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相似文献
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1.
对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。采用MnCl2 和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-Seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,并对差异基因进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesm, KEGG)和基因本体论(Gene Ontology, GO)通路富集分析及qRT-PCR的验证。通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,其中表达明显上调的基因有912个,表达明显下调的基因有725个,其中与免疫相关差异最显著的10个基因qRT-PCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致。GO富集分析表明10个差异基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化及转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3-Akt、NF-κB信号通路。通过mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及其GO和KEGG富集分析,结果表明Mn2+对巨噬细胞具有明显的免疫调节作用。  相似文献   

2.
目的通过分析Fkbp51基因敲除(knock out,KO)与野生型(wild type,WT)小鼠肝脏表达谱,研究Fkbp51基因敲除对肝脏组织基因可变剪接的影响。方法利用二代测序对Fkbp51 KO与WT小鼠肝脏进行表达谱测序,用Top Hat对RNA测序结果进行可变剪接分析,筛选出KO与WT小鼠肝组织中差异的内含子保留(intron retetion,RI)和外显子跳跃(exon skipping,SE)。通过在线工具DAVID对这些差异可变剪接体进行基因功能(gene ontology,GO)和代谢通路(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,同时用NCBI基因数据库对这些基因进行注释。结果 (1)Fkbp51缺失可导致小鼠肝脏mRNA可变剪接发生变化;(2)Fkbp51基因敲除造成小鼠肝脏mRNA可变剪接表达量的变化;(3)通过GO与KEGG分析,我们发现这些发生差异可变剪切的基因主要与脂肪相关衍生物的代谢、免疫、胆汁酸分泌等通路相关。(4)与差异内含子保留相关的基因主要与肌动蛋白细胞骨架调控,氨基酸及其衍生物代谢相关。结论 Fkbp51基因敲除能够改变基因组中mRNA的可变剪切,进而影响小鼠肝脏的代谢功能。  相似文献   

3.
目的 基于GEO数据库筛选心脏肥大的差异表达mRNA,构建其相关的长链非编码RNA(lncRNA)的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法 检索GEO数据库中心脏肥大的相关芯片数据集GSE60291,通过R语言分析差异表达mRNA;采用GO功能和KEGG富集分析差异表达mRNA的功能与机制;在lncRNA相关疾病中检索与心脏肥大相关的lncRNA,通过Starbase数据库预测lncRNA的靶向miRNA,构建lncRNA-miRNA ceRNA网络,在miRNet预测相关miRNA的靶向mRNA并构建miRNA-mRNA ceRNA调控网络,在此基础上构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果 获得心脏肥大的差异mRNA 104个、lncRNA 6个及其关联miRNA 37个和靶向mRNA 16 724个;差异mRNA与靶向mRNA中获得86个相同的差异表达mRNA;GO分析及KEGG富集分析显示差异基因主要通过ATP酶活性、肌肉组织发育、前突触、黏着斑、MAPK信号通路、细胞周期、细胞凋亡等生物过程参与心脏肥大的发病。结论 筛选获得心脏肥大的差异表达mRNA并成功构建其调控网络,将为心脏肥大的防治提供潜在的新靶点。  相似文献   

4.
目的 对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。方法 采用MnCl2和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用m RNA-seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用qPCR对关键的差异表达基因进行验证。结果 通过整合数据库信息和分析获得1 637个差异表达基因,包括表达上调的基因912个、表达下调的基因725个,GO富集分析表明这些差异表达基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化、转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3K-Akt、NF-κB等信号通路。其中与免疫相关且差异最显著的10个基因为免疫球蛋白G Fc段受体Ⅰ(Fcgr1)、含不育α基序结构域蛋白11(Samd11)、活性调节的细胞骨架相关蛋白(Arc)、G蛋白偶联受体35(Gpr35)、富含脯氨酸的小蛋白2H(Sprr2h)、Wnt家族成员4(Wnt4)...  相似文献   

5.
刘海浪  姜爱侠  魏忠诚  徐海燕 《西部医学》2023,35(3):341-347+353
目的 探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法 将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA组,n=15);使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱;实时定量PCR验证差异表达的LncRNA;构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果 KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期;两组表达水平变化>1.5倍lncRNAs有2653个;生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程;差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA;uc.347在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论 本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱,差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程,从而改善心衰预后。  相似文献   

