褐黄血蜱与铃头血蜱的分子生物学鉴定

目的建立2种形态学特征非常相近的褐黄血蜱及铃头血蜱的分子生物学鉴定方法,探讨它们的系统发生关系。方法在湖北省从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定完毕后,采用PCR方法从2种血蜱基因组中扩增12SrDNA、16SrDNA及线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,测序后进行同源性分析,用PAUP4.0软件分别构建系统发生树并进行系统进化分析。结果 2种血蜱12SrDNA、16SrDNA及COⅠ基因之间的同源性分别为90.8%、90.4%和86.8%,湖北省采集的褐黄血蜱3个基因片段与已知褐黄血蜱的同源性分别为100%、99.5%和99.7%。用这2种蜱的12SrDNA、16SrDNA及COⅠ基因的核苷酸序列分别构建系统发生树,湖北省采集的褐黄血蜱与已知的褐黄血蜱聚在一起,褐黄血蜱及铃头血蜱均形成独立的分支,但用3个基因构建的系统发生树中血蜱属不同种间的亲缘关系不同。结论对于形态学特征相近蜱种的鉴定,在传统形态学分类的基础上结合分子生物学鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类,也能更好地了解其进化关系,为蜱传播疾病的预防控制提供依据。     

新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定

目的 对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定.方法 在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析.结果 形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16SrRNA基因为73.8％,CO Ⅰ基因为70.34％),在变异程度上16S rRNA基因较CO Ⅰ基因明显保守.结论 首次应用形态学、16S rRNA和CO Ⅰ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性.     

上海口岸1只进境犬携带蜱的种类鉴定与溯源分析

目的对上海口岸截获的德国成犬体表蜱进行种类鉴定及溯源分析。方法 2016年11月28日在上海口岸进口的69只德国警犬中的第33号警犬右前肢内侧检获蜱1只,对其进行形态学鉴定,并提取其DNA,扩增线粒体16S r RNA基因进行测序、比对,并对感染途径进行溯源分析。结果形态学鉴定该蜱符合血蜱属的形态特征,分子鉴定表明该蜱的线粒体基因序列与广泛分布于古北区和东洋区的褐黄血蜱(Haemaphysalis flava Neumann,1897)线粒体基因匹配度达98%。结论截获蜱为褐黄血蜱,为犬入境后感染。     

DNA条形码技术在鉴定绥芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的应用

目的建立用DNA条码技术对绥芬河口岸两种形态学特征非常相近的嗜群血蜱和日本血蜱的鉴定方法,探讨DNA条形码在蜱类鉴定中的实用性。方法在黑龙江绥芬河口岸采集游离血蜱103只,形态学鉴定完毕后,提取蜱样本基因组DNA,采用PCR方法从2种血蜱基因组中扩增线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,测序后进行同源性分析,用Mega6.0软件构建系统发生树并进行系统进化分析。结果经形态学鉴定嗜群血蜱89只,日本血蜱14只;2种血蜱COⅠ基因之间的同源性为87.5%,嗜群血蜱与GenBank中编号KR108867.1公布的嗜群血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%;日本血蜱与GenBank中编号KR108879.1公布的日本血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%,与形态学鉴定结果一致。结论对于形态学特征相近蜱种的鉴定,在传统形态学分类的基础上结合DNA条码技术鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类,也能更好地了解其进化关系,为蜱传播疾病的预防控制提供依据。     

福建口岸三蚊种COI基因序列分析

〔目的〕分析福建口岸白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因序列,为建立蚊种分子鉴定方法奠定基础。〔方法〕扩增并测定在福建口岸采集的白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊COI基因序列,与GenBank中相应序列进行对比分析。〔结果〕三蚊种COI基因扩增片段长度约500bp,A+T含量为65.61%~68.73%。核苷酸同源性分析结果表明,同一蚊种COI基因同源性为98.1%~100%,三蚊种间基因同源性为84.4%~87.7%;COI部分基因系统进化关系显示,三蚊种COI分子鉴定与形态学鉴定结果一致,阿蚊属与伊蚊属聚类为库蚊亚科,按蚊亚科位于系统进化树另一分支。〔结论〕COI基因核苷酸序列分析可应用于福建国境口岸三蚊种的区分,弥补形态特征信息量不足等传统分类鉴定方法的缺点,为建立外来或新发现蚊种分子鉴定方法奠定基础。     

