厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

输入性新冠病毒奥密克戎XBB.1型全基因组测序及特征

目的 针对江苏口岸1例境外输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）感染者咽拭子样本,通过二代测序技术进行全基因组测序及序列分析,掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征,为口岸新冠病毒防控提供理论支持。方法 通过荧光定量PCR和二代测序技术对入境感染者咽拭子样本进行新冠病毒核酸检测,对Ct≤32的阳性样本开展全基因组测序。结果 获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列（GenBank:OQ048285）,基因组全长29 772 bp,基因型为奥密克戎XBB.1型。与参考毒株（GenBank:NC＿045512.2）相比,该毒株有56个碱基位点缺失,有88个位点发生了替换;氨基酸缺失位点有13个,突变位点有63个。结论 奥密克戎XBB.1型是江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型,为当地口岸新冠病毒的防控及分子溯源提供重要技术支持。     

新冠病毒奥密克戎变异株的特点与防控措施

自2021年11月新型冠状病毒奥密克戎变异株出现以来,几个月内迅速席卷全球。世界各国都出现了以奥密克戎为主要流行毒株的新一轮疫情,我国香港、深圳、上海等城市也未能幸免。奥密克戎刺突蛋白含有大量突变,具有强大的免疫逃逸能力,对现有的疫苗和抗体相关治疗造成了巨大的威胁。虽然奥密克戎变异株引起的疾病症状较轻,但由于其超高的传播率,全球卫生系统均承受了巨大的压力。本文就奥密克戎变异株的病原学特征、变异来源、传播特征、流行现状及防治措施等方面进行综述,以期为科学防控提供参考。     

新冠病毒奥密克戎变异株流行下的方舱医院后勤管理探索

为满足新冠感染者病例骤增和隔离收治要求,方舱医院在新冠病毒感染者的救治中起到了重要作用。本轮上海疫情主要由于新冠病毒奥密克戎变异株的流行,因此在疫情传播控制方面的要求更高,对方舱医院后勤管理更应当格外重视。作者团队先后参与了上海漕宝路方舱医院及西岸A馆方舱医院的筹建及运行管理,提出了“一体、二分、三定、四急、五备”的管理原则,在实际运行中着重贯彻全员一体化与岗位个体化管理,并在2022年8月的海南三亚抗疫实践中取得成功,为今后疫情防控中的方舱医院后勤管理提供重要参考。     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序,利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列,在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比,共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失;62个氨基酸位点发生变异或缺失,其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多,分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序,有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

琼南地区新冠病毒奥密克戎变异株BA.5.1.3感染定点医院儿科病区管理策略

目的 阐述在三亚新冠肺炎“0801”疫情流行期间,定点医院对儿童新冠肺炎病例在“混搭”式下的综合管理经验。方法 在定点医院专门开辟了儿童与家长“混搭”式的儿科综合病区,对儿科患儿进行全面收治管理。结果 自2022年8月1日-10月1日,三亚中心医院(海南省第三人民医院)作为本轮新冠肺炎病例琼南地区的定点收治医院,儿科综合病区共收治了0～14岁儿童新冠肺炎病例251例、14岁以上195例。14岁以下患儿中,0～28天新生儿10例(4.0%),29天～1岁32例(12.7%),1～3岁87例(34.7%),3～14岁122例(48.6%);普通型16例(6.4%),轻型223例(88.8%),无症状12例(4.8%),复阳7例(2.8%);有陪护儿童病例246例(98.0%),无陪护病例5例(2.0%),合并基础疾病的病例23例(9.2%)。最小年龄11天,最大年龄77岁,年龄跨度大,治疗依从性差,给定点医院儿童患者的诊治带来了前所未有的挑战,通过“混搭”式综合管理及多学科的诊治,达到了患者“零死亡”,医护人员“零感染”的终极目标。结论 通过优化流程、强调院感防控、多学科合作、信息平台支撑...     

