结肠癌组织中Bmi-1表达变化及意义

选取我院64例行结肠癌根治术治疗的患者,术中取患者肿瘤旁2cm处的结肠上皮组织64例,对于31例C、D期患者同时取转移的淋巴结样本,同时取5例结肠息肉作为对照样本。每个蜡块取4um厚连续切片做免疫组化染色,采用免疫组化法检测结肠癌组织、肿瘤旁结肠上皮组织、淋巴转移灶以及结肠息肉组织中的Bmi-1基因的表达情况。结果 Bmi-1基因在肿瘤旁的结肠上皮组织中的阳性表达率为12.5%;Bmi-1基因在肿瘤组织中的阳性表达率为62.5%;Bmi-1基因在淋巴转移灶中的阳性表达率为87.5%;结肠息肉中未见Bmi-1基因表达。以上四者相比,患者肿瘤组织中的Bmi-1基因的阳性表达率显著高于肿瘤旁结肠上皮组织,比较差异具有统计学意义(P0.05)。Ducks分期为C期和D期的患者肿瘤组织中Bmi-1基因的阳性表达率显著高于Ducks分期为A期和B期的患者,比较差异具有统计学意义(P0.05);病理分级为III级的患者肿瘤组织中Bmi-1基因的阳性表达率显著高于病理分级为I级和II级的患者,比较差异具有统计学意义(P0.05)。临床认为Bmi-1基因的表达情况是评估结肠癌患者预后效果的一项重要指标,有望成为预测结肠癌高度转移的新分子标志物。     

基于非标记定量蛋白组学对原发性血小板增多症患者血小板活化相关差异蛋白的分析

目的:基于蛋白组学技术分析原发性血小板增多症(ET)特异性蛋白标志物,寻找与血小板活化相关特异性蛋白,并进行验证。方法:应用非标记定量蛋白组学(LFP)检测ET患者和健康者血清蛋白质谱,选取疾病组蛋白丰浓度较对照组差异倍数上调或下调1.3倍及两组蛋白丰浓度经t检验P<0.05的蛋白定义为差异蛋白。应用KEGG和GO分析软件对差异蛋白进行生物信息学分析。组间差异蛋白平均丰浓度的差异分析采用t检验,P<0.05为差异有统计学意义。选取差异蛋白,应用平行反应监测进行验证。结果:本研究发现差异蛋白共140个,其中72个蛋白表达上调,68个蛋白表达下调。KEGG富集显示差异蛋白表达与血小板活化通路相关,与血小板活化相关的差异蛋白是GPV、COL1A2、GP1bα、COL1A1和GPVI,其中GPV、GP1bα和GPVI表达上调,COL1A2和COL1A1表达下调。对COL1A1、GP1bα、GPVI和GPV进行PRM验证,其结果与LFP蛋白组学结果一致。结论:ET患者差异蛋白与血小板活化通路激活相关,GPV、GPVI、COL1A1和GP1bα等差异蛋白可作为ET血小板活化相关的新靶点...     

ALDH1和KiSS-1在大肠癌中的表达及其临床意义

目的:检测ALDH1和KiSS-1蛋白在结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)组织中的表达情况,分析其与CRC浸润、转移及预后的关系。方法:采用免疫组织化学EnVision法检测102例CRC组织和50例正常结直肠黏膜组织中ALDH1和KiSS-1蛋白的表达情况。结果:对照组中ALDH1和KiSS-1蛋白的阳性表达率分别为10.0%和96.0%;CRC组中ALDH1和KiSS-1蛋白的阳性表达率分别为61.8%和38.2%,两组之间表达差异有统计学意义(P0.05)。ALDH1和KiSS-1蛋白的阳性表达率在CRC肿瘤组织淋巴结转移与否以及不同TNM分期之间差异均有统计学意义(P0.05)。Spearman相关分析表明ALDH1蛋白的阳性表达与KiSS-1蛋白的阳性表达之间呈负相关(P0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明:在CRC中ALDH1蛋白阳性组患者术后总的生存时间显著低于其阴性组患者,而KiSS-1蛋白阳性组患者术后总的生存时间显著高于其阴性组患者,log-rank组间分析表明差异有统计学意义(P0.05)。多因素分析显示:ALDH1和KiSS-1蛋白的阳性表达、TNM分期均是影响CRC患者术后总的生存时间的独立预后因子。结论:反常表达的ALDH1和KiSS-1促进CRC的浸润和转移。在CRC患者中早期联合检测ALDH1和KiSS-1蛋白的表达对预测CRC浸润、转移和预后均有意义。     

