利用Trios-WES检测分析58例不明原因发育迟缓/智力障碍儿童的遗传学特征

目的 采用基于全外显子组测序的单核苷酸变异(SNV)/小插入缺失(InDel)和拷贝数变异(CNV)家系分析(Trios-WES)提高发育迟缓/智力障碍(DD/ID)诊断能力。方法 纳入2017年3月1日—2019年3月31日期间，就诊于上海市儿童医院高危儿整合门诊及康复科门诊，经Gesell、WPPSI-Ⅳ或WISC-Ⅳ评估非外在因素引起、常规遗传检测为阴性、原因不明的58例DD/ID患儿，采用Trios-WES技术分析，对所发现基因变异进一步进行表型与Sanger测序验证，统计与分析结果。结果 58例原因不明的DD/ID患儿，经Trios-WES分析，发现41个DD/ID相关的基因变异，其中13个首次报道。33个基因变异(33/58, 56.9%)经验证为致病性单基因或多基因变异，包括3例CNV变异和1例父源单亲二倍体；含10个错义突变，7个剪切突变，7个移码突变，5个无义突变；新发变异占所有致病变异的79%;其中MECP2、TCF4、SYNGAP1、UBE3A、SHANK3基因变异高频出现。结论 采用Trios-WES临床遗传检测策略，可提高不明原因DD/ID患儿的诊断率，为其进...     

PPP2R1A基因变异致智力障碍、小头畸形和胼胝体缺如1例并文献复习

目的 总结PPP2R1A基因变异的临床特征,探讨基因表型关系。方法 回顾性分析1例2021年7月确诊的PPP2R1A基因变异患儿临床资料,并复习相关文献。结果 2岁男性患儿,临床特征为智力障碍、发育迟缓、小头畸形、长脸、四肢肌张力低下和胼胝体缺如。全外显子测序发现PPP2R1A基因R258H新生错义变异。目前无中文文献报道,全球检索到4篇英文文献37例病例。所有变异均为新生错义变异(共17个单核苷酸变异),其中以p.R182W和p.M180T为热点变异。具有至少两个临床表型,共同临床特征为中重度智力障碍(91.2%),发育迟缓(78.9%),肌张力低下(86.8%),轻症为p.F141I、p.T178N/S和p.M180T/V/K/R变异伴巨头畸形,没有痫性发作;重症为p.P179L、p.R182W、p.R183W/Q、p.S219L、p.V220M和p.R258S/H变异伴小头畸形、长脸、痫性发作和胼胝体发育不全。结论 PPP2R1A基因变异以不同程度智力障碍/发育迟缓合并肌张力低下为主要特征,巨头或小头畸形伴胼胝体发育不全、面部畸形等。基因型与表型存在一定相关性。     

智力障碍儿童遗传学病因筛查与分析

目的 分析智力发育障碍(ID)患儿遗传学病因,为ID疾病临床诊疗及家系遗传咨询提供依据。方法 选取2020年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院诊断为ID的5例患儿为研究对象。通过染色体核型分析对5例ID患儿进行初步分类,染色体分析结果正常患儿进行全外显子组测序分析。Sanger测序及生物信息学分析软件等对全外显子组测序筛选出的可能致病性变异位点进行验证及功能分析。结果 染色体核型分析发现P1患儿核型为46,XY,del(18)(q22q23),其余4例患儿染色体核型正常。全外显子组测序结果显示两例患儿ATP2C2基因均存在c.2096G>A(p.Ser699Asn)和c.2644＿2655del(p.Ser882＿Gly885del)复合杂合变异。家系验证结果显示P2患儿及P3患儿母亲为ATP2C2基因c.2096G>A(p.Ser699Asn)杂合变异携带者,父亲为ATP2C2基因c.2644＿2655del(p.Ser882＿Gly885del)杂合变异携带者。ATP2C2基因c.2096G>A(p.Ser699Asn)变异位点在神州基因组数据1000...     