6.
目的: 通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法: 从美国国立生物技术信息中心GEO 数据库下载基因表达谱芯片数据(GSE55143),利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果: 筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。 结论: 本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。  相似文献   

7.
目的通过筛选及验证在子痫前期患者胎盘组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨lncRNA与子痫前期的关系。方法收集18例子痫前期胎盘样本和同期出生的20例正常妊娠产儿胎盘样本,采用lncRNA芯片进行研究,筛选出差异表达的lncRNA及基因,采用国际通用的基因本体(GO)功能注释分析法和KEGG通路分析法,对差异表达基因进行功能注释与分析,并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果检测到显著差异表达的lncRNA共有14个,其中表达上调的有9个,表达下调的有5个;检测到显著差异表达基因212个,表达上调的93个,表达下调的119个。对212个差异表达的基因进行GO功能注释分析,显示差异表达基因主要参与染色质结合、γ-谷氨酰转移酶的活性和SMAD结合等信号途径;KEGG通路分析结果显示,差异表达的基因包括细胞周期相关、补体和凝血级联反应相关、全身性红斑狼疮相关等与信号通路相关的作用基因。对显著差异表达的3个lncRNA:linc-ASCL1-3、linc-KLF6-2和linc-ROBO1-3进行qRT-PCR验证,其结果与lncRNA芯片检测结果相符。结论子痫前期的胎盘组织与正常胎盘组织相比,lncRNA表达谱发生了显著变化,可能与子痫前期的发生有关。  相似文献   

8.
目的 筛选与胃癌转移相关的长链非编码RNA(lncRNA),寻找可预测及逆转胃癌转移相关的候选基因.方法 利用高通量lncRNA芯片技术分别检测3例未发生远处转移胃癌组织和3例发生远处转移胃癌组织中lncRNA及mRNA表达谱的差异,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.结果...  相似文献   

9.
目的 探讨鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达的影响,为进一步研究其作用及调控机制提供一些实验基础和线索。方法 以前列腺癌细胞PC-3作为研究对象,敲低ODC1基因,经q-PCR检测及WB检测验证后采用Illumina Novaseq 6000,PE150模式进行高通量测序,测序结果应用编码潜能分析方法(CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、LGC分析)进行预测筛选,对筛选出的lncRNAs行差异分析、顺式作用元件分析以及GO和KEGG富集分析。再选择文献报道中与前列腺癌关系密切的几个功能lncRNAs,采用q-PCR进行验证。结果 (1)在ODC1敲低PC-3细胞中筛选到341个lncRNA,差异表达的lncRNA中上调154个,下调128个。符合条件的差异lncRNA与差异表达基因共表达的顺式调控靶标有38个。(2)差异表达lncRNAs行GO和KEGG富集分析显示,lncRNA靶标基因参与体内多种生物学通路,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路(PI3K-Akt信号通路)、Ras信号通路等,还与肿瘤血管生成、细胞群增殖、正调控细胞分裂等密切相...  相似文献   

10.
目的 利用富亮氨酸α-2-糖蛋白1(leucine-rich-alpha-2-glycoprotein 1,Lrg1基因敲除小鼠模型,对Lrg1在睾丸中的生物学功能进行研究.方法 通过Crispr/cas9技术制备Lrg1基因敲除小鼠.6只4月龄Lrg1基因敲除雄性小鼠与6只4月龄野生型雄性小鼠分别作为实验组与对照组,HE染色方法观察两组小鼠睾丸形态变化,采用ELISA方法测定小鼠促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)与睾酮水平.利用高通量测序方法分析睾丸组织基因转录谱表达变化.结果 LRG1表达于睾丸精原细胞与精母细胞.免疫荧光与Western blot实验结果表明LRG1蛋白在敲除小鼠睾丸中表达缺失.Lrg1敲除影响睾丸发育:生精小管直径降低[(196.22±27.88) μm vs(183.67±26.32) μm,P<0.05],退化生精细胞增多[(26.17 +±5.03)vs(196.00 ±40.34),P<0.01],平均每生精小管圆形精子数量减少[(76.00±12.45)vs(60.00±11.40),P<0.01].血清睾酮水平下降[(2.90±0.92) ng/mL vs(1.90±0.29) ng/mL,P<0.05].附睾精子数量减少,活力降低.生物信息学分析显示Lrg1敲除导致差异表达的基因集中于有丝分裂、减数分裂、染色体分离及代谢程序.具有转录调控作用的48个C2H2锌指蛋白家族成员和17个miRNA在Lrg1敲除睾丸中表达异常,提示睾丸转录调节网络失调.结论 Lrg1基因在小鼠睾丸中参与生精功能与睾酮合成.  相似文献   