铁死亡相关lncRNA结肠癌预后风险模型的构建及临床应用

目的 基于肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库筛选铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),建立结肠癌预后风险模型,并探讨其临床应用价值。方法 选取行结肠癌根治术的患者48例,收集术中切除的癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织边缘2～3 cm)。从TCGA数据库中收集结肠癌的转录组数据(结肠癌组织428例、正常结肠组织41例)及对应患者的临床资料。筛选结肠癌组织与正常结肠组织差异表达的铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析。筛选与结肠癌预后相关的铁死亡lncRNA,采用共识聚类分析对结肠癌患者进行分组,并比较总体生存率。采用LASSO-Cox回归分析建立预后风险模型。建立用于预测结肠癌患者总体生存率的列线图。采用细胞学实验分析关键lncRNAITGB1-DT在结肠癌中的生物学功能。结果 从TCGA数据库中筛选出72个差异表达的铁死亡相关基因,其中表达上调47个、表达下调25个,GO和KEGG通路分析结果显示这72个基因广泛参与了铁代谢和脂肪酸氧化等生物学过程。共筛选出20个结肠癌组织与正常组织有差异的铁死亡lncRNA。根据共识聚类分析...     

基于TCGA数据库分析ANO1在结肠癌中的表达及临床意义

目的研究ANO1基因在结肠癌中的表达情况,进一步分析ANO1对结肠癌患者生存及预后的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得结肠癌mRNA表达谱数据和相应的临床信息,分析ANO1的差异表达及其与临床病理因素的相关性;进一步探索ANO1表达量对结肠癌患者预后的影响,利用基因集富集分析(GSEA)预测可能与ANO1密切相关的信号通路。结果结肠癌肿瘤组织中ANO1相对表达量明显高于癌旁组织(P<0.01);ANO1表达水平与N分期即淋巴结转移情况有关(P<0.05),与年龄、性别、肿瘤分期,以及肿瘤是否突破肌层、是否存在远处转移均无相关性(P>0.05);ANO1高表达患者总生存期明显缩短(P<0.05);Cox多因素分析可见年龄及ANO1表达状态是结肠癌患者不良预后的独立影响因素(P<0.05);ANO1高表达样本富集至钙离子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、WNT及多个癌症相关通路等基因集。结论ANO1在结肠癌肿瘤中高表达是患者不良预后的指标,且与淋巴结转移情况明显相关。ANO1有望成为结肠癌重要的预后标志物。     

CBX1在胃癌中的表达及与胃癌患者病理特征相关性的生物信息学分析

目的利用生物信息学技术分析CBX1在胃癌中的表达,探讨CBX1与胃瘤临床病理特征的相关性,阐明CBX1对胃瘤早期诊断和预后的影响。方法利用Oncomine数据库、GEPIA数据库分析CBX1在胃癌组织和正常胃组织中转录水平的表达差异;利用Western blot检测CBX1在正常胃黏膜细胞GES-1和胃癌细胞SGC7901中的蛋白表达差异;利用Human Protein Atlas网站分析CBX1在胃癌组织及正常胃组织中翻译水平的表达差异;利用UALCAN数据库及Kaplan Meier-Plotter在线分析工具,阐明CBX1高表达与胃癌患者病理参数及患者生存率之间的关系;利用GEPIA数据库寻找与CBX1有紧密作用关系的蛋白,利用STRING数据库,构建蛋白质互作(PPI)网络,Scytoscape软件对PPI可视化,并利用Metascape网站进行基因本体富集分析,Starbase网站进行京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果 CBX1在胃瘤中高表达,且与胃瘤的肿瘤分级、分期相关;生存分析结果显示CBX1高表达与胃癌患者生存率密切相关;富集分析结果显示与CBX1相互作用的蛋白主要发挥组蛋白修饰、mRNA组装功能。结论 CBX1在胃瘤中呈高表达,并与胃瘤多个病理性指标相关。     

