基孔肯雅病毒WJ0601株基因组全序列测定及分析

目的对保存的基孔肯雅病毒WJ0601株基因组序列进行测定,并阐明该病毒与已报道毒株序列的关系。方法对基孔肯雅病毒基因组编码区分14段进行RT-PCR扩增,对非编码区采用RACE法进行扩增,将扩增产物直接进行测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接得到基因组序列。结果与结论基孔肯雅病毒WJ0601株基因组核苷酸共11826nt,编码3722个氨基酸,其中5′端的2/3基因组编码4种非结构蛋白nsP1、nsP2、nsP3和nsP4;3′端的1/3基因组编码5种结构蛋白C、E3、E2、6K和E1蛋白。结构基因和非结构基因之间有68nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5′端和3′端分别有76nt、526nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与S27-African株的同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.9%,氨基酸序列同源性为99.8%,同属于（ESCA）基因型。     

miRNA在癌症中的临床应用

miRNAs是一类进化上保守的多效性非编码小RNA,通过序列特异性与同源信使核糖核酸（mRNA）的3＇非翻译区（非编码区）靶向相互作用,抑制转录后的基因表达。miRNAs的表达和处理模式在人类多种疾病（包括恶性肿瘤）上表现出多方面的改变,通过靶向作用于几十到数百个基因,可以改变肿瘤发生和发展所必须的基本生物学功能和路径[1]。     

可选择性多聚腺苷酸化的生物学功能

可选择性多聚腺苷酸化（ alternative polyadenylation , APA）是一种普遍存在于真核生物中的基因调控机制。 APA事件的发生能使一个基因产生多种mRNA转录本,从而增加转录本的复杂度。选择不同的多聚腺苷酸化位点可以使不同的转录本具有不同的编码序列,或具有不同长度的3′端非翻译区（3′untranslated region,3′UTR）。不同长度的3′UTR可引起RNA结合蛋白或微小RNA（ miRNA）的结合位点发生变化,进而影响mRNA的稳定性、定位和翻译效率。近年来,APA的研究涉及APA的形成过程、调控APA的机制以及APA对生物学过程和疾病的影响。该文对APA的上述研究进展进行了综述。     

1999年新分离的登革病毒福建株基因组非编码区的结构特征

目的：测定和分析我国登革2型病毒福建株（FJ－11）基因组非编码区（NCR）序列,为探讨其结构特征与功能的关系提供依据。方法：从登革2型病毒感染C6／36细胞中提总RNA,采用RACE法扩增病毒基因组5′和3′端片段,分别将其克隆至pGEM-T载体,挑取阳性克隆进行序列测定,利用RNAdraw软件对非编码区二级结构进行预测。结果与结论：我国登革2型病毒FJ－11株基因组5′和3′非编码区长度分别为96nt和454nt,具有黄病毒共有保守序列和二有结构。与登革2型病毒美洲基因型比较显示,5′NCR第69位核苷酸的改变对其二级结构有影响,3′NCR端约70nt能形成相同的保守结构,而前380nt呈现多处核苷酸的差异而导致峡谷者预测的二级结构差异较大,它们可能对病毒基因组RNA的复制起重要作用。     

miRNA和肿瘤干细胞研究进展

microRNA（miRNA）是一类长度为21-23个核苷酸（nt）的非编码单链小RNA分子,由约70nt的pre-miRNA经Dicer酶剪切加工而来,通过RISC（RNA-induced silencing complex）在转录后对靶基因的表达实施调控。如miRNA与其靶基因mRNA的3’-UTR（非翻译区）片段完全互补,     

人类管家基因和非管家基因microRNA绑定密度的比较及与3′UTR进化保守性关系的分析

目的：该研究从整体水平比较microRNA（miRNA）对管家基因和非管家基因的调控差异并研究3′UTR的进化保守性与miRNA对两类基因调控差异之间的相关性。方法通过对3个基于序列的miRNA靶基因预测软件整合分析,并结合基于miRNA-靶基因的表达谱数据相关性分析,以获得miRNA对两类基因的调控情况,同时利用phastCons保守性分值对两类基因的3′UTR区域进行多物种进化分析。结果研究发现miRNA在管家基因的3′UTR上有显著地高密度绑定,管家基因的3′UTR区域具有相对较高的序列保守性。结论该研究结果突出了miRNA对管家基因表达调控的重要作用,对于重新理解miRNA对真核生物基因表达调控作用具有一定的参考价值。     

