人类蠕虫线粒体基因组及其在种群遗传学和种系发生学中作为标记的应用

目前已报道了100多种寄生虫的全长线粒体基因组，本文主要总结了后生动物门的线粒体基因结构，并且回顾了人类线虫和扁虫线粒体基因组的研究状况，一些蠕虫的全长或近于全长的线粒体基因组的发现，为蠕虫的种系发生分析和遗传变异性研究提供了极为丰富的遗传标记。本文举例说明了线粒体基因组在蛔虫，盘尾丝虫，血吸虫，片形属吸虫，并殖吸虫，棘口吸虫，棘球绦虫和绦虫属的研究中的应用。     

加拿大棘球绦虫的基因分型与分子流行病学研究进展

通过比较加拿大棘球绦虫不同基因型的线粒体基因组,尤其是其中的cox1和nad1基因核苷酸序列的差异性,了解加拿大棘球绦虫各基因型的分子遗传标记特征与变异情况,阐明加拿大棘球绦虫基因型在棘球属中的分类地位、命名和进化关系。另外,本文通过对加拿大棘球绦虫各基因型的分子流行病学特征、研究意义、未来研究方向等进行综述,为从事该领域研究的学者和临床工作者提供丰富的分子流行病学信息或资料,并为棘球蚴病分子流行病学调查、预警预报和综合防治策略的制定等提供理论依据和指导。     

基于重组酶介导等温扩增技术的3种棘球绦虫核酸检测方法的建立及初步应用

目的　基于重组酶介导的等温扩增技术（recombinase⁃aided isothermal amplification assay, RAA）建立一种快速检测多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫的多重核酸检测方法,并对其检测效果进行初步评价。方法　分别以多房棘球绦虫（GenBank登录号：NC_000928）、细粒棘球绦虫（GenBank登录号：NC_044548）和石渠棘球绦虫（GenBank登录号：NC_009460）线粒体基因组序列为靶序列,依据RAA引物设计基本原则设计、合成3对引物,并进行多重RAA扩增。分别扩增不同浓度3种棘球绦虫基因组DNA和不同浓度含3种靶基因的重组质粒,以评价多重RAA检测方法的敏感性;同时采用该方法检测3种棘球绦虫及多头带绦虫、牛带绦虫、亚洲带绦虫、犬复孔绦虫、泡状带绦虫、犬弓首蛔虫、肝片形吸虫、豆状带绦虫、中线绦虫和犬隐孢子虫基因组DNA,以评价该方法的特异性。优化建立的多重RAA法的条件,再检测棘球蚴病病变组织样本、模拟犬粪便样本和现场狐狸粪便样本,以评价该方法的应用价值。结果　所建立的多重RAA检测方法可在39 ℃时40 min内特异性扩增多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫线粒体基因片段,长度分别约为540、430 bp和200 bp。该多重RAA法对多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫基因组DNA的最低检测限为2.0、2.5 pg/μL和3.1 pg/μL,对含多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫靶基因的重组质粒的最低检测限均可达到200拷贝/μL;该多重RAA法可以同时检测出多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫单一感染和多重感染,对多头带绦虫、牛带绦虫、亚洲带绦虫、犬复孔绦虫、泡状带绦虫、犬弓首蛔虫、肝片形吸虫、豆状带绦虫、中线绦虫和犬隐孢子虫无扩增。优化后的多重RAA法能够检测出全部棘球蚴病病变组织样本及模拟犬粪样本和现场狐狸粪便样本中的阳性样品,且与单一PCR法检测结果完全一致。结论　成功建立了一种可用于多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫和石渠棘球绦虫基因组DNA快速检测的多重RAA法,特异性和敏感性均较高。     