胎儿脑积水诊断Walker-Warburg综合征一例

报道1例二次胎儿脑积水妊娠史的家系,采用单核苷酸多态性微阵列（single nucleotide polymorphism array,SNP array）分析及全外显子组测序（whole-exome sequencing,WES）分析其遗传学病因。SNP array未见胎儿染色体致病性及可能致病性拷贝数变异。WES结果示胎儿POMT2基因的2号外显子存在一个遗传自父亲的可能致病性变异c.287A>G,POMT2基因的13号外显子存在一个遗传自母亲的致病性变异c.1362G>A。基因检测结果提示胎儿为POMT2基因复合杂合变异所致的Walker-Warburg综合征（WalkerWarburg syndrome,WWS）。对于反复胎儿脑积水且染色体未见致病性及可能致病性拷贝数变异的患者,可行家系WES检查以期找到遗传学病因,为再生育的遗传咨询及生育方式的选择提供依据。     

中国人热性惊厥与MASS1基因的分子生物学研究

目的:研究中国人热性惊厥患者MASS1单核苷酸多态性位点(SNP)与基因突变情况。方法:抽取44位热性惊厥患者外周血,提取DNA,设计MASS1基因全部35个编码外显子引物,经PCR扩增,采用Sanger双脱氧链终止法测序。结果:共发现3个单核苷酸多态性位点,其中1个为位于第13外显子尚未有文献报道的新单核苷酸多态性位点2625A>C,致使原来的密码子CGA变成CGC,均编码精氨酸。另有2个单核苷酸多态性位点与已有文献报道相符,分别为第29外显子6666G>A及第33外显子7798T>G单核苷酸多态性位点。未发现新的基因突变。结论:MASS1基因存在多个单核苷酸多态性位点,对进一步研究中国人热性惊厥分子遗传学机制具有理论积累意义。     

安徽省120例智力障碍/发育迟缓儿童基因拷贝数变异检出情况调查及临床表型分析

目的 调查安徽省120例智力障碍(ID)／发育迟缓(DD)儿童致病性与可能致病性拷贝数变异(CNVs)的检出情况,并分析患儿临床表型,明确ID／DD患儿遗传学病因,为患儿的治疗及其父母再生育指导提供依据。方法 选取2019年5月—2020年6月在安徽省儿童医院小儿康复科就诊的120例不明原因ID／DD患儿,行染色体微阵列分析(CMA)检测明确存在的致病性与可能致病性CNVs,分析患儿临床表型及致病性与可能致病性CNVs特点。结果 120例ID／DD患儿检出致病性CNVs 18例(15.00%),可能致病性CNVs 2例(1.67%),意义不明的CNVs 39例(32.50%),可能良性和良性CNVs 61例(50.83%)。20例检出致病性与可能致病性CNVs的患儿伴先天畸形／特殊面容5例,伴1种或多种其他疾病14例;轻、中、重度智力低下分别为3、12、5例。20例ID／DD患儿共存在21处致病性或可能致病性CNVs,其中微缺失片段13个(占61.90%),微重复片段8个(占38.10%),比例约为1.63∶1,片段平均大小6.34 Mb。21处致病性与可能致病性CNVs以2号与22号染色体(3处)检出最多。20例ID／DD患儿中,已知综合征10例(50.00%),仍有10例(50.00%)为数据库中暂未定义的综合征或疾病区域。结论 对于不明原因ID／DD患儿,应用CMA方法进行检测可明确其遗传学病因,对患儿的治疗及其父母再生育指导意义重大。     

