基于网络药理学的半枝莲抗肿瘤活性成分及整合作用机制研究

目的利用网络药理学方法探索半枝莲抗肿瘤的活性成分和分子作用机制。方法采用类药五原则筛选活性成分,经分子对接获得半枝莲活性成分的靶蛋白并于CTD数据库中获得靶点相对应的疾病,运用网络可视化软件,构建分子-靶点-疾病相互作用网络;同时进行蛋白质相互作用分析,通过生物学信息注释库(DAVID)对靶点进行生物代谢通路分析。结果半枝莲中有72个活性成分可与14个以上的肿瘤相关靶蛋白相互作用,半枝莲临泉生物碱D、barbatellarine E、半枝莲碱A等在内的二萜类成分是半枝莲抗肿瘤的主要活性成分。网络分析显示,半枝莲主要活性成分可作用于蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)、碳酸酐酶2(CA2)、周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、视黄酸α受体(RXRA)等关键靶蛋白,参与调控VEGF信号通路、FcεRI信号通路以及Fox O信号通路。结论半枝莲可通过抗炎、抑制肿瘤血管生成等过程发挥多靶点、多通路的协同抗肿瘤作用。     

基于网络药理学探讨黄精主要活性成分治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的 从网络药理学角度研究黄精的主要活性成分及其治疗2型糖尿病的可能作用机制.方法 从TCMSP数据库中提取黄精的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18筛选活性成分,通过该数据库提取活性成分作用靶点,以DisGeNet及OMIM在线分析平台挖掘疾病相关靶点,最后采用Perl语言与R语言分析...     

基于网络药理学的防己主要活性成分及药理作用机制分析

目的基于网络药理学方法预测防己主要活性成分及药理作用机制。方法通过TCMSP、UniProt数据库检索筛选防己的化学成分、靶点、疾病,利用DAVID数据库进行GO与KEGG富集分析,Cytoscape绘图。结果筛选出防己7个活性成分,77个潜在靶点基因和168种疾病,GO富集分析获得140条目,KEGG获得58条信号通路。结论防己具有多成分、多靶点及多途径协同作用的特点,通过网络药理学技术分析防己活性成分与潜在靶点的作用机制,可为进一步研究防己药理作用、挖掘新功能及拓宽其应用提供研究思路。     

基于网络药理学探讨桂枝汤解热作用机制及药效物质基础

目的:基于网络药理学探讨桂枝汤解热作用的机制及药效物质基础;方法:利用Chem Draw绘制预测桂枝汤中化合物的结构,使用Swiss Target Prediction数据库搜索以上成分对应的靶点。使用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件,寻找发热相关的基因。使用IPA软件分析桂枝汤中成分、发热相应靶点共同的通路。利用Cytoscape建立成分-靶点-通路网络,寻找主要药效成分。结果:建立了桂枝汤中主要成分与其靶点的网络图。使用IPA软件发现桂枝汤发热作用与以下6个通路相关:G蛋白偶联的受体信号,环磷腺苷(c AMP)介导的信号传导,Gαs信号,Gαi信号,腺苷酸活化水蛋白激酶(AMPK)信号,褪黑激素降解通路。桂枝汤中芍药苷代谢物Ⅰ,环磷酸腺苷与解热作用相关。结论:基于网络药理学探讨了桂枝汤解热作用的相关通路,预测了桂枝汤入血成分中芍药苷代谢物Ⅰ,环磷酸腺苷可能与解热作用相关。研究结果主要基于化学预测,还需要进一步实验验证。     

基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

基于网络药理学研究土茯苓的活性成分及药理机制

目的:基于网络药理学研究土茯苓的活性成分及药理作用机制。方法:首先从TCMSP数据库中获取并筛选土茯苓活性成分,提取出相关作用靶点;然后将靶点数据导入CTD数据库分析获取相关疾病;接着,采用DAVID在线分析工具进行KEGG通路分析;最后运用Cytoscape软件构建网络图,并应用Network Analyzer插件进行网络分析,形成系统结果并进行评价。结果:共获得土茯苓的活性成分31个,通过进一步的筛选,确定15个主要活性成分进行进一步研究,提取出作用靶点323个,相关疾病618种,分属于28个疾病种类。发现土茯苓可能通过作用于炎症反应、肿瘤的发生发展及机体的自我保护与调节能力等方面发挥临床疗效,尤其在肿瘤、心血管、消化系统、神经系统及免疫系统等相关疾病治疗中更具优势,并预测肿瘤坏死因子(TNF)可能是其治疗效应的关键靶点,同时推测其主要作用机制可能与pathways in cancer,PI3K-Akt signaling pathway,hepatitis B,proteoglycans in cancer,prostate cancer等信号通路相关。结论:通过网络药理学方法系统性探索了其主要活性成分及药理作用机制,直观阐述了土茯苓的多成分、多靶点、多通路作用机制,为进一步的临床、实验研究及新药研发提供了思路和依据。     