新冠病毒奥密克戎变异株感染的核酸转阴时间分析

目的 分析新冠病毒感染奥密克戎变异株上呼吸道标本核酸转阴时间,为了解新冠病毒感染奥密克戎变异株传染期提供参考。方法 以2022年11月1日—2023年1月10日湖北省荆州市某单位新冠病毒感染者为研究对象,收集感染者年龄、性别、新冠病毒疫苗接种史、2022年流感疫苗接种史以及发病日期、首次核酸检测阳性日期以及往后隔日核酸检测结果。发病日期或首次核酸阳性较早者定义为第0 d;连续2次（至少间隔24 h）核酸检测阴性定义为核酸转阴。采用生存分析计算转阴时间,Cox比例风险回归进行亚组比较。对定点收治医院感染者进行基因测序,监测荆州市流行毒株。结果 共102例新冠病毒感染者纳入研究,男女性别比0.96:1,年龄以40岁以上人群（65例,63.73%）居多,所有感染者既往均接种3剂次灭活疫苗,73例2022年7—8月接种4价流感疫苗。研究期间35名感染者进行基因测序结果显示均为Omicron BA.5.2变异株。感染者发病（或核酸检测首次阳性）5 d后核酸阳性率为97%。核酸转阴中位时间为12 d(95%CI:12～14 d),18 d后核酸均转阴。不同性别和年龄组感染者核酸转阴时间存在差异（P...     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

河南省首起奥密克戎新冠肺炎疫情流行特征分析

目的 分析河南省首起奥密克戎新冠肺炎疫情的流行特点。 方法 收集河南省安阳市2022年1月本土奥密克戎感染者的流行病学特征、实验室检测结果等信息,采用描述流行病学方法进行分析。结果 2022年1月8—29日,安阳市共报告468例感染者,年龄范围在8个月～85岁之间,中位年龄M（P25,P75）为18（17,34）岁,男女比例1∶1.4,职业以学生（64.1%）为主;按照发病日期,疫情共持续28 d（1月2—29日）;按照报告日期,11 d（1月19日起）实现社会面清零;283例（60.5%）来自于汤阴县某寄宿制学校,其他185例涉及4个县区14个乡镇38个村。90例（19.2%）感染者出现临床症状,主要为发热、咽痛、咳嗽、鼻塞流涕、头痛头晕等轻微症状;临床严重程度除2例为重型外,其余均为轻型和普通型,无死亡病例。潜伏期为1～9 d,中位数M（P25,P75）为2 d（2,4）;出现学校、村庄、小区、工厂、诊所、超市、家庭等多起聚集性疫情,家庭续发率为25.0%。基本再生数R0为5.25,实时再生数Rt于采取防控措施后迅速下降,在采取措施后第10 d降至1以下。结论 奥密克戎变异株的潜伏期短,传染性强,引起的临床症状轻微,传播更隐匿,应全面加快疫情防控速度,重点关注疫情放大器场所。     

新冠病毒mRNA疫苗第二剂次加强免疫对奥密克戎变异株BA.1、BA.2、BA.5和BQ.1.1的保护效力预测

目的 预测新冠病毒mRNA疫苗第二剂次加强免疫对奥密克戎变异株不同临床终点的保护效力。方法 通过系统文献检索,收集新冠病毒mRNA疫苗第二剂次加强免疫诱导的中和抗体水平。运用统计模型预测第二剂次加强免疫对奥密克戎变异株BA.1、BA.2、BA.5和BQ.1.1引起的感染、有症状感染和重症的保护效力。结果 接种四剂次辉瑞疫苗(简称BNT162b2)后1、2周和90 d时预防BA.5和BQ.1.1感染的保护效力均低于50.0%,预防有症状感染的保护效力为54.2%～72.4%,预防重症的保护效力高于90.0%。接种三剂次BNT162b2和一剂次辉瑞基于原型株和BA.4/5研发的二价疫苗(简称二价BNT162b2)1个月时针对BA.5和BQ.1.1有症状感染的保护效力分别为97.6%(95%CI:95.0%～98.8%)和90.8%(95%CI:83.9%～95.0%),针对重症的保护效力分别为99.5%(95%CI:99.0%～99.8%)和98.1%(95%CI:96.5%～99.0%)。结论 四剂次单价mRNA疫苗、三剂次BNT162b2和一剂次二价BNT162b2均可以有效降低感染B...     

