5'和3'末端快速扩增法克隆多发性骨髓瘤负性相关基因DAZAP2

目的 在多发性骨髓瘤患者中KIAA0058基因序列表达明显下调,从正常人骨髓单个核细胞中克隆该序列全长cDNA,以期更好地研究该序列结构,获得其功能信息。方法 采用末端快速扩增法（RACE）,进行多轮RT-PCR后,对PCR产物进行测序、拼接、证实,与NCBI核酸数据库进行比对。结果 该序列全长cDNA长度为1913bp,登陆号为AY430097,与来源于人睾丸cDNA文库的序列DAZAF2同源性高达99％以上。该序列具有较短的5’非翻译区及长的3’非翻译区,开放阅读框序列从第84位碱基至590位碱基,具有poly（A）尾。结论 利用RACE法,从骨髓单个核细胞中成功克隆了DAZAF2全长cDNA。     

2a型丙型肝炎病毒5′非编码区的RACE扩增及二级结构的分析

目的获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒(HCV)5′非编码区 (5′UTR)cDNA,并分析其一级结构和二级结构,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础.方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)联合限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例2a型HCV感染者,采用cDNA 末端快速扩增技术(RACE)扩增出一条约800 bp的cDNA片段,A-T克隆,用RFLP与PCR鉴定重组子,全自动序列分析仪测定插入子序列,RNAdraw预测二级结构.结果 RACE法获得真全长2a型HCV 5′端序列.5个克隆中,3个克隆含全长5′UTR序列,与HCV-1,HC-C2,HC-J6,HC-J8相比,同源性分别为93.6%～94.4%, 92.1%～93.0%, 98.8%～99.7%,96.2%～96.5%,与2a型标准株HC-J6相比,21,170,222,247,339位不同,分别为G,A,C,C,T,但这些突变不影响其二级结构.另外2个克隆为5′端缺失突变株,分别缺失54 bp和144 bp.结论 RACE技术快速、有效、实用,可有效获得病毒基因组的末端序列;依此获得中国大陆2a型HCV的5′UTR cDNA;在感染者血液中存在5′端部分缺失的HCV基因片段.     

人自然杀伤细胞抑制性受体P58.1基因的克隆与鉴定

目的 克隆及鉴定P58.1基因。方法 采用RT-PCR技术,从正常人外周血单个核细胞中扩增P58.1基因全长cDNA,经酶切后构建重组克隆载体,测序鉴定。结果 RT-PCR获得预期的扩增产物P58.1全长cDNA,成功构建pSPORT1-P58.1重组克隆载体,酶切、酶谱分析与预期结果相符。DNA测序结果与GenBank登记的人P58.1cDNA全长碱基序列一致。结论 pSPORT1-58.1重组克隆载体构建成功;P58.1基因序列与文献报道一致,为下一步构建表达载体和基因转染等工作打下良好的基础。     

多发性骨髓瘤负性相关基因DAZAP2的真核表达及定位

目的 构建无精症相关蛋白2(DAZAP2)真核表达重组载体, 对基因进行细胞定位. 方法提取1例正常人骨髓单个核细胞总RNA, 以逆转录产物作为模板,PCR扩增DAZAP2的开放阅读框(ORF).采用定向克隆法与真核表达载体pEGFP-N1连接,转染大肠杆菌DH5α,经双酶切及测序证实.脂质体法转染COS7细胞后,运用Western 印迹及免疫定位技术检测表达产物.结果 测序证实真核表达重组质粒的阅读框没有发生改变,转染重组质粒的细胞表达融合蛋白DAZAP2-EGFP,主要在COS7细胞质中表达.结论 成功获得了DAZAP2真核表达重组质粒并有效地表达重组融合蛋白,DAZAP2主要定位在细胞质中的泡状分泌结构上.     