重组酶介导的多重核酸等温扩增法鉴别细粒棘球绦虫和多房棘球绦虫技术的建立与应用

目的建立一种快速检测细粒棘球绦虫G1 (EgG1)与多房棘球绦虫(Em) DNA的重组酶介导的多重核酸等温扩增方法 (mRAA)。方法以EgG1和Em线粒体基因作为靶序列,设计特异性引物,建立快速检测棘球绦虫的mRAA方法。分别扩增浓度为10.00、 5.00、 1.00、 0.50、 0.10、 0.05、 0.01 ng/μl棘球绦虫基因组DNA及105、 104、 103、 102、 10个拷贝/μl的pMD19-T (Simple)克隆质粒,评价mRAA方法的敏感性;分别以牛带绦虫、亚洲带绦虫、多头带绦虫、犬复孔绦虫、犬弓首蛔虫、毛首鞭形线虫、蓝氏贾第鞭毛虫、肝片形吸虫、卫氏并殖吸虫、大片形吸虫以及华支睾吸虫基因组DNA为模板,评价mRAA方法的特异性。采用优化后的m RAA方法 ,分别对3份EgG1和Em混合模拟犬粪样、 19份现场采集的棘球绦虫感染动物肝脏组织(10份EgG1感染、 9份Em感染)、 7份现场采集的棘球绦虫阳性犬粪(5份EgG1感染、 2份Em感染)进行检测,验证m RAA方法的可靠性和实用性。结果建立的mRAA方法可特异性扩增EgG1和Em线粒体基因片段,长度分别约为250 bp、 500 bp。mRAA方法对EgG1和Em基因组DNA的最低检测限为2 pg/μl,对EgG1和Em重组质粒的最低检测限为200个拷贝/μl。mRAA方法对牛带绦虫、亚洲带绦虫、多头带绦虫、犬复孔绦虫、犬弓首蛔虫、毛首鞭形线虫、蓝氏贾第鞭毛虫、肝片形吸虫、卫氏并殖吸虫、大片形吸虫以及华支睾吸虫基因组DNA的扩增结果均为阴性。mRAA方法成功检出所有EgG1和Em混合模拟犬粪样、棘球绦虫感染动物肝脏组织、棘球绦虫阳性犬粪样,且检测结果与mPCR一致。结论建立的mRAA方法可用于EgG1和Em DNA的快速检测,敏感性、特异性和可靠性均较好。     

基于重组酶介导等温扩增技术的细粒棘球绦虫核酸检测方法的建立

目的　建立一种基于重组酶介导等温扩增技术（RAA）的细粒棘球绦虫核酸检测方法。方法　针对细粒棘球绦虫12S rRNA基因序列片段,设计、筛选并合成RAA特异性扩增引物和荧光检测探针,构建细粒棘球绦虫荧光RAA检测方法。分别以含靶序列的不同拷贝数重组质粒和不同浓度细粒棘球绦虫基因组DNA为模板进行荧光RAA扩增,评价其检测灵敏度;分别以细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、日本血吸虫、曼氏血吸虫、十二指肠钩虫、华支睾吸虫、牛带绦虫、曼氏迭宫绦虫、猪带绦虫基因组DNA为模板进行荧光RAA扩增,评价其检测特异性。结果　成功建立了细粒棘球绦虫荧光RAA检测法,在39 ℃条件下20 min内可以实现对细粒棘球绦虫基因组DNA特异性扩增,最低可以检测出10拷贝/μL含靶序列的重组质粒DNA和0.1 ng/μL细粒棘球绦虫基因组DNA样本,具备较高敏感性;对多房棘球绦虫、日本血吸虫、曼氏血吸虫、十二指肠钩虫、华支睾吸虫、牛带绦虫、曼氏迭宫绦虫、猪带绦虫基因组DNA均无阳性扩增,具备较高特异性;且该荧光RAA法可成功检出细粒球绦虫包囊中DNA。结论　成功建立了一种快速、灵敏、特异的可用于细粒棘球绦虫核酸检测的荧光RAA法。     

