泰泽氏菌TaqManMGB探针荧光定量PCR方法的—立及应用

目的 建立泰泽氏菌的TaqMan小沟结合物(MGB)探针荧光定量PCR检测方法.方法 针对泰泽氏菌16S rRNA基因的保守区设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,并验证该方法的特异性、敏感性和稳定性.对2008-2011年采集的1156份临床样本进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照.结果 泰泽氏菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肝螺杆菌、幽门螺杆菌、空肠弯曲菌、侵肺巴斯德氏菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌之间无交叉反应,检测灵敏度达2.2 copy/μl.标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.204,PCR效率为100％.对1156份临床样本进行检测,荧光定量PCR检出101份泰泽氏菌阳性样本,而普通PCR则仅检出44份.荧光定量PCR方法从临床样本中检出泰泽氏菌DNA仅需2h.结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有特异、灵敏和稳定性,适于泰泽氏菌的快速检测.     

立氏立克次体实时荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立

目的采用TaqMan-MGB探针建立立氏立克次体实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测方法.方法依据立氏立克次体外膜蛋白B基因序列设计引物和探针,以克隆的ompB基因片段为DNA模板,在ABI 7900型荧光定量PCR检测仪上建立实时荧光定量PCR检测方法.结果建立的定量标准曲线Ct值与模板拷贝数呈线性关系（R2=0.996）,最低检测浓度为5拷贝/μl;用荧光定量PCR方法检测其他相关立克次体和常见非立克次体病原菌,检出结果均为阴性.用该方法检测立氏立克次体感染的豚鼠血液标本、小鼠脾脏标本及细胞培养标本,检测的结果与立氏立克次体感染相关.结论研究建立的检测立氏立克次体实时荧光定量PCR方法具有高特异性和高敏感性,适用于快速检测各种样本中的立氏立克次体和立氏立克次体感染早期的实验室诊断.     

实时荧光定量PCR检测沙门菌方法的实验研究

目的:建立沙门菌实时荧光定量PCR快速检测方法,探讨沙门菌在食源性感染快速诊断中的应用价值。方法:采用沙门菌fimY基因序列设计特异引物和探针,建立实时荧光实时定量PCR技术检测沙门菌的检测方法。通过特异性、敏感性、稳定性和重复性,以验证方法的可行性。结果:成功构建了沙门菌重组质粒标准品,为方法学建立奠定基础;通过特异性、敏感性、稳定性和重复性验证,结果表明具有较好的特异性,最低检测限为103拷贝/ml,相当于100 cfu/ml的菌细胞,并有良好的稳定性和重复性。结论:沙门菌实时荧光定量PCR检测方法的建立,不仅为食源性沙门菌污染的快速检测提供依据,而且还可直接用于临床粪便标本检测。     

梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立梅毒螺旋体的荧光定量PCR检测方法。方法依据梅毒螺旋体（Treponema pallidum,TV）DNA多聚酶I（polA）基因序列,设计MGB—Taqman探针和PCR引物,对TPPA法检测到的不同国家和人种梅毒螺旋体抗体阳性患者和阴性人员血液样本进行检测,验证该PCR方法的灵敏度和特异性,以及2种检测方法的一致性。结果PCR产物测序证实新建的荧光PCR方法可以扩增到梅毒螺旋体polA基因区200bp长DNA片段。该方法特异性强、灵敏度高,可检出每微升血液中10拷贝梅毒DNA。在31例TPPA法检测结果为阳性的样本中,有21例为PCR阳性。证明其中10例TPPA法阳性为非现行感染,可能不具有传染性。统计分析表明该荧光PCR方法与TPPA方法对不同国家和种族人群检测结果未出现显著差异。结论新建的荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性好,可排除TPPA法阳性梅毒患者中非现行感染的旅行者,是适用于不同地区和种族的旅行者进行梅毒检测的新方法。     

荧光实时定量PCR检测铜绿假单胞菌外膜蛋白oprⅠ基因的标准品的构建

目的构建荧光实时定量PCR(FQ-PCR)标准品测定铜绿假单胞菌oprⅠ基因,以此测定铜绿假单胞菌菌量.方法以铜绿假单胞菌的oprⅠ基因为目的基因设计探针引物,提取细菌基因组DNA,与pMD 18-T Vector连接并转化到大肠杆菌中.用氨卞青霉素筛选出白色菌落,提取含目的基因质粒,并用HindⅢ限制酶进行线性化处理,通过直接PCR、OD值测定及DNA片段测序鉴定其特异性.根据OD值确定浓度,制备FQ-PCR梯度浓度参考标准品,做出标准曲线,检测各样品菌菌量.结果铜绿假单胞菌oprⅠ基因的目的片段成功制备,获得稳定的重组质粒,保持了目的片段的特异性和序列完整性,并获得很好的标准曲线(相关系数0.994),成功检测了铜绿假单胞菌标准菌株、培养株的菌量,而大肠杆菌及阴性对照无扩增.结论成功构建FQ-PCR检测铜绿假单胞菌oprⅠ基因的定量参考标准,荧光实时定量法可以快速检测铜绿假单胞菌.     