幽门螺杆菌cagA长度多态性及其临床意义

目的探讨我国幽门螺杆菌（Hp）分离株细胞毒素相关蛋白A（cagA）基因的分布和多态性情况与Hp感染相关胃十二指肠疾病的关系.方法设计针对cagA基因中一段297bp保守序列以及cagA基因3′端可变区两侧保守序列PCR引物,通过PCR检测82株我国Hp菌株的cagA基因分布情况,及其中77株Hp cagA基因3′端可变区长度多态性.结果 82株Hp中,77株（93.9%）297bp cagA基因片段扩增阳性;包括297bp片段扩增阴性的2株在内,71（92.2%）株可扩增出cagA基因3′端可变区,其中主要为PCR产物长度约825bp的Ⅰ型.结论我国Hp菌株cagA阳性率极高,其3′端可变区主要为较短的Ⅰ型.     

miRNAs在放射医学研究中的应用

microRNAs（miRNAs）是一类内源性的非编码RNA,通过与靶mRNA特异性的结合而导致靶mRNA降解或抑制其翻译,对基因进行转录后调控,进而影响各种生命活动。大量研究表明,miRNAs与辐射致癌效应、辐射增敏效应、肿瘤辐射抗拒和辐射旁效应密切相关,已成为放射医学研究的热点。笔者就miRNAs及其在放射医学研究中的应用作一综述。     

长链非编码RNA在甲状腺癌中的研究进展

甲状腺癌是近年来发病率快速增长的内分泌肿瘤。人类恶性肿瘤与环境因素密切相关,环境改变可诱导机体内某些致病基因发生变化,从而促进了疾病的发生。在对人类的基因转录组的研究过程中,发现了一类长度超过200个核苷酸的非编码RNA,即长链非编码RNA（LncRNAs）,其通过调节基因表达参与细胞分化、增殖、凋亡、迁移和侵袭等肿瘤的发生发展。越来越多的研究发现LncRNAs与甲状腺癌关系密切,许多LncRNAs对甲状腺有致癌或抑癌作用,但其具体功能和作用机制尚不明确。笔者对LncRNAs在甲状腺癌中的最新研究进展进行综述,为探讨LncRNAs在甲状腺癌中的作用机制及其临床应用价值提供依据。     

长链非编码RNA在肿瘤发生、发展中的作用研究进展

非编码RNA是指一类不编码蛋白质,但在生物体生命活动中具有功能的RNA分子。非编码RNA在发育和疾病中有众多角色,而其中一个突出的作用是调节基因的表达。非编码RNA按其长度可分为短链非编码RNA和长链非编码RNA（long non coding RNA,lncRNA）。LncRNA是一类长度大于200 nt、广泛存在于哺乳动物细胞中的一类蛋白非编码序列。LncRNA通过剂量补偿效应、表观遗传调控和细胞分化调控等环节在生命活动中发挥重要作用,尤其在一些复杂疾病的发生、发展过程中发挥重要功能。近年来,有关lncRNA在肿瘤发生、发展中的作用研究日益增多,已经成为肿瘤发病机制的研究热点。作者就lncRNA在肿瘤发生、发展中的功能及作用机制进行综述。     