应高度关注新型冠状病毒变异株奥密克戎

目前,新型冠状病毒在全球流行,已经出现多种流行变异株,给社会带来巨大危害.2021年11月26日,世界卫生组织将B.1.1.529变异株列为"关切变异株",用希腊字母Omicron表示,这也是全球第五种"关切变异株".奥密克戎变异株已经在南非、美国和英国等国广泛流行,引起人们高度关注.本文就奥密克戎变异株的发现与流行、...     

新冠病毒变异株奥密克戎的变异特点及对免疫学特性的影响

  目的   分析奥密克戎变异株流行期浙江省老年新型冠状病毒肺炎（COVID-19）本土感染者流行特征,为完善老年人群本土奥密克戎疫情防控工作提供依据。  方法   通过中国疾病预防控制信息系统收集2022年3月1日 — 4月30日浙江省 ≥ 60岁COVID-19本土感染者个案资料,结合现场流行病学调查信息,统计描述感染者的流行特征以及临床症状严重程度。  结果  共报告 ≥ 60岁COVID-19本土感染者163例,其中确诊病例82例,占50.31 %;无症状感染者81例,占49.69 %。确诊病例中轻型69例,占84.15 %;普通型13例,占15.85 %;无重型/危重型及死亡病例报告。感染者男女比为0.92 : 1;年龄最小60岁,最大95岁,中位年龄68岁;职业以非社会就业人员为主,共113例,占69.33 %;75例患有基础性疾病,占46.01 %;93例完成新冠病毒疫苗加强免疫接种,占57.06 %;发现方式以集中隔离为主,共114例,占69.94 %。与无心脑血管疾病组相比,心脑血管疾病组普通型（以无症状感染者为参照）构成比更高（P = 0.008）;与未完成新冠病毒加强免疫接种组相比,加强免疫接种组普通型（分别以无症状感染者、轻型为参照）构成比更低（P = 0.015;P = 0.012）。  结论   推进老年人新冠病毒疫苗加强接种以及加快研制更具针对性的奥密克戎疫苗具有重要意义;奥密克戎变异株流行期老年感染者总体症状较轻,仍需关注其病情变化,并应重视老年人日常社区生活和职业相关疫情风险环节,提高疫情早期发现和管控能力。     

一起由新型冠状病毒奥密克戎BA.2.76变异株引起的暴发疫情特征分析

目的 分析2022年9月四川省遂宁市发生的一起新型冠状病毒肺炎本土疫情特征,为遂宁市的疫情防控提供参考依据。方法 收集本次疫情相关资料,对感染者的流行病学特征进行描述性分析。结果 本起疫情持续15 d,共报告205例感染者,男性85例,女性120例,年龄中位数M(P25,P75)为52(34.5,60)岁;无症状感染者90例,确诊病例115例（轻型106例、普通型3例、重型4例、危重型2例）,无死亡病例报告。病毒基因测序为奥密克戎变异株BA.2.76,未完成新冠疫苗加强免疫组患重症的比例为2.44%,高于完成新冠疫苗加强免疫组的0.49%;未完成新冠疫苗加强免疫组首次核酸阳性ORF1ab靶标为25.10、N靶标Ct值中位数为25.10,均低于完成新冠疫苗加强免疫组的29.30和28.45。结论随着防控措施的落实,疫情得到快速有效控制。新冠疫苗加强免疫可以有效降低感染者体内病毒载量,减少重症病例的发生。     