完整线粒体基因组鉴定细粒棘球绦虫犬、马株和犬、羊株的差别

在棘球绦虫属的 16个名义种中仅有 4个种在分类学上被普遍接受 ,即细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、伏氏棘球绦虫和少节棘球绦虫。其他的分类单位均被视为细粒棘球绦虫的亚种或株。这些结论是基于成虫形态、宿主范围、生活史、包囊性质和定位、生化及分子特征的差异作出的。现已逐步明确 ,几乎呈世界性分布的细粒棘球绦虫在基因水平表现了相当大的变异 ,因而值得对其分类学地位进行重新评价。线粒体序列为进化生物学、种群发生和系统发育的研究提供了丰富的数据资源 ,已越来越多地用于棘球绦虫的研究中。至今 ,应用线粒体DNA序列的分子研究已…     

重组酶介导的等温核酸扩增技术检测多房棘球绦虫方法的建立及初步应用

目的基于重组酶介导的等温扩增技术(Recombinase-aided isothermal amplification assay,RAA)建立一种快速检测多房棘球绦虫的核酸检测方法,并进行检测效果评价。方法以多房棘球绦虫线粒体基因序列(GenBank登录号:AB018440)作为靶序列,根据RAA反应原理设计并合成引物,利用该引物进行RAA扩增。以聚合酶链反应(PCR)作为平行对照,应用RAA方法扩增不同稀释浓度的多房棘球绦虫基因组DNA及梯度稀释的含不同拷贝数目的基因片段的pMD19-T(Simple)克隆质粒,以评价RAA检测的敏感性。应用此方法检测细粒棘球绦虫(G1型)、牛带绦虫、亚洲带绦虫、多头带绦虫、犬复孔绦虫、犬弓首蛔虫、毛首鞭形线虫、蓝氏贾第虫、肝片吸虫、卫氏并殖吸虫、大片吸虫以及华支睾吸虫基因组DNA,以评价其特异性。在对建立的方法进行条件优化后,检测9份感染多房棘球蚴的动物组织样本、3份模拟现场多房棘球蚴感染阳性犬粪样本以及2份现场阳性犬粪样本,以验证所建立的RAA方法的可靠性和实用性。结果所建立的RAA法可在40 min内特异性扩增多房棘球绦虫目的基因片段。以多房棘球绦虫基因组DNA为模板,RAA法最低检测量为10 pg;以重组质粒为模板,RAA法最低可检出的质粒拷贝数为10^4个。以细粒棘球绦虫(G1型)、牛带绦虫、亚洲带绦虫、多头带绦虫、犬复孔绦虫、犬弓首蛔虫、毛首鞭形线虫、蓝氏贾第虫、肝片吸虫、卫氏并殖吸虫、大片吸虫以及华支睾吸虫基因组DNA为模板,应用所建立的RAA法扩增结果均为阴性。应用本研究建立的RAA法检测感染多房棘球蚴的动物组织样本以及模拟和现场阳性犬粪便样本结果均为阳性,且与PCR法检测结果一致。结论本研究建立了一种反应快捷、敏感性和特异性均较高的RAA检测方法,其在多房棘球绦虫虫种鉴定以及棘球蚴病基因诊断方面展现出较好应用前景。     

修饰广谱12S rDNA引物特异性扩增绦虫gDNA研究绦虫纲系统发生

绦虫的系统发育关系未明。形态学特征不足以作寄生虫的系统发育学分类,但分子生物学及序列分析为此提供了可能。 线粒体的12S rDNA;常用作系统发生研究,对绦虫及吸虫有特异性。源于此序列的引物可使蠕虫DNA特异性放大而不会污染宿主的DNA。本文的DNA样品来自绦虫家族的13种,其中11种隶属带绦虫,2种属于     

基于线粒体ND6基因检测犬感染细粒棘球绦虫的粪便PCR方法

目的 旨在了解动物包虫病流行区内犬细粒棘球绦虫的感染情况。方法 本研究利用Qiagen DNeasy Powersoil试剂盒对犬粪提取DNA,并从细粒棘球绦虫线粒体全基因组中筛选出完整线粒体ND6基因作为靶基因,建立一种可对犬粪中细粒棘球绦虫同时进行检测及基因分型的PCR方法。结果 该法特异性很高,仅能扩增出细粒棘球绦虫的目的条带而对照组均无条带扩增。其灵敏度达到4 pg的DNA含量。当犬人工感染约50 000只原头蚴时,该法最早可以扩增出感染第13 d粪便中的ND6目的基因。同时,对40份随机采自包虫病流行区的待检犬粪进行PCR检测,共有6份样品可扩增出目的条带且其基因型均属G1型,其检测及分型结果均与经典基因分型依据(COX1基因片段)的结果一致。结论 本研究建立的粪便PCR方法具有很高的特异性和灵敏度,并可用于检测犬的细粒棘球绦虫早期感染情况。对于PCR检测阳性者,其产物经测序分析后也可用于细粒棘球绦虫的基因分型及种群遗传结构的分析研究。     

