肝细胞性肝癌线粒体DNA D-loop区基因突变的研究

目的 研究肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D-loop区基因的突变情况.方法 选择40例肝细胞性肝癌组织和其相应癌旁组织,取对应患者外周静脉血,提取线粒体DNA后进行PCR扩增和测序.结果 40例肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D-loop区中,发生突变16例(40.0%),共发现突变位点34个,其中16个位点为点突变,5个位点发生插入,13个位点发生缺失;另外新发现2个多态性位点.结论 线粒体DNA D-loop区是一个具有高度多态性和突变性的区域,在肝细胞性肝癌组织中突变率较高.     

肝细胞性肝癌线粒体DNA D-100p区基因突变的研究

目的研究肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D—loop区基因的突变情况。方法选择40例肝细胞性肝癌组织和其相应癌旁组织,取对应患者外周静脉血,提取线粒体DNA后进行PCR扩增和测序。结果40例肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D-loop区中,发生突变16例（40．0％）,共发现突变住点34个,其中16个位点为点突变,5个位点发生插入,13个位点发生缺失;另外新发现2个多态性位点。结论线粒体DNA D-loop区是一个具有高度多态性和突变性的区域,在肝细胞性肝癌组织中突变率较高。     

胃癌线粒体DNA D-loop区碱基突变的检测分析

目的 研究胃癌患者的癌组织线粒体DNA （mtDNA）D-loop区碱基突变情况,以探讨mtDNA D-loop区碱基突变与胃癌发生发展的相关性.方法 采用聚合酶链反应和DNA测序相结合的方法,对75例胃癌患者癌组织线粒体D-loop 区进行扩增并测序分析.结果 在75例胃癌组织中共有130个位点发生了变化,其中属于基因多态性有101个,基因突变有29个.75例胃癌组织中39例mtDNA D-loop区存在突变,突变率为52%.结论 mtDNA D-loop 区碱基突变可能在胃癌发生发展中发挥重要作用.     

线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系的研究

目的 探讨线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系.方法 2003-2005年在河北医科大学第四医院完成食管鳞状细胞癌患者线粒体D-loop区测序55例,单核苷酸多态性与患者发病年龄的关系分析采用Kaplan-Meier法,组间比较使用Log-rank检验.结果 经Log-rank检验,单核苷酸多态位点16266C/T基因型与发病年龄有关,多态位点16266T基因型患者发病早于16266C基因型患者,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 线粒体DNA D-loop区基因多态性位点可作为食管鳞状细胞癌患者发病年龄的预测标记,同时线粒体D-loop区多态性位点有助于识别早发的食管鳞状细胞癌患者.     

PCR-DGGE法检测DNA碱基突变及多态性的方法学评价

目的 了解聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis, PCR-DGGE)法检测DNA碱基突变和分辨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的能力.方法 分别用DNA序列分析法及PCR-DGGE法检测白血病患者治疗前及缓解期的白细胞线粒体DNA D-loop区,以缓解期为对照,了解两种方法检测治疗前白细胞线粒体DNA D-loop区突变的能力并作比较.同时将野生型和突变型DNA以不同比例混合模拟DNA多态性存在,以了解PCR-DGGE检测SNP的灵敏度.结果 以DNA序列分析作为对照,PCR-DGGE法检测碱基突变的特异度达到100%,灵敏度为97.1%;PCR-DGGE可检出单碱基突变;PCR-DGGE可检测出约0.5%的多态性存在.结论 PCR-DGGE是一个检测DNA碱基突变和多态性存在的较好的方法.     

胃癌组织线粒体DNA D-loop区的突变及其意义

目的研究胃癌组织中线粒体DNA(mtDNA)D-loop区突变情况及其在肿瘤发生和发展中的作用。方法选择17例胃癌及相应正常胃黏膜组织,应用聚合酶链反应(PCR)对其mtDNA D-loop区进行扩增并测序,将测序结果与线粒体文库中的Revised Cambridge Reference Sequence(rCRS)进行对比分析。结果 17例胃癌组织中共发现mtDNA D-loop区存在175个多态性变异,其中8个(4.6%)为新发现的变异。8例(47.1%)胃癌组织中共发现13次突变;突变热点集中在HV1(23.1%)和HV2(53.9%),并且HV2较HV1更易突变。mtDNA D-loop区突变率与胃癌分化程度、浸润深度、有无淋巴结转移、病人性别和年龄无关(P>0.05)。结论 mtDNA D-loop区尤其是其中的HV1及HV2是一个具有高度多态性和突变性的区域,在胃癌中突变率较高。     