中山市一起奥密克戎变异株新冠感染聚集性疫情调查

目的 对中山市2022年一起奥密克戎(Omicron)变异株新冠感染聚集性疫情及关联个案开展调查,理清传播链、了解个案暴露与传染期,为疫情处置提供依据。方法 收集该起疫情报告个案及关联个案发病时间、初筛阳性时间、暴露史等信息,用Drawin软件绘制传播链图;针对单次暴露传播案例,描述个案暴露时间和二代传播发生时间的间隔。结果该起疫情首发个案发病前7 d均在中山市三角镇,基因测序提示为奥密克戎变异株BA.2.2进化分支,与采样时间2022年6月来自香港地区的序列最相近,推测本起疫情可能为香港地区输入;疫情累计报告65例,其中中山市29例、外省市36例,所有个案均在同一条传播链。疫情于7月9日发现,首例7月3日发病,疫情在中山市持续15 d,传播5～6代,6 d实现社会面清零;疫情集中在7个家庭,家庭以外的传播场所包括奶茶店、医疗机构、餐厅和网约车等。2例阳性个案通过医疗机构、网约车和餐厅同时空传播给12个人,两代个案暴露时间差中位数68 h(40～123 h)。结论 面对源头不清晰的本土聚集性疫情,中山市快速响应,75.9%的个案在管控人群中发现;病毒传播链被快速阻断,未发生大规模社区传...     

某新冠定点救治医院新型冠状病毒奥密克戎变异株环境污染调查

 目的 评估新型冠状病毒奥密克戎变异株对病区公共环境及医务人员个人防护用品的污染情况。方法 对某新冠定点救治医院病区公共区域、脱卸区域和个人防护用品进行采样,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测新型冠状病毒核酸并报告Ct值,分析个人防护用品新型冠状病毒阳性相关因素。结果 共采集病区公共区域环境标本100份,病区公共区域环境新型冠状病毒核酸检测总阳性率为30.00%,脱卸区电梯地面、走廊公共区域地面、脱卸电梯按钮新型冠状病毒核酸检测阳性率最高,分别为60.00%、60.00%、40.00%。一脱区和二脱区新型冠状病毒核酸检出率分别为18.33%、1.67%。48.33%的工作人员个人防护用品检出新型冠状病毒核酸,其中外层鞋套鞋底、外层手套和防护服检出率最高,分别为35.00%、21.67%、8.33%。单因素分析结果显示医生岗位和高风险操作医务人员个人防护用品新型冠状病毒核酸检测阳性率高(均P<0.05)。结论 新型冠状病毒奥密克戎变异株对病区公共环境、一脱区和个人防护用品可造成不同程度污染,做好个人防护和定期环境清洁消毒,可以降低医务人员感染风险。     

一起新冠病毒奥密克戎BA.5.1.3株医院感染暴发调查与应急处置

目的 根据一起新冠病毒奥密克戎BA.5.1.3株医院感染暴发的调查,了解其在医院内的传播模式,同时对院内感染控制效果进行评估,为该毒株在医院内的疫情防控提供依据。方法 采用现场流行病学的方法对病例及其密切接触者进行调查,并对本次突发疫情造成的医院感染采取的防控措施进行研究。结果 医院感染暴发时间为8月4日-8月8日,共5例被确诊新冠,潜伏期为1～5 d,平均潜伏期3.0 d。1号首发病例为53岁女性,接种疫苗3次,为医院患者家属陪护,发病前3 d去过疫情高风险地区,为输入性病例。暴发区域为医院的两个相连病房,两个病房的住院患者发病率分别为66.67%(2/3)、33.33%(1/3)。波及人群共967人,输入性病例1例,院感病例4例。院感病例中住院患者3例和护士1例,密切接触者537例,次密接者425例。8月5日接到市疾控电话确诊1号病例,0.5 h内完成封控病例所在病区,进行静态管理,启动院区网格化管理、全院全人员核酸检验和院内流调队伍,4 h内完成1号病例的环境采样、全环境消毒、电话流调。24 h内完成密接、次密接采样及管控。关注密接、次密接的动态,发现核酸阳性者,并进一步深度围堵...     