基于网络药理学技术的中药地榆活性成分及药理作用研究

目的 基于多个数据库软件,根据网络药理学方法探讨地榆主要成分的药理活性,并分析和预测其潜在的作用机制。方法 首先在TCMSP数据库中检索并收集中药地榆的主要成分,然后利用基因、蛋白等分析工具分析所获得成分的相关作用靶点以及信号通路。再应用DAVID在线软件,将地榆成分所对应的靶点进行富集和通路注释,并采用Cytoscape软件构建地榆的成分-靶点-信号通路网络互作图,根据互作图对地榆的传统活性进行深入分析。结果 数据库检索到地榆的成分中有20个主要活性成分,在治疗癌症、炎症、内分泌代谢疾病、神经变性疾病、免疫疾病等方面具有较强的作用。这些成分共作用于230个靶点,并涉及主要富集通路118条。结论 本研究发现地榆在抗肿瘤抗氧化等传统药理作用研究中体现出了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,该结果可为后续对地榆的药理药效进行全面认识和深入研究提供参考和指导。     

基于网络药理学和分子对接探讨肿节风的活性成分及药效机制

目的:运用网络药理学方法预测中药肿节风的药效物质基础与潜在机制。方法:选用TCMSP等数据库搜集肿节风的化学成分,并筛选活性成分;预测活性成分潜在的靶点;应用CTD匹配靶点对应的疾病;采用Cytoscape构建和分析网络;采用STRING进行靶点蛋白质相互作用(PPI)分析;应用GlueGO行基因本体(GO)及京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用iGEMDOCK进行分子对接。结果:筛选出22个肿节风活性成分,可作用于116个靶点治疗18类疾病。淫羊藿素、苯二甲酸等8种活性成分为肿节风的主要药效物质基础;ALB、EGFR、CASP3及MAPK8等为其关键靶点;分子对接验证了大部分关键活性成分能与关键靶点紧密结合;肿瘤、心血管及消化系统疾病是其主要针对的疾病。靶点富集到92个GO条目和43个KEGG通路上,功能涉及激素相关通路、VEGF信号通路和血小板功能等。结论:本研究运用网络药理学方法探究了肿节风的药效物质基础及其多维药理作用机制,为推广其临床应用和进一步的研究提供了思路。     

瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学机制探讨

目的：通过网络药理学方法探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的活性成分,并对其作用机制进行研究。方法：首先,利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选瓜蒌、薤白、半夏的有效成分及其作用靶点。然后,利用GeneCards和OMIM数据库,检索与慢性萎缩性胃炎有关的靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-靶点结构图,并对其中的主要成分进行筛选,利用STRING数据库对交集靶点进行蛋白质交互作用的研究,并对其进行了初步的筛选。最后,选用Metascape和Wiscape网站对基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集进行研究。结果：研究结果显示,瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的关键成分是槲皮素、β-谷甾醇、柚皮素等。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白细胞介素（Interleukin,IL）-6是其核心靶点。GO富集过程包含1 323个生物过程、50个细胞组成、95个分子功能,其中KEGG通路主要有癌症信号通路...     

栝楼桂枝汤治疗脑卒中后下肢痉挛的网络药理学研究

目的 基于网络药理学研究栝楼桂枝汤治疗脑卒中后下肢痉挛的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、SwissTarget Prediction数据平台筛选栝楼桂枝汤活性成分靶点,并借助Gephi软件构建活性成分-靶点网络,运用Genecard、DisGeNET、TTD疾病数据库筛选作用于脑卒中、下肢痉挛靶基因,应用STRING平台构建靶蛋白相互作用网络,利用ClueGO软件对靶基因进行GO功能分析,通过DAVID v6.8平台对关键靶点KEGG通路进行分析。结果 栝楼桂枝汤中黄酮类、有机酸类、皂苷类等成分作用于IL6、TNF、EGFR、ESR1、TP53、STAT3、F2等49个关键靶基因;参与横纹肌细胞增殖、骨重塑、平滑肌细胞增殖正调控、肌细胞增殖、内皮细胞增殖等14类生物过程;调控TNF、MAPK、PI3K-Akt、ALS、神经营养、5-羟色胺能神经突触等30条信号通路。结论 栝楼桂枝汤多种活性成分通过抗炎、抗氧化、神经营养及保护等药理作用,以及参与肌细胞增殖等生物过程,从中枢神经系统及外周肌肉组织双向治疗脑卒中后下肢痉挛。     