线粒体D-环区单核苷酸多态性与食管癌患者预后关系的研究

目的探讨线粒体D-环区（D-loop区）单核苷酸多态性与食管癌患者预后的关系。方法选择2003—2004年在河北医科大学第四医院胸外科住院行食管癌根治性手术切除的食管癌患者55例,采用聚合酶链反应对其手术切除标本进行线粒体D-loop区测序。通过电话对患者进行随访并计算5年生存率,分析其与患者临床特征的关系。参照基因数据库AC₀00021号从已完成的食管癌患者线粒体D-loop区1 000 bp序列中找出单核苷酸多态性位点,分析不同单核苷酸多态性位点与患者5年生存率的关系。结果本组55例患者均完成了5年的随访,共生存20例。不同性别、年龄（以55岁为界）及有无淋巴结转移食管癌患者5年生存率比较,差异均无统计学意义（P>0.05）;不同TNM分期食管癌患者5年生存率比较,差异有统计学意义（P<0.05）。共找出88个单核苷酸多态性位点,采用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线发现,仅16278和16399位点与食管癌患者的生存期有关。16278T型食管癌患者与16278C型患者、16399G型食管癌患者与16399A型患者5年生存率比较,差异均有统计学意义（χ2值分别为9.413和11.225,P<0.05）。采用Cox比例风险回归模型分析发现,16278T/C〔OR=3.638,95%CI（1.191,11.111）〕和16399G/A〔OR=5.096,95%CI（1.647,15.769）〕是食管癌患者预后的独立预测因子（P<0.05）。结论线粒体D-loop区单核苷酸多态性可作为食管癌患者预后的预测因子,有助于早期判断食管癌患者预后,更好地指导临床治疗,对估计生存期较短的术后患者可给予更积极的辅助治疗,以提高患者生存率。     

广西汉族早老症家系三例病例研究——线粒体DNA D-环区突变分析

探讨广西汉族1个早老症家系中3例儿童早老症（HGPS）患者线粒体DNA D-环区（D-loop区）突变是否呈现年龄相关的突变累积。方法 采用聚合酶链反应（PCR）对3例HGPS患者及其父母、8例正常老人（正常老人组）的线粒体DNA D-loop区进行扩增、测序。结果 正常老年人线粒体DNA D-loop区较Cambridge序列存在较多的突变位点,HGPS患者与正常老人组线粒体DNA D-loop区突变率差异具有统计学意义（P＜0.05);3例HGPS患者线粒体DNA D-loop区单体型与其母亲一致;未检测到3例HGPS患者线粒体DNA D-loop区发生新突变,也未检测到3例HGPS患者线粒体DNA D-loop区存在差异。结论 该家系3例HGPS患者在7岁前未发生线粒体DNA D-loop突变累积,且不同年龄患者均未见年龄相关的突变累积,推论线粒体DNA突变不是该家系HGPS患者加速衰老的重要原因。     

骨髓增生异常综合征患者线粒体DNA D-loop区突变研究

目的检测骨髓增生异常综合征（myelodysplastic syndrome, MDS）患者线粒体DNA D-loop区的突变。方法提取42例MDS患者骨髓以及口腔上皮组织的线粒体DNA，对线粒体DNA D-loop区两个高变区（HV1和HV2）进行PCR扩增，通过直接测序的方法对PCR产物的基因序列进行检测。结果在42例MDS患者中有6例患者出现突变，突变率为14.29%。突变位点19个，10个位于HV1区，9个在HV2区，其中包括5个微卫星不稳定，其余为A、G或者C、T之间的碱基置换。结论MDS存在线粒体DNA D-loop区的突变，可能在疾病的发生发展中起重要作用。     

31例中国汉族人外周血白细胞线粒体DNA高变Ⅰ区序列特殊变异分析

目的通过分析线粒体DNA序列,进一步了解中国汉族人线粒体基因多态性的特点.方法一步法制备31个无亲缘关系的中国汉族个体的外周血白细胞线粒体DNA,PCR扩增包括非编码高变Ⅰ区在内的1 528 bp核酸片段,并直接测序,分析高变Ⅰ区序列变异情况.结果高变Ⅰ区16 223和16 362核苷酸位点,分别出现高频率C→T变异(70.97%,22/31)及T→C变异(48.39%,15/31).结论线粒体DNA第16 223核苷酸位点T和第16 362核苷酸位点C很可能是中国汉族人特异性的单核苷酸多态性位点.     

