淮安市1起由奥密克戎变异株BA.5.2引起的聚集性疫情的调查分析

目的 了解1起由奥密克戎变异株引起的新型冠状病毒肺炎(简称“新冠”)聚集性疫情流行病学特点。方法 对本起疫情进行流行病学调查、实验室检测和序列分析，并进行溯源分析。结果 本起疫情持续时间为2022年11月1—6日，报告新冠感染者13例，以男性为主(占61.5%),中位年龄为52岁；包括无症状感染者10例(占76.9%)、确诊病例轻型2例(占15.4%)和普通型1例(占7.7%)。病例病毒基因测序结果显示为奥密克戎变异株BA.5.2,与邻省“10.04”疫情1例本土病例感染毒株高度同源。结论 本起疫情高度怀疑为外省输入引发，病毒株为奥密克戎变异株BA.5.2。     

1株境外输入性新冠病毒奥密克戎BQ.1.1全基因组测序及特征分析

目的 针对1例境外输入性新冠病毒感染者咽拭子样本开展全基因组测序，掌握输入性新冠病毒基因组特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供科学依据。方法 对1例从江苏口岸入境的输入性新冠病毒感染者的咽拭子样本，用二代测序技术进行全基因组测序，并通过生物信息学软件进行序列分析并构建进化树。结果 获得1株输入性新冠病毒全基因组序列（GenBank No. OP804248），基因组全长29 762 bp，基因分型结果显示为奥密克戎BQ.1.1型。与原始毒株（GenBank No. NC＿045512.2）相比，该毒株共有78个碱基发生了突变，59个区域发生了缺失；氨基酸突变有62个，氨基酸缺失14个。结论 奥密克戎BQ.1.1型为江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的溯源及防控提供重要科学依据。     

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

2022年7-12月北京入境旅客中新冠病毒变异株监测分析

目的 掌握2022年下半年北京口岸入境旅客感染的新冠病毒变异株分布情况，探讨其与全球新冠病毒变异株流行的关联性。方法 采集2022年7-12月北京口岸全部入境旅客的呼吸道样本，用RT-PCR法检测新冠病毒核酸，对阳性样本开展基因序列测定，用BioEdit软件进行序列一致性分析，病毒分支由Pangolin COVID-19 Lineage Assigner完成。通过世界卫生组织和GISAID获得全球新冠病毒感染和变异株的监测数据，探讨全球监测数据与北京口岸监测数据的关联性。结果 共采集并检测了入境旅客呼吸道样本121 542件，其中阳性712件；对符合测序条件的631件进行基因测序，获得全基因组序列308条，奥密克戎BA.5.2(22.1%)、 BF.7(9.1%)和BQ.1.1(9.1%)为主要流行株，占40.3%。口岸检出新冠病毒阳性率与同期全球新冠发病水平的相关性无统计学意义（r=-0.71,P>0.05），口岸检出的主要变异株分支多为同期全球主导流行株，但两者的相关性无统计学意义（r=0.41,P>0.05）。具有传播优势的变异株在全球成为主导流行株之前，在入境旅客中...     

严防奥密克戎新变异株输入

当前全球新冠肺炎新增确诊病例仍在增加,我国实施的“外防输入,内防反弹”措施将有利于及时发现输入我国的奥密克戎变异株。一、什么是奥密克戎变异株2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株,11月26日,WHO将其列为“需要关注”的变异毒株,并以希腊字母“奥密克戎”命名,定义为奥密克戎变异株。     

美国:奥密克戎BA.2.12.1变异株让纽约疫情死灰复燃

美国疾病控制和预防中心(美疾控中心)发布通告,重点关注奥密克戎BA.2.12.1变异毒株. 美疾控中心表示,奥密克戎BA.2.12.1变异毒株比其他奥密克戎亚谱系变异毒株的传播速度更快,这种变异株正在美国变得越来越普遍,并让纽约州、新泽西州的疫情死灰复燃.     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

奥密克戎毒株最新权威解答

当前,多地报告发现奥密克戎变异株感染病例,引发广泛关注。针对奥密克戎变异株,国家卫生健康委组织中国疾控中心专家就有关问题作了最新解答:奥密克戎变异株的发现和流行情况2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株。11月26日,世界卫生组织(WHO)将其命名为Omicron (奥密克戎)变异株。     