VEGF-C基因3′端未翻译区对荧光素酶表达的影响

目的构建小鼠血管内皮生长因子-C(VEGF-C)基因3′端未翻译区(3′UTR)的荧光素酶表达载体,利用双荧光报告系统观察VEGF-C基因3′UTR对荧光素酶基因表达的影响。方法通过PCR分别扩增小鼠Lewis肺癌细胞VEGF-CcDNA全长3′UTR(429bp)和一段312bp的编码区序列(CR),采用基因工程方法将PCR产物克隆至pTA2克隆载体,随后再亚克隆至荧光素酶报告基因载体(pGL3-Promoter)荧光素酶编码基因下游的XbaⅠ酶切位点,使用LipofectamineTM2000真核转染小鼠Lewis肺癌细胞,化学发光法检测荧光素酶的活性,定量RT-PCR检测荧光素酶mRNA水平。结果PCR成功扩增出与预期长度相符的小鼠VEGF-CCR(312bp)和VEGF-C3′UTR(429bp)。经酶切、测序鉴定,小鼠VEGF-C基因3′UTR和CR均插入到pGL3-Promoter的XbaⅠ位点,插入序列碱基组成和插入方向均正确,获得载体pGL3-VEGF-C3′UTR和pGL3-VEGF-CCR。荧光素酶报告系统和定量RT-PCR检测显示,与pGL3-Promoter组比较,pGL3-VEGF-C3′UTR转染组荧光素酶活性和mRNA水平均显著降低,而pGL3-VEGF-CCR组与pGL3-Promoter组之间无显著性差异。结论VEGF-C基因3′UTR可以抑制荧光素酶的表达。     

WJBC株盖塔病毒基因组序列测定及与其他甲病毒的系统进化关系

目的对WJBC株盖塔病毒（GETV）进行基因组序列测定,阐明其与已报道的GETV及其他甲病毒的关系。方法将GETV基因组编码区分12段分别进行RT-PCR扩增,将扩增产物直接进行测序,非编码区采用RACE法进行扩增,扩增产物纯化后连入pGEM-T easy载体,经转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆鉴定后测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接获得基因组序列。结果与结论 GETV基因组核苷酸共11 696 nt,编码3721个氨基酸,非结构基因编码2468个氨基酸,结构基因编码1253个氨基酸,结构基因和非结构基因之间有44 nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5＇端和3＇端分别有78、411 nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与M1株盖塔病毒同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.2%。     

电离辐射诱导microRNA研究进展

微小RNA（microRNA,miRNA）是一类长度为21~23 nt的单链非编码小RNA。在真核生物中miRNA主要通过与编码蛋白质基因的信使RNA（mRNA）配对结合,在转录后水平抑制基因表达。越来越多的证据表明,miRNA与氧化应激特别是辐射生物效应相关,miRNA有可能成为放射病治疗的潜在新靶点。本文概述电离辐射诱导miRNA的研究进展。     

长链非编码RNA在癌症诊断中的应用

人类基因组中蛋白质非编码基因占大多数,这些非编码基因与癌症的发生、发展有密切联系。非编码基因转录形成的RNA称作非编码RNA。其中的长链非编码RNA(long non coding RNA,lncRNA)具有重要的基因调控功能并由此受到重视。由于部分lncRNA在各类型的癌症中表达异常,因此可以作为癌症的标志物用以诊断癌症。本文对lncRNA的分类、基因调控机制以及在癌症中的作用进行介绍,并对现有的以及部分潜在的癌症标志物lncRNA进行详细阐述。随着基因测序技术及微阵列技术的发展,更多的lncRNA会被发现并且能够成为重要的诊断肿瘤的标志物。     

动物胚胎发育中的MicroRNAs研究进展

MicroRNA（miRNA）是一类广泛存在于真核生物中的非编码RNA,具有调控功能,长度约有20～25个核苷酸,它通过与靶基因特异性的碱基配对引起靶基因的降解或者抑制其翻译,从而实现对靶基因的转录后表达的调控。文章综述了miRNA的发现、体内生成机制、作用机制及不同动物种类胚胎发育过程中miRNA的鉴定和研究．并并阐述了miRNA研究中的问题及应用前景。     

MiR-1207-3p靶向XRCC6对结直肠癌细胞HT-29凋亡的影响

目的 探讨miR-1207-3p靶向X-射线修复交叉补充因子6（X-ray repair cross complementing 6,XRCC6）对结直肠癌细胞HT 29凋亡的影响。方法 运用TargetScan在线分析miR-1207-3p与XRCC6的相关性;将XRCC6的3′端非编码区克隆进pmirGLO载体中,利用双荧光素酶报告系统检测miR-1207-3p是否靶向调控XRCC6基因;用LipoFiter3转染试剂转染miR-1207-3p mimics或miR-1207-3p inhibitor进结直肠癌细胞HT-29后,通过Western Blot检测XRCC6蛋白表达量和结直肠癌细胞HT-29凋亡标志蛋白的表达量;采用Annexin V染色法测定细胞凋亡水平。结果 通过TargetScan分析,miR-1207-3p仅在一个区域与XRCC6具有较高匹配度;通过双荧光素酶报告系统检测发现,miR-1207-3p靶向结合XRCC6的3′端非编码区;过表达miR-1207-3p时,XRCC6的表达量下降,细胞凋亡标志蛋白Cleaved-Casp3、Cleaved-Casp9的表达量显著上升,细胞凋亡水平上升(t=34.18,P<0.000 1);敲低miR-1207-3p时,XRCC6的表达量上升,细胞凋亡标志蛋白Cleaved-Casp3、Cleaved-Casp9的表达量显著下降,细胞凋亡水平下降(t=3.375,P=0.027 9)。结论 MiR-1207-3p可通过抑制XRCC6表达量来促进结直肠癌细胞HT-29的凋亡。     