11.
  目的   利用二代测序技术筛选侵袭性垂体腺瘤组织中差异表达的lncRNA,分析其在侵袭性垂体腺瘤发病机制中可能发挥的潜在作用。   方法   通过RNA测序分析4例侵袭性垂体腺瘤患者和3例非侵袭性垂体腺瘤患者的lncRNA和mRNA的表达情况,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。据此,构建lncRNA-mRNA共表达网络,并进行GO和KEGG通路分析。   结果   对侵袭性和非侵袭性垂体瘤的lncRNA和mRNA差异表达分析,共获得35个差异表达的lncRNA和463个差异表达的mRNA。共表达网络显示FAM66A、TPTEP1、AC017116.11、RP11-1114A5.4和RP11-246K15.1在网络中处于关键位置。   结论   lncRNA-mRNA共表达网络的建立,发现一些差异表达的lncRNA可能在侵袭性垂体腺瘤的发病机制中发挥关键作用,可能成为侵袭性垂体腺瘤新的诊断标志物和治疗靶点。   相似文献   

12.
目的 长链非编码RNA (lncRNA)在肿瘤的发生和发展中起重要作用。本研究使用基因芯片技术筛选甲状腺乳头状癌中差异表达的lncRNA,并对这些lncRNA调控的靶基因进行预测和分析。 方法 本研究使用微阵列来研究3例甲状腺乳头状癌(PTC)和配对的邻近非癌性甲状腺组织中lncRNA的表达。基因功能通过GO (Gene Ontology,GO)和通路分析进行评估,并预测lncRNA潜在的靶基因。 结果 与邻近的非癌性甲状腺组织相比,共有855个差异表达lncRNA,上调195个,下调660个(FC>2,P<0.05);2 370个差异表达mRNA,上调801个,下调1 569个(FC>2,P<0.05)。其中差异较大的lncRNA有23个,mRNA有79个(FC>4)。lncRNA-SLC34A2和它相关的mRNA GRCh38(NM_001177998)差异表达最为显著(FC=23.5)。差异表达的mRNA中显著富集的GO途径显示:一些与肿瘤有关,如“焦粘连”“ECM-受体相互作用”“MAPK信号传导途径”和“PI3K/AKT信号传导途径”。经过通路分析,42条信号通路在差异表达的转录后显著富集,其中“焦粘连”最为显著(P=8.499×10-7)并与47个差异表达基因有关。239个与其相关mRNA的lncRNAs可能与顺式调控有关。lncRNAs和mRNAs的位点之间的相对位置关系在基因的不同位点。 结论 本研究是甲状腺肿瘤相关的LNCRNA谱的补充,发现了一定数量的差异表达的LNCRNA,并预测其功能靶向基因和途径。今后,笔者将选择更多的样本,深化对lncRNA分子机制和生化功能的研究,为甲状腺癌的早期诊断和治疗提供新的准确方法。   相似文献   

13.
目的:分析紫杉醇诱导的乳腺癌MCF-7耐药细胞(MCF-7/PR)中长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱的变化,研究筛选出调控乳腺癌紫杉醇耐药的关键lncRNAs,为逆转紫杉醇耐药的分子靶点提供理论依据。方法:利用ArraystarlncRNA芯片技术检测MCF-7/PR细胞中lncRNAs和mRNAs的表达谱;使用Agilent GeneSpring GX v12.1软件筛选差异表达的lncRNAs和mRNAs,对差异mRNAs进行GO和KEGG通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;并同时进行lncRNAs与相应mRNAs联合分析推断lncRNAs功能。结果:通过MCF-7/PR细胞和MCF-7亲本细胞相比,共有1 504个lncRNAs和2 264个mRNAs存在差异性表达(差异倍数>2.0);通过GO聚类分析表明:上调的mRNAs和下调的mRNAs分别参与多种不同的生物过程;差异性lncRNAs可能通过影响相应mRNAs发挥其生物学功能。结论:乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNAs和mRNAs的表达存在差异,差异表达的基因可以为寻找新的化疗敏感靶点或生物标志物提供线索。  相似文献   