新型冠状病毒疫苗对四川省部分地区新型冠状病毒奥密克戎变异株感染人群中的保护效果评价

目的 评价新型冠状病毒（简称新冠病毒）疫苗预防新冠病毒奥密克戎变异株感染所致发病、肺炎和重症的保护效果（Vaccine effectiveness,VE）。方法 采用病例-病例研究，对2022年2至7月四川省成都市和广安市报告的新冠病毒感染本土病例进行调查，分析新冠病毒疫苗预防奥密克戎变异株发病、肺炎和重症的VE以及经年龄、性别、基础性疾病调整后的VE(aVE,Adjusted vaccine effectivenes)，通过SPSS 21.0软件进行单因素和多因素Logistic回归分析，检验水准α=0.05。结果 本研究共纳入新冠病毒感染病例1 683例，均为新冠病毒奥密克戎变异株BA.2感染，临床结局为发病、肺炎和重症分别是511例（30.4%）、66例（3.9%）和11例（0.7%），重症人群中90.9%(10/11)都是60岁及以上老年人群。加强免疫预防奥密克戎变异株发病和肺炎的aVE分别是52.4%(95%CI:17.8%～72.4%)和81.6%(95%CI:60.0%～91.5%)，基础免疫预防肺炎的a VE是69.2%(95%CI:26.9%～87.0%)，未完成全程...     

输入性新冠病毒奥密克戎XBB.1型全基因组测序及特征

目的 针对江苏口岸1例境外输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）感染者咽拭子样本，通过二代测序技术进行全基因组测序及序列分析，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠病毒防控提供理论支持。方法 通过荧光定量PCR和二代测序技术对入境感染者咽拭子样本进行新冠病毒核酸检测，对Ct≤32的阳性样本开展全基因组测序。结果 获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列（GenBank:OQ048285），基因组全长29 772 bp，基因型为奥密克戎XBB.1型。与参考毒株（GenBank:NC＿045512.2）相比，该毒株有56个碱基位点缺失，有88个位点发生了替换；氨基酸缺失位点有13个，突变位点有63个。结论 奥密克戎XBB.1型是江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的防控及分子溯源提供重要技术支持。     

一起奥密克戎变异株引起的新型冠状病毒感染本土疫情流行特征与传播动力学分析

目的 分析云南省边境某县一起由奥密克戎变异株（BA. 2）引起的新型冠状病毒感染（新冠）本土疫情的流行特征及传播动力情况，为今后新冠疫情防控策略制定提供参考依据。方法 收集2022年4月8—25日云南省边境某县报告新冠阳性病例的个案信息和流行病学调查资料，采用描述流行病学方法及传染病传播动力学方法进行分析。结果 本次疫情共报告202例病例，经测序为奥密克戎变异株BA. 2；男女性别比1∶1.6，各年龄段、不同疫苗接种史的人群均有发病；出现51个家庭聚集性发病；潜伏期（2.38±2.20） d，代间距（2.85±2.11） d；实时再生数（Rt）最高时达到4.76 (95%CI:3.37～6.39)，但在实施防控措施约9 d后，Rt迅速下降至1以内，与防控效果相呼应。结论 奥密克戎变异株的潜伏期短、代际传播时间短、传播隐匿且速度快、容易造成聚集性发病，防控部门应进行早期疫情研判和采取有效的防控措施，对及时、快速地控制住疫情态势发展具有至关重要的作用。     