鸽CDC10 cDNA全序列的克隆与测序

目的　自鸽视盖克隆CDC10全长cDNA。　方法　建立鸽左侧单眼剥夺模型 ,采用cDNA末端快速扩增法和RNA转录物转换机制技术分别克隆鸽CDC10基因的 3′和 5′半分子并进行序列分析。　结果　鸽CDC10cDNA全长为 2 32 9bp ,开放阅读框为 12 5 7bp ,推测编码 4 19个氨基酸残基 ,氨基酸水平与人CDC10有 87%的同源性。结论　鸽CDC10全长cDNA序列的克隆为进一步研究该基因在视觉发育中的作用提供条件     

人TLR2和TLR4胞外区cDNA的克隆

目的 从脂多糖诱导的外周血单个核细胞克隆人Toll样受体2(TLR2)和Toll样受体4(TLR4)胞外区cDNA.方法 用不同浓度脂多糖在不同时间刺激单个核细胞后提取总RNA,RT-PCR方法半定量测定TLR2和TLR4的表达,应用pUCm-T载体克隆胞外区cDNA,双酶切以及DNA测序进行鉴定.结果 单个核细胞在四种浓度脂多糖刺激3 h,6 h和12 h后.TLR2和TLR4表达并不相同.15 μg/mL脂多糖作用6 h TLR2表达最高,10 μg/mL脂多糖作用3 hTLR4表达最高.经RT-PCR扩增TLR2和TLR4胞外区cDNA分别为1 700 bp和1 900 bp,T载体克隆、酶切鉴定及测序分析后证实,目的 片段与GenBank中序列一致.结论 脂多糖的诱导对外周血单个核细胞TLR2和TLR4表达有显著影响,并且成功克隆了胞外区cDNA.     

猪-人移植细胞性排斥反应相关候选基因pOSR1的克隆和鉴定

为寻找与异种移植细胞性排斥反应相关的新基因 ,在抑制消减杂交 (SSH )基础上 ,对一个与人氧化应激反应 1(OSR1)基因同源的猪内皮细胞上调表达基因片段CS3作进一步研究。半定量RT PCR结果证实 ,在人PBMC作用后 ,该基因表达的确上调。应用快速cDNA末端扩增 (RACE )方法 ,获得了猪OSR1(pOSR1)的全长cDNA序列。pOSR1cDNA序列全长 4 333个碱基 ,开读框架长 15 90个碱基 ,编码 5 2 9个氨基酸。与人OSR1(hOSR1)相比 ,编码区核酸一致性为 92 8% ,氨基酸一致性为 95 5 %。GenBank登录号为AY2 7135 6。其功能研究正在进行中。     

多发性骨髓瘤负性相关基因DAZAP2的真核表达及定位

目的 构建无精症相关蛋白2（DAZAP2）真核表达重组载体, 对基因进行细胞定位. 方法提取1例正常人骨髓单个核细胞总RNA, 以逆转录产物作为模板,PCR扩增DAZAP2的开放阅读框（ORF）.采用定向克隆法与真核表达载体pEGFP-N1连接,转染大肠杆菌DH5α,经双酶切及测序证实.脂质体法转染COS7细胞后,运用Western 印迹及免疫定位技术检测表达产物.结果 测序证实真核表达重组质粒的阅读框没有发生改变,转染重组质粒的细胞表达融合蛋白DAZAP2-EGFP,主要在COS7细胞质中表达.结论 成功获得了DAZAP2真核表达重组质粒并有效地表达重组融合蛋白,DAZAP2主要定位在细胞质中的泡状分泌结构上.     

2a型丙型肝炎病毒5’非编码区的RACE护增及二级结构的分析

目的：获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒（HCV）5’非编码区（5’UTR）cDNA，并分析其一级结构和二级结构，为进一步研究其在HCR复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础。方法：利用逆转录套式聚合酶链反应（RT－PCR）联合限制性内切酶长度多态性分析（RFLP）初步筛选出1例2a型HCV感染者，采用cDNA末端快速扩增技术（RACE）扩增出一条约800bp的cDNA片段，A－T克隆，用RFLP与PCR鉴定重组子，全自动序列分析仪测定插入子序列，RNAdraw预测二级结构。结果：RACE法获得真全长2a型HCV 5’端序列。5个克隆中，3个克隆含全长5’UTR序列，与HCV－1，HC－C2，HC－J6，HC－J8相比，同源性分别为93．6％－94．4％，92．1％－93．0％，98．8％－99．7％，96．2％－96．5％，与2a型标准株HC－J6相比，21，170，222，247，339位不同，分别为G，A，C，C，T,但这些突变不影响其二级结构。另外2个克隆为5’端缺失突变株，分别缺失54bp和144bp。结论：RACE技术快速、有效、实用，可用效获得病毒基因组的末端序列；依此获得中国大陆2a型HCV的5’UTR cDNA；在感染者血液中存在5’端部分缺失的HCV基因片段。     

