上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

2012年甲型H1N1流感病毒HA基因特征及抗原性分析

目的了解2012年甲型H1N1流感病毒HA基因和抗原性特征。方法对2012年分离的5株甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)进行测序,用软件进行基因种系进化树分析;对2株2012年的甲型H1N1和A/Sichuan/1/2009(H1N1)及2株2010年甲型H1N1流感病毒抗原性比较分析;1株2012年毒株与2009年我国代表毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)一起对2012年采集的169份血清进行HI试验,比较其HI抗体水平。结果 2012年甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)基因的碱基序列发生了1.11%的变异,氨基酸序列发生2.0%残基替换,主要是抗原性位点Sb和Ca1的变异为主。与我国代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)和成都的2011年的2株甲型H1N1HI实验比较,抗原性有差异。结论 2012年甲型H1N1的HA发生了一定程度的变异,主要在抗原性位点Sb和Ca1处发生了氨基酸替换,使得2012年甲型H1N1流感病毒的抗原性与2009年相比已经也发生了改变。     

黑龙江省甲型H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的测定流感病毒HA基因序列,从分子水平分析黑龙江省第1例甲型H1N1流感死亡病例病毒株以及2例2011年甲型H1N1流感病毒株HA基因的特点。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR方法对甲型H1N1流感病毒HA基因片段进行分离、鉴定,并进行核苷酸序列测定和分析。结果将3例标本序列拼接后分别截取开放读码框内核苷酸同甲型H1N1代表株进行系统进化分析和同源性分析,结果显示新甲型H1N1流感病毒HA蛋白氨基酸与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)及中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)亲缘关系最近,聚在一个分支上,同源性也较高,为98.6%～99.1%。结论目前的新甲型H1N1流感病毒的HA蛋白变异还很小,但应密切关注该病毒的变异情况。     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

2009年-2011年江西省新型甲型H1N1流感病毒HA1基因进化分析

目的分析江西省2009年-2011年新型甲型H1N1流感病毒HA1基因的特点,了解江西省流感病毒变异情况及WHO推荐疫苗株对人体的保护作用,为新型甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,从江西省流感监测网中随机选择19株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增HA1基因片段,双向序列测定,采用DNAStar 5.0和MEGA 3.0软件分析HA1基因特征。结果 2009年-2011年江西省新型甲型H1N1流感病毒HA1基因序列与疫苗推荐株具有高度同源性,但毒株变异位点逐年增加,部分变异在抗原决定簇位点。结论目前的疫苗仍对人群有保护作用,但存在新型甲型H1N1流感再次流行的风险。     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。     

输入性甲型H1N1流感病毒HA基因进化特征

目的分析输入性甲型H1N1流感病毒的HA基因进化特征,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人群中检出的53份输入性甲型H1N1流感阳性样本,扩增其病毒HA基因并测序,与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1比较,对甲型H1N1流感病毒的HA基因进行系统进化分析。结果 HA基因进化树可分为4个分支,2009年、2010年病毒共同位于第Ⅰ、Ⅱ分支,2011年病毒位于第Ⅲ、Ⅳ分支,其中第Ⅰ、Ⅱ分支与Ⅲ、Ⅳ分支距离较远。HA核苷酸序列有11个碱基位点变异较为显著。HA蛋白5个抗原决定簇位点S202T、A203T、D204N、S220T和R222K发生变异,受体结合位点、糖基化位点氨基酸较保守。通过三维构象看出,大部分氨基酸变异位于HA1分子表面。结论甲型H1N1流感病毒HA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性,从而引起新的流行。     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

GSTM1及GSTT1和GSTP1基因多态性对尿中1-羟基芘水平的影响

目的 研究GSTM1、GSTT1和GSTP1基因多态性对多环芳烃接触工人尿中1-羟基芘(1-OHP)水平的影响.方法 分别选取2个炼焦厂共447名多环芳烃职业接触工人(接触组)和某线材厂220名非职业接触工人(对照组)作为研究对象,采用高效液相色谱法测定尿中1-OHP水平,采用线性回归统计模型分析GSTM1和GSTT1缺失型及GSTP1 I105V位点的多态性对不同人群尿中1-OHP水平的修饰作用.结果 接触组工人尿中1-OHP浓度为4.61 μmol/mol Cr,明显高于对照组(0.34μmol/mol Cr),差异有统计学意义(P＜0.05).接触类别和吸烟分别是影响尿中1-OHP水平的主要因素,在控制各混杂因素的影响后,线性回归分析显示,接触组尿中1-OHP水平和GSTP1 I105V位点多态性有关(单基因分析,P=0.012;多基因分析,P=0.011),对总体样本,单基因模型和多基因模型均显示,尿中1-OHP水平可能和GSTT1缺失型多态有关(P=0.055),多基因交互作用分析显示,GSTT1和GSTP1基因多态对接触组尿中1-OHP水平具有交互作用.结论 谷胱甘肽硫转移酶(GSTs)基因的多态性对接触多环芳烃工人尿中1-OHP水平有影响.