基于网络药理学研究覆盆子活性成分抗肿瘤作用机制

目的?采用网络药理学挖掘覆盆子抗肿瘤主要活性成分的作用靶点，探讨其多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法?通过TCMSP数据库，结合口服生物利用度（OB30%）和类药性（DL0.18）参数，筛选覆盆子的活性成分；登录PharmMapper服务器反向预测，利用Uniprot 数据库进行校正与转化，获得潜在作用靶点；比对CTD数据库筛选并整合得覆盆子抗肿瘤的潜在靶点；通过DAVID v6.8数据库进行GO富集和KEGG通路注释分析；采用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点”网络图、“核心成分-核心靶点-核心通路”网络图。结果?经筛选后得到覆盆子7个活性成分，63个潜在靶点，其中26条重要信号通路关联32个核心靶点，聚焦在5个核心成分，即谷甾醇、β-谷甾醇、覆盆子酸、鞣花酸、欧前胡素可能是覆盆子抗肿瘤的主要活性成分，而PI3K-Akt 信号通路、癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、原癌基因蛋白信号通路、胰岛素抵抗、Rap1信号通路可能是重要的通路。结论?覆盆子中富含的甾醇类、酚酸类、香豆素类等活性成分可能作用于PPP1CC、SHBG、MAP2K1、MAPK14、RXRB、ABL1、FABP7、SULT2B1、HPGDS等关键靶点，通过抑制肿瘤细胞增殖和分化、诱导肿瘤细胞凋亡，调节糖脂代谢、激素水平、炎症反应等发挥多成分-多靶点-多通路的抗肿瘤作用机制。     

基于网络药理学方法探索中药治疗代谢综合征的活性成分及作用机制＊

目的 探索高频中药治疗代谢综合征的核心作用靶点、主要活性成分及作用机制。方法 以黄芪、茯苓、丹参、泽泻、山楂、半夏、大黄、白术、黄连、川芎为关键词分别检索TCMSP数据库，按照OB照SP、，DL照SP、丹的条件筛选，获得高频中药的化学成分及其作用靶点；通过DrugBank 、Pharmgkb、CTD、TTD数据库检索MS的疾病靶标；将预测到的成分及MS的疾病靶标运用Cytoscape软件进行MS靶点-中药成分的网络构建,筛选核心靶点及主要活性成分，DAVID数据库行KEGG通路富集。结果 ①高频中药成分可能作用于PPARG、ESR、eNOS、ADRB2、PTGS1、PTGS2、AR等7个核心靶点蛋白，通过调节脂质代谢、调节血压水平、减轻胰岛素抵抗等达到治疗MS的效果。②高频中药治疗MS的主要活性成分为黄酮类及醌类化合物。③高频中药可能通过调控上游通路胰岛素抵抗通路，下游通路涉及PPAR、雌激素、TNF等信号通路及花生四烯酸代谢、脂肪细胞的脂解等作用达到治疗MS的作用。结论 高频中药治疗代谢综合征呈现出多成分、多靶点、多通路的作用特点，其主要活性成分可通过调节脂质代谢、调节血压水平、减重及减轻胰岛素抵抗等参与对代谢综合征不同危险因素的调控，进而影响代谢综合征的发展。     

基于网络药理学探讨小续命汤治疗缺血性脑卒中的有效机制

目的:基于网络药理学方法研究小续命汤对缺血性脑卒中有效作用机制。方法:通过TCMSP平台收集小续命汤12味药物的化学成分,在Uniprot数据库中寻找靶基因,并从OMIM、Genecards和TTD数据库中识别缺血性卒中相关靶标。制作药物与疾病共有靶点韦恩图,将小续命汤和缺血性脑卒中的共同靶标上传到String数据库中以构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过拓扑方法分析关键的靶标和药物-成分-疾病-靶点网络中的关键成分。引用String数据库,将共有靶点进行GO分析与KEGG富集分析,结合所得通路,构建药物-成分-疾病-靶点-通路网络图。结果:与小续命汤相关的共有184种有效成分,283个靶点,缺血性脑卒中疾病靶点2 821个,两者共同靶点198个,其中关键成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素和β-谷甾醇等,关键靶点包括AKT1、IL-6、 MAPK3、 TP53、 VEGFA、 TNF等。涉及的传导途径主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡相关通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。结论:研究表明小续命汤治疗缺血性脑卒中的作用机制可能与氧化应激、细胞凋亡和炎症反应有关。     

