中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点分析

目的分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点。方法收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构一非结构蛋白VP3-VPl-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点。结果42株HAV病毒株在VPl-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89．1％～100％和97．3％～100％;在全长结构蛋白VP3-VPl区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87．6％～100％和98．8％～100％。VPl-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸同源性为98．4％～100％,0～2个氨基酸位点不同。本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异。结论42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型。本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异。VPl-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VPl区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守。     

四川省流行性乙型脑炎病毒优势基因型的研究

目的了解四川省乙脑主要流行区乙脑病毒的分子生物学特性,为防治提供依据。方法对2007-2010年间分离到的13株乙脑病毒进行PreM和E基因区扩增,采用MEGA5生物学软件完成氨基酸序列和病毒进化树分析。结果基因分型显示13株均属于基因I型。13株病毒之间比较,PreM基因核苷酸和氨基酸同源性为97％-100％和98．7％-100％,E基因核苷酸和氨基酸同源性为97．8％～99．9％和99．6％～100％,其同源性极高。13株病毒与2004年四川分离株比较E基因核苷酸同源性在97．7％～99．6％之间,氨基酸同源性在98．6％-100％之间;PreM基因的核苷酸同源性在96．2％-99．1％之间,氨基酸同源性在97．5％-98．7％之间;与疫苗株P3和SA14—14—2比较E基因核苷酸和氨基酸同源性分别为87．6％～88．3％和97％～97．8％;PreM基因核苷酸和氨基酸同源性分别为84．1％～85．8％和93．7％-96．2％。13株病毒E基因的8个氨基酸毒力位点均没有发生改变。结论四川省乙脑病毒已呈现基因I型为优势型别的态势,其PreM和E区核苷酸和氨基酸高度保守,关键的氨基酸毒力位点没有变化,提示目前使用的疫苗对流行株的感染具有保护作用。     

重庆流行性乙型脑炎病毒分离株CQ11-66在PrM/C及E基因区的分子特征

目的 分析重庆地区儿童流行性乙型脑炎(简称乙脑)病毒分离株CQ11-66在PrM/C及E基因区的分子特征.方法 采集重庆医科大学附属儿童医院感染消化科诊断的流行性乙脑患者血液及脑脊液标本,通过接种BHK-21细胞检测并分离乙脑病毒,并对其PrM/C及E基因区测序.使用Clustal X(1.8)、MEGA5等生物学软件进行核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化分析.结果 本研究仅从儿童乙脑患者脑脊液标本中分离到1株乙脑病毒,命名为CQ11-66.CQ11-66和其他国家及地区的乙脑病毒分离株相比,PrM/C基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为74.8％～97.4％及85.6％～98.7％,而E基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为81.6％ ～ 99.6％及94.8％ ～99.6％;CQ11-66株与福建省乙脑病毒人分离株相比较,在PrM/C、E基因核苷酸及氨基酸序列同源性均很高.基于PrM/C及E基因区核苷酸序列进行系统进化分析,CQ11-66株属于基因Ⅲ型.结论 在重庆市儿童乙脑患者标本中分离到1株乙脑病毒CQ11-66,CQ11-66株在PrM/C和F基因区核苷酸序列和氨基酸序列同其他乙脑病毒分离株存在一定的差异,且系统进化分析显示CQ11-66株属于乙脑病毒基因Ⅲ型.     

烟台市手足口病合并脑炎病毒分离及基因序列分析

目的 了解烟台地区手足口病合并脑炎病原谱及其基因学特征.方法 采集烟台地区手足口病合并脑炎患者粪便及脑脊液标本,通过细胞培养分离病毒,实时荧光PCR鉴定病毒型别,RT-PCR扩增VP1区基因部分序列并测序,进行序列分析.结果 10份粪便标本分离病毒3株,均为EV71.与C4a型代表株核苷酸同源性为98％～99％,氨基酸同源性98.90％～99.45％.系统发生树中,烟台分离株与C4亚型C4a簇代表株位于同一分支.结论 烟台地区手足口病合并脑炎病原主要为EV71,属于C4亚型C4a簇.     