新冠病毒奥密克戎变异株感染的核酸转阴时间分析

目的 分析新冠病毒感染奥密克戎变异株上呼吸道标本核酸转阴时间,为了解新冠病毒感染奥密克戎变异株传染期提供参考。方法 以2022年11月1日—2023年1月10日湖北省荆州市某单位新冠病毒感染者为研究对象,收集感染者年龄、性别、新冠病毒疫苗接种史、2022年流感疫苗接种史以及发病日期、首次核酸检测阳性日期以及往后隔日核酸检测结果。发病日期或首次核酸阳性较早者定义为第0 d;连续2次（至少间隔24 h）核酸检测阴性定义为核酸转阴。采用生存分析计算转阴时间,Cox比例风险回归进行亚组比较。对定点收治医院感染者进行基因测序,监测荆州市流行毒株。结果 共102例新冠病毒感染者纳入研究,男女性别比0.96:1,年龄以40岁以上人群（65例,63.73%）居多,所有感染者既往均接种3剂次灭活疫苗,73例2022年7—8月接种4价流感疫苗。研究期间35名感染者进行基因测序结果显示均为Omicron BA.5.2变异株。感染者发病（或核酸检测首次阳性）5 d后核酸阳性率为97%。核酸转阴中位时间为12 d(95%CI:12～14 d),18 d后核酸均转阴。不同性别和年龄组感染者核酸转阴时间存在差异（P...     

2022年5—9月新疆、江苏口岸输入性新冠病毒基因型分析

目的 对新疆、江苏口岸输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性灭活样本开展全基因组测序，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供理论指导。方法 采用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒检测2020年5—9月新疆、江苏口岸入境人员咽拭子样本的SARS-CoV-2核酸，检测荧光阈值小于等于32(Ct≤32)的阳性样本用华大二代测序仪进行全基因组测序。结果 2020年5—9月，共检测了新疆、江苏口岸入境人员29 917份咽拭子样本，检出输入性新冠病毒阳性人员156例，其中江苏口岸113例，新疆口岸43例。对其中41份阳性样本开展了全基因组测序，均为奥密克戎（Omicron）变异株，共15个基因型，最多的是BA.5.2变异株，有17株；其次是BA.2.75变异株，4株；此外还有BA.2、BA.5.1、BA.4等基因型。结论 及时掌握了新疆、江苏口岸输入性SARS-CoV-2变异特征，为口岸新冠肺炎防控提供了技术支持。     

四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土疫情流行特征及其溯源分析

目的 对四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土聚集性疫情进行系统分析，对于了解新变异株的特性具有重要意义；对其感染来源及传播链进行调查分析，为新型冠状病毒肺炎及其他传染病疫情的溯源调查和防控提供参考。方法 收集、录入、整理四川省2022年7月15日至7月25日新型冠状病毒肺炎本土病例的流行病学调查报告、实验室检测结果、大数据追踪的轨迹信息及其他疫情相关数据，进行统计和图表绘制，分析其流行特征、实时再生数Rt值及其趋势、感染途径、病例间传播关系等，判定首例病例及其感染来源。结果 本次疫情共报告本土病例149例，涉及3市16区县，50～59岁组最多（42/149,28.19%），离退人员（34/149,22.82%）居多。确诊病例中87.5%为轻症病例，多数表现为咽痛/咽痒、发热、咳嗽/咳痰、乏力和头痛等症状。病毒基因测序结果属于奥密克戎变异株BA.2.12.1（即BG.2进化分支），是一起新毒株引入引发的本土疫情。平均潜伏期为3 d，共5代病例，平均代间距为2 d；病例呈现家庭、工作场所、公共场所聚集性。推测的首例病例有境外人员密切接触史，发病时间最早，是引发...     

新冠病毒奥密克戎变异株的特点与防控措施

自2021年11月新型冠状病毒奥密克戎变异株出现以来,几个月内迅速席卷全球。世界各国都出现了以奥密克戎为主要流行毒株的新一轮疫情,我国香港、深圳、上海等城市也未能幸免。奥密克戎刺突蛋白含有大量突变,具有强大的免疫逃逸能力,对现有的疫苗和抗体相关治疗造成了巨大的威胁。虽然奥密克戎变异株引起的疾病症状较轻,但由于其超高的传播率,全球卫生系统均承受了巨大的压力。本文就奥密克戎变异株的病原学特征、变异来源、传播特征、流行现状及防治措施等方面进行综述,以期为科学防控提供参考。     