14.
目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达。方法 从对照组(不添加ghrelin)和实验组(添加600 ng/mL ghrelin 24 h)的人卵巢癌细胞株SKOV-3中分别提取RNA进行测序,筛选出实验组发生差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集,对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个(上调130个,下调106个);差异表达mRNA有71个(上调66个,下调5个)。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示:这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运,氧化应激反应及发育过程相关,并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异,其可能参与卵巢癌的发生、发展,提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。  相似文献   

15.
曾薇  刘翼  李文婷  朱金峰 《中华全科医学》2022,20(1):141-143,164
目的 通过探讨差异性表达的外泌体lncRNA及其调控的信号通路在结直肠癌发生、发展中的作用,以期为结直肠癌的诊断和治疗提供新的靶点.方法 使用R软件线性回归模型软件包limma包进行差异表达分析,根据筛选阈值得到显著差异表达的lncRNA和mRNA;通过计算差异表达lncRNA与mRNA皮尔逊相关性系数,获得其之间协同...  相似文献   

16.
目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238) lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数>0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01).结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标.  相似文献   

17.
18.
的 研究长链非编码RNA(lncRNA)在宫颈癌中的表达水平,鉴定在宫颈癌组织中异常表达的lncRNA,初步分析其功能,并评估其预后价值。方法 宫颈癌组织和癌旁组织的转录组数据下载自癌症基因组图谱(TCGA),结合Genecode数据库中lncRNA注释信息,获取lncRNA的表达数据。通过limma软件包鉴定在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA;同时对存在差异表达的lncRNA进行生存分析和功能预测。结果 在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA有554个,其中在宫颈癌组织中表达下调245个,上调309个(校正后P?<0.05,倍数变化绝对值>2)。生存分析鉴定出11个与宫颈癌患者总体生存率相关的差异表达lncRNA(P?<0.01)。京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢途径富集分析显示这些lncRNA参与到环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(cGMP-PKG)信号通路、钙信号通路和细胞间隙连接等肿瘤发生、发展相关代谢途径。结论 通过对宫颈癌lncRNA数据的分析,鉴定11个具有预后意义的lncRNA,这些lncRNA有可能为宫颈癌治疗提供新的靶点和预后监测标志物。  相似文献   

19.
目的 探讨阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)轻度认知功能损害阶段(amentia mild cognitive impairment,aMCI)血浆中的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)功能失调与AD的病理生理相关性,并探讨潜在的AD生物标志物和发病机制。 方法 纳入金标准诊断的aMCI受试者5例和正常对照组(normal control,NC)5例,应用微阵列技术分析aMCI和NC血浆中长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)的表达谱,应用R软件筛选出差异表达的lncRNA、miRNA、mRNA,通过PicTar 2005、TargetScan 5.1和miRanda v5数据库对差异表达的RNA的关系进行分析,建立以上调lncRNA为中心的竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络,并对其中相关差异表达的mRNA进行基因本体论功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。 结果 在外周血浆中总共筛选出lncRNA 287个、miRNA 46个和mRNA 208个在aMCI和NC的表达差异有统计学意义(P<0.05),分别有lncRNA3个、 miRNA5个和mRNA7个参与构建了遗忘型轻度认知功能损害ceRNA调控网络。GO和KEGG结果显示差异表达mRNAs主要在RNA代谢过程、细胞质应激颗粒、转录调控因子活性等生物学过程,单纯疱疹感染通路、催产素信号通路和叶酸合成通路上显著聚集。 结论 不同的ncRNA参与AD的发病机制,构建的ceRNA网络有助于增进对AD发病分子生物学机制的认识,ncRNAs可能成为AD诊断的生物标志物和治疗干预的新靶点。  相似文献   

20.
目的 分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。方法 体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型,诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR,应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs,对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。结果以Log2FC>1或<-1, FDR <0.05为差异表达标准,和CNE1相比,CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个(358个上调,2 063个下调);和CNE2相比,CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个(265个上调,520个下调);此外,387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调,49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现,2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular f...  相似文献   

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