V（D）J重组与DNA非同源末端连接

在淋巴细胞发育过程中,编码免疫球蛋白和T细胞受体抗原结合域的基因是由彼此分离的基因片段通过V（D）J重组组装而成的。在V（D）J重组过程中会产生DNA双链断裂,并通过非同源末端连接途径完成断链末端的连接。本文概述了V（D）J重组过程中的非同源末端连接途径,并就其不同于外源性物理、化学因素诱导产生的DNA双链断裂非同源末端连接修复途径加以综述。     

GJB3基因在新疆维汉两民族遗传性非综合征耳聋患者的突变分析

目的耳聋具有高度的遗传异质性,分析GJB3基因在新疆地区维汉两族中的突变,了解其分子病因学机制。方法调查对象来自新疆地区非综合征耳聋患者（耳聋组）93例,其中维吾尔族43例。对照组为听力正常者110例．其中维吾尔族56例。所有受检者均采集外周血并提取DNA,应用聚合酶链反应（PCR）产物直接测序方法对各种感音神经性耳聋患者93名、对照组110名进行GJB3基因编码区突变检测及鉴定。结果在93名患者中发现GJB3基因的3种单核苷酸改变,其中有两种碱基变化导致了氨基酸的改变,为错义突变方式。其中1个突变（256G→A）,另1个突变形式（33C→T）为本研究首次发现。110名正常对照组中未发现同样突变。结论国人非综合征型遗传性聋者GJB3基因突变筛查研究发现了一个GJB3基因新的突变形式（256G→A）,为进一步开展耳聋相关基因的筛查研究打下了基础。     

CHO细胞高效表达载体的优化

目的：研究分析中国仓鼠EF1—α基因的转录调控序列，以构建新型高效表达载体。方法：利用常规分子生物学技术，构建了一系列基于CHEF1—α基因的非翻译区调控序列元件的新型真核表达载体。以组织型纤溶酶原激活剂突变体（k2tPA）作为报告基因，利用本室已建立的CHO-dhfr^--Z^＋定点整合表达系统比较载体表达外源基因的能力，挑选表达量高的载体。进一步添加翻译增强子（H213及V163）序列，再进行评价。结果：CHEF1-α5′UTR及启动子＋3′UTR1．65kb、CHEF1-α5′UTR及启动子＋3′UTR2．7kb这2种组合均可有效提高目的基因tPA的表达，表达效率与对照载体相比分别提高了65．9％和54．5％。在添加翻译增强子V163后，载体pMCEdEF53Ⅲ-163frt-k2tPA的表达效率为对照载体的2．65倍。结论：该载体系统在重组蛋白药物的研发方面具有良好的应用前景。     

猪流感病毒血凝素基因的克隆和序列测定

流感病毒的基因组由8个单链RNA片段组成。它的总核苷酸数约14,000。每一基因片段的3′末端有12个相同的核苷酸序列,5′末端有13个相同的核苷酸序列。由于这一结构上的特点,Winter等以固相磷酸三酯法分别合成了12和13个核苷酸,以它们作为引物,合成了A/PR/8/34流感株编码非结构蛋白NS_1和NS_2基因的全长拷贝。本文应用这两个引物合成了编码血凝素蛋白HA基因的全长拷贝,并进行了克隆和序列测定。材料和方法 (一) 病毒RNA 为1976年由病人分离的猪流感NJ/11/76的重组株X53a中提取的基因组RNA,由Dr.Kilbourne赠送。