基于网络药理学研究知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟的活性成分及作用机制

目的:基于网络药理学研究知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的活性成分及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选知柏地黄丸的有效成分,利用GeenCards、OMIM及MalaCards数据库收集ICPP的疾病靶点,使用韦恩图筛选疾病与有效成分的共同交叉靶点,利用Cytoscape 3.2.1构建知柏地黄丸-有...     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学的两面针干预炎症靶点预测及作用机制研究

目的构建两面针干预炎症的"活性成分-炎症靶点-抗炎通路"网络关系,预测其干预炎症的靶点及机制。方法通过国内外文献调研和中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库及Pharmmapper服务器,以口服利用度(OB)和类药性(DL)作为限定条件对两面针成分进行筛选并预测和收集相关靶点。利用OMIM等数据库筛选炎症相关的基因和蛋白靶点;STRING数据库构建炎症靶点之间的交互网络;蛋白互作(PPI)网络分析获得"活性成分-预测靶点-炎症靶点"网络文件,并将其导入Cytoscape 3.5.1软件构建"活性成分-炎症靶点"网络,从而获得与两面针抗炎直接相关的靶点;利用DAVID数据库对筛选后的靶点进行KEGG通路富集,使用Cytoscape 3.5.1的插件ClueGO对其涉及的靶点进行生物学功能分析,最终合并以上关系构建"活性成分-炎症靶点-抗炎通路"网络。结果经筛选和分析获得两面针活性成分23个,抗炎靶点9个,包括COX-2、i NOS、PPARG、COX1、MAPK-14、JUN等,两面针抗炎的可能通路包括TNF信号通路、TRLs信号通路。结论初步揭示了两面针的抗炎作用是通过多成分和多靶点的相互作用,调控多条通路共同干预实现的,但关键的靶标和具体的调控机制尚待进一步的实验研究加以探索及验证。     

基于网络药理学的小檗碱治疗缺血性脑卒中作用机制探讨

目的：采用网络药理学方法探讨小檗碱治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库及SwissTargetPrediction平台检索并预测小檗碱的靶点,通过DrugBank、OMIM、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库获得缺血性脑卒中疾病的相关靶点,两者取交集即得小檗碱抗缺血性脑卒中作用靶点。采用Cytoscape 3.6. 1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出关键靶点,并对其进行分子对接验证。采用DAVID数据库进行基因本体（GO）生物学过程和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。细胞实验观察小檗碱对脑缺血再灌注损伤的作用及对关键靶基因细胞分裂周期蛋白42 (CDC42)、、肉瘤病毒蛋白（SRC） mRNA表达的影响。结果：共获得小檗碱抗缺血性脑卒中相关靶点44个,筛选出关键靶点6个。分子对接显示,关键靶点CDC42、SRC、丝裂原活化蛋白激酶14 (MAPK14)、MAPK8及雌激素受体1 (ESR1)与小檗碱亲和力较好。KEGG富集分析结果表明,小檗碱治疗缺血性脑...     

基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制

目的：基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）搜索白及活性成分及药物靶点信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库查询消化性溃疡疾病的基因靶点信息。使用Perl软件、R语言、Cytoscape、STRING数据库、PMV-1.5.6软件进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,构建中药白及-活性成分-靶点-通路网络图。结果：从TCMSP数据库中筛选出9种白及活性成分,检索出223个白及靶蛋白,利用CMD分析出77个与消化性溃疡关系密切的靶蛋白。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库筛选出717个消化性溃疡靶点。利用Venny 2.1软件筛选,白及治疗消化性溃疡可能通过一氧化氮合酶2(Nitric Oxide Synthase 2,NOS2)、前列腺素氧化环化酶1(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase1,PTGS1)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、雄激素受...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对玉屏风散中所含药物进行检索,得到玉屏风散活性成分所对应的靶基因,再利用GeneCards数据库筛选肝细胞癌所对应的基因,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-疾病-成分-靶点”网络图。使用STRING数据库将所得数据进行导入,构建玉屏风散治疗肝细胞癌的核心靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后将以上所得数据导入至Cytoscape 3.7.2中进行网络拓扑参数分析,并以Degree值大于平均值进行筛选,最终得到玉屏风散治疗HCC的核心靶点的相关信息,将核心靶点在DAVID数据库中进行导入,以进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：玉屏风散的活性成分对应靶点共92个,其中有效成分包括细胞肿瘤抗原P53、凋亡调节剂Bcl-2、血管内皮生长因子受体2、白细胞介素-6(IL-6)等,在其治疗肝细胞癌中共筛选出IL-6、TP53、TNF、NOS3、ESR1、JUN、PTGS2等26个的核心靶点。结论：玉屏风散治疗...