Abstract：

Objective To investigate the modification of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms on urinary 1-hydroxypyrene (1-OHP) excretions in workers under different exposure levels. Methods Four hundred and forty-seven occupationally exposed workers from two coking plants and 220 control workers from a wire rod plant were genotyped to analyze the modification of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms on urinary 1-OHP excretions. Results The urinary 1-OHP concentration in exposed group was much higher than that in control group (4.61 vs 0.34 μmol/mol Cr, P＜0.05). Occupational exposure levels and cigarette smoking were of the dominating factors affecting 1-OHP excretions in urine. After controlling potential confounders, decreased excretion of urinary 1-OHP was associated with GSTP1 I105V AG + GG genotype in coke oven workers (single-gene model, P=0.012; multi-gene model, P=0.011 ) and with GSTT1 null type in the analysis including all subjects (P=0.055 in both single-gene and multi-gene models). GSTT1 and GSTP1 were interacted on the urinary concentrations of 1-OHP. Conclusion Urinary 1-OHP concentrations can be modified by GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms, indicating that these genes are involved in the metabolism of polycyclic aromatic hydrocarbons.     

多药耐药及相关蛋白基因抗砷作用

目的 研究多药耐药基因(MDRI)、多药耐药相关蛋白基因(MRP1)在长期砷暴露的细胞获得对砷的耐受过程中的作用,为抗砷机制的研究提供基础依据.方法 采用抑制剂维拉帕米(Verapamil)、MK571,在单一水平和联合水平上阻断MDR1和MRP1基因发挥作用,通过四甲基偶氮噻唑蓝(MTT)法检测细胞的生存率及半数致死量(IC50);通过原子荧光法(AFS)分别检测给予Vempamil、MK571的实验组和对照组在不同时间点抗砷细胞内砷的含量.结果 在2,4,8,16,32,64 μmol/L砷浓度下,给予抑制剂的抗砷细胞生存率分别为(73.5±0.02)%,(54.6±0.07)%,(44.2±0.05)%,(20.5±0.09)%,(13.5±0.1)%,(7.6±0.05)%,明显低于同步对照组的生存率(93.5±0.05)%,(71.5±0.02)%,(49.2±0.03)%,(38.8±0.08)%,(37.6±0.06)%,(19.5±0.04)%.Verapamil作用下IC50为8.8 μmol/L,MK571作用下IC50为6.22 μmol/L;同时给于2种抑制剂时,逆转作用更为明显,IC50为5.23μmol/L;MK571作用下,抗砷细胞内砷含量增加明显,至10 h时砷含量达到最大值1.62 ng,明显高出Verapmil组和对照组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 MDR1、MRP1基因在抗砷细胞获得耐药性过程中起重要作用.     

工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的气相色谱测定法

目的 建立工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的气相色谱测定方法.方法 活性炭管采集工作场所空气中的1,1-二氯-1-硝基乙烷,以二硫化碳解吸后毛细管柱气相色谱法测定.结果 方法的测定范围为4.0～858.2μg/ml;回归方程Y=283X-1076,相关系数r=0.9999;最低检出浓度为0.4 mg/m3(以采集3L空气样品计);不同浓度测定的相对标准偏差(RSD)为1.8%～4.1%(批内精密度试验的RSD分别为2.9%、1.8%和2.0%;批间精密度试验的RSD分别为4.1%、3.5%和3.2%);解吸效率为88.5%～90.6%;穿透容量大于0.7 mg;采样效率100%;样品在室温下至少可保存7 d.结论 方法的各项指标均符合GBZ/T210.4-2008<职业卫生标准制订指南-工作场所空气中化学物质测定方法>要求,可用于工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的测定.     

Co-circulation of pandemic 2009 H1N1, classical swine H1N1 and avian-like swine H1N1 influenza viruses in pigs in China

The pandemic A/H1N1 influenza viruses emerged in both Mexico and the United States in March 2009, and were transmitted efficiently in the human population. They were transmitted occasionally from humans to other mammals including pigs, dogs and cats. In this study, we report the isolation and genetic analysis of novel viruses in pigs in China. These viruses were related phylogenetically to the pandemic 2009 H1N1 influenza viruses isolated from humans and pigs, which indicates that the pandemic virus is currently circulating in swine populations, and this hypothesis was further supported by serological surveillance of pig sera collected within the same period. Furthermore, we isolated another two H1N1 viruses belonging to the lineages of classical swine H1N1 virus and avian-like swine H1N1 virus, respectively. Multiple genetic lineages of H1N1 viruses are co-circulating in the swine population, which highlights the importance of intensive surveillance for swine influenza in China.     