我国抗蠕虫药物研究的进展及面临的问题

本文综述新中国成立以来我国抗蠕虫药物,包括抗线虫、吸虫和绦虫药物的研究进展及其在寄生虫病防治工作中所起的作用,并就在抗蠕虫药物研究中所面临的问题提出一些看法。     

芜湖地区家鸭体内宫川棘口吸虫鉴定

目的了解芜湖地区家鸭体内宫川棘口吸虫形态学特征,并探讨Cox1基因作为分子标记鉴定宫川棘口吸虫的可行性。方法从芜湖地区散养家鸭体内分离宫川棘口吸虫,染色、制片、鉴定;并应用PCR技术扩增出宫川棘口吸虫线粒体Cox1基因序列,测序后与GenBank数据库进行序列比对,获得同源性。结合形态学结果鉴定虫种,并基于Cox1基因序列进行种间比较分析。结果芜湖地区家鸭体内宫川棘口吸虫感染率约为16.67%,成虫体长6.6~13.2 mm。扩增出的宫川棘口吸虫Cox1基因长度为660 bp,与GenBank中收录的宫川棘口吸虫同源性为99.68%,形态学鉴定与分子鉴定结果一致。结论芜湖地区家鸭体内宫川棘口吸虫感染较为普遍,线粒体Cox1基因可作为分子标记用于棘口属内和属间分子鉴定。     

吸虫线粒体基因研究进展

吸虫属于扁形动物门吸虫纲,是一类重要的人兽共患蠕虫病病原,对人体危害很大,也严重影响水产业和畜牧业的发展.分子生物学方法是研究吸虫的重要工具.该文对吸虫线粒体分子生物学的研究进行总结,重点介绍吸虫线粒体基因的组成和结构特点、吸虫线粒体基因的研究意义及吸虫线粒体基因组研究的应用前景.     