基于mt COI基因序列的DNA条形码技术在江苏沿江长角血蜱鉴定中的应用

目的了解长角血蜱在盱眙地区(JS种群)的遗传多样性和不同地理种群间的分子进化关系,为该地区长角血蜱及其携带的病原体防控提供理论依据。方法采集盱眙县1例发热伴血小板减少综合征(SFTSV)确诊病例家附近的长角血蜱,并对其mt COI基因序列进行系统进化分析、种群遗传多样性分析及遗传结构分析。结果采集寄生蜱20只,游离蜱23只。JS种群的mt COI基因的核苷酸同源性为97.00%~100.00%,属"Compound"进化谱系枝。JS种群共有5个单倍型,单倍型多样性Hd=0.917,核苷酸多样性为π=0.005,多态性位点S=9。Tajima's D值为-1.456,核苷酸错配分布图为单峰。结论江苏沿江地区长角血蜱JS种群可能经历种群的扩张。     

新疆北疆部分地区硬蜱伯氏疏螺旋体基因型研究

目的调查和鉴定新疆北疆石河子市、沙湾县、伊宁县和察布查尔县媒介蜱,并确定其携带的莱姆病螺旋体的基因型。方法选择4县市6个牧区为调查点,采集羊源寄生硬蜱,结合形态学与16S rRNA进行蜱种鉴定;采用BSK-H培养基对莱姆病螺旋体分离培养,并用硝酸银染色和巢式PCR法进行病原检测,阳性产物测序结果比对,并与11种GenBank参考序列比对,确定莱姆病螺旋体的基因型。结果6个调查点共采集寄生硬蜱900多只,经形态学与16S rRNA鉴定分别为图兰扇头蜱、刻点血蜱、亚洲璃眼蜱和边缘革蜱;从中分别选取样本硬蜱共102只,分24管,分离培养后结合巢式PCR和硝酸银染色共获得16管阳性培养物。5S～23S rRNA基因问隔区测序比对分析表明,所有菌株为伯氏疏螺旋体与国际报道的B.burgdoq''eri Sensu Stricto(B31)基因型具有高度同源性,同源性为98.6%～99.5%;OspC基因型分析与上述结果一致。结论4县市分离获得伯氏疏螺旋体,基因型为B.burgdooCeri Sensu Stricto,且存在生物多样性。从图兰扇头蜱中分离到伯氏疏螺旋体为我国首次报道。     

长角血蜱和微小扇头蜱的形态与分子生物学鉴定

目的 建立鉴定长角血蜱和微小扇头蜱的形态学和分子生物学相结合的方法.方法 采集自湖北和河南省布尼亚新病毒疫区家养动物体表寄生的蜱及草丛、灌木中的蜱;先以形态学鉴定,后用PCR方法扩增得到蜱的12S rDNA,测序后进行同源性和系统进化分析.结果 形态学方法鉴定采集到两种蜱:长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)和微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus).蜱的12S rDNA经克隆、测序,用PAUP 4.0软件构建系统发生树,湖北、河南省两种蜱的12S rDNA序列分别与长角血蜱和微小扇头蜱聚类,与形态学鉴定结果一致.结论 在传统形态学分类的基础上结合分子生物学鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类.     

基于DNA条形码鉴定口岸截获鼠类

目的 利用基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因、线粒体控制区（D-loop）基因、16S rRNA基因的DNA条形码技术对广州口岸截获的1只死鼠进行种类鉴定。方法 从鼠肌肉中提取DNA,用PCR法扩增COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,将测序结果与GenBank和BOLD systems v4中鼠类的DNA条形码进行比对,用Mega 6.0构建系统发育树,计算遗传距离。结果 该鼠类样本能扩增出COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,通过COⅠ、16S rRNA基因扩增片段序列比对与德氏柔毛鼠Praomys daltoni同源性均为99%,D-loop基因扩增片段序列比对与猪吻柔毛鼠Praomys rostratus同源性为100%,结合形态学特征,最终鉴定为德氏柔毛鼠Praomys daltoni。结论 COⅠ、16S rRNA基因片段能够对鼠类进行有效鉴定,弥补了形态学鉴定的不足之处。     