实时荧光定量PCR检测汉赛巴通体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测汉赛巴通体的实时荧光定量PCR方法。方法根据汉赛巴通体特异的16S-23S rRNA间隔区序列设计引物和探针,以克隆的16S～23S rRNA间隔区基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI 7900HT)上建立实时荧光定量检测方法,对所建立的方法分别进行敏感性、特异性及重复性分析,并且对模拟标本进行检测。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(C_(?))与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.997);与普通PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其1000倍。用荧光定量PCR检测其他相关立克次体和细菌DNA样本,除军团菌检出微弱信号(2个拷贝)外,其余检出结果均为0;对重复性进行了评价,批内和批间的变异系数在0.2%～1.9%之间。用荧光定量PCR检测汉赛巴通体感染的小鼠血标本,在感染后第2天、第3天、第5天,检出少量的汉赛巴通体,在感染后的第1天和第2天从脾脏样本中检出大量的汉赛巴通体。结论检测汉赛巴通体实时荧光定量PCR方法具有高度特异性和高敏感性以及良好的重复性,可用于快速检测各种样本中的微量汉赛巴通体以及作为汉赛巴通体感染的实验室诊断。     

荧光实时定量PCR检测铜绿假单胞菌外膜蛋白oprI基因的标准品的构建

目的构建荧光实时定量PCR(FQ-PCR)标准品测定铜绿假单胞菌oprI基因,以此测定铜绿假单胞菌菌量。方法以铜绿假单胞菌的oprI基因为目的基因设计探针引物,提取细菌基因组DNA,与pMD 18-T Vector连接并转化到大肠杆菌中。用氨卞青霉素筛选出白色菌落,提取含目的基因质粒,并用HindⅢ限制酶进行线性化处理,通过直接PCR、OD值测定及DNA片段测序鉴定其特异性。根据OD值确定浓度,制备FQ-PCR梯度浓度参考标准品,做出标准曲线,检测各样品菌菌量。结果铜绿假单胞菌oprI基因的目的片段成功制备,获得稳定的重组质粒,保持了目的片段的特异性和序列完整性,并获得很好的标准曲线(相关系数0.994),成功检测了铜绿假单胞菌标准菌株、培养株的菌量,而大肠杆菌及阴性对照无扩增。结论成功构建FQ-PCR检测铜绿假单胞菌oprI基因的定量参考标准,荧光实时定量法可以快速检测铜绿假单胞菌。     

多重荧光定量聚合酶链反应对呼吸道感染患儿支原体和衣原体感染的诊断价值

目的 探讨多重荧光定量PCR技术(TaqMan探针法)在检测呼吸道感染住院患儿中肺炎支原体(MP)、肺炎衣原体(CP)和沙眼衣原体(CT)的应用价值.方法 构建质粒标准品,梯度稀释后进行扩增建立标准曲线检测多重荧光定量PCR方法的扩增效率,并验证其敏感性、特异性和重复性;收集151例疑似呼吸道感染住院患儿的咽拭子样本,采用多重荧光定量PCR技术检测MP、CP和CT基因片段,其中128例样本同时进行MP-IgM和CP-IgM的血清学检测,评价该方法在临床检测中的应用价值.结果 本实验中MP、CP和CT三种病原体的引物和探针的扩增效率分别达到109.20％、116.90％和112.80％,三种病原体的最低检出浓度分别为50、25和25 pg/μL,与其他已知病原体不存在交叉反应;不同批次间三种病原体的扩增Ct值的变异系数均小于3％.151份样本中,多重PCR检测出MP、CP和CT阳性率分别为23.84％(36份)、17.88％(27份)和2.65％(4份),128份样本中MP-IgM阳性检出率为22.65％;CP-IgM阳性检出率为14.06％.结论 多重荧光定量PCR方法可以为临床幼儿呼吸道感染病原体的早期检测提供快速可靠的辅助诊断依据.     