Detection of CYP1A1 gene polymorphism using designed RFLP and distributions of CYP1A1 genotypes in Japanese

Isoleucine (Ile)-valine (Val) polymorphism, which is caused by a point mutation from A to G in exon 7, is reported to be associated with an elevated risk of lung cancer among Japanese. Because CYP1A1 catalyzes bioactivation of environmental procarcinogens, such as benzo[a]pyrene, it is very important to study the clinical meaning of Ile-Val polymorphism using an epidemiological study. In an epidemiological study, easy, economical, rapid and reliable identification of the CYP1A1 genotype is necessary. The present study shows that the new method, designed restriction fragment length polymorphism (designed RFLP), can detect Ile-Val polymorphism of CYP1A1 The Ile-Val polymorphism detected using this new method was consistent with that found by the allele-specific PCR amplifications (ASA) method in six cases tested. This new method detected Ile-Va1 polymorphism of CYP1A1 using 240 healthy Japanese who lived in the northern Kyusyu region. The frequency of the genotypes was as follows: Ile/Ile, 159 (66.2%); Ile/Val, 65 (27.1%); Val/Val, 16 (6.7%). The frequency of the Ile gene was 0.798 and that of the Val gene, 0.202. There was no difference in Ile-Val polymorphism based on sex or age. Racial differences influenced the distribution of this polymorphism, but Japanese regional differences did not. Since this new method, designed RFLP, is rapid, reliable and suitable for large-scale screening of polymorphisms, it may be used routinely to detect Ile-Val polymorphism of CYP1A1 Furthermore, it will help to evaluate the relationship between CYP1A1 polymorphism and individual sensitivity to xenobiotics that may affect the incidence of lung cancer.     

CYP1A1和CYP1B1基因多态性与RPL易感性

目的 探讨CYP1A1、CYP1B1基因多态性与复发性流产(RPL)遗传易感性关系,为预防和治疗该病提供新靶点.方法 本研究采用等位基因特异性PCR (As-PCR)和聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCRRFLP)方法,针对CYP1A1基因MspI酶切位点和CYP1B1 L432V多态位点,检测81例患有原因不明RPL病例组和98名有生育史健康女性对照组之间差异.结果 RPL组和对照组CYP1A1 MspI位点3种基因型m1/m1、m1/m2、m2/m2分布频率差异无统计学意义(x2=0.335,P＞0.05);CYP1B1 L432V多态位点3种基因型C/C、C/G、G/G在病例组和对照组分布差异有统计学意义(x2=7.467,P＜0.05);2组间C、G等位基因分布差异有统计学意义(x2=9.129,P=0.003);G/G、C/G基因型与C/C基因型比较,RPL危险度分别提高2.620、1.954倍;等位基因G使RPL危险性增加2.038倍.结论 CYP1B1 L432V突变基因型增加RPL发病风险,尚不能认为CYP1A1基因MspI位点多态性与RPL易感性有关.     

Protective efficacy of an inactivated Eurasian avian-like H1N1 swine influenza vaccine against homologous H1N1 and heterologous H1N1 and H1N2 viruses in mice

Eurasian avian-like H1N1 (EA H1N1) swine influenza viruses are prevalent in pigs in Europe and Asia, but occasionally cause human infection, which raises concern about their pandemic potential. Here, we produced a whole-virus inactivated vaccine with an EA H1N1 strain (A/swine/Guangxi/18/2011, SW/GX/18/11) and evaluated its efficacy against homologous H1N1 and heterologous H1N1 and H1N2 influenza viruses in mice. A strong humoral immune response, which we measured by hemagglutination inhibition (HI) and virus neutralization (VN), was induced in the vaccine-inoculated mice upon challenge. The inactivated SW/GX/18/11 vaccine provided complete protection against challenge with homologous SW/GX/18/11 virus in mice and provided effective protection against challenge with heterologous H1N1 and H1N2 viruses with distinctive genomic combinations. Our findings suggest that this EA H1N1 vaccine can provide protection against both homologous H1N1 and heterologous H1N1 or H1N2 virus infection. As such, it is an excellent vaccine candidate to prevent H1N1 swine influenza.