uH2B在原发性结肠腺癌中的表达及其与临床病理参数的关系

目的探讨原发性结肠腺癌组织中组蛋白H2B单素泛化(uH2B)的表达水平及与患者临床病理参数的关系。方法选取2013年1月—2016年1月本院胃肠外科手术切除的83例结肠腺癌组织标本、癌旁组织,既往收集的20例正常结肠组织,采用免疫组化染色观察各组组织标本中uH2B蛋白的表达程度,并分析与原发性结肠腺癌患者临床病理参数的关系。结果结肠癌组织标本中uH2B蛋白的阳性表达率46.99%,低于癌旁组织的83.13%、正常结肠黏膜组织的90.00%,差异均具有统计学意义(P0.05);癌旁组织和正常结肠黏膜组织中uH2B蛋白的阳性表达率差异无统计学意义(P0.05);结肠癌组织标本中uH2B蛋白的阳性表达率与肿瘤的TNM分期、分化程度、淋巴结转移相关(P0.05),与患者的年龄、性别、肿瘤浸润深度、肿瘤最大径的关系不显著(P0.05)。结论结肠癌组织标本中uH2B蛋白表达率降低,并且与患者的肿瘤的TNM分期、分化程度、淋巴结转移具有相关性。     

基于生物信息学分析筛选脓毒症诱导急性肺损伤的关键基因

目的通过生物信息学分析筛选脓毒症诱导急性肺损伤（ALI）的关键基因。 方法从基因表达谱（GEO）数据库中下载GSE10474数据集,该数据集包含13例脓毒症ALI患者样本（ALI组）和21例脓毒症患者样本（脓毒症组）基因数据。使用limma包筛选两组样本的差异表达基因,并对筛选出的差异表达基因进行基因本体论（GO）功能分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络并确定前10位hub基因。 结果从GSE10474数据集中共筛选出115个差异表达基因,其中65个上调基因,50个下调基因。GO分析显示,生物过程的基因主要富集在金属离子稳态、氧化应激、电离辐射等;细胞组分主要富集在液泡膜、高尔基体膜、内质网膜、溶酶体膜等生物膜;这些基因主要与生物跨膜、泛素结合酶活性、蛋白络氨酸、丝氨酸和苏氨酸激酶结合蛋白活性以及蛋白激酶抑制活性等分子功能相关。KEGG富集分析显示,差异表达基因主要富集在磷脂酶信号通路、胰岛素信号通路、T细胞介导的免疫反应以及免疫相关的信号通路。PPI网络图筛选出了前10位hub基因,分别为CD4、CD74、髓细胞核分化抗原（MNDA）、髓细胞触发受体1（TREM1）、人白细胞抗原DRA（HLA-DRA）、细胞附着蛋白1相互作用蛋白（CYTIP）、凝血因子XⅢA链（F13A1）、血清胱抑素F（CST7）、丝裂原激活蛋白激酶1（MAPK1）、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A（CDKN1A）。 结论CD4、CD74、MNDA、TREM1、HLA-DRA、CYTIP、F13A1、CST7、MAPK1及CDKN1A是脓毒症诱导ALI的关键基因,可作为临床治疗和新药开发的新靶点。     