严防奥密克戎新变异株输入

当前全球新冠肺炎新增确诊病例仍在增加,我国实施的“外防输入,内防反弹”措施将有利于及时发现输入我国的奥密克戎变异株。一、什么是奥密克戎变异株2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株,11月26日,WHO将其列为“需要关注”的变异毒株,并以希腊字母“奥密克戎”命名,定义为奥密克戎变异株。     

2023年许昌市新冠病毒分子流行病学特征

目的 动态监测河南省许昌市本土流行的新冠病毒毒株组成,及时发现新变异株,评估变异株的传播力、致病力和免疫逃逸能力等生物学特性,为疫情防控提供技术支撑。方法 采用高通量测序方法对2023年2月15-19日来自哨点医院的6例新冠病毒感染者的咽拭子标本进行全基因测序,进行序列对比和进化分析。结果 6例新冠病毒感染者样本进行全基因测序,获得6条长度为29 844～29 853 bp序列。经过Nextclade V2.11.0在线分析,6条序列均属于新冠病毒奥密克戎BA.5变异株,其中病例1为BF.7.14,其余均为BA.5.2.48分支。进化树显示6条序列位于奥密克戎BA.5进化分支,与河南省其他地市BA.5进化株位于同一分支。未发现BQ、XBB等变异株。结论 测序的6例本土病例新冠病毒均为奥密克戎变异株,BA.5.2.48分支变异株依然是许昌市优势流行毒株。     

新型冠状病毒疫苗对四川省部分地区新型冠状病毒奥密克戎变异株感染人群中的保护效果评价

目的 评价新型冠状病毒（简称新冠病毒）疫苗预防新冠病毒奥密克戎变异株感染所致发病、肺炎和重症的保护效果（Vaccine effectiveness,VE）。方法 采用病例-病例研究,对2022年2至7月四川省成都市和广安市报告的新冠病毒感染本土病例进行调查,分析新冠病毒疫苗预防奥密克戎变异株发病、肺炎和重症的VE以及经年龄、性别、基础性疾病调整后的VE(aVE,Adjusted vaccine effectivenes),通过SPSS 21.0软件进行单因素和多因素Logistic回归分析,检验水准α=0.05。结果 本研究共纳入新冠病毒感染病例1 683例,均为新冠病毒奥密克戎变异株BA.2感染,临床结局为发病、肺炎和重症分别是511例（30.4%）、66例（3.9%）和11例（0.7%）,重症人群中90.9%(10/11)都是60岁及以上老年人群。加强免疫预防奥密克戎变异株发病和肺炎的aVE分别是52.4%(95%CI:17.8%～72.4%)和81.6%(95%CI:60.0%～91.5%),基础免疫预防肺炎的a VE是69.2%(95%CI:26.9%～87.0%),未完成全程...     

2022年底新型冠状病毒奥密克戎变异株流行期新生儿感染的临床特征

目的 分析2022年底新型冠状病毒奥密克戎变异株流行期新生儿感染的临床特征,为临床新生儿新型冠状病毒感染处置提供参考。方法 选取2022年12月17日-2023年1月9日厦门大学附属妇女儿童医院收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染新生儿为研究对象,回顾性分析新生儿感染病例的实验室检查结果及临床特征。结果 共纳入100例新型冠状病毒感染患儿,年龄为17.5(8.3,22.0)日龄,出生胎龄39.3(38.4,40.1)周,出生体质量3 165(2 991,3 522)g; 100例患儿中轻型84例,15例普通型,1例重型;患儿均有明确接触史,大部分为水平传播获得感染;临床表现以发热为主(91.0%),间断发热2.5(1.5,3.0)d; 40例(40.0%)合并呼吸系统症状,23例(23.0%)有消化系统症状;实验室检测WBC计数未见明显升高,C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)绝大部分在正常范围内;患儿年龄、体温与住院时间均呈负相关(P<0.05),发热时间与住院时间呈正相关(P<0.05),但相关关系均不密切;出生体质量、胎龄和最初病毒载量均与住院时间不相关。结论 ...