新疆新源县和四川石渠县啮齿动物及家畜棘球绦虫线粒体cox1基因遗传多态性分析

目的了解新疆新源县和四川石渠县棘球绦虫线粒体细胞色素。氧化酶亚基1 (cox1)基因的遗传多态性,探讨棘球绦虫在我国的传播动力和传播方向。方法 2014-2018年,在新疆新源县、四川石渠县捕捉啮齿类动物并采集其肝组织样品,收集家畜病变脏器。提取肝组织和病变脏器组织的DNA,PCR扩增棘球绦虫cox1基因片段,经分子克隆、测序后,在NCBI数据库中比对以确定所感染的虫种。使用Clustal X2和MEGA 7剪辑序列,使用DnaSP v5和Arlequin 3.5计算核苷酸多态性和中性检验,分析新源县和石渠县棘球绦虫的遗传多样性。以石渠棘球绦虫为外群,用MrBayes 3.2.4建立基于cox1基因的贝叶斯系统进化树,总结分析虫种的基因型。采用Network 5.0绘制棘球绦虫cox1基因的单倍型网络图,分析单倍型结构。结果在新疆新源县捕获普通田鼠122只,收集绵羊病变脏器5个;在四川石渠县捕获青海田鼠144只、经营田鼠44只和高原鼠兔135只,收集牦牛病变脏器6个。其中从5只绵羊、4头牦牛的病变脏器样品DNA扩增获得细粒棘球绦虫cox1基因片段40条(新源县26条,石渠县14条),从8只普通田鼠、14只青海田鼠、5只经营田鼠和2只高原鼠兔获得多房棘球绦虫线粒体cox1基因59条(新源县20条,石渠县39条),扩增产物长度均为875 bp。细粒棘球绦虫在两地的遗传分化程度(Fst=0.088 63)高于多房棘球绦虫(Fst=0.000 88),新源县细粒棘球绦虫遗传多样性(0.002 58±0.000 46)低于石渠县(0.005 88±0.000 58),而其多房棘球绦虫遗传多样性(0.002 28±0.000 46)高于石渠县(0.001 37±0.000 30)。贝叶斯系统进化树显示,两地的细粒棘球绦虫基因型为G1型,多房棘球绦虫为亚洲型。序列比对发现25个细粒棘球绦虫cox1基因单倍型(新源县15个,石渠县9个,共同单倍型1个)和29个多房棘球绦虫cox1基因单倍型(新源县13个,石渠县15个,共同单倍型1个),两种棘球绦虫的单倍型网络图均为环绕主单倍型(共同单倍型)的辐射状结构,新源县的细粒棘球绦虫序列中有9条为主单倍型(34.6%,9/26),而石渠县仅有1条(1/14),显示出新源县在细粒棘球绦虫单倍型结构中的核心位置;石渠县的多房棘球绦虫基因序列中有23条为主单倍型(58.9%,23/39),而新源县为7条(35.0%,7/20),表明石渠县在多房棘球绦虫的单倍型结构中更具有主导地位。结论新源县和石渠县的棘球绦虫线粒体cox1基因型一致,但遗传多态性存在一定差异,同等空间跨度上细粒棘球绦虫的遗传分化程度要高于多房棘球绦虫,这些差异为探讨棘球绦虫传播方向和动力提供了重要参考依据。     

带科绦虫线粒体基因组全序列研究进展

带科绦虫（Taeniidae）幼虫引起的绦虫蚴病（Larval cestodiasis／infections with larva of cestodes）如棘球蚴病、囊尾蚴病等是一类重要的人兽共患寄生虫病,在我国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对带科绦虫线粒体基因组序列分析的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述。迄今,     

奥氏棘球绦虫分子遗传标志特征及其流行病学研究进展

棘球蚴病是由棘球绦虫的中绦期幼虫引起的一种重要的人兽共患寄生虫病,在我国主要流行于西部地区。奥氏棘球绦虫的形态和发育特征与细粒棘球绦虫等存在显著差异,为棘球属内独立的种,其适宜中间宿主为牛。人、猪、骆驼、绵羊、山羊、狐猴和鹿等均可感染奥氏棘球蚴。本文对奥氏棘球绦虫形态学、遗传变异、分子遗传标记等特性和流行现状进行综述,为棘球蚴病的流行病学调查、防控和监测等提供参考依据。     

从细粒棘球绦虫获得的包含加帽的寡核苷酸和剪接转录产物及高水平的预测信号肽序列富含全长的cDNA文库

细粒棘球绦虫是家畜及野生动物棘球蚴病的病原体。寄生于组织内的幼虫与宿主紧密相关,提示它在宿主寄生时可能分泌某些分子介质。目前人们正在用重组cDNA文库通过转录体分析来寻找这些介质。用传统的细粒棘球绦虫的cDNA文库进行基因研究有某些局限性,如:易污染rRNA、线粒体mRNA转录产物及宿主基因组DNA。而且,以寡聚dT为引物从mRNA 3′polyA尾逆转录进行cDNA合成不能保证所有的转录产物延伸到5′末端,结果是大多cDNA文库含大量的截断克隆。目前利用5′跨膜剪接序列和3′polyA扩增来分离全长cDNAs。Cecilia制备并分析比较了细粒…     