结肠癌组织表达MMP-9、MIG、细丝蛋白A及其与患者预后关系

目的检测结肠癌组织基质金属蛋白酶9(MMP-9)、迁移诱导蛋白-7(MIG-7)、细丝蛋白A的表达情况,并分析其与患者预后关系。方法选取2017年1月至2018年6月在我院行结肠癌根治术的80例患者,采用免疫组化法检测癌组织及癌旁组织MMP-9、MIG-7、细丝蛋白A的表达情况。结果癌组织中MMP-9、MIG-7表达阳性率高于癌旁组织,细丝蛋白A表达阳性率较癌旁组织低,差异有统计学意义(P0.05)。MMP-9、MIG-7表达阳性患者Ⅲ期比例、淋巴结转移率、脉管浸润率高于阴性患者(P0.05),细丝蛋白A表达阳性患者Ⅲ期比例、淋巴结转移率、脉管浸润率低于阴性患者(P0.05)。中位随访时间16.3个月,复发14例,转移9例,死亡3例。COX多因素分析显示,MMP-9、MIG-7、细丝蛋白A、TNM分期、肿瘤分化程度、淋巴结转移是DFS独立预后因素(P0.05)。结论 MMP-9、MIG-7在结肠癌组织中高表达,细丝蛋白A在结肠癌组织中低表达,且MMP-9、MIG-7高表达和细丝蛋白A低表达与结直肠癌较短DFS相关。     

基于生物信息学挖掘骨关节炎潜在的关键生物标志物

目的 基于生物信息学的方法挖掘骨关节炎(OA)潜在的关键生物标志物。方法 从GEO数据库下载人类关节滑膜组织微阵列mRNA数据集GSE55457、GSE82107、GSE55235和miRNA数据集GSE143514,筛选OA与正常滑膜之间的差异表达基因(DEGs),利用在线分析工具Metascape对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并利用在线分析数据库STRING将筛选出的DEGs基因导入数据库,进行差异基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,并利用Cytoscape软件构建PPI网络。结果 GSE55457、GSE82107、GSE55235中最终共筛选出19个交叉的关键基因。GO功能富集分析表明,这些基因主要参与免疫相关过程;KEGG通路富集分析显示,这些基因主要参与白细胞介素(IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。利用PPI网络得到了趋化因子配体(CXCL)2、JUN、CXCL3、基质金属蛋白酶(MMP)1、磷脂酶Cδ3(PLCD3)这5个OA最关键的基因,通过构建一个由29个节点和39条边组成的mRNA-miRNA共表达网络,分析m...     

基于GEO数据库筛选阿尔茨海默病的关键基因及信号通路

目的 采用生物信息学分析方法从GEO数据库筛选与阿尔茨海默病（AD）发生、发展密切相关的基因及信号通路。方法 从GEO数据库选择GSE118553作为分析数据集,GSE106241作为关键基因的验证数据集。从GSE118553数据集筛选出差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组数据库（KEGG）通路分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出评分居前10位的关键基因。采用GSE106241数据集验证筛选出的10个关键基因在不同braak分级AD患者与正常对照者颞叶皮层组织中表达的差异及其与β-淀粉样蛋白（Aβ）42表达的相关性。结果 从GSE118553数据集中筛选出157个差异表达的基因,其中表达上调88个、表达下调69个。GO富集和KEGG通路分析结果显示,差异表达基因涉及γ-氨基丁酸（GABA）信号通路、神经递质传递和突触传递等。在PPI网络中,筛选出的评分居前10位的关键基因分别为SNAP25、SYT1、GRIN2A、SLC12A5、GAD1、GABRG2、GABRD、PVALB、GABRB2和FN1。采用GSE106241数据集进行...     