柯萨奇病毒A组天津分离株的分型鉴定及分子特征分析

目的 鉴定天津市手足口病病原体柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型,并分析其VP1区基因及分子流行病学特征.方法 提取45株非EV71非CV-A16肠道病毒分离株核酸,利用RT-PCR法扩增其VP1基因并测序,然后根据VP1区基因核酸序列,进行肠道病毒型别鉴定和同源性分析,构建种系发生树.结果 45株非EV71非CV-A16肠道病毒天津分离株分别为6株柯萨奇病毒A组2型(Coxsackie virus A2,CV-A2),14株CV-A4,3株CV-A5,8株CV-A6和14株CV-A10.柯萨奇病毒各型的株间核酸序列同源性均在80％以上,各型分离株与原型株的同源性均在71.2％ ～ 85.8％之间.天津各型分离株在种系发生树上均聚集于各自相对独立的分支,与国内流行株处在同一分支内,而与国外原型株处于不同的进化分支.结论柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型成为天津市手足口病的流行病原体,各型天津分离株株间核酸序列同源性较高,呈现一定的区域聚集性.     

2009-2012年一条C4a基因亚型的EV-A71优势传播链在吉林省的持续传播

目的 分析引起吉林省2009-2012年手足口病（hand foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型的传播链.方法 选择70株2009-2012年分离于吉林省HFMD病例的EV-A71分离株,对VP1编码区基因进行逆转录-聚合酶链反应扩增及RT-PCR产物的序列测定,使用Bioedit软件和MEGA 4.0软件对VP1基因编码区进行同源性、基因亲缘关系分析.结果 吉林省2009-2012年的70株EV-A71分离株均属于C4a基因亚型,91.4％的EV-A71分离株形成1个大的优势传播链,吉林省9个市、州均发现C4a基因亚型的EV-A71优势传播链.结论 2009-2012年一条C4a基因亚型的EV-A71优势传播链在吉林省持续传播,引起吉林省HFMD的暴发流行.     

2011-2013年安徽省手足口病病原构成和HEV71基因特征分析

目的 了解安徽地区2011-2013年引起手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)发病的病原构成情况和人肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)分离株的基因特征.方法 利用“中国疾病预防控制信息系统”,对2011-2013年报告的安徽省HFMD病例病原学特征进行统计分析.对从HFMD病例咽拭子标本中分离的26株HEV71进行VP1基因全长扩增和序列测定,使用生物软件DNASTAR 7.1比对分析同源性和应用Mega 4.1构建系统发生树.结果 安徽省2011-2013年HFMD病原构成主要为HEV71,柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A16,CVA16)和其他肠道病毒,阳性检出率分别为28.74％、10.77％和15.18％.HEV71 VP1区基因序列同源性比对分析和系统发生树构建表明,26株HEV71属于C4a基因亚型,与2008年安徽阜阳流行株(EU703812)相比亲缘关系较近,VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为92.9％～98.8％和90.3％～99.7％.结论 安徽省2011-2013年HFMD的主要病原体为HEV71,其次为其他肠道病毒和CVA16.26株HEV71的基因型属C4a亚型,与中国大陆同期主要流行毒株基因型相一致.     

2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

宁夏2009年肠道病毒71型基因特征分析

目的 分析2009年宁夏回族自治区手足口病（Hand-Foot-and-Mouth Disease,HFMD）患者中肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）分离株的基因特征.方法 2009年,从宁夏自治区344例HFMD病例中采集的385份标本,用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞对标本进行肠道病毒分离培养;采用型特异性RT-PCR对阳性分离物中的EV71病毒进行鉴定;对鉴定的EV71毒株VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共分离到肠道病毒126株,其中58株为EV71（46%）,对其中46株EV71的VP1编码区序列进行测定和分析.宁夏分离株与EV71的A和B基因型代表株核苷酸序列同源性分别为81.7%～82.8%和83.1%～85.2%,氨基酸序列同源性分别为93.9%～95.9%和96.2%～97.9%;与C基因型的C1、C2、C3、C4a、C4b和C5亚型代表株核苷酸序列同源性分别为88.3%～90.6%、88.3%～90.1%、87.8%～89.0%、94.2%～98.9%、91.8%～94.1%和86.7%～89.1%;氨基酸序列同源性分别为97.9%～99.6%、97.9%～99.3%、97.6%～98.9%、97.9%～100%、98.6%～99.6%和97.9%～98.9%.在系统发生树上,这46株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支.结论 2009年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,C4a也是我国2005年以来流行的优势基因亚型.     