肢带型肌营养不良2B型一例

肢带型肌营养不良是以骨盆带和肩胛带为主呈进行性肌肉改变的一组肌肉疾病,常在儿童期发病,具有明显的遗传异质性。报道1例因支气管肺炎就诊患儿,经全外显子组测序技术筛选相关基因变异位点,Sanger测序技术验证分析可疑变异位点。发现患儿DYSF基因（NM＿003494）存在外显子12位点c.2974T>C(p.W992R)和外显子28位点c. 1169A>G(p.D390G)的复合杂合变异,其中位点c.2974T>C(p.W992R)遗传自父亲,位点c.1169A>G(p.D390G)遗传自母亲。按照美国医学遗传学与基因组学学会指南二者均为截断变异（PVS1）且正常人群数据库未收录,均为罕见变异（PM2＿Supporting证据）,评估为可能致病性变异（likely pathogenic）。Sanger测序验证结果与全外显子组测序结果相一致,患儿最终诊断为肢带型肌营养不良2B型。全外显子组测序技术可为肢带型肌营养不良提供基因分析和产前诊断,在临床决策、遗传咨询及再次妊娠计划等方面具有关键性价值。     

不明原因全面性发育迟缓患儿92例临床特征与染色体分析

目的 探讨不明原因全面性发育迟缓(GDD)患儿临床与遗传学病因,为遗传咨询、同胞的再发风险评估和产前诊断提供理论基础。方法 选择不明原因GDD患儿92例,采用常规G显带染色体核型进行分析。若常规G显带染色体核型分析正常,进一步行染色体微阵列技术(CMA)进行全基因组拷贝数变异(CNVs)检测分析致病的拷贝数变异,并分析CNVs与GDD相关性。结果 92例不明原因GDD患儿其染色体结果异常的共有18例(19.6%),其中常规G显带染色体核型分析异常的有11例(12.0%),染色体微阵列分析技术检测异常的有7例(7.6%);共发现7个pCNVs,涉及4个已知综合征,分别为1p36缺失综合征、2q37微缺失综合征、18q缺失综合征、lq21.1微重复综合征。结论 常规G显带染色体核型分析及染色体微阵列技术(CMA)能够为不明原因的GDD患者提供明确的病因诊断,为其家庭进行遗传咨询、再发风险评估及产前诊断提供坚实的理论基础。     

NSD1基因新发突变致Sotos综合征患儿1例临床分析并国内相关文献复习

目的 探讨NSD1基因新发突变致Sotos综合征患儿的临床特征,并对国内相关研究文献进行复习。方法 选择2019年9月18日青岛大学附属医院收治的1例Sotos综合征男性患儿(患儿1)为研究对象。回顾性分析其临床资料,采取全外显子组测序及Sanger测序对其致病突变基因位点进行分析,并进行家系验证。本例患儿检出突变位点,于千人基因组数据库、美国国家心肺和血液研究所外显子组测序数据库(ESP6500SI)、外显子组整合数据库(ExAC)进行检索,确定其是否为已报道突变位点。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《序列变异解释的标准和指南》(以下简称为ACMG指南),对检出突变致病性进行评级。以“Sotos综合征”“脑性巨人症”“儿童”为关键词,在万方数据知识服务平台、中国知网等数据库进行文献检索,并对检索文献进行复习。本研究遵循的程序符合青岛大学附属医院伦理委员会规定,并通过该伦理委员会审查、批准(审批文号：QYFYWZLL25663)。结果 患儿1为3岁10个月男童,由于“生长过快3⁺年”就诊,有过度生长、特殊面容和神经精神发育迟缓等Sotos综合征典...     