HIF-1和CD24在结肠癌组织中的表达及其意义

目的:检测HIF-1和CD24蛋白在结肠癌组织中表达,探讨HIF-1和CD24蛋白与结肠癌患者预后的关系。方法:收集25例明确诊断的结肠癌组织及其相应癌旁组织,提取总蛋白。采用Western-blot方法检测HIF-1和CD24蛋白在结肠癌组织和癌旁组织中的含量。利用Pearson相关性分析评估HIF-1和CD24蛋白表达的相互关联。K aplan-Meier生存曲线分析HIF和CD24蛋白与结肠癌患者预后的相关性。结果:HIF-1和CD24蛋白在结肠癌组织中的含量明显高于癌旁组织(P0.05)。HIF-1与患者的性别、年龄、肿瘤分化、淋巴侵袭、静脉侵袭、肿瘤大小和病理分期因素无关。CD24与患者的性别、淋巴侵袭、静脉侵袭、肿瘤大小和病理分期因素无关。但与患者年龄和肿瘤分化两个因素相关。Kaplan-Meier生存曲线分析显示同时表达HIF-1和CD24的患者比单独表达HIF-1或CD24的患者预后更差。结论:HIF-1和CD24蛋白在结肠癌组织中表达异常升高,并且与结肠癌患者预后相关。     

结肠癌患者MMP-9的表达及临床意义

目的测定基质金属蛋白酶(MMP-9)在结肠癌患者血清中的水平及组织中的表达,探讨其与结肠癌恶性程度、浸润、转移的关系。方法采用ELISA法及免疫组织化学SP法检测42例结肠癌患者血清MMP-9水平及结肠癌组织中MMP-9表达,分析与结肠癌恶性程度、浸润、转移的关系。结果1.结肠癌患者血清MMP-9水平显著高于对照组(P<0.01),Dukes C期、D期血清MMP-9水平显著高于A、B期(P<0.01),低分化者血清MMP-9显著高于高、中分化者(P<0.05)。2.结肠癌MMP-9蛋白表达阳性率高于正常结肠组织,但无统计学差异(P>0.05),而Dukes分期C D期阳性表达率显著高于A B期(P<0.05),有淋巴结转移者阳性表达率显著高于无淋巴结转移(P<0.05)。结论MMP-9与Dukes分期、淋巴结转移有关,具有重要的临床意义。     

FXYD3在宫颈鳞癌患者组织中的表达及与临床病理参数的关系

目的检测FXYD3在宫颈鳞癌患者组织中的表达,并分析其与患者临床病理参数的关系。方法分别通过GEPIA数据库及癌症基因组图谱(TCGA)门户网站UALCAN分析FXYD3在正常宫颈组织及宫颈鳞癌组织样本中的表达情况,使用cBioPortal在线软件预测分析FXYD3共表达基因,并通过ImageGP在线软件进行信号通路富集分析;STRING网站进行FXYD3蛋白互作共表达分析。收集2015年9月至2018年1月郑州市妇幼保健院就诊的65例宫颈鳞癌组织标本及50例因子宫肌瘤手术切除的正常宫颈组织标本,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测各组FXYD3 mRNA的表达水平;免疫组化染色法检测FXYD3蛋白的表达水平,并分析其与宫颈鳞癌患者临床病理参数及预后的关系。结果数据库、qRT-PCR及免疫组化分析结果显示,宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达水平[8.921(8.287,9.400)、10.244(9.569,10.749)、1.68±0.32、63.08%]均显著高于正常宫颈组织[0.995(0.346,5.837)、3.269(2.720,7.820)、1.00、28.00%],差异有统计学意义(Z分别为0.205、-6.107,t=15.011,χ~2=13.935;P均0.05);FXYD3的表达与宫颈鳞癌组织类型、临床分期及淋巴结转移有关(χ~2分别为7.934,8.737,11.274,P均0.05),FXYD3蛋白阳性表达患者的平均生存时间(OS)显著低于阴性表达患者(38.12个月vs 53.56个月,χ~2=5.485,P=0.019)。通过STRING网站在线绘制FXYD3蛋白互作网络图,并根据相关性评分分析证实相关性较强的前5个蛋白质分别为ATP1B1、ATP1B2、ATP1B3、ATP1A1、ATP1A2。通过cBioPortal数据库预测与FXYD3共表达基因417个;Enrichr网站通路富集分析结果显示,FXYD3共表达基因富集到的主要通路包括T细胞受体、B细胞受体、白细胞介素-17、趋化因子信号通路,氧化应激信号通路,非小细胞肺癌、膀胱癌等癌症信号通路,蛋白质水解、核黄素代谢、核酸合成代谢等信号通路。结论宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达升高,且与患者组织类型、临床分期、淋巴结转移及预后有关,对宫颈鳞癌发生和预后有一定的监测价值。     