吉林延边地区蜱复合感染新塔拉塞维奇立克次体及SFTSV调查研究

  目的  为了解吉林省延边地区蜱类新塔拉塞维奇立克次体(candidatus rickettsia tarasevichiae，CRT)和复合感染新布尼亚病毒(sever fever thrombocytopenia syndrome virus，SFTSV)的感染情况。  方法  采集吉林省延边朝鲜族自治州(延边州)延吉、汪清、珲春、敦化、安图、和龙6个县游离蜱，进行形态学分类，通过巢式多聚核苷酸链式反应(nested polymerase chain reaction，nested PCR)和实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction，RT-qPCR)方法检测蜱体内CRT和SFTSV。对其CRT进行目标DNA测序，分析同源性和系统进化关系。  结果  此研究共采集各种蜱类1 032只，分别为全沟硬蜱(ixodes persulcatus)(35.56%)、森林革蜱(dermacentor silvarum)(20.64%)、日本血蜱(haemaphysalis japonica)(20.45%)、长角血蜱(haemaphysalis longicornis)(10.47%)、嗜群血蜱(haemaphysalis concinna)(8.33%)以及其他种类(4.55%)。全沟硬蜱、长角血蜱、日本血蜱、森林革蜱检测出CRT，最低感染率(minimum infection rate per 100 ticks，MIR)为10.47%。嗜群血蜱、日本血蜱、全沟硬蜱、长角硬蜱、森林革蜱检测出SFTSV，最低感染率为2.52%。全沟硬蜱、日本血蜱、森林革蜱3种蜱存在CRT和SFTSV复合感染现象，复合感染MIR为1.26%。本研究CRT ompA和17kDa基因序列与中国河南信阳株(KX365196.1)序列同源性达100%。系统进化分析，延边地区蜱CRT ompA基因序列和该河南信阳株基因序列成为一簇，而17kDa基因则形成独立分支。  结论  本研究首次从吉林省延边地区游离蜱中检测出CRT，全沟硬蜱为主要媒介宿主。因此，可以明确该地区为新塔拉塞维奇立克次体病自然疫源地。同时发现，延边地区蜱类存在CRT与SFTSV复合感染的现象。因此，在该地区必须加强新塔拉塞维奇立克次体病和发热伴血小板减少综合征(sever fever thrombocytopenia syndrome，SFTS)疫情监测。     

基于线粒体COI、NDI和12S rRNA基因序列的包虫病标本的分子分类学研究

目的克隆一例临床包虫病标本的线粒体基因COI、ND1和12S rRNA的基因序列,在基因水平上对包虫病病原体进行诊断,分析棘球绦虫线粒体基因序列差异。方法根据Gen Bank中登录的棘球绦虫线粒体基因COI、NDI和12S rRNA的序列信息分别设计3对引物,扩增临床包虫病标本的COI、NDI和12S rRNA基因,并进行测序。对所克隆的目的基因序列进行BLAST分析并与Gen Bank中已收录的部分棘球绦虫的COI、NDI和12S rRNA基因序列进行对比分析,并制做系统发生树。结果从包虫囊液DNA中成功克隆了长度分别为528 bp、1 001 bp和246 bp的基因片段,序列分析表明所克隆的基因片段为多房棘球绦虫的COI、NDI和12S rRNA基因。其中基因COI和NDI可以用于棘球绦虫的种间分类,而基因片段12S rRNA不能用于棘球绦虫的种间分类。结论从基因水平上确诊了此例包虫病患者的病原体为多房棘球蚴。     

国境口岸常见11种蚊虫DNA条形码分子鉴定研究

目的通过研究国境口岸常见11种蚊虫的细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因序列差异性,并分析其系统进化关系,建立口岸常见蚊种的分子鉴定方法。方法设计l对扩增COI部分编码区的PCR引物,对广东、海南和云南等国境口岸采集的致倦库蚊、白纹伊蚊、中华按蚊等常见11种成蚊进行PCR扩增和序列测定,依据COI核苷酸序列进行系统进化分析。结果 11种蚊虫的COI基因扩增片断长度均为650 bp左右,A+T含量为66.51%~69.97%。同源性比较表明,同一蚊种间核苷酸序列同源性为94.8%~100.0%;不同蚊种间核苷酸序列同源性为77.7%~91.8%。系统进化关系显示,从种的水平上看,白纹伊蚊、致倦库蚊、中华按蚊等上述所有蚊种均聚集成簇,即同种之间呈明显的聚集,与形态学鉴定结果相一致。在属的水平上,库蚊属、阿蚊属、伊蚊属等均聚集成簇,形成各自的单独一支;各属间,阿蚊属与伊蚊属先聚类,再分别与库蚊属、曼蚊属聚类为库蚊亚科,按蚊属与上述蚊种亲缘关系较远。结论本次研究中的COI基因差异可作为国境口岸常见11种蚊虫分类鉴定的分子标记,为口岸常见蚊种的分子鉴定提供帮助,也可为口岸外来的或新发现的蚊种的鉴别提供分子水平的技术依据。     