BCS1L基因新突变位点引发的新生儿发育迟缓与乳酸酸中毒

本研究旨在分析一家系两例发育迟缓、乳酸酸中毒新生儿的临床特征及基因变异特点, 探讨基因变异与临床特征的关系。回顾性分析2019年5月和2021年12月于重庆医科大学附属儿童医院新生儿科病房就诊的两例发育迟缓、乳酸酸中毒新生儿的临床特征;利用全外显子测序检测患儿基因变异;对BCS1L蛋白进行同源建模, 分析模型蛋白的结构和功能改变;分析基因变异与临床表型的相关性。结果显示, 该家系两例患儿的主要临床特征为线粒体呼吸链复合体Ⅲ缺陷症表现, 包括早产、发育迟缓、呼吸衰竭、乳酸酸中毒、胆汁淤积、肝功能异常、肾小管病变、凝血功能异常、贫血、低血糖、肌张力低下和早期死亡。全外显子测序发现BCS1L基因c.486₄88delGGA(p.E163del)新型缺失变异和c.992C>T(p.T331I)新型错义变异, 蛋白同源建模结构分析结果显示复合杂合变异对蛋白功能影响较大。综上, BCS1L基因新的变异位点c.992C>T(p.T331I)为"可能致病"变异, 复合杂合变异与线粒体呼吸链复合体Ⅲ缺陷症疾病表型密切相关。     

应用全外显子组测序发现1例肺型BHD综合征家系FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异

目的 应用全外显子组测序对1例遗传性肺囊肿家系进行遗传基因研究。方法 遴选出2018年8月—2021年8月我科临床上发现的具有家族聚集现象的肺囊肿家系,对家系成员进行全外显子组测序确定候选基因,并通过生物信息分析、遗传变异解读及Sanger测序验证分析该基因的致病性。结果 共纳入1例肺囊肿家系,在家系先证者检出FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异,对其阳性家系成员采用Sanger测序验证,同样检出相同基因变异,经生物信息学分析及ACMG指南致病性评级显示检出变异可分类为致病性的基因变异。结论 该家系肺囊肿的病因为FLCN基因c.1579＿1580insA位点变异;应用全外显子组测序能够快速发现罕见遗传疾病的致病基因,建议临床上若出现不明原因肺囊肿,应进行全外显子组测序检测以明确是否存在遗传因素,从而进一步辅助临床诊断,研究为后期肺囊肿的临床诊疗指南的制定提供了借鉴内容。     

婴幼儿尘螨严重过敏症的遗传学初步研究

目的 对14例0岁～4岁婴幼儿尘螨严重过敏症进行全外显子组测序，探讨其可能的遗传学致病因素。方法 对14例患儿进行全外显子组测序，对相关变异位点进行Sanger测序验证。通过文献及数据库查找，筛选与过敏性疾病相关的基因集，并在外显子组水平、疾病相关基因集水平比较患者组和对照组的变异负荷。结果 通过对受检者进行遗传病相关基因测序、生物信息学分析、遗传分析(遗传模式包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X/Y连锁)及结合临床表型的综合分析，未检测到与受检者临床表型相关的已知或可能具有临床意义的基因变异。与对照组相比，患者组在外显子组及2个过敏性疾病相关基因集范围内的功能缺失性变异和罕见非同义有害变异负荷均无显著差异。结论 过敏性疾病有明显遗传倾向，但全外显子测序结果显示未发现重复的变异基因，使得对于和过敏有关的基因需要进一步深入细致的研究。     

迟发性鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症1例的OTC基因变异分析

目的：对1例迟发型鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症(OTCD)患儿的临床特点及OTC基因变异进行分析,提高对鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症的认识。方法：对2023年2月20日本院收治的1例OTCD患儿及父母外周血样,采用高通量测序的方法进行全外显子测序(WES),对候选致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析变异蛋白结构。结果：患儿OTC基因第4外显子存在c.356G>A(p.Gly119Asp)变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南,判定为可能致病性变异(PM1+PM2＿Supporting+PP3＿Strong),在多个正常人群数据库的频率为0,采用Sanger测序技术对先证者及其父母OTC基因变异验证。先证者的变异经一代测序技术证实,生母携带此杂合变异。结论：OTC基因变异可能是此例迟发型OTCD患儿的遗传学病因。c.356G>A的发现丰富了OTC基因的变异谱。提示基因检测在代谢疾病中的重要性。     