吉林省2009-2010年引起手足口病流行的肠道病毒71型基因特性的研究

目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病（hand foot and mouth disease，HFMD）流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市（州）HFMD病例的EV71代表株，对VP1编码区基因进行逆转录．聚合酶链反应扩增、扩增产物的序列测定，使用Bioedit软件和MEGA4．0软件对VP1基因进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009-2010年的31株EV71分离株均属于C4a基因亚型，3l株EV7t株在VP1区的核苷酸的同源性在94．5％～100％之间，分属于5个分支，其中25株病毒（分离于8个地市）形成一个大的分支，属于绝对优势传播链，其余6株形成4个小分支。结论2009-2010年在吉林省内有多个EV71C4a基因型的传播链同时存在，其中分支1为绝对优势传播链，在8个地市持续传播，引起HFMD的暴发流行。     

青海省分离到肠道病毒71型及其VP1区基因特征分析

目的 研究2008年青海省手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）的致病病原体中肠道病毒71型（Human Enterovirus 71,HEV71）的VP1区基因特征.方法 采集青海省HFMD患者的粪便、疱疹液和咽拭子标本共335份,并进行病毒分离,然后对阳性分离株病毒进行肠道病毒血清型别的分子定型.对分离到的HEV71阳性分离株进行VP1编码区基因扩增,核苷酸序列测定和同源进化分析.结果 在335份临床标本中,共分离到45株阳性病毒分离物,其中30株鉴定为HEV71（占66.7%）,是主要病原体.对30株HEV71进行VP1区核苷酸序列测定后,分析发现它们在VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别在95.2%～100.0%和96.6%～100%之间.它们与1998年以来在我国分离的HEV71在核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高.与其他35株各基因型和基因亚型的HEV71代表株构建的亲缘进化树中显示,青海省HEY71分离株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型C4a进化分支.结论 青海省从HFMD病例中分离到HEV71,也确认了青海省HFMD的病原体HEV71流行株的基因型为C4基因型中的C4a进化分支,并且存在多个传播链.     

陕西省2010-2012年柯萨奇病毒A组16型VP1基因特征分析

目的 对陕西省2010-2012年来源于手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例的科萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）毒株的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征.方法 利用特异性引物对分离鉴定为CVA16的21株病毒进行VP1编码区扩增.对阳性产物进行序列测定,并用MEGA软件进行序列的生物信息学分析.结果 根据亲缘性分析,本研究的CVA16分别属于B1a和B1b基因亚型,其中仅2011年分离自宝鸡市的10株属于B1a基因亚型,分离自其他4个地市的11株则属于B1b基因亚型.B1a和B1b基因亚型内核苷酸序列同源性分别为99.9％ ～100％和92.93％ ～ 100％.不同基因亚型毒株间核苷酸序列差异为8.43％～9.45％.结论 2010-2012年,属于B1a和B1b基因亚型的CVA16在陕西省共同循环,其中B1b基因亚型流行范围较广,可能为陕西省的优势亚型.     

Molecular epidemiology analysis of enterovirus 71 strains isolated in Dak Lak,Vietnam, 2011-2016

Human enterovirus 71 (EV71) is the major etiologic agent of hand, foot, and mouth disease (HFMD). EV71 outbreaks have been reported in Dak Lak in recent years, however, the genotypes/subgenotypes information and phylogeny of circulating EV71 strains are limited. The objectives of this study were to determine the genotypes/subgenotypes and investigate the phylogeny of EV71 isolates in Dak Lak over a 6-year period. Viruses were isolated from clinical samples from patients with HFMD. In total, 43 EV71 isolates circulated in Dak Lak during 2011-2016 were used for the phylogenetic analysis using complete VP1 gene. The phylogenetic analysis of the VP1 gene revealed that two major genotypes, B and C, were found. Among the 43 EV71 strains, 29 belonged to subgenotype C4, 2 belonged to subgenotype C5, and 12 belonged to subgenotype B5. Of these, the subgenotype C4 was predominant in 2011-2013 and this was later replaced by the subgenotype B5 in 2014. The subgenotype B5 was dominant between 2014 and 2015, and then C4 recirculated in 2016. Our study also indicated that the subgenotypes C4 and B5 emerged into Dak Lak were closely related to variants causing epidemics of HFMD in the southern and central region of Vietnam and Thailand. Sequence analysis showed that nine amino acid mutations were detected in the VP1 region. Our results identified two significant amino acid substitutions (D31N and E145G/Q) associated with enhancing EV71 virulence.     