兔骨保护素全长基因的获取

获得兔骨保护素(OPG)基因并分析序列。从兔肱骨中提取总RNA,逆转录形成cDNA,用5′RACE策略扩增OPG基因,经琼脂糖凝胶电泳鉴定,并测序及进行序列分析。兔OPG基因全长1 540bp,编码400个氨基酸,与人OPG氨基酸序列相比,同源性为89%,而与大鼠等其它动物的同源性则在85%左右。5′RACE法成功获得了兔OPG基因的真实序列,为OPG基因的功能研究奠定了良好基础。     

采用简并引物克隆葎草花粉过敏原全长同源cDNA

目的：建立一套稳定可靠的方法，对过敏原性物种中的过敏原同源基因进行快速克隆。方法：在分析生物信息数据库中积累的大量过敏原序列同源性的基础上，设计简并引物，基于高质量Lǘ草花粉RNA，逆转录合成cDNA。采用Touchdown方式在cDNA池中进行选择性PCR扩增。同时借助梯度PCR程序，对引物扩增的简并性作进一步强化，并结合RACE技术获取全长cDNA．进而对Lǘ草花粉中的过敏原同源基因进行克隆。结果：成功地获得3个全长cDNA克隆。序列分析显示．这些基因与已知过敏原的基因序列相似性高达79％-85％，初步认定其为泛过敏原肌球蛋白抑制蛋白(profilin)的同源基因。对比RACE技术获得的相应基因的全长序列发现，这些序列在引物结合处与简并引物序列之间存在4个碱基的差异，提示采用Touchdown方式的梯度PCR程序．可使引物的简并性得到进一步扩展。结论：简并引物与Touchdown梯度PCR相结合的方法．能够对以Lǘ草为代表的基因组未曾深入研究的物种中的过敏原同源基因进行有效克隆.     

特发性扩张型心肌病CTLA-4基因3′非翻译区(AT)n微卫星多态性研究

目的特发性扩张型心肌病(idiopathic dilated cardiomyopathy,IDC)的发病机制与T细胞免疫应答密切相关。细胞毒性T淋巴细胞相关抗原24(cytotoxic Tlymphocyte antigen-4,CTLA-4)主要在已激活的T细胞上表达,通过与CD28竞争结合B7,抑制T细胞过度激活,维持免疫系统内环境稳定。CTLA-4基因3′非翻译区(AT)n微卫星多态性影响CTLA-4功能。本研究旨在探讨外周血单个核细胞(PBMC)CTLA-4表达状况及3′非翻译区(AT)n微卫星基因多态性与IDC的相关性。方法分别用原位杂交、免疫组化、序列特异性引物PCR等方法检测38例无血缘关系的北方汉族IDC患者以及50例正常对照者的CTLA-4 mRNA、蛋白质表达、CTLA24基因外显子3′末端非翻译区(AT)n重复序列多态性,并对PCR扩增产物进行序列分析。结果IDC组与对照组相比,PBMC经金黄色葡萄球菌肠毒素B刺激后CTLA-4 mRNA、蛋白质表达强度显著减弱,且无一定规律;3′末端非翻译区共发现18种CTLA24等位基因,与对照组比较,106bp等位基因频率在IDC患者中显著增高[22.22%vs1%,P=0.0002,OR=23.56,95%可信区间(CI):9.65～83.74]。结论IDC患者CTLA-4基因转录和表达缺陷,该缺陷与CTLA-4基因3′末端非翻译区(AT)n重复序列多态性存在关联。     

人PD-L2基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

目的 克隆人PD-L2基因并构建PD-L2胞外区的原核表达载体，在大肠杆菌中进行表达。方法 以RT-PCR方法从活化的人外周血单个核细胞总RNA中克隆PD-L2基因的cDNA，构建PD-L2胞外区的原核表达载体，在大肠杆菌BL21(ED3)中进行表达并鉴定。结果 克隆到PD-L2基因cDNA编码区全长序列，经DNA测序证明其与已报道的序列一致。进而构建了PD-L2胞外区的原核表达载体，并在大肠杆菌表达，免疫印迹分析表明在IPTG诱导后表达PD-L2胞外区蛋白，相对分子质量Mr为22000，与理论值大小相符。结论 成功克隆PD-L2基因，其胞外区蛋白在大肠杆菌中获得表达，为进一步研究PD-L2功能提供了条件。     