TUBA1C基因在结肠癌中的临床意义

目的 研究TUBA1C基因在结肠癌中的表达情况,分析其表达与结肠癌患者临床特征和预后的关系,探索TUBA1C基因与结肠癌发生、发展的关系。方法 在癌症基因图谱（TCGA）和基因表达数据库（GEO）中下载结肠癌和正常组织的RNA测序数据,利用R 4.3.0软件提取TUBA1C mRNA的表达值,分析TUBA1C在正常组织和结肠癌中的表达,并探究其表达水平与患者临床病理参数的相关性。结合患者的生存资料,使用Kaplan-Meier生存分析法分析TUBA1C表达与患者总体生存率的关系。COX回归分析用于探索TUBA1C在结肠癌中的预后作用。同时,使用GEPIA2数据库和UALCAN数据库验证分析TUBA1C在结肠癌中的表达及预后的预测作用。基因集富集分析（GSEA）用于探索TUBA1C基因与结肠癌发生、发展相关的分子作用通路。结果 与正常组织相比,TUBA1C mRNA在结肠癌组织中表达显著上调,差异有统计学意义（P<0.05）,其表达水平与患者的Stage分期显著相关,差异有统计学意义（P<0.05）。生存分析结果显示,高表达TUBA1C患者的总体生存率显著低于低表达组,差异有...     

热休克转录因子-1 mRNA及热休克蛋白在正常结肠黏膜和腺瘤及结肠癌中差异性表达的研究

目的检测热休克转录因子-1（HSF1）mRNA、热休克蛋白（HSP）27、HSP70及HSP90α在结肠癌演进过程中组织原位的表达。方法应用组织芯片技术,通过免疫组织化学及原位杂交的手段,对结肠癌演进过程中应急通路的基因表达进行核酸和蛋白水平的检测。结果 HSF1mRNA、HSP27、HSP70及HSP90α在正常结肠黏膜、腺瘤及结肠癌中的阳性表达分别为21.43%、66.00%、85.71%,35.70%、68.00%、42.90%,28.57%、46.00%、67.35%,21.40%、54.00%、73.50%。其中,HSF1mRNA与HSP90α在腺瘤与结肠癌中的表达明显高于正常结肠组织,HSP27在腺瘤中的表达水平高于正常结肠组织及结肠癌组织,HSP70在结肠癌组织中的表达明显高于腺瘤和正常结肠组织。结论 HSF1mRNA、HSP27、HSP70及HSP90α的阳性表达与结肠癌的演进过程密切相关,其所代表的应急通路在结肠的演进过程中具有重要作用。     

β-catenin与Fascin-1在结肠癌中的表达及与肿瘤病情的相关性

目的探讨结肠癌组织中的β连环蛋白(β-catenin)、Fascin-1蛋白表达变化及临床意义。方法回顾性选取2015年1月至2017年6月遂宁市中心医院收集的术后结肠癌组织标本(癌组织) 60例、30例结肠癌癌旁组织(距离病灶边缘5 cm以内的正常结肠组织,对照组)。采用免疫组化染色检测β-catenin与Fascin-1蛋白的表达,并分析二者的相关性及其临床意义。结果癌组织的Fascin-1蛋白、β-catenin蛋白阳性表达率分别为51. 67%、78. 33%均高于对照组的10. 00%、16. 67%,差异具有统计学意义(P 0. 05);癌组织的Fascin-1蛋白与β-catenin蛋白阳性表达呈正相关关系(r=0. 382,P 0. 05);癌组织的Fascin-1蛋白阳性表达与TNM分期、发生淋巴结转移有关(P 0. 05);癌组织的Fascin-1蛋白阳性表达与TNM分期、肿瘤分化程度、侵及浆膜、发生淋巴结转移有关(P 0. 05)。结论β-catenin与Fascin-1蛋白在结肠癌组织中高表达,二者呈正相关表达,并且与肿瘤TNM分期及发生淋巴结转移有关。     