西藏察隅县蜱的分子鉴定

目的 利用分子生物学方法分析西藏察隅县蜱类组成。方法 对察隅3个乡镇10个行政村饲养的家畜和丛林环境中的蜱进行调查采样,提取蜱DNA,对COI基因进行PCR扩增和测序,通过与GenBank数据库在线比对和系统发育进化树构建进行蜱虫种属鉴定。结果 经COI基因序列分析,共鉴定出蜱虫7种,其中牛身上的寄生蜱虫主要为微小扇头蜱,同时也发现了西藏血蜱、长角血蜱、卵形硬蜱,丛林环境中的游离蜱虫有微小扇头蜱、锐跗硬蜱、克拉斯比尔血蜱。结论 西藏察隅县蜱虫分布广泛,本研究可为察隅县蜱虫调查和疾病防控提供重要参考。     

DNA条形码技术在福建省蝇类鉴定中的应用

目的探讨DNA条形码技术应用于福建省蝇类鉴定的可行性,并初步建立福建省蝇类的基因数据库。方法采集自福建省部分地区的4科13属19种64个蝇类新鲜标本,提取基因组DNA进行PCR扩增,序列测序,并进行同源性对比、进化距离分析,构建系统进化树。结果基因序列分析结果显示,上述蝇类mt DNA上细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列的种内进化分歧均数在0～3.32%之间;除铜绿蝇与丝光绿蝇进化分歧均数为0.69%外,其余种间进化分歧均数在5.26%～18.30%之间;系统进化树分析显示,相同种能够很好聚集在一起,Bootstrap检验可信度均达96%以上。结论DNA条形码技术可用于福建省一些常见蝇类的鉴定,作为形态学鉴定的补充手段。     

长角血蜱和微小扇头蜱的形态与分子生物学鉴定

目的 建立鉴定长角血蜱和微小扇头蜱的形态学和分子生物学相结合的方法.方法 采集自湖北和河南省布尼亚新病毒疫区家养动物体表寄生的蜱及草丛、灌木中的蜱;先以形态学鉴定,后用PCR方法扩增得到蜱的12S rDNA,测序后进行同源性和系统进化分析.结果 形态学方法鉴定采集到两种蜱:长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)和微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus).蜱的12S rDNA经克隆、测序,用PAUP 4.0软件构建系统发生树,湖北、河南省两种蜱的12S rDNA序列分别与长角血蜱和微小扇头蜱聚类,与形态学鉴定结果一致.结论 在传统形态学分类的基础上结合分子生物学鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类.

Abstract：

Objective To establish a method combined morphology and molecular marker for identifying Haemaphysalis longicomis and Rhipicephalus microplus. Methods Ticks were collected from domestic animals and wild environment in epidemic area of Hubei and Henan provinces where cases of fever with thrombocytopenia syndrome were prevalent. We classified the ticks by morphology characteristics before 12S rDNA of ticks were amplified by PCR and subsequently sequenced. Phylogenetic tree was constructed by PAUP4.0. Results The ticks belonged to Haemaphysalis longicomis and Rhipicephalus microplus through observation and analysed by the morphological characteristics of the ticks. 12S rDNA was cloned and sequenced while data confirmed the morphological identification of the results. Conclusion The method based on morphology that combined with molecular marker seemed a good method for the identificaton of ticks.     

淮安市长角血蜱遗传多样性的线粒体基因COⅠ分析

目的 本研究旨在了解淮安市长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)的遗传多样性,比较不同地理种群间的进化关系,为本市H.longicornis及蜱传病的预防提供理论基础。方法 在淮安市盱眙县山区采集游离蜱和羊寄生蜱,PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mt COⅠ)基因并测序。对mt COⅠ基因序列进行系统进化分析和种群遗传多样性分析。结果 JS-XY种群的mt COⅠ基因的核苷酸同源性为97.00～100.00%,JS-XY种群在进化枝上属于"Compound"进化谱系枝。JS-XY种群共有3单倍型,单倍型多样性Hd=0.439,核苷酸多样性为π=0.001,多态性位点S=2,Tajima's D值为-0.849 71。结论 研究表明,淮安地区的优势蜱种为长角血蜱,H.longicornis JS-XY种群近期可能经历过种群扩张。     