实时荧光定量PCR检测普氏立克次体

目的 采用新型TaqMan—MGB探针建立检测普氏立克次体的实时荧光定量PCR方法。方法 根据普氏立克次体外膜蛋白B的基因（ompB）序列设计引物和探针，以克隆的ompB基因片段作DNA模板，在荧光定量PCR检测仪（ABI7900型）上建立实时荧光定量检测方法。结果 建立的定量标准曲线的循环阈值（Q）与模板拷贝数呈良好的线性关系（r=0．999）；与巢式PCR相比较，荧光定量PCR检测敏感性是其100倍。用荧光定量PCR检测莫氏立克次体及其他相关立克次体和细菌DNA，检出结果均为阴性。用荧光定量PCR检测普氏立克次体感染的豚鼠血标本，某些样本检测为阳性，而用巢式PCR检测的结果均为阴性。结论 研究中建立的检测普氏立克次体实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性，适合于快速检测样本中微量普氏立克次体DNA，可用作临床实验室快速确诊流行性斑疹伤寒。     

实时荧光定量PCR快速检测人鼻病毒

目的应用实时荧光定量PCR方法快速检测HRV,为HRV实验室早期诊断、HRV流行病监测和应急处理提供快速诊断手段。方法以HRV的5'UTR为检测靶基因,设计引物和探针,评价方法的特异性、灵敏性和重复性,并用该方法对384份临床呼吸道感染样本进行检测。结果以HRV、H1N1、Hco V、流感等病毒进行实时荧光定量PCR,只有HRV出现荧光信号,证明该法特异性强;以已知浓度HRV标准品稀释后进行实时荧光定量PCR,灵敏性达10 copies/μl,重复性试验Ct平均值变异系数0.58%~2.41%,384份临床样本中检测HRV阳性为21份,检测耗时比传统方法短。结论 HRV实时荧光定量PCR法有着快速、敏感、特异性强等优点,适用于HRV早期诊断、分子流行病学调查研究。     

荧光定量RT-PCR快速检测A型流感病毒

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测A型流感病毒的方法。方法根据A型流感M2基因的相对保守序列分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立、优化反应体系后,利用十倍稀释法检验方法的灵敏度并建立相对定量标准曲线并与普通RT-PCR法进行比较;特异性检验后进行临床标本的检验。结果A型流感病毒检测反应的灵敏度为2·56×10-6TCID50,标准曲线相关系数为0·999,扩增效率为108·5%,5种非A型流感病毒病原体检测均为阴性,说明此方法具有很好的稳定性、重现性和特异性。结论本研究建立荧光定量RT-PCR技术可以准确检测A型流感病毒,不仅灵敏度高、稳定性好,而且可以对病毒滴度进行定量检测。     

嗜肺军团菌荧光定量PCR检测方法的建立

目的：建立嗜肺军团菌mip基因荧光定量PCR检测方法。方法：利用Primer Express软件设计特异性引物和探针,对质粒标准品、嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌及其他菌株进行检测,验证方法的特异性、敏感性和重复性,最后采集环境样本进行检测。结果：该方法特异性好,嗜肺军团菌呈现阳性结果,而非嗜肺军团菌及其他菌株均为阴性结果。检测灵敏度达293copies／μl;重复性较好,Ct值变异系数较小;检测的12份环境样本中5份阳性。结论：该方法快速且具有较好的特异性、敏感性、重复性,适于外环境嗜肺军团菌污染调查及应急事件的快速检测。     

河弧菌Taqman实时荧光PCR检测方法建立

目的 建立以Taqman实时PCR检测河弧菌的方法。方法 根据河弧菌toxR基因的保守序列设计引物和Taqman探针,建立检测河弧菌的实时PCR方法;对引物和探针的浓度进行优化,对优化后建立的方法分别进行实验室内的灵敏度和特异性评价,并与常规PCR比较。结果 建立了检测河弧菌的实时PCR方法,经优化该方法选择引物的浓度为100 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L;该方法对纯菌的检测下限为4.17×10²cfu/mL,比常规PCR高1000倍;针对toxR基因建立的河弧菌实时PCR方法,对8种其他弧菌和肠道细菌的染色体无扩增。结论 建立的方法能够特异和敏感地检测河弧菌,可用于河弧菌的快速筛检。     

TaqMan探针法荧光定量PCR检测食品中金黄色葡萄球菌

目的:建立食品中金黄色葡萄球菌快速、简便、准确、高效的检测方法。方法:以金黄色葡萄球菌FemB基因中保守序列为目标,设计并合成引物和Taqman探针,构建重组质粒作为标准阳性模板,建立荧光定量检测体系,并考察该方法的灵敏性、特异性和重复性。结果:该法的灵敏度60拷贝/反应体系,能特异区分金黄色葡萄球菌与其它类型的细菌,同时,具有良好的重复性。结论:使用Taqman探针法荧光定量PCR技术能够对金黄色葡萄球菌进行快速准确地定量检测。     