全外显子测序在语言发育迟缓/障碍儿童早期诊断中的应用

目的评估全外显子测序技术(WES)对儿童语言发育迟缓/障碍的早期诊断价值。方法回顾性研究。选取 2019年1月至2020年12月于首都儿科研究所附属儿童医院保健科就诊的语言发育迟缓/障碍患儿为研究对象。知情同意基础上采集患儿和父母外周血进行WES, 结合患儿的临床表型筛选候选变异, 包括单核苷酸突变(SNVs)和基因拷贝数变异(CNVs)。候选变异利用Sanger测序/real-time PCR/CNV-Seq完成验证和家系分离分析, 最终根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南完成致病性评估和遗传诊断。对其中完成《儿童神经心理行为检查量表2016版》检查的125例患儿, 以WES检测结果阳/阴性分组, 采用t检验比较两组患儿总发育商、大运动、精细动作、适应能力、语言和社会行为能区的发育水平。结果 165例语言发育迟缓/障碍患儿完成WES检测, 男女比例为1.95∶1, 男童109例, 女童56例, 年龄(3.2±1.2)岁、中位数3.0岁, 共检测出与疾病相关的致病性突变者45例, 阳性诊断率为27.3%(45/165)。其中36例检测到的变异为SNVs, 9例为CNVs。家...     

高通量检测技术对假肥大型肌营养不良分子诊断的研究

目的利用高通量检测技术对假肥大型肌营养不良(DMD/BMD)患者进行分子诊断,检测DMD基因上各种类型的变异,评估组合的分子诊断技术应用于假肥大型肌营养不良患者的价值。方法对106例临床疑似为假肥大型肌营养不良的患者,利用CNVplex?技术检测致病基因拷贝数变异,同时利用靶向捕获及高通量测序检测致病基因单核苷酸水平变异,对患者进行精确的分子诊断。结果通过组合的高通量检测技术,检测到其中85例患者存在DMD基因的致病性变异,包括62例不同大小的外显子缺失和重复,9例单核苷酸水平小缺失和重复,8例无义变异,2例错义变异和2例剪接位点变异。结论分子诊断对假肥大型肌营养不良患者意义重大,组合的高通量检测技术能检测到不同类型的致病基因变异,精确的分子诊断结果对假肥大型肌营养不良患者的诊断和家系的遗传咨询有着重要意义。     

先天性甲状腺功能减退症患儿双氧化酶1基因突变研究

目的 研究山东地区先天性甲状腺功能减退症(CH)伴甲状腺肿大患儿双氧化酶1(DUOX1)基因突变类型及特点,为CH的诊断及基因治疗提供理论依据。方法 选取43例经新生儿筛查确诊为CH伴甲状腺肿大患儿及100例正常对照新生儿,提取CH患儿及正常新生儿外周血基因组DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增及一代测序法(Sanger测序法),对DUOX1基因全部外显子进行基因突变检测,结合测序结果及生物信息学数据,分析DUOX1基因是否存在突变,并对发现的单核苷酸多态性(SNP)位点的基因频率进行χ²检验。结果 在43例CH伴甲状腺肿大患儿及100例正常对照新生儿中,均未发现DUOX1基因突变。但在外显子区发现了2个SNP位点(rs16939752,c.3076T>C;rs1706804,c.3228A>G),前者为错义突变(Cys→ Arg),后者为同义突变(Thr→Thr);内含子区发现了1个SNP位点(rs2020216,IVS8+129C>T)。经统计,本文实验组患儿与正常对照组新生儿SNP的基因频率比较,差异无统计学意义(P> 0.05)。结论 山东地区CH伴甲状腺肿大患儿中,DUOX1基因突变率低,可能不是该地区CH伴甲状腺肿大的主要病因。     