线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性与类风湿关节炎发病年龄的关系研究

背景　类风湿关节炎（RA）为临床常见疾病,其发病原因尚不明确。既往研究显示,40~60岁为RA的高发年龄,线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的单核苷酸多态性（SNP）对肿瘤、肾病等多种疾病的发病年龄具有预测价值,但是,其与RA患者发病年龄的关系尚未见报道。目的　探讨mtDNA D-loop区SNP与RA发病年龄的关系。方法　选取2017年5—12月于河北医科大学第二医院风湿免疫科住院的85例RA患者为研究对象,提取RA患者外周血中mtDNA,通过PCR扩增和基因循环测序,分析mtDNA D-loop区的SNP位点。采用Kaplan-Meier法绘制RA患者发病年龄生存曲线,并采用Log-rank法进行检验;采用Cox比例风险模型分析发病年龄的风险因素。结果　Log-rank检验结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519,携带低频率等位基因T基因型的患者发病年龄早于携带高频率等位基因C基因型的患者（χ2=5.395,P=0.020）。Cox比例风险模型结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519是RA发病年龄的独立预测因子〔HR=1.750,95%CI（1.047,2.925）,P=0.033〕。结论　RA的发病年龄可能与mtDNA D-loop区SNP有关,对于mtDNA D-loop区SNP序列的分析有助于早期识别发生RA的高风险患者。     

线粒体单核苷酸多态性复合扩增体系在疑难检材中的法医学应用研究

目的应用线粒体单核苷酸多态性(SNPs)的复合PCR扩增体系应用于法医检验案件中的陈旧血痕、脱落细胞检材、腐败降解检材及骨组织等疑难检材,为解决法医学检验疑难检材的难题提供一种新的方法。方法用IdentifilerTM试剂盒进行目前使用的STR分型及已建立的18个线粒体SNPs(16个位于编码区和2个控制区)位点复合扩增毛细管电泳荧光检测体系,并行对照检验案件中的陈旧血痕、脱落细胞、腐败肌肉、软骨以及牙齿、骨等各种疑难检材。结果对于上述检材,STR与线粒体SNPs的检验成功率均达到80%以上,线粒体SNPs高于STR。对于高度腐败的肌肉及软骨、骨骼检材,线粒体SNPs的检验成功率明显高于STR。结论所建立的线粒体SNPs复合PCR扩增体系在疑难检材检验中具有良好的应用前景。     

Mutations in the D-loop region of mitochondrial DNA in g astric cancer

Objective: To investigate the mutations in the D-loop region of mitochondrial DNA (mtDNA) in gastric cancer.Methods: The mtDNA of D-loop region was amplified by PCR and ,sequenced in 20 samples from gastric cancer tissue and adjacent normal membrane. Results: There were 7/20(35% ) mutations in the mtDNA of D-loop region in gastric cancer patients. There were four microsatellite instabilities among the 18 mutations. Nine new polymorphisms were identified in 20 patients. Conclusion: The mtDNA of D-loop region might be highly polymorphoric and the mutation rate is high in patients with gastric cancer.     

291例溃疡性结肠炎患者中溶质相关载体26A3基因多态性分析

目的 探讨溶质相关载体（SLC）26A3基因单核苷酸多态性（SNP）与溃疡性结肠炎（UC）的关系。方法 收集291例UC患者和380例正常对照者,采用多重SNaPshot技术检测SLC26A3 （rs7810937、rs7785539和rs2108225） 3个SNP位点的等位基因及基因型,并进行连锁不平衡和单倍型分析。结果 UC组中（rs2108225）突变等位基因（G）和基因型（AG+GG）的频率均高于对照组（65.46% vs 58.68%,P=0.011;87.29% vs 81.58%,P=0.045）。与轻中度UC患者相比,重度UC患者中（rs7785539）突变等位基因（C）和基因型（GC+CC）的频率均显著增高（15.79% vs 6.13%,P=0.003;26.32% vs 12.25%,P=0.020）。（rs7810937,rs7785539和rs2108225） 3个SNP位点彼此连锁,但UC和对照组中各单倍型差异无统计学意义（P>0.05）。结论 SLC26A3 （rs2108225）基因突变可能增加UC发病风险,rs7785539基因多态性与UC疾病严重程度相关,（rs7810937、rs7785539和rs2108225）构建的单倍型与UC发病风险无关。     

肺鳞癌mtDNA D-环序列微卫星不稳的研究

目的 分析肺鳞癌患者癌组织线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)非编码D-环区序列的微卫星不稳(mitochondrial microsatellite instability, mtMSI)现象并探讨其意义.方法 应用改良一步法制备15例肺鳞癌患者癌组织mtDNA, PCR产物直接测序,对比分析D-环区序列mtMSI情况.结果 15例肺鳞癌患者癌组织mtDNA D-环区中,全部出现了mtMSI(100%),在3个不同位点上共发现30个mtMSI.结论 肺鳞癌患者mtMSI发生率高, D环区碱基序列的mtMSI可能与肿瘤的发生发展有关.     