广东国境口岸不同蚊种COI序列分析和分子鉴定方法

[目的]建立国境口岸不同蚊种的细胞色素C氧化酶亚基I（COI）分子和氨基酸鉴定方法并分析其系统进化关系。[方法]设计1对扩增COI部分编码区的PCR引物，对广州机场、江门和湛江等国境口岸采集的致倦库蚊、三带喙库蚊、白纹伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊等成蚊和实验室喂养的蚊幼虫进行PCR扩增和序列测定，分析COI核苷酸和氨基酸的系统进化关系。[结果]5种蚊种的COI基因扩增片断长度均为415bp，A＋T含量为68．77％-70．6％。同源性比较表明，不同蚊种间COI片断碱基变异颠换数都明显高于转化数，核苷酸序列及其编码的氨基酸序列同源性分别为85．1％-93．7％和92．0％-99.3％。COI核苷酸系统进化关系显示，所有蚊虫的COI分子鉴定与其形态学结果吻合，但骚扰阿蚊位于一单独的分支上，其亲缘关系与其它蚊种最远。COI基因编码的氨基酸系统进化与蚊虫形态学亲缘关系一致，库蚊属、伊蚊属、阿蚊属聚类为库蚊亚科，中华按蚊与其它蚊种的亲缘关系最远。[结论]建立的COI核苷酸和氨基酸鉴别技术可成功地应用于国境口岸范围内成蚊和幼蚊的属和种的区分，后者更能区分高级分类阶元亚科和正确反映蚊虫的系统发育关系。这可以弥补蚊虫形态特征信息量的不足等传统分类系统的缺点，为广东口岸和其它国境口岸范围内外来的或新发现的蚊种的鉴别提供了分子水平的技术依据。     

西藏亚东县西藏血蜱携带微生物群落情况及主要病原体进化分析

目的 了解西藏自治区亚东县西藏血蜱携带微生物群落的情况及主要病原体无形体的分型。方法 2022年5月在亚东县采集寄生于牦牛身上的蜱虫样本141只。根据硬蜱线粒体16S rDNA基因扩增序列进行分子鉴定以确定蜱种。采用Illumina Novaseq 6000平台对西藏血蜱进行高通量测序，将测序得到的原始数据处理后对其进行组装、基因预测、丰度分析和分类学预测。利用巢式PCR扩增无形体的16S rDNA基因片段并测序及进行序列的遗传进化分析。结果 121只成蜱样本鉴定为西藏血蜱。非冗余数据集经NCBI-NR数据库比对进行物种注释后，最常见的微生物种类是真核生物（19.78%）和细菌（13.54%）。在细菌中，优势门分别是变形杆菌门、拟杆菌门和厚壁菌门；优势属分别是无形体属、锥虫属、冷杆菌属和立克次体属；优势种分别是嗜吞噬细胞无形体、泰勒虫和斑点热群立克次体。无形体的系统发育树与绵羊无形体遗传距离最近，具有较高的同源性。结论 西藏自治区亚东县地区优势蜱种为西藏血蜱。无形体的主要分型为绵羊无形体。当地人畜暴露在多种蜱传病原体中，存在潜在蜱传疾病的威胁，应针对性加强对蜱的监测和预防控制工作。     

北京市昌平区西伯利亚立克次体的分离和鉴定

目的 对北京市昌平区中国疾病预防控制中心园区内刺猬携带的中华革蜱进行斑点热群立克次体（SFGR）的分离和鉴定。方法 采用形态学和分子生物学方法对SFGR进行鉴定,并进行系统进化特征分析。结果 SFGR对DH82细胞产生明显细胞病变;Gimenez染色后,可见较多清晰的立克次体被染成紫红色;细菌16S基因测定后,西伯利亚立克次体246株和西伯利亚立克次体BJ-90株相应核苷酸序列的同源性均为100%;系统进化分析显示,SFGR位于西伯利亚立克次体进化分支内,确认其为西伯利亚立克次体。结论 北京市昌平区存在西伯利亚立克次体,该地区存在北亚热自然疫源地的可能性。     

淮安地区寄生蜱携带立克次体的检测及遗传进化分析

目的 了解淮安市南部丘陵地区寄生蜱中携带立克次体的分子流行特征,为立克次体病的防治提供依据。方法 采集宿主（羊、牛、犬）体表寄生蜱,形态学鉴定蜱虫种类,然后通过PCR扩增立克次体的外膜蛋白B基因(ompB),对立克次体ompB基因进行测序和生物信息学分析。结果 共调查210只（头）宿主动物,蜱携带率为31.43%（66/210）。捕获的83只蜱经形态学鉴定均为长角血蜱。PCR检测发现长角血蜱中立克次体的感染率为3.61%（3/83）。ompB基因G+C平均含量36.43%,平均核苷酸多样性(Pi)为0.00535。3株立克次体分离株ompB基因序列之间的一致性很高,并与GeneBank中立克次体属斑点热群立克次体R. hulinensis（AY260452.1）的同源性最高,分别为98.1%、97.6%和97.5%。结论 淮安市南部丘陵地区寄生蜱中存在斑点热群立克次体感染,应制定防控措施,以免危害动物及人类健康。