新疆维吾尔族妇女子宫颈鳞癌组织C/EBPβ基因单核苷酸多态性分析

目的:探讨新疆维吾尔族妇女子宫颈鳞癌组织C/EBPβ基因启动子500 bp和外显子区序列的单核苷酸多态性位点。方法:C/EBPβ基因启动子500 bp和外显子区域设计6对引物,使用聚合酶链反应结合DNA测序方法分析15例维吾尔族妇女子宫颈鳞癌组织和2例子宫颈正常组织C/EBPβ基因序列。结果:C/EBPβ基因上检测出6个已知SNP位点和3个新发现的或低频的多态性位点,有1例标本检测发现在2091-2092处插入GGCGGCAGC 9个碱基,而在维吾尔族正常子宫颈组织未发现新多态性位点。结论:C/EBPβ基因上新的多态性位点可能与维吾尔族子宫颈鳞癌发生相关。     

常染色体隐性遗传多囊肾病患儿PKHD1基因变异的临床表型及基因型

目的 探讨常染色体隐性遗传多囊肾病(ARPKD)患儿(新生儿、婴幼儿及青少年)PKHD1基因变异的临床表型及基因型。方法 选择2021年1月1日至2022年6月30日,因“胎儿期肾脏增大,要求进一步检查”“尿痛伴发热2 d”“尿频伴尿痛”于西安市儿童医院就诊,并在本院确诊的3例ARPKD患儿(先证者)[患儿1(生后25 d龄男童)、患儿2(4岁女童)、患儿3(13岁女童)]为研究对象。采用回顾性分析法,对这3例患儿PKHD1基因变异的临床表型、实验室检查结果进行分析,采取全外显子组测序(WES)及Sanger测序进行致病突变基因位点分析和家系验证。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)的《序列变异解释的标准和指南(Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants:A Joint Consensus Recommendation)》(以下简称为ACMG指南),综合评估PKHD1基因变异的致病性。本研究遵循的程序符合西安市儿童医院伦理委员会规定,并通过该伦理委员会审查、批准(审批文号：伦20220...     

2022年内蒙古自治区两起新型冠状病毒感染疫情的病毒基因组序列分析

通过测序获得的新型冠状病毒目标基因序列与参考序列进行比对, 分析内蒙古自治区的两例新型冠状病毒的基因变异情况并探索其感染来源。结果显示, 两条序列分别属于不同的进化分支, Delta(AY.122)和Omicron(BA.1.1), hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-591/2022基因组序列上共有48个单核苷酸多态性, 与一株蒙古国毒株共享40个核苷酸突变位点;hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-592/2022基因组与一株英国毒株共享57个核苷酸突变位点, 核苷酸突变位点一致性为 100%(57/57)。系统发育分析表明, 目标基因序列与同期国内新型冠状病毒序列间并无直接关联, 而与欧洲、蒙古国的分离株存在关联。     

宁夏回族儿童MBL基因多态性及血浆MBL浓度分析

【目的】了解宁夏回族健康儿童甘露糖结合凝集素基因mbl2外显子1区54密码子( 230位点)和启动子区(-550,-221位点)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP),并分析其与血浆MBL浓度的关系。【方法】用ELISA法测血浆MBL含量。MBL基因多态性分析采用序列分析法。统计采用SPSS软件11.0版,遗传学分析采用SHEsis软件。【结果】在抽样的69例样本中,宁夏回族儿童MBL血浆浓度范围为0~5 220μg/L,中位数为1 909μg/L。序列分析显示,外显子1区 230位点的等位基因突变频率0.268,等位基因分布符合Hardy-Weinberg平衡(χ2=0.372,P=0.542),无C型和D型外显子发现。外显子1的型别和MBL浓度关系是A/A型>A/B型>B/B型。启动子区-550和-221位点等位基因突变频率分别为0.413和0.123,等位基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡。【结论】本研究回族人群中外显子1区( 230位点)和启动子区(-550,-221位点)表现不同的基因多态性分布,外显子1区 230位点基因变异明显影响血浆MBL浓度的表达。