卵黄萤荧光素再生酶基因的克隆与序列分析

目的克隆和分析荧光素再生酶基因（LRE）。方法通过GeneBank中已知的荧光素再生酶基因保守区段设计引物,利用5’RACE（rapid-amplification of cDNA ends）和3’RACE技术克隆了来自云南省西双版纳州的卵黄萤（Luciola ovalis）荧光素再生酶基因cDNA和全基因序列。通过GeneBank、National Center for Biotechnology Information和ProDom at the ExPASy Server软件和数据库进行序列分析。结果卵黄萤荧光素再生酶的cDNA序列和基因序列存在2个不同碱基位点,但是它们编码的荧光素再生酶是相同的。卵黄萤荧光素再生酶基因全长（从起始密码子到终止密码子）为1131bp,包含5个外显子4个内含子,其cDNA序列为1008bp,包含924bp的荧光素酶基因开放阅读框和84bp的3’UTR序列。卵黄萤荧光素酶基因的开放阅读框编码1个307个氨基酸的蛋白质。它与北美萤火虫（Photinus pyralis）荧光素再生酶在碱基序列和氨基酸序列上分别有61.8%和53.3%的相似性。结论成功地克隆了荧光素再生酶的cDNA和基因序列,为其在基因工程中的应用奠定了基础。     

用RLM-RACE法克隆抗CD20单克隆抗体可变区基因及其信号肽基因

目的:寻找一种可同时钓取抗CD20mAbVL、VH基因及其信号肽基因的方法。方法:使用Trizol提取杂交瘤细胞1-28的总RNA,分别采用传统的快速扩增5′cDNA末端(traditionalrapidamplificationof5′cDNAend,T5′RACE)和RNA连接酶介导的快速扩增5′cDNA末端(RNAligasemediatedrapidamplificationof5′cDNAend,RLMRACE)的方法钓取目的基因。将其克隆到pGEMTEasy载体上,测序后,与Kabat数据库和GenBank中相应的序列进行比对。结果:采用RLMRACE法可同时钓取到抗CD20mAbVL、VH基因及其信号肽基因,而用T5′RACE法仅能获得VL基因及其信号肽基因。结论:RLMRACE法是钓取抗体V区基因和信号肽基因的好方法。     

应用套式PCR克隆ST13基因cDNA的5′端序列

目的 获得ST13基因cDNA5′端的未知序列.方法 应用套式PCR方法直接从cDNA文库中扩增该基因的5′端序列,然后将扩增的片段克隆到pGEM-T.easy载体,并进行序列分析.结果 第1次PCR后得到1条约550bp的片段,经套式PCR后获得1条约480bp的片段,经序列分析证实该扩增的片段是ST13基因cDNA的5′端未知序列.结论 套式PCR技术是克隆基因cDNA的5′端未知序列较简捷、有效的方法.     

小鼠催产素受体基因编码区全长的克隆和真核表达

目的 :为了获得小鼠催产素受体 (mouseoxytocinreceptor,mOTR)基因的全长编码区和构建mOTR的真核表达载体 ,以及在哺乳动物细胞中真核表达mOTR。方法 :采用RT PCR方法 ,获得有相互重叠序列的mOTR的羧基端和氨基端的cDNA片段并分别将其亚克隆入PMD 18 T载体。通过对这 2个片段加入酶切位点、双酶切和相互连接 ,获得全长的编码序列。然后将mOTR的全长的编码序列克隆入真核表达载体pEGFP N3,再用脂质体转染法将pEGFP N3 mOTR质粒转染到COS 7细胞中并进行了瞬时真核表达。结果 :将mOTR的羧基端和氨基端的cDNA片段亚克隆入了PMD 18 T载体。连接并最终获得了mOTR编码区的全长序列 ,构建了pEGFP N3 mOTR真核表达载体。将pEGFP N3 mOTR载体转染入COS 7细胞 ,并成功地进行了瞬时真核表达。结论 :成功构建了包含mOTR全长编码区序列的pEGFP N3 mOTR真核表达载体 ,并在COS 7细胞中进行了瞬时表达 ,为今后研究mOTR的功能打下了基础。     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.     

HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.