食品中副溶血弧菌FQ-PCR快速检测方法的研究

目的利用荧光定量PCR技术,研制适合各层次实验室使用的,快速、准确地检测鉴定食品中副溶血弧菌污染的定性、定量方法。方法根据副溶血弧菌gyrase基因序列,设计并合成特异性引物和荧光标记探针,将扩增后的特异片断制成阳性模板,绘制标准曲线。以副溶血弧菌菌株8株及同源、非同源参考菌株24株,做特异性检测;将阳性污染菌按梯度加入阴性样品为模拟样本,做敏感性检测。同时使用PE7000型定量PCR仪和国产DA620微量荧光检测仪检测。结果该方法有良好的特异性:8株副溶血弧菌结果均为阳性,而其它24株菌株均为阴性(其中8株是弧菌科,16株分别来自不同的菌属);该方法有良好的敏感性:阳性模板浓度与定量曲线循环阈值之间相关系数达到0.9871。在纯培养的条件下,其检测低限为10cfuml。对32个模拟样本直接进行定量检测,则检测低限在102cfug;经过24小时增菌培养,检测低限可达2cfug。结论该方法特异性强、敏感性高,操作简便快速,能避免常规PCR方法易污染的缺陷,在国产仪器上测试同样取得较好的敏感性和特异性,便于基层实验室使用,具有很好的推广应用前景。     

复合探针荧光定量PCR法检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的建立用复合探针荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法研究根据鼠疫耶尔森氏菌pla基因的核苷酸序列设计特异引物,通过PCR法的特异性、灵敏度和重复性研究,建立了复合探针荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,用于鼠疫的筛选和诊断。结果该检测方法的特异性为100%,最低可检出10个拷贝的质粒DNA分子,可对1×101~1×106拷贝范围内的模板进行定量,最低可检测至1×102cfu/ml细菌。该方法的精密度好,阳性质控品和阴性质控品不同时间测定3次及同一时间5次重复实验结果Cv值均<5%。结论本研究建立的复合探针实时荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,可对鼠疫耶尔森氏菌进行快速检测、准确辨别和早期诊断,对鼠疫的早期快速诊断具有重要意义。     

新型冠状病毒双重荧光RT-PCR检测方法

目的为快速检测新型冠状病毒,防控疫情的输入,建立一种快速的双重实时荧光RT-PCR检测方法。方法对WHO公布的单重实时荧光RT-PCR检测引物和探针进行重新设计和优化,建立双重荧光RT-PCR反应体系,分别采用羧基荧光素(FAM)和绿色荧光蛋白(VIC)荧光基团标记探针,实现双基因的同时检测。结果经优化的双重实时荧光RT-PCR方法有较好的灵敏度和特异性,对阳性对照质粒检测灵敏度为31拷贝/μl,检测健康和普通发热人员咽拭子以及流感病毒无交叉反应。结论建立了双重实时荧光RT-PCR快速检测方法,提高检测效率和准确度的同时降低了成本,可用于新型冠状病毒的快速应急检测。     

裂谷热病毒荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速、敏感、特异的实时荧光定量PCR方法,用于裂谷热病毒的检测。方法通过序列对比在裂谷热病毒L基因保守区设计引物及Taqman探针,建立实时荧光定量PCR反应体系。结果经优化的荧光定量PCR方法有较好的灵敏度和特异性,对阳性对照质粒标准品的灵敏度可达37拷贝/μl,通过检测同为蚊媒传播的日本脑炎病毒、黄热病毒、登革病毒、基孔肯亚病毒无交叉反应。结论本方法的建立在国境口岸传染病的防控方面有较好的应用前景。     

A型肉毒梭菌atx基因TaqMan探针荧光定量PCR检测

目的采用TaqMan探针荧光定量PCR方法对A型肉毒梭菌atx基因进行检测。方法以atx基因为靶基因,设计引物和TaqMan探针,优化反应条件,制作定量标准曲线,进行灵敏度、特异性和重复性验证,建立A型肉毒梭菌TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果构建质粒pUC57-△atx,标准曲线在10³～10³拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.997,灵敏度达到22个拷贝数,比普通PCR提高约100倍;能选择性检测A型肉毒梭菌,与其他5种食源性病原菌无交叉反应,结果与普通PCR一致;重复性试验表明,同一浓度的15个平行样品的变异系数为1.0%。结论 A型肉毒梭菌TaqMan探针荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可以快速、准确、定量地检测A型肉毒梭菌。