is indispensible for trans-SNARE complex assembly in SNARE-only reactions. Introducing Vam7(1-125)p as a separate recombinant protein suppresses the defect caused by N-domain deletion from Vam7tm, demonstrating that the function of this N-domain is not constrained to covalent attachment to Vam7p. The Vam7p N-domain catalyzes the docking of apposed membranes by promoting transinteractions between R- and Q-SNAREs. This function of the Vam7p N-domain depends on the presence of PI3P and its affinity for PI3P. Added N-domain can even promote SNARE complex assembly when Vam7 still bears its own N-domain.