棘球属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析

目的 利用生物信息学技术分析棘球属绦虫线粒体基因组全序列碱基组成、基因的结构组成及排列、蛋白基因核苷酸序列变异位点、密码子使用情况及偏好性、系统发育等,为研究棘球绦虫系统起源、演化、分类及亲缘关系等提供理论基础。方法 从GenBank数据库下载12种棘球属绦虫线mtDNA全序列,并以猪带绦虫作为外类群,构建系统发育树。利用OGDRAW在线分析网站及Vector NTI Express软件,分析mtDNA的组成及排列情况。用Clust-X软件对多个相似序列进行多重序列比对分析;使用Mega4.0软件选择邻接法构建进化树,并分析密码子使用情况;利用RNAfold在线预测网站使用minimum free energy (MFE) and partition function算法预测l-rRNA和s-rRNA二级结构。结果 除Eg G1外,棘球绦虫属mtDNA有36个编码基因,包括22个转运RNA基因、12个蛋白基因、2个核糖体RNA基因;但Eg G1 mtDNA最小,只有30个编码基因,在起始编码区缺少6个编码转运RNA的基因,且第一个编码基因不是ND5,而是COX3;编码蛋白的基因核苷酸序列变异率为27.9%~42.7%,其中COX1最为保守,ND5变异率最大达到42.7%;棘球属绦虫线粒体蛋白质编码基因起始密码子除atg,也有一些蛋白质以gtg作为起始密码子,终止密码子以taa和tag常见,但也有以ttt作为终止密码子的;棘球绦虫属使用的密码子为密码表9,使用频率最高的密码子是UUG(2.72%),频率最低的是CUC(1%)、CGC(1%),编码亮氨酸、精氨酸的密码子最多达6个,编码甲硫氨酸、色氨酸最少只有一个,亮氨酸也是棘球属绦虫最偏好的氨基酸达到6%;棘球属绦虫核糖体基因有两个长度大小分别为977~985 bp、700~727 bp,两个基因的位置十分靠近中间只隔一个trnC基因;系统进化树中Ev、Eo单独为一枝,Em、Es及Eg G1、Ef形成姐妹枝,细粒棘球绦虫G4、G5、G6、G7、G8、G10亚型聚为一枝,进化距离较近。结论 本研究将为棘球属绦虫mtDNA的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并为种系鉴定起到一定的指导作用。     

单克隆抗体亲和层析纯化猪肉绦虫囊液抗原及其抗原性分析

作者用小鼠浆细胞瘤与经猪肉绦虫囊尾蚴囊液(CF)免疫的BALB/c小鼠脾脏细胞融合,所得的细胞株分泌的抗体与猪肉绦虫CF抗原、猪肉绦虫盐水浸出抗原、牛肉绦虫成虫抗原、裂头蚴抗原、棘球蚴囊液抗原、卫氏并殖吸虫抗原以及华支皋吸虫抗原进行反应。其中大部分细胞株只与CF抗原起反应,但有些细胞株亦与其余6种蠕虫抗原作用,表明猪肉绦虫的CF中不仅含有带CF特异性抗原决定簇的蛋白质,而且还含有能     

西藏尼木县山羊蠕虫感染情况调查

于2013年5月-2014年4月在西藏尼木县采用系统剖检法剖检99只山羊,并收集寄生虫虫体,依据形态学特征进行种类鉴定,并分析山羊感染情况。尼木县山羊蠕虫感染率为100%,均为混合感染。共鉴定寄生虫9科15属21种。胃肠道寄生线虫优势种为鞭虫属(36.4%),吸虫优势种为鹿同盘吸虫(60.6%)和后藤同盘吸虫(60.6%);绦虫/绦虫蚴优势种为细颈囊尾蚴(52.5%);门静脉系统主要寄生土耳其斯坦东毕吸虫(69.7%)。     

线粒体基因在带绦虫科分子分类鉴定及系统进化研究中的应用

带绦虫科部分虫种所引起的棘球蚴病或囊尾蚴病是人兽共患寄生虫病,对社会经济和公共卫生造成重大影响。对相关虫种进行准确的鉴别有助于有效预防、控制甚至消除由其所致的疾病。目前在带绦虫科分子分类及系统进化研究中应用的线粒体基因主要为细胞色素C氧化酶亚基1、细胞色素B和NADH脱氢酶亚基1等基因。本文主要综述线粒体基因在带绦虫科中的带绦虫属和棘球绦虫属分子分类与系统进化方面的研究进展。