中山市一起奥密克戎变异株新冠感染聚集性疫情调查

目的 对中山市2022年一起奥密克戎(Omicron)变异株新冠感染聚集性疫情及关联个案开展调查，理清传播链、了解个案暴露与传染期，为疫情处置提供依据。方法 收集该起疫情报告个案及关联个案发病时间、初筛阳性时间、暴露史等信息，用Drawin软件绘制传播链图；针对单次暴露传播案例，描述个案暴露时间和二代传播发生时间的间隔。结果该起疫情首发个案发病前7 d均在中山市三角镇，基因测序提示为奥密克戎变异株BA.2.2进化分支，与采样时间2022年6月来自香港地区的序列最相近，推测本起疫情可能为香港地区输入；疫情累计报告65例，其中中山市29例、外省市36例，所有个案均在同一条传播链。疫情于7月9日发现，首例7月3日发病，疫情在中山市持续15 d,传播5～6代，6 d实现社会面清零；疫情集中在7个家庭，家庭以外的传播场所包括奶茶店、医疗机构、餐厅和网约车等。2例阳性个案通过医疗机构、网约车和餐厅同时空传播给12个人，两代个案暴露时间差中位数68 h(40～123 h)。结论 面对源头不清晰的本土聚集性疫情，中山市快速响应，75.9%的个案在管控人群中发现；病毒传播链被快速阻断，未发生大规模社区传...     

广州市2起由新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情流行病学参数研究

目的 本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（R₀）等流行病学参数,探索不同场所聚集性对R₀的影响,为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。方法 收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据,使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计,采用指数增长法和极大似然法估计R₀。结果 两起疫情中位潜伏期为2.94（95%CI：2.52~3.38）d;中位序列间隔为3.32（95%CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情R₀为4.40（95%CI：3.95~4.85）,机场聚集性疫情R₀为11.35（95%CI：11.02~11.67）。结论 广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高,R₀越大,传播速度越快,易呈现暴发疫情,应及时调整防控策略。     

广西百色边境40例新冠病毒感染病例SARS-CoV-2分子特征

目的 通过分析广西百色边境地区新冠病毒感染病例的新冠病毒的分子特征及变异情况，评估变异株的传播力、致病力，为科学防控提供依据。方法 对2022年4月—2023年5月广西百色边境地区40例新冠病毒感染病例的新冠病毒全基因组序列的分子特征进行分析，通过序列比对和构建系统进化树，确定毒株型别，分析其遗传变异差异。结果 40条序列在Nextclade数据库上有27条分型属于22B、5条属于21L、4条属于22F、2条属于23A、1条属于22D、1条属于23B。在Pangolin数据库上处于Omicron变异株16个不同分支。与武汉参考株相比，核苷酸突变包括69～106个替换突变，其中BF.8分支发现ORF1a区有C13436T突变、XBB系列变异株的核苷酸在ORF1b区有G15451A突变，所有序列均在N区28881～28883这3个核苷酸位点上有突变。全部Omicron变异株在S区都有G339D、S371F、T376A、D405N、R408S及N440K、T478K、E484A突变。XBB分支均在其受体结合域中比BA.2、BA.5变异株多9个氨基酸突变（V83A、H146Q、 E180V、G...     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序，利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列，在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比，共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失；62个氨基酸位点发生变异或缺失，其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多，分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序，有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

遂宁市8例本土新型冠状病毒肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析

目的 对引起遂宁市本土新型冠状病毒肺炎（COVID-19,简称新冠肺炎）疫情的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）进行全基因组测序溯源、分子特征和变异情况分析。方法 对2022年3月31日—4月9日采集的遂宁市新冠肺炎本土疫情8例确诊病例的呼吸道样本提取病毒RNA,采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench(Version 20.0)软件进行序列拼接。从NCBI数据库中下载新冠病毒参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。应用Nextclade和Pangolin在线病毒分析平台,判定病毒家系及型别,分析病毒的变异位点。应用进化分析软件构建病毒进化树分析病毒的来源和相关性。结果 病例1～8的SARS-CoV-2全基因组序列同武汉参考株（NC＿045512）序列相比,分别有69、68、68、69、70、70、70和70个变异位点,8条SARS-CoV-2全基因组序列均属于BA.2(Omicron)支系,是VOC/Omicron变异株（B.1.1.529进化分支）。病例1与外省部分本土病例SARS-CoV-2序列共享全部68个变异...