Mutations of mitochondrion DNA in mouse tumors

Objective： To ascertain the variations of mitochondrion DNA （mtDNA） in mouse tumors and to inquire into the relationship between mutations of mtDNA and carcinogenesis Methods： The variations of D-loop, ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments of mtDNA from six tumor cell lines of mice were analyzed by PCR technology with restriction fragment length polymorphism analysis （polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP） and single strand conformation polymorphism analysis （SSCP-PCR） method. Results： ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments ofmtDNA from the tumors showed no variation in 27 endonuclease sites; D-loop ofmtDNA from Hca-F had an additional endonuclease sites of Hinf I in contrast to that of the inbred mouse. Deeply analyzed by PCR-SSCP, the D-loop ofmtDNA was found to possess mutations in 4 of 6 tumors. Conclusion： D-loop is the hot spot of tumor mtDNA mutation which can act as contributors to the carcinogenic     

Altofrequency SNPs of mitochondrial DNA in 26 Han Chinese

Objective, To explore the possible mitochondrial DNA （mtDNA） polymorphism in Han Chinese. Methods： The complete mitochondrial genome of 26 unrelated healthy Han Chinese were extracted and sequenced. Results： The mtDNA nucleotide sites （2 706, 7 028, 8 860, 11 719, and 15 326） were found totally different from the Revised Cambridge Reference Sequence （rCRS）. These single nucleotide polymorphisms （SNPs） were 2 706 A→G, 7 028 C→T, 8 860 A→G, 11 719 G→A, 15 326 A→G. Conclusion, These findings provide new insights into the characteristics of Han Chinese mitochondrial genetic diversity.     

A preliminary study of cytokine gene polymorphism effects on Saudi patients with colorectal cancer

Objectives:To determine the possible associations of polymorphisms in interleukin (IL)-8 (rs4073 T/A), IL-10 (rs1800896 A/G), IL-22 (rs1179251 C/G and rs2227485 C/T), IL-27 (rs17855750 T/G), and transforming growth factor beta 1 (TGFß1) (rs1800469 C/T) with colorectal cancer (CRC) susceptibility in Saudi patients.Methods:The case-control study was carried out between July 2019 and January 2020 in King Khaled University Hospital, Riyadh, Saudi Arabia. A total of 70 patients with CRC and 70 healthy controls were included in the study. Single nucleotide polymorphisms of promoter regions were determined using TaqMan genotyping assays.Results:A statistically significant reduction in CRC risk was identified for carriers of the IL-10 (rs1800896 A/G) AG genotype, IL-22 (rs1179251 C/G) G allele, IL-27 (rs17855750 T/G) G allele and TGFß1 (rs1800469 C/T) CT and TT genotype. While IL-10 (rs1800896 A/G) AA genotype and TGFß1 (rs1800469 C/T) CC genotype were significantly associated with increased susceptibility to CRC. No significant associations were identified between the cytokine polymorphisms of IL-8 (rs4073 T/A) and IL-22 (rs2227485 C/T), and CRC risk.Conclusion:Our findings indicate a significant impact of IL-10 (rs1800896 A/G), IL-22 (rs1179251 C/G), IL-27 (rs17855750 T/G) and TGF-ß1 (rs1800469 C/T) polymorphisms on risk of CRC; while the IL-8 (rs4073 T/A) and IL-22 (rs2227485 C/T) and polymorphisms were not associated with CRC risk.     

Hedgehog信号通路基因启动子区多态性与广西地区人群肝细胞癌易感性的关系

目的:探讨Hedgehog(Hh)信号通路基因启动子区多态性与广西地区人群肝细胞癌遗传易感性的关系?方法:采用以医院为基础的病例对照研究,以1 041例肝细胞癌患者和1 074例非肿瘤对照者为研究对象,应用Sequenom Mass Array基因分型技术检测Hh信号通路基因启动子区的9个潜在功能性多态性位点的基因型,并分析各多态性位点与肝细胞癌易感性的关系?结果:在调整年龄?性别?吸烟?饮酒以及HBV感染等因素后,携带STK36 基因rs34237608 AG基因型者罹患肝细胞癌的风险降低(OR=0.67,95%CI=0.47~0.95;P=0.025);GG基因型与肝细胞癌易感性之间的关系无统计学意义(P > 0.05);在显性模型下,rs34237608位点AG/GG基因型可降低罹患肝细胞癌的风险(OR=0.67,95%CI=0.48~0.95;P=0.025)?本研究未发现其他候选位点多态性与肝细胞癌易感性有统计学意义?结论:STK36 基因rs34237608位点多态性可能与广西人群肝细胞癌易感性有关联?