结肠癌中受体相互作用蛋白1的表达及临床意义

目的:探讨受体相互作用蛋白1在结肠癌中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:使用免疫组织化学检测97例结肠癌组织及癌旁组织中受体相互作用蛋白1的表达情况,结合临床病理资料进行统计学分析。结果:97例结肠癌患者中,癌组织中受体相互作用蛋白1阳性表达的有41例(42.3%),癌旁组织中阳性表达的有78例(80.4%),差异有统计学意义(P<0.05)。结肠癌组织中受体相互作用蛋白1的表达与年龄、性别无关,与患者临床分期、病理分级、淋巴结转移相关。结论:结肠癌中受体相互作用蛋白1表达降低可能是判断结肠癌患者预后一个潜在参考指标。     

酒精性脂肪性肝炎差异表达基因的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎(ASH)肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例,正常肝组织标本7例。使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异表达基因。采用在线DAVID分析软件对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析,应用R软件中Clusterprofiler包对差异基因进行KEGG信号途径分析,利用STRING及Cytoscape软件进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件,综合12种拓扑分析方法筛选出前3个核心基因。结果共筛选出28个差异表达基因,GO富集分析发现,差异表达基因参与了皮质醇反应、Wnt蛋白活性、细胞对细胞外刺激的反应、转录因子活性、转录激活因子活性及RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等功能。KEGG通路分析发现,差异表达基因富集在唯一一个通路——白细胞介素-17(IL-17)信号通路上。PPI分析得到3个核心基因,分别为CCL20、FOS及NR4A2,并且CCL20与FOS均富集在IL-17信号通路上。对PPI网络中的节点进行富集分析发现,其功能主要富集在信号转导上。结论通过生物信息学分析,预测CCL20、FOS及NR4A2可能是介导ASH的核心基因,其中CCL20可能通过作用在IL-17信号通路上,被诱导激活后促进巨噬细胞、中性粒细胞等炎症细胞的募集,从而介导ASH炎症发生。靶向调控IL-17信号通路有望成为ASH治疗的新型疗法。     

基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性

目的 探讨基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性,并对差异表达基因调控的功能通路进行分析。方法 将2021年4月作为时间截点,基于GEO数据库筛选黄褐斑相关基因表达谱,选择“chloasma”为筛选条件,“human”为物种类型。使用GEO2R对黄褐斑差异基因表达情况进行分析,并对通路富集情况做KEGG分析。使用蛋白间相互作用(PPI)找出关键基因及蛋白靶标,分析差异基因表达情况。结果 根据GEO数据库共筛选出差异基因34个,其中上调基因16个、下调基因18个。KEGG显示黄褐斑有13条显著差异性富集信号通路(P<0.05),主要与黑色素生成、多种信号通路、Gap连接等有关。GO功能分析显示前30个显著富集条目中,生物过程包括酶联受体蛋白信号通路、膜受体酪氨酸激酶信号通路等,细胞组分包括核内腔、核仁、细胞器内腔等,分子功能包括结合酶、依赖DNA的转录正调节等。STRING分析显示,在PPI网络中提取包含2 453种基因的核心网络中排名前5的基因为TYRP1、GDF15、MITF、NRF2和Beclin1,以上5个基因是黄褐斑患者表达的最关键基因,与黄褐斑的发病有关。结论 TY...