深圳地区肠道病毒71型VP1基因变异趋势研究

目的 研究深圳地区肠道病毒71型VP1基因变异趋势.方法 用肠道病毒71型特异性引物进行RT-PCR,并对EV71的VP1进行扩增,所得的序列与肠道病毒71型A、B、C基因型代表株的核苷酸序列比较,用DNA Star、BioEdit和Mega 3.1软件进行系统进化分析.结果 35株病毒间VP1核苷酸同源性为92.1%-100%,它们与A、B基因型代表株VP1区核苷酸同源性差异较大,为81.4%-91.1%,与C4基因型代表株接近,其核苷酸同源性在93%-97.4%之间.1998-2004年深圳地区EV71主要流行株为C4b亚型,从2003年开始逐步向C4a亚型过渡,至2006年已全部变迁为C4a亚型,且从2003年至2008年,深圳地区EV71 C4a株与安徽阜阳株FY23的核苷酸的同源性分别为：94.5%-94.7%,95.7%-95.8%,96.2%,95.4%-97.5%,96.3%-99.2%,有逐年增高的趋势.2006年两株EV71和2008年EV71代表株核苷酸序列在VP1区的第66位点,均由A→C,从而导致VP1区氨基酸的第22位点由谷酰胺变为组氨酸（Q→H）.结论 深圳地区EV71流行株逐渐由C4b亚型向C4a亚型演变,2006年部分EV71及2008年EV71 VP1第66核苷酸位点发生有义突变.     

Molecular epidemiology of PRRSV in South China from 2007 to 2011 based on the genetic analysis of ORF5

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) has proven to be highly genetically variable; however, comprehensive information regarding the virus's genetic diversity in South China is limited. In this study, a total of 3199 clinical samples were collected from 267 pig farms suspected of PRRSV infection between 2007 and 2011. The ORF5 genes of 51 PRRSV-positive samples were sequenced and analyzed. The 51 study strains were divided into three primary subgenotypes. Fourty-five of the strains belonged to subgenotype I and were closely related to the highly pathogenic PRRSV (HP-PRRSV) strains. The subgenotype I strains were generally clustered into genetically similar groups by year. Only one of the strains belonged to subgenotype II, clustering with the classical North American type, VR2332. Five of the strains were grouped into subgenotype III, which occupied a separate branch and was closely related to the recently isolated novel field strains, QYYZ and GM2. The 5 subgenotype III strains shared an amino acid identity with the remaining 46 study strains ranging from 79.6%–83.6%. Amino acid analysis showed extensive mutations in subgenotype III; the diverse genetic mutations of these novel strains are of great concern.     

武汉市新分离2株乙型脑炎病毒E基因分型及序列分析

目的 对2009年武汉市新分离的2株乙型脑炎（简称乙脑）病毒进行基因分型和序列分析,了解本地乙脑病毒株的分子生物学特性。方法 将2009年从三带喙库蚊中分离的两株乙型脑炎病毒用RT-PCR法扩增E基因,将其进行测序,并用DNAstar and MegAlign软件与其他基因型代表株进行比对。结果 16组样品检出两株阳性（WHJX9-09、WHJX10-09）,这两株阳性均属于GI型。两株新分离JEV之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9％和100％。同目前在武汉市使用的疫苗株SA-14-14-2相比,核苷酸同源性分别为87.4％、87.9％,氨基酸同源性为96.9％。共有15个氨基酸发生变异分布在3个不同结构域,中和位点没有变异但是神经毒力位点仍然存在。结论 武汉市本地新分离乙脑病毒基因型为GI型,不同于1988年在武汉检出的GⅢ型的基因型,和疫苗株SA-14-14-2相比,其神经毒力并没有减弱,但疫苗产生的抗体对新出现的GI型乙脑病毒仍有中和作用。因此提高乙脑疫苗的接种率并配合防蚊灭蚊措施对控制乙脑疫情依然至关重要。同时有必要对本市蚊虫及乙脑患者进行长期的病原学监测工作,为乙脑预测预警体系的建立提供科学依据。